单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
13901	2024-08-07	Gene regulatory network reconstruction using single-cell RNA sequencing of barcoded genotypes in diverse environments 2020-01-27, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.51254 PMID:31985403	研究论文	本文开发了一种在芽殖酵母中使用单细胞RNA测序（scRNAseq）的方法，通过在11种不同环境条件下混合多样化的转录条形码基因缺失突变体，并对其表达状态进行测序，构建了基因调控网络。	本文利用scRNAseq技术在单细胞水平上捕捉基因表达状态，结合多任务学习框架，构建了一个包含12,228个相互作用的全球基因调控网络。	NA	旨在理解基因表达程序的控制机制，通过识别转录因子与目标基因之间的调控关系。	芽殖酵母中的基因调控网络。	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	多任务学习框架	基因表达数据	38,285个单细胞
13902	2024-08-07	Adaptive Landscape Shaped by Core Endogenous Network Coordinates Complex Early Progenitor Fate Commitments in Embryonic Pancreas 2020-01-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-57903-0 PMID:31980678	研究论文	本文通过构建胰腺谱系决策的核心内源网络，并利用动态建模量化其内在动态特性，揭示了胰腺早期发育中前体细胞命运承诺的复杂性	首次通过重新定义的层次结构，详细描述了早期胰腺前体细胞的命运承诺	NA	探索胰腺早期发育中前体细胞命运承诺的复杂机制	胰腺前体细胞的命运承诺及其动态特性	NA	NA	单细胞RNA测序	动态建模	基因调控网络	NA
13903	2024-08-07	Single-Cell Molecular and Cellular Architecture of the Mouse Neurohypophysis 2020 Jan/Feb, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0345-19.2019 PMID:31915267	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了成年雄性小鼠神经垂体及其中间叶的细胞类型和分子特征	揭示了新的垂体细胞标记物，具有比先前报道更高的特异性，并展示了细胞类型的空间组织和细胞间通讯	NA	阐明神经垂体细胞类型的精确分子特征，特别是垂体细胞	成年雄性小鼠的神经垂体及其中间叶的细胞类型和分子特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-Seq)	NA	RNA	成年雄性小鼠的神经垂体及其中间叶的细胞
13904	2024-08-07	Single Cell Transcriptome in Colorectal Cancer-Current Updates on Its Application in Metastasis, Chemoresistance and the Roles of Circulating Tumor Cells 2020, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2020.00135 PMID:32174835	综述	本文综述了单细胞转录组学在结直肠癌中的应用，特别是在转移、化疗抵抗和循环肿瘤细胞作用方面的最新进展	引入单细胞转录组学技术，使得能够检查单个肿瘤细胞内的表达水平，从而揭示肿瘤内的异质性	NA	探讨单细胞转录组学在结直肠癌中的应用，特别是循环肿瘤细胞的分析，以提供诊断和治疗的关键信息	结直肠癌及其循环肿瘤细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
13905	2024-08-07	A comparison of methods accounting for batch effects in differential expression analysis of UMI count based single cell RNA sequencing 2020, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2020.03.026 PMID:32322368	研究论文	本文比较了在基于UMI计数的单细胞RNA测序差异表达分析中处理批次效应的不同方法	首次系统评估了11种处理批次效应的方法在单细胞RNA测序差异表达分析中的表现，特别是针对潜在批次效应的处理	尽管SVA方法在处理潜在批次效应时表现较好，但在涉及大组效应和/或组标签不纯的情况下，其性能仍需改进	评估和比较不同方法在单细胞RNA测序差异表达分析中处理批次效应的效果	单细胞RNA测序数据中的批次效应处理方法	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	回归模型、固定效应模型、混合效应模型	UMI计数数据	NA
13906	2024-08-07	Human Regulatory T Cells From Umbilical Cord Blood Display Increased Repertoire Diversity and Lineage Stability Relative to Adult Peripheral Blood 2020, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2020.00611 PMID:32351504	研究论文	本文比较了从脐带血和成人外周血中分离的调节性T细胞的表型特征，发现脐带血来源的Tregs具有更广泛的T细胞受体库和更稳定的谱系特性	发现脐带血来源的Tregs在TCR库多样性和表型同质性上优于成人外周血来源的Tregs，且可能具有更强的免疫调节能力	NA	探讨脐带血和成人外周血来源的调节性T细胞在表型和功能上的差异，以优化过继性T细胞疗法	从脐带血和成人外周血中分离的调节性T细胞	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、微阵列和细胞因子分析	NA	单细胞转录组、流式细胞数据、微阵列数据	脐带血和成人外周血中的调节性T细胞
13907	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Data Clustering via Multinomial Modeling and Adaptive Fuzzy K-Means Algorithm 2020, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2020.00295 PMID:32362908	研究论文	本文提出了一种新的单细胞转录组UMI计数数据聚类方法scDMFK，结合深度自编码器技术和统计建模，利用多项分布描述数据结构并使用神经网络辅助模型参数估计，在低维潜在空间中采用带有熵正则化的自适应模糊k均值算法进行软聚类	scDMFK方法利用多项分布来表征数据结构，并通过神经网络辅助模型参数估计，提出了一种带有熵正则化的自适应模糊k均值算法进行软聚类，相较于现有方法在数据建模和聚类算法上表现更优	NA	开发一种有效的单细胞转录组UMI计数数据聚类方法	单细胞转录组UMI计数数据	机器学习	NA	深度自编码器	CNN	UMI计数数据	10个真实数据集
13908	2024-08-07	Discovery of alternative polyadenylation dynamics from single cell types 2020, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2020.04.009 PMID:32382395	综述	本文综述了从不同单细胞类型中识别选择性多聚腺苷酸化（APA）动态的现有实验和计算方法	利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）探索稀有和多样细胞类型的生物学细节	目前缺乏高效且特异的实验室方法来在单细胞分辨率下捕获多聚腺苷酸位点	总结现有方法并展望未来在单细胞水平上研究APA动态的前景	选择性多聚腺苷酸化（APA）动态	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	NA
13909	2024-08-07	Visualizing structure and transitions in high-dimensional biological data 2019-12, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0336-3 PMID:31796933	研究论文	本文介绍了一种名为PHATE的视觉化方法，用于揭示高维生物数据中的结构和模式	PHATE方法能够捕捉数据点之间的信息几何距离，更好地保留数据的局部和全局非线性结构	NA	开发一种新的视觉化工具，以直观地展示高维生物数据中的结构和模式	高维生物数据，包括人工和生物数据集	计算机视觉	NA	单细胞RNA测序	NA	高维数据	包括新产生的单细胞RNA测序数据集
13910	2024-08-07	Molecular recording of mammalian embryogenesis 2019-06, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1184-5 PMID:31086336	研究论文	本文介绍了一种灵活、高信息量的多通道分子记录器，并将其应用于小鼠从受精到原肠胚形成的细胞命运图谱构建。	本文提出了一种新的分子记录器，能够进行高分辨率的细胞谱系记录，并结合单细胞RNA测序数据，揭示了胚胎内外胚层细胞的转录收敛性。	NA	旨在通过分子记录器构建小鼠胚胎发育的细胞命运图谱，并理解发育过程中的细胞谱系和分化关系。	小鼠胚胎发育过程中的细胞谱系和分化关系。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	分子记录数据	NA
13911	2024-08-07	Analysis of Single-Cell Gene Pair Coexpression Landscapes by Stochastic Kinetic Modeling Reveals Gene-Pair Interactions in Development 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.01387 PMID:32082359	研究论文	本文介绍了一种基于随机基因表达和相互作用动力学生物物理模型的单细胞基因对共表达模式分析方法	开发了一种高通量计算方法来模拟基因对共表达景观，并构建了一个低维的“形状空间”来描述不同的共表达模式类型	将随机基因网络模型与单细胞数据整合仍然具有挑战性	揭示基因对在胚胎发育过程中的复杂共表达动态	单细胞基因对共表达模式及其在胚胎发育中的动态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	随机数学模型	基因表达数据	数万个基因-基因相互作用模型
13912	2024-08-04	p53 accelerates endothelial cell senescence in diabetic retinopathy by enhancing FoxO3a ubiquitylation and degradation via UBE2L6 2024-Apr, Experimental gerontology IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.exger.2024.112391 PMID:38437929	研究论文	本文探讨了p53如何通过增强FoxO3a的泛素化和降解来加速糖尿病视网膜病变中的内皮细胞衰老	首次揭示了p53在糖尿病视网膜病变中加速内皮细胞衰老的新机制	未明确探讨该机制在其他类型视网膜疾病中的适用性	研究p53在糖尿病视网膜病变中的作用机制	db/db小鼠视网膜及其内皮细胞	数字病理学	糖尿病视网膜病变	bulk RNA测序和单细胞测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	db/db小鼠
13913	2024-08-04	Intratumoral IL-12 delivery via mesenchymal stem cells combined with PD-1 blockade leads to long-term antitumor immunity in a mouse glioblastoma model 2024-Apr, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2023.115790 PMID:38431436	研究论文	本研究开发了IL-12分泌的间充质干细胞，并评估了其与抗PD-1联合治疗胶质母细胞瘤的疗效	通过将IL-12分泌的间充质干细胞与抗PD-1联合使用，显著增强了针对胶质母细胞瘤的抗肿瘤免疫	本研究在小鼠模型中进行，临床转化的有效性和安全性需进一步验证	探索抗PD-1与IL-12-secreting间充质干细胞联合治疗对胶质母细胞瘤的长期疗效	胶质母细胞瘤小鼠模型	数字病理学	胶质母细胞瘤	小鼠单细胞转录组测序	NA	实验小鼠组织样本	共涉及29只小鼠，分别是16只和13只小鼠用于不同单疗法，12只小鼠用于联合疗法
13914	2024-08-04	Single-cell sequencing: A promising approach for uncovering the characteristic of pancreatic islet cells in type 2 diabetes 2024-Apr, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2024.116292 PMID:38394848	综述	这篇文章总结了单细胞测序在2型糖尿病胰岛细胞特征研究中的应用	该研究强调了单细胞测序在揭示细胞异质性和改善干细胞治疗中的创新应用	文章讨论了单细胞测序的局限性，但未具体阐述	探讨单细胞测序在2型糖尿病发病机制中的潜在应用和治疗靶点	胰岛细胞和功能性β细胞	数字病理学	2型糖尿病	单细胞测序	NA	基因组学、转录组学、表观遗传学数据	NA
13915	2024-08-07	Siglec9 + tumor-associated macrophages predict prognosis and therapeutic vulnerability in patients with colon cancer 2024-Mar-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111771 PMID:38430807	研究论文	研究探讨了Siglec9阳性肿瘤相关巨噬细胞在结肠癌中的表达模式及其临床意义	首次全面分析了Siglec9阳性肿瘤相关巨噬细胞在结肠癌中的表达及其对预后和辅助化疗反应的影响	研究为回顾性分析，可能存在选择偏倚	评估Siglec9阳性肿瘤相关巨噬细胞在结肠癌中的临床意义及治疗潜力	结肠癌患者中的Siglec9阳性肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	结肠癌	免疫组织化学、免疫荧光、单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	组织样本	两个不同医疗中心的临床队列
13916	2024-08-07	UFL1 ablation in T cells suppresses PD-1 UFMylation to enhance anti-tumor immunity 2024-Mar-21, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2024.01.024 PMID:38377992	研究论文	本研究探讨了UFMylation在T细胞中的生理作用，特别是UFL1 E3连接酶在调节PD-1 UFMylation和增强抗肿瘤免疫中的作用。	首次揭示了UFL1通过促进PD-1 UFMylation来拮抗PD-1的泛素化和降解，以及AMPK通过磷酸化UFL1来破坏PD-1 UFMylation的机制。	NA	探究UFMylation在T细胞中的生理作用及其在癌症治疗中的潜在应用。	UFL1 E3连接酶在T细胞中的功能及其对PD-1 UFMylation的影响。	免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	Ufl1条件性敲除小鼠
13917	2024-08-07	Molecular assessment of intratumoral immune cell subsets and potential mechanisms of resistance to odronextamab, a CD20×CD3 bispecific antibody, in patients with relapsed/refractory B-cell non-Hodgkin lymphoma 2024-Mar-21, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008338 PMID:38519055	研究论文	本研究评估了复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤患者肿瘤内免疫细胞亚群及对CD20×CD3双特异性抗体odronextamab的耐药机制。	研究发现了肿瘤程序性死亡配体1表达与odronextamab反应性增加之间的潜在联系，以及CD20表达通过失活基因突变作为耐药机制的可能性。	研究主要集中在复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤患者，可能不适用于其他类型的淋巴瘤或疾病。	旨在探索复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤患者对odronextamab的耐药机制及潜在的生物标志物。	复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤患者及其肿瘤内免疫细胞亚群。	数字病理学	淋巴瘤	免疫组织化学、流式细胞术、单细胞RNA测序和全基因组测序	NA	基因组数据	参与ELM-1研究的复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤患者
13918	2024-08-04	Single-cell sequencing reveals the immune landscape of breast cancer patients with brain metastasis 2024-Mar, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15243 PMID:38316626	研究论文	该文章研究了脑转移乳腺癌患者的免疫微环境	本研究通过单细胞RNA测序揭示了乳腺癌脑转移患者的免疫微环境，为非侵入性研究方法提供了新视角	研究仅限于脑转移乳腺癌患者，可能无法普遍适用于其他类型的癌症	分析乳腺癌脑转移患者的免疫细胞特征和微环境	乳腺癌脑转移患者的脑脊液中的免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	免疫细胞数据	脑转移乳腺癌患者的脑脊液样本
13919	2024-08-07	Lower respiratory tract single-cell RNA sequencing and neutrophil extracellular trap profiling of COVID-19-associated pulmonary aspergillosis: a single centre, retrospective, observational study 2024-03, The Lancet. Microbe DOI:10.1016/S2666-5247(23)00368-3 PMID:38280387	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和嗜中性粒细胞外捕获物（NETs）分析，探讨了COVID-19相关肺曲霉病（CAPA）患者的免疫特征，特别是嗜中性粒细胞和NETs的浓度	首次详细描述了CAPA患者的免疫细胞景观，特别是嗜中性粒细胞的成熟轨迹和NETs的形成，以及这些特征与患者预后的关系	本研究为回顾性观察研究，样本量有限，且仅在一个中心进行	旨在描述重症COVID-19患者，无论是否伴有CAPA，其免疫特征，特别是嗜中性粒细胞和NETs的浓度	重症COVID-19患者，包括伴有和不伴有CAPA的患者	数字病理学	COVID-19相关肺曲霉病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	43份支气管肺泡灌洗样本，59名患者
13920	2024-08-07	Regulatory T cells and IFN-γ-producing Th1 cells play a critical role in the pathogenesis of Sjögren's Syndrome 2024-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.23.576314 PMID:38328096	研究论文	本研究探讨了调节性T细胞和IFN-γ产生Th1细胞在Sjögren综合征发病机制中的关键作用	报道了一个更准确的Sjögren综合征小鼠模型，并提供了调节性T细胞和IFN-γ产生Th1细胞在Sjögren综合征发病机制中的关键作用的证据	NA	研究Sjögren综合征的发病机制	Sjögren综合征患者的唾液腺和泪腺以及淋巴组织	NA	自身免疫疾病	RNA测序, 流式细胞术, 单细胞转录组分析	NA	RNA	小鼠模型和Sjögren综合征患者的外周血单个核细胞