单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27648 篇文献，本页显示第 13841 - 13860 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 13841 | 2024-08-07 |
Two-phase wash to solve the ubiquitous contaminant-carryover problem in commercial nucleic-acid extraction kits
2020-02-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-58586-3
PMID:32029846
|
研究论文 | 本文介绍了一种两阶段洗涤（TPW）方法，用于解决商业核酸提取试剂盒中普遍存在的污染物携带问题，特别是在低稀释度下提高核酸纯度。 | 开发了一种两阶段洗涤方法，通过在洗脱步骤前添加低水溶性的洗涤缓冲液，有效减少了提取缓冲液的携带，同时不降低核酸产量。 | NA | 提高核酸研究的纯度，特别是在需要高灵敏度的应用中，如单细胞测序和病原体诊断。 | 商业核酸提取试剂盒中的污染物携带问题及其对PCR、LAMP和RT反应的影响。 | 分子生物学 | NA | 数字PCR | NA | 核酸 | NA |
| 13842 | 2024-08-07 |
Systematic Comparison of High-throughput Single-Cell and Single-Nucleus Transcriptomes during Cardiomyocyte Differentiation
2020-01-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-58327-6
PMID:32001747
|
研究论文 | 本文通过比较Drop-seq和DroNc-seq两种微流控3' RNA捕获技术，系统评估了高吞吐量单细胞和单核RNA测序方法在人诱导多能干细胞向心肌细胞分化过程中的差异 | 首次系统比较了单细胞和单核RNA测序技术在心肌细胞分化过程中的应用，并验证了DroNc-seq在处理异质性人心脏组织样本时的有效性 | NA | 评估高吞吐量单细胞和单核RNA测序技术在心肌细胞分化过程中的差异 | 人诱导多能干细胞向心肌细胞的分化过程 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 13843 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptomes Reveal a Complex Cellular Landscape in the Middle Ear and Differential Capacities for Acute Response to Infection
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.00358
PMID:32351546
|
研究论文 | 使用单细胞转录组学技术分析正常小鼠中耳细胞，揭示了中耳黏膜的细胞多样性和对感染的急性反应能力 | 发现了中耳黏膜中未知的细胞多样性，并识别了几种新的细胞类型或亚型 | NA | 研究中耳黏膜的细胞组成及其对感染的急性反应能力 | 小鼠中耳细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组 | 6770个转录组 |
| 13844 | 2024-08-07 |
From GWAS to Function: Using Functional Genomics to Identify the Mechanisms Underlying Complex Diseases
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.00424
PMID:32477401
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综述 | 本文综述了如何通过整合全基因组关联研究（GWAS）与功能基因组学数据来解决复杂疾病相关位点的机制识别问题 | 提出了将GWAS结果与单细胞测序输出、功能性多基因风险评分设计以及遗传工程验证疾病相关基因相结合的未来研究方向 | GWAS中大多数疾病相关位点位于非编码区域，其调控的基因及调控发生的细胞类型或生理环境尚不明确 | 探讨如何通过功能基因组学方法识别复杂疾病背后的分子机制，并发现新的药物靶点 | 复杂疾病的分子机制及潜在药物靶点 | 功能基因组学 | 复杂疾病 | NA | NA | 基因组数据 | NA |
| 13845 | 2024-08-07 |
Integration of single-cell multi-omics for gene regulatory network inference
2020, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2020.06.033
PMID:32774787
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综述 | 本文综述了利用单细胞多组学数据重建基因调控网络（GRN）的技术和方法 | 介绍了单细胞基因组、转录组和表观基因组的测序技术，并概述了利用不同单细胞测序数据重建GRN的策略 | 总结并比较了不同方法的适应性和局限性 | 旨在帮助研究人员识别最适合他们的工具 | 单细胞测序技术和基因调控网络重建方法 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组、转录组、表观基因组数据 | 数千个单细胞样本 |
| 13846 | 2024-08-07 |
Targeting Subsets of Mammalian Neurons
2020, Neuroscience insights
IF:2.9Q2
DOI:10.1177/2633105520908537
PMID:32783027
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研究论文 | 本文开发了基于病毒的方法，用于精确靶向哺乳动物前脑的抑制性和兴奋性神经元亚群 | 利用单细胞转录组数据和基因表达变异来细化神经元靶向，为非转基因方法提供了及时蓝图 | 主要集中在哺乳动物前脑的神经元亚群，未涵盖所有神经元类型 | 开发和优化靶向哺乳动物神经元亚群的方法，特别是在难以进行基因操作的物种中 | 哺乳动物前脑的抑制性和兴奋性神经元亚群 | 神经科学 | NA | 病毒载体 | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 13847 | 2024-08-07 |
scRepertoire: An R-based toolkit for single-cell immune receptor analysis
2020, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.22139.2
PMID:32789006
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研究论文 | scRepertoire是一个基于R的工具包，用于单细胞免疫受体分析 | scRepertoire填补了单细胞免疫受体分析软件的空白，能够轻松结合mRNA和免疫受体分析 | NA | 开发一个用于单细胞免疫受体分析的工具包 | 单细胞免疫受体数据 | 免疫学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 数据来源于10x Genomics Chromium免疫受体分析 |
| 13848 | 2024-08-07 |
Encoding Method of Single-cell Spatial Transcriptomics Sequencing
2020, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.43887
PMID:32792863
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综述 | 本文综述了单细胞空间转录组测序技术的最新进展，特别是位置信息编码方法 | 介绍了基于微孔板、条形码珠阵列、显微切割、杂交和条形码定位以及混合分离技术的单细胞空间转录组技术 | NA | 探讨单细胞空间转录组测序技术在组织功能识别、发育过程追踪及病理和分子检测中的应用 | 单细胞空间转录组测序技术及其位置信息编码方法 | 测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 13849 | 2024-08-07 |
Redefining Tumor-Associated Macrophage Subpopulations and Functions in the Tumor Microenvironment
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.01731
PMID:32849616
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综述 | 本文综述了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在肿瘤微环境（TME）中的亚群及其功能的重定义 | 探讨了TAM亚群与功能的新证据，并提出了通过新技术整合来解析TAM详细图景的可能性 | 肿瘤微环境的免疫抑制状态仍因对TAM功能理解不足而未明确定义 | 旨在重新定义肿瘤微环境中肿瘤相关巨噬细胞的亚群及其功能 | 肿瘤相关巨噬细胞及其在肿瘤微环境中的作用 | NA | NA | 多重免疫组化（mIHC）、时间飞行质谱细胞术（CyTOF）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、系统生物学方法 | NA | NA | NA |
| 13850 | 2024-08-07 |
Pinpointing Cell Identity in Time and Space
2020, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2020.00209
PMID:32923457
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评论 | 本文讨论了整合细胞转录状态与组织及亚细胞空间和时间信息对于全面表征细胞类型和状态的重要性 | 提出了在细胞分类中应考虑分子如RNA和蛋白质的亚细胞空间分布等额外信息层级 | NA | 深入表征细胞群体，特别是在时间和空间维度上 | 哺乳动物细胞的类型和状态 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | 图像 | NA |
| 13851 | 2024-08-07 |
Characterization of cell fate probabilities in single-cell data with Palantir
2019-04, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-019-0068-4
PMID:30899105
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Palantir的算法，该算法通过将细胞命运视为概率过程并利用熵来测量细胞可塑性，模拟分化细胞的轨迹 | Palantir算法能够生成高分辨率的细胞伪时间排序，并为每个细胞状态分配分化为每个终末状态的概率，优于现有算法 | NA | 研究细胞分化的离散与连续性质，并开发新的算法来模拟这一过程 | 单细胞RNA测序数据中的细胞分化轨迹 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类骨髓单细胞RNA测序数据 |
| 13852 | 2024-08-07 |
An eQTL Landscape of Kidney Tissue in Human Nephrotic Syndrome
2018-08-02, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2018.07.004
PMID:30057032
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研究论文 | 本研究利用全基因组测序和微切割的肾小球及肾小管间质转录组，分析了187名肾病综合征患者的eQTL图谱 | 首次在肾病综合征患者的肾小球和肾小管间质中详细描述了eQTL图谱，并发现了组织特异性的eQTL | 研究样本量相对较小，可能影响结果的泛化性 | 揭示肾病综合征中肾组织基因表达的遗传调控 | 肾病综合征患者的肾小球和肾小管间质 | 数字病理学 | 肾病综合征 | 全基因组测序（WGS） | MatrixEQTL | 转录组数据 | 187名肾病综合征患者 |
| 13853 | 2024-08-07 |
Sensitive and powerful single-cell RNA sequencing using mcSCRB-seq
2018-07-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-05347-6
PMID:30050112
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研究论文 | 本文评估了单细胞RNA测序（scRNA-seq）协议的实验条件，并开发了一种名为分子拥挤SCRB-seq（mcSCRB-seq）的新方法，该方法在灵敏度、效率和灵活性方面表现出色。 | 通过添加聚乙二醇和使用Terra聚合酶，显著提高了scRNA-seq的灵敏度和效率。 | NA | 改进单细胞RNA测序技术的灵敏度、灵活性和成本效率。 | 单细胞RNA测序技术的实验条件和方法改进。 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 13854 | 2024-08-04 |
MDFI promotes the proliferation and tolerance to chemotherapy of colorectal cancer cells by binding ITGB4/LAMB3 to activate the AKT signaling pathway
2024-12-31, Cancer biology & therapy
IF:4.4Q2
DOI:10.1080/15384047.2024.2314324
PMID:38375821
|
研究论文 | 本研究探讨了MDFI通过结合ITGB4/LAMB3激活AKT信号通路以促进结直肠癌细胞的增殖和化疗耐受性 | 发现MDFI与ITGB4/LAMB3之间的正相关关系以及其在AKT信号通路中的新作用 | 缺乏大规模临床样本的验证 | 研究MDFI在结直肠癌细胞中的作用及其机制 | 结直肠癌细胞及其相关的信号通路 | 数字病理学 | 结直腸癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 使用了来自GSE144735数据集的样本和TCGA及CCLE数据 |
| 13855 | 2024-08-07 |
Programmed Death Ligand 1-Expressing Macrophages and Their Protective Role in the Joint During Arthritis
2024-Apr, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.42749
PMID:37997621
|
研究论文 | 本研究探讨了程序性死亡配体1（PD-L1）在胶原诱导性关节炎（CIA）小鼠模型中对关节稳态的作用 | 首次揭示了PD-L1+巨噬细胞在关节炎中的保护作用，并展示了其在人类滑膜中的存在 | 研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的直接应用可能存在局限性 | 研究PD-L1在关节炎中的作用及其对关节稳态的影响 | PD-L1在胶原诱导性关节炎中的表达及其对关节炎严重程度的影响 | NA | 关节炎 | 流式细胞术，逆转录-聚合酶链反应，单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用CIA小鼠模型和人类滑膜样本进行研究 |
| 13856 | 2024-08-04 |
Comprehensive single-cell analysis reveals heterogeneity of fibroblast subpopulations in ovarian cancer tissue microenvironment
2024-Mar-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27873
PMID:38533040
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研究论文 | 该研究揭示了卵巢癌组织微环境中成纤维细胞亚群的异质性。 | 首次较为全面地分析了卵巢癌组织微环境中成纤维细胞亚群的特性及其在TGFβ信号通路中的功能。 | 对成纤维细胞亚群的特定功能了解仍然不够充分。 | 探讨卵巢癌组织中成纤维细胞亚群的异质性及其在癌症进展中的作用。 | 卵巢癌组织样本中的成纤维细胞亚群。 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞测序 | NA | RNA-seq | 32个卵巢癌样本和3226个公共数据库中的大规模RNA-seq数据 |
| 13857 | 2024-08-04 |
Modulator of TMB-associated immune infiltration (MOTIF) predicts immunotherapy response and guides combination therapy
2024-Mar-30, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2024.01.025
PMID:38320897
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研究论文 | 本研究开发了一种新工具MOTIF，用于预测免疫疗法响应并指导联合治疗 | MOTIF将肿瘤突变负担(TMB)与CD8 T细胞浸润之间的关系进行了综合分析，提供了新的预测模型 | 该研究主要基于已有的RNA-seq数据，没有进行前瞻性临床试验 | 研究旨在提高TMB水平高的癌症患者对免疫检查点抑制剂的响应 | 研究对象是9311个肿瘤样本及84个单细胞RNA-seq数据集 | 数字病理学 | 肿瘤 | RNA-seq | NA | RNA数据 | 9311个肿瘤样本和84个人类单细胞RNA-seq数据集 |
| 13858 | 2024-08-07 |
Prognostic prediction using a gene signature developed based on exhausted T cells for liver cancer patients
2024-Mar-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28156
PMID:38533068
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研究论文 | 本研究基于T细胞耗竭的关键预后基因开发了一个用于肝癌患者的预后预测模型 | 利用单细胞RNA测序数据和基因共表达网络分析，结合Lasso和多/单变量Cox分析构建了一个新的风险评分系统，并开发了一个能够预测不同风险组免疫浸润和免疫治疗敏感性的诺模图 | NA | 开发一个基于T细胞耗竭的关键预后基因的预后预测模型，以改善肝癌患者的临床治疗 | 肝癌患者 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | 风险评分系统 | 单细胞RNA测序数据 | 18,413个细胞 |
| 13859 | 2024-08-04 |
Single-cell assessment of primary and stem cell-derived human trophoblast organoids as placenta-modeling platforms
2024-Mar-25, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.023
PMID:38359834
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研究论文 | 评估人类滋养层干细胞衍生的类器官作为胎盘建模平台 | 首次将单细胞转录组学应用于评估滋养层类器官的发育细胞轨迹和转录调控过程 | 滋养层类器官在成分、分化和发育转录驱动因素方面存在一定的偏差 | 研究滋养层发育和人类胎盘形成 | 新鲜分离的早孕滋养层和建立的滋养层干细胞细胞系衍生的类器官 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA | 新鲜分离的早孕滋养层和建立的滋养层干细胞细胞系 |
| 13860 | 2024-08-07 |
scATAnno: Automated Cell Type Annotation for single-cell ATAC Sequencing Data
2024-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.01.543296
PMID:37333088
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研究论文 | 介绍scATAnno，一个用于自动注释scATAC-seq数据的Python包 | scATAnno通过整合查询数据与参考图谱，无需使用scRNA-seq数据即可实现准确的细胞类型注释，并引入了基于KNN和加权距离的不确定性评分来提高注释准确性 | NA | 开发一个自动注释scATAC-seq数据的工具 | scATAC-seq数据中的细胞类型 | 单细胞测序 | NA | scATAC-seq | KNN | scATAC-seq数据 | 多个数据集，包括外周血单个核细胞（PBMC）、三阴性乳腺癌（TNBC）和基底细胞癌（BCC） |