单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 39678 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2026-05-27 |
Phf6 truncating mutation drives leukemogenesis via disrupted epigenetic regulation in mice
2026-03, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-025-02828-8
PMID:41588055
|
研究论文 | 通过转基因小鼠模型揭示了Phf6截断突变通过破坏表观遗传调控驱动白血病发生的作用机制，并发现KAT6B是潜在治疗靶点 | 首次构建表达患者来源Phf6截断突变的转基因小鼠模型，证明该突变具有功能获得效应，不同于Phf6敲除小鼠不发病的特点 | 未提及具体局限性 | 阐明PHF6截断突变在白血病发生中的具体作用机制 | Phf6截断突变转基因小鼠（Phf6Tg）的造血系统 | 机器学习 | 血液系统恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | scRNA-seq数据 | 转基因小鼠模型（Phf6Tg）的造血干细胞/祖细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 122 | 2026-05-27 |
Uncovering causal relationships in single-cell omic studies with causarray
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag175
PMID:41985059
|
研究论文 | 提出causarray框架，用于在单细胞组学研究中通过伪批量与单细胞水平分析揭示因果关系 | 首次在单细胞组学数据中整合未测量混杂因素的广义调整方法与半参数推断，结合灵活机器学习技术以稳健估计处理效应 | 未在更多不同类型单细胞数据集或更大规模队列中验证方法的泛化能力 | 开发能有效消除选择偏倚和未测量混杂效应，从而在单细胞观察性数据中准确推断因果关系的计算框架 | 自闭症风险基因的小鼠胚胎脑内Perturb-seq数据集，以及阿尔茨海默病的人类脑转录组病例对照数据集 | 机器学习 | 阿尔茨海默病，自闭症 | 单细胞测序，CRISPR，Perturb-seq | 半参数模型，机器学习 | 单细胞转录组数据 | 两个单细胞基因组研究：小鼠胚胎脑Perturb-seq数据集和三个阿尔茨海默病人类脑转录组数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 123 | 2026-05-27 |
The differentiation and function of heterogeneous thymic dendritic cell subsets require signals provided by distinct thymocyte cell types
2026-Feb, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-025-02371-9
PMID:41507389
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研究论文 | 通过单细胞转录组学和功能分析，鉴定七种胸腺常规树突状细胞亚群及其与胸腺细胞亚群的相互作用机制 | 首次全面鉴定七种胸腺常规树突状细胞亚群，并阐明CD4SP和CD8SP胸腺细胞亚群对cDC1和cDC2/pDC的差异化支持机制 | 未提及具体限制，可能包括样本量有限或未能完全模拟人类胸腺环境 | 探究胸腺树突状细胞亚群的异质性和功能分化机制 | 小鼠胸腺树突状细胞和胸腺细胞 | 单细胞转录组学 | 不适用 | 单细胞转录组学 | 不适用 | 单细胞转录组数据 | 小鼠胸腺样品，具体数量未提及 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 124 | 2026-05-27 |
Immunometabolic reprogramming of macrophages: Emerging roles in skeletal muscle regeneration and therapeutic perspectives
2026-02, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2026.108109
PMID:41577156
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综述 | 本文综述了巨噬细胞免疫代谢重编程在骨骼肌再生中的作用，以及在急性和慢性疾病中的治疗潜力 | 首次系统总结了单细胞和空间转录组学揭示的骨骼肌巨噬细胞异质性，并强调免疫代谢重编程作为巨噬细胞可塑性的关键驱动力 | 讨论了将免疫代谢重编程转化为肌肉萎缩疾病有效干预措施的主要挑战和未来方向 | 总结巨噬细胞免疫代谢在骨骼肌再生中的调控作用，并探讨通过重编程巨噬细胞代谢促进再生的新兴治疗策略 | 骨骼肌中的巨噬细胞及其免疫代谢过程 | 机器学习 | 肌肉萎缩疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞转录组, 空间转录组 | 10x Chromium, 10x Visium | 单细胞RNA测序, 空间转录组技术 |
| 125 | 2026-05-27 |
Trim45 promotes the occurrence and development of cervical cancer by inhibiting the cGAS/STING signaling pathway
2026-Jan-16, Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro
IF:1.5Q4
DOI:10.1093/intbio/zyag009
PMID:42186236
|
研究论文 | 本研究揭示了Trim45通过抑制cGAS/STING信号通路促进宫颈癌发生发展的分子机制 | 首次发现Trim45通过介导ANXA2抑制cGAS/STING通路，进而上调糖酵解酶HK2和ENO2表达，增强肿瘤细胞有氧糖酵解，促进宫颈癌增殖和转移，揭示了Trim45-ANXA2-cGAS/STING-糖酵解新轴 | 未提及具体研究局限性 | 阐明Trim45在HPV-18阳性宫颈癌中促进疾病进展的分子机制 | 宫颈癌组织样本及HPV-18感染患者 | 机器学习 | 宫颈癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 宫颈癌组织样本，具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 126 | 2026-05-27 |
Artificial Intelligence in single-cell and spatial transcriptomics data analyses
2026, Progress in molecular biology and translational science
DOI:10.1016/bs.pmbts.2026.01.011
PMID:41986013
|
综述文章 | 本文探讨了人工智能（尤其是机器学习和深度学习）在单细胞和空间转录组学数据分析中的应用 | 系统总结了CNN、GNN、VAE等AI方法在单细胞和空间转录组学数据预处理、降维、细胞分类聚类、多组学整合、空间模式识别和细胞轨迹推断中的进展，并展望了未来方向 | 可扩展性、可解释性和数据标准一致性仍是当前挑战 | 概述AI如何推进单细胞和空间转录组学数据分析，为研究人员提供应用指南 | 单细胞和空间转录组学数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 卷积神经网络, 图神经网络, 变分自编码器 | 卷积神经网络, 图神经网络, 变分自编码器 | 基因表达数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 127 | 2026-05-27 |
AI-driven gene-sets, networks, pathways, and interactions analyses of multi-omics data
2026, Progress in molecular biology and translational science
DOI:10.1016/bs.pmbts.2026.01.023
PMID:41986006
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综述 | 介绍PAGER 3.0知识生态系统，用于多组学数据的基因集、网络、通路和相互作用分析 | PAGER 3.0通过扩展和精选通路、注释基因列表和基因签名集合，提供本体感知的知识导航、加权富集分析和结构化网络优先化工具，是多组学数据分析的重大进展 | 未明确讨论局限性 | 为多组学数据提供基于基因集和通路的分析方法，促进机制性洞察 | 通路、基因列表、基因签名及白血病单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 128 | 2026-05-27 |
SpaGene: A Deep Adversarial Framework for Spatial Gene Imputation
2026, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.34133/csbj.0102
PMID:42146899
|
research paper | 提出一种名为 SpaGene 的深度学习框架，用于整合单细胞RNA测序数据和空间转录组数据，以预测空间转录组中缺失的基因表达 | 采用两个编码器-解码器对、两个转换器和两个判别器的对抗框架，有效填补空间转录组数据中的基因表达缺失 | 在受控基因保留评估协议下测试，可能未充分反映真实场景中的噪声和批次效应 | 开发一种方法整合单细胞和空间转录组数据，提高空间基因表达预测的准确性 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组数据 | machine learning | 肺癌 | scRNA-seq， 空间转录组学 | GAN | 基因表达数据 | 多个数据集对，包括肺癌组织样本 | NA | scRNA-seq， spatial transcriptomics | NA | NA |
| 129 | 2026-05-27 |
Trophoblast Fusion Deficiency in Placenta-Related Pregnancy Disorders
2026, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-3-032-22637-2_6
PMID:42168741
|
综述 | 本文综述了滋养层细胞融合在胎盘相关妊娠疾病中的缺陷及其分子机制 | 整合了多组学技术（如单细胞和空间转录组学）对滋养层融合的时空动态和分子复杂性进行了深入分析，并系统总结了从转录因子到代谢调控的多个层面的最新发现 | 缺乏能完全再现人类母胎界面结构和功能特征的模型，对翻译后修饰和时空调控机制的理解有限 | 阐明滋养层细胞融合缺陷在胎盘相关妊娠疾病（如子痫前期和胎儿生长受限）中的作用，并探索潜在的诊断和治疗创新 | 滋养层细胞融合过程及其相关分子机制，包括转录因子、融合蛋白、细胞骨架重塑、代谢重编程和免疫调节 | NA | 子痫前期, 胎儿生长受限 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 蛋白质组学, 代谢组学, 表观基因组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 130 | 2026-05-27 |
Autoencoder Denoising for Network-Based Spatial Transcriptomics Data with Applications for Cell Signaling Estimation
2026, Complex networks & their applications. International Conference on Complex Networks and Their Applications
DOI:10.1007/978-3-032-16719-4_16
PMID:42181748
|
研究论文 | 提出一种基于自编码器的去噪框架，用于从空间转录组学数据中估计细胞信号，并通过网络邻接矩阵去噪和细胞信号估计两个组件进行验证 | 首次将神经网络应用于空间转录组学数据中基于网络的细胞信号估计，并系统比较了自编码器与奇异值分解在不同图模型下的去噪性能 | 未提及 | 开发一种去噪框架以改善从空间转录组学数据中估计细胞信号的准确性 | 空间转录组学数据中的网络邻接矩阵和细胞信号相互作用 | 机器学习 | 不适用 | 空间转录组学 | 自编码器 | 网络数据 | 不适用 | 不适用 | 空间转录组学 | 不适用 | 不适用 |
| 131 | 2026-05-27 |
Identification and validation of a seven-gene metastasis-associated prognostic model in breast cancer
2026, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2026.1770418
PMID:42186460
|
研究论文 | 基于转移相关差异表达基因构建并验证了乳腺癌七基因预后模型，并发现了新的潜在治疗靶点 | 识别了两个此前未被充分研究的基因（RTN1和TLR10）作为肿瘤进展的潜在新驱动因子，并利用单细胞转录组学揭示了其细胞类型特异性表达模式 | 未在摘要中明确说明局限性 | 构建基于转移和癌症相关差异表达基因的预后特征，并识别潜在的新型治疗基因 | 乳腺癌患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | Cox比例风险模型, LASSO回归 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 来自TCGA-BRCA、AURORA US Network、SCAN-B和GEO数据库的多组数据集 | 未在摘要中明确提及 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 未在摘要中明确提及 | 未在摘要中明确提及 |
| 132 | 2026-05-27 |
Single Cell and Spatial Transcriptomics Identify Novel Immune-Stromal Interactions in Cardiac Allograft Vasculopathy
2025-Nov-21, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7812112/v1
PMID:41333445
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，鉴定心脏同种异体移植物血管病中新的免疫-基质细胞相互作用 | 首次利用单细胞RNA测序和空间转录组学联合分析，揭示了心脏同种异体移植物血管病中独特的细胞和转录特征，并发现干扰素信号通路作为潜在治疗靶点 | 研究基于人类冠状动脉样本和小鼠模型，可能无法完全反映人类疾病长期进展的复杂性 | 阐明心脏同种异体移植物血管病的细胞和分子致病机制，寻找新的治疗靶点 | 人类冠状动脉样本（包括CAV、动脉粥样硬化及非疾病对照）和小鼠CAV模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录数据 | 人类冠状动脉样本（包括CAV、动脉粥样硬化及非疾病对照组）和小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium、10x Visium | 10x Chromium单细胞RNA测序和10x Visium空间转录组学 |
| 133 | 2026-05-27 |
Extracellular vesicle-induced lipid dysregulation drives liver premetastatic niche formation in colorectal cancer
2025-11-10, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-334851
PMID:40562522
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research paper | 揭示了结直肠癌细胞来源的细胞外囊泡通过诱导肝脏脂质代谢紊乱促进肝转移前微环境形成的机制 | 首次发现高转移能力的结直肠癌细胞分泌的细胞外囊泡中富含促脂肪生成脂质，通过库普弗细胞介导的TNF-α分泌驱动肝脏脂质积累，从而形成转移前微环境 | NA | 阐明高肝转移能力的结直肠癌细胞来源的细胞外囊泡促进肝脏转移前微环境形成的分子机制 | 结直肠癌细胞及肝转移小鼠模型 | machine learning | 结直肠癌 | 脂质组学、单细胞测序 | NA | 脂质组学数据、单细胞测序数据 | 小鼠模型及结直肠癌患者肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 134 | 2026-05-27 |
Enhanced hematopoietic stem cell self-renewal and engraftment through human lung exosomal communication
2025-Nov-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.020
PMID:40798884
|
研究论文 | 发现人类肺细胞通过外泌体通讯增强造血干细胞自我更新和植入能力 | 首次揭示肺细胞通过外泌体调控造血干细胞自我更新和植入，打破了传统认为仅由骨髓龛调控的观点 | 未提及具体局限性 | 探究肺细胞通过外泌体通讯对造血干细胞自我更新和植入的调控机制 | 小鼠造血干细胞及人原代小气道上皮细胞来源的外泌体 | 自然语言处理 | 镰状细胞病, 骨髓衰竭 | 单细胞外泌体追踪, 单细胞RNA测序, 外泌体miRNA分析, 蛋白质组学 | NA | 基因表达数据, miRNA数据, 蛋白质表达数据 | 小鼠模型及人原代细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序用于外泌体靶细胞分析 |
| 135 | 2026-05-27 |
Whole-cortex in situ sequencing reveals input-dependent area identity
2025-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07221-6
PMID:38658747
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研究论文 | 利用BARseq高通量原位测序技术对小鼠全皮层进行细胞分辨率下的基因表达分析，揭示了皮层区域的身份由转录组类型组成决定，并发现视觉剥夺导致转录组身份向邻近区域偏移 | 首次结合高通量原位测序BARseq与大规模单细胞基因表达分析，揭示了皮层区域身份与转录组类型组成的强预测关系，并将皮层模块与连接性相关联 | 仅使用了104个细胞类型标记基因，可能未覆盖所有神经元亚型；研究限于小鼠模型，人类皮层是否具有类似组织尚待验证 | 探究大脑皮层区域身份的转录组学基础及其发育过程中如何建立 | 小鼠前脑半球中4,194,658个皮层神经元及共10.3百万个细胞 | 数字病理学 | NA | 原位测序（BARseq） | NA | 基因表达数据 | 9个小鼠前脑半球中10.3百万个细胞，包含4,194,658个皮层神经元 | NA | 空间转录组学 | BARseq | BARseq高通量原位测序技术，针对104个细胞类型标记基因进行检测 |
| 136 | 2026-05-27 |
Intrinsic changes in cell differentiation and identity drive impaired wound healing in aged female murine skin
2025-11-01, Biogerontology
IF:4.4Q1
DOI:10.1007/s10522-025-10340-w
PMID:41175301
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序解析衰老小鼠皮肤伤口愈合障碍的细胞内在机制 | 首次在单细胞水平系统揭示衰老导致皮肤驻留细胞（角质形成细胞、成纤维细胞、巨噬细胞）分化异常、身份丧失及炎症信号改变的级联机制 | 仅使用雌性小鼠模型，未包含雄性性别或人类样本的验证 | 阐明衰老引起的细胞内在变化对皮肤伤口愈合早期反应的分子和细胞影响 | 年轻和老年雌性小鼠的完整皮肤及伤后3天的伤口组织 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 年轻和老年雌性小鼠皮肤及伤口样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组测序 |
| 137 | 2026-05-27 |
Distinct stromal cell populations define the B-cell acute lymphoblastic leukemia microenvironment
2025-11, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-025-02734-z
PMID:40817406
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序对B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）的骨髓微环境进行异质性分析，鉴定出不同的间充质基质细胞群并揭示其功能 | 首次在单细胞分辨率下鉴定出B-ALL骨髓微环境中的早期间充质祖细胞和脂肪生成祖细胞两种基质细胞群，并发现脂肪生成祖细胞通过IL-7和VCAM1信号促进白血病细胞存活和耐药，且在复发样本中富集 | 未说明 | 解析B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）骨髓微环境中的细胞异质性及其对白血病进展的影响 | 儿童B-ALL患者的骨髓抽吸物和骨活检样本 | 单细胞组学 | B细胞急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、共培养实验 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 儿科B-ALL患者的骨髓抽吸物样本 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 138 | 2026-05-27 |
The evolving nosology of myeloid neoplasms: the semi-centennial of the 1976 French-American-British classification
2025-11, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-025-02746-9
PMID:40858808
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综述 | 回顾了骨髓系肿瘤分类法从1976年FAB分类至今50年的演变历程，探讨了下一代测序技术、单细胞测序和多组学等新技术对分类法的影响 | 从历史视角系统分析了骨髓系肿瘤分类法的演变，强调了克隆性造血不确定潜能（CHIP）作为前驱病变的概念框架，并展望了单细胞测序和多组学在未来分类中的整合可能 | 作为综述文章，未提供新实验数据或验证；对新兴技术的讨论基于已有文献，其实际应用效果有待验证 | 分析骨髓系肿瘤分类法在过去50年的演变，并探讨新兴技术对未来分类的影响 | 骨髓系肿瘤的分类系统及诊断标准 | 机器学习 | 骨髓系肿瘤 | 下一代测序, 单细胞测序, 多组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 139 | 2026-05-27 |
Macrophage EHD1 promotes inflammation and stabilizes sortilin to accelerate atherosclerosis
2025-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.27.684958
PMID:41279772
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研究论文 | 研究巨噬细胞EHD1通过促进炎症和稳定sortilin加速动脉粥样硬化的机制 | 首次揭示内吞调节因子EHD1在巨噬细胞免疫反应和动脉粥样硬化进展中的新作用 | 未提及具体限制 | 探索EHD1在巨噬细胞免疫反应中的作用及其对动脉粥样硬化进展的贡献 | 小鼠和人类动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠和人类动脉粥样硬化斑块样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 140 | 2026-05-27 |
Supervised machine learning identifies impaired mitochondrial quality control in β cells with development of type 2 diabetes
2025-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.22.683335
PMID:41278904
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研究论文 | 开发一个可解释的有监督机器学习框架，通过单细胞RNA测序分析β细胞线粒体质量控制在2型糖尿病发展中的作用 | 结合稀疏规则分类、路径约束建模和线粒体适应性分层三种机器学习方法，首次在单细胞水平识别出与2型糖尿病相关的β细胞亚型和关键调节因子 | NA | 解析2型糖尿病中β细胞衰竭的分子机制 | 来自52名人类供体的β细胞的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | SnakeClassifier, BlackSwanClassifier, Kolmogorov-Arnold神经网络 | 基因表达数据 | 52名人类供体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |