单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
13961	2024-08-05	The utilization of single-cell sequencing technology in investigating the immune microenvironment of ccRCC 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1276658 PMID:38090562	评论	本文回顾了单细胞测序技术在研究ccRCC免疫微环境中的应用。	文章创新地强调了单细胞测序技术如何揭示肿瘤微环境中特定细胞特征的重要性。	以往的先进测序方法忽视了特定较少的细胞特征，可能未能全面反映肿瘤微环境的复杂性。	探讨ccRCC中肿瘤微环境的特性及其免疫浸润的最新进展。	ccRCC中肿瘤微环境和免疫浸润相关的细胞特征。	数字病理学	肾细胞癌	单细胞测序	NA	细胞特征数据	NA
13962	2024-08-05	Identification of drug candidates targeting monocyte reprogramming in people living with HIV 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1275136 PMID:38077315	研究论文	本文探讨了针对HIV感染者单核细胞重编程的药物候选物的识别	利用单细胞RNA测序技术识别用于逆转HIV感染者单核细胞转录表型的药物候选物	样本数量较小，仅限于200-HIV队列研究的部分参与者	评估组学技术在HIV感染者大规模队列中的应用可行性	HIV感染者和健康对照者中的免疫细胞	数字病理学	HIV	单细胞RNA-seq、流式细胞术、蛋白质组学、ATAC-seq	NA	血液样本	少量血液样本来自HIV感染者及健康对照者
13963	2024-08-05	Comprehensive analysis of mitophagy-related genes in NSCLC diagnosis and immune scenery: based on bulk and single-cell RNA sequencing data 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1276074 PMID:38155968	研究论文	本研究系统分析了线粒体自噬与非小细胞肺癌（NSCLC）之间的关系	通过机器学习选择六个与线粒体自噬相关的特征基因并构建了NSCLC的诊断模型	NA	探索线粒体自噬在NSCLC中的潜在机制以及其与免疫微环境的关系	非小细胞肺癌患者的线粒体自噬相关基因	数字病理学	非小细胞肺癌	RNA测序	机器学习模型	单细胞数据与大规模RNA测序数据	NA
13964	2024-08-07	Comprehensive analysis of necroptosis-related genes in renal ischemia-reperfusion injury 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1279603 PMID:37965311	研究论文	本研究对肾移植中缺血再灌注损伤相关的坏死性凋亡基因进行了综合分析，并探讨了其在延迟移植物功能中的作用。	研究首次系统地分析了坏死性凋亡相关基因在肾缺血再灌注损伤中的表达和功能，并开发了一个预测延迟移植物功能的模型。	研究主要基于基因表达数据和单细胞RNA测序数据，可能需要更多的临床数据来进一步验证和优化模型。	旨在识别和功能表征肾移植中与坏死性凋亡相关的基因，并探讨其在免疫反应和缺血再灌注损伤进展中的作用。	肾移植中的缺血再灌注损伤及其相关的坏死性凋亡基因。	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括预处理和再灌注后的肾活检样本，以及IRI小鼠模型
13965	2024-08-07	Elaboration and validation of a prognostic signature associated with disulfidoptosis in lung adenocarcinoma, consolidated with integration of single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing techniques 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1278496 PMID:37965333	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，详细阐述并验证了与硫化物凋亡相关的肺腺癌预后标志物	首次将单细胞RNA测序与批量RNA测序技术结合，探索与硫化物凋亡相关的基因，并构建预后风险标志物	NA	旨在通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，揭示与硫化物凋亡相关的基因，并预测肺腺癌患者的临床预后	肺腺癌（LUAD）及其与硫化物凋亡相关的基因	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）	LASSO-Cox回归模型	RNA序列数据	使用GSE149655数据集的肺腺癌和正常样本，具体样本数量未详述
13966	2024-08-07	Single-cell transcriptomic atlas throughout anti-BCMA CAR-T therapy in patients with multiple myeloma 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1278749 PMID:38035111	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了多发性骨髓瘤患者在接受抗BCMA CAR-T治疗过程中骨髓和外周血样本的转录组图谱	揭示了复发患者肿瘤细胞中HSP90B1和HSPA5的高表达以及内质网应激和未折叠蛋白反应途径的显著富集	NA	探究多发性骨髓瘤患者在接受抗BCMA CAR-T治疗后的免疫细胞变化及其与复发的关系	多发性骨髓瘤患者在接受抗BCMA CAR-T治疗过程中的骨髓和外周血细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组	24个骨髓或外周血样本，共分析了59,725个骨髓细胞和72,479个外周血细胞
13967	2024-08-07	Single cell transcriptome analyses reveal the roles of B cells in fructose-induced hypertension 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1279439 PMID:38045685	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了B细胞在果糖诱导的高血压中的作用	首次揭示了B细胞在果糖诱导的高血压中的重要作用，并发现了B细胞与Tfh细胞及干扰素途径的激活之间的关联	研究仅限于Dahl盐敏感性雄性大鼠，结果的普遍性有待进一步验证	探讨B细胞在果糖诱导的高血压发展中的作用	Dahl盐敏感性雄性大鼠的肠黏膜细胞和外周血单个核细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	8周龄Dahl盐敏感性雄性大鼠，分为两组，每组给予不同处理，共进行4周的实验
13968	2024-08-07	Assessing characteristics of RNA amplification methods for single cell RNA sequencing 2016-11-24, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-016-3300-3 PMID:27881084	研究论文	本文通过大规模对照实验评估了三种单细胞RNA测序方法的传递函数及其调控因素	首次系统评估了不同单细胞RNA测序方法的性能和可靠性	实验中检测到的基因数量和表达水平存在一定偏差	评估单细胞RNA测序方法的性能和可靠性	三种单细胞RNA测序方法及其性能	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	大规模对照实验
13969	2024-08-07	ICOS costimulation in combination with CTLA-4 blockade remodels tumor-associated macrophages toward an antitumor phenotype 2024-Apr-01, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20231263 PMID:38517331	研究论文	研究探讨了ICOS共刺激与CTLA-4阻断联合治疗对肿瘤相关巨噬细胞表型的重塑作用	发现ICOS共刺激与CTLA-4阻断联合治疗能显著重塑淋巴和髓系细胞，增强Th1 CD4 T细胞、效应CD8 T细胞和M1样抗肿瘤促炎巨噬细胞的富集	NA	研究ICOS共刺激与CTLA-4阻断联合治疗在抗肿瘤治疗中的协同作用及其机制	肿瘤相关巨噬细胞和效应T细胞	免疫学	肿瘤	CyTOF和单细胞RNA测序	NA	细胞	涉及B16-F10细胞疫苗和多种免疫细胞
13970	2024-08-07	Single cell deciphering of progression trajectories of the tumor ecosystem in head and neck cancer 2024-Mar-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46912-6 PMID:38519500	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了头颈部鳞状细胞癌在不同阶段的肿瘤生态系统进展轨迹	首次揭示了恶性上皮细胞的转录发育轨迹及由TFDP1调控的肿瘤生成上皮亚群，并发现了POSTN纤维母细胞和SPP1巨噬细胞在肿瘤进展中的浸润增加及其与恶性细胞的相互作用增强	NA	旨在更好地表征头颈部鳞状细胞癌的肿瘤进展轨迹	头颈部鳞状细胞癌的正常组织、癌前组织、早期和晚期癌症组织、淋巴结及复发肿瘤组织样本	数字病理学	头颈部癌症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及多种组织样本，包括正常组织、癌前组织、早期和晚期癌症组织、淋巴结及复发肿瘤组织
13971	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing integrated with bulk RNA sequencing analysis identifies a tumor immune microenvironment-related lncRNA signature in lung adenocarcinoma 2024-Mar-22, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-01866-5 PMID:38519942	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别出与肺腺癌肿瘤免疫微环境相关的长非编码RNA（lncRNA）特征	首次开发了一种基于肿瘤免疫微环境相关lncRNA的特征（TRLS），该特征在预测肺腺癌患者总体生存方面表现出色，并显示出对免疫治疗的敏感性	NA	开发一种新的工具，用于肺腺癌患者的个性化治疗和预后管理	肺腺癌患者的肿瘤免疫微环境相关的lncRNA	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序和批量RNA测序	机器学习框架	RNA测序数据	1368名肺腺癌患者
13972	2024-08-07	Involvement of TGFBI-TAGLN axis in cancer stem cell property of head and neck squamous cell carcinoma 2024-03-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-57478-0 PMID:38514830	研究论文	本研究探讨了TGFBI在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的作用及其通过TAGLN轴促进癌症干细胞特性的机制	首次揭示了TGFBI通过上调TAGLN促进HNSCC中癌症干细胞特性的新机制	NA	阐明TGFBI对HNSCC细胞恶性行为的影响	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	RNA测序	NA	RNA序列数据	使用TCGA数据库中的RNA测序数据进行验证
13973	2024-08-04	Transcriptomic changes associated with oral immunotherapy for food allergy 2024-Mar, Pediatric allergy and immunology : official publication of the European Society of Pediatric Allergy and Immunology IF:4.3Q1 DOI:10.1111/pai.14106 PMID:38520061	综述	这篇综述总结了与口服免疫疗法相关的转录通路的最新进展	采用单细胞测序等技术，提供了对口服免疫疗法后基因表达变化的新见解	对长期和明确临床结果相关的免疫特征的研究仍然不足	研究口服免疫疗法后免疫机制的转录变化	关注过敏性食物患者在接受口服免疫疗法后的基因表达变化	数字病理学	食物过敏	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
13974	2024-08-04	Comparable CD8+ T-cell responses to SARS-CoV-2 vaccination in single-cell transcriptomics of recently allogeneic transplanted patients and healthy individuals 2024-Mar, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.29539 PMID:38516755	研究论文	本研究评估了SARS-CoV-2疫苗接种后近期异基因移植患者与健康个体的CD8+ T细胞反应的比较	该研究首次通过单细胞转录组学分析比较了异基因移植患者与健康个体对疫苗接种的CD8+ T细胞反应	研究中保护性抗体浓度仅在40%的患者中检测到，且样本数量可能影响结论	研究目的在于模拟分析异基因造血干细胞移植患者的免疫反应和疫苗效应	研究对象为近期接受异基因移植的患者及健康疫苗接种者	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，T细胞受体/B细胞受体分析	NA	基因表达数据，免疫学数据	NA
13975	2024-08-07	Single-cell analysis reveals landscape of endometrial cancer response to estrogen and identification of early diagnostic markers 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0301128 PMID:38517922	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了子宫内膜癌对雌激素反应的景观，并识别了早期诊断标志物	本研究首次在单细胞分辨率下阐明了子宫内膜癌对雌激素反应的潜在生物学机制，并识别了24个早期诊断标志物	NA	探讨子宫内膜癌对雌激素的反应机制，并寻找早期诊断标志物	子宫内膜癌细胞及其对雌激素的反应	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组（ST）	逻辑回归（LR）、高斯朴素贝叶斯（GaussianNB）、k-最近邻（KNN）、支持向量机（SVM）、极端梯度提升（XGB）和神经网络（NK）	转录组数据	NA
13976	2024-08-04	Modulating inflammation with interleukin 37 treatment ameliorates murine Autosomal Dominant Polycystic Kidney Disease 2024-Apr, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2023.12.006 PMID:38158181	研究论文	本研究探讨了抗炎细胞因子IL37b作为治疗常染色体显性多囊肾病（ADPKD）的潜力。	发现IL37b通过促进干扰素信号通路抑制囊肿的形成，提出了其作为ADPKD潜在治疗的可能性。	研究主要基于小鼠模型，临床转化仍需验证。	探讨IL37b在治疗常染色体显性多囊肾病中的作用。	使用遗传小鼠模型研究IL37b对ADPKD的影响。	数字病理学	常染色体显性多囊肾病	RNA-seq	转基因小鼠	基因组数据	多个ADPKD小鼠模型
13977	2024-08-07	CYBB-Mediated Ferroptosis Associated with Immunosuppression in Mycobacterium leprae-Infected Monocyte-Derived Macrophages 2024-Apr, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.10.012 PMID:37925067	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了健康个体中由单核细胞衍生的巨噬细胞对麻风分枝杆菌感染的初始反应，并发现了一种主要类型的替代激活巨噬细胞，该巨噬细胞过度表达NEAT1、CCL2和CD163。进一步的功能分析显示，铁死亡与巨噬细胞的M2极化呈正相关，且体外实验表明抑制铁死亡有助于麻风分枝杆菌在巨噬细胞内的存活。	本研究首次揭示了CYBB作为关键分子在麻风分枝杆菌感染的巨噬细胞中促进铁死亡，进而导致M2极化和免疫逃逸的机制。	本研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，未来需要更多的体内实验和临床数据来验证这些发现。	探讨麻风分枝杆菌感染的巨噬细胞中铁死亡与M2极化的关系及其分子机制。	健康个体中由单核细胞衍生的巨噬细胞对麻风分枝杆菌感染的反应。	NA	麻风病	单细胞RNA测序	NA	RNA	4名健康个体
13978	2024-08-04	Characterization of macrophages in ischemia-reperfusion injury-induced acute kidney injury based on single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq analysis 2024-Mar-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111754 PMID:38428147	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和总体RNA测序分析来表征缺血再灌注损伤引起的急性肾损伤中的巨噬细胞	识别了在缺血再灌注肾损伤中参与的巨噬细胞亚型及相关的中心基因，提出了四个新的生物标志物和潜在的治疗靶点	本研究的局限性在于对巨噬细胞功能机制的理解仍不清晰，针对巨噬细胞的策略在急性肾损伤中的效果存在争议	探讨缺血再灌注损伤中巨噬细胞的作用及其相关基因	本研究的研究对象为参与缺血再灌注引起的急性肾损伤的巨噬细胞亚型及其相关基因	数字病理学	急性肾损伤	单细胞RNA-seq和总体RNA-seq	NA	基因表达数据	包含正常样本和缺血再灌注后3天的样本
13979	2024-08-07	Prognostic implication of UBE2C + CD8 + T cell in neoadjuvant immune checkpoint blockade plus chemotherapy for locally advanced esophageal cancer 2024-Mar-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111696 PMID:38412672	研究论文	本研究旨在探讨免疫检查点抑制剂（ICBs）联合化疗作为新辅助治疗在局部晚期食管癌患者中的早期和中期疗效，并发现与主要病理反应（MPR）相关的免疫预测因子。	本研究首次揭示了UBE2C+CD8+T细胞作为局部晚期食管癌患者接受新辅助ICBs联合化疗后的不良预后因子。	研究为回顾性分析，样本量相对较小，且仅限于特定时间段内的患者。	研究新辅助ICBs联合化疗在局部晚期食管癌中的疗效及免疫预测因子。	局部晚期食管癌患者。	免疫学	食管癌	Bulk-RNA seq, scRNA seq, 多重免疫荧光	NA	RNA序列数据, 免疫荧光图像	76名患者
13980	2024-08-04	eSVD-DE: cohort-wide differential expression in single-cell RNA-seq data using exponential-family embeddings 2024-Mar-15, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05724-7 PMID:38486150	研究论文	本文介绍了eSVD-DE，一种针对单细胞RNA测序数据的大规模人群差异表达检测的新方法	提出了一种新的矩阵分解方法，能够在去除混杂变量影响的同时进行差异基因测试	在较大的数据集中，可能仍然存在一些人类变异的影响	旨在更准确地识别单细胞RNA测序数据中群体级的差异表达基因	对大量案例和对照个体的单细胞RNA测序数据进行分析	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	层次模型	基因表达数据	使用了多个生物系统的已发布数据集