单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-06-13	Spatial transcriptomics of Glomerulo-centric antibody mediated rejection in renal transplants 2025-May, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110460 PMID:39993695	研究论文	本研究利用数字空间分析技术，对一名患者在接受急性抗体介导排斥反应治疗前后的四次活检样本进行空间转录组学分析	首次在急性抗体介导排斥反应中，通过空间分辨率技术定位了肾小球中天然免疫细胞（如NK细胞和巨噬细胞）的分子特征，并揭示了HLA II类抗原转录本的上调	研究仅基于单一患者的四次活检样本，样本量有限	探索急性抗体介导排斥反应中肾小球的分子特征及足细胞功能障碍	肾移植患者的活检样本	数字病理学	肾脏疾病	数字空间分析（Digital Spatial Profiling）	NA	转录组数据	4份活检样本（来自同一患者）
122	2025-06-13	Randomized phase 2 trial of pembrolizumab alone or in combination with low dose chemotherapy for patients with non-small cell lung cancer and poor performance status 2025-May, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.lungcan.2025.108513 PMID:40203764	研究论文	比较pembrolizumab单独使用或与低剂量化疗联合治疗非小细胞肺癌且体能状态较差患者的随机2期临床试验	首次在体能状态较差的非小细胞肺癌患者中比较pembrolizumab单独使用与联合低剂量化疗的疗效	样本量较小（43例患者），且仅20例患者可评估反应	评估pembrolizumab单独或联合低剂量化疗在体能状态较差的非小细胞肺癌患者中的疗效和安全性	非小细胞肺癌且体能状态较差（ECOG PS 2）的患者	临床肿瘤学	非小细胞肺癌	流式细胞术、单细胞测序	NA	临床数据、血液样本	43例患者（20例可评估反应）
123	2025-06-13	scATD: a high-throughput and interpretable framework for single-cell cancer drug resistance prediction and biomarker identification 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf268 PMID:40501071	research paper	介绍了一个名为scATD的高通量且可解释的单细胞癌症耐药性预测和生物标志物识别框架	提出了一种基于大语言模型的迁移学习框架scATD，包括三个子模型，通过双向风格迁移和知识蒸馏技术实现无需模型参数训练即可对新患者进行预测，提高了预测性能和效率	需要进一步验证在更广泛数据集上的适用性和稳定性	开发一个高通量、快速预测单细胞癌症耐药性的框架，以解决临床需求	单细胞RNA测序数据	machine learning	cancer	single-cell RNA sequencing, transfer learning, knowledge distillation	scATD-sf, scATD-gf, scATD-sf-dist	RNA sequencing data	多样化的数据集（具体数量未提及）
124	2025-06-13	Single-cell transcriptomics reveal how root tissues adapt to soil stress 2025-Apr-30, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08941-z PMID:40307555	研究论文	通过单细胞转录组学和空间转录组学方法，研究水稻根部在不同土壤条件下的适应性机制	揭示了根部组织在单细胞水平上如何适应不同土壤条件的分子机制，特别是通过ABA信号通路调控细胞壁重塑和屏障形成	研究仅针对水稻，未验证其他植物物种的适应性机制	探究根部组织在单细胞尺度上如何适应不同土壤条件和环境胁迫	水稻根部细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
125	2025-06-13	The spatial transcriptome of the late-stage embryonic and postnatal mouse brain reveals spatiotemporal molecular markers 2025-Apr-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95496-8 PMID:40210990	研究论文	本研究通过空间转录组分析探索了小鼠大脑发育过程中的基因表达时空调控	发现了脉络丛、梨状皮层和丘脑的新分子标记物，以及能够确定发育阶段背侧内梨状核的新分子标记物	研究主要集中在小鼠模型，人类大脑发育的适用性尚需验证	理解大脑发育过程中细胞和分子水平的基因表达调控	晚期胚胎和出生后小鼠大脑	空间转录组学	NA	空间转录组分析	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但使用了公开的小鼠数据集
126	2025-06-13	Decoding neuronal wiring by joint inference of cell identity and synaptic connectivity 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.04.640006 PMID:40093165	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序数据和电子显微镜连接组数据，开发了一种新的计算工具ConnectionMiner，用于解码神经元连接并识别与突触连接强度相关的基因表达特征	开发了ConnectionMiner工具，结合scRNAseq和电子显微镜连接组数据，概率性地优化细胞类型注释并识别与突触连接相关的基因表达组合	研究仅针对果蝇腿部运动系统，可能不适用于其他生物或神经系统	解析运动神经元回路在发育过程中的建立机制	果蝇腿部运动神经元及其前运动神经元	neuroscience	NA	scRNAseq, 电子显微镜	ConnectionMiner	基因表达数据, 连接组数据	多个时间点的果蝇腿部运动神经元单细胞RNA测序数据集
127	2025-06-13	Single‑cell transcriptomic analysis revealed the tumor‑associated microenvironment of papillary thyroid carcinoma with metastasis 2025-Mar, Oncology letters IF:2.5Q3 DOI:10.3892/ol.2025.14876 PMID:40496475	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析转移性甲状腺乳头状癌的肿瘤相关微环境	揭示了转移性甲状腺乳头状癌中免疫细胞群体的显著异质性，特别是M2巨噬细胞、DC2s和Tregs的存在与癌症进展和转移的关联	NA	探究甲状腺乳头状癌转移过程中的免疫微环境变化	转移性甲状腺乳头状癌及其相邻正常组织，以及无转移的甲状腺乳头状癌肿瘤	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA序列数据	NA
128	2025-06-13	Pharmacological insights into targeting PI3K/Akt and NF-κB pathways for treating endometriosis-associated infertility 2025 Mar-Apr, Pakistan journal of pharmaceutical sciences IF:0.7Q4 PMID:40501243	研究论文	本研究通过靶向PI3K/Akt和NF-κB信号通路，探讨子宫内膜异位症相关不孕的机制并识别潜在药物靶点	首次在子宫内膜异位症组织中发现了PI3K/Akt和NF-κB通路的增强表达，并通过体外和动物模型验证了这些通路抑制剂对子宫内膜细胞生长和生育能力的影响	研究样本量相对有限（300例患者），且未涉及长期随访数据	阐明子宫内膜异位症相关不孕的机制并开发靶向治疗方法	子宫内膜异位症患者（轻度、重度）和对照组	生殖医学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序、细胞培养、动物模型	NA	临床数据、分子生物学数据	300例患者（分轻度、重度和对照组）
129	2025-06-13	Unraveling the tumor microenvironment of esophageal squamous cell carcinoma through single-cell sequencing: A comprehensive review 2025-02, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189264 PMID:39805342	综述	本文综述了单细胞测序技术在食管鳞状细胞癌(ESCC)肿瘤微环境(TME)研究中的最新进展	总结了单细胞多组学技术特别是单细胞转录组测序在揭示ESCC肿瘤微环境异质性和细胞互作方面的创新应用	作为综述文章，未涉及原始实验数据和研究方法的具体限制	阐明ESCC肿瘤微环境的细胞组成和分子特征以改善诊断和治疗策略	食管鳞状细胞癌(ESCC)的肿瘤微环境中的各类细胞	数字病理学	食管癌	单细胞测序，单细胞转录组测序	NA	单细胞组学数据	NA
130	2025-06-13	Organ-specific microenvironments drive divergent T cell evolution in acute graft-versus-host disease 2025-Jan-29, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.ads1298 PMID:39879321	研究论文	本研究探讨了急性移植物抗宿主病（aGVHD）中组织特异性T细胞免疫反应的机制	揭示了肺和肝脏中T细胞转录程序的差异及其与克隆扩增的关系，表明其独立于抗原特异性	研究基于非人灵长类动物模型，可能不完全适用于人类	探究组织微环境信号在alloimmune介导的克隆扩增期间对T细胞转录编程的作用	急性移植物抗宿主病（aGVHD）中的T细胞	免疫学	移植物抗宿主病	多参数流式细胞术、群体转录组分析、单细胞RNA测序和TCR测序	NA	转录组数据、单细胞数据	非人灵长类动物模型
131	2025-06-13	A Risk Model Based on Ferroptosis-Related Genes OSMR, G0S2, IGFBP6, IGHG2, and FMOD Predicts Prognosis in Glioblastoma Multiforme 2025-Jan, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70161 PMID:39815665	研究论文	本研究通过多组学方法探索了铁死亡相关基因在胶质母细胞瘤中的分类及其风险模型的预后评估价值	建立了一个基于五个铁死亡相关基因（OSMR、G0S2、IGFBP6、IGHG2、FMOD）的风险模型，用于预测胶质母细胞瘤的预后	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索铁死亡分类及其风险模型在胶质母细胞瘤中的预后评估价值	胶质母细胞瘤患者	生物信息学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、LASSO回归分析、Meta分析	风险模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	TCGA-GBM和CGGA-GBM数据集作为训练和测试队列
132	2025-06-13	Exploring the mechanism of action of succinic acid in ovarian cancer via single-cell sequencing of the tumor immune microenvironment 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1535504 PMID:40196737	研究论文	本研究通过单细胞测序技术探索了琥珀酸在卵巢癌中的作用机制及其潜在治疗靶点	首次结合生物信息学和单细胞测序技术分析琥珀酸在卵巢癌中的治疗靶点及免疫微环境特征	样本量未明确说明，且未进行体内外实验验证关键枢纽基因的功能	探究琥珀酸在卵巢癌中的潜在治疗靶点及作用机制	卵巢癌患者的肿瘤免疫微环境	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	未明确说明
133	2025-06-13	Gene set optimization for single cell transcriptomics 2025, Computational intelligence methods for bioinformatics and biostatistics : ... international meeting, CIBB ... : revised selected papers. CIBB (Meeting) DOI:10.1007/978-3-031-89704-7_14 PMID:40487192	research paper	本文提出了一种针对单细胞转录组数据的基因集优化方法，以提高基因集测试的统计功效和可解释性	利用Human Protein Atlas单细胞类型图谱中的信息，计算细胞类型特异性基因和基因集权重，从而优化基因集集合	该方法依赖于Human Protein Atlas的数据，可能受限于该数据库的覆盖范围和准确性	优化单细胞转录组数据的基因集测试方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	81种人类细胞类型
134	2025-06-13	Multi-omics analysis and single-cell sequencing revealed the lysosome associated molecular subtypes and prognostic model development of papillary thyroid carcinoma 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0325486 PMID:40493560	研究论文	通过多组学分析和单细胞测序揭示了甲状腺乳头状癌（PTC）中溶酶体相关的分子亚型，并开发了预后模型	开发了一个基于溶酶体相关基因（LAGs）的评分系统用于风险分层，并通过单细胞测序验证了这些基因在不同细胞类型中的表达	研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	研究溶酶体在PTC中的基因组和生物学特征，并开发预后模型	甲状腺乳头状癌（PTC）患者	数字病理学	甲状腺癌	多组学分析、单细胞测序、western blot、qRT-PCR、集落形成实验、Transwell实验	LAG评分系统	基因组数据、单细胞测序数据	TCGA和GEO数据库中的PTC样本
135	2025-06-13	Malignant epithelial cell marker-driven risk signature enables precise stratification in esophageal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1610991 PMID:40496864	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了食管癌的细胞图谱，并基于恶性上皮细胞的标记基因开发了一个多基因风险评分模型，用于预测预后、免疫状态和潜在药物反应	首次在单细胞水平上系统表征了食管癌上皮细胞的异质性，并基于恶性上皮细胞标记基因开发了一个具有预测预后、免疫状态和药物反应能力的六基因风险模型	研究主要基于回顾性数据，需要前瞻性研究进一步验证模型的临床适用性	开发一个能够精确分层食管癌患者预后和指导个性化治疗的风险模型	食管鳞状细胞癌(ESCC)患者组织和细胞系	数字病理学	食管癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, inferCNV分析, SCENIC, Monocle, qRT-PCR	多基因风险评分模型	RNA测序数据	TCGA和GEO(GSE53624)队列数据，以及ESCC组织样本和细胞系
136	2025-06-13	Deciphering mitochondrial dysfunction in keratoconus: Insights into ACSL4 from machine learning-based bulk and single-cell transcriptome analyses and experimental validation 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.05.013 PMID:40496889	研究论文	通过基于机器学习的批量转录组和单细胞转录组分析及实验验证，探讨了圆锥角膜中线粒体功能障碍的作用，特别是ACSL4基因的关键角色	首次将ACSL4基因鉴定为圆锥角膜的潜在生物标志物，并揭示了其在基质刚度变化下的表达模式	研究主要基于体外模型，需要进一步在体内实验中验证ACSL4的功能	探讨圆锥角膜中线粒体功能障碍的分子机制	圆锥角膜患者及体外培养的人基质角膜细胞	数字病理学	圆锥角膜	转录组分析、定量PCR、Western blot、单细胞测序	多种机器学习模型	转录组数据、单细胞数据	104个线粒体相关差异表达基因，体外培养的人基质角膜细胞
137	2025-06-13	[ELUCIDATION OF PATHOGENESIS IN HUMAN INFLAMMATORY SKIN DISEASES USING SINGLE-CELL RNA-SEQ ANALYSIS] 2025, Arerugi = [Allergy] DOI:10.15036/arerugi.74.107 PMID:40500185	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
138	2025-06-13	Enhanced Spatial Transcriptomics Analysis of Mouse Lung Tissues Reveals Cell-Specific Gene Expression Changes Associated with Pulmonary Hypertension 2025, Journal of respiratory biology and translational medicine DOI:10.70322/jrbtm.2025.10004 PMID:40502298	研究论文	本文提出了一种高分辨率空间转录组学协议，用于分析小鼠肺组织中与肺动脉高压相关的细胞特异性基因表达变化	开发了一种固定冷冻小鼠肺组织切片的高分辨率空间转录组学方法，整合了多重荧光原位杂交和高通量成像技术	仅使用了预设计的379基因小鼠面板，可能未覆盖所有相关基因	研究肺动脉高压（PH）中细胞特异性基因表达变化	小鼠肺组织	数字病理学	肺动脉高压	空间转录组学、荧光原位杂交（FISH）、高通量成像	NA	空间转录组数据、图像数据	未明确说明样本数量，但使用了小鼠肺组织切片
139	2025-06-13	DiabetesOmic: A comprehensive multi-omics diabetes database 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.05.008 PMID:40502930	research paper	介绍了一个名为DiabetesOmic的综合多组学糖尿病数据库，旨在收集和分析五种高通量测序模态的转录调控信息	开发了一个全面的多组学数据库DiabetesOmic，整合了五种高通量测序数据，并手动整理了临床并发症注释	NA	为糖尿病研究提供分子资源，促进对糖尿病病理和进展的深入研究	糖尿病（包括1型和2型）及其并发症（如糖尿病肾病、视网膜病变和动脉粥样硬化）	生物信息学	糖尿病	ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq, scATAC-seq, scRNA-seq	NA	高通量测序数据	487个样本，涵盖多种组织和糖尿病类型
140	2025-06-13	Exosomal BMPR2 Macromolecule Facilitates Alveolar Epithelial Cell Repair Through Functional Complex Formation with BMPR1B in Acute Lung Injury 2025, International journal of nanomedicine IF:6.6Q1 DOI:10.2147/IJN.S519393 PMID:40502982	research paper	本研究揭示了巨噬细胞来源的外泌体中的BMPR2分子通过与肺泡上皮细胞上的BMPR1B形成功能复合物，促进急性肺损伤中的肺泡上皮细胞修复	首次发现并验证了外泌体BMPR2与上皮细胞BMPR1B的特异性相互作用及其在激活SMAD1信号通路促进肺泡修复中的作用机制	研究主要基于动物模型，尚未进行临床转化验证	探究急性肺损伤中肺泡修复的分子机制	巨噬细胞来源的外泌体与肺泡上皮细胞	分子生物学	急性肺损伤	动态光散射、透射电镜、免疫印迹、蛋白质组学分析、分子对接、单细胞RNA测序、近红外成像	NA	蛋白质组数据、单细胞转录组数据、成像数据	NA