单细胞与空转测序相关文章

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序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
121	2026-01-19	Longitudinal analysis of retinal cell state transitions in RB1-deficient retinal organoids reveals the nascent cone precursors are the earliest cell-origin of human retinoblastoma 2026-Jan-14, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-08191-x PMID:41535675	研究论文	本研究通过构建RB1缺陷的人视网膜类器官模型，结合单细胞RNA测序分析，揭示了RB1缺失如何诱导ATOH7神经源性视网膜祖细胞过度增殖，并最终导致ATOH7/RXRγ新生锥体前体细胞驱动视网膜母细胞瘤发生	首次证明nRPCs是RB1缺失最敏感的细胞，能诱导新生视网膜细胞异常增殖，而ATOH7新生锥体前体细胞是人类视网膜母细胞瘤最早的细胞起源	研究基于类器官模型和异种移植，可能无法完全模拟人体内肿瘤微环境	探究RB1失活对不同视网膜细胞类型的影响，并确定视网膜母细胞瘤的细胞起源	RB1缺陷的人视网膜类器官、人诱导多能干细胞、肿瘤细胞	数字病理学	视网膜母细胞瘤	单细胞RNA测序、多组学分析、基因敲低实验、小分子抑制剂验证	类器官模型、异种移植模型	单细胞RNA测序数据、多组学数据	未明确具体样本数量，但涉及RB1或RB1人诱导多能干细胞生成的类器官和肿瘤细胞	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
122	2026-01-19	Interpretable trajectory inference with single-cell linear adaptive negative-binomial expression (scLANE) testing 2026-Jan-14, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf1494 PMID:41533563	研究论文	本文提出了一种名为scLANE的可解释轨迹推断方法，用于单细胞RNA-seq数据中的基因表达动态分析	scLANE方法基于可解释的广义线性模型，通过经验选择的基样条处理非线性，并扩展至估计方程和混合模型，以支持复杂实验设计下的可靠轨迹测试	NA	开发一种可解释的轨迹推断方法，以识别与轨迹进展显著相关的基因表达变化	单细胞RNA-seq数据中的基因表达动态	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	广义线性模型, 基样条	单细胞RNA-seq数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
123	2026-01-19	Tumor microenvironment differences between diagnostic and relapsed classic Hodgkin lymphoma revealed by scRNA-seq 2026-Jan-13, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2025017107 PMID:40924921	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了经典霍奇金淋巴瘤诊断时与复发时肿瘤微环境的差异，并发现早期复发样本中富含具有免疫抑制潜能的galectin-9阳性初始B细胞	首次在早期复发的经典霍奇金淋巴瘤中识别出具有免疫调节潜能的galectin-9阳性初始B细胞群体，并通过空间分析证实了其与TIM-3+ CD4+ T细胞及HRS细胞的紧密空间关联	NA	探究经典霍奇金淋巴瘤诊断与复发时肿瘤微环境的差异，特别是非恶性B细胞在复发中的作用	配对诊断和复发的经典霍奇金淋巴瘤样本	数字病理学	霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序，成像质谱流式细胞术	NA	单细胞转录组数据，空间蛋白质表达数据	配对诊断和复发的经典霍奇金淋巴瘤样本，并在独立验证队列中确认	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
124	2026-01-19	Akebia saponin D attenuates ulcerative colitis via targeting EGFR and remodeling gut microbiota homeostasis 2026-Jan-12, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2026.157829 PMID:41547071	研究论文	本研究评估了木通皂苷D通过靶向EGFR和重塑肠道菌群稳态来缓解溃疡性结肠炎的治疗潜力	首次系统评估木通皂苷D在溃疡性结肠炎治疗中的疗效，并结合单细胞RNA测序、网络药理学和肠道菌群分析揭示其通过EGFR-MEK/ERK/AP-1信号通路及菌群重塑的作用机制	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，尚未在人体临床试验中验证，且具体菌群-代谢物-宿主相互作用的详细机制仍需进一步探索	评估木通皂苷D治疗溃疡性结肠炎的效果并阐明其分子机制	DSS诱导的溃疡性结肠炎小鼠模型、LPS诱导的NCM460和HT29炎症细胞	数字病理学	溃疡性结肠炎	单细胞RNA测序, 16S rRNA测序, 非靶向代谢组学, 网络药理学	NA	基因表达数据, 微生物组数据, 代谢组数据	NA	MGI	单细胞RNA测序	MGISEQ-2000	MGISEQ-2000平台用于单细胞RNA测序
125	2026-01-19	Multi-scale transcriptomics analysis reveals MHC suppression in MEF2D fusion positive B-cell acute lymphoblastic leukemia 2026-Jan-12, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2026.153274 PMID:41547299	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和公共数据集分析，揭示了MEF2D融合阳性B细胞急性淋巴细胞白血病中MHC表达的抑制机制	首次在单细胞水平上识别MEF2D融合亚型特有的前B细胞发育停滞，并发现MHC表达下调与免疫逃逸相关，通过实验验证了MEF2D-HNRNPUL1融合蛋白直接调控CIITA-MHC通路	样本量较小（仅3例单细胞测序病例），且主要依赖公共数据集进行验证，可能影响结果的普遍性	探究MEF2D融合阳性B细胞急性淋巴细胞白血病的转录组特征和免疫逃逸机制	MEF2D融合阳性B细胞急性淋巴细胞白血病患者样本、正常骨髓细胞、Kasumi-7细胞系	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序，bulk RNA-seq，ChIP-seq	NA	转录组数据	3例MEF2D融合病例的单细胞RNA测序数据，81例来自公共数据集的MEF2D融合BCP-ALL病例	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
126	2026-01-19	Single-cell RNA Sequencing-Based analysis of diverse ion-channel transcripts across human CD4+ T-cell subsets 2026-Jan-10, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2026.153265 PMID:41547301	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了人类CD4+ T细胞亚群中离子通道转录本的多样性	首次在单细胞水平上系统描绘了人类CD4+ T细胞亚群中离子通道和转运蛋白的转录组图谱，并识别出亚群特异的表达模式	研究基于体外极化模型，可能无法完全反映体内T细胞亚群的复杂性；样本来源有限，仅使用健康供体的外周血单个核细胞	探究人类CD4+ T细胞亚群中离子通道和转运蛋白的转录本表达差异，以理解其在免疫调节中的作用	人类CD4+ T细胞，包括Th1、Th2、Th17和调节性T细胞（Treg）亚群	单细胞转录组学	自身免疫性疾病和过敏性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督聚类分析	单细胞转录组数据	从人类外周血单个核细胞中分离的初始CD4+ T细胞，经体外极化处理	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
127	2026-01-19	Leveraging single cell multiomic analyses to identify gene regulatory networks that drive human articular cartilage cell fate 2026-Jan-09, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.12.025 PMID:41520766	研究论文	本研究利用单细胞多组学和空间转录组学数据，识别驱动人类关节软骨细胞命运的基因调控网络，并建立人类多能干细胞平台以验证预测的转录因子功能	结合单细胞多组学和空间转录组学分析，预测并功能验证了调控软骨细胞亚群的基因网络，特别是发现CREB5和NFATC2具有重编程生长板软骨为关节软骨样细胞的潜力	研究主要基于发育时间点的样本，可能未完全覆盖成年或疾病状态下的调控机制；体外平台可能无法完全模拟体内复杂微环境	识别驱动人类关节软骨细胞命运的基因调控网络，为开发治疗退行性关节疾病的新疗法奠定基础	人类远端股骨关节软骨细胞，包括胎儿发育时间点的样本以及人类多能干细胞分化的软骨细胞	单细胞组学	骨关节炎	单细胞多组学分析，空间转录组学，人类多能干细胞分化平台	基因调控网络预测模型	单细胞转录组和开放染色质数据，空间转录组数据	胎儿远端股骨样本（2个发育时间点），额外时间点的空间转录组样本	NA	单细胞多组学，空间转录组学	NA	NA
128	2026-01-19	scCT-DB, an omnibus for cancer patient-derived paired pre- and post-treatment single-cell transcriptomes to reveal drug perturbation and drug resistance mechanisms 2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf1065 PMID:41160885	研究论文	本文介绍了一个名为scCT-DB的综合性数据库，该数据库专门收集癌症患者治疗前后配对的单细胞转录组数据，旨在揭示药物扰动和耐药机制	开发了首个全面整合癌症患者治疗前后配对单细胞转录组数据的数据库，并提供了统一的数据处理流程、结构化元数据以及多种在线分析工具	NA	为癌症药物耐药性研究提供一个易于访问、整合和重用的高质量单细胞转录组数据资源与分析平台	癌症患者的配对治疗前后单细胞转录组数据	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	619万个细胞，来自1142个原始患者样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
129	2026-01-19	DeepSpaceDB: a spatial transcriptomics atlas for interactive in-depth analysis of tissues and tissue microenvironments 2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf1117 PMID:41160880	研究论文	本文介绍了DeepSpaceDB，一个用于交互式深入分析组织和组织微环境的下一代空间转录组学数据库	DeepSpaceDB专注于10X Genomics Visium样本，提供高质量分析和增强工具，强调交互性和高级分析功能，支持跨样本比较和用户上传数据	当前版本主要聚焦于10X Genomics Visium样本，可能限制了其他平台数据的覆盖范围	开发一个交互式空间转录组学数据库，以促进对组织和疾病生物学的深入分析	空间转录组学数据，特别是来自10X Genomics Visium的组织切片样本	空间转录组学	阿尔茨海默病	空间转录组学	NA	空间转录组学数据	NA	10x Genomics	空间转录组学	10x Visium	10X Genomics Visium样本
130	2026-01-19	CellSNVReg: a multidimensional resource for SNV-mediated regulatory perturbations in single-cell and spatial omics 2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf1076 PMID:41171131	研究论文	介绍CellSNVReg，一个多维资源，用于系统表征单细胞和空间组学中SNV介导的调控扰动	整合了460万个细胞剖面，在细胞类型和空间分辨率上系统表征SNV引起的调控扰动，涵盖六个维度，并提供定性注释和定量评分	未在摘要中明确提及具体限制，可能包括数据整合的复杂性或平台适用性范围	研究SNV如何通过多个分子层扰动基因调控，并探索其在正常和疾病背景下的功能影响	人类正常、肿瘤和其他疾病组织中的单细胞和空间组学数据	生物信息学	肿瘤	scRNA-seq, spatial transcriptomics, scATAC-seq	NA	单细胞RNA-seq数据、空间转录组数据、单细胞ATAC-seq数据	460万个细胞剖面	NA	single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, spatial transcriptomics	NA	NA
131	2026-01-19	SEA version 4.0: a major expansion and update of the Super-Enhancer Archive 2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf1114 PMID:41171129	研究论文	本文介绍了超级增强子数据库SEA版本4.0的重大扩展与更新，这是一个用于阐明超级增强子作用的系统性平台	新增了H3K4me1作为关键组蛋白标记，扩展至14个物种，引入了基于香农熵的算法识别特异性超级增强子，并提供了整合超级增强子、增强子、转录因子和邻近基因的交互式调控网络	未明确说明数据库覆盖的样本类型或疾病状态的全面性，以及算法在复杂疾病中的验证程度	构建一个系统性的超级增强子数据库平台，以解码超级增强子在发育和疾病中的调控机制	超级增强子、增强子及其相关的基因组调控元件	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序、组蛋白修饰分析	基于香农熵的算法	基因组学数据、表观遗传学数据	12个癌症和正常样本的单细胞RNA-seq数据	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
132	2026-01-19	connectomeDB2025: a rigorously curated, multi-species resource of experimentally supported ligand-receptor interactions 2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf1108 PMID:41171146	研究论文	本文介绍了经过严格更新的connectomeDB2025数据库，这是一个包含多物种、经实验验证的配体-受体相互作用的开放获取资源	通过AI辅助文献挖掘和人工筛选，移除了超过2900个错误分类或缺乏证据的相互作用，并新增了827对（其中264对为2020年后首次描述）其他数据库未收录的配体-受体对，拥有2359个独有的证据链接，成为目前基于原始实验证据最可靠的配体-受体数据库	NA	为单细胞RNA测序和空间转录组数据分析中的细胞间通讯网络推断提供高质量的参考目录	脊椎动物的配体-受体相互作用对	生物信息学	NA	AI辅助文献挖掘、人工筛选	NA	文献数据、实验证据	3579对脊椎动物相互作用，源自2803篇研究文章，共包含5429个证据链接	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	NA
133	2026-01-19	Spatial GWAS Atlas: a knowledgebase for decoding the genetic architecture of complex traits in spatial resolution 2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf1103 PMID:41243976	研究论文	本文介绍了Spatial GWAS Atlas，这是一个通过整合GWAS汇总统计数据和空间转录组数据，在单细胞分辨率下解析复杂性状遗传结构的首个综合性知识库	首次系统性地将GWAS汇总统计数据与空间转录组数据整合，构建了首个能够定位组织空间架构中遗传效应的综合性资源	NA	解码复杂性状在空间分辨率下的遗传结构	3854个经过整理的GWAS数据集（涵盖多种性状）和635个空间转录组数据集（涵盖多个物种、组织和平台）	生物信息学	复杂性状与疾病	空间转录组学	NA	基因表达数据、空间坐标数据、GWAS汇总统计数据	NA	NA	空间转录组学	NA	NA
134	2026-01-19	scGeneBank: cross-species screening of functional gene sets at single-cell resolution 2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf1137 PMID:41251182	研究论文	介绍了一个名为scGeneBank的数据库和分析门户，用于在单细胞分辨率下进行基因集驱动的探索和跨物种比较	整合了来自136个物种、104.9百万个细胞的1134个单细胞转录组数据集，并提供了八个交互式分析模块，支持跨物种、器官和细胞类型的基因集活性比较	NA	为单细胞转录组数据的基因集分析和跨物种比较提供一个统一的框架	单细胞转录组数据、基因集、细胞类型、器官和物种	生物信息学	NA	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	1134个数据集，总计104.9百万个细胞，来自136个物种，覆盖430个器官和1070个解剖区域	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
135	2026-01-19	NONCODE v7.0: updated lncRNA resource integrating scRNA-seq data encompassing immune baseline, development, and disease 2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf1132 PMID:41261731	研究论文	本文介绍了NONCODE v7.0数据库的更新，通过整合scRNA-seq数据，系统分析了lncRNA的表达，涵盖免疫基线、发育和疾病等多个方面	首次将大规模scRNA-seq数据整合到lncRNA数据库中，提供单细胞定制的功能模块，包括数据查询、交互可视化和比较分析，以识别细胞类型特异性差异表达的lncRNA	数据库主要基于现有scRNA-seq数据集，可能未覆盖所有组织或疾病类型，且功能模块的深度分析可能受数据质量和注释限制	构建一个整合scRNA-seq数据的lncRNA资源数据库，以促进lncRNA在免疫、发育和疾病中的功能研究	人类长非编码RNA（lncRNA）及其在单细胞水平上的表达模式	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	2061个人类scRNA-seq样本，来自229个数据集，涵盖1400万高质量细胞	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
136	2026-01-19	PBMCpedia: a harmonized PBMC scRNA-seq database with unified mapping and enhanced celltype annotation 2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf1245 PMID:41277528	研究论文	PBMCpedia是一个统一的PBMC单细胞RNA测序数据库，通过标准化流程处理了来自24项研究的519个样本，提供增强的细胞类型注释和跨疾病比较功能	首次创建了一个透明、统一且疾病多样化的PBMC单细胞RNA测序资源库，整合了跨研究的转录组和蛋白质组数据，支持元数据感知的跨疾病、细胞类型、性别和年龄组比较	数据库主要基于公开可用数据，可能受原始研究的设计和质量限制，且样本覆盖的疾病类型和人口统计学特征可能不完全均衡	解决PBMC单细胞转录组研究中跨数据集整合的困难，为免疫状态分析提供一个标准化的资源平台	外周血单个核细胞（PBMCs）	单细胞转录组学	自身免疫性疾病、感染性疾病、神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据、T细胞受体/B细胞受体库数据、表面蛋白测量数据	519个样本（超过430万个细胞），来自24项公开研究	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
137	2026-01-19	The 2026 Nucleic Acids Research database issue and the online molecular biology database collection 2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf1427 PMID:41431842	综述	本文介绍了2026年《核酸研究》数据库特刊的内容，包括新数据库发布、现有数据库更新以及在线分子生物学数据库集合的维护情况	特刊首次收录了突破性论文，如JoGo（人类单倍型分层命名和情境化数据库）和So3D（真正的3D空间转录组学数据库），并引入了社区导向的新数据库如Open Enzyme Database和QSproteome	NA	汇总和展示分子生物学及相关领域的最新数据库资源，促进数据共享和科学发现	分子生物学数据库，包括核酸、蛋白质结构、酶、空间转录组学等类型	生物信息学	NA	NA	NA	数据库	NA	NA	NA	NA	NA
138	2026-01-19	iFish: a comprehensive multi-omics database for fish genetics, transcriptional regulation, and epigenetic research 2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf1026 PMID:41091889	研究论文	本文介绍了iFish，一个全面整合鱼类多组学数据的数据库，涵盖基因组、转录组、表观基因组和蛋白质组数据	首次构建了一个涵盖88种鱼类、整合多组学数据的综合数据库，包括大规模变异识别、转录调控网络构建和跨物种保守性分析	NA	为鱼类遗传学、转录调控和表观遗传学研究提供全面的数据资源和工具平台	88种鱼类	生物信息学	NA	全基因组测序、RNA-seq、单细胞RNA-seq、miRNA-seq、表观遗传学测序、蛋白质组学	NA	基因组、转录组、表观基因组、蛋白质组数据	涵盖884个全基因组测序数据集、9797个批量RNA-seq数据集、293个单细胞RNA-seq数据集、840个miRNA-seq数据集、1563个表观遗传学测序数据集和50个蛋白质组学项目	NA	单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq	NA	NA
139	2026-01-19	LnCeVar 2.0: an updated resource and web tools for genomic variations disrupting ceRNA networks from single-cell/spatial transcriptomics data 2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf1009 PMID:41099605	研究论文	本文介绍了LnCeVar 2.0，一个更新的数据库和网络工具，用于研究通过单细胞和空间转录组学数据破坏ceRNA网络的基因组变异	更新了数据库，增加了更多实验支持的癌症生物标志物、ceRNA相互作用和SNV-ceRNA事件，整合了单细胞RNA测序和空间转录组学数据集，并提供了新的推断工具来分析SNV对细胞类型、状态和功能的影响	NA	促进高分辨率研究SNV-ceRNA网络，并增进对复杂疾病生态系统中调控机制的理解	基因组变异、ceRNA网络、单细胞和空间转录组学数据	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序、空间转录组学RNA测序	NA	基因组变异数据、转录组学数据	覆盖102种疾病、临床治疗和正常组织的812个单细胞RNA测序/空间转录组学RNA测序数据集，涉及2,673,603个细胞/斑点	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	NA
140	2026-01-19	RNAPaceDB: a dedicated database to dissect RNA velocity across diverse cell types 2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf1045 PMID:41118514	研究论文	本文介绍了RNAPaceDB，一个专门用于解析不同细胞类型中RNA速度的数据库	整合了来自144个数据集的单细胞RNA测序数据，涵盖超过210万个细胞，并提供了基于六种计算模型生成的4380个速度流图，首次构建了一个专门用于探索跨细胞类型RNA速度模式的综合数据库	数据库依赖于现有公开数据集的质量和注释，且RNA速度计算模型的准确性可能影响结果的解读	构建一个综合数据库以解析RNA速度模式，促进对基因表达动态时间逻辑的理解	单细胞RNA测序数据中的细胞	生物信息学	多种疾病（涵盖41种疾病）	单细胞RNA测序	六种计算模型（未指定具体名称）	单细胞RNA测序数据	超过210万个细胞，来自144个数据集，涵盖81种细胞类型和41种疾病	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA