单细胞与空转测序相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量
13881 2024-08-07
Single-Cell Kinetic Modeling of β-Lapachone Metabolism in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma
2023-Mar-17, Antioxidants (Basel, Switzerland)
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序数据,模拟了β-拉帕醌在头颈鳞状细胞癌中的代谢过程,并分析了其在肿瘤和健康组织中的细胞反应异质性 首次利用单细胞RNA测序数据进行系统级模拟,揭示了β-拉帕醌治疗引起的氧化应激反应在健康和恶性细胞模型中的差异 研究仅基于10个HNSCC患者肿瘤的转录组数据,样本量较小 探究头颈鳞状细胞癌中β-拉帕醌代谢的细胞反应异质性 头颈鳞状细胞癌中的β-拉帕醌代谢 数字病理学 头颈鳞状细胞癌 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 10个HNSCC患者肿瘤样本
13882 2024-08-05
Integrated single-cell and bulk characterization of cuproptosis key regulator PDHB and association with tumor microenvironment infiltration in clear cell renal cell carcinoma
2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究探讨了cuproptosis关键调节因子PDHB在透明细胞肾癌中的生物功能及其与肿瘤微环境浸润的关系 揭示了PDHB作为cuproptosis相关中心基因在ccRCC中的重要性,并探讨其在临床治疗中的潜在应用 研究可能未深入探讨cuproptosis与其他肿瘤类型的关系 旨在发现cuproptosis调节因子的生物学功能,以指导临床治疗 主要研究对象为透明细胞肾癌(ccRCC)患者中的PDHB基因 数字病理学 肾癌 单细胞RNA测序和大规模转录组数据 NA 基因表达数据 包括ccRCC组织和正常配对组织
13883 2024-08-07
Protocol to obtain high-quality single-cell RNA-sequencing data from mouse liver cells using centrifugation
2022-12-16, STAR protocols IF:1.3Q4
研究论文 本文介绍了一种使用离心法从鼠肝细胞中获取高质量单细胞RNA测序数据的方法 提出了一种新的离心法来获取可存活的肝细胞和非实质性肝细胞,以避免使用荧光激活细胞分选(FACS)导致的细胞死亡问题 NA 开发一种新的方法来获取高质量的肝细胞单细胞RNA测序数据 鼠肝细胞,特别是肝细胞 数字病理学 NA 单细胞RNA测序 NA RNA NA
13884 2024-08-07
Deconvolution of cell type-specific drug responses in human tumor tissue with single-cell RNA-seq
2021-05-11, Genome medicine IF:10.4Q1
研究论文 本文通过结合急性切片培养中的多重药物扰动与单细胞RNA测序(scRNA-seq),研究了人类肿瘤组织中细胞类型特异性药物反应 首次使用scRNA-seq技术在单细胞水平上分析肿瘤组织中细胞类型特异性的药物敏感性 研究仅限于胶质母细胞瘤(GBM),可能需要进一步研究以验证其他类型肿瘤的适用性 旨在开发一种能够在患者肿瘤组织中直接快速筛选细胞类型特异性药物敏感性的平台 胶质母细胞瘤(GBM)患者的肿瘤组织 数字病理学 脑癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 转录组数据 7个胶质母细胞瘤(GBM)切除样本
13885 2024-08-07
Integrating single-cell RNA-seq and imaging with SCOPE-seq2
2020-11-10, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本文介绍了一种升级版的单细胞光学表型和表达分析技术(SCOPE-seq2),用于结合单细胞成像和表达谱分析 SCOPE-seq2在通量、分子捕获效率、链接准确性和与标准显微镜设备的兼容性方面有显著改进,引入了改进的光学可解码mRNA捕获珠和更可扩展、简化的光学解码过程 NA 旨在提高单细胞成像和RNA测序技术的结合效率和应用范围 人类胶质母细胞瘤(GBM)手术样本中的单个原代细胞 数字病理学 脑肿瘤 单细胞RNA测序 NA 图像和文本 单个原代细胞
13886 2024-08-07
Combinatory use of distinct single-cell RNA-seq analytical platforms reveals the heterogeneous transcriptome response
2018-02-22, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本文探讨了结合不同单细胞RNA测序平台以揭示癌症细胞转录组异质性的有效性 提出了一种结合不同单细胞RNA测序平台的方法,以获取更全面的表达差异信息和足够的细胞群体 尽管可以分析转录模块的活性,但某些情况下无法精确推断单个基因的信息 研究癌症细胞的转录组异质性 癌症细胞的转录组 数字病理学 NA 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 涉及少量细胞群体
13887 2024-08-07
Novel approaches in function-driven single-cell genomics
2017-07-01, FEMS microbiology reviews IF:10.1Q1
综述 本文综述了功能驱动单细胞基因组学的策略及其未来发展方向 提出了一种基于功能的筛选方法,用于从复杂的微生物群落中靶向分离和单细胞基因组测序,从而聚焦于具有特定表型或代谢特征的细胞 NA 旨在提高对微生物群落功能及其未表征基因产物空间的理解 环境微生物群落及其在生物地球化学中的作用 基因组学 NA 单细胞基因组学 NA 基因组数据 NA
13888 2024-08-04
Combinatorial expression of γ-protocadherins regulates synaptic connectivity in the mouse neocortex
2024-Mar-12, eLife IF:6.4Q1
研究论文 本文研究了γ-protocadherins在小鼠新皮层突触连接中的作用 识别了组合性γ-protocadherin表达在突触连接中的关键角色 尚未探讨如何在其他类型神经元中应用这一发现 探讨突触形成过程中的连接选择机制 小鼠新皮层中的神经元 数字病理学 NA 5'端单细胞测序 NA NA NA
13889 2024-08-04
Differentiation is accompanied by a progressive loss in transcriptional memory
2024-Mar-12, BMC biology IF:4.4Q1
研究论文 本研究探讨了细胞分化过程中的转录记忆丧失与基因表达变异之间的关系 首次提供了关于相同细胞在分化早期阶段转录组分化速度的实验数据 研究主要集中在两种分化生物系统,可能限制了广泛应用性 研究细胞分化过程中转录记忆如何随着细胞分裂而丧失 人CD34+细胞和T2EC鸡初级红细胞前体 数字病理学 NA scRT-qPCR和scRNA-seq NA 转录组数据 相关细胞的转录组,包含一代和二代细胞
13890 2024-08-07
Rejuvenated iPSC-derived GD2-directed CART Cells Harbor Robust Cytotoxicity Against Small Cell Lung Cancer
2024-Mar-11, Cancer research communications IF:2.0Q3
研究论文 本文研究了通过引入GD2-CAR到诱导多能干细胞(iPSC)衍生的 rejuvenated 细胞毒性T淋巴细胞(GD2-CARrejT)来增强针对小细胞肺癌(SCLC)的GD2-CART细胞的细胞毒性。 本文创新性地使用iPSC衍生的 rejuvenated 细胞毒性T淋巴细胞(GD2-CARrejT),其在体外和体内对SCLC细胞的细胞毒性显著强于传统的GD2-CART细胞。 NA 旨在增强GD2-CART细胞对小细胞肺癌的细胞毒性。 研究对象为小细胞肺癌(SCLC)细胞和GD2-CART细胞。 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序 CAR T细胞 RNA NA
13891 2024-08-04
Principled and interpretable alignability testing and integration of single-cell data
2024-Mar-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 该文章提出了一种可解释的单细胞数据对齐测试和集成的方法。 文章创新性地提出了SMAI框架,提供了严谨的统计检验以评估单细胞数据集的对齐能力,并保持数据结构的完整性。 现有方法缺乏对高维单细胞数据集是否可对齐的严格统计检验,并且在对齐过程中可能会严重扭曲数据。 研究旨在改进单细胞数据集成的方法,以提高分析的可靠性和可解释性。 本研究的对象是不同的单细胞数据集,包括真实和模拟的基准数据集。 数字病理学 NA 统计检验 谱流形对齐与推断框架 单细胞数据 多种真实和模拟的基准数据集
13892 2024-08-07
Adipocyte Precursor-Derived NRG1 Promotes Resistance to FGFR Inhibition in Urothelial Carcinoma
2024-03-04, Cancer research IF:12.5Q1
研究论文 本文研究了脂肪细胞前体衍生的NRG1如何促进尿路上皮癌对FGFR抑制剂的抵抗 发现脂肪细胞前体通过旁分泌方式促进对erdafitinib的抵抗,并揭示了NRG1通过激活ERBB3信号传导介导的抵抗机制 NA 探讨尿路上皮癌对FGFR抑制剂的抵抗机制 尿路上皮癌及其对FGFR抑制剂的抵抗 数字病理学 尿路上皮癌 单细胞RNA测序 NA RNA NA
13893 2024-08-07
Adipose Stromal Cell-Derived Cancer-Associated Fibroblasts Suppress FGFR Inhibitor Efficacy
2024-03-04, Cancer research IF:12.5Q1
研究论文 研究揭示了脂肪组织中的前体细胞通过分泌神经调节蛋白1(NRG1)激活HER3信号通路,导致尿路上皮癌对FGFR抑制剂erdafitinib产生耐药性 发现NRG1介导的FGFR抑制剂耐药性可通过pertuzumab抗体进行干预 NA 探讨脂肪组织来源的细胞如何影响癌症治疗效果 脂肪组织中的前体细胞及其在癌症治疗中的作用 NA 尿路上皮癌 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 NA
13894 2024-08-04
Stromal Signals Dominate Gene Expression Signature Scores That Aim to Describe Cancer Cell-intrinsic Stemness or Mesenchymality Characteristics
2024-02-23, Cancer research communications IF:2.0Q3
研究论文 本文探讨了肿瘤微环境对EMT相关基因表达特征分数的影响 揭示了肿瘤样本中细胞成分主导EMT特征分数的现象 未能深入探讨非癌细胞的具体影响机制 验证非癌细胞在肿瘤特征评分中的主导作用 已发表的11个与EMT相关的基因表达特征 数字病理学 癌症 RNA测序(RNA-seq) NA 基因表达数据 分析了多个肿瘤类型的样本
13895 2024-08-07
EZH2 Inhibition Promotes Tumor Immunogenicity in Lung Squamous Cell Carcinomas
2024-02-13, Cancer research communications IF:2.0Q3
研究论文 本研究探讨了抑制甲基转移酶增强子zeste 2 (EZH2)是否能增加肺鳞状细胞癌(LSCC)对免疫检查点抑制剂(ICI)的反应 首次证明EZH2抑制剂能增加MHC I/II类分子的表达,并通过单细胞RNA测序和免疫细胞分析揭示了肿瘤抑制表型的变化 NA 研究EZH2抑制剂在肺鳞状细胞癌中增强免疫检查点抑制剂反应的作用 肺鳞状细胞癌(LSCC) 数字病理学 肺鳞状细胞癌 染色质免疫沉淀测序 NA mRNA和蛋白质 使用二维人类癌细胞系和三维小鼠及患者来源的类器官进行体外实验
13896 2024-08-07
Data-driven detection of age-related arbitrary monotonic changes in single-cell gene expression distributions
2024, PeerJ IF:2.3Q2
研究论文 本研究介绍了一种新的工作流程,用于检测单细胞表达谱中与年龄相关的任意单调变化分布 使用信息论量化分布差异,并通过距离矩阵进行关联分析 NA 理解衰老背后的机制 单细胞基因表达随年龄的变化 数字病理学 NA scRNA-seq NA 基因表达数据 NA
13897 2024-08-04
Roles of immune microenvironment in the female reproductive maintenance and regulation: novel insights into the crosstalk of immune cells
2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本文探讨了免疫微环境在女性生殖维持与调节中的作用 通过单细胞测序技术揭示了免疫细胞的分布图,为免疫细胞在女性生殖中的作用提供了新见解 本文未提及具体的实验数据与样本量 构建女性生殖过程中免疫微环境的全面描述 关注女性生殖过程中免疫细胞的动态作用 数字病理学 女性生殖健康 单细胞测序(scRNA-seq) NA NA NA
13898 2024-08-07
Single-cell RNA sequencing analysis identifies one subpopulation of endothelial cells that proliferates and another that undergoes the endothelial-mesenchymal transition in regenerating pig hearts
2023, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2
研究论文 本研究利用自编码器算法分析新生猪心脏中内皮细胞的单核RNA测序数据,识别出五种内皮细胞集群,其中VEC1集群表达增殖相关标记,而VEC3集群富集了调节细胞间连接和促进内皮间质转化的基因 首次在再生猪心脏中发现内皮细胞的两种不同响应机制:增殖和内皮间质转化,并揭示了这些过程在心肌再生中的潜在作用 研究仅限于新生猪模型,且样本量较小,需要进一步在更多种类的动物模型和更大样本量中验证 探讨内皮细胞在心肌再生中的作用及其分子机制 新生猪心脏中的内皮细胞 数字病理学 心血管疾病 单核RNA测序 自编码器 RNA测序数据 新生猪心脏样本
13899 2024-08-07
Single-cell RNA-seq reveals the links between the metabolic heterogeneity and cell identity in NBM and AML
2024-Mar, British journal of haematology IF:5.1Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
13900 2024-08-04
Single-Cell Transcriptomics Reveals the Heterogeneity of the Immune Landscape of IDH-Wild-Type High-Grade Gliomas
2024-02-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1
研究论文 本研究构建了IDH野生型高等级胶质瘤的免疫细胞单细胞转录组景观 揭示了肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其在胶质瘤进展中的潜在作用,并探讨了T细胞的功能失调调节因子AHR 研究主要聚焦于IDH-WT高等级胶质瘤,可能不适用于其他类型的胶质瘤 全面了解IDH-WT高等级胶质瘤的免疫微环境 IDH-WT高等级胶质瘤患者的肿瘤组织和外周血单核细胞样本 数字病理学 神经胶质瘤 单细胞转录组测序 NA RNA数据 肿瘤组织和外周血单核细胞的样本来自IDH-WT高等级胶质瘤患者
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