单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
13941	2024-08-07	Identification of fatty acid oxidation-related subtypes by integrated analysis of bulk- and single-cell transcriptome profiling in colorectal cancer 2024-Feb-29, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3 DOI:10.21037/jgo-23-833 PMID:38482228	研究论文	本研究通过综合分析大量和单细胞转录组数据，识别了结直肠癌中与脂肪酸氧化（FAO）相关的亚型。	本研究首次揭示了结直肠癌患者中FAO水平的基因组模式，并构建了FAO相关基因评分（GFAO_Score），有助于精准筛选患者并优化临床策略。	NA	研究结直肠癌中脂肪酸氧化的分子生物化学特征及其相互作用机制。	结直肠癌患者的脂肪酸氧化水平及其相关基因。	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	数据来自TCGA和GEO数据库中的结直肠癌患者。
13942	2024-08-07	Disulfidptosis-related genes of prognostic signature and immune infiltration features in hepatocellular carcinoma supported by bulk and single-cell RNA sequencing data 2024-Feb-29, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3 DOI:10.21037/jgo-23-949 PMID:38482234	研究论文	本研究通过分析肝细胞癌的癌症基因组图谱-肝细胞癌和基因表达综合数据库数据，识别与硫化物应激相关的关键基因，并探讨其在肝细胞癌预后和免疫浸润中的作用	首次探讨了硫化物应激相关基因在肝细胞癌中的预后价值和免疫治疗潜力	NA	研究硫化物应激相关基因在肝细胞癌中的预后和免疫治疗作用	肝细胞癌患者的基因表达数据和免疫细胞浸润情况	数字病理学	肝细胞癌	RNA测序	Cox回归分析	基因表达数据	使用了来自癌症基因组图谱-肝细胞癌和基因表达综合数据库的数据集
13943	2024-08-07	Tumoral C2 Regulates the Tumor Microenvironment by Increasing the Ratio of M1/M2 Macrophages and Tertiary Lymphoid Structures to Improve Prognosis in Melanoma 2024-Feb-23, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16050908 PMID:38473271	研究论文	本研究通过多维分析转录组数据，探讨了C2在黑色素瘤中的作用及其对肿瘤微环境的调节机制	首次发现C2水平的上调与黑色素瘤的良好预后相关，并能增强M1巨噬细胞的招募和极化	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，需要进一步的人体临床试验验证	探究C2在黑色素瘤中的作用及其对免疫治疗效果的影响	C2在黑色素瘤中的表达及其对肿瘤微环境和免疫细胞的影响	数字病理学	黑色素瘤	转录组分析、免疫荧光、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用了C57BL/6小鼠构建的皮下肿瘤模型
13944	2024-08-07	Identification of bZIP Transcription Factors That Regulate the Development of Leaf Epidermal Cells in Arabidopsis thaliana by Single-Cell RNA Sequencing 2024-Feb-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25052553 PMID:38473801	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究了拟南芥叶片表皮细胞的转录组特征，并鉴定了两个bZIP转录因子基因在调控表皮细胞发育中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了拟南芥叶片表皮细胞中bZIP转录因子的表达模式及其在细胞发育中的调控作用	研究仅限于3天龄的拟南芥真叶，未涵盖其他发育阶段的叶片	探究拟南芥叶片表皮细胞发育的转录调控机制	拟南芥叶片表皮细胞中的bZIP转录因子	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	3天龄的拟南芥真叶中的表皮细胞
13945	2024-08-05	Single-Cell Sequencing Reveals the Expression of Immune-Related Genes in Macrophages of Diabetic Kidney Disease 2024-Feb, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-023-01906-2 PMID:37777674	研究论文	本研究旨在识别糖尿病肾病中巨噬细胞的免疫相关基因	该研究首次揭示了糖尿病肾病巨噬细胞中免疫相关基因的表达，并确定了相关的标记基因	样本量相对较小，仅分析了三只糖尿病小鼠和三只对照小鼠	识别糖尿病肾病中的免疫相关基因，以探索其作为治疗靶点的潜力	糖尿病小鼠的肾小管细胞和对照小鼠的肾小管细胞	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	总共分析了59个正常肾小管和66个糖尿病肾病样本
13946	2024-08-07	NMI Functions as Immuno-regulatory Molecule in Sepsis by Regulating Multiple Signaling Pathways 2024-Feb, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-023-01893-4 PMID:37679586	研究论文	本文探讨了NMI作为免疫调节分子在脓毒症中的作用，通过调节多种信号通路来影响炎症反应	首次揭示了NMI通过多种受体和信号通路在脓毒症中的作用机制	NA	研究NMI在脓毒症中的功能机制及其对炎症反应的影响	NMI在脓毒症中的表达及其对免疫和炎症反应的调节作用	NA	脓毒症	转录组分析	NA	转录组数据	来自GEO数据库的脓毒症患者的中性粒细胞和单核细胞样本
13947	2024-08-07	Inhibiting PLA2G7 reverses the immunosuppressive function of intratumoral macrophages and augments immunotherapy response in hepatocellular carcinoma 2024-01-25, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008094 PMID:38272562	研究论文	本文研究了磷脂酶A2组VII（PLA2G7）在肝细胞癌（HCC）中的作用，并探讨了抑制PLA2G7对肿瘤内巨噬细胞免疫抑制功能的影响及其在免疫治疗中的应用	发现PLA2G7在肿瘤内巨噬细胞中的高表达与免疫治疗抵抗和预后不良相关，并通过药物抑制PLA2G7增强了免疫检查点阻断疗法的疗效	NA	旨在识别与HCC进展及免疫治疗抵抗相关的巨噬细胞亚群	肝细胞癌（HCC）中的肿瘤内巨噬细胞及其对免疫治疗的影响	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及HCC患者的组织样本及HCC小鼠模型
13948	2024-08-07	Biomarkers of Pathologic Complete Response to Neoadjuvant Immunotherapy in Mismatch Repair-Deficient Colorectal Cancer 2024-01-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-2213 PMID:37906636	研究论文	本研究旨在识别错配修复缺陷型结直肠癌患者对新辅助免疫治疗病理完全反应的生物标志物	本研究首次综合分析了基因组、转录组和免疫细胞密度，以及肿瘤微环境对病理完全反应的影响	样本量较小，可能影响结果的普遍性	探索错配修复缺陷型结直肠癌患者对新辅助免疫治疗反应的生物标志物	42名接受新辅助PD-1阻断治疗的错配修复缺陷型结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	下一代测序, 多重免疫荧光染色	NA	基因组数据, 转录组数据, 免疫细胞密度数据	42名患者
13949	2024-08-07	scRNA-Seq and Bulk-Seq Analysis Identifies S100A9 Plasma Cells as a Potentially Effective Immunotherapeutic Agent for Multiple Myeloma 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S452062 PMID:38481477	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和批量测序技术分析多发性骨髓瘤患者，识别出S100A9浆细胞作为潜在有效的免疫治疗剂	本研究首次通过单细胞RNA测序和批量测序技术，识别出S100A9浆细胞在多发性骨髓瘤免疫治疗中的潜在作用	NA	研究多发性骨髓瘤的免疫治疗策略	多发性骨髓瘤患者的浆细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量测序	NA	RNA	多发性骨髓瘤患者样本
13950	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals a hierarchical transcriptional regulatory network of terpenoid biosynthesis in cotton secretory glandular cells 2023-12-04, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2023.10.008 PMID:37849250	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，全面分析了棉花叶片的转录组特征，并构建了一个层级转录调控网络，揭示了细胞特异性萜类化合物合成的调控机制	发现了两个新的转录因子GoHSFA4a和GoNAC42，它们在棉花色素腺体形成基因下游发挥作用，并能直接调控萜类化合物合成基因的表达	NA	揭示植物细胞水平上萜类化合物合成的特定调控机制	棉花分泌腺细胞中的萜类化合物合成	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
13951	2024-08-07	HLA-I Evolutionary Divergence Confers Response to PD-1 Blockade plus Chemotherapy in Untreated Advanced Non-Small Cell Lung Cancer 2023-12-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0604 PMID:37449971	研究论文	本研究探讨了HLA-I进化分歧（HED）在未经治疗的晚期非小细胞肺癌（NSCLC）患者中对PD-1阻断联合化疗的预测和预后价值	首次揭示了HLA-I进化分歧（HED）作为预测PD-1阻断联合化疗疗效的生物标志物	研究样本量有限，需要在更大规模的研究中验证HED的预测价值	确定PD-1阻断联合化疗在未经治疗的晚期非小细胞肺癌患者中的预测生物标志物	427名接受一线PD-1阻断联合化疗或单纯化疗的晚期非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	427名患者，其中11名患者的58,977个细胞用于单细胞RNA测序
13952	2024-08-05	Tumor Niches: Perspectives for Targeted Therapies in Glioblastoma 2023-11, Antioxidants & redox signaling IF:5.9Q1 DOI:10.1089/ars.2022.0187 PMID:37166370	review	本文讨论了胶质母细胞瘤中的五种肿瘤生态位及其相互作用	提出了针对胶质母细胞瘤不同肿瘤生态位的治疗策略	该研究主要集中在理论探讨，缺乏实验验证	阐明肿瘤异质性的机制，为患者开发更有效的治疗方案	胶质母细胞瘤及其相关的肿瘤生态位	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞转录组学	NA	NA	NA
13953	2024-08-07	Single cell RNA-sequencing of human precision-cut lung slices: A novel approach to study the effect of vaping and viral infection on lung health 2023-07, Innate immunity IF:2.8Q3 DOI:10.1177/17534259231181029 PMID:37306239	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了人精确切割肺切片中电子烟和流感病毒感染对肺健康的影响	首次使用单细胞RNA测序技术在人精确切割肺切片模型中研究电子烟和流感病毒感染的影响	研究仅限于特定的电子烟提取物和流感病毒A感染，可能无法完全代表所有电子烟产品和病毒感染的影响	探讨电子烟和流感病毒感染对肺部抗病毒和促炎反应的影响	人精确切割肺切片中的结构细胞和免疫细胞	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	健康捐赠者的肺切片
13954	2024-08-07	Mesenchymal-epithelial transition in lymph node metastases of oral squamous cell carcinoma is accompanied by ZEB1 expression 2023-04-19, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-023-04102-w PMID:37076857	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量转录组测序，探讨了口腔鳞状细胞癌（OSCC）淋巴结转移中上皮-间质可塑性（EMP）的异质性及其对基质细胞的影响	首次揭示了在口腔鳞状细胞癌淋巴结转移中，间质-上皮转化（MET）过程中ZEB1的活性增加，表明ZEB1在MET中的复杂作用	研究样本量有限，且仅限于口腔鳞状细胞癌，可能限制了结果的普遍性	探讨口腔鳞状细胞癌淋巴结转移中上皮-间质可塑性的异质性及其对肿瘤微环境的影响	口腔鳞状细胞癌的肿瘤细胞和基质细胞	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	23个口腔鳞状细胞癌病变样本，共7263个癌细胞的单细胞转录组数据
13955	2024-08-07	Single-Cell Kinetic Modeling of β-Lapachone Metabolism in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2023-Mar-17, Antioxidants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antiox12030741 PMID:36978989	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，模拟了β-拉帕醌在头颈鳞状细胞癌中的代谢过程，并分析了其在肿瘤和健康组织中的细胞反应异质性	首次利用单细胞RNA测序数据进行系统级模拟，揭示了β-拉帕醌治疗引起的氧化应激反应在健康和恶性细胞模型中的差异	研究仅基于10个HNSCC患者肿瘤的转录组数据，样本量较小	探究头颈鳞状细胞癌中β-拉帕醌代谢的细胞反应异质性	头颈鳞状细胞癌中的β-拉帕醌代谢	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	10个HNSCC患者肿瘤样本
13956	2024-08-05	Integrated single-cell and bulk characterization of cuproptosis key regulator PDHB and association with tumor microenvironment infiltration in clear cell renal cell carcinoma 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1132661 PMID:37350959	研究论文	本研究探讨了cuproptosis关键调节因子PDHB在透明细胞肾癌中的生物功能及其与肿瘤微环境浸润的关系	揭示了PDHB作为cuproptosis相关中心基因在ccRCC中的重要性，并探讨其在临床治疗中的潜在应用	研究可能未深入探讨cuproptosis与其他肿瘤类型的关系	旨在发现cuproptosis调节因子的生物学功能，以指导临床治疗	主要研究对象为透明细胞肾癌（ccRCC）患者中的PDHB基因	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序和大规模转录组数据	NA	基因表达数据	包括ccRCC组织和正常配对组织
13957	2024-08-07	Protocol to obtain high-quality single-cell RNA-sequencing data from mouse liver cells using centrifugation 2022-12-16, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101824 PMID:36386875	研究论文	本文介绍了一种使用离心法从鼠肝细胞中获取高质量单细胞RNA测序数据的方法	提出了一种新的离心法来获取可存活的肝细胞和非实质性肝细胞，以避免使用荧光激活细胞分选（FACS）导致的细胞死亡问题	NA	开发一种新的方法来获取高质量的肝细胞单细胞RNA测序数据	鼠肝细胞，特别是肝细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
13958	2024-08-07	Deconvolution of cell type-specific drug responses in human tumor tissue with single-cell RNA-seq 2021-05-11, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-021-00894-y PMID:33975634	研究论文	本文通过结合急性切片培养中的多重药物扰动与单细胞RNA测序（scRNA-seq），研究了人类肿瘤组织中细胞类型特异性药物反应	首次使用scRNA-seq技术在单细胞水平上分析肿瘤组织中细胞类型特异性的药物敏感性	研究仅限于胶质母细胞瘤（GBM），可能需要进一步研究以验证其他类型肿瘤的适用性	旨在开发一种能够在患者肿瘤组织中直接快速筛选细胞类型特异性药物敏感性的平台	胶质母细胞瘤（GBM）患者的肿瘤组织	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	7个胶质母细胞瘤（GBM）切除样本
13959	2024-08-07	Integrating single-cell RNA-seq and imaging with SCOPE-seq2 2020-11-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-76599-w PMID:33173156	研究论文	本文介绍了一种升级版的单细胞光学表型和表达分析技术（SCOPE-seq2），用于结合单细胞成像和表达谱分析	SCOPE-seq2在通量、分子捕获效率、链接准确性和与标准显微镜设备的兼容性方面有显著改进，引入了改进的光学可解码mRNA捕获珠和更可扩展、简化的光学解码过程	NA	旨在提高单细胞成像和RNA测序技术的结合效率和应用范围	人类胶质母细胞瘤（GBM）手术样本中的单个原代细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	图像和文本	单个原代细胞
13960	2024-08-07	Combinatory use of distinct single-cell RNA-seq analytical platforms reveals the heterogeneous transcriptome response 2018-02-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-018-21161-y PMID:29472726	研究论文	本文探讨了结合不同单细胞RNA测序平台以揭示癌症细胞转录组异质性的有效性	提出了一种结合不同单细胞RNA测序平台的方法，以获取更全面的表达差异信息和足够的细胞群体	尽管可以分析转录模块的活性，但某些情况下无法精确推断单个基因的信息	研究癌症细胞的转录组异质性	癌症细胞的转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及少量细胞群体