单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-10-04	ABCA4-Mutant Human Retinal Organoids Sequencing Reveals Organoids Application in Inherited Retinal Diseases 2025-Sep-30, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110677 PMID:41038369	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序验证人类视网膜类器官作为ABCA4突变引起的Stargardt病疾病模型的应用潜力	首次利用人类视网膜类器官模型研究遗传性视网膜疾病，并在早期发育阶段成功捕捉患者与对照组之间的分子差异	仅使用2例STGD患者样本，样本量较小；视网膜类器官模拟晚发性遗传性视网膜疾病特性的能力仍需进一步验证	验证人类视网膜类器官作为Stargardt病疾病模型的有效性	来自2名Stargardt病患者和健康对照的人类视网膜类器官	遗传性疾病研究	遗传性视网膜疾病/Stargardt病	单细胞RNA测序	人类视网膜类器官模型	转录组数据	2例STGD患者视网膜类器官和健康对照视网膜类器官，在两个发育阶段进行比较
122	2025-10-04	scRNA-seq of Penaeus japonicus hemocytes under environmentally-induced restriction of sand-diving behavior 2025-Sep-30, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111125 PMID:41038398	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析日本对虾在沙潜行为受限条件下的血细胞分子响应机制	首次在甲壳动物中应用单细胞转录组技术研究环境行为限制的分子响应，鉴定出与沙潜行为调控相关的关键细胞亚群和候选基因	鉴定出的关键候选基因（如trpa1、trpm和cut蛋白家族）的具体功能需要进一步实验验证	探究日本对虾在沙潜行为受限条件下的分子应激响应机制	日本对虾的血细胞	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq、qRT-PCR、RNA原位杂交	NA	单细胞转录组数据	三个养殖系统（沙底组、无沙组、无沙应激组）的日本对虾血细胞样本
123	2025-10-04	ScASplicer: An interactive shiny/R application for alternative splicing analysis of single-cell sequencing 2025-Sep-30, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111116 PMID:41038402	研究论文	开发了一个名为ScASplicer的交互式Shiny/R应用程序，用于单细胞测序的可变剪接分析	改进了MARVEL工具的可用性和功能，开发了Python包简化输入文件生成，并创建了支持多细胞群体分析的Shiny/R包	NA	开发用户友好的单细胞RNA测序可变剪接分析工具	单细胞RNA测序数据中的可变剪接事件	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	NA
124	2025-10-04	GM-CSF-dependent CD301b+ mouse lung dendritic cells confer tolerance to inhaled allergens 2025-Sep-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63547-3 PMID:41022687	研究论文	本研究识别了小鼠肺组织中具有Treg诱导能力的CD301b+ cDC2s树突细胞亚群，并揭示了GM-CSF在维持该细胞群和免疫耐受中的作用	首次发现肺组织中CD301b+ cDC2s亚群具有强大的Treg诱导能力，并揭示了其在过敏反应中向促Th2分化的CD200+ cDC2s的逐步转化过程	研究主要基于小鼠模型，人类肺组织中的类似机制尚未验证	探究特定树突细胞亚群在过敏性哮喘免疫耐受中的作用机制	小鼠肺组织树突细胞亚群、Treg细胞、Th2细胞	免疫学	过敏性哮喘	单细胞RNA测序、细胞过继转移实验	NA	基因表达数据、细胞功能数据	小鼠模型（具体数量未在摘要中说明）
125	2025-10-03	Brain-cervical lymph node crosstalk contributes to brain injury induced by subarachnoid hemorrhage in mice 2025-Sep-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63544-6 PMID:41022690	研究论文	本研究揭示颈淋巴结通过淋巴内皮细胞吞噬外渗红细胞并分泌组织蛋白酶S加剧蛛网膜下腔出血后脑损伤的新机制	首次发现颈淋巴结中淋巴内皮细胞通过吞噬红细胞并上调组织蛋白酶S表达促进神经炎症的机制	研究仅限于小鼠模型，临床相关性尚需验证	探究颈淋巴结在蛛网膜下腔出血所致脑损伤中的具体作用机制	小鼠蛛网膜下腔出血模型	神经科学	脑血管疾病	单细胞RNA测序、转基因小鼠模型	动物疾病模型	基因表达数据、行为学数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
126	2025-10-04	mcRigor: a statistical method to enhance the rigor of metacell partitioning in single-cell data analysis 2025-Sep-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63626-5 PMID:41022768	研究论文	提出一种名为mcRigor的统计方法，用于检测单细胞数据分析中由异质细胞组成的可疑元细胞并优化元细胞分区方法的超参数	开发了基于特征相关性的统计量来测量元细胞的异质性，并采用双重置换方案推导其零分布，首次提供了对元细胞同质性假设的统计检验	NA	提高单细胞数据分析中元细胞分区的严谨性和可靠性	单细胞RNA-seq和多组学(RNA+ATAC)数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq，多组学分析	统计方法	基因表达数据，表观基因组数据	NA
127	2025-10-04	The pericardium forms as a distinct structure during heart formation 2025-Sep-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63599-5 PMID:41022776	研究论文	本研究揭示了心包膜起源于侧板中胚层中的特定间皮祖细胞，这一过程独立于经典心区	首次发现心包膜由侧板中胚层中的特定间皮祖细胞独立发育形成，而非传统认为的心区来源	主要基于斑马鱼和哺乳动物模型，人类发育过程的直接证据有限	解析心包膜的发育起源和形成机制	斑马鱼胚胎、哺乳动物模型、新生儿大鼠	发育生物学	小儿扩张型心肌病	单细胞转录组测序、光片成像、机器学习细胞追踪、转基因报告系统	机器学习支持的细胞追踪	图像、转录组数据	斑马鱼胚胎模型、哺乳动物比较数据、新生儿大鼠病理模型
128	2025-10-04	Dynamic cell fate plasticity and tissue reintegration drive functional adult synovial joint regeneration after complete resection 2025-Sep-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63596-8 PMID:41022785	研究论文	本研究通过建立成年斑马鱼全关节切除模型，揭示了成年哺乳动物滑膜关节的功能性再生机制	首次发现成年脊椎动物骨骼中存在的多能神经嵴衍生细胞群体能够驱动完整滑膜关节的功能性再生	研究基于斑马鱼模型，在哺乳动物中的适用性仍需验证	探索刺激天然滑膜关节组织再生的分子和细胞机制	成年斑马鱼的滑膜关节组织	组织再生生物学	关节疾病	microCT、组织学分析、活体成像、单细胞RNA测序(scRNAseq)、克隆谱系追踪	NA	影像数据、基因表达数据、组织学数据	成年斑马鱼全关节切除模型
129	2025-10-04	Neuron-reactive KIR+CD8+ T cells display an encephalitogenic transcriptional program in autoimmune encephalitis 2025-Sep-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63573-1 PMID:41022795	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术识别了自身免疫性脑炎中具有神经元反应性的KIR+CD8+ T细胞，并揭示了其致病机制	首次在抗Ri脑炎患者中鉴定出神经元反应性KIR+CD8+ T细胞，并发现其具有脑炎致病性转录特征	样本量较小（7名患者和3名对照），且仅在一名患者脑部病变中验证了TOX表达	探究自身免疫性脑炎中神经元反应性CD8 T细胞的特性及其致病机制	健康供体、抗Ri脑炎患者及其CD8 T细胞	免疫学	自身免疫性脑炎	单细胞RNA测序、人类诱导多能干细胞分化神经元	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	6名健康供体、7名抗Ri脑炎患者、3名年龄匹配对照
130	2025-10-04	Contractile fibroblasts form a transient niche for the branching mammary epithelium 2025-Sep-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63612-x PMID:41022819	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和功能实验揭示了青春期小鼠乳腺中特化的收缩性成纤维细胞亚群在乳腺上皮分支形态发生中的关键作用	首次发现并表征了定位在生长乳腺上皮尖端的瞬时收缩性成纤维细胞亚群，揭示了其从前脂肪细胞招募的谱系历史	研究主要聚焦于小鼠青春期乳腺发育阶段，人类乳腺或其他发育阶段的适用性仍需验证	探索乳腺成纤维细胞亚型的功能特性和谱系关系及其在器官发育中的作用	青春期小鼠乳腺成纤维细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、空间定位、功能实验、体内谱系追踪、类器官-成纤维细胞共培养	NA	基因表达数据、空间定位数据、功能实验数据	青春期小鼠乳腺组织样本
131	2025-10-04	BLVRA promotes glioblastoma progression by regulating fatty acid metabolism 2025-Sep-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-19026-2 PMID:41023045	研究论文	本研究首次确立BLVRA作为胶质母细胞瘤脂肪酸代谢的关键调控因子，揭示其在维持代谢稳态和支持肿瘤生长中的双重作用	首次发现BLVRA是胶质母细胞瘤的新型代谢驱动因子和预后生物标志物，揭示了其在脂肪酸代谢调控中的关键作用	NA	探究胶质母细胞瘤中脂肪酸代谢的调控机制及其与肿瘤进展的关系	胶质母细胞瘤组织和细胞系	生物医学研究	胶质母细胞瘤	RNA测序（包括bulk和单细胞）、机器学习算法、体外功能验证实验	十种机器学习算法构建的脂肪酸代谢相关基因预后指数(FAMRGPI)	基因表达数据、单细胞转录组数据、实验数据	NA
132	2025-10-04	Integrated multi omics and machine learning reveal mitochondrial immunometabolic networks in sepsis associated encephalopathy 2025-Sep-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-18650-2 PMID:41023055	研究论文	通过整合多组学数据和机器学习方法，揭示脓毒症相关脑病中线粒体免疫代谢网络的作用机制	首次整合多转录组和单细胞测序数据系统分析SAE中线粒体相关差异表达基因，并利用机器学习鉴定出三个核心生物标志物	NA	探究脓毒症相关脑病的发病机制，特别关注线粒体损伤和线粒体DNA释放的作用	脓毒症相关脑病患者脑组织	机器学习	脓毒症相关脑病	多组学分析、单细胞测序、机器学习算法	机器学习算法	转录组数据、单细胞测序数据	NA
133	2025-10-04	Identification of biomarkers and mechanisms associated with palmitoylation in acute kidney injury using transcriptome and single cell data 2025-Sep-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-19191-4 PMID:41023305	研究论文	本研究通过转录组和单细胞数据分析鉴定与急性肾损伤中棕榈酰化相关的生物标志物LIMD1和MBD2，并探索其生物学机制	首次结合转录组和单细胞测序技术系统研究棕榈酰化相关基因在急性肾损伤中的作用机制，发现LIMD1和MBD2作为新型生物标志物	研究基于公共数据库数据，需要进一步实验验证	识别急性肾损伤中与棕榈酰化相关的生物标志物并探索其生物学机制	急性肾损伤患者样本和相关的基因表达数据	生物信息学	急性肾损伤	转录组测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RT-qPCR、Western blotting	机器学习、ROC分析、PPI网络分析、WGCNA	基因表达数据、单细胞数据	三个数据集(GSE139061、GSE30718、GSE174220)的样本
134	2025-10-04	Benchmarking multi-slice integration and downstream applications in spatial transcriptomics data analysis 2025-Sep-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03796-z PMID:41024097	研究论文	本研究提出了一个全面的基准测试框架，用于评估12种空间转录组学多切片整合方法在四个关键任务上的性能	首次系统性地评估多切片整合方法，建立了从上游到下游的完整分析流程基准测试框架	方法性能高度依赖于应用场景、数据集大小和技术平台，存在数据依赖性	评估空间转录组学中多切片整合方法的性能及其对下游分析任务的影响	12种多切片整合方法和19个多样化数据集	空间转录组学	NA	空间转录组学技术	NA	基因表达数据和空间位置数据	19个多样化数据集
135	2025-10-04	Microglia networks within the tapestry of alzheimer's disease through spatial transcriptomics 2025-Sep-29, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-025-00897-y PMID:41024223	综述	通过空间转录组学技术探讨阿尔茨海默病中小胶质细胞网络的动态变化及其与微环境的相互作用	整合成像和测序为基础的空间转录组学方法，揭示小胶质细胞在淀粉样斑块微环境中的区域异质性和功能多样性	NA	阐明阿尔茨海默病发病机制中的细胞间相互作用	小胶质细胞、星形胶质细胞、神经元、少突胶质细胞在阿尔茨海默病中的空间分布和相互作用	空间转录组学	阿尔茨海默病	空间转录组学（成像和测序方法）	NA	基因表达空间数据	AD小鼠模型和生理特征明确的人类脑组织
136	2025-10-04	NOTCH gene pattern predicts prognosis, immune infiltration, and drug response in Head and Neck squamous cell carcinoma 2025-Sep-27, Journal of stomatology, oral and maxillofacial surgery DOI:10.1016/j.jormas.2025.102582 PMID:41022354	研究论文	本研究基于NOTCH相关基因构建了头颈鳞状细胞癌的预后风险模型，并评估其与免疫浸润和药物反应的关系	首次构建基于NOTCH相关基因的预后风险评分模型，并系统分析其与肿瘤微环境免疫状态和治疗反应的相关性	研究结果需要在更大规模的前瞻性队列中进一步验证	开发头颈鳞状细胞癌的预后预测模型并探索其临床应用价值	头颈鳞状细胞癌患者	生物信息学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、免疫组织化学、LASSO回归、ROC分析	预后风险模型	基因表达数据、临床数据	头颈鳞状细胞癌患者队列（训练集和验证集）
137	2025-10-04	A Multi-Layered Atlas of Spatial Regulatory Programs and Therapeutic Vulnerabilities in Glioblastoma 2025-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.27.674707 PMID:41040398	研究论文	本研究构建了一个多层次的胶质母细胞瘤空间调控图谱，揭示了转录调控程序与治疗脆弱性之间的联系	开发了整合转录因子和通路活性推断与配体/受体及药物靶点映射的多层次框架，首次构建了系统水平的GBM空间调控图谱	研究基于26个肿瘤样本，样本规模相对有限	解析胶质母细胞瘤空间异质性背后的调控逻辑，并识别针对特定空间区域的治疗脆弱性	26个胶质母细胞瘤肿瘤样本	空间转录组学	胶质母细胞瘤	空间转录组学	STAN和SPAN分析框架	空间转录组数据	26个胶质母细胞瘤肿瘤
138	2025-10-04	Decoding Gujin Luyan Xuming decoction: How ancient wisdom meets modern science in promoting angiogenesis to ameliorate cerebral infarction 2025-Sep-26, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jep.2025.120652 PMID:41016542	研究论文	本研究解析古今录验续命汤通过RAB11A调控Wnt5a/β-catenin信号通路促进脑梗死后血管生成的分子机制	首次系统阐明古今录验续命汤通过RAB11A调控Wnt5a/β-catenin信号通路促进血管生成的分子机制	分子机制尚未完全阐明，需要进一步研究验证	阐明古今录验续命汤促进脑梗死后血管生成的分子机制	脑梗死动物模型和细胞模型	中医药研究	脑梗死	HPLC-MS/MS, RNA-seq, 单细胞测序, WGCNA, 分子对接, 分子动力学模拟	动物模型和细胞模型	基因表达数据, 蛋白质数据, 测序数据	使用RNA-seq数据集GSE137482和单细胞测序数据集GSE225948
139	2025-10-04	Super-Resolved Spatial Transcriptomics Reveals Early Changes in RNA Localization in the 5xFAD Hippocampus 2025-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.24.678295 PMID:41040317	研究论文	本研究利用超分辨空间转录组技术揭示5xFAD阿尔茨海默病模型小鼠海马区RNA定位的早期变化	首次在阿尔茨海默病病理显现前，通过超分辨空间转录组技术发现RNA空间定位异常是疾病的早期分子特征	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探索阿尔茨海默病早期阶段RNA空间定位的变化规律	4周龄5xFAD阿尔茨海默病模型小鼠和野生型小鼠的海马组织	空间转录组学	阿尔茨海默病	Expansion Sequencing (ExSeq)	NA	空间转录组数据	5xFAD和野生型小鼠海马组织样本
140	2025-10-04	Inflammatory macrophages drive smooth muscle dedifferentiation via YAP signaling in murine deep vein thrombosis 2025-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.24.678378 PMID:41040135	研究论文	本研究揭示炎症巨噬细胞通过YAP信号通路驱动平滑肌细胞去分化在深静脉血栓形成中的机制	首次发现炎症巨噬细胞通过抑制Hippo通路效应因子YAP驱动平滑肌细胞表型转换在深静脉血栓早期发病中的作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中验证	探究深静脉血栓形成中静脉平滑肌细胞表型变化的分子机制	小鼠深静脉血栓模型和原代小鼠主动脉平滑肌细胞	血管生物学	深静脉血栓	单细胞RNA测序、Western blotting、qRT-PCR、功能测定	小鼠深静脉血栓停滞模型	基因表达数据、蛋白质数据	雄性和雌性小鼠的深静脉血栓模型