单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-05-15	Increased melanin induces aberrant keratinocyte - melanocyte - basal - fibroblast cell communication and fibrogenesis by inducing iron overload and ferroptosis resistance in keloids 2025-Mar-18, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02116-z PMID:40102920	research paper	本研究探讨了黑色素在促进瘢痕疙瘩纤维化中的作用及其机制，并评估了干预黑色素在治疗瘢痕疙瘩中的潜在治疗效果	揭示了黑色素通过诱导铁过载和抗铁死亡促进成纤维细胞纤维化的新机制，并提出了降低黑色素作为瘢痕疙瘩治疗新靶点的策略	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	研究黑色素在瘢痕疙瘩纤维化中的作用及其分子机制	瘢痕疙瘩患者的黑色素细胞、成纤维细胞和皮肤组织	皮肤病理学	瘢痕疙瘩	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、Masson-Fontana染色、批量测序(bulk-seq)、Perl's染色	NA	RNA测序数据、染色图像、细胞活性数据	瘢痕疙瘩患者的原代成纤维细胞和皮肤组织，以及人源瘢痕疙瘩裸鼠模型
122	2025-05-15	Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics reveal the heterogeneity and intercellular communication of cancer-associated fibroblasts in gastric cancer 2025-Mar-18, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06376-8 PMID:40102930	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了胃癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性和细胞间通讯	首次全面描述了胃癌中CAFs的异质性，并揭示了CAFs与恶性上皮细胞之间的复杂细胞间通讯网络	样本量相对较小（24例胃癌样本），可能限制结果的普遍性	深入了解胃癌肿瘤微环境中CAFs的特征和功能，为开发新的治疗策略提供依据	胃癌组织中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和恶性上皮细胞（ECs）	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序，空间转录组学，多色免疫组化	CellChat（细胞间通讯分析工具），Seurat（单细胞数据分析工具）	单细胞测序数据，空间转录组数据，免疫组化图像数据	24例胃癌样本
123	2025-05-15	Immune-featured stromal niches associate with response to neoadjuvant immunotherapy in oral squamous cell carcinoma 2025-Mar-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102024 PMID:40107247	research paper	该研究通过单细胞测序和空间转录组学分析了22名口腔鳞状细胞癌患者的肿瘤样本，探讨了肿瘤基质细胞在肿瘤微环境中的作用及其与免疫治疗反应的关系	揭示了免疫化疗响应者中SELP高内皮小静脉和APOD肌纤维母细胞性癌症相关成纤维细胞的显著上调，以及STMN1毛细血管内皮细胞的下降，这些变化在免疫化疗组中具有特异性	样本量较小，仅包括22名患者，可能影响结果的普遍性	探讨肿瘤基质细胞在肿瘤微环境中的作用及其与免疫治疗反应的关系	口腔鳞状细胞癌患者的肿瘤样本	digital pathology	oral squamous cell carcinoma	single-cell sequencing, spatial transcriptomics	NA	genomic data, spatial transcriptomic data	22名口腔鳞状细胞癌患者的肿瘤样本
124	2025-05-15	BET inhibitor in combination with BCG vaccine enhances antitumor efficacy and orchestrates T cell reprogramming for melanoma 2025-Mar-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.101995 PMID:40107246	研究论文	该研究探讨了BET抑制剂NHWD-870与BCG疫苗联合治疗黑色素瘤的效果及其对T细胞重编程的影响	首次展示了NHWD-870与BCG疫苗联合使用在黑色素瘤治疗中的协同效应，并揭示了其对T细胞免疫激活状态的重编程作用	研究主要基于小鼠模型和PDX模型，临床转化效果尚需进一步验证	开发更有效的黑色素瘤免疫治疗策略	黑色素瘤	肿瘤免疫治疗	黑色素瘤	单细胞转录组分析、PDX模型	人源化PDX小鼠模型	转录组数据	未明确说明具体样本数量，使用了人源化荷瘤小鼠模型
125	2025-05-15	Single-cell sequencing analysis reveals the essential role of the m 6A reader YTHDF1 in retinal visual function by regulating TULP1 and DHX38 translation 2025-Mar-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.399 PMID:40116022	研究论文	本研究通过单细胞测序分析揭示了m6A阅读器YTHDF1通过调控TULP1和DHX38翻译在视网膜视觉功能中的关键作用	首次揭示了YTHDF1在成熟视网膜功能维持中的新角色，并发现其通过识别m6A修饰的TULP1和DHX38 mRNA增强翻译效率的新调控机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类视网膜中验证	探究m6A阅读器YTHDF1在视网膜功能维持中的作用机制	小鼠视网膜细胞	分子生物学	视网膜变性	单细胞RNA测序、甲基化RNA免疫沉淀测序(MeRIP-seq)、RIP测序	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量
126	2025-05-15	Integrated single-cell transcriptomic map of pig kidney cells across various periods and anatomical sites 2025-Mar-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.335 PMID:40116025	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对猪肾脏在不同生理时期和不同解剖部位的细胞进行了转录组分析，鉴定出29种细胞类型，并揭示了近端小管细胞、厚升支细胞和肾脏驻留巨噬细胞的功能异质性	首次构建了猪肾脏在不同生理时期和不同解剖部位的单细胞转录组图谱，揭示了近端小管细胞代谢相关转录因子的高表达，以及厚升支细胞和肾脏驻留巨噬细胞的功能异质性	研究仅基于12个猪肾脏样本，样本量相对较小，且未探讨不同生理状态下细胞功能变化的分子机制	构建猪肾脏的单细胞转录组图谱，研究不同生理时期和解剖部位的细胞异质性	猪肾脏细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	12个猪肾脏样本，共138,469个细胞
127	2025-05-15	Targeting HIF-2α in glioblastoma reshapes the immune infiltrate and enhances response to immune checkpoint blockade 2025-Mar-17, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05642-8 PMID:40095115	研究论文	该研究探讨了在胶质母细胞瘤中靶向HIF-2α如何重塑免疫浸润并增强对免疫检查点阻断的反应	研究发现HIF-2α抑制剂PT2385能够改变肿瘤微环境的免疫抑制状态，并与免疫检查点阻断疗法协同作用，显著提高生存率	研究仅在免疫活性GL261小鼠胶质母细胞瘤模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索HIF-2α在胶质母细胞瘤免疫抑制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	胶质母细胞瘤及其肿瘤微环境中的免疫细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术	GL261小鼠胶质母细胞瘤模型	基因表达数据、细胞表型数据	免疫活性GL261小鼠模型
128	2025-05-15	Transcriptional heterogeneity shapes stress-adaptive responses in yeast 2025-Mar-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57911-6 PMID:40097446	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了酵母在渗透适应过程中的转录动态，揭示了转录异质性在应激适应性反应中的作用	揭示了渗透应激诱导的转录组异质性的分子机制及其对细胞适应性决策的影响，并通过300多个RNA条形码缺失突变体的转录分析，确定了影响转录异质性的遗传因素	研究仅针对酵母的渗透应激反应，可能不适用于其他生物或应激类型	探究酵母在应激条件下的转录异质性及其对细胞适应性反应的影响	酵母细胞	分子生物学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	300多个RNA条形码缺失突变体
129	2025-05-15	Unraveling shared diagnostic genes and cellular microenvironmental changes in endometriosis and recurrent implantation failure through multi-omics analysis 2025-Mar-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-93146-7 PMID:40097519	研究论文	通过多组学分析揭示子宫内膜异位症和复发性植入失败共有的诊断基因及细胞微环境变化	首次整合转录组和单细胞测序数据，识别出PDIA4和PGBD5作为两种疾病的共有诊断生物标志物，并构建了临床预测模型	需要在更大规模的队列中验证这些发现，并探索其治疗潜力	探索子宫内膜异位症和复发性植入失败的共有分子机制和诊断标志物	子宫内膜异位症(EMs)和复发性植入失败(RIF)患者	生殖医学	子宫内膜异位症, 复发性植入失败	转录组测序, 单细胞测序, WGCNA, 机器学习	Random Forest (RF), XGBoost	基因表达数据	来自GEO数据库的转录组和单细胞测序数据
130	2025-05-15	Exploring mitochondrial and ferroptotic mechanisms for systemic lupus erythematosus biomarker identification and therapy 2025-Mar-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-93872-y PMID:40097571	研究论文	本研究通过分析系统性红斑狼疮(SLE)的单细胞RNA测序数据，探索了线粒体和铁死亡相关机制，并开发了一个高预测准确性的诊断模型	利用单细胞RNA测序数据识别了SLE中的关键细胞类型和基因，开发了预测诊断模型，并提出了潜在的治疗药物	研究依赖于公开数据库的数据，未进行实验验证	探索系统性红斑狼疮的分子机制并开发治疗策略	系统性红斑狼疮患者	生物信息学	系统性红斑狼疮	scRNA-seq, hdWGNCA, 机器学习算法	预测诊断模型	基因表达数据	来自GEO数据库的微阵列数据集
131	2025-05-15	Neutrophil extracellular trap-derived double-stranded RNA aggravates PANoptosis in renal ischemia reperfusion injury 2025-Mar-17, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02145-8 PMID:40098148	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）衍生的双链RNA（dsRNA）如何通过TLR3感知加剧肾缺血再灌注损伤（IRI）中的PANoptosis	首次揭示了NETs通过dsRNA-TLR3轴加剧肾IRI中近端肾小管上皮细胞（PTs）的PANoptosis的机制	研究主要基于小鼠模型，人类肾IRI中的相关性尚需进一步验证	阐明NETs在肾IRI中促进PANoptosis的具体分子机制	肾缺血再灌注损伤模型小鼠的近端肾小管上皮细胞	分子病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	PAD4基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量，但涉及野生型和PAD4敲除小鼠的对比研究
132	2025-05-15	Metabolic state uncovers prognosis insights of esophageal squamous cell carcinoma patients 2025-Mar-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06087-0 PMID:40098145	研究论文	该研究首次通过整合代谢物-蛋白质相互作用网络和多尺度转录组数据，全面绘制了食管鳞状细胞癌微环境的代谢图谱	首次全面绘制ESCC微环境的代谢图谱，识别了16种代谢状态和4种ESCC亚型，并揭示了代谢异质性与预后的关联	样本量相对有限（64个单细胞样本和两个独立队列共198个样本），且未进行功能验证实验	探索食管鳞状细胞癌微环境中的代谢状态及其与预后的关系	食管鳞状细胞癌患者及其肿瘤微环境中的细胞	癌症代谢组学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、多尺度转录组分析	NA	转录组数据	64个ESCC样本中的208,659个细胞，以及两个独立队列（n=79和119）
133	2025-05-15	Exploring and mitigating shortcomings in single-cell differential expression analysis with a new statistical paradigm 2025-Mar-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03525-6 PMID:40098192	研究论文	本文提出了一种新的统计框架GLIMES，用于解决单细胞差异表达分析中的主要挑战，并通过案例研究和模拟验证其性能	GLIMES框架利用UMI计数和零比例，在广义泊松/二项混合效应模型中考虑批次效应和样本内变异，提高了差异表达基因检测的准确性和生物解释性	NA	解决单细胞差异表达分析中的主要挑战，提高基因检测的准确性和生物解释性	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	广义泊松/二项混合效应模型	RNA表达数据	三个案例研究和多种实验场景的模拟数据
134	2025-05-15	Genetic insights into idiopathic pulmonary fibrosis: a multi-omics approach to identify potential therapeutic targets 2025-Mar-16, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06368-8 PMID:40091050	research paper	通过多组学方法识别特发性肺纤维化的潜在治疗靶点	整合基因组和转录组数据，采用TWAS、MR、RNA-seq共表达分析和分子对接等多种方法，识别出6个关键基因作为IPF的潜在药物靶点	研究依赖于GWAS和RNA-seq数据的可用性，未进行实验验证	识别特发性肺纤维化的潜在治疗靶点并评估其安全性	特发性肺纤维化(IPF)相关基因	基因组学	肺纤维化	TWAS, MR, RNA-seq, 分子对接	NA	基因组和转录组数据	发现数据集中的696个基因和复制数据集中的986个基因，其中126个重叠基因
135	2025-05-15	Single-cell transcriptomic analysis reveals dynamic changes in the liver microenvironment during colorectal cancer metastatic progression 2025-Mar-16, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06351-3 PMID:40091048	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示结直肠癌转移过程中肝脏微环境的动态变化	发现了一种高表达Prok2的中性粒细胞亚群，在转移前和转移后的肝脏中均有增加，并与不良预后相关	研究基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究结直肠癌转移过程中肝脏微环境的变化	结直肠癌转移过程中的肝脏微环境	单细胞转录组学	结直肠癌	单细胞测序	NA	转录组数据	小鼠模型及部分人类样本
136	2025-05-15	Single-cell and chromatin accessibility profiling reveals regulatory programs of pathogenic Th2 cells in allergic asthma 2025-Mar-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57590-3 PMID:40089475	研究论文	通过单细胞RNA测序和染色质可及性分析，揭示了过敏性哮喘中致病性Th2细胞的调控程序	发现了肺致病性Th2细胞的两个高度促炎亚群，并确定了TSLP和TNFRSF成员在体外生成pTh2细胞中的重要作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究过敏性哮喘中致病性Th2细胞的异质性和表观遗传调控机制	小鼠模型中的肺致病性Th2细胞	免疫学	过敏性哮喘	单细胞RNA测序、染色质可及性分析	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	NA
137	2025-05-15	Novel immune drug combination induces tumour microenvironment remodelling and reduces the dosage of anti-PD-1 antibody 2025-Mar-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-87344-6 PMID:40089538	research paper	该研究探讨了一种新型免疫药物组合（Comb）如何通过重塑肿瘤微环境（TME）来增强低剂量抗PD-1抗体（RD-αPD-1 mAb）的治疗效果	提出了一种结合两种佐剂和三种新抗原肽的免疫药物组合（Comb），能够有效增强低剂量抗PD-1抗体的治疗效果，并通过调节TME实现抗肿瘤效果	研究仅在MC38细胞系的小鼠结肠癌模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索减少抗PD-1抗体剂量同时保持治疗效果的新策略	小鼠结肠癌模型（MC38细胞系）	肿瘤免疫治疗	结肠癌	流式细胞术、单细胞RNA测序、单细胞T细胞受体库分析	NA	单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据	小鼠模型
138	2025-05-15	LINC02363: a potential biomarker for early diagnosis and treatment of sepsis 2025-Mar-15, BMC immunology IF:2.9Q3 DOI:10.1186/s12865-025-00702-x PMID:40089725	研究论文	本研究通过转录组数据分析，识别出与脓毒症相关的关键基因LINC02363，并验证其作为脓毒症诊断和治疗新生物标志物的潜力	首次发现LINC02363作为脓毒症潜在生物标志物，并通过单细胞测序和qPCR验证其表达模式	研究样本来源于单一数据库(CNGBdb)，未进行多中心验证	寻找脓毒症诊断和治疗的新型生物标志物	脓毒症患者转录组数据	生物信息学	脓毒症	转录组测序、WGCNA、GSEA、单细胞测序、qPCR	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量（来自CNGBdb数据库）
139	2025-05-15	Functional and molecular single-cell analyses implicate PRDM14 in the initiation of B cell leukemia in mice 2025-Mar-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-93043-z PMID:40087379	研究论文	该研究通过单细胞功能与分子分析，揭示了PRDM14在小鼠B细胞白血病起始中的作用	发现了PRDM14通过混杂DNA结合激活致癌通路并促使发育偏向自我更新的B-1样表型的新机制	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究PRDM14在B细胞白血病起始中的分子机制	表达Prdm14的造血祖细胞及其引发的B细胞白血病	分子生物学	白血病	质谱流式细胞技术(CyTOF)、单细胞RNA测序	小鼠T淋巴细胞白血病/淋巴瘤模型	单细胞RNA测序数据、质谱流式细胞数据	未明确样本数量，使用小鼠骨髓样本
140	2025-05-15	Macrophage-derived SPP1 exacerbate myocardial injury by interacting with fibroblasts in viral myocarditis 2025-Mar-14, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00621-2 PMID:40087693	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和体外共培养实验，揭示了巨噬细胞来源的SPP1在病毒性心肌炎中通过与成纤维细胞相互作用加剧心肌损伤的机制	首次发现Spp1+巨噬细胞亚群在病毒性心肌炎中的关键作用，并阐明其通过促进成纤维细胞炎症表型转化来加剧心肌损伤的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	阐明病毒性心肌炎的免疫致病机制	CVB3诱导的病毒性心肌炎小鼠模型	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序、CellPhoneDB分析、体外共培养实验	小鼠疾病模型	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量（小鼠心脏组织）