单细胞与空转测序相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
121 2026-05-02
Integrative single-cell RNA-seq and ATAC-seq analysis reveals the key role of inflammatory cell activation in pulmonary arterial hypertension
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序整合分析,揭示了炎性细胞活化在肺动脉高压中的关键作用 首次整合单细胞转录组和染色质可及性图谱,鉴定出S100a9在粒细胞和CCR2+促炎巨噬细胞中特异性上调,并验证其基因敲除可缓解PAH 未深入研究S100a9促进PAH发展的具体分子机制 探究肺动脉高压中细胞异质性和炎性细胞活化的分子机制 肺动脉高压小鼠模型的肺组织细胞 单细胞组学 肺动脉高压 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 NA 单细胞转录组数据,单细胞染色质可及性数据 肺动脉高压小鼠与对照组小鼠,具体样本量未说明 10x Genomics 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3' 和 10x Chromium Single Cell ATAC
122 2026-05-02
LRP1 as a potential diagnostic and immunomodulatory target in endometriosis: evidence from multi-omics and single-cell analyses
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 通过多组学和单细胞分析揭示LRP1在子宫内膜异位症发病机制中的诊断和免疫调节作用 首次通过整合多组学数据和单细胞RNA测序,建立LRP1作为子宫内膜异位症诊断标志物的新模型,并阐明其通过MIF信号通路调节免疫微环境(特别是M2巨噬细胞)的机制 样本量有限且主要依赖公共数据库,缺乏大规模临床验证;机制研究主要基于生物信息学分析,需更多体外和体内实验验证 探究子宫内膜异位症的分子机制并建立新型诊断模型 异位子宫内膜组织和在位子宫内膜组织样本 机器学习 子宫内膜异位症 多组学分析、单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析、孟德尔随机化分析 机器学习算法(hub基因识别) 基因表达数据、单细胞转录组数据 三个GEO数据集(GSE7305、GSE11691、GSE25628)合并分析 NA 单细胞RNA测序 NA NA
123 2026-05-02
Immune cells in liver injury: from pathogenic mechanisms to immunotherapy
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
综述 系统阐述肝脏损伤中免疫细胞与炎症介质的相互作用及其在纤维化中的调控机制,并探讨细胞免疫疗法的最新临床进展 整合单细胞与空间转录组学技术,揭示肝内免疫细胞异质性、空间分布与自噬特性,并提出精准治疗的理论基础 NA 阐明肝脏炎症与纤维化的免疫调控机制,并为肝损伤的免疫治疗提供理论依据 肝脏免疫细胞(巨噬细胞、中性粒细胞、T细胞、非经典淋巴细胞)及肝星状细胞 NA 非酒精性脂肪性肝病、非酒精性脂肪性肝炎、病毒性肝炎、肝纤维化 单细胞转录组学、空间转录组学 NA NA NA NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
124 2026-05-02
Disulfidptosis-related genes define a prognostic signature and novel therapeutic targets in Ewing's sarcoma through transcriptomic analysis and experimental validation
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 通过转录组分析和实验验证,鉴定与二硫化物凋亡相关的基因在尤文肉瘤中的预后特征和潜在治疗靶点 首次建立与二硫化物凋亡相关的尤文肉瘤预后特征,并通过单细胞RNA测序分析揭示其代谢异质性和微环境相互作用 未提及具体限制 评估二硫化物凋亡相关基因在尤文肉瘤中的预后意义和潜在治疗靶点 尤文肉瘤组织和细胞系(RD-ES细胞) 数字病理学 尤文肉瘤 转录组分析,单细胞RNA测序 Cox回归,LASSO 基因表达数据 分析四个GEO数据集 Illumina 单细胞RNA测序 Illumina NovaSeq 进行单细胞RNA测序分析
125 2026-05-02
SpatialFinder: a human-in-the-loop vision-language framework for prioritizing high-value regions in spatial transcriptomics
2026, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2
研究论文 提出SpatialFinder框架,结合生物医学视觉语言模型与人在回路优化流程,从常规H&E组织切片中预测基因表达异质性并排序高价值区域,以提高空间转录组学的成本效益 首次将视觉语言模型与人机交互优化结合用于空间转录组学中的感兴趣区域优先排序,可在无转录组数据的情况下仅凭H&E图像识别高信息区域,并支持临床医生自定义微环境偏好 评估仅在Visium HD组织的四种类型上进行,可能需进一步验证其他平台和组织的普遍适用性;研究中未涉及真实临床场景的长期经济性评估 开发一种经济有效的空间转录组学分析框架,通过优先分析高价值感兴趣区域降低实验成本,同时保持生物学发现能力 四种Visium HD组织类型的H&E组织切片及其空间转录组数据 计算机视觉、自然语言处理、数字病理学 未明确指定疾病类型,涉及通用组织微环境研究 空间转录组学(Space Transcriptomics)、H&E染色、视觉语言模型(VLM) 生物医学视觉语言模型 组织切片图像(H&E染色)、空间转录组表达数据 四种Visium HD组织类型,具体样本数未在摘要中说明 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium HD 10x Visium HD空间转录组学平台
126 2026-05-02
Cisplatin resistance in oral squamous cell carcinoma: mechanisms, reversal strategies, and emerging technologies
2026, Frontiers in physiology IF:3.2Q2
综述 系统审查了口腔鳞状细胞癌中顺铂耐药的多维机制及克服耐药性的策略 整合纳米技术、免疫疗法、代谢靶向、类器官模型、单细胞技术和人工智能等新兴研究范式,提出克服顺铂耐药的个性化联合疗法 综述未涵盖临床前到临床转化的具体挑战和成本效益分析 阐明口腔鳞状细胞癌中顺铂耐药的机制并探索逆转策略 口腔鳞状细胞癌中的耐药细胞及其微环境 机器学习 口腔癌 单细胞测序 NA 多组学数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
127 2026-05-02
Integrating bulk RNA-seq and ScRNA-seq to identify manganese metabolism-related subtypes and immunoregulatory mechanisms in liver hepatocellular carcinoma
2026-Jan, Open life sciences IF:1.7Q3
研究论文 整合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,识别肝细胞癌中锰代谢相关亚型及免疫调控机制 首次将锰代谢基因与肝细胞癌亚型分类和预后模型相结合,利用单细胞数据分析免疫细胞通讯 未明确提及外部验证或机制实验验证,可能依赖公共数据库的回顾性分析 研究锰代谢在肝细胞癌中的分子亚型及免疫调控机制,以指导精准诊断和免疫治疗 肝细胞癌肿瘤样本(来自TCGA和GEO数据库) 自然语言处理, 机器学习, 数字病理学 肝癌 RNA-seq, 单细胞RNA-seq LASSO, 多变量Cox回归 基因表达数据 TCGA和GEO数据库中的多个肝细胞癌样本(具体数量未提及) NA 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
128 2026-05-02
Integrative Machine Learning and Experimental Validation Identify MYBL2 as a Prognostic Biomarker and Therapeutic Target in Hepatocellular Carcinoma
2026, Oncology research IF:2.0Q3
research paper 通过整合机器学习和实验验证,确定MYBL2作为肝细胞癌的预后生物标志物和治疗靶点 系统验证了MYBL2在肝细胞癌中的临床意义,利用多种机器学习及实验技术,并揭示了miR-29a对MYBL2的调控机制 研究主要基于公开数据集和有限体外实验,临床应用验证不足 验证MYBL2在肝细胞癌中的临床意义,阐明其功能及上游调控机制 肝细胞癌样本、细胞系及小鼠模型 machine learning liver cancer RNA-seq, single-cell transcriptomics, iTRAQ proteomics, CRISPR knockout LASSO transcriptomic data, proteomic data, clinical data TCGA和GEO队列样本 Illumina RNA-seq, single-cell RNA-seq Illumina NovaSeq TCGA和GEO平台的RNA-seq数据
129 2026-05-02
Identify MTDH as a Key Gene of Radio-Resistance in Colorectal Cancer Based on Multi-Omics and Experimental Validation
2026, Oncology research IF:2.0Q3
research paper 基于多组学和实验验证,确定MTDH为结直肠癌放疗抵抗的关键基因 结合14种机器学习算法和SHAP可解释性分析,从多组学数据中识别MTDH与放疗抵抗的关联,并通过单细胞RNA测序和临床样本验证其在恶性二倍体单细胞亚群中的上调表达 未提及具体局限性 探究MTDH在结直肠癌放疗抵抗中的精确作用机制 MTDH基因及其在结直肠癌放疗抵抗中的作用 machine learning colorectal cancer RNA-seq, single-cell RNA sequencing NA gene expression data, single-cell transcriptomic data 82名直肠癌患者的组织样本 NA single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
130 2026-05-02
Navigating the Labyrinth of Hepatocellular Carcinoma: Leveraging AI/ML for Precision Oncology
2026, Oncology research IF:2.0Q3
综述 系统评估人工智能与机器学习在肝细胞癌精准肿瘤学中整合多组学数据、识别生物标志物和优化治疗决策的作用 创新性提出了AI驱动框架在解码肿瘤微环境相互作用和空间异质性中的转化潜力,特别是结合空间转录组学、数字病理学和单细胞技术的综合策略 文中未明确讨论具体局限,但综述性质可能受限于当前AI模型的可解释性、数据标准化及临床验证不足 评估AI/ML作为整合工具在肝细胞癌管理中转化高维多组学数据为临床可操作见解的能力 肝细胞癌的分子靶点、组合治疗策略、多组学数据(基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、表观基因组学) 机器学习 肝癌 NA NA 文本、图像(数字病理学)、空间转录组学数据、单细胞数据 NA NA 空间转录组学, 数字病理学, 单细胞RNA-seq NA NA
131 2026-05-02
CDKN1A/p21 Influences the Survival and Expansion of Breast Cancer Stem Cells after Oxidative Damage
2026, Oncology research IF:2.0Q3
研究论文 本研究探讨了CDKN1A/p21在氧化损伤后乳腺癌干细胞存活与扩增中的作用 首次揭示CDKN1A/p21通过直接结合CD44、SPP1和TMSB10启动子调控其表达,影响乳腺癌干细胞存活,为克服治疗耐药和转移提供了新靶点 研究主要基于体外三维模型,缺乏体内验证,且未深入探讨p21调控的具体信号通路机制 探索CDKN1A/p21在乳腺癌干细胞存活和扩增中的功能及其分子机制 乳腺癌干细胞(BCSCs) 机器学习 乳腺癌 空间转录组学,染色质免疫沉淀定量PCR NA 图像,文本 NA 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 10x Visium空间转录组学平台用于基因表达谱分析
132 2026-05-02
High-dimensional multiomics reveals perturbations to IL-6/IL-6R axis and RUNX3 in CD4+ T cells during third-trimester pregnancy
2026, Clinical & translational immunology IF:4.6Q2
研究论文 利用多组学技术研究妊娠晚期CD4+ T细胞的表面蛋白质组和转录组变化 首次通过高维多组学方法(包括流式细胞术和单细胞RNA测序结合CITE-seq)系统分析了妊娠晚期外周血和蜕膜中CD4+ T细胞的表面蛋白质组和转录组,揭示了IL-6/IL-6R轴和RUNX3的扰动 研究仅针对足月妊娠(>37周),未涵盖早孕期或中孕期;样本量较小;未对非妊娠对照组进行纵向追踪 理解妊娠期CD4+ T细胞的表面蛋白表达和转录组变化,为胎盘发育和妊娠并发症的免疫调节提供机制见解 足月妊娠(>37周)女性的外周血和蜕膜中的CD4+ T细胞以及非妊娠女性的外周血CD4+ T细胞 机器学习和数字病理学 妊高症、胎儿生长受限、死产 流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CITE-seq NA 蛋白质表达数据、转录组数据 足月妊娠女性与非妊娠女性(具体数量未明确提及) 10x Genomics 单细胞RNA测序、CITE-seq 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'测序结合CITE-seq抗体(>130种条形码抗体)
133 2026-05-02
CausalGRN: deciphering causal gene regulatory networks from single-cell CRISPR screens
2025-Dec-31, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 CausalGRN是一个从单细胞CRISPR筛选数据中推断因果基因调控网络的计算框架 提出自适应阈值校正方法解决单细胞RNA-seq稀疏数据中的虚假偏相关,实现因果基因调控网络的鲁棒推断 未提及 从单细胞CRISPR筛选数据中推断因果基因调控网络并预测未知扰动下的细胞响应 单细胞CRISPR筛选数据中的基因调控网络 机器学习 NA 单细胞RNA测序,CRISPR筛选 因果推断模型 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
134 2026-05-02
Molecular glue degrader function of SPOP inhibitors enhances STING-dependent immunotherapy efficacy in melanoma models
2025-Dec-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 该文章揭示了SPOP抑制剂作为分子胶水降解剂通过稳定STING增强黑色素瘤免疫治疗效果的作用机制 首次发现SPOP抑制剂不仅阻断SPOP与STING的识别,还能作为分子胶水重定向SPOP降解新底物CBX4,通过DNA损伤激活STING通路,增强先天免疫应答 研究主要基于黑色素瘤模型,尚需在其他肿瘤类型中验证;单细胞RNA-seq分析仅在异种移植模型中进行,缺乏临床样本验证 探讨SPOP在肿瘤免疫中的作用及其抑制剂作为分子胶水降解剂的潜在治疗价值 黑色素瘤B16肿瘤模型、小鼠模型、CAR.CD19-T细胞疗法 机器学习和数字病理 黑色素瘤 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 异种移植黑色素瘤B16肿瘤模型小鼠 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
135 2026-05-02
APOBEC3 promotes squamous differentiation via IL-1A/AP-1 signaling
2025-Dec-14, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 该研究通过基因工程小鼠模型和人类膀胱癌样本,发现APOBEC3通过IL-1A/AP-1信号通路促进鳞状分化 首次揭示APOBEC3在膀胱癌中通过IL-1α和AP-1信号通路驱动鳞状分化的功能性作用,并鉴定APOBEC3A是人类中唯一与鳞状分化相关的家族成员 未明确提及,但可能涉及小鼠模型与人类疾病的完全一致性需进一步验证 探究APOBEC3家族在膀胱癌鳞状分化中的作用机制 基因工程小鼠模型(Pten和Trp53条件敲除并过表达小鼠Apobec3)及人类膀胱癌样本 癌症生物学 膀胱癌(尿路上皮癌) 条件基因敲除、过表达、RNA测序、单细胞测序、空间转录组学 基因工程小鼠模型 RNA测序数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据 小鼠膀胱肿瘤样本及人类膀胱癌样本(具体数量未提供) NA 单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序 NA NA
136 2026-05-02
In situ DC-primed vaccine combined with CD137 agonist elicits long-lasting antitumor immunity through cDC1-mediated tumor antigen-specific CD8+ T cell responses
2025-Dec-12, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1
研究论文 本文研究原位DC启动疫苗联合CD137激动剂通过cDC1介导的肿瘤抗原特异性CD8+T细胞应答诱导持久抗肿瘤免疫 首次揭示原位疫苗与CD137激动剂联合治疗通过cDC1细胞依赖性增强肿瘤抗原特异性CD8+ T细胞应答,并实现Treg细胞功能重塑以减轻免疫抑制 研究局限于小鼠移植瘤模型,未验证在人类肿瘤微环境中的疗效及长期安全性 评估原位DC启动疫苗联合CD137激动剂在肺癌和结肠癌小鼠模型中的治疗潜力及免疫机制 肺癌和结肠癌小鼠移植瘤模型 免疫学 肺癌, 结肠癌 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 植入性小鼠模型(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA-seq NA NA
137 2026-05-02
Rod-shaped microglia interact with neuronal dendrites to attenuate cortical excitability during TDP-43-related neurodegeneration
2025-Dec-09, Immunity IF:25.5Q1
研究论文 该论文揭示了在TDP-43相关神经退行性变中,杆状小胶质细胞通过与神经元树突相互作用来减弱皮质过度兴奋 首次发现杆状小胶质细胞亚群及其在神经退行性变中通过重塑兴奋性突触输入来保护神经元的机制,并阐明了TREM2在其中的关键作用 具体局限性未在摘要中提及 研究小胶质细胞在TDP-43相关神经退行性变中调控皮质兴奋性的作用 rNLS8转基因小鼠模型中的小胶质细胞和神经元 机器学习 神经退行性疾病 多通道探针记录、纵向体内钙成像、空间转录组学、单细胞RNA测序 NA 电生理数据、钙成像数据、基因表达数据 rNLS8小鼠模型,具体数量未提及 10x Genomics 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3' 用于单细胞RNA测序
138 2026-05-02
Whole-cortex in situ sequencing reveals input-dependent area identity
2025-11, Nature IF:50.5Q1
研究论文 使用BARseq高通量原位测序技术,对小鼠大脑皮层1030万个细胞进行基因表达分析,揭示皮层区域身份与转录组特征的关系 首次利用大规模原位测序技术BARseq在单细胞分辨率下揭示皮层区域身份与转录组类型组成高度相关,并发现外周输入可调控区域内转录组身份 仅检测了104个细胞类型标记基因,未覆盖全转录组;研究仅针对小鼠模型,需进一步验证在其他物种中的适用性 探究大脑皮层空间组织是否反映在神经元转录组特征中,以及这些特征在发育中如何建立 小鼠大脑皮层九个半球中的4194658个皮层神经元 数字病理学 NA 原位测序 NA 基因表达数据 1030万个细胞,包含9个小鼠前脑半球 NA 单细胞RNA测序 BARseq BARseq高通量原位测序技术
139 2026-05-02
Single-Cell Analysis Reveals a Critical Role for Macrophage Epsins in Regulating the Origin of Foam Cells in Atherosclerosis
2025-Nov, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
研究论文 通过单细胞RNA测序揭示巨噬细胞Epsin在调控动脉粥样硬化泡沫细胞起源中的关键作用 首次发现巨噬细胞特异性Epsin缺失通过抑制血管平滑肌细胞向巨噬细胞转化和改善内皮功能来减少泡沫细胞形成 仅使用小鼠模型,人类样本验证不足;机制研究主要依赖单细胞转录组分析,未深入探讨Epsin下游信号通路 研究巨噬细胞Epsin在动脉粥样硬化泡沫细胞形成中的分子机制 Western饮食喂养的Apoe-/-小鼠及LysM-DKO/Apoe-/-(髓系特异性Epsin1/2缺失)小鼠 单细胞转录组学 动脉粥样硬化 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 两组小鼠(WT/Apoe-/-和LysM-DKO/Apoe-/-),每组各若干只,共16周Western饮食喂养 NA 单细胞RNA测序 NA NA
140 2025-05-02
Spatial transcriptomics: Advances and challenges in peripheral nerve sheath tumor
2025-Sep-17, Neuro-oncology IF:16.4Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
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