单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1361	2025-04-24	Single cell and spatial transcriptomics highlight the interaction of club-like cells with immunosuppressive myeloid cells in prostate cancer 2024-Nov-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54364-1 PMID:39550375	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了前列腺癌治疗过程中肿瘤微环境的转录组景观，并发现club-like细胞作为关键上皮细胞亚型与免疫抑制性髓系细胞的相互作用	首次在前列腺癌中鉴定出club-like细胞作为上皮细胞与免疫系统之间的关键界面，并揭示了其与髓系炎症和治疗抵抗的关联	研究样本量相对有限（120例患者），且机制研究仍需进一步实验验证	探索前列腺癌治疗抵抗的微环境机制	前列腺癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学	NA	转录组数据	120例前列腺癌患者样本
1362	2025-04-24	Analyzing Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Data Using Coreset 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3418078 PMID:38913513	研究论文	本文提出了一种名为scCoreset的数据摘要框架，用于从大规模稀疏单细胞RNA-seq数据中提取小加权细胞子集，以促进下游数据分析任务	scCoreset框架能够从大规模单细胞RNA-seq数据中提取小加权子集，使下游分析任务在子集上运行的结果与原始数据结果相似，显著提高了分析效率	未明确提及具体限制，但可能涉及对特定类型单细胞数据的适用性或子集提取的优化程度	解决大规模单细胞RNA-seq数据的计算和分析挑战	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	scCoreset框架	单细胞RNA-seq数据	多种单细胞数据集（未明确提及具体数量）
1363	2025-04-24	SCRN: Single-Cell Gene Regulatory Network Identification in Alzheimer's Disease 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3424400 PMID:38976461	research paper	本文提出了一种基于图学习的单细胞基因调控网络识别方法SCRN，用于研究阿尔茨海默病(AD)的基因调控机制	提出了一种基于图神经网络和γ衰减启发式链接预测的SCRN方法，能够利用局部闭合子图识别可靠的基因调控网络	仅基于三个公认的AD基因(APOE、CX3CR1和P2RY12)构建调控网络，可能未能涵盖所有相关基因	研究阿尔茨海默病的潜在基因调控机制，发现相关生物标志物和治疗靶点	阿尔茨海默病患者和正常样本的单细胞RNA测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, UMAP降维分析	图神经网络(GNN)	单细胞RNA测序数据	未明确说明样本数量，包含AD和正常样本
1364	2025-04-24	Glutathione accelerates the cell cycle and cellular reprogramming in plant regeneration 2024-Oct-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.28.569014 PMID:38168452	research paper	该研究探讨了谷胱甘肽（GSH）在植物细胞周期和细胞重编程中的作用	发现GSH在细胞重编程过程中通过缩短G1期加速细胞分裂，并提出了一个GSH释放促进细胞周期退出和重编程的模型	研究主要基于拟南芥根部细胞，可能不适用于其他植物组织或物种	研究细胞重编程过程中的细胞周期动态	拟南芥根部细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序（single-cell RNA-seq）和活体成像	NA	RNA-seq数据和图像数据	拟南芥根部细胞（具体数量未提及）
1365	2025-04-24	Exponential family measurement error models for single-cell CRISPR screens 2024-Oct-01, Biostatistics (Oxford, England) DOI:10.1093/biostatistics/kxae010 PMID:38649751	research paper	本文提出了一种名为GLM-EIV的新方法，用于解决单细胞CRISPR筛选中的统计挑战	GLM-EIV将经典的误差变量模型扩展到指数族分布的响应和噪声预测变量，克服了标准方法中的衰减偏差和偏差-方差权衡问题	文中未明确提及具体限制	开发一种新方法来改进单细胞CRISPR筛选数据的分析和解释	单细胞CRISPR筛选数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序，CRISPR筛选	GLM-EIV	基因表达数据	两个大规模单细胞CRISPR筛选数据集
1366	2025-04-24	Retinoic acid induces human gastruloids with posterior embryo-like structures 2024-10, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-024-01487-8 PMID:39164488	research paper	研究展示了视黄酸（RA）和Matrigel如何诱导人类类原肠胚形成具有后部胚胎样结构的模型	首次利用视黄酸和Matrigel诱导人类类原肠胚形成后部胚胎样结构，包括神经管、分节体节及多种细胞类型	未提及具体样本量或实验重复次数，可能影响结果的可重复性	解码早期人类胚胎发生过程	人类类原肠胚	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	RA-gastruloids	基因表达数据	未明确说明
1367	2025-04-24	Astrocyte-induced Cdk5 expedites breast cancer brain metastasis by suppressing MHC-I expression to evade immune recognition 2024-10, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-024-01509-5 PMID:39304713	研究论文	本研究揭示了星形胶质细胞通过诱导乳腺癌脑转移中神经元特异性激酶Cdk5的过表达，抑制MHC-I的表达，从而帮助肿瘤逃避免疫识别	首次揭示了星形胶质细胞通过Cdk5-Irf2bp1-Stat1-importin α-Nlrc5通路抑制MHC-I表达，促进乳腺癌脑转移的免疫逃逸机制	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	探究乳腺癌脑转移的免疫逃逸机制及潜在治疗靶点	乳腺癌脑转移模型小鼠	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序	小鼠移植瘤模型	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量
1368	2025-04-24	Integration of Clinical Trial Spatial Multiomics Analysis and Virtual Clinical Trials Enables Immunotherapy Response Prediction and Biomarker Discovery 2024-Aug-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0943 PMID:38861365	研究论文	通过整合临床试验空间多组学分析和虚拟临床试验，开发了一种新的计算方法来预测免疫治疗反应和发现生物标志物	开发了一种新的计算模型，用于在器官尺度上跟踪肿瘤进展，同时捕捉肝细胞癌（HCC）肿瘤的空间异质性，并结合数学建模和计算机模拟与高通量空间多组学数据	模型参数值来源于文献，并针对HCC的具体情况进行了拟合，可能存在一定的局限性	促进免疫治疗剂量方案的设计和潜在生物标志物的识别	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	空间多组学分析、成像质谱细胞术、Visium空间转录组学分析	空间定量系统药理学模型	空间多组学数据、空间蛋白质组学数据、空间转录组学数据	来自新辅助HCC临床试验和另一项独立抗PD1单药治疗研究的样本
1369	2025-04-24	Highly Multiplexed Spatial Transcriptomics in Bacteria 2024-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.27.601034 PMID:38979245	research paper	开发了一种名为bacterial-MERFISH的高通量空间转录组学方法，用于研究细菌中的单细胞异质性	结合1000倍体积膨胀与MERFISH技术，创建了bacterial-MERFISH方法，实现了对单个细菌内数千个操纵子的高分辨率空间分析	未提及具体的技术限制或样本量不足等问题	研究细菌在复杂环境中的单细胞决策行为	细菌的mRNA和操纵子	空间转录组学	NA	MERFISH（多重误差稳健荧光杂交）	NA	图像	未明确提及具体样本数量
1370	2025-04-24	Single-cell transcriptomics unveiled that early life BDE-99 exposure reprogrammed the gut-liver axis to promote a proinflammatory metabolic signature in male mice at late adulthood 2024-Jun-26, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfae047 PMID:38648751	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了早期生命暴露于BDE-99会重编程肠-肝轴，促进雄性小鼠在成年后期的促炎性代谢特征	首次揭示了新生儿期BDE-99暴露对肝脏细胞类型特异性基因表达和细胞间通讯的长期影响，并阐明了肠道微生物组在维持肝脏免疫耐受中的必要性	研究仅针对雄性小鼠，未考虑性别差异；且仅关注了BDE-99这一种PBDE同系物的影响	探究新生儿期BDE-99暴露对肠-肝轴的长期影响及其机制	雄性C57BL/6小鼠	毒理学	代谢性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、微生物组移植	NA	基因表达数据、微生物组数据	雄性C57BL/6小鼠幼崽（实验组和对照组）
1371	2025-04-24	Genetic lineage tracing identifies adaptive mechanisms of pancreatic islet β cells in various mouse models of diabetes with distinct age of initiation 2024-03, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-022-2372-y PMID:37930473	research paper	该研究通过遗传谱系追踪技术，探索了不同年龄启动的糖尿病小鼠模型中胰岛β细胞的适应性机制	首次在不同年龄启动的T1D和T2D小鼠模型中系统比较了β细胞的命运转变机制，并揭示了线粒体功能、染色质修饰等关键通路在β细胞动态转变中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明糖尿病发病过程中胰岛β细胞的适应性机制	糖尿病小鼠模型的胰岛β细胞	分子生物学	糖尿病	遗传谱系追踪技术、scRNA-seq	Cre-LoxP系统	基因表达数据	多种糖尿病小鼠模型（HFD和STZ处理）
1372	2025-04-24	Identification and validation of key biomarkers and potential therapeutic targets for primary open-angle glaucoma 2023-12, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-022-2344-5 PMID:37610681	研究论文	本研究旨在识别原发性开角型青光眼(POAG)的新型生物标志物和潜在治疗靶点	通过整合多种组学数据和单细胞RNA测序技术，筛选并验证了POAG相关的关键基因FN1、GPX3和VAV3	需要进一步研究揭示这些基因在POAG中表达变化的机制	探索POAG的发病机制并寻找潜在治疗靶点	原发性开角型青光眼(POAG)相关基因	生物信息学	青光眼	mRNA表达微阵列、scRNA-seq、PPI分析、WGCNA、qPCR	NA	基因表达数据	三个数据集(GSE27276、GSE138125、GSE148371)
1373	2025-04-24	Spatial heterogeneity of bone marrow endothelial cells unveils a distinct subtype in the epiphysis 2023-10, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-023-01240-7 PMID:37798545	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了骨髓内皮细胞的空间异质性，并鉴定了一种仅存在于骨骺的毛细血管亚型——S型（次级骨化）内皮细胞	首次定义了骨髓内皮细胞的空间异质性，发现并表征了骨骺特异性S型内皮细胞亚型，揭示了其通过分泌I型胶原蛋白促进骨强度获取的非典型功能	未探讨S型内皮细胞与其他骨髓微环境组分的相互作用机制	解析骨髓内皮细胞的异质性及其在骨骼和造血发育中的作用	骨髓内皮细胞（BMECs）	单细胞生物学	骨骼疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量（骨髓内皮细胞）
1374	2025-04-23	scCorrect: Cross-modality label transfer from scRNA-seq to scATAC-seq using domain adaptation 2025-Jul, Analytical biochemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.ab.2025.115847 PMID:40154828	研究论文	提出了一种名为scCorrect的新型神经网络框架，用于从scRNA-seq到scATAC-seq的跨模态标签转移，以提高细胞类型注释的准确性	scCorrect通过两个阶段的操作解决了scRNA-seq和scATAC-seq数据之间的模态差异问题，包括数据对齐阶段和纠正网络训练阶段	未明确提及具体局限性，但可能包括对数据质量和规模的依赖	提高单细胞染色质可及性测序(scATAC-seq)中的细胞类型注释准确性	scRNA-seq和scATAC-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	神经网络	单细胞测序数据	多个数据集（未明确提及具体数量）
1375	2025-04-23	IL-4 alters TLR7-induced B cell developmental program in lupus 2025-Jun, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110472 PMID:40068727	研究论文	研究IL-4如何改变TLR7诱导的B细胞发育程序，从而影响系统性红斑狼疮（SLE）中的自身抗体形成	发现IL-4能够重编程B细胞发育，减少自身抗体和特定B细胞亚群，为SLE治疗提供新思路	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类SLE患者的直接证据有限	探索IL-4在调节TLR7诱导的B细胞发育和自身抗体产生中的作用	BXD2自身免疫小鼠和SLE患者的B细胞	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞转录组学分析	小鼠模型	基因表达数据	BXD2小鼠和SLE患者B细胞样本
1376	2025-04-23	Ifosfamide alleviates autoimmune toxicity and enhances antitumor efficacy in melanoma immunotherapy 2025-Jun, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2025.116851 PMID:40081767	研究论文	研究探讨了异环磷酰胺（IFO）在减轻自身免疫毒性及增强黑色素瘤免疫治疗效果中的作用	首次揭示了IFO在自身免疫条件下的广泛抑制作用及对Th17/Treg平衡的恢复作用，同时发现IFO能增强CD8 T细胞的活化和细胞毒性免疫反应	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	开发管理免疫相关不良事件（irAEs）的新策略，并增强免疫检查点抑制剂（ICI）的疗效	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠模型及荷瘤小鼠	免疫治疗	黑色素瘤	单细胞RNA测序	EAU小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
1377	2025-04-23	Multi-omics integration and machine learning identify and validate neutrophil extracellular trap-associated gene signatures in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2025-Jun, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110473 PMID:40089249	研究论文	本研究旨在探索慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中中性粒细胞胞外陷阱（NETs）的分子特征，并鉴定相关基因标志物	通过多组学整合和机器学习方法鉴定了三个与NETs相关的核心基因（CXCR4、CYBB和PTAFR），并验证了它们在CRSwNP中的诊断价值和临床相关性	NA	探索CRSwNP中NETs的分子特征，寻找新的生物标志物和治疗靶点	慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）患者	机器学习	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析、单细胞RNA测序	机器学习算法	基因表达数据	多中心数据验证
1378	2025-04-23	Convergent musk biosynthesis across host and microbiota in musk deer and muskrat 2025-May-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2025.094 PMID:40259731	研究论文	本研究通过整合多组学方法，揭示了森林麝鼠和麝鼠在麝香生物合成中的多层次趋同现象	发现了环十五酮作为两种动物麝香中的共享关键代谢前体，揭示了从分子途径到微生物群落的趋同特征	未探讨其他可能参与麝香生物合成的潜在代谢途径	探究哺乳动物化学通讯中麝香生物合成的趋同机制	森林麝鼠和麝鼠的麝香分泌腺体	生物化学	NA	多组学方法、单细胞RNA测序、宏基因组分析	NA	基因组数据、转录组数据、代谢组数据	两种动物的麝香腺体组织样本
1379	2025-04-23	Deciphering aging-associated prognosis and heterogeneity in gastric cancer through a machine learning-driven approach 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112316 PMID:40256325	research paper	该研究通过机器学习方法建立了一个与衰老相关的指数（AAI），用于分层胃癌患者，并揭示了AAI与预后、化疗和免疫治疗反应的关系	使用机器学习构建衰老相关指数（AAI）来分层胃癌患者，并识别了两种不同的分子亚型及其潜在治疗靶点	研究未涉及AAI在其他癌症类型中的适用性，且样本来源和数量未明确说明	探索衰老在胃癌预后和异质性中的作用，并开发相关预测工具	胃癌患者及其肿瘤微环境	machine learning	gastric cancer	单细胞转录组分析	机器学习模型（未具体说明）	基因表达数据	NA
1380	2025-04-23	Classic Hodgkin lymphoma: Pathobiological features that impact emerging therapies 2025-May, Blood reviews IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.blre.2025.101271 PMID:39904647	综述	本文综述了经典霍奇金淋巴瘤（cHL）的病理生物学特征及其对新兴疗法的影响	探讨了HRS细胞的分子机制及其对免疫检查点抑制剂和抗体-药物偶联物等新兴疗法的影响	cHL的异质性以及HRS细胞及其周围肿瘤微环境的复杂生物学特性带来的挑战	探讨经典霍奇金淋巴瘤的病理生物学特征及其对治疗策略的影响	经典霍奇金淋巴瘤中的Hodgkin Reed-Sternberg（HRS）细胞	NA	经典霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序和循环肿瘤DNA分析	NA	NA	NA