单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-06-08	Comprehensive analysis of multi-omics single-cell data using the single-cell analyst 2025-Jun, iMeta IF:23.7Q1 DOI:10.1002/imt2.70038 PMID:40469516	research paper	介绍了一个用户友好的、基于网络的平台single-cell analyst，用于简化多组学单细胞数据的综合分析	提供了一个无需编程技能即可进行多组学分析的平台，支持多种单细胞组学数据类型，并自动化关键分析步骤	未提及具体的技术局限性或性能瓶颈	解决现有单细胞多组学分析工具复杂且需要编程技能的问题	单细胞多组学数据	生物信息学	NA	scRNA-sequencing, scATAC-seq sequencing, scImmune profiling, single-cell copy number variation, cytometry by time-of-flight, flow cytometry, spatial transcriptomics	NA	单细胞多组学数据	支持不同规模的数据集，分析时间从几分钟到几小时不等
122	2025-06-08	Inhaled PAMAM-based nano-formulation prolonged lung retention for alleviating pulmonary inflammation of COPD 2025-Jun, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2025.101845 PMID:40469693	研究论文	本研究开发了一种基于PAMAM的纳米复合物G4-IAA，通过吸入给药延长药物在肺部的滞留时间，用于缓解COPD的肺部炎症	创新性地将IAA与G4 PAMAM树枝状聚合物通过主客体相互作用结合形成纳米复合物，显著提高了IAA的溶解度和生物利用度	研究仅在COPD小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	开发一种新型纳米药物递送系统，用于治疗COPD的肺部炎症	COPD小鼠模型	纳米医学	慢性阻塞性肺疾病(COPD)	单细胞测序	NA	NA	NA
123	2025-06-08	Macrophage-derived IL-15 imprints peritoneal TRM-like CD8 T cells in cirrhosis and spontaneous bacterial peritonitis 2025-Jun, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101381 PMID:40470117	research paper	该研究探讨了肝硬化患者腹膜CD8 T细胞是否表现出类似组织驻留记忆T细胞（TRM）的功能，并关注炎症事件如何影响其表型和功能	首次发现腹膜CD8 T细胞具有TRM样特性，并在腹膜炎症期间对巨噬细胞来源的IL-15产生反应	研究样本量有限（87例患者），且仅针对肝硬化患者，未涉及其他疾病状态	探究肝硬化患者腹膜CD8 T细胞的TRM样功能及其在腹膜炎症中的作用	肝硬化患者的腹膜CD8 T细胞	免疫学	肝硬化	质谱流式细胞术、流式细胞术、RT-qPCR、单细胞RNA测序、体外培养和细胞因子分析	NA	细胞、细胞因子和基因表达数据	87例肝硬化患者（其中30例发生自发性细菌性腹膜炎）
124	2025-06-08	Single-cell RNA-seq analysis reveals the multi-step process of cellular senescence 2025-Jun, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102042 PMID:40476058	研究论文	通过单细胞RNA-seq分析揭示细胞衰老的多步骤过程	整合单细胞轨迹和转录因子动态变化，解码复制性衰老过程中的阶段特异性分子特征	仅使用HUVECs细胞数据，可能无法完全代表其他细胞类型的衰老过程	阐明细胞衰老的机制，特别是从增殖状态到衰老状态的逐渐转变过程	人类脐静脉内皮细胞(HUVECs)的复制性衰老过程	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	Seurat, Monocle 3, SCENIC	单细胞基因表达数据	公开可用的HUVECs单细胞RNA-Seq数据
125	2025-06-08	Neurodegeneration Promotes Tumorigenesis in Colorectal Cancer: Insights From Single-Cell and Spatial Multiomics 2025-Jun, JCO precision oncology IF:5.3Q1 DOI:10.1200/PO-24-00744 PMID:40479626	研究论文	本研究通过单细胞和空间多组学分析，探讨了神经退行性变在结直肠癌（CRC）肿瘤发生中的作用	首次揭示了神经退行性变通过增强神经元-肿瘤相互作用和EGFR信号传导促进CRC进展的机制，并开发了基于深度学习的预后模型	神经退行性变与CRC进展的具体分子机制仍需进一步验证	探究神经退行性变在结直肠癌肿瘤发生中的作用及其机制	结直肠癌（CRC）患者样本	数字病理学	结直肠癌	单核RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学（ST）、批量转录组学、多重免疫荧光	DeepSurv	RNA测序数据、空间转录组数据、免疫荧光图像	未明确提及具体样本数量，但涉及多种组学数据整合分析
126	2025-06-08	Single-cell RNA-seq reveals the immune profile changes in patients with diarrhoeal-irritable bowel syndrome 2025-May-31, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167945 PMID:40456298	research paper	通过单细胞RNA测序揭示了腹泻型肠易激综合征患者的免疫特征变化	识别了T淋巴细胞中的新标记物，揭示了HIF-1α、NF-kappa B和IL-17信号通路的失调，并发现FOS信号通路作为潜在治疗靶点	样本量较小，仅包括4名患者和4名健康对照	研究T淋巴细胞在腹泻型肠易激综合征中的作用机制	腹泻型肠易激综合征患者和健康对照的血液样本，以及IBS-D大鼠模型的血清和结肠组织样本	生物信息学	肠易激综合征	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ELISA, 三参数荧光分析	NA	RNA测序数据, 血清和组织样本数据	4名IBS-D患者和4名健康对照的血液样本，以及IBS-D大鼠模型的血清和结肠组织样本
127	2025-06-08	Trajectories of macrophage ontogeny and reprogramming in cancer 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112498 PMID:40475851	research paper	该研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的发育轨迹和重编程在癌症中的作用，特别是在免疫治疗抵抗中的机制	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析揭示了干扰素-γ（IFNγ）依赖的肿瘤微环境免疫刺激编程，并发现D小鼠中巨噬细胞的发育轨迹被干扰，阻止了免疫抑制和M2样TAM的发展	研究主要基于小鼠模型和有限的癌症患者样本，人类癌症中的结果需要进一步验证	研究肿瘤相关巨噬细胞的发育轨迹及其在免疫治疗中的作用	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肺癌	scRNA-seq, 伪时间分析	NA	RNA测序数据	小鼠模型和癌症患者样本
128	2025-06-08	DRUG AND SINGLE-CELL GENE EXPRESSION INTEGRATION IDENTIFIES SENSITIVE AND RESISTANT GLIOBLASTOMA CELL POPULATIONS 2025-May-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.15.654044 PMID:40462892	研究论文	开发了一种名为ISOSCELES的新框架，用于量化细胞药物敏感性和耐药性景观，并识别出针对胶质母细胞瘤(GBM)细胞状态的有效治疗组合	提出了ISOSCELES框架，整合单细胞基因表达和L1000表达特征，预测不同GBM细胞状态对治疗的敏感性和耐药性	NA	识别胶质母细胞瘤(GBM)中敏感和耐药的细胞群体，以开发更有效的治疗方法	胶质母细胞瘤(GBM)肿瘤细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	ISOSCELES	基因表达数据	新诊断和复发的GBM肿瘤样本
129	2025-06-08	NOTCH2 disrupts the synovial fibroblast identity and the inflammatory response of epiphyseal chondrocytes 2025-May-08, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110206 PMID:40345585	research paper	研究NOTCH2信号在小鼠软骨细胞中对转录组和细胞群体的影响，特别是在炎症反应和骨关节炎中的作用	揭示了NOTCH2功能获得性突变如何改变软骨细胞的转录组和细胞群体，特别是对关节滑膜成纤维细胞特性的破坏	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究NOTCH2信号在软骨细胞炎症反应和骨关节炎发病机制中的作用	小鼠软骨细胞，特别是NOTCH2功能获得性突变模型和条件性NOTCH2功能获得性模型	分子生物学	骨关节炎	RNA-Seq, scRNA-Seq	NA	转录组数据	两种NOTCH2功能获得性突变小鼠模型的初级骨骺细胞
130	2025-06-08	Multi-Omics Biomarkers for Predicting Efficacy of Biologic and Small-Molecule Therapies in Adults With Inflammatory Bowel Disease: A Systematic Review 2025-05, United European gastroenterology journal IF:5.8Q1 DOI:10.1002/ueg2.12720 PMID:39656426	系统综述	本文系统综述了用于预测成人炎症性肠病患者对生物制剂和小分子药物治疗效果的多组学生物标志物	综合分析了多种组学方法（包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、微生物组学和代谢组学）在预测治疗效果中的应用，特别强调了多组学数据集整合模型的影响	研究基于PubMed文献，可能存在发表偏倚，且未涉及所有潜在生物标志物	推进精准医学领域，通过生物标志物预测炎症性肠病患者对不同治疗方案的响应	成人炎症性肠病患者	精准医学	炎症性肠病	多组学方法（基因组学、转录组学、蛋白质组学、微生物组学、代谢组学）	多组学整合模型	多组学数据	NA
131	2025-06-08	Mechanisms of hematopoietic clonal dominance in VEXAS syndrome 2025-Apr-07, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03623-9 PMID:40195449	研究论文	本研究揭示了VEXAS综合征中造血克隆优势的机制，并提供了用于临床前研究的模型	首次揭示了VEXAS综合征中造血克隆优势的具体机制，并成功构建了人源化疾病模型	研究样本量较小（仅9名男性患者），可能限制结果的普遍性	探究VEXAS综合征中造血克隆优势的致病机制	VEXAS综合征患者和构建的人源化模型	血液病学	VEXAS综合征	单细胞转录组学、碱基编辑	人源化模型	转录组数据、表型数据	9名男性VEXAS综合征患者
132	2025-06-08	IL-12-producing cytokine factories induce precursor exhausted T cells and elimination of primary and metastatic tumors 2025-Apr-01, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010685 PMID:40169286	research paper	本研究评估了局部施用IL-12细胞因子工厂的安全性和抗肿瘤效果，展示了其在多种癌症类型中的治疗效果	利用临床可转化的细胞因子递送平台，诱导前体耗竭T细胞（Tpex）在肿瘤微环境中的分化，避免了传统IL-12治疗的毒性问题	研究主要基于小鼠模型和非人类灵长类动物，临床效果尚需进一步验证	开发一种新型免疫治疗方法，以诱导Tpex细胞的招募和系统性免疫，对抗多种实体瘤	前体耗竭T细胞（Tpex）、结直肠癌小鼠模型、黑色素瘤小鼠模型	免疫治疗	结直肠癌、黑色素瘤	单细胞RNA测序、细胞因子递送平台	NA	RNA测序数据、体内实验数据	9只结直肠癌小鼠、黑色素瘤小鼠模型、非人类灵长类动物
133	2025-06-08	Ferroptosis in idiopathic pulmonary fibrosis: mechanisms, impact, and therapeutic opportunities 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1567994 PMID:40469306	综述	本文综述了铁死亡在特发性肺纤维化(IPF)中的机制、影响及治疗机会	整合了铁死亡生物学的最新进展，提出了针对IPF的精准抗纤维化治疗新方向	IPF的确切病因仍不明确，铁死亡在其中的具体作用机制有待进一步研究	探讨铁死亡在IPF发病机制中的作用及潜在治疗策略	特发性肺纤维化(IPF)及其相关细胞类型(肺泡上皮细胞、巨噬细胞、成纤维细胞等)	病理学	肺纤维化	scRNA-seq	NA	NA	NA
134	2025-06-08	Toward precision oncology in LUAD: a prognostic model using single-cell sequencing and WGCNA based on a disulfidptosis relative gene signature 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1581915 PMID:40469299	研究论文	本研究旨在利用单细胞测序和WGCNA构建一个基于二硫键凋亡相关基因特征的预后模型，以评估其在肺腺癌（LUAD）中的预后价值	首次将二硫键凋亡机制与LUAD预后模型相结合，并发现KCNK1作为潜在治疗靶点	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	开发肺腺癌预后预测模型并探索新的治疗靶点	肺腺癌患者和相关的基因特征	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, WGCNA, ssGSEA, LASSO回归	预后模型	基因表达数据	TCGA LUAD数据集中的样本
135	2025-06-08	Exploring the landscape of Parkinson's disease transcriptomics: a quantitative review of research progress and future directions 2025, Frontiers in aging neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.3389/fnagi.2025.1505374 PMID:40469842	综述	本文通过文献计量分析揭示了帕金森病转录组学领域的研究现状和新兴趋势	首次对2011年至2025年帕金森病转录组学研究进行全面文献计量分析，揭示了单细胞和空间转录组学技术进步推动的研究活动激增	数据异质性和生物标志物验证高失败率等挑战依然存在	探索帕金森病转录组学的研究进展和未来方向	帕金森病转录组学相关文献	生物信息学	帕金森病	文献计量分析	NA	文献数据	208篇研究文章
136	2025-06-08	Expression and potential regulatory mechanism of cellular senescence-related genes in Alzheimer's disease based on single-cell and bulk RNA datasets 2025, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2025.1595847 PMID:40470298	research paper	本研究通过整合单细胞RNA测序和大规模测序数据，识别了阿尔茨海默病中细胞衰老相关基因的调控枢纽，并探索了潜在的分子机制和治疗靶点	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，系统分析了AD中细胞衰老相关基因的调控网络，并鉴定了特定细胞亚型中的关键基因	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索细胞衰老在阿尔茨海默病发病机制中的作用并寻找潜在治疗靶点	阿尔茨海默病患者脑组织中的不同细胞亚型	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序，批量RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但分析了7种细胞亚型
137	2025-06-08	Biological and prognostic insights into the prostaglandin D2 signaling axis in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1562261 PMID:40474982	研究论文	本研究通过单细胞RNA数据分析，探索了肺腺癌肿瘤微环境中前列腺素D2信号轴的作用及其预后意义	首次在肺腺癌中系统性地研究了前列腺素D2信号轴的细胞间通讯机制及其临床意义	研究主要基于计算推断，部分结果需要更多实验验证	探索肺腺癌肿瘤微环境中代谢物介导的细胞间通讯机制	肺腺癌肿瘤微环境中的细胞类型和代谢物	肿瘤微环境	肺腺癌	scRNA-seq, RT-qPCR, 免疫荧光	MEBOCOST, ESTIMATE, ssGSEA	单细胞RNA数据, 批量RNA数据	TCGA-LUAD数据集和两个GEO数据集
138	2025-06-08	Single-cell and bulk transcriptome analyses reveal elevated amino acid metabolism promoting tumor-directed immune evasion in colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1575829 PMID:40475762	研究论文	通过单细胞和批量转录组分析，揭示了结直肠癌中氨基酸代谢升高促进肿瘤导向的免疫逃逸	开发了一个基于AUCell算法的氨基酸代谢评分，并构建了一个31基因的AA评分和6基因的风险评分，用于预测PD-1阻断治疗的响应和预后	样本量相对较小，仅包括17名接受PD-1阻断治疗的CRC患者和23名CRC患者的独立数据集	探究结直肠癌中氨基酸代谢与免疫逃逸的关系，并开发预测预后和药物敏感性的工具	结直肠癌患者的肿瘤细胞和肿瘤浸润免疫细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、LASSO和Cox回归分析	AUCell算法、机器学习	转录组数据	17名接受PD-1阻断治疗的CRC患者的46,374个上皮细胞和23名CRC患者的独立数据集
139	2025-06-08	Expression of PSMD14 in lung adenocarcinoma and its impact on immune cell infiltration and prognosis: a comprehensive analysis based on RNA and single-cell RNA sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1560693 PMID:40475775	research paper	本研究探讨了PSMD14在肺腺癌中的表达及其对免疫细胞浸润和预后的影响	首次全面分析了PSMD14在肺腺癌中的表达及其与免疫细胞浸润和患者预后的关系，并整合了RNA-seq和单细胞RNA-seq数据	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分有限	探索PSMD14在肺腺癌中的表达及其对肿瘤免疫和临床结果的影响	肺腺癌患者样本及相关的RNA-seq和单细胞RNA-seq数据	digital pathology	lung cancer	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫组化	NA	RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据, 免疫组化图像	肺腺癌患者样本及公开数据集中的RNA-seq和单细胞RNA-seq数据
140	2025-06-08	Metabolic profiles in laryngeal cancer defined two distinct molecular subtypes with divergent prognoses 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1512502 PMID:40475768	research paper	该研究通过综合分析转录组、突变、甲基化和单细胞RNA测序数据，确定了与代谢相关的喉癌亚型，并开发了预后和诊断模型	首次通过多组学数据定义了喉癌的两种代谢相关分子亚型，并开发了高性能的诊断和预后预测模型	样本量相对有限（114例），且需要更多独立队列验证模型的普适性	探索喉癌的代谢相关分子亚型及其对预后的影响	喉癌患者	digital pathology	laryngeal cancer	转录组测序, 突变分析, 甲基化分析, 单细胞RNA测序	LASSO Cox回归, Random Forest算法	基因组数据, 转录组数据, 甲基化数据	114例喉癌患者（来自TCGA数据库）