单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-07-09	Cluster-guided contrastive learning with masked autoencoder for spatial domain identification based on spatial transcriptomics 2025-Jul-07, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3586483 PMID:40622835	研究论文	提出了一种名为STMCCL的自监督学习框架，用于基于空间转录组学的空间域识别	结合掩码自编码器和聚类引导的对比学习，探索基因表达谱和空间拓扑的复杂关系	未明确提及具体局限性	提高空间转录组数据的空间域识别精度	空间转录组数据	数字病理	NA	空间转录组技术	掩码自编码器（masked autoencoder）	基因表达谱和空间信息	7个公共数据集
122	2025-07-09	Combined angiogenic and hypertrophic gene therapy enhances skeletal muscle growth 2025-Jul-07, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00966.2024 PMID:40622896	研究论文	本研究探讨了结合血管生成和肌肉肥大的基因疗法如何促进生理性肌肉生长并改善肌肉功能	结合使用myostatin前肽(Pro-MSTN)和血管内皮生长因子B(VEGF-B)的基因疗法，克服了当前肌肉肥大治疗的局限性	研究主要在健康和小鼠糖尿病模型中进行，尚未在人类中验证	探索结合血管生成和肌肉肥大的基因疗法对肌肉生长和功能的促进作用	健康小鼠和糖尿病小鼠的骨骼肌	基因治疗	肌肉萎缩	腺相关病毒载体(AAV)基因递送、单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	健康小鼠和糖尿病小鼠
123	2025-07-09	Investigating Intestinal Farnesoid X Receptor functions at the Intestinal Mucosal Barrier and in the Intestinal Microbiota in a Biliary Obstruction Mouse Model 2025-Jul-07, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology DOI:10.1152/ajpgi.00223.2024 PMID:40623002	研究论文	本研究探讨了肠道FXR在胆汁淤积小鼠模型中肠道黏膜屏障和肠道微生物群中的功能	揭示了肠道FXR缺乏对肠道屏障功能和微生物群的影响，并发现OCA依赖的FXR激活可保护肠道屏障免受损伤	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	阐明FXR在生理和胆汁淤积条件下的肠道作用，为胆汁淤积性疾病的肠道治疗提供新见解	肠道FXR功能、肠道屏障功能、肠道微生物群	NA	胆汁淤积性疾病	单细胞测序	小鼠模型	测序数据	NA
124	2025-07-09	Single-cell mutational burden distributions in birth-death processes 2025-Jul-07, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013241 PMID:40623094	研究论文	本文通过引入动态矩阵分析和统一SFS、DD和MBD三种分布，推导了它们的期望递推关系，并展示了SFS与单细胞MBD之间的自然联系	引入了动态矩阵来分析和统一SFS、DD和MBD三种分布，推导了新的MBD表达式，并展示了SFS与单细胞MBD之间的自然联系	在引入死亡的情况下，所有三种分布均为近似解，而非精确解	研究肿瘤细胞群体中突变积累的统计分布及其动态参数	肿瘤细胞群体中的突变积累	计算生物学	癌症	单细胞测序	动态矩阵	基因组数据	NA
125	2025-07-09	A Novel Immunocompetent Transgenic Mouse Model of DHF Reveals Syk-mediated Th2-Polarized Cytokine Storm as A Key Driver Of Vascular Leakage 2025-Jul-07, Emerging microbes & infections IF:8.4Q1 DOI:10.1080/22221751.2025.2531178 PMID:40623122	research paper	该研究建立了一种新型免疫活性转基因小鼠模型，用于研究登革热出血热（DHF）的发病机制	首次建立了具有完整先天/适应性免疫的免疫活性小鼠模型，揭示了Syk介导的Th2极化细胞因子风暴是血管渗漏的关键驱动因素	NA	研究登革热出血热（DHF）的发病机制	hTim4转基因C57BL/6J小鼠模型和人类DHF组织	NA	登革热	单细胞RNA测序和空间转录组学分析	转基因小鼠模型	RNA测序数据和转录组数据	NA
126	2025-07-09	Heterogeneity in Osteosarcoma Revealed by scRNA Sequencing: CLU+ Endothelial Cells as Key Players in Tumor Progression 2025-Jul-07, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70138 PMID:40623412	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示骨肉瘤的异质性，发现CLU+内皮细胞在肿瘤进展中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序揭示骨肉瘤中心区域和周边区域的微环境差异，并鉴定出CLU+内皮细胞在促进肿瘤转移和抑制免疫反应中的关键作用	样本量较小（仅6例患者），且未验证CLU+内皮细胞作为治疗靶点的临床效果	探索骨肉瘤肿瘤内异质性（ITH）在肿瘤进展中的作用	6例骨肉瘤患者的配对肿瘤组织样本（中心区域和周边区域）	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	6例骨肉瘤患者的配对肿瘤组织样本
127	2025-07-09	Batch correction methods used in single-cell RNA sequencing analyses are often poorly calibrated 2025-Jul-07, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279886.124 PMID:40623818	研究论文	本文比较了八种广泛使用的单细胞RNA测序数据批次校正方法，并提出了一种新方法来评估这些方法在批次校正过程中对数据的改变程度	提出了一种新的评估方法，用于测量批次校正方法在细胞间距离和细胞簇水平上对数据的改变程度	研究仅针对八种批次校正方法进行了评估，可能未涵盖所有现有方法	评估和比较单细胞RNA测序数据批次校正方法的性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
128	2025-07-09	Author Correction: Spatial transcriptomics reveals regionally altered gene expression that drives retinal degeneration 2025-Jul-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08451-8 PMID:40624286	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
129	2025-07-09	Microglial landscape and signaling in spinal cord injury 2025-Jul-07, Spinal cord IF:2.1Q1 DOI:10.1038/s41393-025-01103-y PMID:40624302	research paper	该研究通过生物信息学分析，绘制了脊髓损伤后小胶质细胞的动态变化图谱，并揭示了TGFβ信号通路和Trem2介导的神经炎症在脊髓损伤恢复中的关键作用	整合单细胞RNA测序、空间转录组和大块RNA测序数据，揭示了小胶质细胞在脊髓损伤后的动态变化及其分子机制，提出了针对Trem2介导的神经炎症和TGFβ驱动的修复机制的双重调控轴治疗策略	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	研究脊髓损伤后小胶质细胞的动态变化及其分子机制，以促进脊髓损伤的功能恢复	脊髓损伤后的小胶质细胞	digital pathology	spinal cord injury	scRNA-seq, ST, bulk RNA-seq	NA	RNA sequencing data	来自Gene Expression Omnibus (GEO)的多个数据集
130	2025-07-09	Senescent Microglia Mediate Neuroinflammation-Induced Cognitive Dysfunction by Selective Elimination of Excitatory Synapses in the Hippocampal CA1 2025-Jul-07, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70167 PMID:40624910	研究论文	本文探讨了衰老小胶质细胞通过选择性消除海马CA1区的兴奋性突触介导神经炎症引起的认知功能障碍的机制	首次揭示了衰老小胶质细胞通过过度吞噬兴奋性突触导致认知功能障碍的具体机制，并验证了ABT-737治疗对改善这一过程的潜在效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明神经炎症导致认知功能障碍的细胞机制	C57BL/6J小鼠的海马CA1区小胶质细胞和锥体神经元	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序、高尔基染色、全细胞膜片钳记录、Western blotting、免疫荧光	小鼠神经炎症模型	RNA测序数据、电生理数据、蛋白质表达数据、行为学数据	未明确说明小鼠数量，但涉及多种实验技术验证
131	2025-07-09	Cellular senescence in renal ischemia-reperfusion injury 2025-Jul-07, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003698 PMID:40625295	综述	本文综述了肾缺血再灌注损伤中的细胞衰老现象及其在急性肾损伤向慢性肾病转变中的关键作用	探讨了细胞衰老在肾缺血再灌注损伤中的核心机制，并介绍了针对细胞衰老的新兴治疗方法如衰老细胞清除剂和衰老调节剂	主要基于现有研究的综述，缺乏原创性实验数据验证	阐明细胞衰老在肾缺血再灌注损伤中的作用机制及潜在治疗策略	肾缺血再灌注损伤过程中的细胞衰老现象	肾脏病理学	急性肾损伤/慢性肾病	单细胞测序技术、人工智能辅助药物筛选	NA	文献数据	NA
132	2025-07-09	Decoding the immune microenvironment of secondary chronic myelomonocytic leukemia due to DLBCL with CD19 CAR-T failure by single-cell RNA-seq 2025-Jul-07, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003690 PMID:40625291	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，解析了CD19 CAR-T治疗失败后继发慢性粒单核细胞白血病（CMML）的免疫微环境	首次报道了CAR-T治疗后出现的继发性CMML，并揭示了其免疫微环境的特征	研究仅基于一个病例，样本量较小	阐明CAR-T治疗后继发肿瘤的发病机制及潜在治疗靶点	CAR-T治疗后继发CMML患者的骨髓样本	数字病理学	慢性粒单核细胞白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	1例患者的治疗前后骨髓样本
133	2025-07-09	Integration of Single-cell Sequencing Analysis Reveals Disulfidptosis Related Molecular Subtype and Novel Prognosis System for Osteosarcoma 2025-Jul-07, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673359541250527042918 PMID:40626537	研究论文	本研究通过整合单细胞测序分析，揭示了与二硫化物凋亡相关的骨肉瘤分子亚型及新型预后系统	首次在骨肉瘤中探索了二硫化物凋亡的作用，并建立了基于DRG的预后模型	研究主要基于公共数据库和体外实验，需要更多临床样本验证	探索二硫化物凋亡相关基因在骨肉瘤中的作用及预后价值	骨肉瘤患者及细胞系	生物信息学	骨肉瘤	单细胞RNA测序、Western blotting、qRT-PCR、细胞迁移和侵袭实验	Cox和LASSO回归分析	基因表达数据	公共数据库中的骨肉瘤患者数据及体外实验的细胞系
134	2025-07-09	Roadmap for spatial transcriptomics of HIV in tissues 2025-Jul-07, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000961 PMID:40626838	review	本文综述了空间转录组学在HIV组织持久性研究中的应用及其技术流程	空间转录组学以高分辨率（<1μm）捕获RNA分子，实现近单细胞水平的全基因组分析，揭示HIV感染细胞与周围微环境的相互作用	靶向RNA捕获在增加目标数量的同时可能降低灵敏度，且需验证发现的生物学意义	探讨空间转录组学在HIV组织持久性机制研究中的应用	HIV感染细胞及其周围微环境	空间转录组学	HIV感染	空间转录组学、ATAC-seq、蛋白质捕获、T细胞受体测序	NA	RNA分子数据	NA
135	2025-07-09	Lactate-related gene signatures predict prognosis and immune profiles in esophageal squamous cell carcinoma 2025-Jul-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10456-6 PMID:40617965	研究论文	本研究通过识别与乳酸相关的关键基因，预测食管鳞状细胞癌（ESCC）的预后和免疫特征	识别了六个与ESCC相关的乳酸关键基因，并分析了它们在免疫细胞亚群中的表达差异	研究仅基于基因表达数据，未进行实验验证	探索乳酸相关基因在ESCC中的预后和免疫特征	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者样本	癌症研究	食管鳞状细胞癌	scRNA-seq, CellChat分析	NA	基因表达数据	两个ESCC细胞系及正常样本
136	2025-07-09	Targeting PFKFB3 to restore glucose metabolism in acute pancreatitis via nanovesicle delivery 2025-Jul-05, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01261-y PMID:40618046	研究论文	本研究探讨了PFKFB3在急性胰腺炎中调节葡萄糖代谢的作用，并评估了通过纳米囊泡递送抑制PFKFB3以缓解代谢功能障碍的潜力	首次将PFKFB3确定为急性胰腺炎中葡萄糖代谢紊乱的关键治疗靶点，并创新性地采用纳米囊泡递送技术进行干预	研究主要基于动物和体外模型，尚未进行临床验证	探索急性胰腺炎中葡萄糖代谢紊乱的分子机制并开发新型治疗方法	急性胰腺炎模型中的葡萄糖代谢过程	生物医学工程	急性胰腺炎	scRNA-seq, bulk RNA测序, 纳米囊泡递送技术	体内和体外AP模型	转录组数据	未明确说明具体样本数量，涉及GEO数据库中的测序数据和实验模型
137	2025-07-09	CEMIP2 sensitizes PDAC to chemotherapy through extracellular matrix remodeling by hyaluronan degradation 2025-Jul-05, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217898 PMID:40623543	研究论文	本文探讨了CEMIP2通过降解透明质酸（HA）和重塑细胞外基质（ECM）来增强胰腺导管腺癌（PDAC）对化疗的敏感性	揭示了CEMIP2作为预测PDAC化疗反应的生物标志物及其通过HA降解机制增强化疗效果的分子机制	CEMIP2的具体作用机制仍需进一步研究	研究CEMIP2在PDAC化疗敏感性中的作用及其分子机制	胰腺导管腺癌（PDAC）	肿瘤学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、飞行时间质谱流式细胞术（CyTOF）	PDAC小鼠模型	临床样本数据、单细胞RNA测序数据	临床PDAC样本和小鼠模型
138	2025-07-09	Single-cell analysis of dup15q syndrome reveals developmental and postnatal molecular changes in autism 2025-Jul-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61184-4 PMID:40615364	研究论文	通过单细胞和单核RNA测序技术，研究dup15q综合征在自闭症谱系障碍中的分子机制	首次在胎儿期器官样体和青少年-成人死后脑样本中，揭示了dup15q综合征的细胞类型特异性分子变化及其与特发性自闭症的共享模式	研究依赖于死后脑样本和体外培养的器官样体，可能无法完全反映活体大脑的动态变化	探索dup15q综合征在自闭症谱系障碍中的分子机制	dup15q患者来源的iPSCs皮质器官样体和死后脑样本	分子生物学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序、单核RNA测序、空间转录组学	NA	RNA测序数据	dup15q患者来源的iPSCs皮质器官样体和死后脑样本
139	2025-07-09	Reduced somatosensory innervation alters the skeletal transcriptome at a single cell level in a mouse model of type 2 diabetes 2025-Jul-04, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-025-00436-x PMID:40615376	研究论文	本研究探讨了2型糖尿病小鼠模型中体感神经支配减少对骨骼转录组的单细胞水平影响	首次结合单细胞RNA测序和体外实验，揭示了糖尿病神经病变与骨代谢异常的神经-骨骼信号传导机制	研究仅使用小鼠模型，结果需在人类样本中进一步验证	探究糖尿病外周神经病变对骨代谢的影响机制	高脂饮食诱导的2型糖尿病小鼠模型	生物医学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	动物模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量，但包含多组织单细胞测序数据
140	2025-07-09	Single‑cell RNA sequencing reveals TMEM71 as an immunomodulatory biomarker predicting immune checkpoint blockade response in breast cancer 2025-Jul-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03068-z PMID:40608205	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了TMEM71作为预测乳腺癌免疫检查点阻断反应的免疫调节生物标志物	首次将TMEM71鉴定为与乳腺癌免疫治疗反应相关的新型免疫相关基因，并探索其作为预后生物标志物的潜力	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证TMEM71的功能机制	探索TMEM71在乳腺癌中的预后价值、免疫相关性及治疗意义	乳腺癌	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ssGSEA, CIBERSORT, GO, KEGG, GSEA分析	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	整合TCGA、GTEx、GEO和公共scRNA-seq数据集