单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-09-13	Persistent and progressive acute lung allograft dysfunction is linked to cell compositional and transcriptional changes in small airways 2025-Sep, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation DOI:10.1016/j.healun.2025.03.010 PMID:40293382	研究论文	本研究探讨急性肺移植功能障碍（ALAD）与小气道细胞组成和转录变化之间的关联	首次使用单细胞RNA测序技术分析ALAD患者小气道细胞组成和转录变化，并发现与疾病进展相关的特定细胞亚群变化	样本量较小（总样本数20例），属于初步研究	识别ALAD进展为慢性肺移植功能障碍（CLAD）的分子标志物	肺移植受体患者	生物医学研究	肺移植相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	20例患者（8例对照组，4例恢复组，5例持续组，3例进展组）
122	2025-09-13	Global transcriptome characterization of peripheral blood mononuclear cells in individuals with chronic HIV infection 2025-Sep, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111082 PMID:40639496	研究论文	本研究利用RNA-seq技术分析慢性HIV感染者外周血单个核细胞的免疫代谢差异	首次对不同HIV感染人群（IRs、INRs、ECs和TPs）进行单细胞测序比较，揭示群体间免疫代谢特征差异	样本量较小（仅18例），且未说明样本选择标准或潜在混杂因素控制	探究HIV感染不同临床进展群体的免疫代谢特征差异	HIV感染者的外周血单个核细胞（PBMCs）	生物信息学	HIV感染/艾滋病	RNA-seq，单细胞测序	NA	转录组数据	18例HIV感染者（4例IRs、5例INRs、5例TPs、4例ECs）
123	2025-09-13	Pericytes change function depending on glioblastoma vicinity: emphasis on immune regulation 2025-Sep, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70095 PMID:40674254	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析胶质母细胞瘤微环境中壁细胞（包括周细胞）的转录组异质性，揭示其根据肿瘤邻近性的功能变化	首次发现周细胞的功能状态具有空间依赖性，肿瘤内部周细胞显示免疫调节相关基因上调和信号活性增强，而边界区域周细胞活性降低	NA	探究胶质母细胞瘤微环境中壁细胞与免疫细胞相互作用的区域差异性	小鼠和人类胶质母细胞瘤样本中的壁细胞（周细胞和平滑肌细胞）	肿瘤微环境研究	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠和人类GBM样本（具体数量未明确说明）
124	2025-09-13	Exploring the mechanism of action of trastuzumab-induced cardiomyocyte atrophy based on the FN1/PI3K/AKT-mediated mTOR-independent signaling pathway 2025-Sep, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111087 PMID:40683573	研究论文	基于单细胞转录组测序和生物信息学方法探索曲妥珠单抗通过FN1/PI3K/AKT介导的mTOR非依赖性信号通路诱导心肌细胞萎缩的作用机制	首次揭示免疫细胞来源的FN1通过细胞外基质机制激活心肌细胞中PI3K/AKT介导的mTOR非依赖性信号通路在药物心脏毒性中的作用	NA	探究曲妥珠单抗诱导心脏毒性的潜在靶点和信号通路	心肌细胞	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, RT-PCR, Western blot, TEM, 免疫荧光分析	NA	基因表达数据	鉴定出618个差异表达基因
125	2025-09-13	Oxidative Stress Links Thyroid Autoimmunity to Cancer: Peroxiredoxin 2 Protection via Genomic and Single-Cell Insights 2025-Sep, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals DOI:10.1177/10849785251360744 PMID:40735789	研究论文	本研究通过整合多组学方法揭示了桥本甲状腺炎与甲状腺癌之间的共享遗传因素，并鉴定PRDX2为关键保护因子	首次结合孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序和机器学习模型，系统揭示PRDX2在甲状腺疾病中的保护作用机制	研究主要基于欧洲人群数据（FinnGen），结果在其他人群中的普适性有待验证	探究桥本甲状腺炎与甲状腺癌之间的遗传关联及潜在机制	甲状腺细胞及甲状腺疾病患者	生物医学研究	甲状腺疾病	孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、机器学习分类模型	机器学习分类模型	基因组关联研究数据、单细胞RNA测序数据	76,243个甲状腺细胞
126	2025-09-13	Correction to 'Immunopipe: a comprehensive and flexible scRNA-seq and scTCR-seq data analysis pipeline' 2025-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf126 PMID:40918070	correction	对先前发表的Immunopipe数据分析管道文章进行更正	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
127	2025-09-13	Single-cell Raman and mass spectrometry analysis to probe cellular heterogeneity in tamoxifen uptake and metabolism 2025-Sep, Analytical and bioanalytical chemistry IF:3.8Q1 DOI:10.1007/s00216-025-06058-w PMID:40810750	研究论文	本研究采用单细胞拉曼光谱与质谱联用技术，探究他莫昔芬在肝癌细胞中的摄取、代谢及效应异质性	整合拉曼光谱（可重复测量细胞状态）与质谱（高灵敏度药物定量）技术，实现单细胞水平药物浓度与细胞响应的同步检测，并探索多浓度梯度下的细胞异质性	样本量较小且仅使用单一细胞系（HepG2），可能限制结果的普适性	揭示药物在单细胞水平的摄取、代谢差异及细胞响应异质性，推动药物发现与癌症研究	HepG2肝癌细胞系	生物医学分析	肝癌	单细胞拉曼光谱（Raman spectroscopy），单细胞质谱（MS）	NA	光谱数据，质谱数据	HepG2细胞暴露于三种他莫昔芬浓度
128	2025-09-13	The role of APOBEC mutagenesis in the progression and therapeutic guidance of pancreatic cancer 2025-Sep, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111098 PMID:40812519	研究论文	本研究探讨APOBEC突变在胰腺癌进展中的作用及其对治疗策略的指导价值	揭示了APOBEC突变特征与免疫微环境重塑、ICB响应及预后的关联，并首次验证伊立替康对APOBEC突变特征的抑制作用	NA	阐明APOBEC突变在胰腺癌中的生物学特征及临床意义	胰腺导管腺癌（PAAD）患者数据及实验模型	癌症基因组学	胰腺癌	全外显子测序（WES）、靶向NGS、转录组分析（bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）、免疫分析	机器学习模型	基因组数据、转录组数据、临床数据	多队列PAAD患者数据（具体数量未明确说明）
129	2025-09-13	Single-cell transcriptomic profiling reveals distinct tumor microenvironments in HPV-associated penile squamous cell carcinoma 2025-Sep, Precision clinical medicine IF:5.1Q1 DOI:10.1093/pcmedi/pbaf013 PMID:40936798	研究论文	通过单细胞转录组测序分析HPV相关阴茎鳞状细胞癌的肿瘤微环境差异	首次在单细胞分辨率下揭示HPV阳性和阴性阴茎癌的免疫微环境组成和功能差异	样本量较小（11例患者），且均为初治患者	阐明HPV状态对阴茎鳞状细胞癌肿瘤微环境的影响机制	11例初治阴茎鳞状细胞癌患者的肿瘤组织	单细胞组学	阴茎癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督聚类分析	单细胞转录组数据	11例患者，52,980个单细胞
130	2025-09-13	Analysis of immune cell infiltration landscape and identification of diagnostic biomarkers in ankylosing spondylitis 2025-Sep, APL bioengineering IF:6.6Q1 DOI:10.1063/5.0252297 PMID:40936943	研究论文	通过生物信息学分析和实验验证，筛选并鉴定与强直性脊柱炎免疫细胞相关的诊断生物标志物	首次结合多组学数据分析与实验验证，发现CX3CR1基因下调及M2巨噬细胞比例异常在AS中的关键作用	研究依赖于公共数据库数据，样本来源和规模可能存在局限性	筛选和验证强直性脊柱炎的免疫细胞相关诊断生物标志物	强直性脊柱炎患者样本和对照样本	生物信息学	强直性脊柱炎	差异表达分析、免疫细胞浸润分析、WGCNA、ROC分析、RT-qPCR、免疫荧光染色、scRNA-seq	NA	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE25101、GSE41038、GSE73754、GSE194315）
131	2025-09-13	Role of immune cell subsets in liver fibrosis through single-cell RNA sequencing and array 2025-Sep, Cancer biomarkers : section A of Disease markers IF:2.2Q3 DOI:10.1177/18758592251374861 PMID:40938627	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和数据分析揭示肝纤维化中免疫细胞亚群的异质性及其与疾病进展的关联	首次构建肝纤维化的免疫细胞图谱，识别24个不同免疫细胞亚群并发现与不良预后相关的特征基因和细胞互作	依赖公共数据库数据，未进行独立实验验证	探究肝纤维化中免疫细胞亚群的作用机制并寻找免疫治疗靶点	肝纤维化患者样本和GEO数据库中的相关数据	生物信息学	肝纤维化	单细胞RNA测序, ssGSEA, Kaplan-Meier分析	NA	RNA测序数据	来自GEO数据库的肝纤维化相关数据集
132	2025-09-13	spammR: an R package designed for analysis and integration of spatial multi-omic measurements 2025-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.26.672472 PMID:40909542	研究论文	介绍了一个用于空间多组学数据分析和整合的R包spammR	专门针对基于质谱的空间组学数据集设计，支持样本量小、空间稀疏和高缺失值的数据，采用完全数据驱动方法	主要针对质谱数据，可能不适用于其他空间组学技术如空间转录组	开发一个端到端的分析工具，用于空间多组学测量数据的整合与分析	空间多组学测量数据，特别是质谱衍生的空间组学数据集	生物信息学	NA	质谱技术	NA	空间多组学数据，显微镜成像数据	小样本量且空间稀疏的样本
133	2025-09-13	Expanding canonical cortical cell type markers in the era of single-cell transcriptomics 2025-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.26.672469 PMID:40909566	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据扩展了大脑皮层细胞类型的经典标记物，并开发了统计框架以提升标记物的特异性和跨区域一致性	提出了标记物表达'保真度'和'背景表达'的量化方法，利用近50万个单细胞核转录组数据系统评估了标记物的区域变异性，并开发了新的统计框架识别出改进的标记物	NA	扩展和优化大脑皮层细胞类型的分子标记物，以支持神经科学研究中的细胞类型注释和验证	人类大脑皮层细胞	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	统计框架	单细胞表达数据	来自19项研究的近500,000个高质量单细胞核转录组图谱
134	2025-09-13	Construction and differential analysis of testicular atlas between 10-week-old and 23-week-old ducks using single-cell RNA sequencing 2025-Aug-22, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.105715 PMID:40884870	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术构建了10周龄和23周龄鸭睾丸的细胞图谱并进行差异分析	首次建立了禽类精子发生的高分辨率细胞蓝图，发现了多个新的分子标记物（如EXFABP、ARHGAP15等）和调控网络	研究仅针对鸭类，结果向其他禽类或物种的外推需谨慎验证	解析禽类精子发生的分子机制和细胞发育调控网络	鸭睾丸组织，特别是生殖细胞（精原细胞、精母细胞、精子细胞）和体细胞群体	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	54,702个细胞（来自10周龄未成熟和23周龄成熟鸭睾丸）
135	2025-09-13	Immune dysregulation in the prostates of C57BL/6Aire-/- mice mirrors that seen in human benign prostatic hyperplasia 2025-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.12.669857 PMID:40832162	研究论文	研究通过C57BL/6 Aire-/-小鼠模型模拟人类良性前列腺增生（BPH）中的免疫失调现象	建立了一种转录因子缺陷的非消退性（慢性）炎症模型，首次在小鼠前列腺中重现了人类BPH的免疫细胞表型和基质相互作用	模型基于小鼠且需外源性免疫刺激，可能无法完全复制人类BPH的所有病理特征	探究慢性前列腺炎症在良性前列腺增生发病机制中的作用	C57BL/6J背景小鼠和人类BPH组织样本	免疫病理学	前列腺增生	组织学分析、流式细胞术、scRNA-seq	NA	组织学图像、单细胞转录组数据	C57BL/6小鼠在21天和35天时间点采集前列腺组织，并与人类BPH scRNA-seq数据对比
136	2025-09-13	Progress and new challenges in image-based profiling 2025-Aug-07, ArXiv PMID:40799808	综述	本文回顾了基于图像的细胞表型分析的计算方法进展、当前流程、局限性及未来发展方向	深度学习重塑了特征提取、可扩展性和多模态数据整合，单细胞分析和批次效应校正等方法的进步提升了分析精度	该领域仍面临重大挑战，需要创新性解决方案	为研究人员提供这一快速发展领域的进展路线图和新挑战导航	细胞表型分析	计算机视觉	NA	显微镜成像	深度学习	图像	NA
137	2025-09-13	Identification of a unique subpopulation of mucosal fibroblasts in colorectal cancer with tumor-restraining characteristics 2025-Aug-05, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.mocell.2025.100263 PMID:40759242	研究论文	本研究通过多组学分析鉴定出结直肠癌中具有肿瘤抑制特性的独特黏膜成纤维细胞亚群	首次在结直肠癌中发现表达ADAMDEC1/CXCL14/EDNRB/PROCR的肿瘤抑制性癌症相关成纤维细胞亚群，并证实其表观遗传稳定性	NA	探究结直肠癌中肿瘤抑制性癌症相关成纤维细胞的存在特征及临床意义	结直肠癌样本中的成纤维细胞亚群	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, TCGA RNA-seq, 免疫组化	NA	基因组数据, 表观遗传数据, 组织学数据	多中心结直肠癌数据集（包含单细胞测序数据和TCGA数据）
138	2025-09-13	Single-Cell Transcriptome and RNA Sequencing Reveal Immune-Related Markers of Preeclampsia 2025-Aug, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-025-01843-5 PMID:40216654	研究论文	通过单细胞和RNA测序技术研究胎盘免疫微环境，发现与子痫前期相关的关键免疫细胞和靶基因	首次结合单细胞转录组和RNA测序分析子痫前期胎盘免疫微环境，鉴定出巨噬细胞相关的关键调控基因	研究依赖于公共数据集GSE234729和GSE25906，样本来源和数量未明确说明	探究子痫前期胎盘免疫微环境中的关键调控基因	子痫前期和非子痫前期胎盘样本	生物信息学	子痫前期	单细胞转录组测序, RNA测序, GO富集分析, KEGG通路分析, pseudotime分析, 细胞通讯分析	Scenic包转录因子分析	基因表达数据	基于GSE234729和GSE25906数据集，具体样本数未明确
139	2025-09-13	Single-cell transcriptomics reveal alveolar macrophages-specific responses in single-hit ozone exposure model in mice 2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.11.664370 PMID:40791434	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析小鼠肺泡巨噬细胞在不同浓度臭氧暴露下的特异性反应	首次在单细胞分辨率下揭示臭氧浓度依赖性的肺泡巨噬细胞转录组改变和功能调控	研究仅使用C57BL/6J雄性成年小鼠，结果可能不适用于其他品系或性别	探究肺泡巨噬细胞对臭氧暴露的分子响应机制	C57BL/6J雄性成年小鼠的肺泡巨噬细胞	单细胞组学	呼吸系统疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	C57BL/6J雄性成年小鼠暴露于过滤空气、1 ppm臭氧或1.5 ppm臭氧3小时
140	2025-09-13	A hybrid 1DCNN-GRU deep learning framework for classifying caprine granulosa cell fertility potential using single-cell transcriptomics 2025-Jul, Veterinary world IF:1.7Q2 DOI:10.14202/vetworld.2025.1922-1935 PMID:40926859	研究论文	本研究开发了一种结合1DCNN和GRU的混合深度学习模型，用于基于单细胞转录组数据对山羊颗粒细胞的生育潜力进行分类	首次将深度学习应用于山羊颗粒细胞的生育潜力分类，并创新性地结合了1DCNN和GRU处理单细胞转录组数据	需要在更大数据集和跨物种中进行进一步验证以确认模型的普适性	开发一种标准化、可量化的方法来评估山羊颗粒细胞的生育潜力	山羊颗粒细胞（GCs）	机器学习	NA	scRNA-seq	1DCNN-GRU混合模型	基因表达数据	公开可用的单胎和多胎山羊scRNA-seq数据集