单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-08-07	Identification and characterization of early human photoreceptor states and cell-state-specific retinoblastoma-related features 2025-Aug-06, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.101918 PMID:40767624	研究论文	通过深度全长单细胞RNA测序（scRNA-seq）区分人类视锥细胞和视杆细胞的发育状态，并鉴定与视网膜母细胞瘤发生相关的视锥细胞特异性特征	揭示了先前未解决的视锥细胞前体状态，并提出了早期视锥前体内在表达在视网膜母细胞瘤起始中的作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能缺乏功能实验验证	理解人类视锥细胞和视杆细胞发育差异及其与视网膜母细胞瘤发生的关系	人类视锥细胞和视杆细胞的发育状态	单细胞转录组学	视网膜母细胞瘤	全长单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
122	2025-08-07	WGCNA and single-cell analysis reveal ferroptosis-related gene signatures for hepatocellular carcinoma prognosis and therapy 2025-Aug-06, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03335-z PMID:40767898	研究论文	通过WGCNA和单细胞分析揭示与肝细胞癌预后和治疗相关的铁死亡相关基因特征	结合WGCNA和单细胞RNA测序技术，首次系统地研究了铁死亡相关基因在肝细胞癌中的表达异质性及其与临床预后的关联	研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏实验验证	探索铁死亡相关基因在肝细胞癌中的表达模式及其临床意义	肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	WGCNA, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的肝细胞癌样本
123	2025-08-07	Cellular senescence in renal ischemia-reperfusion injury 2025-Aug-05, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003698 PMID:40625295	综述	本文综述了肾缺血再灌注损伤（IRI）中的细胞衰老现象及其在急性肾损伤（AKI）向慢性肾病（CKD）转化中的关键作用	探讨了细胞衰老在IRI-AKI向慢性肾损伤转变中的核心机制，并讨论了针对细胞衰老的新兴疗法如senolytics和senomorphics	综述性质的文章，未涉及具体实验数据或样本量的限制	阐明细胞衰老在肾缺血再灌注损伤中的作用及其治疗潜力	肾缺血再灌注损伤（IRI）及其相关细胞衰老过程	病理学	肾病	单细胞测序技术、人工智能辅助药物筛选	NA	NA	NA
124	2025-08-07	Decoding the immune microenvironment of secondary chronic myelomonocytic leukemia due to diffuse large B-cell lymphoma with CD19 CAR-T failure by single-cell RNA-sequencing 2025-Aug-05, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003690 PMID:40625291	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，解码了因CD19 CAR-T治疗失败导致的弥漫性大B细胞淋巴瘤继发慢性粒单核细胞白血病的免疫微环境	首次报道了CAR-T治疗后出现的一种新型继发肿瘤CMML，并详细描述了其免疫微环境特征	研究样本量较小，仅基于单个病例	阐明CAR-T治疗后继发肿瘤的发病机制并寻找潜在治疗靶点	CD19 CAR-T治疗失败的DLBCL患者继发CMML的骨髓样本	数字病理学	慢性粒单核细胞白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	1例患者的治疗前后骨髓样本
125	2025-08-07	High-resolution spatial transcriptomics in fixed tissue using a cost-effective PCL-seq workflow 2025-Aug-05, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279906.124 PMID:40764053	研究论文	介绍了一种名为PCL-seq的空间转录组学技术，用于固定组织中的高分辨率基因表达分析	开发了光控DNA标记策略的空间索引方法PCL-seq，适用于冷冻和FFPE组织，并实现亚细胞分辨率	NA	开发一种成本效益高且通用的空间转录组学工作流程	小鼠胚胎冷冻和FFPE组织切片	空间转录组学	NA	PCL-seq（光解和连接测序）	NA	基因表达数据	小鼠胚胎冷冻和FFPE组织切片，检测到约170,000个UMIs和8,600个基因
126	2025-08-07	Thor: a platform for cell-level investigation of spatial transcriptomics and histology 2025-Aug-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62593-1 PMID:40764306	research paper	介绍了一个名为Thor的综合平台，用于细胞级别的空间转录组学和组织学图像分析	Thor平台采用抗收缩马尔可夫扩散方法从点级数据推断单细胞空间转录组，有效结合基因表达和细胞形态	未提及具体局限性	开发一个综合平台，用于空间转录组学和组织学图像的细胞级别分析	空间转录组学数据和组织学图像	digital pathology	heart failure, breast cancer	spatial transcriptomics, ISH, MERFISH, Xenium, Stereo-seq, Visium HD	anti-shrinking Markov diffusion method	gene expression data, histological images	模拟数据和多个空间平台数据（ISH、MERFISH、Xenium、Stereo-seq）
127	2025-08-07	Clock pathway inhibitor overcomes tumor immune-exclusion via regulation of fibrocyte differentiation 2025-Aug-05, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01066-6 PMID:40764393	研究论文	该研究探讨了时钟通路抑制剂通过调节纤维细胞分化来克服肿瘤免疫排斥的机制	首次揭示了时钟基因在纤维细胞分化中的作用，并展示了时钟通路抑制剂KL001在转化免疫排斥肿瘤为免疫活跃肿瘤方面的潜力	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索克服肿瘤免疫排斥的新方法	肺腺癌组织中的纤维细胞和αSMA阳性癌症相关成纤维细胞(CAFs)	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
128	2025-08-07	Role of T cell exhaustion and tissue-resident memory T cells in the expression and prognosis of colorectal cancer 2025-Aug-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-14409-x PMID:40764738	研究论文	探讨T细胞耗竭和组织驻留记忆T细胞在结直肠癌表达和预后中的作用	首次通过单细胞测序数据分析了结直肠癌患者T细胞亚型的免疫景观，并揭示了Tex和pf-Trm细胞在不同临床阶段的功能变化及其预后意义	研究主要基于单细胞测序和流式细胞术数据，未涉及体内或体外功能验证实验	研究T细胞耗竭和组织驻留记忆T细胞在结直肠癌中的表达及其对预后的影响	结直肠癌患者的T细胞亚型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞测序, 流式细胞术	NA	单细胞测序数据, 流式细胞术数据	结直肠癌患者队列（具体数量未提及）
129	2025-08-07	Epithelial characteristics of ovarian clear cell carcinoma at single-cell resolution 2025-Aug-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08617-4 PMID:40764744	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，构建了卵巢透明细胞癌(OCCC)的转录组图谱，并分析了正常卵巢、卵巢子宫内膜异位症、原发性OCCC和复发性OCCC组织中上皮细胞的特性	首次在单细胞分辨率下鉴定了OCCC恶性上皮细胞的特定亚群，并发现了173个与OCCC相关的候选因子，揭示了6个转录因子及其靶标在OCCC发生和复发中的作用	研究样本量有限，且仅针对OCCC这一罕见亚型	探究卵巢透明细胞癌恶性上皮细胞的分子特征及其在肿瘤发生和复发中的作用	正常卵巢、卵巢子宫内膜异位症、原发性OCCC和复发性OCCC组织	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，包括正常卵巢、卵巢子宫内膜异位症、原发性OCCC和复发性OCCC组织
130	2025-08-07	Microneedle Delivery of Small Extracellular Vesicles From Young Blood to Treat Endothelial Senescence 2025-Aug-05, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202418352 PMID:40765122	研究论文	该研究探讨了年轻血液中的小细胞外囊泡（Y-sEVs）通过微针贴片递送对老年小鼠内皮细胞衰老的调节作用	首次使用微针贴片递送年轻血液中的小细胞外囊泡（Y-sEVs），并证明其能有效减轻老年小鼠的内皮细胞衰老和炎症	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证其效果	研究年轻血液中的小细胞外囊泡（Y-sEVs）对老年内皮细胞衰老的调节作用	老年小鼠（22-24个月大）的内皮细胞	生物医学工程	老年疾病	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	老年小鼠（22-24个月大）
131	2025-08-04	Rotation-invariance is essential for accurate detection of spatially variable genes in spatial transcriptomics 2025-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62574-4 PMID:40753081	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
132	2025-08-07	Identification of prognostic genes related to T cell proliferation in papillary thyroid cancer based on single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing data 2025-Aug-02, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01826-5 PMID:40753315	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了与甲状腺乳头状癌（PTC）中T细胞增殖相关的预后基因	首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了KLRB1、TSHZ2和TRABD2A作为PTC的新型预后基因，并构建了风险模型	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探索T细胞增殖相关基因在PTC中的预后价值和潜在分子机制	甲状腺乳头状癌（PTC）患者	生物信息学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	Cox回归、机器学习算法	RNA测序数据	公共数据库中的PTC样本
133	2025-08-07	Decoding Cellular Stress States for Toxicology Using Single-Cell Transcriptomics 2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.10.657506 PMID:40766395	研究论文	利用单细胞转录组学技术解码细胞应激状态，以应用于毒理学研究	使用TempO-LINC®平台生成单细胞转录组数据，详细分析多种应激反应通路，并揭示细胞亚群对化学物质的动态响应	研究仅针对HepaRG细胞，未涉及其他细胞类型或体内环境	解码细胞应激状态，以理解毒理学中的细胞适应性和终末转变	约40,000个暴露于不同化学物质的HepaRG细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序(SCTr)	NA	转录组数据	约40,000个HepaRG细胞
134	2025-08-07	OmniCellAgent: Towards AI Co-Scientists for Scientific Discovery in Precision Medicine 2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.31.667797 PMID:40766492	研究论文	开发了一种名为OmniCellAgent的新型AI代理，旨在帮助非计算专家用户进行单细胞RNA测序数据驱动的生物医学研究	首次设计了能够系统整合大规模单细胞RNA测序数据、组学数据分析工具、累积的生物医学知识和文献检索的AI代理，以促进精准医学中的自主科学发现	未提及具体的性能评估或用户反馈数据	促进精准医学中的自主科学发现	非计算专家用户（如患者、家庭成员、临床医生和实验室研究人员）	精准医学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	大型语言模型（LLMs）	单细胞组学数据	NA
135	2025-08-07	PTEN restrains SHH medulloblastma growth through cell autonomous and nonautonomous mechanisms 2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.31.667996 PMID:40766638	research paper	该研究探讨了PTEN在抑制SHH髓母细胞瘤生长中的作用，通过细胞自主和非自主机制	揭示了PTEN缺失如何通过影响细胞增殖、分化状态及肿瘤微环境中的巨噬细胞浸润，加速SHH髓母细胞瘤的生长	研究主要基于小鼠模型，结果在人类患者中的适用性尚需进一步验证	阐明PTEN在SHH髓母细胞瘤生长中的调控机制及其对疾病预后的影响	SHH髓母细胞瘤小鼠模型及小脑颗粒细胞前体细胞(GCPs)	肿瘤生物学	髓母细胞瘤	scRNA-seq	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多个小鼠模型
136	2025-08-07	Multi-region spatial transcriptomics reveals region specific differences in response to amyloid beta (Aβ) plaque induced changes in Alzheimer's Disease (AD) 2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.31.667719 PMID:40766691	研究论文	本研究通过多区域空间转录组学技术，揭示了阿尔茨海默病中不同脑区对β-淀粉样蛋白斑块诱导变化的区域特异性差异	首次在多个脑区同时进行空间转录组学和Aβ免疫荧光染色分析，揭示了神经元亚型和分子机制在区域特异性差异中的作用	研究仅基于两名Braak III和Thal 4期AD患者的样本，样本量较小	探究阿尔茨海默病中不同脑区对Aβ斑块诱导变化的区域特异性差异的细胞和分子机制	阿尔茨海默病患者的内嗅皮层、枕颞皮层、背外侧前额叶皮层和纹状皮层	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学, 免疫荧光染色	NA	转录组数据, 图像数据	两名Braak III和Thal 4期AD患者的多个脑区样本
137	2025-08-07	Macrophage activation determines muscle wasting in pancreatic cancer 2025-Aug, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03434-9 PMID:40442475	研究论文	该研究探讨了胰腺癌中巨噬细胞激活对肌肉消耗的影响	通过单细胞RNA测序分析，确定了CHI3L1和CHI3L3在巨噬细胞中的差异表达，揭示了它们在早期肌肉消耗中的作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	研究胰腺癌中非肿瘤微环境对恶病质的贡献	转基因Kras;Trp53;Pdx1-Cre (KPC) GEMM小鼠模型和C2C12成肌细胞	癌症研究	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	转基因小鼠模型	基因表达数据	PBMC (29,615个细胞) 和 MDST (23,151个细胞)
138	2025-08-07	Developing risk stratification strategies and biomarkers for recurrent hepatocellular carcinoma 2025-Aug, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70410 PMID:40741894	research paper	该研究旨在开发肝细胞癌（HCC）复发的风险分层策略和生物标志物	结合基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学生物标志物、液体活检技术以及AI驱动的组织学和放射组学分析，优化复发风险分层	传统临床和病理预测因子在准确识别高风险患者方面存在不足	提高肝细胞癌（HCC）复发的风险分层准确性并指导围手术期治疗	肝细胞癌（HCC）患者	digital pathology	liver cancer	genomic, transcriptomic, proteomic, metabolomic biomarkers, liquid biopsy, AI-driven histological and radiomic analyses, single-cell and spatial transcriptomics	NA	genomic, transcriptomic, proteomic, metabolomic data, histological and radiomic images	NA
139	2025-08-07	Dynamical systems theory as an organizing principle for single-cell biology 2025-Aug-01, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-025-00565-3 PMID:40750599	research paper	本文探讨了动力系统理论作为单细胞生物学组织原则的潜力	提出动力系统理论作为解释单细胞基因表达数据的理论框架	NA	为单细胞基因表达数据提供可解释、因果和定量的分析视角	单细胞转录组数据	单细胞生物学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
140	2025-08-07	Single-cell spatial atlas of smoking-induced changes in human gingival tissues 2025-Aug-01, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-025-00385-5 PMID:40750693	研究论文	利用单细胞空间转录组学技术研究吸烟对人类牙龈组织的影响及其与牙周炎的关联	首次使用Visium HD单细胞空间转录组学技术，揭示了吸烟通过破坏上皮屏障完整性、改变成纤维细胞功能及调控细胞间通讯加剧牙周炎的机制	样本量较小（12人），且仅针对牙龈组织进行研究	探究吸烟导致牙周炎的具体分子机制	人类牙龈组织	数字病理学	牙周炎	Visium HD单细胞空间转录组学	NA	空间转录组数据	12名个体（包括牙周炎患者、吸烟相关牙周炎患者和健康对照）