单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-05-19	An unconventional T cell nexus drives HCK-mediated chronic obstructive pulmonary disease in mice 2025-May, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105707 PMID:40245497	research paper	该研究揭示了HCK作为非传统T细胞轴的顶端调节因子，在驱动IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的COPD病理中的作用	发现HCK作为COPD候选基因，通过调控非传统T细胞轴（如Vγ6Vδ1 T细胞和黏膜相关不变T细胞）驱动IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的病理过程	研究主要基于基因靶向小鼠模型，人类COPD中的直接相关性尚需进一步验证	阐明HCK在慢性阻塞性肺病（COPD）病理发生中的分子机制	基因靶向小鼠（HckF/F突变体）及其骨髓嵌合体	呼吸病学	慢性阻塞性肺病（COPD）	基因靶向技术、骨髓嵌合体构建、组织病理学、形态计量学、流式细胞术、单细胞测序	基因修饰小鼠模型	实验数据（组织病理、流式数据、测序数据）	未明确说明实验动物具体数量（以基因靶向小鼠为主要研究对象）
122	2025-05-19	CKAP5 deficiency induces premature ovarian insufficiency 2025-May, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105718 PMID:40252251	研究论文	本研究探讨了CKAP5在卵巢功能和生育能力调控中的作用，揭示了其缺乏导致卵巢早衰的机制	首次发现CKAP5是卵巢衰老的关键基因，并通过体内外实验阐明其通过ATG7促进自噬和通过ATM支持DNA损伤修复的机制	研究样本量有限，需要更大规模的临床验证	阐明CKAP5在卵巢功能调控中的作用及其与卵巢早衰的关系	人类颗粒细胞、小鼠卵巢组织和卵母细胞	生殖医学	卵巢早衰	RNA测序、单细胞转录组分析、基因负荷分析	Ckap5杂合敲除小鼠模型	基因测序数据、转录组数据	人类POI患者和对照组的NGS队列、小鼠模型
123	2025-05-19	Integrated analysis of molecular atlases unveils modules driving developmental cell subtype specification in the human cortex 2025-May, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01933-2 PMID:40259073	研究论文	通过整合分析人类大脑皮层发育和成年期的单细胞转录组数据，揭示了驱动皮层发育中细胞亚型分化的基因共表达网络模块	首次通过平行元分析生成了超过500个基因共表达网络，揭示了皮层发育中的动态细胞亚型特异性，并验证了部分模块在细胞命运决定中的潜在作用	研究主要基于转录组数据，未充分考虑表观遗传等其他调控层面的影响	探究人类大脑皮层发育过程中细胞亚型分化的分子机制	人类大脑皮层发育期和成年期的单细胞转录组数据	单细胞转录组学	神经发育障碍	单细胞转录组测序	基因共表达网络分析	转录组数据	7个发育期数据集和16个成年期数据集
124	2025-05-19	Single-cell spatial transcriptomics of tertiary lymphoid organ-like structures in human atherosclerotic plaques 2025-May, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00639-9 PMID:40295810	研究论文	本文通过单细胞空间转录组学技术，研究了人类动脉粥样硬化斑块中的三级淋巴器官样结构及其在疾病中的作用	首次提供了人类动脉粥样硬化斑块中三级淋巴器官（PTLOs）的空间分辨单细胞转录组图谱，揭示了其细胞组成和功能	研究主要基于观察性数据，PTLOs在动脉粥样硬化中的确切作用机制仍需进一步实验验证	探索人类动脉粥样硬化斑块中三级淋巴器官样结构的特征及其临床意义	人类动脉粥样硬化斑块中的细胞类型和三级淋巴器官样结构	数字病理学	心血管疾病	单细胞空间转录组学	NA	转录组数据	人类动脉粥样硬化斑块样本（具体数量未提及）
125	2025-05-19	Cell Type Resolved Expression of Duplicate Genes Retained From Whole Genome Duplication in Atlantic salmon 2025-Apr-30, Genome biology and evolution IF:3.2Q2 DOI:10.1093/gbe/evaf076 PMID:40305003	研究论文	利用单细胞转录组学技术研究大西洋鲑鱼肝脏组织中全基因组复制（WGD）保留的重复基因对（ohnologs）的细胞特异性表达及其对细菌感染的转录反应	首次在单细胞水平上解析了全基因组复制保留的重复基因对的细胞特异性表达及其对细菌感染的响应	研究仅针对大西洋鲑鱼的肝脏组织，未涵盖其他组织或物种	探究全基因组复制事件后基因表达的功能和进化结果	大西洋鲑鱼（Salmo salar L）肝脏组织中的重复基因对（ohnologs）	基因组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
126	2025-05-19	Mendelian randomization combined with single-cell sequencing data analysis of chemokines and chemokine receptors and key genes and molecular mechanisms associated with epilepsy 2025-Apr-29, Neuroreport IF:1.6Q4 DOI:10.1097/WNR.0000000000002168 PMID:40298633	研究论文	探索趋化因子及其受体相关基因在癫痫中的功能和潜在调控机制	结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序数据分析，识别了与癫痫相关的关键基因和免疫细胞，并预测了潜在治疗药物	NA	阐明趋化因子及其受体相关基因在癫痫中的作用及其调控机制	趋化因子及其受体相关基因、癫痫相关细胞和药物	生物信息学	癫痫	孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据、单细胞测序数据	NA
127	2025-05-19	Decipher the single-cell level responses to chemotherapy in pancreatic ductal adenocarcinoma by a cross-time context graph model 2025-Apr-26, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217751 PMID:40294840	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和跨时间上下文图模型scConGraph，解析了胰腺导管腺癌对吉西他滨化疗的单细胞水平响应机制	提出了一种可扩展的双层图模型scConGraph，能够有效整合跨时间上下文信息，揭示了肿瘤细胞对吉西他滨耐药的新机制	研究基于PDX模型，可能无法完全反映人体内的复杂微环境	探究胰腺导管腺癌对吉西他滨化疗产生耐药性的细胞机制	胰腺导管腺癌患者来源的异种移植模型(PDX)	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图模型(scConGraph)	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量(使用PDX模型)
128	2025-05-19	Artificial variables help to avoid over-clustering in single-cell RNA sequencing 2025-Apr-03, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.02.014 PMID:40081375	研究论文	本文提出了一种名为'recall'的方法，用于防止单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的过度聚类问题	通过引入人工变量来控制'双重浸渍'效应，recall方法可应用于多种聚类算法，并在真实和模拟数据上展示了先进的聚类性能	NA	解决scRNA-seq分析中因过度聚类导致的下游分析误导问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	真实和模拟数据集
129	2025-05-19	Peripartum dapagliflozin improves late-life maternal cardiovascular outcomes in a murine model of superimposed preeclampsia 2025-Mar-29, American journal of obstetrics and gynecology IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.ajog.2025.03.035 PMID:40164294	研究论文	本研究探讨了在妊娠期和产后立即使用SGLT2抑制剂达格列净对叠加子痫前期小鼠模型的短期和长期心血管及产科效果的影响	首次在叠加子痫前期的BPH/2J小鼠模型中测试了SGLT2抑制剂达格列净在妊娠期和产后立即使用对心血管参数的改善作用，并揭示了其分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	评估SGLT2抑制剂达格列净在妊娠期和产后立即使用对叠加子痫前期小鼠心血管和产科结局的影响	BPH/2J小鼠模型	心血管疾病研究	子痫前期	连续超声心动图、空间转录组学、Masson三色染色	BPH/2J小鼠模型	生理参数、组织病理学、转录组数据	BPH/2J怀孕小鼠，具体数量未明确说明
130	2025-05-19	Co-regulator activity of Mediator of DNA Damage Checkpoint 1 (MDC1) is associated with DNA repair dysfunction and PARP inhibitor sensitivity in lobular carcinoma of the breast 2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.29.564555 PMID:39677775	研究论文	本文研究了乳腺浸润性小叶癌(ILC)中DNA损伤检查点中介蛋白1(MDC1)的共调节活性与其DNA修复功能障碍及PARP抑制剂敏感性的关联	发现MDC1在ILC细胞中具有独特的共调节活性，导致同源重组(HR)功能障碍但不伴随典型的DNA修复缺陷特征，并证实这种HR功能障碍可通过PARP抑制剂靶向治疗	未明确MDC1共调节ER的具体分子机制	探究ILC中MDC1的共调节活性与DNA修复功能障碍的关系及其治疗潜力	乳腺浸润性小叶癌(ILC)细胞	癌症生物学	乳腺癌	单细胞转录组分析、DNA修复活性分析、互作组分析	NA	转录组数据、功能实验数据	多个ILC异种移植模型
131	2025-05-19	Disruption of GPSM1/CSF1 signaling reprograms tumor-associated macrophages to overcome anti-PD-1 resistance in colorectal cancer 2025-Feb-25, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010826 PMID:40010765	研究论文	该研究揭示了GPSM1/CSF1信号在调节结直肠癌肿瘤微环境中的作用，并提出了克服抗PD-1耐药的新策略	首次发现GPSM1通过驱动巨噬细胞向免疫抑制性M2表型极化促进抗PD-1耐药，并鉴定出USP9X作为稳定GPSM1的关键因子	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果尚需进一步验证	探究GPSM1在结直肠癌抗PD-1耐药中的作用机制并寻找新的治疗靶点	结直肠癌患者样本和小鼠模型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、质谱流式细胞术、流式细胞术、ChIP-PCR、免疫共沉淀	原位结直肠癌异种移植小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质组数据、细胞图像数据	抗PD-1耐药结直肠癌患者肿瘤样本及C57BL/6小鼠模型
132	2025-05-19	Infants display reduced NK cell responses in RSV and increased inflammatory responses in SARS-CoV-2 infections 2025-Jan-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5640872/v1 PMID:39877087	研究论文	该研究通过单细胞转录组学、表观基因组学和细胞因子分析，比较了婴儿在RSV和SARS-CoV-2感染中的免疫反应差异	揭示了RSV和SARS-CoV-2感染在婴儿中引发的不同免疫反应模式，特别是NK细胞反应和炎症反应的差异	样本量相对较小（RSV 19例，SARS-CoV-2 30例，健康对照17例），且仅分析了血液样本	比较婴儿在RSV和SARS-CoV-2感染中的免疫反应差异	婴儿（中位年龄2.3个月）的血液样本	免疫学	呼吸道感染	单细胞转录组学、表观基因组学、细胞因子分析	NA	单细胞转录组数据、表观基因组数据、细胞因子数据	RSV感染19例，SARS-CoV-2感染30例，健康对照17例
133	2025-05-19	Spatio-temporal transcriptomics of chromothriptic SHH-medulloblastoma identifies multiple genetic clones that resist treatment and drive relapse 2024-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54709-w PMID:39609432	研究论文	本研究通过空间转录组学分析了13例染色体碎裂与非染色体碎裂的儿童髓母细胞瘤，揭示了染色体碎裂肿瘤的空间瘤内异质性更高，并识别出多个遗传克隆在治疗抵抗和复发中的作用	首次应用空间转录组学技术揭示染色体碎裂髓母细胞瘤的空间瘤内异质性及其与治疗抵抗和复发的关系	样本量较小（13例肿瘤和11例患者来源的异种移植样本）	探究染色体碎裂髓母细胞瘤的分子构成和侵袭性决定因素	儿童髓母细胞瘤（染色体碎裂与非染色体碎裂）	数字病理学	髓母细胞瘤	空间转录组学	NA	转录组数据	13例肿瘤样本（染色体碎裂与非染色体碎裂）和11例患者来源的异种移植样本
134	2025-05-19	Human single cell RNA-sequencing reveals a targetable CD8+ exhausted T cell population that maintains mouse low-grade glioma growth 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54569-4 PMID:39609412	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了CD8+耗竭T细胞在低级别胶质瘤中的新功能，并探索了免疫检查点抑制治疗的效果	发现了CD8+耗竭T细胞在低级别胶质瘤中作为肿瘤生长调节者的新功能，并揭示了免疫检查点抑制治疗通过非细胞毒性机制抑制肿瘤生长的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证可能有限	探索CD8+耗竭T细胞在低级别胶质瘤中的作用及免疫检查点抑制治疗的潜在机制	人类和小鼠的低级别胶质瘤样本	digital pathology	low-grade glioma	single-cell RNA sequencing	Nf1-OPG mouse model	RNA-seq data	多个单细胞RNA测序数据集和小鼠模型样本
135	2025-05-19	C/EBPβ-dependent autophagy inhibition hinders NK cell function in cancer 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54355-2 PMID:39609420	研究论文	该研究揭示了自噬在NK细胞抗肿瘤功能中的核心调控作用，并提出了通过调节自噬增强NK细胞免疫疗法的新策略	首次将自噬识别为NK细胞内的一个细胞内检查点，并证明通过基因和药物激活自噬可以改善NK细胞的效应和细胞毒功能	研究主要基于前列腺癌模型和小鼠实验，结果在人类其他癌症类型中的普适性需要进一步验证	探索癌症如何使NK细胞功能失调以及如何克服这种抵抗，以增强基于NK细胞的免疫治疗效果	NK细胞（自然杀伤细胞）及其在肿瘤微环境中的功能变化	免疫肿瘤学	前列腺癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、流式细胞术	NA	基因表达数据、流式细胞数据	晚期人类前列腺癌患者的肿瘤浸润和非肿瘤NK细胞，以及多种小鼠癌症模型
136	2025-05-19	Transcription factors ASCL1 and OLIG2 drive glioblastoma initiation and co-regulate tumor cell types and migration 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54750-9 PMID:39609428	研究论文	研究探讨了转录因子ASCL1和OLIG2在胶质母细胞瘤（GBM）起始过程中的作用及其对肿瘤细胞类型和迁移的共调控	揭示了ASCL1和OLIG2在GBM形成中的冗余功能及其通过相互结合和调控下游靶基因决定肿瘤细胞类型和迁移程度的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类GBM中的适用性尚需进一步验证	探究ASCL1和OLIG2在GBM起始和肿瘤细胞异质性调控中的作用	胶质母细胞瘤（GBM）细胞和小鼠模型中的SVZ祖细胞	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠GBM模型	基因表达数据	NA
137	2025-05-19	Spatial Pathomics Toolkit for Quantitative Analysis of Podocyte Nuclei with Histology and Spatial Transcriptomics Data in Renal Pathology 2024-Feb, Proceedings of SPIE--the International Society for Optical Engineering DOI:10.1117/12.3006318 PMID:40375953	research paper	介绍了一种名为空间病理组学工具包（SPT）的新工具，用于定量分析肾脏病理学中的足细胞核与组织学和空间转录组学数据	开发了SPT工具包，能够精确识别足细胞核、提取定量特征并分析空间关系，为肾脏病理学研究提供了创新方法	未提及具体样本量或工具在更广泛病理学应用中的验证情况	推进肾脏病理学中的细胞空间病理组学研究	足细胞核的形态和纹理特征及其空间分布	digital pathology	renal pathology	spatial transcriptomics, Whole Slide Images (WSIs)	NA	image, spatial transcriptomics data	NA
138	2025-05-19	Glioblastoma initiation, migration, and cell types are regulated by core bHLH transcription factors ASCL1 and OLIG2 2023-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.30.560206 PMID:37873200	research paper	该研究探讨了核心bHLH转录因子ASCL1和OLIG2在胶质母细胞瘤（GBM）起始、迁移和细胞类型调控中的作用	揭示了ASCL1和OLIG2在GBM肿瘤细胞异质性和层级结构中的调控机制，以及它们在肿瘤形成和迁移中的动态作用	研究主要基于小鼠模型，人类GBM中的具体机制仍需进一步验证	探究ASCL1和OLIG2在GBM肿瘤发生和发展中的功能	胶质母细胞瘤（GBM）和胶质瘤干细胞（GSCs）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠GBM模型	基因表达数据	NA
139	2025-05-18	Faecalibacterium prausnitzii prevents age-related heart failure by suppressing ferroptosis in cardiomyocytes through butyrate-mediated LCN2 regulation 2025-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2025.2505119 PMID:40364435	研究论文	本研究探讨了老年肠道微生物群变化与心力衰竭（HF）之间的潜在联系，发现Faecalibacterium prausnitzii及其代谢产物丁酸盐通过抑制心肌细胞铁死亡来预防老年相关心力衰竭	首次揭示了老年肠道微生物群通过铁死亡机制影响心力衰竭，并提出Faecalibacterium prausnitzii和丁酸盐作为潜在治疗靶点	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	探索老年肠道微生物群变化与心力衰竭之间的关系及其潜在机制	老年心力衰竭患者、大鼠模型、心肌细胞	微生物组学与心血管疾病	心血管疾病	16S rRNA测序、PCR定量、单细胞测序、基因编辑技术	动物模型（大鼠）	测序数据、PCR数据、单细胞数据	老年心力衰竭患者和健康老年人的肠道微生物样本、大鼠模型
140	2025-05-18	Integrating scRNA-seq to explore offspring neurodevelopmental toxicity induced by Cyfluthrin exposure during pregnancy: A fate decision for NSCs 2025-Jul-15, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138205 PMID:40209410	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索孕期暴露于Cyfluthrin对后代神经发育的毒性机制	首次构建了孕期暴露于Cyfluthrin的后代大脑海马单细胞图谱，揭示了神经干细胞命运改变是发育毒性的主要原因	研究仅针对大鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究孕期Cyfluthrin暴露导致后代神经发育毒性的分子机制	孕期暴露于Cyfluthrin的大鼠后代海马组织	神经毒理学	神经发育障碍	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	不同年龄段的孕期暴露大鼠后代