单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31060 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2025-09-15 |
Integrated single-nuclei and spatial transcriptomic profiling of human sacrococcygeal teratomas reveals heterogeneity in cellular composition and X-chromosome inactivation
2025-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.21.665156
PMID:40777431
|
研究论文 | 通过整合单核RNA测序和空间转录组学分析人类骶尾部畸胎瘤，揭示细胞组成异质性和X染色体失活现象 | 首次结合单核RNA测序与空间转录组技术研究SCTs，发现X染色体双等位基因激活与细胞身份的联系，并提出X剂量失调可能影响肿瘤异质性和免疫微环境 | 样本量较小（共8例肿瘤），未检测到推测的多能细胞群体 | 探究骶尾部畸胎瘤的细胞起源、临床分层和性别偏倚机制 | 人类骶尾部畸胎瘤组织样本（6例产后、2例产前） | 单细胞基因组学 | 骶尾部畸胎瘤 | single nuclei RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 8例肿瘤样本（1例男性，7例女性） |
| 122 | 2025-09-15 |
Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher
2025-Jul-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03682-8
PMID:40702544
|
研究论文 | 提出一种名为Decipher的深度生成模型，用于整合和可视化正常与扰动条件下的单细胞RNA测序数据，以揭示细胞状态轨迹的异常变化 | 开发了一种能够联合建模和可视化基因表达与细胞状态的深度生成模型，有效表征正常到异常细胞状态的转变 | NA | 开发计算工具以整合跨条件的单细胞基因组学数据并表征细胞状态轨迹的异常 | 单细胞RNA测序数据，涵盖正常和扰动条件 | 计算生物学 | 胰腺炎、急性髓系白血病、胃癌 | 单细胞RNA测序 | 深度生成模型 | 基因表达数据 | NA |
| 123 | 2025-09-15 |
Mapping mesenchymal diversity in the developing human intestine and organoids
2025-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.22.665939
PMID:40777494
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序和空间转录组学构建人类小肠发育过程中间充质细胞的高分辨率图谱 | 首次在组织尺度上定义了人类肠道发育中的5种主要间充质细胞群体及其空间分布特征 | NA | 解析人类肠道发育过程中间充质细胞的时空组织模式 | 人类小肠发育过程中的间充质细胞群体 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, Xenium空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 124 | 2025-09-15 |
Activation of IL-17+ ILC subsets in IL-18R-deficient mice during fungal allergen exposure
2025-Jul-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.17.665289
PMID:40777291
|
研究论文 | 本研究探讨了IL-18R缺失小鼠在真菌过敏原暴露下IL-17+ ILC亚群的激活机制及其对哮喘炎症的影响 | 首次揭示IL-18信号通过抑制ILC2s产生IL-17A来防止嗜酸性粒细胞增多，明确了IL-18/IL-18R在肺部ILC2应答中的调控作用 | 研究局限于小鼠模型，人类相关性需进一步验证；机制细节如信号通路尚未完全阐明 | 阐明IL-18/IL-18R信号在先天淋巴样细胞（ILC）可塑性及哮喘相关炎症中的作用 | IL-18R基因敲除小鼠和对照小鼠的肺部ILC细胞 | 免疫学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序、基因敲除模型、细胞因子检测 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 使用IL-18R-/-和对照小鼠，具体数量未明确说明 |
| 125 | 2025-09-15 |
ETS1 Orchestrates a Hybrid EMT Program Driving in vivo Metastasis and Immune Evasion
2025-Jul-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.17.665404
PMID:40777467
|
研究论文 | 本研究揭示转录因子ETS1通过调控混合上皮间质转化程序驱动上呼吸道鳞状细胞癌的体内转移和免疫逃逸 | 首次发现ETS1作为hEMT程序的主调控因子，同时协调转移扩散和免疫冷微环境形成 | 研究主要聚焦UASCC，其他癌症类型的普适性需进一步验证 | 探究转录异质性程序如何驱动肿瘤转移和免疫逃逸机制 | 上呼吸道鳞状细胞癌（UASCC）细胞和患者肿瘤样本 | 癌症生物学 | 上呼吸道鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序，药物筛选 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个患者队列的肿瘤样本 |
| 126 | 2025-09-15 |
GatorST: A Versatile Contrastive Meta-Learning Framework for Spatial Transcriptomic Data Analysis
2025-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.01.662625
PMID:40672304
|
研究论文 | 提出了一种名为GatorST的空间转录组数据分析框架，结合图建模与对比元学习策略 | 首次将图结构建模、伪标签对比学习和元学习 episodic 训练策略整合到空间转录组分析中，同时捕捉局部和全局空间上下文 | NA | 开发一个通用框架以提升空间转录组数据的下游分析任务性能 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术 | 对比学习框架，结合图神经网络和元学习策略 | 基因表达空间数据 | 14个空间转录组数据集 |
| 127 | 2025-09-15 |
Motor learning drives region-specific transcriptomic remodeling in the motor cortex and dorsal striatum
2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.11.664268
PMID:40791319
|
研究论文 | 本研究结合活动依赖性遗传标记和单细胞RNA测序技术，揭示了运动学习过程中运动皮层和背侧纹状体的细胞类型特异性转录组重塑 | 首次通过单细胞分辨率创建行为参与群体的转录图谱，发现Htr3a中间神经元在精细运动中的特异性招募以及神经胶质细胞的阶段依赖性基因调控 | NA | 阐明运动学习相关的分子机制及突触和环路重塑 | 运动皮层(M1)和背侧纹状体(dSTR)的神经元和胶质细胞 | 神经科学 | NA | TRAP（活动依赖性遗传标记）, 单细胞RNA测序, 双光子钙成像 | NA | 转录组数据, 钙成像数据 | NA |
| 128 | 2025-09-15 |
Single-cell profiling of EZH2-mediated immune signaling perturbations in NSCLC
2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.12.663845
PMID:40791397
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序计算分析EZH2抑制对非小细胞肺癌免疫信号和转录活性的影响 | 揭示EZH2抑制可重塑肿瘤微环境为免疫原性状态，并发现EZH2具有不依赖甲基转移酶活性的T细胞分化功能 | NA | 研究EZH2抑制对肺癌免疫微环境的调控机制 | 非小细胞肺癌肿瘤微环境中的免疫细胞 | 计算生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 129 | 2025-09-15 |
Cell type-specific master metabolic regulators of Alzheimer's disease
2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.11.664443
PMID:40791427
|
研究论文 | 本文开发了scFUMES算法，用于识别阿尔茨海默病中细胞类型特异性的主代谢调控因子 | 开发了整合多组学数据的scFUMES算法，首次系统性地揭示了AD中神经元和小胶质细胞的代谢调控网络 | 研究仅针对AD易感脑区，未涵盖所有脑区域；算法预测需要实验验证 | 解析阿尔茨海默病的细胞类型特异性代谢调控机制 | 人类脑组织样本，重点关注神经元和小胶质细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序，相互作用组学，基因组学，转录组学，代谢组学 | scFUMES算法 | 多组学数据 | 来自人脑生物样本库的样本，涵盖中颞回和背外侧前额叶皮层两个脑区 |
| 130 | 2025-09-15 |
A spatiotemporal atlas of orchiectomy-induced androgen deprivation-mediated modulation of cellular composition and gene expression in the mouse prostate
2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.11.664414
PMID:40791419
|
研究论文 | 通过时空转录组分析揭示小鼠前列腺在去势诱导雄激素剥夺后的细胞组成和基因表达变化 | 首次发现并描述了一种新型ORX诱导成纤维细胞亚型(OIF)，整合空间转录组和单细胞测序构建了高分辨率时空图谱 | 研究基于小鼠模型，结果向人类临床应用的转化需要进一步验证 | 解析雄激素剥夺治疗过程中前列腺的生物学响应机制 | 小鼠前列腺组织（背侧、腹侧、外侧和前叶） | 数字病理 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 基因表达数据，空间定位数据 | 小鼠前列腺组织样本（具体数量未明确说明） |
| 131 | 2025-09-15 |
Gastruloid patterning reflects division of labor among biased stem cell clones
2025-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.12.664536
PMID:40791385
|
研究论文 | 本研究通过谱系追踪和空间转录组学揭示，在类原肠胚模型中，干细胞克隆的预先异质性通过分工促进正确的轴向组织形成 | 发现细胞异质性（而非同质性）是发育精确性的基础，并提出了偏向性克隆群体协调作用的新模型 | 研究基于类原肠胚模型，可能不完全反映体内胚胎发育的全部复杂性 | 探究早期发育中细胞异质性的作用机制及其对轴向模式形成的影响 | 小鼠干细胞克隆及类原肠胚模型 | 发育生物学 | NA | 荧光谱系追踪、空间转录组学、RNA-seq、ATAC-seq、发育信号通路扰动 | NA | 基因表达数据、表观遗传数据、空间分布数据 | 多个干细胞克隆群体及混合组合 |
| 132 | 2025-09-15 |
Cellular basis for cortical network aging in primates
2025-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.08.663725
PMID:40672262
|
研究论文 | 本研究通过整合皮层相似性网络和全脑空间转录组学，揭示了灵长类动物大脑皮层网络老化的细胞基础 | 首次将皮层相似性网络与全脑空间转录组学跨尺度整合，在灵长类动物生命周期队列中揭示细胞类型与宏观网络结构的关系 | 研究基于猕猴模型，人类直接适用性需进一步验证；跨尺度数据整合存在方法学挑战 | 探究大脑皮层网络老化的细胞机制 | 64只猕猴（年龄1-26岁）的大脑皮层组织 | 神经科学 | 老年疾病 | 空间转录组学，皮层相似性网络分析 | NA | 转录组数据，网络连接数据 | 64只猕猴大脑样本 |
| 133 | 2025-09-15 |
Reg2ST: recognizing potential patterns from gene expression for spatial transcriptomics prediction
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf425
PMID:40825238
|
研究论文 | 提出Reg2ST深度学习模型，通过基因表达识别潜在模式以预测空间转录组数据 | 使用对比学习最小化空间转录组与组织学图像的距离，并采用创新方法替代K近邻捕获spot间关系 | NA | 开发高效准确的空间转录组预测方法以克服传统测序技术成本高、耗时长的问题 | 人类乳腺癌和皮肤鳞状细胞癌数据集 | 数字病理 | 癌症 | 空间转录组测序，H&E染色全玻片成像 | 深度学习，对比学习 | 基因表达数据，组织学图像 | NA |
| 134 | 2025-09-15 |
Advances in Collateral Neuroimaging for Acute Ischemic Stroke: Redefining Time and Tissue Windows in the Reperfusion Era
2025 Jul-Aug, Journal of neuroimaging : official journal of the American Society of Neuroimaging
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/jon.70079
PMID:40820581
|
综述 | 本文综述了急性缺血性卒中侧支循环神经影像学的最新进展及其在精准治疗中的作用 | 整合多模态神经影像技术（如动态CT血管造影、代谢分子成像）和基因组学工具，重新定义卒中治疗的时间与组织窗口 | 存在技术异质性、验证数据有限及缺乏标准化流程等挑战 | 探讨侧支循环评估在急性缺血性卒中诊断、患者分层及个性化治疗策略中的关键作用 | 急性缺血性卒中患者 | 数字病理学 | 脑血管疾病 | CT血管造影、PET成像、动脉自旋标记、空间转录组学 | NA | 医学影像（CT/PET/MRI） | NA（综述类文章未涉及具体样本量） |
| 135 | 2025-09-15 |
Diabetes-Kidney-Heart Continuum and Its Implication on Therapeutic Management
2025-Jul, Cureus
DOI:10.7759/cureus.88561
PMID:40861717
|
综述 | 本文综述了2型糖尿病与心肾并发症之间的连续性关系及其治疗管理策略 | 系统阐述了糖尿病-肾脏-心脏连续体的概念，整合了预防、逆转和延缓三阶段管理策略及新型诊断方法 | NA | 探讨2型糖尿病血管并发症的连续性病理机制及个体化治疗管理方案 | 2型糖尿病患者的心血管疾病和慢性肾脏病风险 | NA | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序、生物标志物检测（BNP、心肌肌钙蛋白、胱抑素C等） | NA | NA | NA |
| 136 | 2025-09-15 |
Single-cell RNA sequencing identifies accumulation of Fcgr2b+ virtual memory like CD8 T cells with cytotoxic and inflammatory potential in aged mouse white adipose tissue
2025-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.27.661935
PMID:40631318
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序鉴定老年小鼠白色脂肪组织中具有细胞毒性和炎症潜能的Fcgr2b+虚拟记忆样CD8 T细胞的积累 | 首次在老年小鼠脂肪组织中鉴定出Fcgr2b+CD49d-虚拟记忆样CD8 T细胞，并揭示其表达颗粒酶M及促炎功能 | 研究局限于小鼠模型，尚未在人类组织中验证 | 比较衰老与高脂饮食诱导的肥胖对脂肪组织免疫细胞浸润的差异 | 年轻正常饮食小鼠、年轻高脂饮食小鼠及老年正常饮食小鼠的性腺白色脂肪组织基质血管组分 | 单细胞基因组学 | 老年性疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)，流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 三组小鼠（年轻正常饮食、年轻高脂饮食、老年正常饮食）的性腺白色脂肪组织样本 |
| 137 | 2025-09-15 |
QCatch: A framework for quality control assessment and analysis of single-cell sequencing data
2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.15.659779
PMID:40667252
|
研究论文 | 介绍了一个名为QCatch的Python命令行工具，用于生成单细胞测序数据的交互式质量控制报告 | 开发了专门针对alevin-fry和simpleaf输出结果的标准化QC报告框架，提供交互式HTML报告和丰富注释的H5AD格式输出 | NA | 为单细胞测序数据提供质量控制和标准化报告 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 测序数据 | NA |
| 138 | 2025-09-15 |
Towards interpretable molecular and spatial analysis of the tumor microenvironment from digital histopathology images with HistoTME-v2
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.11.658673
PMID:40747415
|
研究论文 | 提出HistoTME-v2，一种基于弱监督深度学习的框架，用于从H&E染色病理切片预测肿瘤微环境中细胞类型特异性转录组特征活动及空间分布 | 扩展为泛癌种分析工具，覆盖25种实体瘤，无需单细胞或区块级标注即可从常规H&E图像预测转录组特征并解析空间分布 | 性能依赖大规模数据集（内部验证7586张WSI，外部验证5657张WSI），且外部验证集相关性（0.53）略低于内部验证（0.61） | 开发低成本、高通量的肿瘤微环境分析工具，推动空间生物学在常规病理工作流程中的应用 | 肿瘤微环境（TME）中的免疫和基质细胞类型 | 数字病理 | 肺癌（非小细胞肺癌）及多种实体瘤（共25种） | 弱监督深度学习，空间转录组学（Visium），多重成像（CODEX, IHC） | 深度学习框架（具体架构未明确说明） | H&E染色全切片图像（WSI） | 内部验证：7586张WSI（6901名患者，24种癌症）；外部验证：5657张WSI（1775名患者，9种癌症）；空间验证：259张WSI（154名患者，7种癌症） |
| 139 | 2025-09-15 |
Oncogenic and tumor-suppressive forces converge on a progenitor-orchestrated niche to shape early tumorigenesis
2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.10.656791
PMID:40661354
|
研究论文 | 本研究整合谱系追踪、单细胞和空间转录组学技术，揭示胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型中恶性转化的早期分子与细胞事件 | 发现一类祖细胞样群体同时激活致癌和抑癌程序，并构建了模拟侵袭性PDAC的微环境生态位 | 研究基于小鼠模型，人类临床适用性尚需验证 | 解析良性向恶性转化过程中的分子与细胞机制 | 胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 谱系追踪、单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录数据 | 小鼠模型（具体数量未明确说明） |
| 140 | 2025-09-15 |
Human brain cell types shape host-rabies virus transcriptional interactions revealing a preexisting pro-viral astrocyte subpopulation
2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.18.629263
PMID:40661514
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究狂犬病毒与人类脑细胞类型的转录互作，揭示了一个预先存在的促病毒星形胶质细胞亚群 | 发现先天免疫信号解除抑制反而增强狂犬病毒转录，并识别出人脑中罕见的促病毒样星形胶质细胞亚型 | 研究基于体外共培养模型，可能无法完全模拟体内复杂环境 | 探究病毒-宿主细胞互作及先天免疫拮抗如何影响神经嗜性感染的细胞类型特异性转录调控 | 人类脑细胞共培养体系中的不同细胞类型 | 生物信息学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 人类脑细胞共培养样本 |