单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-05-22	Schlafen4+-MDSC in Helicobacter-induced gastric metaplasia reveals role for GTPases 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1139391 PMID:37334372	研究论文	研究揭示了SLFN4在幽门螺杆菌感染胃部中的MDSCs细胞中的作用及其对GTPase通路的调控	首次发现SLFN4在MDSCs中调控GTPase通路，并揭示了其在幽门螺杆菌诱导的胃化生中的作用	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究SLFN4在幽门螺杆菌感染胃部MDSCs细胞中的身份和作用	幽门螺杆菌感染的小鼠胃部MDSCs细胞	分子生物学	胃癌	单细胞RNA测序、siRNA敲降、GTPase-Glo检测、DCF-DA荧光染色	Gli1CreERT2 x Slfn4 fl/fl小鼠模型	RNA测序数据、荧光信号数据	未感染和6个月幽门螺杆菌感染的小鼠
122	2025-05-22	Eleven grand challenges in single-cell data science 2020-02-07, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-1926-6 PMID:32033589	评论	本文概述了单细胞数据科学领域的十一大挑战，旨在推动这一新兴领域的发展	提出了单细胞数据科学中的十一大挑战，为未来研究指明了方向	未提供具体的解决方案或实验验证	推动单细胞数据科学领域的发展	单细胞数据科学的研究问题和方法	单细胞数据科学	NA	单细胞测序技术	NA	单细胞数据	NA
123	2025-05-21	Single-cell RNA sequencing-derived signatures define response patterns to atezolizumab + bevacizumab in advanced hepatocellular carcinoma 2025-Jun, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.12.016 PMID:39709141	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了晚期肝细胞癌患者对阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗的两种不同反应模式	首次利用单细胞RNA测序技术定义了晚期肝细胞癌对联合治疗的两种分子亚型（免疫能力型和血管生成驱动型）以及耐药机制	样本量相对有限（共422例），且为回顾性分析	揭示晚期肝细胞癌患者对阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗产生临床获益或耐药的细胞学机制	晚期肝细胞癌患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	422例RNA测序样本（其中317例接受阿特珠单抗+贝伐珠单抗治疗，47例接受阿特珠单抗治疗，58例接受索拉非尼治疗）
124	2025-05-21	Nanoparticles may influence mast cells gene expression profiles without affecting their degranulation function 2025-Jun, Nanomedicine : nanotechnology, biology, and medicine IF:4.7Q2 DOI:10.1016/j.nano.2025.102818 PMID:40185352	研究论文	开发并验证了一种体外监测纳米颗粒对IgE依赖性肥大细胞脱颗粒影响的方法	发现某些纳米材料对免疫细胞的影响超出功能性免疫检测的范围，特别是Abraxane和Doxil对肥大细胞基因表达谱的影响	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境的影响	评估纳米颗粒对肥大细胞脱颗粒功能和基因表达的影响	肥大细胞	免疫学	过敏性疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	七种纳米材料（四种临床级纳米药物和三种商业研究级纳米材料）
125	2025-05-21	[New technologies serve as accelerators for breakthroughs in modern acupuncture research] 2025-May-25, Zhen ci yan jiu = Acupuncture research DOI:10.13702/j.1000-0607.20250380 PMID:40390610	综述	本文系统回顾了现代针灸研究的历史，强调了技术在其发展中的推动作用，并展望了新兴技术在针灸研究中的应用前景	强调了从系统性、有机方法到细胞、分子和遗传方法的技术在现代针灸研究中的推动作用，并展望了单细胞测序、空间转录组学、神经影像学、人工智能等新兴技术的应用	未具体提及研究的局限性	回顾现代针灸研究的历史，展望新兴技术在针灸研究中的应用	针灸-艾灸的理论框架、镇痛机制、经络现象、穴位-内脏器官关联及穴位功效模式	跨学科医学-工程整合	NA	电生理学、生物化学技术、单细胞测序、空间转录组学、神经影像学、人工智能	NA	NA	NA
126	2025-05-21	Exploring Sex Differences in Type 2 Diabetes via a Male-Dominant Beta-Cell Cluster from Single-Cell Pancreatic Sequencing of Public Datasets 2025-May-19, Endocrinology and metabolism (Seoul, Korea) DOI:10.3803/EnM.2025.2297 PMID:40389209	研究论文	通过单细胞胰腺测序公共数据集，探索2型糖尿病中的性别差异，发现了一个男性主导的β细胞簇	识别了一个男性主导的β细胞簇，该簇具有独特的基因表达模式、信号通路和细胞间相互作用	研究依赖于公共数据集，可能存在批次效应或其他混杂因素	探索2型糖尿病中的性别差异及其分子机制	2型糖尿病患者的β细胞	生物信息学	2型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	来自四个公共数据集的样本
127	2025-05-21	Integrating single-cell and bulk RNA profiles to uncover glutamine metabolism's role in prognosis and immune dynamics in multiple myeloma 2025-May-19, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14239-0 PMID:40389878	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了谷氨酰胺代谢相关基因在多发性骨髓瘤预后和免疫动态中的作用	首次系统地识别了谷氨酰胺代谢相关基因在多发性骨髓瘤中的预后和治疗意义，并验证了其作为生物标志物和治疗靶点的双重潜力	研究依赖于公共多组学数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索谷氨酰胺代谢相关基因在多发性骨髓瘤中的预后价值和治疗潜力	多发性骨髓瘤患者样本和谷氨酰胺代谢相关基因	生物信息学	多发性骨髓瘤	单细胞测序, 批量转录组分析, 加权共表达网络分析, Cox比例风险模型	NA	RNA测序数据	多个独立的多发性骨髓瘤队列数据
128	2025-05-21	The gene regulatory mechanisms shaping the heterogeneity of venom production in the Cape coral snake 2025-May-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03602-w PMID:40390047	research paper	该研究通过生成高质量的开普珊瑚蛇基因组草案，结合毒腺单细胞RNA-seq数据和空间毒腺毒素分布分析，揭示了毒素调控的变异性和蛇毒腺中异质性毒素产生的分子机制	揭示了不同毒素家族由不同的细胞群体产生，且毒素表达通过调控模块进一步精细调节，导致每个细胞群体内毒素生产的进一步特化	研究结果虽然揭示了毒素调控的变异性和分子机制，但并未探讨这些发现对其他蛇类或毒液系统的普遍适用性	研究蛇毒腺中毒素调控的变异性和异质性毒素产生的分子机制	开普珊瑚蛇（Aspidelaps lubricus）及其毒腺	分子生物学	NA	单细胞RNA-seq, 空间毒腺毒素分布分析	NA	基因组数据, RNA-seq数据, 空间分布数据	NA
129	2025-05-21	Integrating single-cell with transcriptome-proteome Mendelian randomization reveals colorectal cancer targets 2025-May-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02636-7 PMID:40381082	研究论文	通过整合单细胞数据、转录组数据、蛋白质组数据和GWAS数据进行MR分析，识别出结直肠癌的潜在靶点	首次结合单细胞转录组学、转录组学、蛋白质组学和MR方法，解析结直肠癌发病机制中的细胞类型特异性驱动基因	仅基于公开数据库数据，未进行实验验证	识别结直肠癌发病机制中的关键基因	结直肠癌相关基因	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序、GWAS、eQTL/pQTL分析、孟德尔随机化(MR)	SMR分析	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	4909个差异表达基因(DEGs)
130	2025-05-21	Effects of ER-phagy regulatory genes on the microenvironment of hepatocellular carcinoma: a comprehensive analysis 2025-May-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02649-2 PMID:40381129	研究论文	本研究通过综合分析方法探讨了ER自噬调控基因对肝细胞癌微环境的影响	结合单细胞测序数据、孟德尔随机化和生物信息学分析，首次阐明了ER自噬基因与HCC微环境中免疫细胞含量的因果关系	未明确说明样本量大小，且研究结果需要进一步实验验证	阐明ER自噬调控基因在肝细胞癌微环境中的作用并构建预后模型	肝细胞癌微环境中的T细胞、树突状细胞、巨噬细胞和单核细胞	生物信息学	肝细胞癌	单细胞测序、孟德尔随机化、生物信息学分析	预后预测模型	测序数据	NA
131	2025-05-21	Neoadjuvant with low-dose radiotherapy, tislelizumab, albumin-bound paclitaxel, and cisplatin for resectable locally advanced head and neck squamous cell carcinoma: phase II single-arm trial 2025-May-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59865-1 PMID:40382318	研究论文	本研究评估了低剂量放疗联合免疫疗法和化疗在可切除局部晚期头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的疗效和安全性	首次在HNSCC中探索低剂量放疗联合PD-1抑制剂（tislelizumab）及化疗的新辅助治疗方案，并展示了较高的病理完全缓解率（pCR）	单臂试验设计，缺乏对照组，样本量较小（28例患者）	评估低剂量放疗联合免疫疗法和化疗在HNSCC新辅助治疗中的疗效和安全性	未经治疗的III-IVB期头颈部鳞状细胞癌患者	临床肿瘤学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据	28例患者（23例接受手术）
132	2025-05-21	Machine learning and single-cell analysis uncover distinctive characteristics of CD300LG within the TNBC immune microenvironment: experimental validation 2025-May-17, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01690-3 PMID:40382513	研究论文	通过机器学习和单细胞分析揭示CD300LG在三阴性乳腺癌免疫微环境中的独特特征，并进行实验验证	首次将机器学习与单细胞测序技术结合，系统性地识别并验证CD300LG作为TNBC的新型预后生物标志物及其在免疫微环境中的调控作用	研究主要基于转录组和单细胞数据，缺乏体内功能实验验证CD300LG的具体分子机制	探究CD300LG在三阴性乳腺癌肿瘤微环境中的功能及其作为治疗靶点的潜力	三阴性乳腺癌患者的转录组数据、单细胞测序数据及免疫微环境特征	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、免疫荧光染色、CIBERSORT/ssGSEA/TIDE/TCGA算法	四种未指明具体类型的机器学习算法	转录组数据、单细胞测序数据、免疫组化图像	未明确说明样本数量的TNBC患者数据集（含独立验证集）
133	2025-05-21	Mendelian randomization analysis reveals potential association between allergic rhinitis and nasopharyngeal carcinoma 2025-May-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02658-1 PMID:40382519	研究论文	通过孟德尔随机化分析等方法，研究了过敏性鼻炎与鼻咽癌之间的潜在关联，并详细分析了鼻咽癌的免疫微环境和分子机制	首次通过孟德尔随机化分析揭示过敏性鼻炎与鼻咽癌的潜在关联，并利用单细胞测序等技术鉴定了独特的B细胞亚群及其时空分布特征	研究结果需要进一步实验验证，且样本量和人群多样性可能有限	探索鼻咽癌的免疫微环境特征及其与并发症的关联	鼻咽癌患者及其免疫微环境	医学研究	鼻咽癌	孟德尔随机化分析、单细胞测序、基因表达谱分析、时空分析	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	未明确说明样本量
134	2025-05-21	BAX-mediated ammonia-driven cell death: a novel prognostic and therapeutic target in clear cell renal cell carcinoma 2025-May-17, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-025-00764-3 PMID:40382614	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析和实验验证，构建了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的氨相关特征（AS），并探讨了其在预后评估和治疗靶点中的潜在应用	首次揭示了BAX介导的氨驱动细胞死亡在ccRCC中的作用，并构建了氨相关预后模型，为克服免疫抑制和改善临床预后提供了新的治疗策略	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，需要进一步的体内实验和临床验证来确认其临床应用的可行性	探讨氨相关细胞死亡在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者样本和细胞系	癌症研究	肾细胞癌	生物信息学分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞增殖、克隆形成、迁移和侵袭实验	氨相关特征（AS）预后模型	基因表达数据、单细胞测序数据	多个独立队列，包括TCGA、PMID 35,440,542队列、E-MTAB-1980和GSE29609
135	2025-05-21	Navigating single-cell RNA-sequencing: protocols, tools, databases, and applications 2025-May-17, Genomics & informatics DOI:10.1186/s44342-025-00044-5 PMID:40382658	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的协议、工具、数据库及其应用，探讨了数据分析、解释和多组学数据整合的挑战	强调了增强单细胞水平分辨率和准确性的创新技术，并探讨了scRNA-seq在药物发现、肿瘤微环境等领域的应用	讨论了scRNA-seq在数据分析和多组学数据整合方面的复杂性挑战	优化scRNA-seq方法并理解单细胞世界及其动态	单细胞RNA测序技术及其应用	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	NA
136	2025-05-21	The greater splanchnic nerve preferentially regulates neutrophils over macrophages in a rat model of septic peritonitis 2025-May-17, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2025.05.015 PMID:40389038	research paper	本研究探讨了大内脏神经（SplancX）在大肠杆菌诱导的败血性腹膜炎大鼠模型中如何影响细菌负荷和免疫功能	首次揭示了大内脏神经通过选择性调节中性粒细胞的亚群平衡来增强免疫反应，从而显著降低细菌负荷	研究仅在大鼠模型中进行，结果是否适用于人类尚需进一步验证	阐明大内脏神经在感染过程中对免疫调节的具体作用	大肠杆菌诱导的败血性腹膜炎大鼠模型	免疫学	败血性腹膜炎	流式细胞术、单细胞RNA测序	大鼠模型	基因表达数据、蛋白质标记数据	未明确提及具体样本数量，但涉及大鼠模型
137	2025-05-21	Crosstalk between kidney and bones: New perspective for modulating osteoporosis 2025-May-17, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2025.102776 PMID:40389172	综述	本文探讨了肾脏与骨骼之间的相互作用及其在骨质疏松症中的调节作用	提出了肾脏与骨骼之间相互作用的新视角，并强调了创新方法在研究器官间相互作用中的重要性	NA	为开发更复杂且生理相关的体外模型奠定基础，并提出潜在的治疗策略	肾脏与骨骼之间的相互作用及其在骨质疏松症中的调节作用	NA	骨质疏松症	细胞共培养、器官芯片、单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
138	2025-05-21	A single-cell transcriptomic atlas of immune cells in Wilson disease identifies copper-specific immune regulation 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112450 PMID:40384935	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，构建了威尔逊病（WD）患者免疫细胞的转录组图谱，揭示了铜特异性免疫调控的机制	首次在单细胞水平上描绘了WD患者的免疫景观，并发现了铜代谢异常对免疫细胞功能和造血发育的影响，为铜凋亡在癌症治疗中的应用提供了新见解	研究仅基于外周血单个核细胞（PBMCs），未涉及其他组织或器官的免疫细胞	探究铜代谢异常对免疫调控和造血发育的影响，以及铜凋亡与免疫调控的关系	威尔逊病患者的免疫细胞	单细胞转录组学	威尔逊病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	未明确提及样本数量，研究对象为WD患者和健康对照（HDs）的外周血单个核细胞
139	2025-05-21	Overcoming myeloid-driven resistance to CAR T therapy by targeting SPP1 2025-May-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.01.646202 PMID:40236117	research paper	该研究探讨了SPP1+巨噬细胞在CAR T细胞治疗抵抗中的作用，并提出通过靶向SPP1来克服这种抵抗	首次揭示了SPP1+巨噬细胞在CAR T细胞治疗抵抗中的关键作用，并展示了抗SPP1抗体在克服抵抗中的潜力	研究主要基于胶质瘤患者和小鼠模型，结果在其他实体瘤中的普适性需要进一步验证	探索CAR T细胞治疗实体瘤抵抗的机制并寻找克服方法	胶质瘤患者和小鼠模型	肿瘤免疫治疗	胶质瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠模型	RNA测序数据	41名胶质瘤患者和小鼠模型
140	2025-05-21	Subcellular level spatial transcriptomics with PHOTON 2025-May-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59801-3 PMID:40368943	研究论文	介绍了一种名为PHOTON的方法，结合高分辨率成像和高通量测序，实现亚细胞水平空间转录组分析	PHOTON方法首次实现了在亚细胞分辨率下进行空间转录组分析，能够精确捕获目标细胞类型的转录组以及亚细胞区室内的RNA内容	NA	通过转录组学视角理解亚细胞分子动态	RNA的亚细胞定位及其功能	空间转录组学	NA	高分辨率成像, 高通量测序	NA	图像, 转录组数据	NA