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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2026-06-17 |
A stroke organoids-multiomics platform to study injury mechanism and drug response
2025-Feb, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2024.09.038
PMID:41947984
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研究论文 | 建立基于人诱导多能干细胞来源脑类器官的缺氧卒中模型,并结合蛋白质组学、单细胞转录组分析和组织病理学分析,研究卒中损伤机制及药物反应 | 首次将脑类器官与多组学方法结合,模拟缺氧性卒中,并鉴定出三类星形胶质细胞在缺氧环境中的不同反应,以及中药方剂灯盏生脉胶囊在卒中治疗中的可能作用 | NA | 利用脑类器官和多组学平台研究卒中损伤机制和药物筛选 | 人诱导多能干细胞来源的脑类器官 | 数字病理学 | 卒中 | 蛋白质组学, 单细胞转录组分析, 组织病理学分析 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 122 | 2026-06-17 |
Single Cell Transcriptome Signatures of Sarcoidosis in Lung Immune Cell Populations
2025-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.20.633917
PMID:39896662
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research paper | 通过对结节病患者和健康对照的支气管肺泡灌洗液细胞进行单细胞RNA测序,揭示了与结节病风险和进展相关的细胞类型、基因表达模式及细胞间相互作用的特征 | 首次在单细胞水平上系统地描述了结节病中巨噬细胞亚群(包括定居型、高金属硫蛋白定居型、招募型、促纤维化招募型和增殖型)的独特基因表达谱,并发现定居巨噬细胞和招募巨噬细胞中与疾病进展相关的基因表达变化 | 样本量相对较小,可能限制了检测一些罕见细胞类型或弱效应的能力;未明确提及结节病的具体病因机制 | 识别与结节病风险和进展相关的细胞特异性分子变化,包括细胞组成、基因表达模式和细胞间相互作用 | 结节病患者(包括进展性和非进展性)和健康对照者的支气管肺泡灌洗液细胞 | machine learning | sarcoidosis | single-cell RNA-seq | NA | single-cell RNA-seq data | 16例结节病患者(8例进展性、8例非进展性)和14例健康对照 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' protocol (基于CellRanger预处理) |
| 123 | 2026-06-17 |
Brain aging and rejuvenation at single-cell resolution
2025-01-08, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2024.12.007
PMID:39788089
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综述 | 本文综述了单细胞组学技术在脑衰老与再生研究中的应用,揭示了细胞类型特异性的年龄相关变化及细胞间相互作用,并探讨了组合式再生干预的前景 | 首次从单细胞分辨率系统总结脑衰老的细胞类型特异性特征,提出神经干细胞作为再生干预焦点的创新方向,并强调组合式再生方法的潜力 | 未提供原始实验数据,主要基于已发表研究的二次分析;未深入探讨单细胞组学技术在人类脑组织中的技术限制 | 系统梳理单细胞组学技术对脑衰老机制的研究进展,评估再生干预效果,并展望未来研究方向 | 大脑中各类细胞,包括神经元、胶质细胞和神经干细胞,以及它们在不同年龄阶段的转录组变化 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病, 帕金森病 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 124 | 2026-06-17 |
Differentiation signals induce APOBEC3A expression via GRHL3 in squamous epithelia and squamous cell carcinoma
2025-01, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-024-00298-9
PMID:39548236
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序研究APOBEC3A和APOBEC3B在健康与恶性黏膜上皮中的表达,发现APOBEC3A的表达主要局限于终末分化细胞,并需要GRHL3转录因子,而鳞状细胞癌中GRHL3表达扩展至增殖细胞,导致APOBEC3A突变活性获得 | 首次揭示APOBEC3A表达受GRHL3调控并在终末分化细胞中特异性表达,以及鳞状细胞癌中GRHL3扩展至增殖细胞导致APOBEC3A突变活性的机制 | 未明确提及研究限制,但可能受限于样本量或实验方法的局限性 | 研究APOBEC3A和APOBEC3B在健康与恶性黏膜上皮中的表达模式及其在鳞状细胞癌中的突变机制 | 健康与恶性黏膜上皮细胞(包括角质形成细胞和鳞状细胞癌细胞) | 数字病理学 | 鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、免疫组织化学、空间转录组学 | 未提及特定模型 | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、免疫组化图像 | 未明确说明样本数量,但涉及健康与恶性黏膜上皮组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium、10x Visium | 10x Chromium用于单细胞RNA测序,10x Visium用于空间转录组学 |
| 125 | 2026-06-17 |
Novel integrated multiomics analysis reveals a key role for integrin beta-like 1 in wound scarring
2025-01, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-024-00322-3
PMID:39558136
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研究论文 | 开发了一种新型高分辨率空间多组学方法,整合空间转录组学和单细胞RNA测序,揭示了整合素β样1在伤口瘢痕形成中的关键作用 | 首次开发了整合空间转录组学与单细胞RNA测序的高分辨率空间多组学方法,识别了修复过程中细胞间通讯和信号传导的新特征 | 未提供具体局限性信息 | 探究伤口愈合过程中分子与空间组织在单细胞水平上的关系,以及炎症相关瘢痕形成的机制 | PU.1小鼠、转基因小鼠、人类和鼠类原代成纤维细胞 | 数字病理学 | 瘢痕形成 | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | PU.1小鼠数据、转基因小鼠实验、人类和鼠类原代成纤维细胞体外实验 | 10x Genomics | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | Visium | Visium空间转录组学平台 |
| 126 | 2026-06-17 |
Identification of prognostic biomarkers for endometrioid endometrial carcinoma based on the miRNA and mRNA co-expression network regulated by estradiol
2025, Clinics (Sao Paulo, Brazil)
DOI:10.1016/j.clinsp.2025.100672
PMID:40319860
|
研究论文 | 基于雌二醇调控的miRNA和mRNA共表达网络,鉴定子宫内膜样子宫内膜癌的预后生物标志物 | 首次通过雌二醇处理的Ishikawa细胞和TCGA数据整合,发现miR-142-5p-SACS和miR-30a-5p-GPR157作为EEC潜在预后标志物,并结合单细胞转录组分析基因表达变化 | 研究基于有限的细胞系样本(n=3每组)和公共数据库,缺乏大规模临床验证 | 鉴定与雌二醇调控相关的子宫内膜样子宫内膜癌预后生物标志物 | 子宫内膜癌Ishikawa细胞,以及TCGA数据库中的EEC患者数据(n=408) | 机器学习 | 子宫内膜癌 | RNA-seq, miRNA-seq, 单细胞转录组测序 | Kaplan-Meier生存分析 | RNA表达谱,miRNA表达谱,单细胞转录组数据 | 408例TCGA样本,6个细胞样本(雌二醇处理组和对照组各3个) | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 127 | 2026-06-17 |
Ionizing radiation inhibits zebrafish embryo hatching through induction of tissue inhibitors of metalloproteinases (TIMPs) expression
2024-12, The FEBS journal
DOI:10.1111/febs.17318
PMID:39547957
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术,揭示电离辐射通过诱导组织金属蛋白酶抑制剂表达抑制斑马鱼胚胎孵化的分子机制 | 首次通过单细胞RNA测序在脊椎动物发育过程中揭示电离辐射对脑/中枢神经系统和孵化腺细胞簇比例的影响,并发现组织金属蛋白酶抑制剂在孵化腺中上调是导致孵化延迟的关键调控机制 | 虽然观察到了孵化延迟,但未观察到包括大脑在内的某些器官的形态学变化 | 揭示电离辐射对水生生物和人类生物学效应的分子机制,特别是在脊椎动物发育过程中的影响 | 斑马鱼胚胎 | 生物信息学 | 辐射损伤 | 单细胞RNA测序、全胚胎原位杂交 | NA | 基因表达数据 | 斑马鱼胚胎,暴露于5戈瑞电离辐射 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 128 | 2026-06-17 |
Single-cell spatial transcriptomics of fixed, paraffin-embedded biopsies reveals colitis-associated cell networks
2024-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.11.623014
PMID:39605355
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研究论文 | 针对福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)活检组织的单细胞空间转录组学分析,揭示了溃疡性结肠炎相关细胞网络 | 开发了适用于存档FFPE临床活检组织的成像型单细胞空间转录组学(iSCST)框架,通过定制290-plex Xenium基因面板实现了高灵敏度和特异性的转录本检测,并识别了炎症相关成纤维细胞与单核细胞组成的结肠炎相关细胞邻域 | 未明确说明,但可能包括样本量有限、平台特异性偏差及分析流程的通用性需进一步验证 | 建立稳健的工作流程,利用iSCST技术分析炎症性肠病患者的存档FFPE黏膜活检标本,探索结肠炎相关细胞网络及治疗应答标志物 | 非IBD对照者(9例)和溃疡性结肠炎患者(11例)的57份FFPE黏膜活检标本 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | 成像型单细胞空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 57份FFPE黏膜活检标本,来自9例健康对照和11例溃疡性结肠炎患者 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | 定制290-plex Xenium基因面板用于FFPE组织分析 |
| 129 | 2026-06-17 |
Single-cell transcriptomics unveils skin cell specific antifungal immune responses and IL-1Ra- IL-1R immune evasion strategies of emerging fungal pathogen Candida auris
2024-11, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1012699
PMID:39536069
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research paper | 使用单细胞转录组学揭示新兴真菌病原体耳念珠菌的皮肤细胞特异性免疫反应和IL-1Ra-IL-1R免疫逃逸策略 | 首次通过无偏见的单细胞转录组学描绘耳念珠菌皮肤感染期间免疫和非免疫细胞的转录组图谱,并发现IL-1Ra介导的IL-1R信号免疫逃逸机制 | 研究基于小鼠模型,其结果可能不完全适用于人类皮肤感染 | 阐明耳念珠菌皮肤定植的宿主免疫因素及其免疫逃逸机制 | 耳念珠菌感染的小鼠皮肤组织中的免疫细胞(中性粒细胞、炎症单核细胞、巨噬细胞、树突状细胞、T细胞和NK细胞)和非免疫细胞(成纤维细胞) | machine learning | 真菌感染 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量 | 未明确说明 | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 130 | 2026-06-17 |
Single-Cell Transcriptomics Unveils Skin Cell Specific Antifungal Immune Responses and IL-1Ra- IL-1R Immune Evasion Strategies of Emerging Fungal Pathogen Candida auris
2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.22.619653
PMID:39463935
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研究论文 | 利用单细胞转录组学揭示了皮肤细胞对新兴真菌病原体耳念珠菌的特异性抗真菌免疫反应及IL-1Ra-IL-1R免疫逃逸策略 | 首次通过单细胞转录组学揭示了耳念珠菌皮肤感染过程中免疫细胞与非免疫细胞的转录组特征,鉴定了成纤维细胞为主要富集的非免疫细胞,并阐明了IL-1Ra和IL-1R介导的免疫逃逸机制 | NA | 了解耳念珠菌皮肤定植的宿主免疫因子及其免疫逃逸机制 | 小鼠皮肤感染模型 | 单细胞转录组学 | 真菌感染 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 小鼠皮肤感染样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 131 | 2026-06-17 |
Characteristics and functions of an atypical inflammation-associated GZMK+GZMB+CD8+ T subset in people living with HIV-1
2024-09, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2024.07.003
PMID:39053388
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研究论文 | 分析了HIV-1感染者中一个非典型炎症相关GZMK+GZMB+CD8+ T细胞亚群的特征和功能 | 首次详细描述了GZMK+GZMB+CD8+ T细胞亚群在HIV-1慢性感染中的异质性、分化状态和炎症诱导功能,揭示了其与疾病标志物的相关性 | 对GZMK+GZMB+CD8+ T细胞亚群的机制研究主要基于体外实验,体内功能尚未完全阐明 | 阐明慢性HIV-1感染中GZMK+CD8+ T细胞亚群的表型、功能特征及其与疾病的相关性 | HIV-1感染者的CD8+ T细胞亚群,特别是GZMK+和GZMB+细胞 | 单细胞转录组学 | HIV-1感染 | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, TCR序列数据, 流式细胞术数据 | 未明确说明样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞3' 测序 |
| 132 | 2026-06-17 |
Single-cell transcriptome sequencing partially revealed the changes of T cells in the early stage of aging kidney
2024-09, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2024.06.005
PMID:39059207
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序部分揭示了早期衰老肾脏中T细胞的变化 | 首次在单细胞水平上分析早期衰老肾脏中T细胞的分子表型和组成变化,并鉴定出GZMK CD8 T细胞和Il17a T细胞两个亚群 | 仅关注肾脏老化的早期阶段,未涵盖整个衰老过程;且主要基于小鼠模型,人类肾脏老化的适用性需进一步验证 | 探究肾脏早期衰老过程中免疫细胞特别是T细胞的分子变化及其在炎症和组织损伤中的作用 | 早期衰老小鼠的肾脏组织 | 单细胞转录组学 | 肾脏衰老 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 小鼠肾脏样本(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 133 | 2024-08-07 |
Corrigendum to "Single-cell transcriptomics reveals CD8+ T cell structure and developmental trajectories in idiopathic pulmonary fibrosis" [Mol. Immunol. 172 (2024) 85-95]
2024-Sep, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2024.07.013
PMID:39088936
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 134 | 2026-06-17 |
Single-cell transcriptomics reveals CD8+ T cell structure and developmental trajectories in idiopathic pulmonary fibrosis
2024-08, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2024.06.008
PMID:38936318
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研究论文 | 利用单细胞转录组学揭示特发性肺纤维化中CD8+ T细胞的结构和发育轨迹 | 首次通过单细胞RNA测序详细描绘了IPF患者肺部CD8+ T细胞的动态免疫状态、细胞转化及其在纤维化中的潜在作用 | 研究样本量较小(5名IPF患者和3名对照),且未进行功能验证实验 | 探究特发性肺纤维化中CD8+ T细胞亚群的转录谱、发育轨迹及其在纤维化发病机制中的贡献 | IPF患者和正常对照的肺部免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | Monocle | 单细胞转录组数据 | 5名IPF患者和3名非纤维化肺受试者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 135 | 2026-06-17 |
Single-cell transcriptomics reveal differences between chorionic and basal plate cytotrophoblasts and trophoblast stem cells
2024-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.12.603155
PMID:39071344
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研究论文 | 通过单细胞转录组学分析,揭示了第一孕期绒毛膜板和基底板细胞滋养层细胞与滋养层干细胞之间的差异 | 首次在单细胞水平上比较了第一孕期不同胎盘区域(绒毛膜板和基底板)的细胞滋养层细胞与滋养层干细胞,发现了滋养层干细胞更倾向于分化为绒毛外滋养层细胞而非合体滋养层细胞 | 研究仅基于6个正常胎盘样本,样本量较小;TSC系可能不完全代表体内所有CTB亚型 | 探究第一孕期细胞滋养层细胞的转录多样性,并比较滋养层干细胞与不同CTB亚群的相似性 | 6个第一孕期正常胎盘(4个早期6-8周,2个晚期12-14周)和3个TSC系 | 单细胞转录组学 | 正常胎盘发育 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6个胎盘组织样本(4个早期第一孕期,2个晚期第一孕期)和3个TSC细胞系 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 测序平台 |
| 136 | 2026-06-17 |
Single-cell analyzing of tumor microenvironment and cell adhesion between early and late-stage lung cancer
2024-07, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2024.04.013
PMID:38696904
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析早期与晚期肺腺癌的肿瘤微环境及细胞黏附差异,发现TNS1基因在早期肿瘤细胞中高表达并可能作为预后标志物 | 首次系统揭示TNS1基因家族在早期肺腺癌中的高表达与细胞黏附功能关联,并发现其通过Akt/mTOR信号通路调控肿瘤进展 | 研究主要依赖公共数据库数据(GEO和TCGA),缺乏独立队列验证;TNS1的功能机制仍需更多体外和体内实验证实 | 阐明早期与晚期肺腺癌肿瘤微环境差异及细胞黏附机制 | 肺腺癌肿瘤微环境中的上皮细胞、成纤维细胞及肿瘤细胞 | 单细胞测序 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 基因表达数据 | GEO数据库中的肺腺癌单细胞RNA测序样本,TCGA数据库中的肺腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 137 | 2026-06-17 |
SFTPB in serum extracellular vesicles as a biomarker of progressive pulmonary fibrosis
2024-06-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.177937
PMID:38855869
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研究论文 | 探讨血清细胞外囊泡中的SFTPB作为进行性肺纤维化生物标志物的研究 | 首次发现血清细胞外囊泡中的SFTPB(尤其是其前体形式pro-SFTPB)比已知标志物KL-6和SP-D能更好地预测间质性肺病进展,并独立于性别-年龄-生理学指数 | 未明确说明限制 | 识别进行性肺纤维化的新型生物标志物,用于早期检测高风险患者 | 进行性肺纤维化患者及健康对照组的血清细胞外囊泡和小鼠模型 | 数字病理学 | 进行性肺纤维化 | 蛋白质组学分析,单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 蛋白质组学数据,单细胞RNA测序数据 | 多个患者队列(具体数目未说明)和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 138 | 2026-06-17 |
Cross-species single-cell analysis uncovers the immunopathological mechanisms associated with IgA nephropathy progression
2024-05-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.173651
PMID:38716725
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研究论文 | 通过跨物种单细胞分析揭示了IgA肾病进展相关的免疫病理机制 | 首次在人类IgAN小鼠和大鼠模型中进行跨物种单细胞RNA测序,识别出IgAN系膜细胞与巨噬细胞之间的特异性相互作用轴(如CXCL12/CXCR4、CSF1/IL-34/CSF1受体),并通过功能实验验证了CXCL12/CXCR4通路的阻断可减轻肾损伤 | 未提及具体局限性,但可能包括样本量有限、跨物种模型的人类疾病模拟不完全等 | 探究IgA肾病进展的免疫病理机制 | 人类IgAN患者及小鼠和大鼠IgAN模型 | 单细胞组学 | IgA肾病 | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据 | 21个进展性和28个非进展性IgAN样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 139 | 2026-06-17 |
Liver sinusoidal endothelial cells contribute to portal hypertension through collagen type IV-driven sinusoidal remodeling
2024-05-07, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.174775
PMID:38713515
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研究论文 | 该论文研究了肝窦内皮细胞通过IV型胶原蛋白驱动的肝窦重塑导致门静脉高压的机制 | 首次发现肝窦内皮细胞是纤维化肝脏中IV型胶原蛋白上调的主要来源,并揭示了TNF-α/NF-κB依赖的表观遗传调控机制,以及通过CRISPRi-dCas9-KRAB进行表观基因组编辑可沉默COL4基因表达 | 未提及具体局限性,但研究主要基于小鼠模型和体外实验,需要进一步在人体中验证 | 探究IV型胶原蛋白在肝纤维化和门静脉高压中调控肝窦重塑的作用及机制 | 肝窦内皮细胞和IV型胶原蛋白 | 数字病理学 | 肝病、门静脉高压 | RNA-seq、单细胞RNA-seq、CRISPRi-dCas9-KRAB | NA | 文本、图像 | 人类肝硬化肝样本及小鼠纤维化肝模型 | Illumina | bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | NA |
| 140 | 2026-06-17 |
Human IL-6 fosters long-term engraftment of patient-derived disease-driving myeloma cells in immunodeficient mice
2024-05-07, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.177300
PMID:38713510
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研究论文 | 使用人IL-6转基因NSG小鼠建立多发性骨髓瘤患者来源异种移植模型,并验证其在临床前药物开发中的应用 | 首次证明白消安预处理的人IL-6转基因NSG小鼠能可靠支持恶性及癌前浆细胞的长期植入,涵盖从意义未明的单克隆丙种球蛋白病到浆细胞白血病和轻链淀粉样变性等多种疾病阶段 | 未提及具体局限性 | 建立有效且广泛可用的多发性骨髓瘤及相关浆细胞疾病的患者来源异种移植模型 | 多发性骨髓瘤及相关浆细胞疾病患者的恶性及癌前浆细胞 | 机器学习 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自多发性骨髓瘤及相关浆细胞疾病患者的样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |