单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1361	2025-04-07	Individualized patient tumor organoids faithfully preserve human brain tumor ecosystems and predict patient response to therapy 2025-Apr-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.01.002 PMID:39938519	research paper	开发了一种快速、高效且复杂的培养系统（IPTO），能够准确再现人脑肿瘤的细胞和分子病理学	IPTO模型能够培养多种中枢神经系统肿瘤，包括成人、儿童和转移性脑癌，并能预测患者特异性药物反应	NA	开发一种能够准确模拟人脑肿瘤并预测治疗反应的临床前模型	人脑肿瘤	digital pathology	brain cancer	iPSC-derived cerebral organoids, scRNA-seq	IPTO	genomic, epigenomic, scRNA-seq data	前瞻性患者队列
1362	2025-04-07	Interferon-responsive intestinal BEST4/CA7+ cells are targets of bacterial diarrheal toxins 2025-Apr-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.02.003 PMID:40010349	研究论文	本文研究了人类肠道中BEST4/CA7细胞的功能，特别是在电解质平衡和免疫反应中的作用	首次建立了人类肠道类器官中BEST4/CA7细胞的分化协议，并揭示了其在细菌感染引起的腹泻中的作用机制	研究依赖于体外模型，缺乏体内实验验证，且小鼠模型中不存在BEST4/CA7细胞	探索BEST4/CA7细胞在电解质平衡和免疫反应中的功能	人类肠道中的BEST4/CA7细胞	细胞生物学	细菌性腹泻	单细胞RNA测序，类器官培养	人类肠道类器官	基因表达数据	NA
1363	2025-04-07	Artificial variables help to avoid over-clustering in single-cell RNA sequencing 2025-Apr-03, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.02.014 PMID:40081375	research paper	提出了一种名为'recall'的方法，用于防止单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的过度聚类问题	通过引入人工变量来控制'双重浸入'（double dipping）的影响，提高聚类准确性	未提及具体的数据集或实验条件下的局限性	改进单细胞RNA测序数据分析中的聚类步骤，避免过度聚类导致的误导性结果	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	真实和模拟数据
1364	2025-04-07	Integrated proteogenomic characterization of localized prostate cancer identifies biological insights and subtype-specific therapeutic strategies 2025-Apr-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58569-w PMID:40180929	研究论文	本文通过整合基因组、转录组、蛋白质组和磷酸化蛋白质组数据，对145例中国患者的局限性前列腺癌进行了分子分型，并鉴定出NANS蛋白作为潜在的预后生物标志物和治疗靶点	首次在局限性前列腺癌中整合多组学数据进行分子分型，并发现NANS蛋白通过调节sialoglycan-sialic acid-Siglec轴逆转免疫抑制微环境的新机制	样本量相对有限（145例），且仅针对中国患者群体	阐明局限性前列腺癌的分子异质性并发现新的治疗靶点	145例中国患者的局限性前列腺癌样本	数字病理学	前列腺癌	基因组测序、转录组测序、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、scRNA-seq、免疫荧光分析	细胞来源原位移植小鼠模型	多组学数据（基因组、转录组、蛋白质组、磷酸化蛋白质组）	145例局限性前列腺癌患者样本
1365	2025-04-07	Development and validation of basement membrane-related signatures for predicting postoperative recurrence, tumor microenvironment and drug candidates in chordomas 2025-Apr-03, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14006-1 PMID:40181316	研究论文	本研究开发并验证了与基底膜相关的基因特征，用于预测颅底脊索瘤的术后复发、肿瘤微环境和药物候选	首次建立了由五个基底膜相关基因组成的预后特征，并验证了其在颅底脊索瘤中的独立预后价值，同时揭示了基底膜相关基因通过PI3K-Akt信号通路影响脊索瘤的恶性行为	样本量相对较小（77例批量转录组测序和6例单细胞RNA测序），且仅针对颅底脊索瘤患者	探索基底膜相关基因在颅底脊索瘤预后评估和生物学行为中的作用	颅底脊索瘤患者	数字病理学	颅底脊索瘤	批量转录组测序、单细胞RNA测序、LASSO Cox回归分析	NA	转录组数据	77例批量转录组测序和6例单细胞RNA测序的颅底脊索瘤患者
1366	2025-04-07	Microwave ablation of non-small cell lung cancer enhances local T-cell abundance and alters monocyte interactions 2025-Apr-03, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14002-5 PMID:40181307	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了微波消融（MWA）对非小细胞肺癌（NSCLC）微环境中免疫细胞群体和基因表达的影响	首次在单细胞水平上揭示了MWA后NSCLC微环境中T细胞丰度的增加以及单核细胞与T细胞（或B细胞）之间相互作用的改变	样本量较小，且仅针对NSCLC患者，结果可能不适用于其他癌症类型	探究MWA对NSCLC微环境中免疫细胞群体和基因表达的影响	接受分次MWA治疗的NSCLC患者的肿瘤活检样本	肿瘤免疫学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序（10x Genomics）	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多次活检样本
1367	2025-04-07	FOSB is a key factor in the genetic link between inflammatory bowel disease and acute myocardial infarction: multiple bioinformatics analyses and validation 2025-Apr-03, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02129-0 PMID:40181401	research paper	该研究通过生物信息学分析和实验验证，揭示了FOSB等关键基因在炎症性肠病（IBD）和急性心肌梗死（AMI）共病中的重要作用	首次通过多组学分析识别出THBD、FOSB等5个IBD-AMI共病关键基因，并构建了高预测精度的AMI诊断模型	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证其临床适用性	阐明IBD与AMI共病的遗传机制并寻找潜在治疗靶点	IBD和AMI患者的基因表达数据	生物信息学	炎症性肠病, 急性心肌梗死	微阵列分析, WGCNA, 机器学习(LASSO/随机森林/Boruta), qRT-PCR, Western blotting, 单细胞测序	诊断模型	基因表达数据	NCBI GEO数据库中的多个微阵列数据集（具体数量未说明）
1368	2025-04-07	Exploring Human Brain Metabolism via Genome-Scale Metabolic Modeling with Highlights on Multiple Sclerosis 2025-04-02, ACS chemical neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.1021/acschemneuro.5c00006 PMID:40091499	研究论文	通过基因组尺度代谢模型探索人脑代谢，重点研究多发性硬化症	重建了脑细胞特异性基因组尺度代谢模型（GEMs），并整合单细胞RNA-seq数据和全局Human1，通过tINIT算法生成了组合脑模型iHumanBrain2690	未提及具体样本量或实验验证的局限性	理解人脑生理和疾病中的复杂代谢	神经元、星形胶质细胞、小胶质细胞、少突胶质细胞和少突胶质前体细胞	系统生物学	多发性硬化症	单细胞RNA-seq、基因组尺度代谢模型（GEMs）、tINIT算法	iHumanBrain2690	RNA-seq数据	NA
1369	2025-04-07	Channel synapse mediates neurotransmission of airway protective chemoreflexes 2025-Apr-02, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.03.007 PMID:40187347	研究论文	本研究揭示了小鼠喉咙中Pou2f3化学感应细胞家族通过通道突触与迷走神经元通信，介导气道保护性化学反射的神经传递	发现了Pou2f3上皮细胞通过CALHM1/3通道突触作为气道保护性反射的化学感应终末器官，并揭示了其在气道防御程序中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中进行验证	研究喉咙中化学物质引起的神经反射机制，以保护气道免受吸入和感染	小鼠喉咙中的Pou2f3化学感应细胞家族和迷走神经元	神经生物学	慢性咳嗽	单细胞转录组学、光遗传学刺激	小鼠基因敲除模型	基因表达数据、行为数据	NA
1370	2025-04-07	Update on mast cell biology 2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1092 PMID:39800266	review	本文回顾了2022年至2024年间关于肥大细胞（MCs）生物学的重要研究进展	利用单细胞RNA测序等技术揭示了肥大细胞的异质性及其在健康和疾病中的表型	NA	探讨肥大细胞在过敏炎症性疾病中的核心作用及其生物学特性	肥大细胞（MCs）	NA	过敏炎症性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	NA	NA
1371	2025-04-07	IL-25 Enhances B Cell Responses in Type 2 Inflammation Through IL-17RB Receptor 2025-Apr, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16472 PMID:39829150	research paper	本研究探讨了IL-25通过IL-17RB受体增强B细胞在2型炎症中的反应	揭示了IL-25/IL-17RB通路在B细胞中的新作用及其在2型炎症中的潜在治疗靶点	研究主要基于体外实验和有限的组织样本，需要进一步的体内验证	研究IL-25受体IL-17RB在B细胞中的表达及其在2型炎症中的作用	外周血来源的B细胞和鼻息肉组织中的B细胞	免疫学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)和哮喘	流式细胞术、RT-PCR、单细胞RNA测序	NA	细胞和分子数据	外周血B细胞和鼻息肉组织样本
1372	2025-04-07	scTrans: Sparse attention powers fast and accurate cell type annotation in single-cell RNA-seq data 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012904 PMID:40184563	研究论文	介绍了一种基于Transformer的模型scTrans，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释，旨在减少信息损失并提高注释速度和准确性	使用稀疏注意力机制利用所有非零基因，有效降低输入数据维度同时最小化信息损失	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的速度和准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Transformer	RNA测序数据	31种不同组织的小鼠细胞图谱数据，接近百万细胞
1373	2025-04-07	Spatial transcriptomics reveals tryptophan metabolism restricting maturation of intratumoral tertiary lymphoid structures 2025-Apr-01, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.011 PMID:40185093	研究论文	本研究利用空间转录组学技术揭示了色氨酸代谢在肝细胞癌中限制肿瘤内三级淋巴结构成熟的作用	首次发现恶性细胞塑造的色氨酸富集代谢微环境导致三级淋巴结构成熟偏离，并证明抑制色氨酸代谢可促进肿瘤内三级淋巴结构成熟并与抗PD-1治疗产生协同效应	研究仅聚焦于肝细胞癌，其他癌症类型中三级淋巴结构成熟的调控机制尚不明确	探究驱动三级淋巴结构成熟的关键因素及其在肿瘤免疫治疗中的作用	肝细胞癌中的三级淋巴结构及其微环境	空间转录组学	肝细胞癌	近单细胞空间转录组测序	NA	空间转录组数据	NA
1374	2025-04-07	Rorγt-positive dendritic cells are required for the induction of peripheral regulatory T cells in response to oral antigens 2025-Apr-01, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.03.020 PMID:40185101	research paper	该研究探讨了RORγt阳性树突状细胞在口服抗原诱导外周调节性T细胞中的作用	通过删除Rorc编码RORγt的特定顺式调控元件，开发了一种RORγt抗原呈递细胞减少的小鼠模型，揭示了淋巴样RORγt树突状细胞在维持肠道免疫平衡中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	研究RORγt阳性树突状细胞在外周调节性T细胞诱导中的作用及其对肠道免疫平衡的影响	小鼠模型中的RORγt阳性树突状细胞和调节性T细胞	免疫学	炎症性肠病, 食物过敏	单细胞RNA测序, 流式细胞术, 谱系追踪	小鼠基因敲除模型	基因表达数据, 细胞表型数据	基因修饰小鼠及其对照
1375	2025-04-07	Single-cell meta-analysis of T cells reveals clonal dynamics of response to checkpoint immunotherapy 2025-Mar-28, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100842 PMID:40187353	研究论文	通过单细胞元分析揭示T细胞克隆在检查点免疫治疗响应中的动态变化	首次利用大规模单细胞RNA测序和T细胞受体测序数据，揭示了T细胞克隆的动态变化与免疫检查点抑制剂治疗响应的关联	研究仅涵盖6种癌症类型，可能不适用于所有癌症类型	探究T细胞克隆动态变化与免疫检查点抑制剂治疗响应的关系	767,606个T细胞和460个样本	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序/T细胞受体测序	NA	单细胞测序数据	460个样本（涵盖6种癌症类型）
1376	2025-04-07	Competing dynamic gene regulatory networks involved in fibroblast reprogramming to hematopoietic progenitor cells 2025-Mar-25, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102473 PMID:40185089	研究论文	本研究通过开发一种诱导系统，将成纤维细胞重编程为造血祖细胞，并研究了重编程过程中的基因调控网络	揭示了SCL和LMO2转录因子通过调控FLI1、GATA1/2和KLF14等靶基因诱导造血程序的机制，并发现抑制神经元命运的竞争信号通路可提高重编程效率	研究仅针对成纤维细胞重编程为造血祖细胞的过程，可能不适用于其他细胞类型的重编程	提高体细胞直接重编程为造血细胞的效率和可控性	成纤维细胞和造血祖细胞	基因调控与细胞重编程	NA	转录组和表观基因组分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、表观遗传数据	未明确说明样本数量，但涉及不同重编程阶段的细胞
1377	2025-04-07	Protocol to recover single-cell gene expression profiles from spatial transcriptomics data using cluster computing 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103636 PMID:39946238	research paper	提出了一种名为scResolve的计算协议，用于从低分辨率空间转录组数据中恢复单细胞基因表达谱	开发了scResolve协议，利用集群计算环境并行处理数据，加速从多细胞分辨率数据中恢复单细胞基因表达谱的过程	未提及该方法在特定类型数据上的性能限制或适用范围	解决空间转录组技术在单细胞分辨率分析上的限制	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术（如Visium）	NA	基因表达数据	NA
1378	2025-04-07	Continuous replenishment of the dysfunctional CD8 T cell axis is associated with response to chemoimmunotherapy in advanced breast cancer 2025-Mar-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.101973 PMID:39983715	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序技术，研究了转移性三阴性乳腺癌患者对化疗联合免疫检查点阻断治疗的免疫反应	揭示了晚期功能失调的CD8 T细胞克隆扩增与治疗反应之间的关联，并提出了基线克隆扩增作为潜在反应预测因子的新观点	样本量较小（27名患者），且仅针对三阴性乳腺癌这一特定亚型	探究肿瘤免疫微环境如何决定对化疗免疫治疗的免疫和临床反应	27名转移性三阴性乳腺癌患者的40份活检样本	肿瘤免疫学	乳腺癌	scRNA-seq, scTCR-seq	NA	单细胞测序数据	27名患者的40份活检样本
1379	2025-04-07	Interferon-γ-stimulated antigen-presenting cancer-associated fibroblasts hinder neoadjuvant chemoimmunotherapy efficacy in lung cancer 2025-Mar-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102017 PMID:40056907	research paper	该研究揭示了抗原呈递癌症相关成纤维细胞(apCAFs)如何通过干扰素γ刺激和PD-L2-RGMB轴阻碍非小细胞肺癌新辅助化疗免疫治疗(NCIT)的疗效	首次发现apCAFs通过IFN-γ-JAK1/2-STAT1-IFI6/27通路扩增，并通过PD-L2-RGMB轴促进FOXP1调节性T细胞积累，从而削弱NCIT效果	研究样本量未明确说明，且机制研究主要在体外模型中进行	探究非小细胞肺癌新辅助化疗免疫治疗疗效受限的机制	非小细胞肺癌患者和癌症相关成纤维细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞测序分析	NA	单细胞测序数据	未明确说明
1380	2025-04-07	Immune-featured stromal niches associate with response to neoadjuvant immunotherapy in oral squamous cell carcinoma 2025-Mar-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102024 PMID:40107247	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学分析口腔鳞状细胞癌患者肿瘤微环境中的基质细胞，探索其对免疫治疗反应的关联	揭示了免疫化疗应答者中特定的基质细胞变化及其在肿瘤微环境中的作用，为免疫治疗提供了新的治疗靶点	样本量较小（22例患者），且仅针对口腔鳞状细胞癌，结果可能不适用于其他癌症类型	探索肿瘤基质细胞在肿瘤微环境中的作用及其对免疫治疗反应的影响	22例口腔鳞状细胞癌患者的肿瘤标本	肿瘤免疫学	口腔鳞状细胞癌	单细胞测序, 空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	22例口腔鳞状细胞癌患者的配对肿瘤标本