单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-05-18	Whole-cortex in situ sequencing reveals input-dependent area identity 2024-Apr-24, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07221-6 PMID:38658747	研究论文	使用BARseq高通量原位测序技术研究小鼠大脑皮层神经元转录组特征及其发育依赖关系	首次利用BARseq技术在单细胞分辨率下揭示大脑皮层区域的转录组特征及其与连接性的模块化组织关系，并探索外周输入对皮层区域转录组特征的影响	研究仅针对小鼠模型，结果是否适用于其他物种尚不明确	探究大脑皮层神经元转录组特征的空间组织及其发育机制	小鼠前脑半球中的4,194,658个皮层神经元	神经科学	NA	BARseq高通量原位测序	NA	基因表达数据	9个小鼠前脑半球中的10.3百万个细胞（含4,194,658个皮层神经元）
122	2025-05-18	Identifying Fibrogenic Cells Following Salivary Gland Obstructive Injury 2023-Mar-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.09.531751 PMID:36945483	research paper	研究通过实验诱导小鼠颌下唾液腺纤维化反应，探讨了Gli1信号在纤维化中的作用	使用单细胞RNA测序技术鉴定了与纤维化相关的基质细胞亚群，并揭示了Gli1信号在唾液腺纤维化中的有限作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本，且Gli1信号的作用较小，可能忽略了其他重要信号通路	探讨唾液腺梗阻性损伤后纤维化反应的细胞和信号机制	雌性小鼠的颌下唾液腺	分子生物学	唾液腺疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪	小鼠模型	基因表达数据	雌性小鼠颌下唾液腺样本
123	2025-05-18	Identifying fibrogenic cells following salivary gland obstructive injury 2023, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2023.1190386 PMID:37287453	研究论文	本研究探讨了唾液腺梗阻性损伤后纤维化细胞的识别及其在纤维化过程中的作用	通过单细胞RNA测序技术，揭示了Gli1和PDGFRα基质细胞在唾液腺纤维化中的作用，并发现这些细胞对机械损伤诱导的纤维化变化贡献较小	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本，且Gli1信号和Gli1细胞对纤维化的贡献较小，可能需要探索其他信号通路	识别唾液腺梗阻性损伤后参与纤维化的基质细胞和信号通路	雌性小鼠颌下唾液腺	细胞生物学	唾液腺纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 导管结扎手术	小鼠模型	基因表达数据	雌性小鼠颌下唾液腺样本
124	2025-05-17	Comprehensive characterization of the molecular feature of T cells in laryngeal cancer: evidence from integrated single-cell and bulk RNA sequencing data using multiple machine learning approaches 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2025.2477287 PMID:40179028	research paper	该研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，结合多种机器学习方法，全面表征了喉癌中T细胞的分子特征	首次在单细胞分辨率下阐明了喉癌中T细胞相关分子的临床相关性，并开发了TCRG分类器用于预后预测和免疫治疗反应评估	样本量较小（仅3例喉癌组织），需要更大规模的研究验证	探究喉癌中T细胞相关分子的临床意义及其在肿瘤微环境中的作用	喉癌组织及匹配的邻近正常组织中的T细胞	digital pathology	laryngeal cancer	10X single-cell RNA sequencing, bulk RNA sequencing	multiple machine learning approaches	RNA-seq data	3例喉癌组织及匹配的邻近正常组织
125	2025-05-17	CD8+ T cells in breast cancer tumors and draining lymph nodes: PD-1 levels, effector functions and prognostic relevance 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2502354 PMID:40351118	研究论文	研究评估了乳腺癌患者中表达不同PD-1水平的CD8 T细胞的功能状态及其在不同组织中的分布	首次在乳腺癌患者的肿瘤、肿瘤旁组织和肿瘤引流淋巴结中详细描述了CD8 T细胞的耗竭阶段和功能状态	研究主要针对luminal型乳腺癌患者，结果可能不适用于其他亚型	评估CD8 T细胞在乳腺癌免疫反应中的作用及其预后相关性	乳腺癌患者的CD8 T细胞	肿瘤免疫学	乳腺癌	TCR-β测序、scRNA-seq	NA	基因表达数据、测序数据	乳腺癌患者的肿瘤、肿瘤旁组织和肿瘤引流淋巴结样本
126	2025-05-17	Hyperglycemia as driver of glioblastoma progression: Insights from Mendelian randomization and single-cell transcriptomics 2025-Jul-01, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2025.149636 PMID:40210146	研究论文	该研究通过孟德尔随机化和单细胞转录组学探讨高血糖与胶质母细胞瘤（GBM）进展之间的因果关系及其机制	首次结合孟德尔随机化和单细胞转录组学方法，揭示了高血糖通过改变肿瘤微环境和激活GBM相关通路促进GBM进展的机制	研究主要基于遗传关联分析和动物模型，需要进一步临床研究验证	探究高血糖与GBM进展之间的因果关系及其分子机制	GBM患者和小鼠模型	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基因集富集分析(GSEA)	GBM小鼠模型	基因组数据、转录组数据	UK Biobank和FinnGen数据库的GWAS数据、GBM小鼠模型
127	2025-05-17	Ferroptosis and low-grade Glioma: The breakthrough potential of NUAK2 2025-Jul, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.04.035 PMID:40286882	研究论文	本研究通过整合多组学数据，探讨了铁死亡相关基因（FRGs）在低级别胶质瘤（LGG）预后和肿瘤微环境调控中的作用，特别关注NUAK2基因的关键作用	首次全面分析了FRGs在LGG中的预后价值，并确定了NUAK2基因作为肿瘤进展和免疫逃逸的关键驱动因子	需要在更大的队列中验证NUAK2的作用，并探索其作为生物标志物和治疗靶点的临床应用	探讨铁死亡相关基因在低级别胶质瘤预后和肿瘤微环境调控中的作用	低级别胶质瘤（LGG）患者	肿瘤基因组学	低级别胶质瘤	多组学数据分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、伪时间轨迹分析	NA	基因组数据、转录组数据	来自TCGA、CGGA和GEO数据库的多组学数据
128	2025-05-17	E3 ubiquitin ligase TRIM38 regulates macrophage polarization to reduce hepatic inflammation by interacting with HSPA5 2025-Jun-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114662 PMID:40300357	研究论文	本研究探讨了E3泛素连接酶TRIM38通过调控巨噬细胞极化减少肝脏炎症的机制	揭示了TRIM38通过与HSPA5相互作用并促进其K63依赖性泛素化稳定，从而调控巨噬细胞极化并减轻肝脏脂肪变性的新机制	TRIM38在肝脏发病机制中的具体作用仍不完全清楚	探究巨噬细胞TRIM38在代谢性肝病中的作用，寻找控制炎症的关键靶点	巨噬细胞极化、肝脏炎症	分子生物学	代谢功能障碍相关性脂肪性肝病(MASLD)	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	MASLD患者的肝脏巨噬细胞
129	2025-05-17	Deciphering immune cell heterogeneity in vascular diseases: Insights from single-cell sequencing 2025-Jun-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114719 PMID:40306113	review	本文综述了单细胞测序技术在血管疾病中免疫细胞异质性研究的最新应用，揭示了新发现的免疫细胞亚群及其在疾病进展中的作用	系统总结了单细胞测序在血管疾病中的最新应用，突出了新发现的免疫细胞亚群及其相互作用和对血管病理的影响	NA	研究血管疾病的发病机制，特别是免疫细胞介导的炎症反应在其发展中的关键作用	血管疾病中的免疫细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞测序 (SCS)	NA	NA	NA
130	2025-05-17	miR142 silencing alleviates retinal inflammation by impairing mitochondrial function and reprogramming metabolism of CD4+ T cells via targeting MTFR1 2025-Jun-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114727 PMID:40334625	研究论文	研究miR-142在自身免疫性葡萄膜炎中的作用及其通过靶向MTFR1调控CD4+ T细胞线粒体功能和代谢重编程的机制	揭示了miR-142通过靶向MTFR1调控T细胞线粒体功能和代谢重编程的新机制，为自身免疫性葡萄膜炎的治疗提供了新靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明miR-142在葡萄膜炎发病中的作用及其分子机制	自身免疫性葡萄膜炎患者外周血单核细胞和实验性自身免疫性葡萄膜炎(EAU)小鼠模型	分子免疫学	葡萄膜炎	流式细胞术、单细胞测序、Seahorse能量代谢分析、线粒体染色、电子显微镜分析、荧光素酶报告基因检测、Western blot	miR-142基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、细胞功能数据	葡萄膜炎患者外周血单核细胞和EAU小鼠模型
131	2025-05-17	Inhibition of CTSC contributes to psoriasis inflammation and keratinocyte hyperproliferation by NF-κB signaling pathway 2025-Jun-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114808 PMID:40339488	研究论文	本研究探讨了CTSC在银屑病中的作用及其机制，发现抑制CTSC可通过NF-κB信号通路促进炎症和角质形成细胞过度增殖	首次揭示CTSC抑制通过NF-κB通路促进银屑病炎症和角质形成细胞过度增殖的机制	研究主要基于体外细胞和小鼠模型，临床样本验证有限	探究CTSC在银屑病中的作用及分子机制	银屑病患者皮肤组织、IMQ诱导的银屑病样小鼠模型、HaCaT细胞	分子生物学	银屑病	scRNA-seq、siRNA敲降	IMQ诱导的小鼠银屑病模型	基因表达数据、细胞增殖数据	银屑病患者皮肤组织、小鼠模型和HaCaT细胞
132	2025-05-17	TGF-β1 induces autophagy and mediates the effect on macrophages differentiation in primary liver cancer 2025-Jun-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114799 PMID:40339499	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了原发性肝癌中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的异质性和分化谱，并探讨了TGF-β1通过自噬信号调控TAMs表型转换的机制	首次在原发性肝癌中鉴定出四种不同的TAMs亚群，并发现TGF-β1通过自噬信号驱动TAMs表型转换的新机制	样本量相对较小（19例患者），且需要进一步验证TGF-β1调控TAMs分化的具体分子机制	探究原发性肝癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其分化机制	原发性肝癌患者的肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	原发性肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），Ingenuity通路分析（IPA）	NA	单细胞转录组数据	19例原发性肝癌患者的单细胞数据，TCGA数据库中428例患者的生存数据
133	2025-05-17	Single-cell transcriptome analysis identifies subclusters and signature with N-glycosylation in endometrial cancer 2025-Jun, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03802-z PMID:39589706	research paper	通过单细胞转录组分析鉴定子宫内膜癌中与N-糖基化相关的亚群和特征	首次在子宫内膜癌中利用单细胞RNA测序技术结合非负矩阵分解方法，识别出与N-糖基化相关的恶性细胞亚型，并构建了一个包含8个差异表达基因的预后模型	样本量较小（仅5例患者），且为回顾性研究	阐明N-糖基化相关基因在子宫内膜癌细胞异质性、预后和免疫治疗反应中的作用	子宫内膜癌患者	digital pathology	endometrial cancer	scRNA-seq, NMF, 机器学习算法	非负矩阵分解(NMF), 多种机器学习算法集成	单细胞RNA测序数据	5例子宫内膜癌患者的30,233个细胞
134	2025-05-17	EXPLORING THE POTENTIAL OF BEND7 AS AN IMMUNOMODULATORY BIOMARKER IN SEPSIS THROUGH INTEGRATIVE GENOMIC AND TRANSCRIPTOMIC ANALYSIS 2025-Jun-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002529 PMID:39617402	研究论文	通过整合基因组和转录组分析，探索BEND7作为脓毒症免疫调节生物标志物的潜力	首次将BEND7鉴定为脓毒症中参与免疫调节的血小板特异性基因，并揭示了其通过细胞间粘附分子信号通路与免疫细胞（特别是单核细胞和中性粒细胞）的强相互作用	需要进一步实验验证BEND7在脓毒症免疫调节中的具体作用机制	探索脓毒症发病机制中的遗传因素，寻找新的治疗靶点	脓毒症相关基因，特别是BEND7基因	基因组学与转录组学	脓毒症	基于摘要数据的孟德尔随机化方法、全基因组关联研究、表达数量性状位点分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	多个基因表达数据集（包括独立验证数据集）
135	2025-05-17	Diverse RNA methylation patterns in neutrophils: key drivers in hepatocellular carcinoma 2025-Jun, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03756-2 PMID:39621240	研究论文	该研究探讨了中性粒细胞中RNA甲基化模式在肝细胞癌（HCC）中的作用及其与肿瘤微环境（TME）的关系	首次在中性粒细胞中识别出高/低RNA甲基化亚型，并开发了新的中性粒细胞RNA甲基化（NRM）评分系统，用于评估TME异质性和临床特征	研究基于单细胞测序数据，样本量可能有限，且需要进一步实验验证TRPM3的功能	探索中性粒细胞RNA甲基化在HCC中的作用及其临床意义	肝细胞癌（HCC）患者的中性粒细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞测序、LASSO Cox回归分析	NRM评分系统	单细胞测序数据、lncRNA数据	未明确提及具体样本数量
136	2025-05-17	Bioinformatics identification of shared signaling pathways and core targets linking Benzo[a]pyrene exposure to HCC progression 2025-Jun, Toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.tox.2025.154129 PMID:40174762	研究论文	通过生物信息学方法探索苯并[a]芘(BaP)在肝癌进展中的潜在分子机制	首次通过综合数据库分析和分子对接技术，确定了BaP与肝癌相关的核心靶点及其作用通路	研究主要基于数据库分析，缺乏实验验证	探索环境污染物BaP在肝癌进展中的分子机制	苯并[a]芘(BaP)和肝癌相关分子靶点	生物信息学	肝癌	生物信息学分析、分子对接	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	TCGA数据库中的肝癌样本
137	2025-05-17	Biology and Pathophysiology of Placenta Accreta Spectrum Disorder 2025-Jun-01, Obstetrics and gynecology IF:5.7Q1 DOI:10.1097/AOG.0000000000005903 PMID:40209229	review	本文综述了胎盘植入谱系障碍（PAS）的生物学和病理生理学，探讨了其临床挑战和管理策略	整合了单细胞RNA测序和蛋白质组学分析的新兴技术，为PAS的生物标志物和干预途径提供了新见解	未提及具体研究样本量或实验数据，主要基于现有文献综述	理解PAS的病理生理学以指导临床管理和预防策略	胎盘植入谱系障碍（PAS）及其相关的生物学和病理生理学机制	病理生理学	胎盘植入谱系障碍	单细胞RNA测序，蛋白质组学分析	NA	NA	NA
138	2025-05-17	Novel approaches to CAR T cell target identification in acute myeloid leukemia 2025-Jun, Current opinion in pharmacology IF:4.0Q1 DOI:10.1016/j.coph.2025.102524 PMID:40311558	review	本文综述了急性髓系白血病（AML）中CAR T细胞靶点识别的新方法	介绍了结构表面组学识别肿瘤特异性蛋白构象，以及AI驱动的单细胞RNA测序整合多源数据以确定最佳靶点	NA	提高CAR T细胞的特异性并减少对正常组织的副作用，为AML及更广泛的癌症治疗提供更安全有效的途径	急性髓系白血病（AML）	肿瘤免疫治疗	急性髓系白血病	结构表面组学，AI驱动的单细胞RNA测序，细胞表面捕获技术	NA	RNA测序数据，蛋白质构象数据	NA
139	2025-05-17	Spatial Multiomics Toward Understanding Neurological Systems 2025-Jun, Journal of mass spectrometry : JMS IF:1.9Q2 DOI:10.1002/jms.5143 PMID:40360168	research paper	该论文探讨了空间多组学技术在理解神经系统动态生物过程中的应用及其潜力	结合代谢组学、转录组学和蛋白质组学，提供了一种更全面的方法来研究神经系统中的细胞相互作用	样本制备的优化、分子完整性的保持以及跨组学层数据的整合仍面临挑战	通过空间多组学技术增强对神经系统复杂疾病的理解	神经系统中的细胞类型及其相互作用	digital pathology	Alzheimer's disease, autism spectrum disorder	mass spectrometry imaging, transcriptomics, proteomics, metabolomics	NA	image, molecular data	NA
140	2025-05-17	Dissecting Autophagy Gene Expression in Endothelial Cells of Pulmonary Arterial Hypertension at Single-Cell Resolution 2025-Jun, Cardiology research IF:1.4Q3 DOI:10.14740/cr2055 PMID:40370624	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了肺动脉高压（PAH）内皮细胞中自噬相关基因的表达特征，并鉴定了DDIT4作为潜在的生物标志物	首次在单细胞分辨率下解析PAH内皮细胞中自噬相关基因的表达特征，并发现DDIT4作为新的PAH生物标志物	研究主要基于体外模型和生物信息学分析，需要进一步的体内实验验证	探究肺动脉高压内皮细胞中自噬相关基因的表达特征及其在疾病进展中的作用	肺动脉高压患者的内皮细胞	单细胞转录组学	肺动脉高压	scRNA-seq, 高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA), 蛋白质印迹(Western blotting)	NA	单细胞RNA测序数据	NA