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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1361 | 2026-04-19 |
Metabolically reprogrammed eosinophils impair T cell immunity and cause chronic skin infection
2026-Apr, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1038/s44321-026-00392-x
PMID:41813911
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示了在慢性皮肤炎症中,代谢重编程的嗜酸性粒细胞通过竞争性葡萄糖摄取抑制Th1细胞功能,从而促进疾病慢性化 | 首次在非肠道组织中发现了具有代谢重编程特性的炎症性嗜酸性粒细胞亚群,并阐明其通过形成竞争性代谢微环境抑制T细胞免疫的新机制 | 研究基于小鼠模型,在人体中的验证尚需进一步研究;单细胞转录组分析仅揭示了转录水平的变化,蛋白质功能验证不足 | 探究皮肤嗜酸性粒细胞在慢性皮肤感染中的功能和转录异质性 | C57BL/6小鼠模型中的皮肤嗜酸性粒细胞和T细胞 | 免疫学 | 皮肤感染 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1362 | 2026-04-19 |
Single-cell spatial transcriptomic analysis of human skin anatomy
2026-Apr, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-026-02552-8
PMID:41872488
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研究论文 | 本研究构建了正常成人皮肤的单细胞空间转录组图谱,揭示了皮肤细胞类型、空间组织及其在疾病中的变化 | 首次构建了覆盖全身15个解剖部位、包含约120万个细胞的皮肤单细胞空间转录组图谱,定义了10个多细胞邻域,并发现了疾病中免疫改变的空间区室化模式 | 研究仅基于正常成人皮肤样本,未涵盖不同年龄、种族或更广泛的疾病状态,且空间分辨率可能受技术限制 | 解析人类皮肤在全身范围内的细胞和分子空间组织,并探索其在疾病中的变化 | 正常成人皮肤组织 | 空间转录组学 | 皮肤疾病 | 单细胞空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 114个样本,覆盖15个解剖部位,约120万个细胞 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1363 | 2026-04-19 |
Unveiling gene perturbation effects through gene regulatory networks inference from single-cell transcriptomic data
2026-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014067
PMID:41984780
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研究论文 | 本文介绍了一种名为IGNITE的无监督机器学习框架,用于从单细胞RNA测序数据中推断有向、加权和带符号的基因调控网络,并模拟基因扰动效应 | IGNITE基于统计物理中的逆动力学Ising模型,无需先验知识,直接从非扰动的单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络,并模拟单基因和多基因敲除效应 | 研究仅在两种多能干细胞系统(小鼠和人类)上进行了测试,虽然展示了跨物种和技术的泛化能力,但未涵盖更广泛的细胞类型或疾病模型 | 开发一种从单细胞转录组数据推断基因调控网络的方法,以模拟基因扰动对细胞行为的影响 | 小鼠和人类的多能干细胞,包括从初始态向形成态过渡的小鼠多能干细胞以及向确定内胚层分化的人类多能干细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 逆动力学Ising模型 | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics, Fluidigm | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium, Fluidigm C1 | 10x Chromium单细胞RNA测序平台和Fluidigm C1单细胞自动制备系统 |
| 1364 | 2026-04-19 |
Study on the Potential Molecular Mechanism of Keloid Disease Associated With Single Cell Combined Mendelian Randomization
2026-Apr, Journal of cosmetic dermatology
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/jocd.70849
PMID:41986576
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学、蛋白质数量性状位点、孟德尔随机化分析等多种方法,探索了瘢痕疙瘩的潜在分子机制 | 首次将单细胞RNA测序与孟德尔随机化分析相结合,识别出SRA1和SSR1作为瘢痕疙瘩的关键保护基因,并揭示了它们在免疫微环境调控和细胞分化中的新作用 | 研究依赖于公开数据库的数据,样本来源可能有限,且功能验证实验未在文中详细描述 | 识别瘢痕疙瘩形成的关键基因和调控网络 | 瘢痕疙瘩病变组织和正常瘢痕样本 | 生物信息学 | 瘢痕疙瘩 | 单细胞RNA测序, 蛋白质数量性状位点分析, 孟德尔随机化分析, 共定位分析 | hdWGCNA, CellChat | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据, GWAS汇总统计 | 92,659个高质量细胞,来自GEO数据库的多个数据集(GSE181297, GSE163973, GSE145725) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1365 | 2026-04-19 |
Hepatic-Differentiated Subpopulation in Clear Cell Renal Cell Carcinoma: A Multi-Omics Analysis of Tumors With Lymphovascular Invasion
2026-Apr, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.71843
PMID:41981779
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研究论文 | 本研究通过多组学分析探索了透明细胞肾细胞癌中淋巴血管侵袭的分子基础,发现了一个具有肝系分化特征的肿瘤亚群 | 首次在ccRCC中识别出一个表达肝系转录因子HNF1A和HNF4A的肿瘤亚群,该亚群位于肿瘤演化的终末阶段,并与淋巴血管侵袭和缺氧微环境相关 | 这是一项基于发现的假设生成研究,所有发现需要在临床应用前进行独立的功能验证 | 理解透明细胞肾细胞癌中淋巴血管侵袭的分子基础 | 透明细胞肾细胞癌标本(31例,其中11例LVI阳性,20例LVI阴性) | 数字病理学 | 肾癌 | 全基因组测序,RNA测序,蛋白质组学分析,单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因组数据,转录组数据,蛋白质组数据 | 31例ccRCC标本(11例LVI+,20例LVI-),并整合了公共单细胞RNA测序和空间转录组学数据集 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,全基因组测序,RNA测序,蛋白质组学 | NA | NA |
| 1366 | 2026-04-19 |
Fibroblast-Driven Fibroblast Growth Factor and Fibronectin 1 Signaling Orchestrates Extracellular Matrix Remodeling for Ovine Mammary Lactation Decline
2026-Apr, Comprehensive Physiology
IF:4.2Q1
DOI:10.1002/cph4.70150
PMID:41998868
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据,揭示了绵羊泌乳衰退期乳腺组织中成纤维细胞通过FGF和FN1信号通路驱动细胞外基质重塑的分子机制 | 首次在绵羊泌乳衰退模型中,利用单细胞RNA测序技术系统解析了成纤维细胞作为关键基质调节者,通过FGF和FN1信号通路协调细胞外基质重塑的细胞和分子网络 | 研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平和功能验证实验来确认信号通路的具体作用机制 | 阐明绵羊泌乳衰退期乳腺组织细胞外基质重塑的细胞和分子机制 | 绵羊乳腺组织在泌乳高峰期和晚期阶段的细胞群体 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 绵羊泌乳高峰期和晚期阶段的乳腺组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1367 | 2026-04-19 |
Alpha-ketoglutarate accelerates granulocyte-monocyte progenitor differentiation and atherosclerotic plaque inflammation via oxoglutarate receptor 1
2026-Mar-27, Redox biology
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.redox.2026.104134
PMID:41931905
|
研究论文 | 本文探讨了α-酮戊二酸通过其受体OXGR1加速粒细胞-单核细胞祖细胞分化并促进动脉粥样硬化斑块炎症的机制 | 首次揭示了α-酮戊二酸/OXGR1轴通过上调PNP表达,影响嘌呤合成和NAD代谢,从而扰乱线粒体稳态并加剧动脉粥样硬化炎症 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性仅通过血浆代谢物相关性分析初步验证,需进一步临床研究确认 | 探究代谢物α-酮戊二酸在动脉粥样硬化进展中的作用机制 | Ldlr缺陷小鼠的骨髓细胞、粒细胞-单核细胞祖细胞及动脉粥样硬化斑块 | NA | 心血管疾病 | 靶向代谢组学、单细胞RNA测序、蛋白质组学、骨髓移植实验 | NA | 代谢组数据、单细胞转录组数据、蛋白质组数据 | Ldlr小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1368 | 2026-04-19 |
Smoothie: efficient inference and integration of spatial co-expression networks from denoised spatial transcriptomics data
2026-Mar-26, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-09898-z
PMID:41888598
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Smoothie的流程,用于对空间转录组数据进行去噪并构建和整合全基因组共表达网络 | 提出了一个结合高斯平滑去噪与并行化计算的高效流程,能够处理超过1亿个空间分辨点的数据集,并实现快速运行和低内存使用 | NA | 从高分辨率空间转录组数据中提取深入的生物学见解,包括基因模块检测、功能注释和跨样本比较 | 空间转录组数据中的基因共表达网络 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 高斯平滑 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1369 | 2026-04-19 |
Palmatine ameliorates MASLD in type 2 diabetes by modulating hepatic apoptosis and inflammation
2026-Mar-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-45476-3
PMID:41865191
|
研究论文 | 本研究通过多组学生物信息学分析和实验验证,揭示了黄连素通过调控ADRB2、BCL3等五个核心靶点抑制肝细胞凋亡,从而改善2型糖尿病相关的代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD) | 首次采用顺序性多组学生物信息学工作流程,结合机器学习预测和单细胞测序验证,系统性地识别了黄连素治疗MASLD的五个核心靶点,并通过动物模型进行了机制验证 | 研究主要在动物模型中进行,尚未进行人体临床试验;多组学预测的靶点网络需要更深入的分子机制研究 | 探究黄连素改善2型糖尿病相关MASLD的作用机制 | 2型糖尿病相关的代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD) | 生物信息学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 单细胞测序,分子对接,多组学分析 | 机器学习 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 大鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1370 | 2026-03-11 |
DGM: deep graph clustering with mincut for analysis of single-cell transcriptomics
2026-Mar-09, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-026-12694-y
PMID:41803718
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1371 | 2026-03-11 |
Single-cell RNA-seq and in vitro study reveal Fusobacterium nucleatum impairs β-cell identity in type 2 diabetes via the NF-κB-CDKN1C axis
2026-Mar-09, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07981-x
PMID:41803883
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1372 | 2026-04-19 |
CD19+Ki67+B cells regulated by NAMPT as key modulators in triple-negative breast cancer with brain metastasis
2026-Mar-09, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-026-02251-6
PMID:41803986
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了CD19+Ki67+ B细胞通过激活NAMPT/ITGA5/ITGB1通路驱动三阴性乳腺癌脑转移的机制 | 首次在单细胞水平上鉴定出CD19+Ki67+ B细胞作为三阴性乳腺癌脑转移的关键调节细胞,并阐明了其通过NAMPT/ITGA5/ITGB1信号通路促进肿瘤进展的新机制 | 样本量相对较小(15例单细胞测序患者),需要在更大规模的前瞻性队列中进一步验证 | 探究三阴性乳腺癌脑转移的免疫调节机制,寻找潜在治疗靶点 | 三阴性乳腺癌患者(包括有和无脑转移者)、肿瘤类器官、B细胞亚群 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,RNA-seq,多重免疫荧光,细胞共培养 | NA | 单细胞转录组数据,批量RNA-seq数据,免疫荧光图像 | 15例患者(单细胞测序),两个独立RNA-seq队列(TCGA, GSE65194),湘雅真实世界队列,74例患者样本验证 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1373 | 2026-04-19 |
Single-cell and multi-omics analysis identifies mitophagy-related biomarkers and therapeutic targets in ischemic stroke
2026-Mar-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-43377-z
PMID:41792398
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研究论文 | 本研究通过单细胞和多组学分析,识别了缺血性卒中中与线粒体自噬相关的生物标志物和治疗靶点 | 整合了bulk和单细胞RNA测序数据,结合WGCNA和机器学习模型,首次在缺血性卒中中识别出五个核心线粒体自噬相关基因生物标志物,并揭示了小胶质细胞亚群中线粒体自噬活性的动态变化 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证部分有限,且缺血性卒中的具体病理机制仍需进一步体内外实验探索 | 探究线粒体自噬相关基因在缺血性卒中中的作用,以识别新的生物标志物和治疗靶点 | 缺血性卒中患者或模型中的基因表达数据,特别是线粒体自噬相关基因 | 生物信息学 | 缺血性卒中 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,qPCR | 机器学习模型,加权基因共表达网络分析(WGCNA) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1374 | 2026-04-19 |
Parvimonas micra exacerbates periodontitis by infiltrating host cells through TmpC and circumventing lysosomal elimination via AppA
2026-Mar, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2026.106187
PMID:41740230
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研究论文 | 本研究揭示了小单胞菌通过TmpC蛋白侵入宿主细胞,并利用AppA蛋白逃逸溶酶体清除,从而加剧牙周炎的分子机制 | 首次系统阐明了小单胞菌在牙周炎发病中的关键作用,并发现了其通过表面黏附素TmpC结合宿主细胞受体以及利用AppA蛋白逃逸自噬清除的两种新机制 | 研究主要在动物模型和体外实验中进行,人体内的直接验证尚需进一步研究 | 探究小单胞菌在牙周炎发病过程中的具体作用机制 | 小单胞菌、牙周韧带干细胞、大鼠实验模型 | 微生物学与细胞生物学 | 牙周炎 | 16S rRNA测序、单细胞RNA测序、His pull-down assay、LC-MS/MS、micro-CT | NA | 测序数据、质谱数据、影像数据 | 人类龈沟液样本及实验大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1375 | 2026-04-19 |
DuaST: an integrated deep learning framework for spatial transcriptomics with cross-branch interaction
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag174
PMID:41985058
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研究论文 | 本文提出了DuaST,一个集成的双分支深度学习框架,用于空间转录组学数据分析,通过结合空间和非空间信息来提升生物表征学习 | DuaST设计了空间感知分支和非空间分支来分别建模邻域依赖和拓扑无关特征,并采用局部-全局对比学习、对抗对齐和基于注意力的融合机制来整合这些互补表示,从而强化跨分支交互并学习有生物学意义的表征 | NA | 开发一个通用的计算框架,以整合空间转录组学中的空间和非空间信息,用于空间域识别、空间可变基因检测和多组学分析 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习框架(双分支架构) | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1376 | 2026-04-19 |
Uncovering causal relationships in single-cell omic studies with causarray
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag175
PMID:41985059
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研究论文 | 本文介绍了一种名为causarray的因果推断框架,用于在单细胞组学研究中处理未测量混杂因素并揭示因果关系 | causarray整合了广义混杂调整方法和半参数推断,结合灵活的机器学习技术,能在伪批量及单细胞水平上稳健估计处理效应 | NA | 解决单细胞组学数据中因选择偏差和未测量混杂因素导致的因果推断挑战 | 单细胞组学数据,包括自闭症风险基因的Perturb-seq研究和阿尔茨海默病的病例对照转录组数据集 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序,CRISPR技术 | 机器学习技术 | 基因组数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1377 | 2026-04-19 |
STING activation induces polarized cytokine secretion of IFN-β and IL-17A promoting photoreceptor death and choroidal disruption in age-related macular degeneration
2026-Feb-27, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08491-w
PMID:41760600
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研究论文 | 本研究揭示了STING通路在年龄相关性黄斑变性(AMD)中作为免疫介导视网膜变性的调控者,通过双相、阶段依赖性功能,在健康组织中提供细胞保护,但在早期AMD进展中驱动致病性炎症 | 发现STING通路在AMD中作为主调控因子,通过空间组织化的炎症同时控制多种病理过程,从保护性监视转变为致病驱动因子,并确定了统一的治疗靶点 | NA | 探究STING通路在年龄相关性黄斑变性(AMD)发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 人类眼睛组织、患者来源的诱导多能干细胞-视网膜色素上皮细胞(iPSC-RPE)、人类视网膜类器官、Cryba1条件性敲除(cKO)AMD样小鼠模型、Il17a敲入小鼠、Cryba1/Sting双杂合(dhet)小鼠 | 数字病理学 | 年龄相关性黄斑变性 | 免疫组织化学分析、单细胞转录组学、AAV2介导的IFN-β过表达 | NA | 图像、文本(转录组数据) | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1378 | 2026-04-19 |
Ets1-regulated endothelial-secreted factors promote compact myocardial growth and contribute to the pathogenesis of ventricular non-compaction
2026-Feb-24, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvaf264
PMID:41329636
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研究论文 | 本研究揭示了Ets1调控的内皮细胞分泌因子在致密心肌发育中的关键作用,并提出了心室致密化不全的潜在治疗靶点 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了心室致密化不全中异常的心肌细胞和内皮细胞状态,并明确了Ets1在内膜和冠状动脉内皮中通过不同信号通路调控致密心肌生长的具体机制 | 研究主要基于小鼠模型,其结论在人类疾病中的适用性仍需进一步验证;治疗性ECM蛋白和Nrg1的体内疗效和安全性尚未评估 | 探究致密心肌变薄的机制,并鉴定治疗性内皮分泌因子,以阐明心室致密化不全的病理机制 | 小鼠心脏内皮细胞(心内膜和冠状动脉内皮)及致密心肌细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1379 | 2026-04-19 |
CD14 Plays a Critical Role in Pain and Inflammation Across Multiple Models of Post-traumatic Osteoarthritis
2026-Feb-24, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.70100
PMID:41735778
|
研究论文 | 本研究通过基因敲除和抗体阻断方法,在多模型小鼠中验证了CD14在创伤后骨关节炎疼痛和炎症中的关键作用 | 首次在多严重程度、多进展速率的创伤后骨关节炎模型中系统验证CD14的致病作用,并采用单细胞转录组学和空间蛋白质组学揭示其调控机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本关联分析相对有限,临床转化效果需进一步验证 | 验证CD14抑制能否减轻骨关节炎进展过程中的滑膜炎症和相关疼痛 | 人类骨关节炎滑液样本、多种严重程度的小鼠创伤后骨关节炎模型(包括手术和非手术模型) | 数字病理学 | 骨关节炎 | 流式细胞术、单细胞转录组学、空间蛋白质组学、高维转录组和蛋白质组分析 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据、行为学数据、组织病理学数据 | 人类滑液样本及多组小鼠模型(包含不同性别、肥胖等风险因素) | NA | 单细胞转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 1380 | 2026-04-19 |
Multi-omics analysis reveals that CAPG positive macrophages are key immunosuppressive drivers and prognostic determinants in the ferroptosis landscape of hepatocellular carcinoma
2026-Feb-22, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04649-2
PMID:41723761
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研究论文 | 通过多组学分析揭示了CAPG阳性巨噬细胞在肝细胞癌铁死亡景观中是关键的免疫抑制驱动因素和预后决定因素 | 首次整合多组学数据系统描绘了HCC中铁死亡-免疫网络的组成与功能,并识别出CAPG阳性巨噬细胞作为核心免疫抑制驱动因素 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏体内外实验验证CAPG阳性巨噬细胞的具体功能机制 | 探究肝细胞癌中铁死亡与免疫微环境的相互作用及其对肿瘤进展和免疫治疗的影响 | 肝细胞癌患者样本中的免疫细胞,特别是巨噬细胞亚群 | 生物信息学与计算生物学 | 肝细胞癌 | 多组学分析、加权基因共表达网络分析、单细胞转录组测序、空间转录组学 | 预后模型 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | 基于TCGA数据库的HCC样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |