单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-05-11	CD4+ T cell-innate immune crosstalk is critical during Staphylococcus aureus craniotomy infection 2025-Feb-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.183327 PMID:39989461	研究论文	本研究探讨了CD4+ T细胞与先天免疫系统在金黄色葡萄球菌颅骨切开术感染中的关键交互作用	首次揭示了Th1和Th17细胞通过促炎反应调节先天免疫景观以控制金黄色葡萄球菌感染的作用机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明颅骨切开术感染中免疫应答机制	CD4+ T细胞与先天免疫细胞的相互作用	免疫学	细菌感染	scRNA-Seq	小鼠感染模型	RNA测序数据	小鼠模型和有限的人类感染样本
122	2025-05-11	Identification of splenic IRF7 as a nanotherapy target for tele-conditioning myocardial reperfusion injury 2025-Feb-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57048-6 PMID:39994192	research paper	该研究探讨了纳米疗法在心血管疾病治疗中的应用，特别是通过靶向脾脏IRF7来远程调节心肌再灌注损伤	研究发现脾脏IRF7在脾脏-心脏通讯网络中起关键作用，并设计了一种靶向脾脏的纳米颗粒STEER来抑制IRF7，从而改善心脏功能	研究仅在雄性小鼠的临床前模型中进行，尚未在人类中进行验证	探索纳米疗法在心血管疾病治疗中的新途径，特别是通过靶向脾脏来远程调节心肌再灌注损伤	脾脏IRF7和心肌再灌注损伤	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA-seq分析	NA	RNA-seq数据	雄性小鼠的临床前模型
123	2025-05-11	CCN2 mediates fibroblast-macrophage interaction in knee arthrofibrosis based on single-cell RNA-seq analysis 2025-Feb-24, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-025-00400-9 PMID:39994205	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示了CCN2在膝关节纤维化中介导成纤维细胞与巨噬细胞相互作用的作用	首次发现CCN2通过TGF-β通路介导成纤维细胞与巨噬细胞的相互作用，并促进纤维化过程	研究样本量较小，仅包括6名患者	探究膝关节纤维化的病理机制	膝关节纤维化患者的滑膜组织	单细胞RNA测序分析	膝关节纤维化	流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	6名膝关节纤维化患者及对照组的滑膜组织
124	2025-05-11	Comprehensive analysis of lipid metabolic signatures identified CEBPD promotes breast cancer cell proliferation 2025-Feb-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-90869-5 PMID:39994306	research paper	该研究通过单细胞转录组和大规模转录组数据分析，识别了与乳腺癌脂质代谢相关的基因特征，并构建了预后风险模型，揭示了CEBPD在乳腺癌细胞增殖中的抑制作用	首次通过单细胞转录组分析识别乳腺癌脂质代谢特征基因，并构建预后风险模型，发现CEBPD作为独立预后基因的抑制作用	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平验证，且样本来源可能有限	探索乳腺癌中脂质代谢特征及其与肿瘤进展的关系，寻找新的预后标志物和治疗靶点	乳腺癌组织和细胞	肿瘤生物学	乳腺癌	scRNA-seq, bulk transcriptome analysis	预后风险模型	转录组数据	未明确说明数量的原发性乳腺癌样本
125	2025-05-11	FOXO4-DRI induces keloid senescent fibroblast apoptosis by promoting nuclear exclusion of upregulated p53-serine 15 phosphorylation 2025-Feb-24, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07738-0 PMID:39994346	研究论文	本研究探讨了FOXO4-DRI通过促进上调的p53-serine 15磷酸化的核排斥诱导瘢痕疙瘩衰老成纤维细胞凋亡的机制	首次发现FOXO4-DRI通过促进p53-pS15的核排斥诱导瘢痕疙瘩衰老成纤维细胞凋亡，并揭示了p53-pS15和p16上调在维持瘢痕疙瘩衰老微环境中的作用	研究主要基于体外实验和瘢痕疙瘩器官培养模型，缺乏体内实验验证	探索瘢痕疙瘩中衰老成纤维细胞的分子机制及潜在治疗靶点	瘢痕疙瘩中的成纤维细胞亚群和衰老成纤维细胞	分子生物学	瘢痕疙瘩	单细胞RNA测序分析、磷酸特异性蛋白微阵列、Western blotting	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据	NA
126	2025-05-11	POU2F2+ B cells enhance antitumor immunity and predict better survival in non small cell lung cancer 2025-Feb-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-90817-3 PMID:39994401	研究论文	本研究探讨了POU2F2+ B细胞在非小细胞肺癌（NSCLC）中对患者生存和免疫细胞浸润的影响	首次揭示了POU2F2+ B细胞在NSCLC中的关键作用，并提出了POU2F2作为NSCLC免疫治疗的新靶点	研究样本量有限，且未探讨POU2F2+ B细胞在不同NSCLC亚型（LUAD和LUSC）中功能差异的分子机制	阐明POU2F2+ B细胞在NSCLC患者生存和免疫细胞浸润中的作用	非小细胞肺癌（NSCLC）患者和肿瘤微环境中的免疫细胞	肿瘤免疫学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫组化（mIHC）、CIBERSORT分析	NA	RNA测序数据、免疫组化图像数据	两个NSCLC scRNA-seq数据集和两个NSCLC免疫治疗相关的bulk RNA测序数据集
127	2025-05-11	Single-cell RNA transcriptome uncovers distinct developmental trajectories in the embryonic skeletal muscle of Daheng broiler and Tibetan chicken 2025-Feb-24, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11363-w PMID:39994525	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了大恒肉鸡和藏鸡胚胎骨骼肌发育中的不同细胞群及其分子机制	首次构建了鸡胚胎骨骼肌的单细胞图谱，揭示了大恒肉鸡和藏鸡在胚胎肌肉发育中的不同轨迹和关键基因	研究仅针对两种鸡品种，可能无法完全代表所有鸡种的发育差异	探究不同鸡品种骨骼肌发育差异的分子机制	大恒肉鸡和藏鸡的胚胎骨骼肌	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA序列数据	29,579个高质量细胞，代表6种不同的细胞类型
128	2025-05-11	THBS1 in macrophage-derived exosomes exacerbates cerebral ischemia-reperfusion injury by inducing ferroptosis in endothelial cells 2025-Feb-24, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03382-x PMID:39994679	research paper	本研究探讨了巨噬细胞来源的外泌体在脑缺血再灌注损伤中的作用及其机制	揭示了THBS1通过OTUD5促进GPX4泛素化从而诱导内皮细胞铁死亡的机制，并筛选出靶向THBS1的小分子化合物SAB	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化仍需进一步验证	阐明巨噬细胞来源外泌体在脑缺血再灌注损伤中的作用机制	巨噬细胞来源的外泌体、内皮细胞、THBS1蛋白	分子病理学	脑缺血再灌注损伤	蛋白质组测序、转录组测序、单细胞测序、RNA干扰、腺相关病毒转染、高通量筛选、分子对接、分子动力学模拟、细胞热位移分析	tMCAO小鼠模型、内皮特异性Gpx4敲除小鼠	蛋白质组数据、转录组数据、单细胞测序数据	AIS患者外周血样本、THP-1和RAW264.7细胞系、tMCAO小鼠模型
129	2025-05-11	Consequences of training data composition for deep learning models in single-cell biology 2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639127 PMID:40060416	研究论文	本文系统研究了训练数据集组成对单细胞转录组学深度学习模型行为的影响	首次系统研究了单细胞基础模型中训练数据组成对模型性能的影响	研究主要聚焦于人类造血系统，可能限制了结果的普适性	探索训练数据组成如何影响单细胞转录组学深度学习模型的性能	人类造血系统的单细胞转录组数据	单细胞生物学	NA	单细胞转录组测序	深度学习模型	单细胞转录组数据	包含成体和发育组织、疾病状态和扰动图谱的细胞样本
130	2025-05-11	Targeted delivery of CCL3 reprograms macrophage antigen presentation and enhances the efficacy of immune checkpoint blockade therapy in hepatocellular carcinoma 2025-Feb-23, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010947 PMID:39988347	研究论文	本研究探讨了CCL3在调节肝细胞癌（HCC）肿瘤免疫微环境（TIME）中的作用，并展示了其通过增强抗原提呈和免疫细胞招募来提高免疫检查点阻断疗法效果的潜力	揭示了CCL3通过CCL3-CCR5通路增强巨噬细胞代谢和抗原提呈能力，从而重塑HCC的免疫抑制微环境并提高免疫治疗效果的机制	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证	探索CCL3在HCC免疫治疗中的作用机制并提高免疫检查点阻断疗法的疗效	肝细胞癌（HCC）的肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、多重免疫荧光、共培养系统、共聚焦成像、代谢物检测	临床前HCC模型	基因表达数据、蛋白质数据、代谢数据	来自癌症基因组图谱（TCGA）数据库的人类HCC样本和临床前模型样本
131	2025-05-11	Pluripotency factor Tex10 finetunes Wnt signaling for spermatogenesis and primordial germ cell development 2025-Feb-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57165-2 PMID:39988597	研究论文	本文研究了Tex10在精子发生和原始生殖细胞发育中对Wnt信号的精细调控作用	首次揭示了Tex10通过调节Psmd3和Psmd7的表达来抑制Wnt信号通路，从而影响精子发生和原始生殖细胞发育的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类细胞中的功能验证尚未进行	探究Tex10在生殖细胞发育过程中的分子机制	小鼠睾丸组织、胚胎干细胞(ESCs)和原始生殖细胞(PGCs)	发育生物学	男性不育症	条件性基因敲除、dTAG-degron系统、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、染色质占据研究	小鼠模型	基因表达数据、染色质结合数据	条件性敲除小鼠和dTAG-degron ESC细胞系
132	2025-05-11	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Extensive Heterogeneity and Unique Gene Trajectories in Non-Transformed and Transformed Human Lung Epithelial Cells: Insights into the Role of LncRNAs in Tumor Heterogeneity 2025-Feb-16, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26041690 PMID:40004153	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示非转化和转化人类肺上皮细胞的转录组异质性及lncRNA在肿瘤异质性中的作用	首次利用scRNA-seq技术系统比较非转化与转化肺上皮细胞的转录组异质性，并揭示lncRNA在其中的关键调控作用	研究仅基于细胞系数据，未涉及临床肿瘤样本	解析肺上皮细胞转化过程中的转录组异质性特征	永生化非转化(BEAS2B)和转化(H460)肺上皮细胞系	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	两种肺上皮细胞系(BEAS2B和H460)
133	2025-05-11	The Involvement of RIPK1 in Alopecia Areata 2025-Feb-13, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26041565 PMID:40004031	研究论文	研究RIPK1在斑秃(AA)中的作用及其抑制剂对AA发病的预防效果	首次研究了RIPK1在斑秃发病中的作用，并发现其抑制剂可以延缓AA的发病	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨RIPK1在斑秃发病中的作用及其潜在治疗价值	斑秃小鼠模型及毛囊器官培养	NA	斑秃	单细胞RNA测序和免疫组织化学	NA	mRNA和蛋白质表达数据	NA
134	2025-05-11	Single-Cell RNA Sequencing in Unraveling Acquired Resistance to EGFR-TKIs in Non-Small Cell Lung Cancer: New Perspectives 2025-Feb-11, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26041483 PMID:40003951	review	本文综述了单细胞RNA测序技术在非小细胞肺癌(NSCLC)中对EGFR-TKIs获得性耐药机制研究中的关键作用及其新视角	强调了单细胞RNA测序技术在揭示EGFR-TKIs获得性耐药机制中的创新应用，特别是在肿瘤微环境和细胞异质性分析中的高分辨率优势	现有对EGFR-TKI耐药机制的理解仍不完全，传统方法在整体细胞水平上的均值分析难以充分揭示耐药发展过程	探索非小细胞肺癌中EGFR-TKIs获得性耐药机制，推动精准医学治疗策略的发展	非小细胞肺癌(NSCLC)及其对EGFR-TKIs的获得性耐药机制	digital pathology	lung cancer	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	NA
135	2025-05-11	From Local to Systemic: The Journey of Tick Bite Biomarkers in Australian Patients 2025-Feb-11, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26041520 PMID:40003986	research paper	该研究探讨了蜱虫叮咬后皮肤局部信号在血液中的系统性检测及其临床和研究价值	首次证明蜱虫叮咬后皮肤分子事件可在血液中系统性检测，为液体活检提供新思路	样本量有限	验证蜱叮咬后局部组织事件信号在血液中的可检测性	澳大利亚蜱虫叮咬患者	生物医学	蜱媒疾病	多组学分析（转录组学、蛋白质组学、代谢组学、DNA甲基化）	NA	分子生物学数据	有限样本量（具体数量未说明）
136	2025-05-11	paraCell: a novel software tool for the interactive analysis and visualization of standard and dual host-parasite single-cell RNA-seq data 2025-Feb-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf091 PMID:39988320	research paper	介绍了一种名为paraCell的新型软件工具，用于交互式分析和可视化标准及双宿主-寄生虫单细胞RNA测序数据	开发了paraCell软件工具，无需编程能力即可分析和可视化单细胞数据，填补了寄生虫学领域数据分析工具的空缺	未明确提及样本量的限制或软件性能的具体限制	为寄生虫学领域的研究人员提供一个易于使用的工具，以便更广泛地利用现有的单细胞转录组数据	单细胞转录组数据，特别是与寄生虫（如疟原虫、锥虫、弓形虫和泰勒虫）相关的数据	生物信息学	寄生虫感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	使用了已发表的疟原虫和锥虫数据集，并生成了弓形虫-小鼠和泰勒虫-牛的单细胞RNA测序数据集
137	2025-05-11	Shiba: a versatile computational method for systematic identification of differential RNA splicing across platforms 2025-Feb-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf098 PMID:39997221	research paper	开发了一种名为Shiba的计算方法，用于系统识别不同RNA测序平台上的差异RNA剪接	Shiba方法在捕获注释和非注释的剪接事件方面具有更高的准确性、敏感性和可重复性，解决了连接读不平衡的问题，显著减少了假阳性	虽然Shiba在小样本量下表现良好，但在单细胞RNA测序中的应用仍需通过伪批量方法进行分析，可能限制了其在单细胞水平上的直接应用	开发一种全面的方法来识别和分析不同RNA测序平台上的差异RNA剪接	RNA剪接事件	生物信息学	NA	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA测序数据	适用于小样本量（如n=1）和单细胞RNA测序数据
138	2025-05-11	Single-Cell Sequencing Reveals the Role of Radiation-Induced Stemness-Responsive Cancer Cells in the Development of Radioresistance 2025-Feb-08, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26041433 PMID:40003899	研究论文	通过单细胞测序技术研究辐射诱导的干细胞样反应性癌细胞在放疗抗性发展中的作用	揭示了放疗早期阶段癌细胞干细胞样表型的激活及其在放疗抗性发展中的关键作用，并识别了EGFR-Hippo信号通路轴的驱动机制	研究仅基于人类非小细胞肺癌A549细胞系，未涉及其他癌症类型或体内模型	探究放疗过程中癌细胞干细胞样变化及其对放疗抗性的影响	人类非小细胞肺癌A549细胞及其放疗抗性亚群A549-RR	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	单细胞基因表达数据	不同时间点的A549细胞及其放疗抗性亚群
139	2025-05-11	Identification of Wnt-5a Receptors Important in Diabetic and Non-Diabetic Corneal Epithelial Wound Healing 2025-Feb-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.2.64 PMID:39998459	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和DNA甲基化分析，确定了Wnt-5a在糖尿病和非糖尿病角膜上皮伤口愈合中的关键受体	首次揭示了Wnt-5a在糖尿病角膜伤口愈合中通过ROR2和FZD5受体的作用机制	研究仅基于体外细胞实验，未进行体内验证	确定介导Wnt-5a促进糖尿病角膜上皮伤口愈合的受体	人类角膜缘上皮细胞(LECs)	分子生物学	糖尿病角膜病变	scRNA-seq, DNA甲基化分析, qRT-PCR, western blot, 免疫染色, siRNA转染	NA	基因表达数据, DNA甲基化数据, 蛋白质表达数据	来自死后糖尿病和非糖尿病供体的人类角膜缘上皮细胞
140	2025-05-11	Eliminating the persistent HIV reservoir based on biomarker expression - How do we get there? 2025-02, Virology IF:2.8Q3 DOI:10.1016/j.virol.2024.110368 PMID:39721194	review	本文讨论了消除HIV持久性储存库的挑战，以及基于生物标志物表达的策略	探讨了识别定义所有HIV储存库细胞亚群的最小细胞表面蛋白集的需求，并提出了未来研究方向	目前缺乏定义HIV潜伏感染细胞的特定分子标志物或生物标志物，且生物标志物存在异质性	研究如何通过生物标志物表达来消除HIV持久性储存库，实现HIV治愈	HIV持久性储存库及其生物标志物	传染病学	HIV/AIDS	空间转录组学和蛋白质组学	NA	NA	NA