单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1361	2025-05-31	The influence of age on cellular senescence in injured versus healthy muscle and its implications on rotator cuff injuries 2025-Jun, Journal of shoulder and elbow surgery IF:2.9Q1 DOI:10.1016/j.jse.2025.02.008 PMID:40057173	研究论文	研究年龄对受伤与健康肌肉中细胞衰老的影响及其在肩袖损伤中的意义	首次在肩袖肌肉组织中识别出六种主要细胞群，并发现老年FAPs中衰老标志物和纤维化炎症相关基因表达增加	样本来源仅限于手术患者，可能无法完全代表一般人群	探究年龄对肩袖损伤中细胞衰老的影响机制	年轻和老年患者的肩袖肌肉组织样本	生物医学	肩袖损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	年轻和老年患者的肩袖肌肉组织样本（具体数量未提及）
1362	2025-05-31	Multi-omics analysis identified and confirmed TNF-α as a key initiator of the inflammatory response following spinal cord injury 2025-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143866 PMID:40319972	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了锌离子如何通过调节TNF-α信号通路减轻脊髓损伤后的免疫炎症反应	首次整合转录组学、代谢组学和单细胞RNA测序技术，阐明锌离子通过抑制TNF-α信号通路调控脊髓损伤后的免疫炎症反应	锌离子调控TNF-α信号通路的具体分子机制仍需进一步研究	探究锌离子在脊髓损伤后免疫炎症反应中的调控机制	脊髓损伤后的免疫炎症反应及锌离子的调控作用	生物医学	脊髓损伤	多组学分析（转录组学、代谢组学、单细胞RNA测序）	NA	组学数据	人类和小鼠的免疫细胞图谱
1363	2025-05-31	Lipopolysaccharide alters cell communication at the maternal-fetal interface revealed by single-cell RNA-sequencing 2025-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143939 PMID:40328399	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了脂多糖（LPS）诱导的炎症对母胎界面细胞组成、细胞间相互作用及关键信号通路的影响	首次利用单细胞RNA测序技术揭示LPS如何改变母胎界面的细胞通讯及信号通路	研究仅关注了LPS诱导的炎症效应，未涉及其他类型感染或炎症的影响	探究LPS诱导的炎症对母胎界面细胞通讯的影响	母胎界面细胞（包括子宫内膜上皮细胞、基质细胞、成纤维细胞等）	生殖医学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及多种细胞类型（包括15种其他细胞类型）
1364	2025-05-31	Immunopipe: a comprehensive and flexible scRNA-seq and scTCR-seq data analysis pipeline 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf063 PMID:40391086	研究论文	介绍了一个名为immunopipe的综合灵活的单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞TCR测序(scTCR-seq)数据分析流程	提供了命令行工具和用户友好的网页界面，便于无编程经验的研究者使用，支持scRNA-seq和scTCR-seq数据的整合分析	未提及具体的数据处理速度或计算资源需求，也未说明是否支持其他类型的单细胞测序数据	增强对T细胞介导的免疫的理解，促进免疫治疗的发展	单细胞RNA测序和单细胞TCR测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scTCR-seq	NA	单细胞测序数据	NA
1365	2025-05-31	Immune signatures of megakaryocytes in persistent inflammation-immunosuppression and catabolism syndrome 2025-May-30, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2025087 PMID:40443348	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了持续性炎症-免疫抑制和分解代谢综合征（PICS）患者中巨核细胞的免疫特征及其在免疫调节中的作用	首次揭示了PICS中巨核细胞的分子特征及其与免疫细胞的动态相互作用，并发现巨核细胞通过调节促炎细胞因子水平参与系统炎症调控和组织修复	样本量较小（11例患者），且需要进一步验证巨核细胞作为治疗靶点的潜力	探究巨核细胞在PICS中的免疫学作用及其分子机制	巨核细胞在PICS患者外周血单个核细胞中的特征	免疫学	脓毒症后综合征	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	11例患者（6例PICS，5例脓毒症）和5例健康对照
1366	2025-05-31	cDC1s Promote Atherosclerosis via Local Immunity and Are Targetable for Therapy 2025-May-30, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325792 PMID:40444360	research paper	该研究揭示了传统1型树突状细胞（cDC1s）通过促进局部免疫反应在动脉粥样硬化中的作用，并提出了一种靶向cDC1s的免疫治疗方法	首次明确了cDC1s在动脉粥样硬化中的促炎作用机制，并开发了靶向cDC1s的纳米颗粒免疫治疗策略	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化效果尚需验证	阐明cDC1s在动脉粥样硬化发病机制中的作用并开发靶向治疗策略	Ldlr-/-小鼠模型中的cDC1s和T细胞亚群	免疫学	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、纳米颗粒靶向递送技术	小鼠动脉粥样硬化模型（Ldlr-/-）	基因表达数据、流式细胞数据	多种基因修饰小鼠模型（Xcr1Cre-DTA、Irf8Δ32等）
1367	2025-05-31	Glioblastoma shift from bulk to infiltrative growth is guided by plexin-B2-mediated microglia alignment in invasive niches 2025-May-29, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00985-4 PMID:40442367	研究论文	该研究通过免疫活性小鼠模型，揭示了胶质母细胞瘤（GBM）从块状生长向浸润性生长转变的机制，发现小胶质细胞在肿瘤浸润前沿的动员和功能转变对GBM集体迁移的引导作用	首次揭示了plexin-B2在小胶质细胞中对GBM细胞碰撞解决、排列及细胞外基质重构中的关键作用，并验证了人类GBM中肿瘤细胞和TAMs的侵袭模式和特定基因特征	研究主要基于小鼠模型，人类GBM中的验证仍需进一步扩大样本量	探究GBM从块状生长向浸润性生长转变的机制及小胶质细胞在其中的作用	胶质母细胞瘤（GBM）及肿瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞（TAMs）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	免疫活性小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型及人类GBM样本（具体数量未明确说明）
1368	2025-05-31	Macrophage activation determines muscle wasting in pancreatic cancer 2025-May-29, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03434-9 PMID:40442475	研究论文	本研究探讨了胰腺癌中巨噬细胞激活对肌肉消耗的影响	通过单细胞RNA测序分析，确定了CHI3L1和CHI3L3在巨噬细胞中的表达，揭示了它们在早期肌肉消耗中的作用，并提出了针对CHI3L1的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明胰腺癌相关恶病质中肌肉消耗的分子机制	胰腺癌小鼠模型和C2C12肌母细胞	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	KPC GEMM小鼠模型	基因表达数据	PBMC 29,615个细胞和MDST 23,151个细胞
1369	2025-05-28	Author Correction: Left atrial single-cell transcriptomics reveals amphiregulin as a surrogate marker for atrial fibrillation 2025-May-26, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08195-5 PMID:40419725	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1370	2025-05-31	Fibroblast reprogramming in the dura mater of NTG-induced migraine-related chronic hypersensitivity model drives monocyte infiltration via Angptl1-dependent stromal signaling 2025-May-26, The journal of headache and pain IF:7.3Q1 DOI:10.1186/s10194-025-02058-4 PMID:40419944	research paper	该研究揭示了NTG通过重编程脑膜成纤维细胞，扩增促炎性成纤维细胞亚型，通过TNF-α/NF-κB信号和Angptl1介导的单核细胞串扰驱动偏头痛相关慢性超敏反应	发现了NTG诱导的脑膜成纤维细胞重编程及其通过Angptl1介导的基质-免疫串扰驱动单核细胞浸润的新机制，并确定了Mafk-Angptl1轴作为潜在治疗靶点	需要进一步的人类验证	探究偏头痛慢性超敏反应的机制	NTG诱导的偏头痛相关慢性超敏反应模型	神经科学	偏头痛	scRNA-seq, GWAS, 细胞-细胞相互作用网络分析, 转录调控分析	NTG诱导的偏头痛相关慢性超敏反应模型	单细胞RNA测序数据, 基因组关联研究数据	NA
1371	2025-05-31	Revealing a novel Decorin-expressing tumor stromal subset in hepatocellular carcinoma via integrative analysis single-cell RNA sequencing 2025-May-26, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03811-0 PMID:40420150	研究论文	通过整合分析单细胞RNA测序数据，揭示了肝细胞癌中一种新型表达Decorin的肿瘤基质亚群	发现了一种独特的肿瘤基质亚群，该亚群高表达Decorin（DCN）及相关的硫酸软骨素（CS）合成酶，并揭示了其在肝细胞癌微环境中的保护性作用	研究主要基于RNA测序数据，需要进一步的实验验证Decorin在肿瘤微环境中的具体作用机制	探索Decorin在肝细胞癌及其肿瘤微环境中的角色和潜在治疗价值	肝细胞癌（HCC）组织及肿瘤微环境中的基质细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，Western blot分析	NA	RNA测序数据，蛋白质表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及肝细胞癌组织及周边基质组织的分析
1372	2025-05-31	Targeting of the IL-33/Wnt axis restricts breast cancer stemness and metastasis 2025-May-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03260-9 PMID:40414980	研究论文	本文研究了IL-33/Wnt轴在乳腺癌干性和转移中的作用，并提出了AAV介导的ST2沉默作为一种新的治疗策略	揭示了IL-33通过Wnt/β-catenin信号通路促进乳腺癌干性的新机制，并首次提出AAV介导的ST2沉默作为治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在临床患者中进行验证	探究IL-33/ST2轴在乳腺癌干性和转移中的作用机制	乳腺癌细胞(4T1和MDA-MB-231)和小鼠模型(orthotopic 4T1和spontaneous MMTV-PyMT)	肿瘤生物学	乳腺癌	CRISPR/Cas9，单细胞RNA测序，AAV基因沉默	小鼠肿瘤模型	基因表达数据，单细胞RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，使用了两种乳腺癌细胞系和两种小鼠模型
1373	2025-05-31	The antioxidant stress effect of granulin precursor in vitiligo 2025-May-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03486-7 PMID:40415096	research paper	该研究探讨了颗粒体前体在白癜风中的抗氧化应激作用及其通过颗粒体-sortilin 1配体-受体调节皮肤微环境稳态的机制	首次发现颗粒体-sortilin 1配体-受体在黑色素细胞与其他皮肤细胞间通讯中的关键作用，并揭示其在白癜风病变中的下调及其与氧化应激调控的关联	研究主要基于体外实验，尚未在体内模型中验证颗粒体-sortilin 1配体-受体的保护作用	探究白癜风中黑色素细胞丢失的分子机制及颗粒体前体的抗氧化应激作用	黑色素细胞及颗粒体-sortilin 1配体-受体	分子生物学	白癜风	单细胞测序、微阵列数据分析、体外实验	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	NA
1374	2025-05-31	Targeting PIK3CB/YAP1 improves the sensitivity of paclitaxel by suppressing aging in head and neck squamous tumor cells 2025-May-24, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03818-7 PMID:40413541	研究论文	本研究探讨了PIK3CB/YAP1在头颈部鳞状肿瘤细胞中对紫杉醇敏感性的影响及其与细胞衰老的关系	揭示了PIK3CB通过YAP1通路促进细胞增殖并减少衰老的机制，并提出了navitoclax与紫杉醇联合应用的新策略	研究主要基于体外实验和公共数据集分析，缺乏大规模临床验证	提高头颈部鳞状细胞癌对化疗药物的敏感性	头颈部鳞状肿瘤细胞	肿瘤学	头颈部鳞状细胞癌	免疫组化、细胞增殖实验、转录组学和蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据、单细胞数据	公共数据集（GEO、TCGA、HPA）及实验细胞样本
1375	2025-05-31	HL-BscPF: Hybrid learning facilitates brain cell auto-identification in multiple pathologies 2025-May-23, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123751 PMID:40414555	研究论文	介绍了一种名为HL-BscPF的混合学习框架，用于自动识别脑细胞类型并揭示疾病相关通路	HL-BscPF整合了ItClust和TOSICA模型，结合了基于自动编码器的降维和transformer架构，提高了预测准确性	NA	开发一种能够自动分类脑细胞类型并揭示疾病相关通路的框架	脑单细胞转录组数据	数字病理学	阿尔茨海默病、术后认知功能障碍、中风	scRNA-seq	ItClust、TOSICA、autoencoder、transformer	单细胞转录组数据	四个脑特异性单细胞数据集
1376	2025-05-31	Identification of key genes and diagnostic biomarkers for peripheral atherosclerosis: A multi-omics approach 2025-May-23, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042437 PMID:40419934	research paper	本研究通过多组学方法识别外周动脉粥样硬化的关键基因和诊断生物标志物	整合基因表达、单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，发现6个新的PAS相关基因并建立高精度的诊断模型	研究主要基于公开数据集，需要进一步实验验证	识别外周动脉粥样硬化的分子生物标志物并阐明其进展机制	外周动脉粥样硬化患者	生物信息学	心血管疾病	基因表达分析、单细胞RNA测序、孟德尔随机化	诊断列线图	基因表达数据	2个GEO数据集(GSE28829, GSE100927)
1377	2025-05-31	PerturbSeq.db: An Integrated Repository for Comprehensive Analysis of Single-cell Perturbation Data 2025-May-15, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169209 PMID:40381983	research paper	介绍了一个名为PerturbSeq.db的综合数据库，用于整合和分析单细胞扰动数据	提供了一个统一处理和整合多种来源单细胞扰动数据的数据库，并配有交互式用户界面	未提及具体的技术或分析方法的局限性	解决单细胞扰动研究中的数据可访问性和整合问题	单细胞扰动数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	189个数据集，来自77项研究，包括165个scRNA-seq和24个scATAC-seq数据集，涵盖约50种不同的细胞系或组织
1378	2025-05-31	AI-Driven Analysis Unveils Functional Dynamics of Müller Cells in Retinal Autoimmune Inflammation 2025-May-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.28.640907 PMID:40093069	研究论文	利用AI驱动的单细胞RNA-seq分析揭示视网膜自身免疫炎症中Müller细胞的功能动态	首次在Aire-/-小鼠模型中识别出9个Müller细胞亚群和5个T细胞亚群，并发现激活的Müller细胞表现出巨噬细胞样表型	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究视网膜自身免疫炎症中Müller细胞的功能特性	Aire-/-小鼠视网膜中的Müller细胞和T细胞	数字病理学	视网膜自身免疫炎症	scRNA-seq, AI分析流程SCassist	NA	单细胞转录组数据	Aire-/-小鼠视网膜scRNA-seq数据集
1379	2025-05-31	Identification of Prognostic Biomarkers of Ovarian High-Grade Serous Carcinoma: A Preliminary Study Using Spatial Transcriptome Analysis and Multispectral Imaging 2025-05-08, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14100681 PMID:40422184	研究论文	本研究利用空间转录组分析和多光谱成像技术，识别与高级别浆液性卵巢癌（HGSC）疾病进展相关的生物标志物	首次结合空间转录组学（GeoMx平台）和多光谱免疫细胞免疫荧光技术，全面分析HGSC的肿瘤微环境，发现与无复发相关的空间生物标志物	初步研究，样本量可能有限，需要更大规模的验证	识别可用于预测HGSC复发的生物标志物	高级别浆液性卵巢癌（HGSC）患者	数字病理学	卵巢癌	空间转录组学（GeoMx平台）、多光谱免疫细胞免疫荧光（IF）	NA	空间转录组数据、多光谱图像数据	未明确提及具体样本数量
1380	2025-05-31	m2ST: dual multi-scale graph clustering for spatially resolved transcriptomics 2025-May-06, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf221 PMID:40272889	research paper	提出了一种名为m2ST的双重多尺度图聚类方法，用于空间转录组数据的空间聚类分析	引入了多尺度掩码图自编码器提取不同尺度的表示，并采用随机掩码机制和缩放余弦误差作为损失函数，同时设计了专门的多尺度聚类框架整合尺度共性和特性信息	NA	提高空间转录组数据空间聚类的准确性和鲁棒性	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组测序	图神经网络(GNN), 自编码器	空间转录组数据	多个空间转录组数据集(具体数量未提及)