单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27279 篇文献，本页显示第 13961 - 13980 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 13961 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis reveals heterogeneity and convergence of the tumor microenvironment in colorectal cancer
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1003419
PMID:36685571
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序数据分析，揭示了结直肠癌肿瘤微环境的异质性和收敛性 | 本研究首次通过追踪分化轨迹，揭示了脂质代谢重塑和免疫功能抑制的关系，并构建了具有良好预后价值的免疫风险模型和临床风险模型 | NA | 探究结直肠癌肿瘤微环境的异质性和收敛性 | 结直肠癌的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 从肿瘤、癌旁组织和外周血中鉴定出8种主要细胞类型和25个亚群 |
| 13962 | 2024-08-07 |
The relevance between hypoxia-dependent spatial transcriptomics and the prognosis and efficacy of immunotherapy in claudin-low breast cancer
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1042835
PMID:36685583
|
研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学（ST）与免疫荧光技术，探讨了人claudin-低乳腺癌MDA-MB-231移植瘤中与缺氧相关的空间异质性及其对免疫治疗预后和疗效的影响。 | 首次揭示了claudin-低乳腺癌中基于缺氧依赖的空间异质性，并探讨了其作为临床结果和免疫治疗反应预测生物标志物的潜力。 | NA | 探讨缺氧依赖的空间转录组学与claudin-低乳腺癌患者免疫治疗预后和疗效的相关性。 | 人claudin-低乳腺癌MDA-MB-231移植瘤。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学（ST） | NA | 转录组数据 | 1904例乳腺癌样本 |
| 13963 | 2024-08-07 |
Delayed induction of type I and III interferons mediates nasal epithelial cell permissiveness to SARS-CoV-2
2021-12-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-27318-0
PMID:34876592
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，探讨了SARS-CoV-2在人类鼻上皮细胞中的感染及其引发的I型和III型干扰素反应 | 首次详细描述了SARS-CoV-2感染鼻上皮细胞后I型和III型干扰素的延迟诱导现象，并探讨了重组干扰素作为化学预防策略的可能性 | NA | 研究SARS-CoV-2在鼻上皮细胞中的感染机制及其引发的免疫反应 | 人类鼻上皮细胞及其对SARS-CoV-2的反应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | RNA, 蛋白质 | NA |
| 13964 | 2024-08-07 |
Application of Single-Cell Approaches to Study Myeloproliferative Neoplasm Biology
2021-04, Hematology/oncology clinics of North America
DOI:10.1016/j.hoc.2021.01.002
PMID:33641869
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综述 | 本文综述了利用多种新型单细胞技术研究人类疾病，特别是费城阴性骨髓增生性肿瘤（MPN）生物学的最新见解 | 应用单细胞基因组学、单细胞转录组学和数字病理学等新技术深入研究MPN生物学 | NA | 探讨MPN生物学的新见解 | 费城阴性骨髓增生性肿瘤（MPN） | 数字病理学 | 骨髓增生性肿瘤 | 单细胞技术 | NA | 基因组学数据、转录组学数据 | NA |
| 13965 | 2024-08-07 |
Fibrinolysis influences SARS-CoV-2 infection in ciliated cells
2021-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2021.01.07.425801
PMID:33442688
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研究论文 | 研究分析了单细胞RNA测序数据，探讨了纤溶酶在SARS-CoV-2感染纤毛细胞中的作用及其与ENaC蛋白的相互作用 | 首次揭示了SARS-CoV-2通过与ENaC纤溶酶网络相互作用，加速病毒侵入易感细胞，并可能导致与ENaC相关的肺水肿呼吸状况 | NA | 探讨SARS-CoV-2感染纤毛细胞的机制及其与ENaC蛋白的相互作用 | 纤溶酶、ENaC蛋白、SARS-CoV-2受体ACE2在不同细胞类型中的表达 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 涉及不同类型的上皮细胞和白细胞 |
| 13966 | 2024-08-07 |
Machine learning predicts putative hematopoietic stem cells within large single-cell transcriptomics data sets
2019-10, Experimental hematology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.exphem.2019.08.009
PMID:31513832
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研究论文 | 本文开发了一种名为hscScore的机器学习工具，用于从单细胞转录组数据中快速识别小鼠骨髓中的造血干细胞 | hscScore工具能够基于已验证的造血干细胞基因表达谱，对单细胞转录组进行评分，从而在缺乏流式细胞术信息的情况下，有效识别造血干细胞 | NA | 开发一种新的方法来识别大型单细胞转录组数据集中的潜在造血干细胞 | 小鼠骨髓中的造血干细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 机器学习模型 | 转录组数据 | 来自不同实验室的scRNA-seq数据 |
| 13967 | 2024-08-07 |
Characterizing the replicability of cell types defined by single cell RNA-sequencing data using MetaNeighbor
2018-02-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-03282-0
PMID:29491377
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MetaNeighbor的复制框架，用于量化单细胞RNA测序数据中细胞类型的跨数据集复制程度，并快速识别高度相似的集群 | 提出了MetaNeighbor框架，用于评估和提高单细胞RNA测序数据的复制性 | NA | 研究单细胞RNA测序数据中细胞类型的复制性，并定义最佳实践 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型复制性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 8个技术性和生物多样性不同的数据集，45个中间神经元亚型中的24个 |
| 13968 | 2024-08-07 |
An Efficient Single-Cell RNA-Seq Approach to Identify Neoantigen-Specific T Cell Receptors
2018-02-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2017.10.018
PMID:29174843
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研究论文 | 本文提出了一种新的治疗策略，通过遗传修饰自体T细胞与新抗原特异性T细胞受体（TCRs）并将其转移回癌症患者，以提高针对肿瘤特异性突变的T细胞疗法的疗效 | 开发了一种新的方法，通过TILs与TMG转染或肽脉冲的自体抗原呈递细胞（APCs）共培养，并进行单细胞RNA测序分析T细胞，以识别与高表达IFN-γ和IL-2细胞相关的配对TCR序列 | 目前的分离新抗原特异性TCRs的技术耗时且技术挑战大，不适合临床应用 | 提高针对肿瘤特异性突变的T细胞疗法的疗效 | 新抗原特异性T细胞受体（TCRs） | NA | NA | 单细胞RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA | 多个TCRs被识别、合成、克隆并转导到供体T细胞中 |
| 13969 | 2024-08-07 |
A stochastic and dynamical view of pluripotency in mouse embryonic stem cells
2018-02, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1006000
PMID:29451874
|
研究论文 | 本文开发了一个框架，将布尔级别的网络拓扑结构扩展为更高分辨率的网络模型，明确考虑了启动子结构和基因状态切换动力学 | 提出了一个系统的方法，将布尔级别的网络拓扑结构扩展为更高分辨率的网络模型，明确考虑了启动子结构和基因状态切换动力学 | 文章未明确提及现有方法的局限性 | 研究胚胎干细胞多能性状态的动态和分子随机性 | 胚胎干细胞的多能性状态及其调控网络 | 生物医学科学 | NA | 单细胞测序 | 机器学习方法 | 基因网络拓扑结构 | 未明确提及样本数量 |
| 13970 | 2024-08-07 |
PyClone: statistical inference of clonal population structure in cancer
2014-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/nmeth.2883
PMID:24633410
|
研究论文 | 介绍了一种用于推断癌症克隆种群结构的统计模型PyClone | PyClone是一种贝叶斯聚类方法，能够将深度测序的体细胞突变分组为假定的克隆簇，同时估计它们的细胞流行率并考虑由片段拷贝数变化和正常细胞污染引入的等位基因不平衡 | NA | 推断癌症中的克隆种群结构 | 深度测序的体细胞突变 | 数字病理学 | 癌症 | 深度测序 | 贝叶斯聚类方法 | 测序数据 | NA |
| 13971 | 2024-08-07 |
Single-cell characterization of infiltrating T cells identifies novel targets for gallbladder cancer immunotherapy
2024-Apr-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.216675
PMID:38280478
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建T细胞图谱，识别胆囊癌中的T细胞亚型，并基于这些亚型进行分子分型，以期为胆囊癌的个性化治疗提供新策略 | 首次建立了基于促肿瘤微环境的胆囊癌亚型分类标准，并发现Th17和Treg细胞数量之间的反比关系 | NA | 探索胆囊癌免疫治疗的新靶点 | 胆囊癌中的T细胞亚型及其在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理学 | 胆囊癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 12种T细胞亚型 |
| 13972 | 2024-08-04 |
Integrated profiling identifies ferredoxin 1 as an immune-related biomarker of malignant phenotype in glioma
2024-Mar-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26976
PMID:38463788
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研究论文 | 本研究发现Ferredoxin 1 (FDX1)作为胶质瘤恶性表型的免疫相关生物标志物 | 揭示了FDX1在胶质瘤预后和肿瘤免疫浸润中的重要作用，尤其是与免疫相关信号通路的关联 | 对于FDX1在胶质瘤中的作用机制尚未进行深入的机制研究 | 探讨FDX1在胶质瘤中的预后意义及其与免疫细胞浸润的关系 | 胶质瘤样本及其临床病理特征 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 组织微阵列 (TMA) 和单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 胶质瘤样本数量未明确说明 |
| 13973 | 2024-08-04 |
CLEC4E upregulation in gastric cancer: A potential therapeutic target correlating with tumor-associated macrophages
2024-Mar-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27172
PMID:38463883
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研究论文 | 本研究探讨了CLEC4E在胃癌中上调的作用及其与肿瘤相关巨噬细胞的关联 | 该研究首次揭示了CLEC4E在胃癌中的高表达与不良预后之间的关系，且CLEC4E可作为潜在的治疗靶点 | 该研究的局限性在于实验主要集中于体外研究，临床应用的验证尚需进一步的研究 | 研究CLEC4E在胃癌中的表达及其可能的治疗靶点 | 研究对象为胃癌样本及肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 组织样本 | 人类胃癌样本及共培养模型 |
| 13974 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals distinct transcriptomic profiles and evolutionary patterns in lung cancer brain metastasis
2024-Mar-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27071
PMID:38463784
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了肺癌脑转移的转录组特征和进化模式 | 揭示了脑转移肿瘤相较于淋巴结和原发肿瘤的更大转录组变化，并发现了特定的配体-受体对 | NA | 阐明肺癌脑转移的潜在机制并描述其转录组景观，以开发治疗干预措施 | 肺癌脑转移的转录组特征和细胞间相互作用 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 两个不同的肺癌转移单细胞RNA测序数据集 |
| 13975 | 2024-08-07 |
CDKN1A regulation on chondrogenic differentiation of human chondrocytes in osteoarthritis through single-cell and bulk sequencing analysis
2024-Mar-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27466
PMID:38463824
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量测序分析，验证了CDKN1A基因在骨关节炎（OA）中软骨细胞软骨形成分化的作用 | 首次结合单细胞和批量测序方法，探讨CDKN1A在OA软骨细胞软骨形成分化中的作用 | NA | 验证CDKN1A在OA软骨细胞软骨形成分化中的作用 | 人软骨细胞在骨关节炎中的软骨形成分化 | 数字病理学 | 骨关节炎 | RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 使用了来自Gene Expression Omnibus数据库的三个RNA-seq数据集（GSE114007, GSE55235, GSE152805） |
| 13976 | 2024-08-04 |
Interrogations of single-cell RNA splicing landscapes with SCASL define new cell identities with physiological relevance
2024-Mar-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46480-9
PMID:38461306
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研究论文 | 本研究介绍了SCASL方法，以探讨单细胞RNA剪接的异质性并确定新的细胞身份 | SCASL方法解决了单细胞RNA剪接数据的偏见和稀疏覆盖问题，并提供了细胞身份分类的新方案 | 该方法的局限性尚未明确提及 | 研究单细胞RNA剪接的异质性及其与生理过程的关系 | 利用SCASL方法分析三阴性乳腺癌的潜在癌前和早期肿瘤阶段的细胞群体 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA-seq | NA | RNA数据 | 使用之前发布的数据集作为例子 |
| 13977 | 2024-08-04 |
Transcriptome and single-cell transcriptomics reveal prognostic value and potential mechanism of anoikis in skin cutaneous melanoma
2024-Mar-09, Discover. Oncology
DOI:10.1007/s12672-024-00926-0
PMID:38460046
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研究论文 | 本文探讨了皮肤黑色素瘤中anoikis的预后价值和作用机制 | 建立了一种基于anoikis的新分类系统，并发现FASLG基因在耗竭的CD8(+) T细胞中的高表达与预后相关 | 样本量和临床数据的局限性可能影响结果的普适性 | 研究anoikis在皮肤黑色素瘤中的预后价值及其作用机制 | 研究对象为皮肤黑色素瘤的样本，特别是与anoikis相关的基因 | 数字病理学 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 13978 | 2024-08-07 |
[Analysis of the differences in the characteristics of mesenchymal stem cells derived from jaw and long bones based on single-cell RNA-sequencing]
2024-Mar-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology
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研究论文 | 研究下颌骨和大腿骨骨髓细胞组成，分析这两种组织来源的间充质干细胞（MSCs）的异质性，探讨不同来源骨MSCs功能特性的差异 | 使用单细胞RNA测序技术分析下颌骨和大腿骨骨髓细胞组成，揭示了下颌骨来源的MSCs（M-MSCs）和大腿骨来源的MSCs（F-MSCs）在基因表达模式和上调信号通路上的显著差异 | NA | 探索不同来源骨MSCs功能特性的差异 | 下颌骨和大腿骨来源的间充质干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 下颌骨和大腿骨的骨髓细胞 |
| 13979 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome reveals a novel mechanism of C-Kit+-liver sinusoidal endothelial cells in NASH
2024-Mar-09, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-024-01215-7
PMID:38461242
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了C-Kit+肝窦内皮细胞在非酒精性脂肪性肝炎（NASH）中的新型机制 | 发现了C-Kit+肝窦内皮细胞在NASH中的异质性和复杂性，并确认了其通过恢复Pink1相关线粒体自噬来促进NASH进展的作用 | NA | 理解肝窦内皮细胞（LSECs）如何响应非酒精性脂肪性肝炎（NASH） | C-Kit+肝窦内皮细胞的功能及其在NASH中的作用 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪性肝炎 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 来自对照组和MCD饮食喂养小鼠的肝脏单个LSEC样本 |
| 13980 | 2024-08-04 |
scFSNN: a feature selection method based on neural network for single-cell RNA-seq data
2024-Mar-08, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10160-1
PMID:38459442
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研究论文 | 提出了一种基于神经网络的特征选择方法scFSNN，用于单细胞RNA测序数据的分类问题 | scFSNN可以在模型训练过程中自动选择特征并控制假发现率，还能够自适应确定要消除的特征数量 | NA | 解决单细胞RNA测序数据的分类问题 | 单细胞RNA测序数据中的基因特征 | 机器学习 | NA | NA | 神经网络 | 基因表达数据 | 进行了广泛的模拟和真实数据研究 |