单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 1361 - 1380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1361 | 2025-10-05 |
Multi-Ancestry Transcriptome-wide Association Studies Uncover New Insights into Breast Cancer Genetics and Biology
2025-Aug-13, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.08.12.25333509
PMID:40832405
|
研究论文 | 通过多祖先转录组范围关联研究揭示乳腺癌遗传学和生物学新见解 | 开发了祖先特异性遗传模型，首次在TWAS中报告103个新基因，其中46个基因远离已知风险变异位点 | 研究样本主要来自非洲、亚洲和欧洲血统，可能不适用于其他人群 | 发现乳腺癌易感基因并解析其生物学机制 | 652名女性的正常乳腺组织样本和178,534例乳腺癌患者及248,300名对照 | 遗传学 | 乳腺癌 | 转录组范围关联研究(TWAS), 单细胞RNA测序 | 遗传预测模型 | 基因组数据, 转录组数据 | 652个正常乳腺组织样本 + 426,834个GWAS样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 1362 | 2025-10-05 |
LLM-based cell type annotation harmonization across single-cell studies using GCTHarmony
2025-Aug-12, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7151095/v1
PMID:40831495
|
研究论文 | 开发了一种基于大语言模型的单细胞研究细胞类型注释协调方法GCTHarmony | 首次利用OpenAI文本嵌入模型将任意细胞类型注释映射到标准化细胞本体术语，协调不同研究间的注释层次差异 | NA | 解决单细胞RNA-seq研究中细胞类型注释不一致的问题 | 单细胞研究中的细胞类型注释 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA-seq | LLM | 文本 | NA | OpenAI | 文本嵌入 | NA | OpenAI文本嵌入模型 |
| 1363 | 2025-10-05 |
CART-GPT: A T Cell-Informed AI Linguistic Framework for Interpreting Neurotoxicity and Therapeutic Outcomes in CAR-T Therapy
2025-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.08.669387
PMID:40832178
|
研究论文 | 开发了一个基于Transformer的AI模型CART-GPT，用于预测CAR-T细胞疗法的治疗效果和神经毒性风险 | 首个针对CAR-T疗法同时预测治疗反应和ICANS神经毒性风险的AI模型，采用新颖的细胞聚合策略将单细胞预测与患者水平指标关联 | NA | 解决CAR-T细胞疗法中患者特异性治疗效果和神经毒性预测的临床挑战 | CAR-T细胞疗法患者 | 自然语言处理 | 血液系统恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | Transformer | 基因表达数据 | 112万个CAR-T单细胞RNA-seq图谱 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1364 | 2025-10-05 |
Translating the Transcriptome: A Connectomics Approach for Gene-Network Mapping and Clinical Application
2025-Aug-12, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.08.08.25333301
PMID:40832435
|
研究论文 | 提出一种结合空间转录组学和规范功能连接性的基因网络映射框架，用于研究基因表达与脑网络的关系 | 首次将空间转录组学与规范功能连接性相结合，开发了基因网络映射框架，能够识别与基因表达相关的脑网络 | NA | 研究基因表达如何塑造大脑功能连接组，并开发网络信息化的精准医疗诊断和治疗方法 | 大脑功能连接组、基因表达网络、脑部疾病相关基因 | 计算生物学 | 脑部疾病 | 空间转录组学, 功能连接性分析, 深部脑刺激 | 网络映射框架 | 基因表达数据, 功能连接数据, 临床数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1365 | 2025-10-05 |
Tissue-Resident Macrophage and Dendritic Cell Cooperation Drives Type I IFN Immunity to Enteroviruses in the Liver
2025-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.12.669977
PMID:40832243
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了肝脏中组织驻留巨噬细胞和树突状细胞通过I型干扰素免疫应答协作抵抗肠道病毒感染的机制 | 首次阐明库普弗细胞和树突状细胞亚群在驱动早期I型干扰素应答中的关键作用，并证明肝细胞依赖于免疫细胞产生的保护性干扰素信号 | 研究主要基于小鼠模型，需要在人类样本中进一步验证 | 解析I型和III型干扰素在保护肝脏免受肠道病毒感染中的相对贡献 | 肠道病毒感染的肝脏免疫应答机制 | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1366 | 2025-10-05 |
Coxiella burnetii strains elicit distinct inflammatory responses in human macrophages
2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.10.669536
PMID:40832301
|
研究论文 | 本研究通过分析不同毒力贝氏柯克斯体菌株感染人类肺泡巨噬细胞后的转录反应，揭示了菌株特异性免疫应答差异 | 首次系统比较不同毒力贝氏柯克斯体菌株在人类巨噬细胞中引发的特异性炎症反应，并结合单细胞RNA测序揭示巨噬细胞应答异质性 | 研究仅关注人类肺泡巨噬细胞，未涉及其他细胞类型或动物模型 | 阐明贝氏柯克斯体不同菌株与宿主巨噬细胞的相互作用机制 | 人类肺泡巨噬细胞(hAMs)和三种贝氏柯克斯体菌株(强毒NMI/G、减毒NMII、无毒Dugway) | 感染免疫学 | Q热 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 细胞因子检测 | NA | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1367 | 2025-10-05 |
STARComm Scalably Detects Emergent Modules of Spatial Cell-Cell Communication in Inflammation and Cancer
2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.07.669133
PMID:40832247
|
研究论文 | 开发了一种可扩展解释的计算方法STARComm，用于从空间转录组数据中检测细胞间通信模块 | 首次提出可扩展的多细胞通信交互模块检测方法，能够从2D和3D高plex空间转录组数据中发现空间共定位的受体-配体活性 | NA | 开发空间细胞间通信检测方法，用于炎症和癌症研究 | 人类组织中的细胞间通信网络 | 空间生物学 | 癌症, 慢性移植物抗宿主病 | 空间转录组学 | 计算方法 | 空间转录组数据 | 超过1400万个细胞，涵盖8种癌症类型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1368 | 2025-10-05 |
Longitudinal transcriptomic analysis of SIV-infected rhesus macaques reveals peripheral immune dynamics throughout untreated SIV infection and long-term antiretroviral therapy
2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.08.669172
PMID:40832257
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序纵向分析SIV感染恒河猴的外周血单核细胞，揭示未经治疗的SIV感染和长期抗逆转录病毒治疗期间的免疫动态变化 | 首次在非人灵长类动物模型中应用纵向单细胞转录组学系统描绘从急性感染到长期抗病毒治疗的完整免疫动态图谱 | 研究基于非人灵长类动物模型，结果向人类HIV感染的转化需要进一步验证 | 全面了解长期感染和治疗过程中的免疫动态变化，为HIV治愈策略提供见解 | SIV感染的恒河猴外周血单核细胞 | 单细胞转录组学 | HIV/AIDS | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)，完整前病毒DNA检测(IPDA) | NA | 单细胞转录组数据 | SIV感染恒河猴的纵向样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1369 | 2025-10-05 |
BioLLM: A standardized framework for integrating and benchmarking single-cell foundation models
2025-Aug-08, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2025.101326
PMID:40843339
|
研究论文 | 介绍BioLLM框架，用于整合和评估单细胞基础模型 | 提出首个统一框架解决单细胞基础模型架构和编码标准异质性问题 | 未提及具体数据规模或实验设置的局限性 | 开发标准化框架以整合和评估单细胞基础模型 | 单细胞基础模型（scGPT、Geneformer、scFoundation、scBERT） | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序分析 | 大型语言模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1370 | 2025-10-05 |
Progress and new challenges in image-based profiling
2025-Aug-07, ArXiv
PMID:40799808
|
综述 | 本文回顾了基于图像的细胞表型分析技术的计算进展，详细介绍了当前流程、局限性和未来发展方向 | 深度学习从根本上重塑了基于图像的细胞表型分析，改进了特征提取、可扩展性和多模态数据整合 | 该领域仍面临需要创新解决方案的重大挑战 | 为研究人员提供导航这一快速发展领域进展和新挑战的路线图 | 基于图像的细胞表型分析技术 | 计算机视觉 | NA | 显微镜成像，深度学习 | 深度学习 | 图像 | NA | NA | 高通量显微镜，单细胞分析 | NA | NA |
| 1371 | 2025-10-05 |
Concurrent genetic and non-genetic resistance mechanisms to KRAS inhibition in CRC
2025-Aug-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.05.668666
PMID:40799551
|
研究论文 | 本研究通过单细胞空间转录组学分析结直肠癌患者对KRAS抑制剂的耐药机制 | 首次揭示KRAS抑制剂耐药过程中遗传与非遗传机制共存，并发现TBK1作为消除早期炎症适应性阶段的新靶点 | 样本量有限，需要更大规模研究验证发现 | 探索结直肠癌对KRAS抑制剂耐药的急性反应机制 | 结直肠癌患者活检样本和人鼠类器官模型 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 靶向外显子测序,单细胞空间转录组学 | NA | 基因组测序数据,转录组数据 | 患者匹配的治疗前、治疗中和进展期活检样本 | NA | 单细胞空间转录组学,靶向外显子测序 | NA | NA |
| 1372 | 2025-10-05 |
The tectum transversum(TTR) maintains patency of the developing coronal suture
2025-Aug-05, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7216722/v1
PMID:40799753
|
研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示横梁软骨在维持冠状缝开放中的关键作用及其调控机制 | 首次证明横梁软骨通过作为BMP信号屏障维持冠状缝开放，为冠状缝早闭病因提供新机制解释 | 研究仅使用小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 探究横梁软骨在冠状缝发育过程中的功能作用 | 小鼠胚胎模型中的横梁软骨、冠状缝及相邻组织 | 发育生物学 | 颅缝早闭 | 空间转录组学、基因敲除 | NA | 基因表达数据、组织形态数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1373 | 2025-10-05 |
Epigenomic subtypes of late-onset Alzheimer's disease reveal distinct microglial signatures
2025-Aug-04, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7232080/v1
PMID:40799738
|
研究论文 | 本研究通过分析晚发性阿尔茨海默病患者的表观基因组数据，识别出两种不同的表观遗传亚型，并揭示了它们独特的神经胶质细胞特征 | 首次在晚发性阿尔茨海默病中识别出表观遗传亚型，并发现不同亚型具有独特的神经胶质细胞甲基化特征和功能状态 | 研究基于死后脑组织样本，可能无法完全反映活体疾病状态；样本量相对有限 | 识别晚发性阿尔茨海默病的表观遗传亚型并阐明其生物学机制 | 晚发性阿尔茨海默病患者死后脑组织样本 | 表观基因组学 | 阿尔茨海默病 | 全基因组DNA甲基化分析，RNA-seq，单细胞RNA-seq | 无监督聚类 | 表观基因组数据，转录组数据 | 831例来自三个独立队列的死后脑组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1374 | 2025-10-05 |
Excitatory Synaptic Transmission Is Differentially Modulated by Opioid Receptors along the Claustrocingulate Pathway
2025-Aug, eNeuro
IF:2.7Q3
DOI:10.1523/ENEURO.0219-25.2025
PMID:40670155
|
研究论文 | 本研究探讨阿片受体对小鼠扣带回皮层中谷氨酸能信号传导的调节作用 | 首次揭示KOR、MOR和DOR阿片受体在claustrocingulate通路中对兴奋性突触传递的差异化调节机制 | 研究仅限于小鼠脑切片实验，未在活体动物中进行验证 | 探究阿片受体在claustrocingulate神经环路中对兴奋性突触传递的调节机制 | 小鼠前扣带回皮层和屏状核的神经环路 | 神经科学 | 疼痛感知与意识相关疾病 | 空间转录组学,脑切片电生理学,光遗传学,药理学方法 | NA | 电生理数据,转录组数据 | 雌雄小鼠脑切片样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1375 | 2025-10-05 |
Lung Single-Cell Transcriptomics Reveal Diverging Pathobiology and Opportunities for Precision Targeting in Scleroderma-Associated Versus Idiopathic Pulmonary Arterial Hypertension
2025-Aug, Circulation. Genomic and precision medicine
DOI:10.1161/CIRCGEN.124.004936
PMID:40686216
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学比较硬皮病相关性与特发性肺动脉高压的肺组织基因表达差异 | 首次在单细胞水平揭示SSc-PAH与IPAH的分子病理差异，发现特异性细胞信号通路和潜在靶向治疗药物 | 样本量较小（每组4例），需要更大规模研究验证 | 探究不同亚型肺动脉高压的分子机制差异，为精准治疗提供依据 | 肺动脉高压患者的肺组织样本 | 单细胞转录组学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序 | Seurat分析流程 | 单细胞RNA测序数据 | 4例SSc-PAH、4例IPAH、4例对照供体肺组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium Flex | 10x Genomics Chromium Flex单细胞测序平台 |
| 1376 | 2025-10-05 |
IL-17 Stimulates Sensory Neurons and Sensitises Colonic Afferents to Noxious Stimuli in a PI3K Dependent Manner in Male Mice
2025-Aug, Journal of neurochemistry
IF:4.2Q2
DOI:10.1111/jnc.70191
PMID:40827457
|
研究论文 | 本研究揭示了IL-17通过PI3K信号通路直接激活感觉神经元并增强结肠传入神经对有害刺激的敏感性 | 首次通过生物信息学分析和实验验证相结合，发现IL-17通过PI3K依赖性机制直接激活DRG感觉神经元并增强结肠痛觉敏感性 | 研究主要在雄性小鼠中进行，性别差异的影响需要进一步验证 | 探索炎症性肠病中内脏疼痛的介质和机制 | 溃疡性结肠炎患者结肠活检样本、小鼠背根神经节神经元 | 生物医学研究 | 炎症性肠病/溃疡性结肠炎 | bulk RNA测序、单细胞RNA测序、钙成像、磁激活细胞分选 | NA | 基因表达数据、钙信号数据 | 溃疡性结肠炎患者结肠活检样本、小鼠背根神经节神经元 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1377 | 2025-10-05 |
Prediction of cell states and key transcription factors of the human cornea through integrated single-cell omics analyses
2025-Aug, PNAS nexus
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/pnasnexus/pgaf235
PMID:40838019
|
研究论文 | 通过整合单细胞组学数据构建人角膜细胞状态元图谱并开发细胞状态预测工具 | 整合四个已发表研究的单细胞RNA-seq数据构建人角膜细胞状态元图谱，开发机器学习工具cPredictor进行细胞状态注释，并首次整合染色质可及性数据识别关键转录因子 | 基于已发表数据的整合分析，可能受原始数据质量和注释一致性的限制 | 解决人角膜单细胞研究中细胞状态注释不一致的问题，建立可靠的角膜细胞状态参考图谱 | 人角膜组织细胞和多能干细胞来源的角膜类器官 | 单细胞组学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序,染色质可及性分析,机器学习,免疫组织化学验证 | 机器学习流程 | 单细胞RNA-seq数据,染色质可及性数据 | 整合四个已发表研究的数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1378 | 2025-10-05 |
Spatial Domain-Based Approach to Analyze the Mechanism of Sparganii Rhizoma-Curcumae Rhizoma Pair in the Treatment of Colorectal Cancer
2025-Aug, Food science & nutrition
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/fsn3.70794
PMID:40842663
|
研究论文 | 通过整合空间转录组学、单细胞RNA测序和网络药理学，分析中药三棱-莪术药对在结直肠癌治疗中的空间域特异性作用机制 | 建立了整合空间转录组学、单细胞RNA测序和网络药理学的综合分析框架，首次从空间域角度解析中药药对在肿瘤微环境中的调控机制 | 研究主要基于计算分析和预测，需要进一步的实验验证来确认机制 | 研究三棱-莪术药对在结直肠癌原发灶和肝转移灶中的治疗机制 | 结直肠癌肿瘤微环境中的空间域和细胞间相互作用 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 网络药理学 | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1379 | 2025-10-05 |
Single-cell sequencing reveals the role of IL-33 + endothelial subsets in promoting early gastric cancer progression
2025-Aug, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.70050
PMID:40860436
|
研究论文 | 通过单细胞测序揭示IL-33+内皮细胞亚群在促进早期胃癌进展中的作用 | 构建了包含184,426个高质量胃癌细胞的单细胞图谱，首次发现静脉-1内皮亚群通过IL-33促进血管生成和肿瘤生长的机制 | NA | 阐明早期胃癌的单细胞特征及肿瘤微环境组成，寻找预测标志物和治疗靶点 | 胃癌临床活检和手术样本中的细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 184,426个高质量胃癌细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1380 | 2025-10-05 |
Foxp3+ Regulatory T Cells Restrain Th1 Response Shielding the Brain from Lethal Inflammatory Damage during Cryptococcal Meningoencephalitis
2025-Jul-30, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7142999/v1
PMID:40766255
|
研究论文 | 本研究揭示了Foxp3+调节性T细胞在隐球菌性脑膜脑炎中通过抑制Th1反应保护大脑免受炎症损伤的机制 | 首次系统阐明Treg细胞在CNS感染中的神经保护作用，发现CCR8/CCL1轴是Treg向大脑募集的关键机制，并验证Treg增强疗法对生存率的改善效果 | Areg缺失未显示生存效应，其具体调控机制仍需进一步研究 | 探究调节性T细胞在隐球菌性脑膜脑炎中的免疫调节作用及神经保护机制 | 人类CM患者和小鼠CM模型中的调节性T细胞 | 免疫学 | 中枢神经系统感染 | scRNA-seq, 流式细胞术, NanoString分析 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | 人类患者和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |