单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
13861	2024-08-04	Up-regulation of RAN by MYBL2 maintains osteosarcoma cancer stem-like cells population during heterogeneous tumor generation 2024-Apr-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216708 PMID:38336287	研究论文	这篇文章探讨了MYBL2通过上调RAN维持骨肉瘤癌干细胞样细胞群体的机制	本研究揭示了MYBL2-RAN通路在骨肉瘤癌干细胞自我更新和异质性肿瘤发生中的新作用	没有提供具体的临床试验数据来支持MYBL2-RAN通路的治疗潜力	理解癌干细胞在异质性肿瘤复发过程中的调控机制	骨肉瘤癌干细胞及其衍生的异质性肿瘤	数字病理学	骨肉瘤	单细胞转录组学	NA	NA	NA
13862	2024-08-07	Inhibition of ATM promotes PD-L1 expression by activating JNK/c-Jun/TNF-α signaling axis in triple-negative breast cancer 2024-Apr-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216642 PMID:38278470	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫化学染色，发现ATM与PD-L1在三阴性乳腺癌中的负相关关系，并通过体外实验和动物实验证实ATM通过抑制JNK/c-Jun/TNF-α信号轴负调控PD-L1表达	揭示了ATM通过下调JNK/c-Jun/TNF-α信号轴负调控PD-L1的新机制	NA	探讨ATM在三阴性乳腺癌中对PD-L1表达的调控机制	三阴性乳腺癌细胞和临床样本	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	4个三阴性乳腺癌临床样本和86个三阴性乳腺癌样本
13863	2024-08-07	odd skipped-related 2 as a novel mark for labeling the proximal convoluted tubule within the zebrafish kidney 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27582 PMID:38496848	研究论文	本文通过分析成年斑马鱼肾脏的单细胞转录组数据，发现odd-skipped-related 2（Osr2）在近端卷曲小管（PCT）中的表达，并生成了一种表达增强绿色荧光蛋白（EGFP）的转基因斑马鱼系，用于研究PCT的形态发生。	首次识别并利用Osr2作为标记物来标记斑马鱼肾脏中的PCT，并成功生成了一种转基因斑马鱼系，该系可以用于PCT的遗传和化学分析。	文章未明确提及研究的具体局限性。	研究近端卷曲小管（PCT）的形态发生及其在斑马鱼肾脏中的功能。	斑马鱼肾脏中的近端卷曲小管（PCT）。	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	成年斑马鱼肾脏的单细胞样本
13864	2024-08-07	Temporospatial hierarchy and allele-specific expression of zygotic genome activation revealed by distant interspecific urochordate hybrids 2024-Mar-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46780-0 PMID:38493164	研究论文	本文通过研究两种深度分化（1.2亿年前）的栉水母物种的杂交后代，揭示了合子基因组激活（ZGA）的时空层次结构和等位基因特异性表达	本文首次通过单细胞RNA测序技术，揭示了ZGA的两个协调波，分别代表早期发育和管家基因的重新激活，并展示了空间异质性和细胞命运的显著相关性	NA	研究合子基因组激活（ZGA）的机制及其在早期胚胎发生中的作用	两种深度分化的栉水母物种的杂交后代	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
13865	2024-08-04	Holistic exploration of CHGA and hsa-miR-137 in colorectal cancer via multi-omic data Integration 2024-Mar-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27046 PMID:38495181	研究论文	本研究通过多组学数据整合，探索了与结直肠癌相关的mRNA-miRNA网络	提出了hsa-miR-137和Chromogranin A作为有前景的结直肠癌生物标志物	尽管蛋白质组分析未能直接相关，但多方面的方法提供了对结直肠癌复杂调控机制的全面理解	揭示与结直肠癌发病机制有关的复杂mRNA-miRNA网络	结直肠癌相关转录组和关键基因，其中特别关注Chromogranin A和hsa-miR-137	数字病理学	结直肠癌	微阵列、Bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq	WGCNA	转录组数据	多种数据集的综合，具体样本数量未明确提及
13866	2024-08-07	Identification of immune characteristic biomarkers and therapeutic targets in cuproptosis for sepsis by integrated bioinformatics analysis and single-cell RNA sequencing analysis 2024-Mar-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27379 PMID:38495196	研究论文	本研究通过综合生物信息学分析和单细胞RNA测序分析，识别了铜依赖性细胞死亡（cuproptosis）在脓毒症中的免疫特征生物标志物和治疗靶点	首次揭示了cuproptosis在脓毒症免疫特征中的作用，并识别了关键的差异表达cuproptosis相关基因（DECuGs）和潜在的新药	研究依赖于已有的公开数据集，未涉及临床试验验证	探索cuproptosis在脓毒症中的免疫特征和潜在的治疗靶点	脓毒症患者的免疫细胞和cuproptosis相关基因	生物信息学	脓毒症	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	两个脓毒症数据集（GSE9960和GSE134347），具体样本数量未详细说明
13867	2024-08-07	Tumor-infiltrating CD8+ sub-populations in primary and recurrent glioblastoma: An in-silico study 2024-Mar-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27329 PMID:38495199	研究论文	研究分析了原发性和复发性胶质母细胞瘤中肿瘤浸润性CD8+ T细胞的亚群，并探讨了其在肿瘤微环境中的作用	提供了原发性和复发性胶质母细胞瘤中CD8+ TILs亚群的详细图谱，为未来的精准免疫治疗提供了概念验证	NA	研究CD8+ TILs亚群在原发性和复发性胶质母细胞瘤中的分布及其在肿瘤微环境中的作用	原发性和复发性胶质母细胞瘤中的肿瘤浸润性CD8+ T细胞亚群	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
13868	2024-08-07	Single-cell transcriptomes reveal the heterogeneity and microenvironment of vestibular schwannoma 2024-03-04, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad201 PMID:37862593	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了前庭神经鞘瘤的异质性和微环境	首次在单细胞水平上揭示了前庭神经鞘瘤的微环境，并发现了与快速生长相关的特定细胞亚群	研究仅限于少数样本，可能需要更多样本以验证结果的普遍性	探究前庭神经鞘瘤的细胞异质性和微环境，以增进对该疾病临床表型的理解	前庭神经鞘瘤及其正常神经样本	数字病理学	前庭神经鞘瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组	7个前庭神经鞘瘤样本和2个正常神经样本
13869	2024-08-07	5 signature genes revealed by single-cell profiling identified unique immune subtypes affecting the prognosis of ovarian cancer 2024-Mar, European review for medical and pharmacological sciences DOI:10.26355/eurrev_202403_35618 PMID:38497886	研究论文	本研究通过单细胞测序数据识别出五个与卵巢癌预后相关的标志性基因，并据此将患者分为五个亚型，分析了各亚型的临床预后和治疗反应	首次通过单细胞测序数据识别出五个影响卵巢癌预后的标志性基因，并据此进行患者亚型分类，为临床决策提供指导	NA	旨在识别预测卵巢癌临床预后的生物标志物，特别是针对免疫治疗和化疗的预后分组	卵巢癌患者的基因标志物和预后亚型	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	共识聚类	基因表达数据	TCGA-OV数据库中的患者样本
13870	2024-08-07	A comprehensive database of exosome molecular biomarkers and disease-gene associations 2024-Feb-15, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-03015-7 PMID:38360815	研究论文	开发了一个综合数据库ExMdb，包含外泌体核酸生物标志物与疾病-基因关联信息	首次系统地整合了外泌体核酸生物标志物与疾病-基因关联的数据，并提供了大量的高通量数据支持	NA	探索复杂疾病的调控机制并促进诊断和治疗生物标志物的开发	外泌体核酸生物标志物及其与疾病基因的关联	NA	NA	RNA测序（scRNA-seq）	NA	数据集	4,586个实验支持的基因-疾病关联，13,768个诊断和治疗生物标志物，312,049个核酸亚细胞定位，164个高通量数据集
13871	2024-08-04	Integrating single-cell transcriptomics with cellular phenotypes: cell morphology, Ca2+ imaging and electrophysiology 2024-Feb, Biophysical reviews IF:4.9Q1 DOI:10.1007/s12551-023-01174-2 PMID:38495444	综述	本文回顾了单细胞转录组学与细胞表型结合的最新技术进展	提出了一系列新的方法将scRNAseq与生物物理测量结合，为转录组数据与细胞功能之间的联系提供了生理学见解	文章中未明确提及具体的技术限制或挑战	旨在探讨如何通过结合单细胞转录组学和细胞表型来理解细胞状态及其功能	研究对象包括细胞形态、钙信号和电生理学等细胞功能指标	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNAseq)	NA	转录组数据与生物物理测量数据	强调在具有可兴奋细胞类型的组织中的应用，例如大脑、胰岛和视网膜，但具体样本数未说明
13872	2024-08-04	DOT1L promotes expression of CD44 through the Wnt/β-catenin signaling pathway in early gastric carcinoma 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.90170 PMID:38495505	研究论文	本研究评估了DOT1L基因在胃癌组织中的表达及其促进癌症干细胞介导的上皮-间质转化的功能	发现DOT1L通过Wnt/β-连环蛋白信号通路促进CD44的表达，揭示了其在胃癌干细胞调节中的重要性	样本量相对较小，限制了结果的广泛适用性和外推性	研究DOT1L在早期胃癌中的作用及其机制	通过单细胞测序分析早期胃癌和低级别上皮内瘤变的组织样本	数字病理学	胃癌	全外显子测序、单细胞测序	NA	组织样本	24个样本（来自8名患者的3个阶段，其中每个阶段各8个样本）
13873	2024-08-04	Identification of T-cell exhaustion-related genes and prediction of their immunotherapeutic role in lung adenocarcinoma 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.92839 PMID:38495503	研究论文	本文探讨了与T细胞耗竭相关的基因及其在肺腺癌免疫治疗中的预测作用	构建了一个基于T细胞耗竭的模型，用于评估肺腺癌患者的预后和免疫治疗反应	未提及具体的实验限制	探讨T细胞耗竭对肿瘤微环境的影响及其在肺腺癌中的作用	肺腺癌患者的RNA-seq数据	数字病理学	肺癌	单细胞RNA-seq (scRNA-seq)，RNA-seq	LASSO-Cox分析	基因表达数据	来自TCGA和GEO的LUAD患者数据，涉及多个验证队列
13874	2024-08-04	Unravelling spatial gene associations with SEAGAL: a Python package for spatial transcriptomics data analysis and visualization 2023-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad431 PMID:37436699	研究论文	本文介绍了一个名为SEAGAL的Python包，用于分析和可视化空间转录组数据。	SEAGAL包能够在单基因和基因集水平上检测和可视化空间基因相关性，突破了传统共表达分析的局限。	尚未提及具体局限性。	旨在通过空间转录组分析揭示基因的空间相关性。	对空间转录组数据集中的基因表达和空间坐标进行分析。	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
13875	2024-08-04	Single-cell profiling identifies ACE+ granuloma macrophages as a nonpermissive niche for intracellular bacteria during persistent Salmonella infection 2023-01-06, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.add4333 PMID:36608122	研究论文	本研究揭示了ACE+ granuloma巨噬细胞在持久性沙门氏菌感染中作为非允许性细胞生态位的作用	首次通过单细胞转录组分析揭示了ACE巨噬细胞的功能多样性及其在细菌持久感染中的角色	研究仅限于小鼠模型，可能无法完全反映人类感染中的机制	探讨巨噬细胞在沙门氏菌持久感染中的功能及其异质性	沙门氏菌感染的小鼠模型中的巨噬细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	NA	NA
13876	2024-08-04	Single-cell transcriptomics reveals peripheral immune responses in non-segmental vitiligo 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1221260 PMID:38077333	研究论文	这项研究使用单细胞RNA测序揭示了非分段性白癜风患者的外周免疫反应	首次系统性研究了非分段性白癜风患者外周血液中循环免疫细胞的类型和功能	样本量较小，仅包括五个白癜风患者和三个健康对照组	研究白癜风患者外周免疫反应的机制	五个进展性非分段性白癜风患者和三个健康对照者的外周血单核细胞	数字病理学	白癜风	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	五个白癜风患者，三个健康对照
13877	2024-08-07	A novel signature predicts prognosis and immunotherapy in lung adenocarcinoma based on cancer-associated fibroblasts 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1201573 PMID:37325647	研究论文	本研究旨在探讨肺腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的特征，并开发一种风险标志物以预测肺腺癌患者的预后	本研究开发了一种新的风险标志物，结合临床病理特征的诺模图，用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗反应	研究结果需要在体内实验中进一步验证	研究肺腺癌中CAFs的特征，并开发一种风险标志物以预测患者的预后	肺腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序	Lasso回归	RNA测序数据	1731个差异表达基因（DEGs）中的492个基因用于构建风险标志物
13878	2024-08-07	Identification of the immune-associated characteristics and predictive biomarkers of keratoconus based on single-cell RNA-sequencing and bulk RNA-sequencing 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1220646 PMID:37965330	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，探讨了圆锥角膜（KC）的免疫相关特征及其预测性生物标志物。	首次综合利用scRNA-seq和bulk RNA-seq技术，结合机器学习算法，识别出与KC进展相关的关键免疫细胞簇和预测性基因标志物。	研究依赖于现有的数据库和公开的测序数据，可能存在样本选择偏倚；机器学习模型的泛化能力需进一步验证。	旨在探讨圆锥角膜是否为炎症性疾病，并识别其免疫相关特征和预测性生物标志物。	圆锥角膜的免疫细胞簇和相关基因表达模式。	数字病理学	圆锥角膜	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	随机森林（RF），支持向量机（SVM），最小绝对收缩和选择算子（LASSO）回归分析	RNA序列数据	涉及多个细胞簇和1362个差异表达基因（DEGs）
13879	2024-08-07	Differential in vivo labeling with barcoded antibodies allows for simultaneous transcriptomic profiling of airway, lung tissue and intravascular immune cells 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1227175 PMID:38094305	研究论文	本文介绍了一种基于条形码抗体差异标记的方法，用于同时分析气道、肺组织和血管内免疫细胞的转录组特征	该方法不仅提供了基本的空间信息，还允许直接比较不同解剖部位的细胞，并且比传统的单细胞RNA测序方法更节省时间和成本	NA	开发一种新的方法来同时分析气道、肺组织和血管内免疫细胞的转录组特征	气道、肺组织和血管内免疫细胞的转录组特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	在小鼠细菌性肺感染的临床前模型中进行了可行性验证
13880	2024-08-04	Mast cell activation disrupts interactions between endothelial cells and pericytes during early life allergic asthma 2024-Mar-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI173676 PMID:38487999	研究论文	这篇文章研究了过敏性哮喘如何影响早期生命小鼠的肺微循环	揭示了肥大细胞激活如何通过蛋白酶破坏内皮细胞与周细胞之间的相互作用	研究主要基于小鼠模型，尚需在人类样本中验证	探讨过敏性哮喘对早期生命肺微循环的影响	新生小鼠肺脏切片以及儿童哮喘支气管活检样本	数字病理学	过敏性哮喘	定量成像与空间转录组学	NA	图像和生物样本	新生小鼠肺脏切片与儿童哮喘的支气管活检样本