单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-09-06	Machine Learning-Derived Neddylation Gene Signature for Predicting Prognosis and Immunotherapy Benefits in Colorectal Cancer 2025, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S532644 PMID:40894303	研究论文	通过机器学习开发neddylation相关基因标签，用于预测结直肠癌患者的预后和免疫治疗反应	首次结合单细胞RNA测序和十种机器学习算法构建neddylation相关基因标签，并系统分析其与免疫微环境和治疗反应的关系	需要进一步验证	探索neddylation在结直肠癌中的作用并开发预后预测模型	结直肠癌患者	机器学习	结直肠癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 机器学习算法	多种机器学习算法组合	基因表达数据	来自TISCH、TCGA和GEO数据库的结直肠癌样本
122	2025-09-06	Cellular interactions and Ion channel signatures in atrial fibrillation remodeling: insights from single-cell analysis and machine learning 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1615574 PMID:40894480	研究论文	通过单细胞分析和机器学习探究心房颤动中心肌细胞相互作用和离子通道特征	首次结合单细胞RNA测序与机器学习算法（LASSO和SVM）系统揭示AF结构重塑中的细胞亚型分化轨迹及离子通道标志物ANO1/GRIK2	研究样本量有限，未进行实验验证预测的药物靶向效果	阐明心房颤动结构重塑和电重塑的细胞分子机制	心房颤动患者和窦性心律对照者的心房成纤维细胞	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, 机器学习(LASSO/SVM), GO/KEGG/GSEA富集分析	LASSO, SVM	单细胞转录组数据，微阵列数据	未明确样本数量（AF患者与SR对照组心房成纤维细胞）
123	2025-09-06	eQTL and multi-omics integration reveal PPIH as a prognostic and immunotherapeutic biomarker 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1647722 PMID:40895540	研究论文	通过整合多组学数据识别PPIH作为跨癌种的预后和免疫治疗生物标志物	首次通过孟德尔随机化整合eQTL与GWAS数据，结合单细胞转录组分析揭示PPIH在肿瘤微环境中的新功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅局限于肝癌细胞系	系统识别跨癌种生物标志物并评估其临床应用潜力	多癌种患者数据（食管腺癌、胃癌、肾透明细胞癌等）及肝癌细胞系	生物信息学	多癌种（泛癌）	孟德尔随机化、多组学整合分析、单细胞转录组测序、体外实验	NA	基因组、转录组、单细胞数据	多种癌症类型的GWAS和eQTL汇总统计数据，具体样本量未明确说明
124	2025-09-06	A fusion ORF3a-E subgenomic RNA involved in SARS-CoV-2 infection efficacy by influencing cellular protein synthesis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1619538 PMID:40895568	研究论文	本文发现SARS-CoV-2的一种新型亚基因组RNA（ORF3a-E-sgRNA）通过调控细胞蛋白合成影响病毒感染效率	首次鉴定出同时编码ORF3a和E蛋白的融合型亚基因组RNA，并揭示其通过促进核糖体蛋白RPS3表达增强病毒翻译能力的机制	NA	探究SARS-CoV-2亚基因组RNA在病毒感染过程中的功能机制	SARS-CoV-2病毒及其感染的16HBE人支气管上皮细胞系	病毒学	COVID-19	单细胞测序	NA	RNA测序数据	SARS-CoV-2感染的细胞系（未注明具体样本数量）
125	2025-09-06	The osteosarcoma immune microenvironment in progression: PLEK as a prognostic biomarker and therapeutic target 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1651858 PMID:40895569	研究论文	本研究通过多组学分析发现PLEK是骨肉瘤中与免疫浸润和代谢重编程相关的关键预后生物标志物和潜在治疗靶点	首次将PLEK鉴定为骨肉瘤免疫微环境中的核心调控枢纽，并揭示其在连接免疫应答与代谢重编程中的双重功能	研究主要基于回顾性数据分析，实验验证仅限于体外模型，缺乏体内功能验证和临床前瞻性研究	识别骨肉瘤中的免疫代谢生物标志物，并探讨PLEK在肿瘤微环境中的调控作用	骨肉瘤组织样本、肿瘤浸润免疫细胞（特别是巨噬细胞）、TCGA/GTEx数据库转录组数据	肿瘤免疫学	骨肉瘤	RNA-seq、单细胞RNA-seq、qRT-PCR、Western blot、siRNA敲低、细胞共培养	蛋白相互作用网络分析、GO/KEGG富集分析、CytoHubba算法	转录组数据、单细胞测序数据、蛋白质表达数据	多个骨肉瘤转录组数据集（含TCGA/GTEx数据）和单细胞RNA-seq数据集（GSE162454），实验验证使用临床OS样本
126	2025-09-06	Targeting macrophages and ion homeostasis in T2D: new genes and therapeutic pathways identified 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1514243 PMID:40895573	研究论文	通过单细胞RNA测序和机器学习探索2型糖尿病中巨噬细胞特异性基因表达与异常血单价无机阳离子浓度相关基因的交叉作用，识别关键基因和潜在治疗靶点	整合scRNA-seq与机器学习方法，首次系统鉴定巨噬细胞与离子稳态相关基因（ABRGs）在T2D中的交叉作用网络，并揭示STAT3和特定miRNA的核心调控作用	样本量有限（44例患者），且仅为观察性研究，需进一步实验验证机制	识别2型糖尿病的新型基因标志物和治疗靶点	2型糖尿病患者的胰岛细胞（27例非糖尿病患者和17例T2D患者）	生物信息学	2型糖尿病	scRNA-seq, 机器学习, ssGSEA, 免疫反应富集分析（IREA）	GBM（梯度提升机）	单细胞RNA测序数据	44例人类胰岛样本（27 ND + 17 T2D）
127	2025-09-06	Transcriptomic features of immune inflammation and neural plasticity associated with early neurological improvement in acute ischemic stroke patients with large vessel occlusion 2025, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2025.1581758 PMID:40896336	研究论文	本研究通过转录组分析探讨大血管闭塞性急性缺血性卒中患者早期神经功能改善的外周血mRNA特征及机制	首次揭示ENI组存在免疫激活与神经可塑性抑制的动态平衡，发现NOD样受体/Toll样受体等新型信号通路关联	样本量较小（仅20例患者），回顾性研究设计可能存在选择偏倚	探究血管内取栓后早期神经功能改善的分子机制以指导个体化治疗	大血管闭塞性急性缺血性卒中患者	生物信息学	脑血管疾病	mRNA转录组测序、生物信息分析、蛋白质互作网络分析	NA	转录组数据	20例患者（13例ENI组，7例非ENI组）
128	2025-09-06	Marker genes reveal dynamic features of cell evolving processes 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf185 PMID:40896714	研究论文	通过分析单细胞RNA测序数据揭示细胞演化过程中标记基因的动态特征	发现关键基因在分支点前后呈现不同的统计特征和表达模式，并揭示调控强度、爆发大小和频率沿伪时间轨迹的变化规律	NA	揭示细胞命运决定过程中动态特征并补充现有标记基因筛选方法	小鼠胚胎细胞、小鼠胚胎成纤维细胞、人类骨髓和肠道类器官	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	四个单细胞RNA测序数据集
129	2025-09-06	Uncovering key biomarkers, potential therapeutic targets and development of deep learning model in heart failure 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0330780 PMID:40901835	研究论文	通过生物信息学分析和深度学习技术识别心力衰竭的关键生物标志物并开发诊断模型	结合WGCNA、机器学习、PPI分析和单细胞RNA测序鉴定出四个关键基因(ITIH5, ISLR, ASPN, FNDC1)，并首次使用CNN构建心力衰竭诊断模型	基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证	发现心力衰竭的生物标志物和潜在治疗靶点，并开发诊断模型	心力衰竭患者基因表达数据	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞RNA测序, WGCNA, 机器学习, 分子对接	CNN	基因表达数据	公共GEO数据库中的心力衰竭相关样本
130	2025-09-06	Natural killer cell subpopulations in the peripheral blood of single ventricle/hypoplastic left heart syndrome patients via single-cell RNA sequencing 2025, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.) DOI:10.3389/ebm.2025.10524 PMID:40893145	研究论文	通过单细胞RNA测序分析单心室/左心发育不全综合征患者外周血中的自然杀伤细胞亚群	发现两个新的NK细胞亚群，这些亚群无法通过传统scRNA-seq流程或流式细胞术检测，并揭示了与免疫应答异质性和应激适应相关的独特基因表达谱	样本量较小（仅3例患者和3例健康对照），且使用去标识化样本可能限制临床相关性分析	探究SV/HLHS患者NK细胞的免疫学特征及其在疾病并发症中的作用	单心室/左心发育不全综合征患者和健康对照者的外周血单个核细胞中的自然杀伤细胞	免疫学	心血管疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	3例SV/HLHS患者和3例健康对照的PBMC样本
131	2025-09-06	Silencing RPL11 attenuates acute kidney injury by suppressing tubular apoptosis and macrophage-driven inflammation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1642446 PMID:40895534	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证，揭示核糖体蛋白RPL11在急性肾损伤（AKI）中的关键作用及其机制	首次发现RPL11作为AKI核心调控因子，并开发了肾脏靶向纳米干预技术沉默RPL11	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，临床转化需进一步验证	探究RPL11在急性肾损伤发病机制中的作用并开发治疗策略	小鼠肾脏组织、HK-2人肾小管上皮细胞系	分子病理学	急性肾损伤	scRNA-seq, RNA-seq, siRNA转染, Western blotting, qPCR, 流式细胞术	NA	基因组数据、蛋白质数据、细胞成像数据	小鼠AKI模型和HK-2细胞模型（具体数量未明确说明）
132	2025-09-06	Dysregulated Immune Responses in Sepsis: Insights From Treg-Related Gene Expression 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S523019 PMID:40896540	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，探索了脓毒症中调节性T细胞（Treg）的动态变化及CD82基因的新作用，并开发了一个高精度的诊断基因标志物	首次发现CD82在脓毒症Treg细胞中的上调表达及其免疫调节作用，并利用多数据集整合机器学习构建了七基因诊断模型	CD82的具体作用机制尚需进一步实验验证，研究样本量有限且主要依赖公共数据库	阐明脓毒症中Treg细胞的免疫调节机制并寻找新的诊断标志物	脓毒症患者外周血样本和CLP小鼠模型	生物信息学	脓毒症	scRNA-seq, 流式细胞术, RT-qPCR, 机器学习（SVM, LASSO, random forest）	集成学习模型	基因表达数据	380个样本（来自三个GEO数据集）加患者和小鼠实验样本
133	2025-09-06	Identification of sepsis biomarkers through glutamine metabolism-mediated immune regulation: a comprehensive analysis employing mendelian randomization, multi-omics integration, and machine learning 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1640425 PMID:40909263	研究论文	通过整合孟德尔随机化、多组学分析和机器学习方法，识别与谷氨酰胺代谢介导的免疫调节相关的脓毒症生物标志物	首次结合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和多种机器学习算法，揭示谷氨酰胺代谢通过HLA-DR+ NK细胞影响脓毒症风险的因果机制，并鉴定出四个新型生物标志物	研究依赖于公共数据库数据，需进一步实验验证机制；机器学习模型性能存在差异（NGBoost AUC仅0.62）	识别脓毒症的早期诊断生物标志物并探索其免疫代谢机制	脓毒症患者和健康对照者的外周血单核细胞及相关组学数据	生物信息学	脓毒症	孟德尔随机化(MR), scRNA-seq, RT-qPCR, 机器学习算法(CatBoost/XGBoost/NGBoost)	CatBoost, XGBoost, NGBoost	基因组数据, 转录组数据, 代谢组数据, 临床数据	使用多个公共数据集(GSE167363/GSE236713/GSE28750)，包含1400种血浆代谢物、731种免疫细胞表型和脓毒症GWAS数据
134	2025-09-06	Identification of cuproptosis-related genes in chronic apical periodontitis based on bulk and single-cell RNA sequencing analyses and experimental validation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1559220 PMID:40909264	研究论文	本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序分析，结合实验验证，识别了慢性根尖周炎中与铜死亡相关的基因	首次在慢性根尖周炎中系统研究铜死亡相关基因，并发现COL4A1-Fibro和APOE-Macro细胞间互作可能促进铜死亡过程	样本量较小（CAP n=3, HC n=3），需要更大规模研究验证	探究铜死亡相关基因在慢性根尖周炎发病机制中的作用	人类慢性根尖周炎组织样本和健康对照组织	生物信息学	口腔炎症疾病	RNA-seq, scRNA-seq, qRT-PCR, IHC	ROC曲线分析	基因表达数据	6个临床样本（3个CAP，3个HC）用于scRNA-seq，另有人类CAP数据集GSE237398和HC数据集GSE223924
135	2025-09-06	Correction: Single-cell and spatial transcriptomics reveal a stress-induced EMT-like epithelial subset driving immune activation in silica-injured lung 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1671133 PMID:40909286	correction	对先前发表的关于矽肺损伤肺中应激诱导EMT样上皮亚群驱动免疫激活的单细胞与空间转录组学研究进行更正	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
136	2025-09-06	Programmed cell death-driven remodeling of the melanoma microenvironment enables prognostic stratification and therapeutic prediction 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1612217 PMID:40909289	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序数据全面分析黑色素瘤中程序性细胞死亡（PCD）的异质性及其与肿瘤微环境、预后和免疫治疗反应的关联	首次在黑色素瘤中系统评估多种PCD模式的细胞类型特异性活性，并开发基于15基因特征的预后模型，能够有效预测免疫治疗反应	研究主要基于回顾性数据分析，需要前瞻性临床验证	全面表征黑色素瘤中PCD相关特征及其与肿瘤异质性、预后和免疫治疗结局的关联	黑色素瘤患者（皮肤和肢端亚型）的单细胞和批量RNA测序数据	计算生物学	黑色素瘤	单细胞RNA测序，批量RNA测序，机器学习模型（LASSO，Ridge，XGBoost）	集成机器学习模型	RNA测序数据	多个黑色素瘤队列数据（具体样本数未在摘要中明确说明）
137	2025-09-06	Developing a prognostic model of glutamine metabolism-related genes associated with clinical features and immune status in melanoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1485006 PMID:40909968	研究论文	本研究通过生物信息学分析构建了与黑色素瘤临床特征和免疫状态相关的谷氨酰胺代谢相关基因预后模型	首次识别了八个关键谷氨酰胺代谢相关基因并构建风险模型，揭示了其与免疫细胞浸润和免疫检查点表达的关联	研究部分依赖生物信息学预测，实验验证仅通过A375细胞系进行RT-PCR验证，样本代表性有限	开发黑色素瘤的预后预测模型并探索谷氨酰胺代谢与免疫状态的关系	黑色素瘤患者基因表达数据和临床特征	生物信息学	黑色素瘤	生物信息学分析、scRNA-seq数据处理、RT-PCR验证	Cox回归风险模型、列线图(nomogram)	基因表达数据、临床数据	来自GEO和TCGA-SKCM数据库的黑色素瘤患者数据
138	2025-09-06	Csf1+ AD-MSCs promote stroke repair by activating the resident microglia 2025, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.) DOI:10.3389/ebm.2025.10611 PMID:40910104	研究论文	本研究探讨了Csf1+ AD-MSCs通过激活常驻小胶质细胞促进脑出血后脑组织修复的机制	首次揭示Csf1亚群AD-MSCs通过抑制单核细胞浸润和激活常驻小胶质细胞实现治疗作用的特异性机制	研究基于大鼠模型，临床转化需进一步验证；样本量未明确说明	探究脂肪来源间充质基质细胞治疗脑出血的作用机制	脑出血大鼠模型	神经科学	脑出血	单细胞转录组测序，组织病理学技术	NA	转录组数据，组织学数据	NA
139	2025-09-06	An integrated single-nucleus and spatial transcriptomics atlas reveals the molecular landscape of the human hippocampus 2024-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.26.590643 PMID:38712198	研究论文	通过整合单核RNA测序和空间转录组数据，构建了人类海马体的分子图谱	首次结合snRNA-seq和SRT技术，在保留细胞结构组织的同时解析海马体细胞类型的分子特征和空间分布	研究仅基于10名神经典型成年捐赠者的样本，样本量相对有限	揭示人类海马体的细胞类型分子特征和空间组织结构	人类前海马体组织	空间转录组学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学(SRT), 非负矩阵分解(NMF)	NMF	空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据	10名成年神经典型捐赠者的海马体组织切片
140	2025-09-06	Shear stress is uncoupled from atheroprotective KLK10 in atherosclerotic plaques 2024-Nov, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2024.118622 PMID:39413592	研究论文	本研究通过比较健康与动脉粥样硬化条件下内皮细胞对生理剪切力的转录组响应，揭示动脉粥样斑块中保护性因子KLK10与剪切力信号解耦的机制	首次发现动脉粥样硬化病变中生理剪切力与保护性因子KLK10的表达解耦，并鉴定出疾病状态下内皮细胞亚群的炎症和凋亡特征	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证；单细胞测序样本量有限	探究动脉粥样硬化动脉对生理剪切力保护性效应的响应机制	小鼠动脉内皮细胞（健康C57BL/6、轻度病变Apoe-/-正常饮食、重度病变Apoe-/-高脂饮食模型）	心血管生物学	心血管疾病	3D光片成像、计算流体动力学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、成像数据	三组小鼠模型（具体数量未明确说明）