单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-09-28	MMP13- and COL11A1-expressing cancer-associated fibroblasts: key drivers of esophageal squamous cell carcinoma progression and prognostic indicators 2025-Sep-24, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104247 PMID:41005711	研究论文	通过单细胞RNA测序鉴定食管鳞癌中三种肌纤维母细胞性癌症相关成纤维细胞亚型，并揭示MMP13和COL11A1亚型与不良预后的关联	首次报道癌症相关成纤维细胞与食管鳞癌病理分期进展的关联，并发现MMP13和COL11A1两种特异性CAF亚型是预后不良的关键驱动因子	研究样本限于晚期食管鳞癌手术切除标本，未涵盖早期病例	探究癌症相关成纤维细胞在食管鳞癌进展中的作用及其预后价值	食管鳞癌患者肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞和免疫细胞	数字病理	食管癌	单细胞RNA测序、RNA原位杂交	NA	基因表达数据、组织标本	晚期食管鳞癌手术切除标本（具体数量未明确说明）
122	2025-09-28	Human brain cell types shape host-rabies virus transcriptional interactions revealing a preexisting pro-viral astrocyte subpopulation 2025-Sep-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116159 PMID:40864551	研究论文	通过单细胞RNA测序研究狂犬病毒与人脑细胞共培养中的宿主-病毒转录互作	发现存在预先存在的促病毒星形胶质细胞亚群，且解除先天免疫抑制反而增强狂犬病毒转录	研究基于体外共培养模型，未直接验证在体人脑中的情况	揭示先天免疫抑制如何影响不同脑细胞类型中宿主与病毒基因组的转录调控	人脑细胞共培养体系中的不同细胞类型	单细胞转录组学	狂犬病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	人脑细胞共培养样本（具体数量未明确说明）
123	2025-09-28	CD226 identifies effector CD8+ T cells during tuberculosis and costimulates recognition of Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages 2025-Sep-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116184 PMID:40886314	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现CD226是区分结核病中效应CD8+T细胞的关键标志物，并证实其参与对结核分枝杆菌感染巨噬细胞的识别	首次在结核病模型中通过scRNA-seq鉴定CD226作为效应CD8+T细胞的关键区分标志，并证明其共刺激功能对感染巨噬细胞识别的重要性	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究慢性结核感染中肺实质CD8+T细胞的多样性及其识别机制	C57BL/6J小鼠的肺实质CD8+T细胞和结核分枝杆菌感染的巨噬细胞	免疫学	结核病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、IFNγ-EYFP报告基因系统	NA	基因表达数据、细胞功能数据	感染6周和41周的C57BL/6J小鼠肺组织细胞
124	2025-09-28	Coxsackievirus B infection invokes unique cell-type-specific responses in primary human pancreatic islets 2025-Sep-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116211 PMID:40892543	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究柯萨奇病毒B3感染对人类胰岛不同细胞类型的特异性影响	挑战了关于病毒优先靶向β细胞的传统认知，发现导管细胞表现出最强的免疫反应，并首次揭示长链非编码RNA MIR7-3HG在病毒感染调控中的作用	研究使用尸体来源的胰岛样本，可能无法完全反映活体生理状态	阐明CVB3感染对人类胰岛不同细胞类型的特异性影响及其与1型糖尿病发病机制的关联	人类尸体胰岛样本和干细胞衍生的胰岛细胞	单细胞生物学	1型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	人类尸体胰岛样本（具体数量未明确说明）
125	2025-09-28	Next-gen tools in cancer neuroscience 2025-Sep-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116258 PMID:40934086	综述	本文综述了推动癌症神经科学领域发展的新一代技术工具	系统整合单细胞/空间转录组学、光遗传学、化学遗传学等前沿技术，革新神经系统与癌症相互作用的研究方法	NA	探讨连接肿瘤学与神经科学的关键技术进展	癌症神经科学领域的研究工具与方法	癌症神经科学	癌症	单细胞转录组学、空间转录组学、光遗传学、化学遗传学、工程病毒、神经元活动可视化	NA	NA	NA
126	2025-09-28	Integrated spatial transcriptomic profiling to dissect the cellular characteristics of tumor-associated tertiary lymphoid structures 2025-Sep-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116250 PMID:40934085	研究论文	通过整合23种癌症的空间转录组数据构建泛癌TA-TLS图谱，揭示肿瘤相关三级淋巴结构的细胞特征与形成机制	首次构建泛癌TA-TLS空间转录组图谱，发现CCL19+血管周细胞的成纤维细胞功能及动脉内皮细胞通过Notch信号抑制获得高内皮静脉样表型的新机制	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分有待加强	解析肿瘤相关三级淋巴结构（TA-TLS）的细胞特征、空间组织及其形成成熟机制	23种癌症的肿瘤相关三级淋巴结构	空间转录组学	泛癌研究（多种癌症）	空间转录组学、生物信息学分析、体外实验	NA	空间转录组数据	涵盖23种癌症类型的多癌种数据集
127	2025-09-28	Innate Immune-Cloaked Microgel-Coated Mesenchymal Stromal Cells Reverse Persistent Pulmonary Fibrosis via Reparative Macrophages 2025-Sep-23, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202504590 PMID:40984773	研究论文	本研究开发了一种先天免疫伪装微凝胶包被的间充质基质细胞，用于治疗持续性肺纤维化	通过微凝胶包被和CD47自身标记激动剂功能化，使治疗细胞逃逸组织驻留巨噬细胞的清除，并发现过渡性抗原呈递巨噬细胞亚群介导修复效应	NA	开发新型细胞疗法逆转持续性肺纤维化	间充质基质细胞和肺纤维化模型	组织工程与再生医学	肺纤维化	单细胞RNA测序	细胞工程平台	基因表达数据	NA
128	2025-09-28	Tertiary lymphoid structures in Merkel cell carcinoma facilitate naïve and central memory T-cell infiltration linked to immunotherapy response 2025-Sep-23, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-012224 PMID:40992783	研究论文	本研究通过多组学分析揭示默克尔细胞癌中三级淋巴结构通过招募初始和中央记忆T细胞促进免疫治疗反应的机制	首次在MCC中结合空间转录组学和TCR克隆型映射，证实TLS作为 naïve T细胞进入门户的功能及其与免疫治疗响应的直接关联	样本量较小（27例患者），且为观察性研究难以确立因果关系	阐明三级淋巴结构在默克尔细胞癌免疫微环境中的作用机制	27例接受免疫检查点抑制剂治疗的默克尔细胞癌患者肿瘤组织	数字病理	默克尔细胞癌	转录组测序、多重免疫可视化分析、TCR克隆型映射、空间转录组学、WGCNA	NA	组织样本、转录组数据、空间转录组数据	27例MCC患者治疗前肿瘤样本
129	2025-09-28	Spatiotemporal profiling reveals the impact of caloric restriction in the aging mammalian brain 2025-Sep-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116165 PMID:40833855	研究论文	通过单细胞转录组学和空间转录组学技术，揭示热量限制对衰老小鼠大脑的细胞和分子影响	首次结合单细胞转录组和空间转录组技术，在300多种细胞状态和11个脑区层面系统解析热量限制的神经保护机制	研究仅限于小鼠模型，人类适用性需进一步验证	探究热量限制延缓大脑衰老的具体细胞群体和分子通路	36只对照和热量限制处理的小鼠大脑细胞	生物医学	衰老相关疾病	EasySci单核转录组学、IRISeq空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	超过50万个细胞，来自36只小鼠的3个年龄组，12个脑切片
130	2025-09-28	Spatial regulation of CD8+ T cells at the HLA-E-NKG2A axis drives HIV persistence in lymph node B cell follicles 2025-Sep-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116181 PMID:40849901	研究论文	本研究通过空间转录组学和高维组织细胞计量技术，揭示了HIV在淋巴结B细胞滤泡中持续存在的免疫调控机制	首次发现HLA-E-NKG2A轴通过空间调控CD8+ T细胞功能驱动HIV免疫逃逸的新机制	研究样本局限于HIV感染者，未涉及其他免疫疾病模型的验证	探究淋巴结B细胞滤泡中HIV病毒库的免疫逃逸机制	HIV感染者的淋巴结组织样本	免疫学	HIV/AIDS	空间转录组学、高维组织细胞计量、FACS分析	NA	空间转录组数据、流式细胞数据、组织切片数据	不同抗逆转录病毒治疗阶段的HIV感染者淋巴结样本
131	2025-09-28	Distinct roles for NF-κB in hematopoietic stem cells and the bone marrow milieu in promoting hematopoietic aging 2025-Sep-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116193 PMID:40875292	研究论文	本研究通过NF-κB活性升高实验模型揭示其在造血衰老中的双重作用机制	首次明确区分NF-κB在造血干细胞自主功能与骨髓微环境中的不同作用，并建立单细胞RNA测序标记框架进行跨物种验证	实验模型为基因修饰小鼠，与自然衰老过程可能存在差异	解析炎症信号通路NF-κB在造血衰老表型形成中的具体作用机制	造血干细胞(HSC)及骨髓微环境	造血干细胞生物学	衰老相关血液疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、表观基因组学、转录组学分析	IκB缺陷小鼠模型	基因表达数据、功能实验数据	小鼠模型及人类HSC数据集（具体数量未明确说明）
132	2025-09-28	Junctional adhesion molecule C limits glioblastoma stem-like cell invasion by regulating integrin adhesion at the endothelial interface 2025-Sep-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116194 PMID:40875295	研究论文	本研究揭示了连接粘附分子C（JAMC）通过调节整合素粘附在胶质母细胞瘤干细胞样细胞（GSCs）与内皮界面相互作用中的关键抑制作用	首次发现JAMC通过调控整合素-SHARPIN轴限制GSCs在内皮界面的粘附和侵袭行为	研究主要基于体外实验和小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究胶质母细胞瘤干细胞样细胞与内皮细胞相互作用的分子机制	胶质母细胞瘤干细胞样细胞（GSCs）和内皮细胞	癌症生物学	胶质母细胞瘤	脱细胞基质、共培养、器官型脑切片、空间转录组学、定量蛋白质组学	NA	分子生物学数据、转录组数据、蛋白质组数据	小鼠模型和人类样本（具体数量未明确说明）
133	2025-09-28	Single-cell transcriptomic reconstruction of the human hair cycle: Capturing the temporal dynamics of skin tissue remodeling 2025-Sep-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116196 PMID:40884793	研究论文	通过单细胞转录组测序重建人类毛发生长周期的时空动态变化	首次建立人类毛发周期的伪时间序列模型，揭示16种细胞群体在组织重塑中的动态基因表达	样本量有限（19个皮肤组织），仅包含单个毛囊样本	解析人类皮肤组织重塑过程中的分子和细胞机制	人类皮肤组织中的毛囊及相关细胞群体	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	伪时间序列分析	单细胞转录组数据	19个人类皮肤组织样本（每个样本含单个毛囊）
134	2025-09-28	Advances in artificial intelligence for spatial transcriptomics in cancer: Special focus on Yin Yang 1 (YY1) and Raf kinase inhibitor protein (RKIP) 2025-Sep-22, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189456 PMID:40992707	综述	本文综述人工智能在癌症空间转录组学中的应用，特别关注YY1和RKIP基因	聚焦AI与空间转录组学融合的新兴领域，通过YY1和RKIP案例展示机器学习方法如何揭示癌症微环境新机制	作为综述文章未涉及原始实验数据验证	探讨人工智能技术解析空间转录组数据在癌症研究中的应用价值	癌症微环境中的基因表达模式（重点关注YY1和RKIP）	生物信息学	癌症	空间转录组学、机器学习、统计分析	支持向量机(SVM)、随机森林(RF)、PCA、t-SNE、UMAP	空间基因表达数据	NA
135	2025-09-28	Nodal Spread Prediction in Human Oral Tongue Squamous Cell Carcinoma Using a Cancer-Testis Antigen Genes Signature 2025-Sep-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26189258 PMID:41009820	研究论文	本研究开发了一种基于癌睾抗原基因特征的诊断工具，用于预测口腔舌鳞状细胞癌的淋巴结转移	首次整合多组学数据（微阵列、批量RNA测序和单细胞RNA测序）识别与口腔舌癌淋巴结转移相关的癌睾抗原基因特征	验证队列样本量较小（16例患者），需要更大规模的研究验证	开发预测口腔舌鳞状细胞癌淋巴结转移的遗传诊断工具以减少不必要的颈清扫术	口腔舌鳞状细胞癌患者组织样本	数字病理	口腔癌	微阵列、RNA测序（TCGA）、单细胞RNA测序、NanoString nCounter RNA分析	决策树、t-SNE、CNN	基因表达数据	16例接受根治性舌切除术和择区颈清扫术的患者
136	2025-09-28	Investigating the Development of Colorectal Cancer Based on Spatial Transcriptomics 2025-Sep-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26189256 PMID:41009818	研究论文	利用空间转录组学研究结直肠癌发展的时空动态特征	首次应用空间转录组学技术解析结直肠癌发展过程中的时空异质性，发现新的潜在生物标志物和治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证依赖TCGA公共数据库	探究结直肠癌发展的分子机制和时空动态变化	小鼠肠道肿瘤组织及人类结直肠癌临床样本	空间转录组学	结直肠癌	空间转录组学(ST)、伪时间轨迹分析、TCGA数据分析	NA	空间转录组数据、基因表达数据	多时间点小鼠肿瘤模型及TCGA人类结直肠癌队列
137	2025-09-28	Epac1 deletion attenuates Müller glial pathological activation and mitigates retinal neurodegeneration in ischemia-induced retinopathy 2025-Sep-19, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.09.031 PMID:40976555	研究论文	本研究通过基因敲除技术探讨Epac1在缺血性视网膜病变中对Müller胶质细胞病理激活和视网膜神经变性的作用机制	首次揭示Epac1通过调节Müller细胞中VEGF信号通路促进视网膜神经变性的新机制	研究仅限于小鼠OIR模型，临床转化价值需进一步验证	探究Epac1在缺血性视网膜病变中的作用及其分子机制	氧诱导视网膜病变（OIR）小鼠模型和原代Müller细胞	眼科疾病机制研究	缺血性视网膜病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫染色、qPCR、Western blot、邻近连接分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、组织形态学数据	OIR小鼠模型（具体数量未明确说明）
138	2025-09-28	Immune microenvironment and fibroblast subpopulation in diabetic wound healing 2025-Sep-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113440 PMID:40995117	研究论文	通过单细胞RNA测序分析糖尿病足溃疡愈合过程中的免疫微环境和成纤维细胞亚群	首次在单细胞水平揭示糖尿病伤口愈合中炎症单核细胞轴和成纤维细胞亚群的特定变化	NA	探究糖尿病足溃疡愈合障碍的细胞分子机制	糖尿病足溃疡患者的肉芽组织	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序、荧光成像	NA	单细胞转录组数据、蛋白质影像数据	NA
139	2025-09-28	Alveolar Epithelial Cell Dysfunction in Acute Respiratory Distress Syndrome: Mechanistic Insights and Targeted Interventions 2025-Sep-19, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13092299 PMID:41007859	综述	本文综述了急性呼吸窘迫综合征中肺泡上皮细胞功能障碍的机制及靶向干预策略	系统整合了单细胞测序、空间转录组学揭示的时空异质性，以及基于AI的多组学、肺芯片平台等前沿技术视角	存在纳米毒性、间充质干细胞异质性和基因编辑安全性等转化障碍	探索ARDS中肺泡上皮细胞靶向的精准治疗策略	肺泡上皮细胞及其与免疫-内皮网络的相互作用	病理学	急性呼吸窘迫综合征	单细胞测序、空间转录组学、CRISPR-Cas9基因编辑	NA	NA	NA
140	2025-09-28	Single-Cell Transcriptome Reveals the Regulatory Role of STAT3 in Diquat-Induced Oxidative Stress in Piglet Hepatocytes 2025-Sep-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26189161 PMID:41009731	研究论文	通过单细胞转录组测序揭示STAT3在敌草快诱导的仔猪肝细胞氧化应激中的调控作用	首次在仔猪模型中应用单细胞转录组技术解析敌草快诱导肝损伤的细胞特异性分子机制，发现STAT3在抗氧化防御中的关键作用	研究主要基于动物模型和体外细胞实验，临床转化价值需进一步验证	阐明敌草快诱导仔猪肝细胞氧化应激的分子机制	断奶仔猪肝细胞和小鼠肝细胞	单细胞组学	肝损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因敲低/过表达、ROS检测、细胞凋亡检测	NA	单细胞转录组数据	敌草快处理组和盐水对照组仔猪肝组织