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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2025-11-14 |
Insulin signalling-associated cell fate promotes neoplastic invasiveness in non-functioning pituitary gonadotroph adenoma via cis-regulatory elements activation
2025-Nov, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03122-1
PMID:40935899
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞测序数据揭示了胰岛素信号通路通过顺式调控元件激活促进无功能性垂体促性腺激素腺瘤侵袭性的新机制 | 首次发现胰岛素信号相关细胞命运驱动肿瘤侵袭性,并识别了SREBF1和IGF2BP2关联的顺式调控元件在染色质互作重建中的关键作用 | 样本量相对有限(3例患者进行单细胞测序),需要在更大队列中验证发现 | 探究无功能性垂体促性腺激素腺瘤侵袭性的分子机制 | 无功能性垂体促性腺激素腺瘤患者组织和原代细胞系 | 单细胞多组学 | 垂体腺瘤 | scRNA-seq, scATAC-seq, 顺式共可及网络分析 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | 3例患者用于单细胞测序,210例患者队列用于验证,3个原代细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 122 | 2025-11-14 |
Glycans on non-structural protein 1 prevent premature T-cell mediated dengue virus clearance
2025-Nov, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1038/s44321-025-00311-6
PMID:40962941
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研究论文 | 本研究揭示了登革病毒非结构蛋白1(NS1)上N207位点糖基化通过PD-L1/PD-1轴调控T细胞凋亡的新型免疫逃避机制 | 首次发现NS1蛋白N207位点糖基化通过抑制早期炎症反应和PD-L1/PD-1轴介导的T细胞凋亡来实现免疫逃避 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类患者中验证 | 探究登革病毒NS1蛋白糖基化的生物学功能及其在免疫逃避中的作用机制 | 登革病毒NS1蛋白糖基化位点及其对免疫应答的影响 | 病毒免疫学 | 登革热 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 细胞因子检测, 免疫表型分析 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据, 细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 123 | 2025-11-14 |
HIF-1α-induced microglia-mediated neuroinflammation is involved in Alzheimer's disease: Evidence from single-cell transcriptomic analysis
2025-Nov, Journal of Alzheimer's disease : JAD
DOI:10.1177/13872877251378007
PMID:40971318
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了HIF-1α调控的小胶质细胞亚群在阿尔茨海默病神经炎症中的作用机制 | 识别出具有炎症-血管生成特征的特定小胶质细胞亚群microglia_2,并首次证实HIF-1α是其关键转录调控因子 | 研究主要基于5×FAD小鼠模型,在人类患者中的验证仍需进一步深入 | 探究阿尔茨海默病中小胶质细胞亚群的多样性及其致病活性的调控机制 | AD患者和5×FAD小鼠模型中的小胶质细胞 | 单细胞转录组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, SCENIC分析, 伪时间轨迹分析 | NA | 转录组数据 | AD患者和5×FAD小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 124 | 2025-11-14 |
Single-cell RNA sequencing in high-burden viral respiratory infections: Decoding immune cell subsets and immune-related differential gene expression
2025-Nov, Infection, genetics and evolution : journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious diseases
DOI:10.1016/j.meegid.2025.105834
PMID:40998072
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在高负担病毒性呼吸道感染研究中揭示免疫细胞亚群和差异基因表达的最新进展 | 系统总结了scRNA-seq在COVID-19和流感等病毒性呼吸道感染中识别新型免疫细胞亚群和疾病相关生物标志物的创新发现 | 在其他微生物来源的呼吸道感染中应用scRNA-seq的研究仍然有限 | 解析高负担病毒性呼吸道感染的免疫景观和分子机制 | 人类外周血、支气管肺泡灌洗液、小鼠肺组织及外植体样本 | 单细胞组学 | 呼吸道感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 125 | 2025-11-14 |
Transcriptomic profiling of mink spleen infected by Aleutian mink disease virus: Insight into immune response
2025-Nov, Research in veterinary science
IF:2.2Q1
DOI:10.1016/j.rvsc.2025.105842
PMID:41005216
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研究论文 | 本研究通过转录组学分析水貂感染阿留申水貂病毒后的脾脏免疫反应机制 | 首次系统揭示阿留申水貂病毒感染早期脾脏的转录组动态变化,识别出8个直接参与免疫反应的关键差异表达基因 | 研究仅关注脾脏组织,未涉及其他靶器官;采用传统转录组测序而非单细胞测序,可能遗漏细胞异质性信息 | 探究宿主对阿留申水貂病毒感染的免疫应答机制 | 阿留申水貂病毒感染的黑色雄性水貂脾脏组织 | 转录组学 | 病毒性疾病 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 12只黑色雄性水貂(4组全同胞,每组3只),感染后0、1、2、7天采集脾脏样本 | Illumina | bulk RNA-seq | Illumina TruSeq™ RNA kit, HiScanSQ | Illumina TruSeq™ RNA建库试剂盒,HiScanSQ测序平台,101 bp双端测序 |
| 126 | 2025-11-14 |
Single-cell transcriptomics reveals the regulation of bco1 and bco2 genes in the carotenoid metabolism of koi carp
2025-Nov, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147965
PMID:41043743
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了锦鲤皮肤色素细胞发育及类胡萝卜素代谢的分子机制 | 首次构建锦鲤红白皮肤的单细胞图谱,发现色素细胞从白皮向红皮发育轨迹,揭示bco1和bco2基因通过钙离子信号通路协同作用的新机制 | NA | 探究锦鲤皮肤颜色形成的分子基础及类胡萝卜素代谢调控机制 | 锦鲤红白皮肤组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序,透射电镜,高效液相色谱,原位杂交,免疫荧光,RNA干扰,细胞培养,基因编辑,RNA测序,基因家族分析 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据,色谱数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 127 | 2025-11-14 |
Spatiotemporal gene expression and cellular dynamics of the developing human heart
2025-Nov, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02352-6
PMID:41162788
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研究论文 | 通过结合空间和单细胞转录组学技术,揭示了人类早期心脏发育的分子景观和细胞动态 | 首次提供了人类早期心脏发育的高分辨率转录组图谱,揭示了心脏起搏传导系统、心脏瓣膜和房间隔的形成机制,以及心脏间充质细胞的意外多样性 | 研究时间窗口仅限于孕后5.5至14周,可能无法覆盖心脏发育的完整过程 | 探索人类心脏发育过程中的基因表达时空模式和细胞动态 | 人类早期发育心脏组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学,单细胞RNA测序,成像验证 | NA | 空间转录组数据,单细胞转录组数据,图像数据 | 孕后5.5至14周的人类心脏发育样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 128 | 2025-11-14 |
Pancreatic hypersecretion of amyloid-forming human amylin dysregulates the neuro-immune axis and B cell development in a model of type-2 diabetes
2025-Nov, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2025.107153
PMID:41135632
|
研究论文 | 本研究探讨了2型糖尿病中胰腺分泌的淀粉样人胰岛淀粉样多肽如何通过CXCL12/CXCR4信号轴导致外周和神经免疫系统失调 | 首次揭示淀粉样人胰岛淀粉样多肽通过下调脑血管ICAM-1和上调前体B细胞CXCR4表达,导致免疫细胞脑部迁移障碍和B细胞发育缺陷的机制 | 动物模型结果需在人类中进一步验证,急性和慢性暴露效应的差异需要更深入研究 | 阐明2型糖尿病中淀粉样人胰岛淀粉样多肽对免疫系统的调节机制 | 转基因大鼠和小鼠模型,以及2型糖尿病患者的单细胞测序数据 | 免疫学 | 2型糖尿病 | 单细胞测序 | 转基因动物模型 | 基因表达数据,免疫细胞计数数据 | 转基因大鼠和小鼠模型,2型糖尿病患者单细胞测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 129 | 2025-11-14 |
Single-cell transcriptional decoding of iron deficiency responses in maize root tips
2025-Nov-01, Plant cell reports
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s00299-025-03649-w
PMID:41175233
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序解析玉米根尖对铁缺乏胁迫的细胞类型特异性响应机制 | 首次在单细胞分辨率构建玉米根尖转录图谱,发现铁缺乏响应通过分布式调控网络协调,其中中柱作为转录调控枢纽整合信号 | 研究仅针对V3阶段初生根,未涵盖其他发育阶段或根区 | 解析玉米根尖对铁缺乏胁迫的细胞类型特异性响应机制 | 玉米根尖细胞 | 植物生物学 | 营养缺乏症 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 加权基因共表达网络分析, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析 | NA | 基因表达数据 | 15,306个高质量细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 130 | 2025-11-14 |
Spatiotemporal dynamics of the cardioimmune niche during lesion repair
2025-Nov, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-025-00739-6
PMID:41184578
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和高分辨率空间转录组学,重建小鼠心脏损伤后纤维化微环境的时空动态 | 首次揭示Trem2巨噬细胞通过沉默成纤维细胞增殖来防止过度纤维化的机制,并发现损伤后罕见的祖细胞样心肌细胞群 | 研究仅限于小鼠模型,人类心脏组织的验证仍需进一步研究 | 理解心脏伤口愈合过程中的细胞和分子过程,以改善心肌组织损伤后的心脏功能 | 成年小鼠心脏组织及人类心脏组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 131 | 2025-11-14 |
Sig27 stratifies prostate cancer recurrence by assessing the immunosuppressive properties of tumors
2025-Nov-01, Endocrine-related cancer
IF:4.1Q2
DOI:10.1530/ERC-25-0326
PMID:41186269
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研究论文 | 本研究开发了Sig27基因面板及其衍生面板Sig27IMG,用于评估前列腺癌复发风险并揭示肿瘤的免疫抑制特性 | 首次提出基于27个基因的Sig27面板和由5个关键基因组成的Sig27IMG面板,能够通过评估肿瘤相关单核/巨噬细胞和内皮细胞的免疫抑制特性来预测前列腺癌复发 | 研究基于回顾性数据集,需要前瞻性验证;样本来源和平台存在异质性 | 开发能够准确预测前列腺癌复发并评估肿瘤免疫抑制特性的基因标志物 | 前列腺癌患者肿瘤样本 | 生物信息学 | 前列腺癌 | RNA测序,单细胞RNA测序 | 基因表达面板 | 基因表达数据 | 3,133个肿瘤样本(13个bulk RNA-seq数据集),53名患者(6个scRNA-seq数据集),后续扩展到5,672名患者(17种癌症类型) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 132 | 2025-11-14 |
The role of hypothyroidism in cirrhosis pathogenesis: A retrospective cohort study and multi-omics integration analysis
2025-Nov, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011947
PMID:41202080
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研究论文 | 本研究通过回顾性队列分析和多组学整合分析揭示了甲状腺功能减退与肝硬化之间的因果关系及潜在分子机制 | 首次揭示甲状腺功能减退与肝硬化之间的因果关系,发现HLA-DQA1和CD27作为潜在治疗靶点,并鉴定甘草酸和左甲状腺素钠为候选药物 | 研究基于回顾性数据,需要进一步实验验证分子机制 | 探讨甲状腺功能减退在肝硬化发病机制中的作用 | 肝硬化患者和甲状腺功能减退患者 | 多组学整合分析 | 肝硬化 | 连锁不平衡评分回归,双向孟德尔随机化,转录组关联研究,加权基因共表达网络分析,单细胞RNA测序,分子对接 | 孟德尔随机化模型,基因共表达网络模型 | 临床数据,基因组数据,转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 来自重症监护医学信息集市数据库的纵向数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 133 | 2025-11-14 |
Osteoarthritis year in review 2025: Genetics, genomics, and epigenetics
2025-Nov, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2025.08.004
PMID:40848985
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综述 | 本文回顾了2024-2025年间骨关节炎在遗传学、基因组学和表观遗传学领域的研究进展 | 整合了迄今最大规模的骨关节炎遗传学研究,并融合了染色质可及性图谱、单细胞RNA测序和空间转录组学等多种方法 | 仅关注顶级风湿病学期刊的出版物,可能遗漏其他重要研究 | 总结骨关节炎在遗传学、基因组学和表观遗传学领域的最新研究进展 | 骨关节炎相关研究文献 | 基因组学 | 骨关节炎 | 文献检索与综述 | NA | 文献数据 | 从2240篇文献中筛选出42篇进行重点讨论 | NA | 染色质可及性图谱,单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 134 | 2025-11-14 |
Multi-modal spatial characterization of tumor immune microenvironments identifies targetable inflammatory niches in diffuse large B cell lymphoma
2025-Nov, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02353-5
PMID:41120574
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研究论文 | 本研究通过多模态空间技术分析弥漫性大B细胞淋巴瘤的肿瘤免疫微环境,识别出七个不同的细胞生态位 | 首次结合空间转录组学、蛋白质组学和基因组分析,系统描绘DLBCL肿瘤免疫微环境的细胞生态位结构 | 样本量相对有限(78个肿瘤),且主要关注DLBCL特定亚型 | 揭示弥漫性大B细胞淋巴瘤肿瘤免疫微环境的细胞组成和空间组织结构 | 78个弥漫性大B细胞淋巴瘤肿瘤样本 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 基因组分析 | NA | 空间转录组数据, 蛋白质组数据, 基因组数据 | 78个DLBCL肿瘤样本 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 135 | 2025-11-14 |
Integrated Multiomics Analysis and Mendelian Randomization Identify SIRT1 as a Pivotal Aging-Associated Gene in Meningioma
2025-Nov, IUBMB life
IF:3.7Q2
DOI:10.1002/iub.70072
PMID:41208649
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析和孟德尔随机化方法,揭示了SIRT1作为脑膜瘤中与衰老相关的关键基因 | 首次将衰老相关基因与脑膜瘤发病机制联系起来,并通过多种算法和单细胞RNA测序验证了SIRT1的关键作用 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据集,需要进一步实验验证 | 探索脑膜瘤中与衰老相关的分子机制 | 脑膜瘤组织和健康组织 | 生物信息学 | 脑膜瘤 | 转录组测序,单细胞RNA测序,qRT-PCR,Western blot | LASSO,SVM,MCODE,ssGSEA | 基因表达数据,单细胞数据 | 多个GEO数据集(GSE43290,GSE54934,GSE77259,GSE183655) | NA | 单细胞RNA-seq,转录组测序 | NA | NA |
| 136 | 2025-11-14 |
Img2ST-Net: efficient high-resolution spatial omics prediction from whole-slide histology images via fully convolutional image-to-image learning
2025-Nov, Journal of medical imaging (Bellingham, Wash.)
DOI:10.1117/1.JMI.12.6.061410
PMID:41210922
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研究论文 | 提出Img2ST-Net框架,通过全卷积图像到图像学习从全切片组织学图像高效预测高分辨率空间转录组数据 | 将高分辨率空间转录组数据建模为超像素表示,将任务重新定义为具有数百或数千个输出通道的超内容图像生成问题,并引入专门针对高分辨率ST分析的SSIM-ST评估指标 | NA | 开发能够从常规组织学图像高效预测高分辨率空间转录组数据的计算方法 | 乳腺癌和结直肠癌数据集 | 计算机视觉 | 乳腺癌,结直肠癌 | 空间转录组学 | 全卷积网络 | 图像 | 两个公共Visium HD数据集 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | 8μm和16μm分辨率的Visium HD平台 |
| 137 | 2025-11-14 |
A machine learning framework using urinary biomarkers for pancreatic ductal adenocarcinoma prediction with post hoc validation via single-cell transcriptomics
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf583
PMID:41212589
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研究论文 | 开发基于尿液生物标志物和人口统计学数据的机器学习框架用于胰腺导管腺癌预测,并通过单细胞转录组学进行验证 | 首次结合尿液生物标志物与人口统计学数据构建PDAC预测模型,并利用单细胞RNA测序验证生物标志物的表达特征 | 需要不同数据集验证框架的普适性,尚未整合其他组学数据 | 开发早期准确诊断胰腺导管腺癌的预测工具 | 胰腺导管腺癌患者尿液生物标志物和人口统计学数据 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 机器学习, 深度学习 | 深度学习, 机器学习 | 基因表达数据, 人口统计学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 138 | 2025-11-14 |
ProjectSVR: mapping single-cell RNA-seq data to reference atlases by supported vector regression
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf586
PMID:41212590
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研究论文 | 提出基于支持向量回归的单细胞RNA测序数据参考图谱映射方法ProjectSVR | 将参考图谱映射重新定义为多目标回归任务,采用集成支持向量回归方法实现平台无关和集成独立的映射 | 需要依赖构建良好的参考图谱,在参考图谱质量不佳时可能影响映射效果 | 开发单细胞RNA测序数据到参考图谱的映射方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 支持向量回归(SVR) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 139 | 2025-11-14 |
Injury-induced connexin 43 expression regulates endothelial wound healing
2025-Nov-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00153.2025
PMID:41060772
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研究论文 | 本研究探讨了连接蛋白43在血管内皮细胞损伤修复中的调控作用 | 首次证明机械性损伤会诱导大动脉内皮细胞表达连接蛋白43,并揭示其通过调控细胞迁移和增殖促进伤口愈合的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 阐明连接蛋白43在内皮细胞损伤修复中的分子机制 | 小鼠颈动脉内皮细胞 | 分子生物学 | 血管疾病 | RNA-seq,单细胞RNA-seq,基因敲除,点突变 | 基因敲除小鼠模型,点突变小鼠模型 | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 10,829个细胞(来自野生型和Cx43敲除小鼠颈动脉) | NA | RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 140 | 2025-11-14 |
Curcumin-chitosan microspheres inhibit epithelial cell PANoptosis: analysis of key PANoptosis gene distribution via single-cell RNA sequencing and in vivo validation in ulcerative colitis mice
2025-Nov, General physiology and biophysics
IF:1.3Q4
DOI:10.4149/gpb_2025030
PMID:41217223
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和体内实验验证姜黄素-壳聚糖微球通过抑制上皮细胞PANoptosis改善溃疡性结肠炎 | 首次揭示姜黄素-壳聚糖微球通过调节肠上皮细胞PANoptosis缓解溃疡性结肠炎的机制 | 研究主要基于小鼠模型和Caco-2细胞系,需要进一步人体试验验证 | 探究姜黄素-壳聚糖微球对溃疡性结肠炎的治疗作用机制 | 溃疡性结肠炎小鼠模型和Caco-2人结肠癌细胞系 | 单细胞测序分析 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型和Caco-2细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |