单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-07-04	Early multiple sclerosis activity associated with TBX21+CD21loCXCR3+ B cell expansion resembling EBV-induced phenotypes 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.188543 PMID:40359016	研究论文	该研究通过单细胞表达分析探讨了EBV感染与多发性硬化症（MS）早期活动之间的关联	首次发现早期MS患者外周B细胞中TBX21+CD21loCXCR3+ B细胞的扩增与EBV诱导的表型相似，并揭示了这些细胞与MS活动的相关性	未检测到ABCs中直接的EBV感染	探讨EBV感染在多发性硬化症发病机制中的作用	早期多发性硬化症患者的外周B细胞	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、流式细胞术	NA	单细胞表达数据	来自免疫耐受网络STAyCIS试验的纵向收集的早期MS患者样本
122	2025-07-04	IL-1β signaling modulates T follicular helper and regulatory cells in human lymphoid tissues 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.188724 PMID:40392614	research paper	该研究探讨了IL-1β信号在人类淋巴组织中T滤泡辅助细胞(Tfh)和T滤泡调节细胞(Tfr)中的调节作用	揭示了IL-1β通过IL-1R1和IL-1R2受体在人类淋巴组织中调节Tfh和Tfr细胞活化的新机制	研究主要基于体外实验和有限的人类组织样本，未进行大规模临床验证	阐明IL-1β信号在人类淋巴组织中对Tfh和Tfr细胞的调节机制	人类次级淋巴器官(扁桃体、脾脏和肠系膜淋巴结)中的Tfh和Tfr细胞	免疫学	自身免疫性疾病	流式细胞术、单细胞转录组学和体外培养	NA	细胞表型数据和基因表达数据	人类次级淋巴器官样本和自身免疫患者样本
123	2025-07-04	Tumor suppressors in Sox2-mediated lung cancers promote distinct cell-intrinsic and immunologic remodeling 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.171364 PMID:40327401	research paper	本研究探讨了肿瘤抑制因子Trp53和Pten在Sox2介导的非小细胞肺癌（NSCLC）中的协同作用及其对肿瘤微环境的免疫重塑	揭示了Trp53和Pten在Sox2介导的NSCLC肿瘤进展中的协同作用，并发现CD38+肿瘤相关炎症单核细胞亚群在补体途径激活中的关键角色	研究主要基于小鼠模型，结果在人类NSCLC中的适用性需要进一步验证	探究Trp53和Pten肿瘤抑制因子在Sox2介导的NSCLC肿瘤进展和免疫微环境重塑中的作用	非小细胞肺癌（NSCLC）中的肺鳞癌（LUSC）和肺腺癌（LUAD）亚型	肿瘤学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	小鼠遗传模型（SNL, SNL-Trp53, SNL-Pten, LN2A）	基因表达数据	多种遗传背景的小鼠模型（具体数量未明确说明）
124	2025-07-04	SeuratIntegrate: an R package to facilitate the use of integration methods with Seurat 2025-Jun-23, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf358 PMID:40581358	research paper	介绍了一个名为SeuratIntegrate的R包，旨在扩展Seurat用户在单细胞RNA测序分析中的集成方法选择	提供了更多集成方法的选择，包括基于Python的方法，并支持在R环境中进行集成基准测试和自动化Python环境管理	未明确提及具体的数据集或样本量限制	提升单细胞RNA测序数据整合的灵活性和效率	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
125	2025-07-04	Resident memory T cell development is gradual and shows AP-1 gene expression in mature cells 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187381 PMID:40548376	研究论文	本研究通过单细胞RNA-seq数据揭示了CD8+ TRM细胞在皮肤和小肠上皮内淋巴细胞中的发育特征及AP-1转录因子家族在成熟TRM细胞中的关键作用	定义了跨皮肤和小肠上皮内淋巴细胞的TRM时间特征，揭示了AP-1转录因子家族在成熟TRM细胞生物学中的关键作用	研究主要关注CD8+ TRM细胞，未涉及其他类型的TRM细胞	探究TRM细胞分化和效应功能启动的机制	CD8+ TRM细胞在皮肤和小肠上皮内淋巴细胞中的发育	免疫学	NA	单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 循环免疫荧光(CyCIF)组织成像	线性模型	基因表达数据, 染色质可及性数据, 组织成像数据	10个发育时间点的单细胞RNA-seq数据
126	2025-07-04	Type 2 diabetes alters quiescent pancreatic stellate cells to tumor-prone state 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187424 PMID:40548381	研究论文	本研究探讨了2型糖尿病（T2D）如何改变静止的胰腺星状细胞（qPSCs）使其倾向于肿瘤状态	首次通过单细胞RNA测序揭示了T2D中qPSCs亚群的变化，并发现了一种新的亚群tapPafs，其表达Cxcl13并可能促进肿瘤免疫和血管生成	研究样本量较小，仅使用了小鼠模型，人类样本的分析有限	研究T2D如何影响qPSCs的亚群分布及其在胰腺导管腺癌（PDAC）发展中的作用	小鼠和人类的胰腺星状细胞（PSCs）	癌症研究	胰腺导管腺癌（PDAC）和2型糖尿病（T2D）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	8周龄的C57BL/6J小鼠和糖尿病db/db小鼠的PSCs
127	2025-07-04	CRISPR for cystic fibrosis: Advances and insights from a systematic review 2025-Jun-17, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.06.021 PMID:40534129	系统综述	本文系统综述了CRISPR技术在囊性纤维化(CF)基因治疗中的应用进展，分析了27篇相关研究文章	通过跨研究比较，分析了多种CRISPR技术对CF致病变异的编辑效果，并提出了标准化报告编辑效率和功能恢复的建议	需要更多单细胞RNA测序和体内研究以达到临床相关结论	为CRISPR基因编辑技术在CF治疗中的进一步探索提供技术见解	囊性纤维化(CF)致病变异	基因编辑	囊性纤维化	CRISPR, 同源定向修复, 碱基编辑, 原始编辑	NA	研究文章	27篇研究文章
128	2025-07-04	Single-cell transcriptome analysis reveals abnormal angiogenesis and placentation by loss of imprinted glutaminyl-peptide cyclotransferase 2025-Jun-15, Journal of Zhejiang University. Science. B DOI:10.1631/jzus.B2400099 PMID:40571662	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了印迹谷氨酰肽环转移酶缺失导致的异常血管生成和胎盘形成	首次将谷氨酰肽环转移酶鉴定为调控小鼠胎盘形成的新型抗血管生成因子，并利用单细胞转录组技术详细描述了其缺失对胎盘血管生成的影响	研究仅限于小鼠模型，未在人类胎盘中进行验证	探究印迹基因谷氨酰肽环转移酶在胎盘血管生成和胚胎发育中的作用	谷氨酰肽环转移酶敲除小鼠及其胎盘组织	发育生物学	胎盘功能障碍	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单核RNA测序(snRNA-seq)、免疫组织化学	基因敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	32,309个细胞(来自野生型和敲除型小鼠胎盘)
129	2025-07-04	Epigenetic Reprogramming of Autophagy Leads to Uncovering a Novel Therapeutic Target for Mutant IDH1 Astrocytomas 2025-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.08.584091 PMID:38559270	研究论文	本文揭示了自噬在mIDH1胶质瘤中的关键作用，并提出了通过抑制自噬来增强放射敏感性的新治疗策略	发现自噬是mIDH1胶质瘤生存的关键通路，并证明通过阻断该通路可增强放射敏感性	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果尚需进一步验证	探索mIDH1胶质瘤的治疗新靶点	人类和小鼠的mIDH1胶质瘤细胞	肿瘤学	胶质瘤	RNA-seq, ChIP-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	人类和小鼠的mIDH1胶质瘤细胞及患者样本
130	2025-07-04	A Molecular, Spatial, and Regulatory Atlas of the Hydra vulgaris Nervous System 2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.15.531610 PMID:36993575	研究论文	本研究提供了Hydra vulgaris神经系统的最全面分子和空间特征	首次通过单细胞RNA测序鉴定了八种神经元类型，并进一步细分为十五种转录不同的亚型，每种亚型具有独特的空间分布和形态	研究仅针对Hydra vulgaris，结果可能不适用于其他生物	揭示神经系统发育、稳态和再生的分子机制	Hydra vulgaris的神经系统	神经科学	NA	单细胞RNA测序, ATAC-seq	NA	分子数据, 空间数据	NA
131	2025-07-04	Single-cell transcriptomics reveal differences between chorionic and basal plate cytotrophoblasts and trophoblast stem cells 2025-Jun-11, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6797967/v1 PMID:40585209	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，揭示了早期妊娠人类胎盘中绒毛细胞滋养层细胞（CTB）与滋养层干细胞（TSC）之间的转录差异	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，详细比较了不同妊娠时期和胎盘区域CTB的转录多样性，并确定了TSC的细胞来源	研究样本量相对较小，仅包括6-14周妊娠的胎盘组织	探究早期妊娠胎盘中CTB的转录多样性与TSC的关系	早期妊娠人类胎盘的绒毛细胞滋养层细胞和滋养层干细胞	单细胞转录组学	妊娠相关疾病	scRNA-seq, GeoMx空间转录组学, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	6-8周和12-14周妊娠的胎盘组织样本，三个TSC细胞系
132	2025-07-04	Transcriptional landscape of pleural mesothelioma patients in relation to NF2 gene mutational status 2025-Jun-09, Journal of the Egyptian National Cancer Institute IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s43046-025-00284-0 PMID:40484892	研究论文	本研究探讨了NF2基因突变状态对胸膜间皮瘤患者转录景观的影响	揭示了NF2突变如何影响肿瘤微环境、免疫浸润、细胞因子信号传导及化疗敏感性	样本量相对较小（82例），且缺乏实验验证	阐明NF2基因突变在胸膜间皮瘤生物学行为和治疗反应中的作用	82例胸膜间皮瘤患者	肿瘤基因组学	胸膜间皮瘤	RNA测序、单细胞RNA测序、生物信息学分析（xCell, Cytosig, pRRophetic）	逻辑回归模型	转录组数据	82例胸膜间皮瘤患者（来自TCGA数据库）
133	2025-07-04	Single-Cell RNA Sequencing of Rabbit Sclera at Different Developmental Stages: Unveiling Scleral Cells Atlas and the Heterogeneity of Fibroblasts 2025-Jun-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.6.83 PMID:40576432	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术构建了兔巩膜发育的单细胞转录组图谱，揭示了成纤维细胞的异质性、分化轨迹、基质组表达模式及细胞间通讯	首次构建兔巩膜发育的单细胞图谱，揭示了成纤维细胞的异质性及跨物种保守特征	研究仅针对新西兰兔，未涉及其他物种或人类样本的直接验证	阐明巩膜成纤维细胞的异质性及发育过程中的分子特征	新西兰兔巩膜组织（胚胎25天及出生后7天、21天、180天）	单细胞转录组学	近视	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	新西兰兔巩膜组织（E25、P7、P21、P180四个发育阶段）
134	2025-07-04	Elevated Fcy receptor expression augments pro-inflammatory macrophage phagocytosis in systemic sclerosis and associated rheumatic diseases 2025-Jun-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae688 PMID:39672802	research paper	本研究通过分析系统性硬化症（SSc）和其他风湿性疾病的巨噬细胞激活、信号通路及治疗反应，揭示了增强吞噬作用的机制	发现SSc患者巨噬细胞中FCGR基因表达升高及FcγR介导的吞噬途径富集，并指出FcγRI和FcγRII水平升高是增强吞噬活性和IL-6驱动炎症的关键因素	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，可能无法完全反映体内复杂的免疫环境	探究SSc及其他风湿性疾病中巨噬细胞的促吞噬表型及其机制	健康对照者及SSc、RA、PsA和axSpA患者的皮肤和肺巨噬细胞	免疫学	系统性硬化症及相关风湿性疾病	scRNA-seq, 流式细胞术, Western blot, RT-qPCR	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	来自健康对照者及SSc、RA、PsA和axSpA患者的CD14+单核细胞衍生的巨噬细胞
135	2025-07-04	Lung-resident memory CD4+ T cells are dependent on Batf3 2025-Jun-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf035 PMID:40184040	研究论文	本文研究了Batf3转录因子在肺组织中CD4+记忆T细胞积累中的作用及其对过敏反应的影响	揭示了Batf3通过促进特定CD4+记忆T细胞亚群的发育来调控过敏性反应的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探究肺组织中记忆T细胞积累的细胞和分子机制	小鼠肺组织中的CD4+记忆T细胞	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序	小鼠哮喘模型	基因表达数据	Batf3缺陷小鼠和对照小鼠
136	2025-07-04	Establishing the causative link between CFAP221 variants and asthenoteratozoospermia in humans 2025-Jun, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-025-03472-y PMID:40272718	研究论文	该研究通过全外显子测序和生物信息学分析，确定了CFAP221基因变异与人类弱畸精子症之间的致病联系	首次发现CFAP221是男性不育的新致病基因，并揭示了其在精子鞭毛发育中的关键作用	研究样本仅来自两个中国家庭，样本量较小	探索男性不育的遗传学病因	两个无关中国家庭的不育患者	遗传学	男性不育症	全外显子测序(WES), Sanger测序, 扫描电镜(SEM), 透射电镜(TEM), 免疫荧光染色, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据, 显微图像数据	两个家庭的不育患者及其家族成员
137	2025-07-04	Oncogene aberrations drive medulloblastoma progression, not initiation 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08973-5 PMID:40335697	研究论文	本研究利用单细胞技术探究了3/4组髓母细胞瘤中癌基因畸变和拷贝数变异在肿瘤演进和治疗抵抗中的作用	首次揭示大规模染色体畸变是肿瘤起始的早期事件，而单基因致癌事件发生在晚期且通常是亚克隆的，但MYC在疾病进展过程中可变为克隆性并驱动肿瘤进一步发展和治疗抵抗	研究样本仅限于已知MYC、MYCN和PRDM6癌基因改变的3/4组髓母细胞瘤病例	阐明3/4组髓母细胞瘤中癌基因畸变和拷贝数变异在肿瘤演进和治疗抵抗中的作用机制	3/4组髓母细胞瘤	数字病理学	髓母细胞瘤	单核RNA测序(snRNA-seq)、单核转座酶可及染色质测序(snATAC-seq)和空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、表观基因组数据和空间转录组数据	一组已知MYC、MYCN和PRDM6癌基因改变的3/4组髓母细胞瘤病例
138	2025-07-04	Concurrent loss of the Y chromosome in cancer and T cells impacts outcome 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09071-2 PMID:40468066	研究论文	该研究探讨了Y染色体缺失（LOY）在癌症和T细胞中的并发缺失对预后的影响	首次通过全面的泛癌分析揭示了LOY在恶性上皮细胞、肿瘤基质细胞和免疫细胞中的存在及其与PBMCs中LOY的关联，并建立了LOY在免疫细胞和恶性细胞之间的联系模型	研究主要基于RNA测序数据和小鼠模型，可能需要在更广泛的临床样本中验证	探究LOY在PBMCs、PBMC来源的免疫细胞和癌细胞之间的关系及其对癌症死亡率的影响	29种人类肿瘤类型的批量及单细胞RNA测序数据，以及自体和同基因小鼠模型	癌症研究	上皮癌	RNA测序	NA	RNA测序数据	29种人类肿瘤类型的样本及小鼠模型
139	2025-07-04	Cell type-specific network analysis in Diversity Outbred mice identifies genes potentially responsible for human bone mineral density GWAS associations 2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.20.594981 PMID:38826475	研究论文	利用单细胞转录组学数据，通过细胞类型特异性网络分析，识别与人类骨矿物质密度GWAS关联的潜在因果基因	结合单细胞转录组学数据和GWAS结果，识别出21个网络驱动基因，这些基因可能通过间充质谱系细胞分化调控骨矿物质密度	研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	解析骨矿物质密度GWAS关联的潜在因果基因及其功能背景	Diversity Outbred小鼠的骨髓基质细胞（BMSC-OBs）	基因组学	骨质疏松症	scRNA-seq, eQTL/sQTL分析	NA	单细胞转录组数据	NA
140	2025-07-04	Cardiac Fibroblasts regulate myocardium and coronary vasculature development via the collagen signaling pathway 2025-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.11.612512 PMID:39314489	研究论文	本研究揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌和冠状血管发育的功能	首次系统研究了心脏成纤维细胞与心肌细胞、血管内皮细胞在发育过程中的相互作用，并确定了胶原信号通路的关键调控作用	研究主要基于小鼠模型，人类心脏发育可能存在差异；长期成纤维细胞消融的补偿机制需要进一步研究	探究心脏成纤维细胞在心肌和冠状血管发育中的作用机制	小鼠心脏发育过程中的成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞	发育生物学	心血管疾病	scRNA-seq, RNA染色, Pdgfra-CreER控制的DTA消融系统	NA	单细胞转录组数据	不同发育阶段的小鼠心脏组织样本