单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
13821	2024-08-07	Digital Cell Sorter (DCS): a cell type identification, anomaly detection, and Hopfield landscapes toolkit for single-cell transcriptomics 2021, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.10670 PMID:33520459	研究论文	本文介绍了一个名为Digital Cell Sorter (DCS)的软件平台，该平台集成了多种单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析方法，包括自动细胞类型识别、细胞异常检测和细胞表型景观可视化	提出了两种基于投票算法和Hopfield分类器的自动细胞类型识别方法，以及基于隔离森林的细胞异常量化方法和基于Hopfield能量函数的细胞表型景观可视化工具	NA	开发新的算法和工具以提高单细胞RNA测序数据的分析效率和生物信息提取	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	Hopfield分类器	数据	使用了来自健康捐赠者和多发性骨髓瘤患者的外周血单个核细胞(PBMC)和骨髓浆细胞的大数据集
13822	2024-08-07	Effective ribosomal RNA depletion for single-cell total RNA-seq by scDASH 2021, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.10717 PMID:33520469	研究论文	本文介绍了一种名为scDASH的方法，用于从单细胞总RNA-seq文库中有效去除核糖体RNA（rRNA）序列	scDASH方法能够有效去除rRNA，同时减少非特异性脱靶效应，显著丰富了转录组的检测	NA	开发一种适用于单细胞总RNA-seq的rRNA去除方法	单细胞RNA测序中的rRNA去除	基因组学	NA	scRNA-seq	NA	RNA	NA
13823	2024-08-07	Single-cell RNA Sequencing in Immunology 2020-Dec, Current genomics IF:1.8Q3 DOI:10.2174/1389202921999201020203249 PMID:33414678	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在免疫学中的应用及其未来发展方向	scRNA-seq能够分析复杂的细胞混合物至单个细胞和单个分子水平，适用于多种疾病的免疫反应分析	NA	提供单细胞RNA测序在免疫学应用的概述及未来发展方向的展望	免疫系统及其在多种病理过程中的作用	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	单个细胞
13824	2024-08-07	scAIDE: clustering of large-scale single-cell RNA-seq data reveals putative and rare cell types 2020-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaa082 PMID:33575628	研究论文	本文介绍了一种新的无监督深度学习聚类框架scAIDE，用于大规模单细胞RNA测序数据的聚类和后分析，以识别潜在和稀有细胞类型	scAIDE结合了自动编码器插补网络和距离保持嵌入网络（AIDE）来学习数据表示，并应用基于随机投影哈希的k均值算法来检测稀有细胞类型	NA	开发一种准确且高效的计算方法，用于大规模单细胞RNA测序数据的聚类和后分析	大规模单细胞RNA测序数据中的潜在和稀有细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	自动编码器	RNA测序数据	130万神经细胞
13825	2024-08-07	Probe-Seq: Method for RNA Sequencing of Specific Cell Types from Animal Tissue 2020-Sep-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.3749 PMID:33659409	研究论文	本文介绍了一种名为Probe-Seq的新方法，用于从动物组织中对特定细胞类型进行RNA测序	Probe-Seq方法通过使用基因特异性探针与RNA标记物杂交来分离特定类型的细胞，从而实现下游的FACS分离和批量RNA测序	NA	开发一种简单、通用的方法，用于对缺乏细胞类型特异性遗传标记或抗体的细胞类型进行批量转录组分析	特定细胞类型的RNA测序	基因组学	NA	RNA测序	NA	RNA	小鼠视网膜、冷冻人视网膜、中肠和发育中的小鸡视网膜
13826	2024-08-07	Untangling biological factors influencing trajectory inference from single cell data 2020-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaa053 PMID:33575604	研究论文	本文研究了单细胞RNA测序数据中影响细胞分化轨迹推断的生物学因素	提出了一种通过分解单细胞数据来识别和过滤混杂变量（如细胞周期）的方法，以提高分化轨迹推断的准确性	未明确提及	探讨影响单细胞数据中细胞分化轨迹推断的关键生物学因素	单细胞RNA测序数据中的生物学变异	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确提及
13827	2024-08-07	Inferring microenvironmental regulation of gene expression from single-cell RNA sequencing data using scMLnet with an application to COVID-19 2021-03-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa327 PMID:33341869	研究论文	本研究提出了一种基于单细胞RNA测序数据的多层网络方法（scMLnet），用于推断细胞微环境对基因表达的调控	scMLnet不仅模拟了细胞间的功能性通信，还模拟了细胞内的基因调控网络，为理解基因表达的微环境调控提供了一种新方法	NA	旨在揭示细胞微环境对基因表达的调控机制，特别是在COVID-19中的应用	研究对象包括COVID-19患者的单细胞RNA测序数据以及SARS-CoV-2受体ACE2的表达调控	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序	多层网络模型	单细胞RNA测序数据	涉及COVID-19患者的单细胞RNA测序数据
13828	2024-08-07	CoolMPS for robust sequencing of single-nuclear RNAs captured by droplet-based method 2021-01-25, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa1127 PMID:33264392	研究论文	本文探讨了CoolMPS技术在单核RNA测序中的应用，通过化学转换方法使Chromium 10X技术生成的库适用于CoolMPS测序，并评估了其在小鼠海马体snRNA-seq数据中的质量和性能	CoolMPS是一种新型的合成测序方法，通过可重复使用的抗体进行核苷酸标记，本文首次测试了其在snRNA-seq中的应用	NA	验证CoolMPS技术在单核RNA测序中的可行性和性能	小鼠海马体的单核RNA	基因组学	NA	CoolMPS	NA	snRNA-seq数据	年轻和老年小鼠的海马体样本
13829	2024-08-07	Aging Atlas: a multi-omics database for aging biology 2021-01-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa894 PMID:33119753	research paper	本文介绍了Aging Atlas数据库，这是一个多组学数据库，旨在支持衰老生物学研究。	Aging Atlas数据库整合了多种高通量组学技术产生的基因表达和调控数据，为衰老研究提供了前所未有的详细和多维度的数据资源。	NA	本文的研究目的是建立一个开放且集成的数据库，以支持广泛的衰老生物学研究。	研究对象包括基因组学、表观基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和药物基因组学等多组学数据。	生物信息学	NA	RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, 蛋白质-蛋白质相互作用分析, 药物保护化合物分析	NA	基因表达数据	NA
13830	2024-08-07	A cell atlas of the chick retina based on single-cell transcriptomics 2021-01-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.63907 PMID:33393903	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术构建了鸡视网膜的细胞图谱	首次在鸟类中进行分子层面的视网膜细胞类型鉴定，并比较了鸡、鼠和灵长类视网膜细胞类群和类型的关系	NA	揭示鸡视网膜的细胞结构和功能，并为鸟类视觉系统的解剖学、生理学、进化和发育研究提供基础	鸡视网膜的细胞类型及其分布	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	136种细胞类型及14种位置或发育中间体
13831	2024-08-07	scMC learns biological variation through the alignment of multiple single-cell genomics datasets 2021-01-04, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02238-2 PMID:33397454	研究论文	本文介绍了一种名为scMC的方法，用于在整合和比较不同实验的单细胞基因组数据集时，区分并保留生物学变异，同时去除技术变异	scMC方法通过方差分析学习生物学变异，以无监督方式推断并去除技术变异，从而能够准确对齐并检测共享和特定上下文的生物信号	NA	开发一种方法，能够在整合单细胞基因组数据时，有效区分并保留生物学变异，去除技术变异	单细胞RNA测序和ATAC测序实验的数据集	基因组学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）和ATAC测序	NA	基因组数据	NA
13832	2024-08-07	Single-cell transcriptome profiling of the vaginal wall in women with severe anterior vaginal prolapse 2021-01-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20358-y PMID:33397933	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术构建了前阴道壁的转录组图谱，并分析了前阴道脱垂（AVP）中的细胞类型和基因表达异常	首次构建了前阴道壁的单细胞转录组图谱，并揭示了AVP中的细胞异质性和分子机制	NA	揭示前阴道脱垂（AVP）的细胞异质性和分子机制	前阴道壁的单细胞转录组	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组	81,026个单细胞样本
13833	2024-08-07	Transcriptional and morphological profiling of parvalbumin interneuron subpopulations in the mouse hippocampus 2021-01-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20328-4 PMID:33398060	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，对形态学上已鉴定的小鼠海马体中的parvalbumin中间神经元（PV-INs）进行了转录组状态的分析	研究首次结合形态学信息和转录组数据，探讨了PV-INs在形态学、生理学和发展领域的转录组状态	研究主要集中在PV-INs的转录组分析，未涉及其他神经元类型的比较	探讨神经元身份是否可以从遗传信息中推断出来，并分析PV-INs的转录组和形态学特征	小鼠海马体中的parvalbumin中间神经元（PV-INs）	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
13834	2024-08-07	The scRNA-seq Expression Profiling of the Receptor ACE2 and the Cellular Protease TMPRSS2 Reveals Human Organs Susceptible to SARS-CoV-2 Infection 2021-01-02, International journal of environmental research and public health DOI:10.3390/ijerph18010284 PMID:33401657	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据分析了31个器官中ACE2和TMPRSS2的表达水平，评估了SARS-CoV-2感染的风险	首次发现胆囊和输卵管易受SARS-CoV-2感染，并对易感器官进行了风险分级	NA	深入理解SARS-CoV-2的病理机制	31个器官中ACE2和TMPRSS2的表达水平	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	31个器官的细胞类型
13835	2024-08-07	Statistical and Bioinformatics Analysis of Data from Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Experiments 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-0849-4_9 PMID:32926366	review	本文综述了在处理、质量控制和分析批量及单细胞RNA测序数据时使用的各种生物信息学和统计方法	NA	NA	探讨高吞吐量测序技术在研究人类转录组，特别是与癌症相关的应用	批量和单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症	RNA测序	NA	RNA	NA
13836	2024-08-07	KLF4 (Kruppel-Like Factor 4)-Dependent Perivascular Plasticity Contributes to Adipose Tissue inflammation 2021-01, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.120.314703 PMID:33054397	研究论文	研究探讨了KLF4依赖的周围血管可塑性对脂肪组织炎症的贡献	首次揭示了KLF4在周围血管细胞中的作用，及其对饮食诱导肥胖相关脂肪组织炎症和代谢功能障碍的影响	研究使用了特定的转基因小鼠模型，结果的普遍性和适用性可能受限	验证周围血管细胞在KLF4依赖性条件下转化为类似巨噬细胞的细胞，从而加剧脂肪组织炎症和代谢功能障碍的假设	周围血管细胞、脂肪组织炎症、代谢功能障碍	NA	肥胖	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞	使用了Myh11-CreERT2 eYFP小鼠和Myh11-DreERT2tdTomato小鼠进行实验
13837	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals heterogeneous tumor and immune cell populations in early-stage lung adenocarcinomas harboring EGFR mutations 2021-01, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-020-01528-0 PMID:33144684	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了携带EGFR突变的早期肺腺癌中的肿瘤和免疫细胞异质性	首次在单细胞分辨率下探讨了携带EGFR突变的早期肺腺癌的肿瘤内和肿瘤间异质性	NA	揭示早期肺腺癌中肿瘤细胞、基质细胞和免疫浸润细胞之间的复杂相互作用	携带EGFR突变的早期肺腺癌样本及其邻近肺组织	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	125,674个细胞，来自7个早期肺腺癌样本和5个肿瘤邻近肺组织
13838	2024-08-07	Single-cell transcriptomic analysis of small and large wounds reveals the distinct spatial organization of regenerative fibroblasts 2021-01, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.14244 PMID:33237598	研究论文	本文通过比较小疤痕伤口和大再生伤口的单细胞转录组数据，揭示了再生纤维母细胞在伤口诱导的毛囊新生中的不同空间组织。	发现了在再生伤口条件下过度表达Crabp1蛋白的新型上部伤口纤维母细胞，并提供了计算测试来映射这些细胞在大伤口中的空间位置。	NA	研究大伤口中更具再生能力的真皮细胞和分子成分，以及纤维母细胞系在伤口诱导的毛囊新生中的作用。	小疤痕伤口和大再生伤口的单细胞转录组数据。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个样本
13839	2024-08-07	Transcript assembly improves expression quantification of transposable elements in single-cell RNA-seq data 2021-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.265173.120 PMID:33355230	研究论文	本文建立了一个适用于多种技术平台生成的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的转座元件（TE）表达定量流程	首次开发了针对TE的scRNA-seq定量工具，提高了TE表达量测定的准确性	NA	解决目前缺乏针对TE的scRNA-seq定量工具的问题，以解析单细胞分辨率的TE表达动态	转座元件（TE）及其在单细胞RNA测序数据中的表达	RNA测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	包括小鼠胚胎干细胞和早期胚胎发育阶段的scRNA-seq数据
13840	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals regulation of fetal ovary development in the monkey (Macaca fascicularis) 2020-Dec-29, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-020-00219-0 PMID:33372178	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了12,471个来自整个胎儿卵巢的细胞，探讨了原始生殖细胞与微环境细胞之间的相互作用	首次在单细胞分辨率下描绘了胎儿卵巢发育的两个生发波，并发现ZGLP1在猴子和老鼠中的表达模式不同，表明其在灵长类动物中可能参与减数分裂的进入而非激活生发程序	NA	揭示灵长类动物胎儿卵巢发育的分子和细胞基础	胎儿卵巢中的原始生殖细胞和微环境细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	12,471个细胞