单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-07-05	Elevated Stanniocalcin-1 Expression in Uveal Melanoma Predicts Poor Patient Prognosis 2025-Jun-26, Cancer genomics & proteomics IF:2.6Q3 DOI:10.21873/cgp.20526 PMID:40571316	研究论文	本研究探讨了Stanniocalcin-1 (STC-1)在葡萄膜黑色素瘤(UVM)中的表达及其与患者预后的关系	首次揭示了STC-1在UVM中的预后意义及其在肿瘤微环境中的细胞来源	样本量较小(特别是IV期肿瘤仅4例)，且未进行实验验证STC-1的功能机制	探索UVM的预后生物标志物和潜在治疗靶点	葡萄膜黑色素瘤患者	肿瘤学	葡萄膜黑色素瘤	转录组数据分析(GEPIA2和UALCAN)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	40例UVM肿瘤样本(36例III期和4例IV期)
122	2025-07-05	TET2-mutant myeloid cells mitigate Alzheimer's disease progression via CNS infiltration and enhanced phagocytosis in mice 2025-Jun-24, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.06.006 PMID:40609533	研究论文	研究发现TET2突变的髓系细胞通过中枢神经系统浸润和增强的吞噬作用减缓小鼠阿尔茨海默病的进展	揭示了TET2特异性突变在克隆造血中对阿尔茨海默病发病机制的保护作用	研究主要基于小鼠模型和UK Biobank数据，人类直接证据有限	探究克隆造血与阿尔茨海默病的关系及TET2突变的具体作用机制	TET2突变髓系细胞、阿尔茨海默病小鼠模型、人类iPSC衍生小胶质细胞	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、骨髓移植实验	小鼠AD模型、iPSC衍生细胞模型	基因测序数据、行为学数据、病理学数据	UK Biobank人群数据、实验小鼠群体
123	2025-07-05	Early multiple sclerosis activity associated with TBX21+CD21loCXCR3+ B cell expansion resembling EBV-induced phenotypes 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.188543 PMID:40359016	研究论文	研究通过单细胞表达分析探讨EB病毒感染与多发性硬化症早期活动的关系，发现特定B细胞亚群的扩增与疾病活动相关	首次将EBV诱导的表型与多发性硬化症早期活动中的特定B细胞亚群扩增联系起来，并揭示了这些细胞的炎症特征	未检测到ABCs中直接的EBV感染，且样本量有限	探讨EBV在多发性硬化症发病机制中的潜在作用	早期多发性硬化症患者的周围B细胞	免疫学	多发性硬化症	scRNA-Seq, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据	来自Immune Tolerance Network STAyCIS试验的纵向收集样本
124	2025-07-05	IL-1β signaling modulates T follicular helper and regulatory cells in human lymphoid tissues 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.188724 PMID:40392614	研究论文	本研究探讨了IL-1β信号在人类淋巴组织中T滤泡辅助细胞(Tfh)和T滤泡调节细胞(Tfr)中的作用及其与自身免疫疾病的关系	首次在人类淋巴组织中揭示了IL-1β信号通过IL-1R1和IL-1R2受体调节Tfh和Tfr细胞的机制，并发现了一种具有Treg和GC-Tfh特征的独特激活Tfr亚群	研究主要基于体外实验和相关性分析，需要进一步的体内实验验证IL-1β信号调节的具体机制	阐明IL-1β信号在人类淋巴组织中对Tfh和Tfr细胞的调节作用及其与自身免疫疾病的关联	人类次级淋巴器官(扁桃体、脾脏和肠系膜淋巴结)中的Tfh和Tfr细胞	免疫学	自身免疫疾病	流式细胞术、单细胞转录组学、体外培养	NA	细胞表型数据、基因表达数据	人类次级淋巴器官样本及自身免疫患者样本
125	2025-07-05	Tumor suppressors in Sox2-mediated lung cancers promote distinct cell-intrinsic and immunologic remodeling 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.171364 PMID:40327401	研究论文	本研究探讨了肿瘤抑制基因Trp53和Pten在SOX2介导的非小细胞肺癌（NSCLC）中的协同作用及其对肿瘤微环境的影响	揭示了Trp53和Pten在SOX2介导的NSCLC肿瘤进展中的协同作用，并发现CD38+肿瘤相关炎症单核细胞亚群在LN2A模型中的富集及其与补体通路的关联	研究主要基于小鼠模型，结果在人类NSCLC中的适用性需要进一步验证	探究Trp53和Pten肿瘤抑制基因在SOX2介导的NSCLC肿瘤进展中的作用	小鼠模型中的非小细胞肺癌（NSCLC），特别是肺鳞状细胞癌（LUSC）和肺腺癌（LUAD）	肿瘤生物学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠遗传模型	基因表达数据	多种遗传背景的小鼠模型，包括SNL、SNL-Trp53、SNL-Pten和LN2A
126	2025-07-05	Resident memory T cell development is gradual and shows AP-1 gene expression in mature cells 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187381 PMID:40548376	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和ATAC-seq分析，揭示了AP-1转录因子家族成员在组织驻留记忆T细胞（TRM）发育和功能中的关键作用	定义了跨越皮肤和小肠上皮内淋巴细胞的TRM时间特征，并首次揭示了AP-1转录因子家族在成熟TRM中的生物学作用	研究仅关注了CD8+ TRM细胞，未涉及其他类型的TRM细胞	探究TRM细胞分化和效应功能启动的分子机制	皮肤和小肠上皮内淋巴细胞中的CD8+ TRM细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序, ATAC-seq, 循环免疫荧光(CyCIF)	线性模型	基因表达数据, 染色质可及性数据, 组织成像数据	10个发育时间点的单细胞RNA测序数据
127	2025-07-05	Type 2 diabetes alters quiescent pancreatic stellate cells to tumor-prone state 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187424 PMID:40548381	research paper	该研究探讨了2型糖尿病如何改变静止的胰腺星状细胞，使其转变为易发肿瘤的状态	揭示了2型糖尿病中静止胰腺星状细胞亚群的变化，并发现了一种可能促进肿瘤免疫和血管生成的新亚群tapPafs	研究样本主要来自小鼠模型，人类样本的应用和验证可能有限	研究2型糖尿病对胰腺星状细胞亚群的影响及其与胰腺导管腺癌的关系	胰腺星状细胞和胰腺导管腺癌细胞	digital pathology	pancreatic ductal adenocarcinoma	single-cell RNA-seq	NA	RNA-seq数据	C57BL/6J小鼠和糖尿病db/db小鼠的胰腺星状细胞
128	2025-07-05	Elucidating brain transport pathways and cell type-dependent gene silencing of a durable lipid-siRNA conjugate administered into cerebrospinal fluid 2025-Jun-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf600 PMID:40598893	研究论文	本文研究了一种脂质-siRNA共轭物（L2-siRNA）在脑脊液中注射后在大脑中的传输途径及细胞类型依赖性基因沉默效果	开发了一种新型脂质-siRNA共轭物（L2-siRNA），能够在脑脊液中有效传输并在大脑特定区域和细胞类型中实现长期基因沉默	研究主要基于小鼠和大鼠模型，人类应用效果尚需进一步验证	探索脂质-siRNA共轭物在大脑中的传输机制和基因沉默效果，为中枢神经系统疾病治疗提供新方法	小鼠和大鼠的大脑组织及细胞	神经科学	中枢神经系统疾病	单细胞RNA测序	动物模型（小鼠和大鼠）	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠和大鼠实验
129	2025-07-05	Multi-omics Analysis Reveals Molecular Subtype of Mitochondrial Oxidative Stress and Prognostic Model Development in Sepsis 2025-Jun-20, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/FBL38957 PMID:40613299	研究论文	该研究通过多组学分析揭示了线粒体氧化应激的分子亚型，并开发了脓毒症的预后模型	识别了三个与脓毒症相关的线粒体氧化应激关键基因（RNASE2、CX3CR1和EPHX2），并通过单细胞RNA测序和体外实验验证了RNASE2在调节线粒体氧化应激中的关键作用	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索脓毒症的分子机制并开发预后模型	脓毒症患者和正常样本	生物信息学	脓毒症	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、差异表达分析、LASSO分析、单细胞RNA测序	预后风险模型	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集（GSE54514、GSE65682和GSE95233）
130	2025-07-05	Tumoroid model recreates clinically relevant phenotypes of high grade serous ovarian cancer (HGSC) cells, carcinoma associated fibroblasts, and macrophages 2025-Jun-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6614892/v1 PMID:40585272	研究论文	该研究开发了一种异质性三组分肿瘤模型，用于模拟高级别浆液性卵巢癌（HGSC）的临床相关表型	开发了包含HGSC细胞、原代MSCs和U937来源的M2样巨噬细胞的异质性三组分肿瘤模型，模拟了HGSC的化疗耐药性、癌症干细胞富集、迁移、侵袭和EMT等关键表型	模型仅模拟了HGSC的部分微环境成分，可能无法完全代表体内复杂的肿瘤微环境	研究HGSC微环境中的细胞相互作用及其对肿瘤表型的影响	高级别浆液性卵巢癌（HGSC）细胞、癌相关成纤维细胞（CAFs）和巨噬细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术	3D异质性三组分肿瘤模型	RNA测序数据、流式细胞数据	使用了OVCAR3、OVCAR4、OVCAR8等HGSC细胞系、原代MSCs和U937来源的M2样巨噬细胞
131	2025-07-05	The Spatial Atlas of Human Anatomy (SAHA): A Multimodal Subcellular-Resolution Reference Across Human Organs 2025-Jun-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.16.658716 PMID:40611896	research paper	介绍了一个名为SAHA的多模态亚细胞分辨率的人类解剖空间图谱，涵盖多个器官系统	首次创建了一个多模态、亚细胞分辨率的健康成人组织参考图谱，整合了空间转录组学、蛋白质组学和组织学特征	NA	建立一个全面的人类组织图谱，为空间诊断和下一代精准医学提供基础框架	健康成人组织，特别是胃肠道和免疫组织	digital pathology	colorectal cancer, inflammatory bowel disease	CosMx SMI, 10x Xenium, RNAscope, GeoMx DSP, single-nucleus RNA-seq	NA	spatial transcriptomics, proteomics, histological features	超过15 million个细胞，来自100多位捐赠者
132	2025-07-05	Decoding Cellular Landscapes: Unravelling Periodontitis and Periapical Periodontitis at the Single-Cell Frontier 2025-Jun-18, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2025.100851 PMID:40554261	研究论文	通过分析单细胞RNA测序数据，揭示牙周炎和根尖周炎在关键基因表达和细胞异质性方面的差异	首次在单细胞水平上比较牙周炎和根尖周炎的关键基因表达及细胞异质性，并识别出疾病特异性关键基因和关键细胞类型	研究仅基于公开数据库的测序数据，未进行更大规模的独立验证	阐明牙周炎和根尖周炎在分子和细胞水平的差异	牙周炎和根尖周炎患者的牙槽骨组织	单细胞组学	牙周疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 定量实时聚合酶链反应(qRT-PCR)	SingleR(细胞类型注释工具)	基因表达数据	来自GEO数据库的两个数据集(GSE171213和GSE181688)
133	2025-07-05	Single-cell transcriptome analysis reveals abnormal angiogenesis and placentation by loss of imprinted glutaminyl-peptide cyclotransferase 2025-Jun-15, Journal of Zhejiang University. Science. B DOI:10.1631/jzus.B2400099 PMID:40571662	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了母源印记基因谷氨酰肽环转移酶缺失导致的小鼠胎盘和胚胎异常血管生成和胎盘形成	首次鉴定谷氨酰肽环转移酶为调控小鼠胎盘形成的新型抗血管生成因子，并利用单细胞转录组技术揭示了其缺失导致的促血管生成基因全局上调机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类胎盘组织验证	探究印记基因谷氨酰肽环转移酶在胎盘血管生成和胚胎发育中的调控作用	谷氨酰肽环转移酶基因敲除小鼠及其胎盘组织	发育生物学	胎盘功能障碍	CRISPR/Cas9基因编辑、单核RNA测序(snRNA-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组织化学	基因敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	32,309个细胞（来自野生型和敲除型小鼠胎盘）
134	2025-07-05	Single-cell transcriptomics reveal differences between chorionic and basal plate cytotrophoblasts and trophoblast stem cells 2025-Jun-11, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6797967/v1 PMID:40585209	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了早期和晚期妊娠绒毛细胞滋养层细胞（vCTB）与滋养层干细胞（TSC）之间的转录多样性差异	首次在妊娠早期胎盘的不同区域（基底板和绒毛膜板）发现细胞滋养层细胞（CTB）存在不同的状态，并确定了TSC与EVT前体细胞的相似性	研究仅基于6-14周妊娠的胎盘样本，未涵盖更广泛的妊娠期	探究早期妊娠胎盘绒毛细胞滋养层细胞的转录多样性与滋养层干细胞的起源关系	早期和晚期妊娠胎盘的绒毛细胞滋养层细胞（vCTB）及滋养层干细胞（TSC）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、GeoMx空间转录组学、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	早期（6-8周）和晚期（12-14周）妊娠胎盘绒毛组织、三个TSC细胞系
135	2025-07-05	Fibroblasts-The emerging therapeutic target of the cardiovascular system? 2025-Jun-05, Pharmacological reviews IF:19.3Q1 DOI:10.1016/j.pharmr.2025.100072 PMID:40609323	综述	本文综述了成纤维细胞在心血管系统中的异质性和可塑性，及其在健康和疾病状态下的多样作用	揭示了成纤维细胞亚群的异质性及其在心血管系统中的治疗潜力	缺乏对成纤维细胞亚型的共识命名法，且血管干预研究有限	探讨成纤维细胞在心血管系统中的多样性和治疗潜力	成纤维细胞在心血管系统中的异质性和功能	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
136	2025-07-05	Gene spatial integration: enhancing spatial transcriptomics analysis via deep learning and batch effect mitigation 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf350 PMID:40511994	研究论文	本文提出了一种名为基因空间整合（GSI）的深度学习方法，用于增强空间转录组学分析，并解决批次效应问题	利用表示学习方法提取基因的空间分布特征，并将其与基因表达特征整合到同一特征空间，同时解决了批次效应问题	方法仅在人类背外侧前额叶皮层数据集上进行了验证，尚未在其他组织或疾病中广泛应用	提升空间转录组学数据分析的准确性和整合能力	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学（ST）	自编码器网络	基因表达数据和空间分布数据	人类背外侧前额叶皮层数据集（样本151673和151672）
137	2025-07-05	SeuratIntegrate: an R package to facilitate the use of integration methods with Seurat 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf358 PMID:40581358	research paper	介绍了一个名为SeuratIntegrate的R包，旨在扩展Seurat用户可用的集成方法，包括基于Python的方法，并在R环境中操作	提供了更广泛的集成方法选择，包括Python方法，并引入了自动化Python环境管理、跨语言对象转换以及评分处理和可视化工具	未提及具体的性能比较结果或在实际数据集上的应用效果	提高单细胞RNA测序数据分析中数据集集成的有效性和灵活性	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq分析	NA	单细胞RNA测序数据	NA
138	2025-07-05	Oncogene aberrations drive medulloblastoma progression, not initiation 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08973-5 PMID:40335697	研究论文	本研究利用单细胞技术探讨了3/4组髓母细胞瘤中癌基因变异在肿瘤进展中的作用	揭示了大规模染色体畸变是肿瘤起始的早期事件，而单基因致癌事件通常在晚期出现并可能驱动肿瘤发展和治疗抵抗	研究仅关注了MYC、MYCN和PRDM6等特定癌基因的变异	阐明3/4组髓母细胞瘤中癌基因变异在肿瘤进化中的作用	3/4组髓母细胞瘤患者样本	数字病理学	髓母细胞瘤	单核RNA测序(snRNA-seq)、单核转座酶可及染色质测序(snATAC-seq)和空间转录组学	NA	单细胞测序数据	一组已知MYC、MYCN和PRDM6变异的3/4组髓母细胞瘤样本
139	2025-07-05	Concurrent loss of the Y chromosome in cancer and T cells impacts outcome 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09071-2 PMID:40468066	研究论文	本研究探讨了Y染色体缺失（LOY）在癌症和T细胞中的并发影响及其对预后的影响	首次全面分析了LOY在人类和小鼠肿瘤中的泛癌分布，并揭示了LOY在恶性上皮细胞和T细胞中的独立预后价值	研究主要基于RNA测序数据，未直接验证LOY与免疫抑制的因果关系	阐明PBMCs中LOY与癌症死亡率升高的关联机制	29种人类肿瘤类型的bulk和单细胞RNA测序数据，以及自体和同系小鼠模型	癌症基因组学	上皮癌	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA测序数据	29种人类肿瘤类型的数据集及小鼠模型
140	2025-07-05	Temporal single-cell sequencing analysis reveals that GPNMB-expressing macrophages potentiate muscle regeneration 2025-Jun, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01467-4 PMID:40490493	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示了表达GPNMB的巨噬细胞在肌肉再生中的关键作用	发现了一种表达高水平Gpnmb的巨噬细胞亚群，其在巨噬细胞介导的肌肉再生中发挥关键作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究巨噬细胞在骨骼肌修复中的表型多样性和作用机制	骨骼肌中的巨噬细胞	单细胞测序	肌肉损伤	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	不同时间点的骨骼肌单细胞样本