单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 30193 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2025-07-29 |
A visual-omics foundation model to bridge histopathology with spatial transcriptomics
2025-Jul, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02707-1
PMID:40442373
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研究论文 | 本文介绍了一种名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型，旨在整合组织病理学和空间转录组学数据 | 开发了OmiCLIP模型，首次实现了组织病理学图像与转录组学数据的整合，并构建了Loki平台提供多种功能 | 未明确提及具体局限性 | 开发一个能够整合组织病理学图像和转录组学数据的基础模型 | 组织病理学图像和空间转录组学数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | OmiCLIP | 图像、转录组数据 | 220万对组织图像和转录组数据，涵盖32个器官 |
| 122 | 2025-07-29 |
CD206+ macrophages facilitate wound healing through interactions with Gpnmbhi fibroblasts
2025-Jul, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-025-00496-4
PMID:40495034
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research paper | 该研究探讨了CD206+巨噬细胞通过与Gpnmbhi成纤维细胞相互作用促进伤口愈合的机制 | 揭示了CD206+巨噬细胞通过PDGF-A信号通路与Gpnmbhi成纤维细胞通讯，激活其增殖和细胞外基质沉积的新机制 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类伤口愈合中得到验证 | 阐明CD206+巨噬细胞在伤口愈合过程中的具体作用机制 | 小鼠伤口愈合模型中的CD206+巨噬细胞和Gpnmbhi成纤维细胞 | 细胞生物学 | 伤口愈合障碍 | 单细胞转录组学 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | NA |
| 123 | 2025-07-29 |
Fibroblasts-The emerging therapeutic target of the cardiovascular system?
2025-Jul, Pharmacological reviews
IF:19.3Q1
DOI:10.1016/j.pharmr.2025.100072
PMID:40609323
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综述 | 本文综述了成纤维细胞在心血管系统中的异质性和可塑性，探讨了其作为治疗靶点的潜力 | 揭示了成纤维细胞在心血管系统中的多样性和可塑性，提出了其作为新兴治疗靶点的潜力 | 缺乏对成纤维细胞亚型的共识命名法，血管干预研究相对有限 | 探讨成纤维细胞在心血管系统中的多样性和治疗潜力 | 成纤维细胞在心血管系统中的异质性和功能 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 124 | 2025-07-29 |
Rewriting the dendritic cell code in cancer-from subset identity to immunotherapeutic design
2025-Jul, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.70108
PMID:40667699
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综述 | 本文综述了树突状细胞（DCs）在抗肿瘤免疫中的核心作用，探讨了不同DC亚群的发育路径和功能特性，以及肿瘤微环境如何动态重编程这些细胞 | 整合了空间转录组学和单细胞研究的最新发现，揭示了关键的DC-T细胞生态位，并评估了当前和新兴的治疗策略 | NA | 探讨树突状细胞在癌症免疫治疗中的作用及其被肿瘤微环境重编程的机制 | 树突状细胞（DCs）及其亚群（如cDC1、cDC2、pDCs、DC3s、tDCs、moDCs和RORγt抗原呈递细胞） | 免疫学 | 癌症 | 空间转录组学、单细胞研究 | NA | NA | NA |
| 125 | 2025-07-29 |
EVscope: A Comprehensive Bioinformatics Pipeline for Accurate and Robust Analysis of Total RNA Sequencing from Extracellular Vesicles
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.24.660984
PMID:40666973
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研究论文 | 介绍了一个名为EVscope的开源生物信息学流程，专门用于处理EV RNA-seq数据集，以提高RNA生物标志物和细胞间通讯研究的准确性和鲁棒性 | EVscope采用优化的全基因组期望最大化(EM)算法，显著提高了单碱基分辨率下的多映射读取分配，并首次生成基于EM的BigWig文件用于下游分析 | 未明确提及具体限制，但可能面临EV RNA极低丰度和片段化带来的分析挑战 | 开发一个标准化的计算工作流程，用于EV RNA-seq数据的质量控制和RNA特征分析 | 细胞外囊泡(EV)中的RNA | 生物信息学 | NA | RNA-seq | 期望最大化(EM)算法 | RNA测序数据 | NA |
| 126 | 2025-07-29 |
Taurine Transporter SLC6A6 Expression Promotes Mesenchymal Stromal Cell Function
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.24.661367
PMID:40667251
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研究论文 | 该研究探讨了牛磺酸转运蛋白SLC6A6在间充质基质细胞（MSC）功能中的作用及其对骨组织发育和修复的影响 | 首次揭示了牛磺酸转运蛋白TauT在MSC中的关键作用，及其通过Wnt/β-catenin信号通路和氧化磷酸化影响MSC的成骨分化能力 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类MSC的研究样本量有限 | 探究牛磺酸转运蛋白SLC6A6对间充质基质细胞功能及骨组织稳态的调控机制 | 小鼠和人类的间充质基质细胞（MSC） | 细胞生物学 | 骨疾病 | 单细胞RNA测序、shRNA敲低、RNA测序分析 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | 小鼠模型和原代人类MSC |
| 127 | 2025-07-29 |
Applications of Spatial Transcriptomics in Veterinary Medicine: A Scoping Review of Research, Diagnostics, and Treatment Strategies
2025-Jun-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26136163
PMID:40649940
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综述 | 本文综述了空间转录组学在兽医医学中的应用，包括研究、诊断和治疗策略 | 系统梳理了空间转录组学在兽医医学中的应用现状，并指出了该领域的研究空白和未来方向 | 兽医医学领域的相关研究数量有限，且存在疾病、物种、器官和地理上的偏差 | 评估空间转录组学在兽医医学中的研究、诊断和治疗应用 | 人类和动物健康相关研究 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学（10× Visium, Slide-seq, Nanostring, MERFISH） | NA | 基因表达数据 | 1398项符合纳入标准的研究 |
| 128 | 2025-07-29 |
Spatial Proofreading Amplification of in situ Transcript and Protein Signals
2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.11.659176
PMID:40661487
|
research paper | 介绍了一种基于动力学校对原理的无酶信号放大方法，用于增强空间转录组学实验中的信号亮度 | 提出了一种新型的无酶信号放大方法，利用短寡核苷酸探针在目标位点迭代沉积并通过光交联形成稳定的DNA组装体，实现超过500倍的信号放大 | NA | 提高空间转录组学实验中的信号亮度，以提升检测效率和缩短成像时间 | 空间转录组学实验中的转录和蛋白质信号 | 生物技术 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录和蛋白质信号数据 | NA |
| 129 | 2025-07-29 |
Uncovering Functional Gene Regulatory Networks in Bulk and Single-Cell Data through Robust Transcription Factor Activity Estimation and Model-Guided Experimental Validation
2025-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.09.658650
PMID:40661601
|
研究论文 | 提出了一种新方法MERLIN+P+TFA，通过先验知识引导的稀疏正则化来稳健准确地估计转录因子活性(TFA)和下游基因调控网络(GRN) | 使用先验知识引导的稀疏正则化方法，提高了TFA估计和GRN推断的准确性，并在酵母和哺乳动物系统的模拟和真实表达数据中验证了其效果 | 需要生成特定背景的金标准以提高推断网络的精确度 | 重建基因组规模的基因调控网络(GRN) | 酵母和哺乳动物系统的基因表达数据，包括批量数据和单细胞数据 | 系统生物学 | NA | MERLIN+P+TFA方法，稀疏正则化 | NA | 基因表达数据 | 模拟和真实表达数据，包括58个小鼠胚胎干细胞(mESC)状态的关键调控因子 |
| 130 | 2025-07-29 |
Single cell immunophenotyping identifies CD8+ GZMK+ IFNG+ T cells as a key immune population in cutaneous Lyme disease
2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.09.658661
PMID:40661371
|
研究论文 | 该研究通过单细胞转录组学技术，首次全面解析了皮肤莱姆病中T细胞的免疫反应 | 首次使用单细胞转录组学结合适应性免疫受体测序技术，全面解析了皮肤莱姆病中的T细胞反应，并鉴定了CD8+ GZMK+ IFNG+ T细胞作为关键的免疫群体 | 研究主要聚焦于皮肤病变中的T细胞反应，未涉及其他可能的免疫细胞或全身性免疫反应 | 探究皮肤莱姆病中T细胞的免疫反应及其在疾病中的作用 | 皮肤莱姆病患者的EM病灶和自体未受累皮肤组织 | 免疫学 | 莱姆病 | scRNA-Seq, 适应性免疫受体测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 扩大的样本量（具体数量未提及） |
| 131 | 2025-07-29 |
Single-cell transcriptomics yield insights into the stress-immune interplay and inform disease risk
2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.05.658150
PMID:40661381
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学探索应激与免疫的相互作用及其对疾病风险的影响 | 首次在单细胞分辨率下研究了皮质醇和去甲肾上腺素对免疫细胞的转录组影响，并鉴定了应激激素依赖性和细胞类型特异性的转录变化 | 研究基于体外模型，可能无法完全模拟体内应激环境 | 探索应激激素如何通过单细胞机制调节免疫功能，以理解应激相关疾病的发病机制 | 外周血单个核细胞和中性粒细胞 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病, 精神疾病, 自身免疫性疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 两个独立的人类队列 |
| 132 | 2025-07-29 |
Diminished and altered cellular senescence response in delayed wound healing of aging
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.08.658533
PMID:40661498
|
研究论文 | 本文研究了衰老个体中细胞衰老反应的减弱和改变如何导致伤口愈合延迟 | 揭示了衰老伤口中衰老细胞数量减少及其功能转变（从有益的细胞外基质重塑转向促炎状态）的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 探究衰老个体伤口愈合延迟的细胞衰老机制 | 年轻和年老小鼠的皮肤伤口及人类年轻供体的伤口组织 | 细胞生物学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 年轻和年老小鼠的伤口组织及人类年轻供体的伤口组织 |
| 133 | 2025-07-29 |
Uncovering Heterogeneous Effects via Localized Feature Selection
2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.03.657761
PMID:40661389
|
研究论文 | 提出一种利用局部测试统计量识别疾病相关特征的新框架，以解决现有方法在个体水平异质性上的不足 | 采用局部化测试统计量和knockoffs方法控制选择集的噪声水平，并发现数据中的隐藏异质性效应 | 未明确说明方法在更大规模数据集上的适用性或计算效率 | 开发精准医学研究工具，识别与疾病相关的特征并考虑人群异质性 | 单细胞RNA测序数据中的疾病相关特征 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | knockoffs方法 | 基因表达数据 | NA |
| 134 | 2025-07-29 |
Reconstructing Dynamic Gene Regulatory Networks Using f-Divergence from Time-Series scRNA-Seq Data
2025-May-30, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47060408
PMID:40699807
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研究论文 | 提出了一种基于f-散度的动态基因调控网络推断方法(f-DyGRN)，用于从时间序列单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据中重建动态基因调控网络 | 首次将f-散度应用于量化单个单细胞中基因表达的时间变化，并结合Granger因果关系模型和正则化技术来重建基因调控网络 | 未明确说明方法在更大规模或更复杂数据集上的适用性 | 从时间序列scRNA-seq数据中推断动态基因调控网络 | THP-1人类髓系单核细胞白血病细胞的scRNA-seq数据 | 生物信息学 | 白血病 | scRNA-seq | f-DyGRN（基于f-散度的动态基因调控网络模型） | 单细胞RNA测序数据 | 模拟数据和THP-1细胞的真实scRNA-seq数据（具体样本量未明确说明） |
| 135 | 2025-07-29 |
Immune cell type divergence in a basal chordate
2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.20.655184
PMID:40661343
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术，对一种原始脊索动物的血细胞状态进行了定义，揭示了其免疫细胞类型的多样性 | 首次在原始脊索动物中定义了血细胞状态的分化层次，扩展了脊索动物免疫细胞的已知种类 | 无脊椎动物免疫细胞分子特征的研究仍然有限，且与脊椎动物免疫细胞的同源性尚不明确 | 研究原始脊索动物免疫细胞类型的进化与功能 | 原始脊索动物的血细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序、杂交、活体报告基因 | NA | RNA序列数据 | NA |
| 136 | 2025-07-29 |
NPAS4 Depletion in POMC Neurons Protects From Obesity and Alters the Feeding-regulated Transcriptome in Male Mice
2025-May-19, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqaf083
PMID:40296822
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研究论文 | 本研究探讨了NPAS4在POMC神经元中的作用及其对肥胖和摄食行为的调控机制 | 首次研究了NPAS4在调节摄食行为中的作用，并揭示了其在ARC中的具体作用位点 | 研究仅针对雄性小鼠，未涉及雌性或其他动物模型 | 探究NPAS4在POMC神经元中对摄食行为和肥胖的调控作用 | 雄性小鼠的POMC神经元 | 神经科学 | 肥胖 | 单细胞RNA测序 | 条件性敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | 雄性小鼠（具体数量未提及） |
| 137 | 2025-07-29 |
Adipose-derived leptin and complement factor D mediate osteoarthritis severity and pain
2025-Apr-25, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adt5915
PMID:40279436
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研究论文 | 探讨脂肪分泌的瘦素和补体因子D在骨关节炎严重程度和疼痛中的作用 | 揭示了瘦素通过调控补体因子D影响骨关节炎的结构和疼痛表型，证实了脂肪与关节之间的系统性交互作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证 | 阐明肥胖相关脂肪因子在骨关节炎发病机制中的具体作用 | 脂肪组织分泌的瘦素和补体因子D | 骨关节炎研究 | 骨关节炎 | 空间转录组学、全球无监督多组学分析 | 小鼠模型（脂肪营养不良小鼠） | 分子生物学数据、行为学数据 | 脂肪营养不良小鼠模型及脂肪移植实验 |
| 138 | 2025-07-29 |
Novel insights into kidney disease: the scRNA-seq and spatial transcriptomics approaches: a literature review
2025-Apr-08, BMC nephrology
IF:2.2Q2
DOI:10.1186/s12882-025-04103-5
PMID:40200175
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在肾脏疾病研究中的应用与发展 | 结合scRNA-seq和ST技术，以前所未有的分辨率解析肾脏疾病中的细胞异质性，识别新的细胞亚群及其在肾脏微环境中的动态相互作用 | NA | 探讨scRNA-seq和ST技术在肾脏疾病研究中的应用及其对理解肾脏发育、稳态和疾病进展的细胞和分子机制的贡献 | 肾脏疾病中的细胞异质性和空间组织 | 生物医学研究 | 肾脏疾病 | scRNA-seq, 空间转录组学（ST） | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | NA |
| 139 | 2025-07-29 |
Transcriptional regulatory network analysis identifies GRN as a key regulator bridging chemotherapy and immunotherapy response in small cell lung cancer
2025-Feb-05, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-025-01667-5
PMID:39910394
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研究论文 | 本研究通过构建小细胞肺癌的调控网络，识别出GRN作为化疗和免疫治疗反应的关键调节因子 | 首次将GRN确定为连接小细胞肺癌化疗和免疫治疗反应的关键调控因子，并揭示了其在治疗抵抗中的机制 | 研究主要基于基因组学和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证 | 探索小细胞肺癌对化疗和免疫治疗抵抗的分子机制 | 小细胞肺癌患者和肿瘤细胞 | 肿瘤基因组学 | 小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)，调控网络分析 | NA | 基因组数据，单细胞RNA测序数据 | 未明确说明样本数量，涉及小细胞肺癌患者和肿瘤细胞 |
| 140 | 2025-07-29 |
High Glucose Promotes the Ferroptosis and Dysfunction of Endothelial Cells by Downregulating SLC3A2 and Promoting the Development of Nephropathy
2025, International journal of endocrinology
IF:2.3Q3
DOI:10.1155/ije/1186113
PMID:40703306
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研究论文 | 本文研究了高糖环境下内皮细胞的铁死亡和功能障碍，及其在糖尿病肾病中的作用 | 发现SLC3A2作为关键调节因子，揭示了其在糖尿病肾病中的新机制，并探索了STAT1抑制剂的潜在治疗效果 | 需要进一步研究机制和策略以改善患者预后 | 探讨高糖环境下内皮细胞功能障碍和铁死亡在糖尿病肾病中的作用 | 高糖暴露的内皮细胞和STZ处理的糖尿病小鼠 | 生物医学研究 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序、qPCR、western blotting、铁测量、TUNEL检测、生物信息学分析 | NA | RNA-seq数据、蛋白质表达数据 | GSE13535数据集中的单细胞RNA-seq数据、HUVECs细胞、STZ处理的糖尿病小鼠 |