单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 39637 篇文献，本页显示第 1361 - 1380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1361 | 2026-05-08 |
Deciphering cellular heterogeneity in Spodoptera frugiperda midgut cell line through single cell RNA sequencing
2024-09, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110898
PMID:39047877
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示草地贪夜蛾中肠细胞系的细胞异质性 | 首次在非模式生物中肠细胞系中应用单细胞RNA测序技术，发现并分类了十种独特的细胞群，包括干细胞、成肠细胞、肠细胞和肠内分泌细胞，并鉴定其特异性标记基因 | 未明确提及，可能包括细胞系与体内环境的差异、样本量有限以及缺乏功能验证等 | 探讨草地贪夜蛾中肠细胞系的细胞异质性，并研究呼吸和中肠膜杀虫剂靶标基因的表达 | 草地贪夜蛾中肠细胞系SfMG-0617细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 18,794个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 1362 | 2026-05-08 |
Genetic structure analysis of yak breeds and their response to adaptive evolution
2024-09, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110933
PMID:39218165
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研究论文 | 通过全基因组重测序和单细胞RNA测序，研究牦牛品种的遗传结构及其对高海拔环境的适应性进化 | 首次结合全基因组重测序和单细胞RNA测序方法，系统分析牦牛肺和皮肤组织的转录图谱，揭示高海拔适应相关基因在不同细胞类型中的表达特征 | 未对牦牛的其他组织进行系统细胞分析，样本量可能有限 | 研究牦牛品种的遗传结构、遗传多样性及其对高海拔环境的适应性分子机制 | 不同牦牛品种（如TZ_牦牛、PL_牦牛、SB_牦牛等）及其肺组织和皮肤组织 | 机器学习和基因组学 | 高海拔适应 | 全基因组重测序（WGRS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组测序数据、单细胞转录组数据 | 八个牦牛群体 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1363 | 2026-05-08 |
Characterizing dysregulations via cell-cell communications in Alzheimer's brains using single-cell transcriptomes
2024-05-13, BMC neuroscience
IF:2.4Q3
DOI:10.1186/s12868-024-00867-y
PMID:38741048
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研究论文 | 利用单细胞转录组数据表征阿尔茨海默病大脑中细胞间通讯的失调 | 通过大规模单核RNA测序数据构建高置信度细胞间通讯网络，揭示了阿尔茨海默病中细胞类型特异性信号通路失调，并连接了细胞外风险基因与细胞内风险基因的关联 | NA | 研究阿尔茨海默病大脑中细胞间通讯的失调及其机制 | 人类前额叶皮层中的细胞类型（包括兴奋性神经元、抑制性神经元、小胶质细胞、星形胶质细胞等） | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 大规模公开数据，具体样本量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1364 | 2026-05-08 |
Integrative analysis of COL6A3 in lupus nephritis: insights from single-cell transcriptomics and proteomics
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1309447
PMID:38855105
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研究论文 | 结合单细胞转录组学和蛋白质组学分析，发现COL6A3是狼疮性肾炎的关键生物标志物和治疗靶点 | 首次通过整合单细胞转录组和蛋白质组数据揭示COL6A3在狼疮性肾炎发病机制中的核心作用，并验证其在系膜细胞中的特异性表达 | 样本量有限（单细胞数据21例LN和3例对照，蛋白质组数据9例LN和11例对照），且未提及外部验证队列的多样性和长期随访结果 | 识别狼疮性肾炎的新型生物标志物和治疗靶点 | 狼疮性肾炎患者和健康对照的肾脏单细胞及血液蛋白质样本 | 数字病理学 | 狼疮性肾炎 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 免疫组化, qPCR | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | 单细胞数据：21例LN患者和3例健康对照；蛋白质组数据：9例LN患者和11例无LN的SLE患者 | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 1365 | 2026-05-08 |
Single-cell RNA-seq reveals MIF-(CD74 + CXCR4) dependent inhibition of macrophages in metastatic papillary thyroid carcinoma
2024-01, Oral oncology
IF:4.0Q2
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示MIF-(CD74+CXCR4)通路在转移性甲状腺乳头状癌中抑制巨噬细胞的作用 | 首次在单细胞分辨率下揭示甲状腺乳头状癌通过MIF信号通路抑制巨噬细胞活性从而促进淋巴结转移的机制 | 样本量较小（仅1例用于scRNA-seq，61例用于验证），需要更大样本和功能实验进一步验证 | 探究甲状腺乳头状癌转移的潜在分子机制 | 甲状腺乳头状癌患者肿瘤组织、癌旁正常甲状腺组织和淋巴结转移灶 | 单细胞转录组学 | 甲状腺乳头状癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1例用于单细胞RNA测序（28,839个细胞），61例（31例有转移，30例无转移）用于验证 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1366 | 2026-05-08 |
Revealing molecular and cellular heterogeneity in hypopharyngeal carcinogenesis through single-cell RNA and TCR/BCR sequencing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1310376
PMID:38720887
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研究论文 | 通过单细胞RNA和TCR/BCR测序揭示下咽癌发生过程中的分子和细胞异质性 | 首次构建了下咽癌发生过程中不同疾病阶段组织微环境内细胞的动态转录组图谱，并鉴定了与癌变密切相关的特定细胞亚群及关键分子MAGEA3和MMP3 | 样本量有限，仅涉及9个组织样本，可能无法完全代表下咽癌发生过程中的全部细胞异质性 | 探究下咽癌发生过程中组织微环境内不同细胞簇的变化及其对癌症发展的影响 | 下咽鳞状细胞癌（HSCC）及其癌前病变组织中的肿瘤细胞、免疫细胞和基质细胞 | 数字病理学 | 下咽癌 | 单细胞RNA测序，TCR/BCR测序 | NA | 单细胞转录组数据，免疫组库数据 | 9个组织样本，共60,854个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞TCR/BCR测序 | NA | NA |
| 1367 | 2026-05-08 |
Identification of a distinct cluster of GDF15high macrophages induced by in vitro differentiation exhibiting anti-inflammatory activities
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1309739
PMID:38655264
|
研究论文 | 通过体外分化鉴定具有抗炎活性的GDF15高表达巨噬细胞独特亚群 | 首次通过体外分化鉴定出GDF15high巨噬细胞独特亚群，并揭示其非典型M1/M2表型及抗炎功能 | 体内GDF15high巨噬细胞的抗炎功能尚未确定，体外诱导方案可能决定性影响抗炎表型 | 阐明GDF15高表达巨噬细胞的特性及其抗炎功能 | 人体外周血单核细胞、大鼠骨髓单核细胞来源的巨噬细胞，以及人体和大鼠组织中的巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术 | NA | scRNA-seq数据 | 来自人类外周血单核细胞和大鼠骨髓单核细胞的体外分化巨噬细胞（包含少量约1%的GDF15high细胞），以及大鼠肺巨噬细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 1368 | 2026-05-08 |
Corrigendum: Integrative analysis of COL6A3 in lupus nephritis: insights from single-cell transcriptomics and proteomics
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1508292
PMID:39497818
|
更正 | 对一篇关于COL6A3在狼疮性肾炎中作用的研究进行更正，该研究基于单细胞转录组学和蛋白质组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1369 | 2026-05-08 |
Comprehensive analysis of skin growth-related hub genes and microenvironment characterization in a mouse expanded skin model
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1306353
PMID:39703504
|
研究论文 | 通过综合分析小鼠皮肤扩张模型中的测序数据，鉴定了与皮肤生长相关的关键枢纽基因和微环境特征 | 首次整合芯片测序和单细胞测序数据，识别出五个预测皮肤再生准确度最高的枢纽基因，并揭示了肥大细胞浸润在扩张皮肤中的潜在免疫作用 | 需进一步研究肥大细胞活化和浸润对扩张皮肤免疫反应的具体机制 | 阐明机械拉伸介导的组织扩张中皮肤再生的细胞和分子机制 | 小鼠皮肤扩张模型中的基因表达数据和细胞亚群 | 机器学习 | NA | 芯片测序, 单细胞测序 | 随机森林, 蛋白质互作网络 | 基因表达数据, 单细胞数据 | 来自基因表达综合数据库的小鼠芯片测序数据和单细胞测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 1370 | 2026-05-08 |
Transcriptomes and metabolism define mouse and human MAIT cell populations
2023-11-10, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abn8531
PMID:37948512
|
研究论文 | 使用单细胞RNA测序和代谢分析，定义了小鼠和人类MAIT细胞在不同器官中的群体特征及发育途径 | 首次揭示了小鼠MAIT17和MAIT1亚群不仅在转录组上差异显著，其代谢状态也截然不同，并比较了人类与小鼠MAIT细胞的组织特异性转录组和代谢特性 | 结果主要基于动物模型和人体样本，环境因素（如宠物店小鼠）的影响需进一步验证，且人类MAIT细胞的代谢特征与小鼠存在差异，机制尚未完全阐明 | 阐明MAIT细胞在不同器官中的群体组成、发育途径以及跨物种的转录组和代谢差异 | 小鼠和人类的MAIT细胞群体，包括胸腺、肺、血液等器官的细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠多个器官（胸腺、肺等）及人类肺和血液样本中的MAIT细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1371 | 2026-05-08 |
Clinical characterization of EFHD2 (swiprosin-1) in Glioma-associated macrophages and its role in regulation of immunosuppression
2023-09, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2023.110702
PMID:37673235
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研究论文 | 本研究探讨了EFHD2（swiprosin-1）在胶质瘤相关巨噬细胞中的临床特征及其在免疫抑制调控中的作用 | 首次利用多民族社区的大规模临床数据研究EFHD2在胶质瘤中的作用，并通过单细胞测序和敲除小鼠模型验证其免疫调节功能 | 未提及具体局限性，但样本来源主要为数据库回顾性分析，且实验验证仅限于小鼠模型，缺乏临床样本直接验证 | 阐明EFHD2在胶质瘤相关巨噬细胞中的表达特征及其对肿瘤微环境免疫抑制的调控机制 | 来自CGGA和TCGA数据库的胶质瘤患者样本，以及小鼠胶质瘤细胞系和巨噬细胞 | 机器学习 | 胶质瘤 | RNA-seq, 单细胞测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 313或657例CGGA胶质瘤患者和603例TCGA胶质瘤患者 | Illumina, 10x Genomics | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq, 10x Chromium | CGGA数据库和GSE131928数据集中的单细胞测序数据 |
| 1372 | 2026-05-08 |
Innate-like functions of natural killer T cell subsets result from highly divergent gene programs
2016-06, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/ni.3437
PMID:27089380
|
研究论文 | 通过转录组和表观基因组分析及单细胞RNA测序，揭示自然杀伤T细胞亚群具有高度差异的基因程序，从而产生类似先天性的功能 | 首次对胸腺NKT细胞亚群进行全面的转录组和表观基因组分析以及单细胞RNA测序，揭示其基因表达和表观遗传的高度差异性，表明胸腺对这些先天样细胞亚群进行了不同的基因程序印记 | 未提及具体的局限性 | 阐明自然杀伤T细胞亚群的功能多样性背后的分子机制 | 纯化的胸腺NKT细胞亚群 | 单细胞组学 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 表观基因组分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 表观基因组数据 | 未提及具体样本量 | NA | 单细胞RNA-seq, 表观基因组测序 | NA | NA |
| 1373 | 2025-02-15 |
A single approach, multiple insights: Harnessing spatial transcriptomics and proteomics to identify novel therapeutic targets of alcohol-associated hepatitis
2025-Apr, Alcohol, clinical & experimental research
DOI:10.1111/acer.70007
PMID:39948688
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1374 | 2026-05-07 |
Somatic mutations distinguish melanocyte subpopulations in human skin
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.07.637114
PMID:39975212
|
研究论文 | 通过对人类皮肤中单个黑素细胞的全基因组测序和表型分析，揭示了低突变负担的黑素细胞亚群存在于日光损伤皮肤中，并发现这些细胞具有干细胞样特性和独特的空间分布 | 首次结合单细胞突变景观和空间转录组学（10X Xenium）揭示黑素细胞亚群在皮肤中的异质性和动态再生机制，提出毛囊是黑素细胞的保护性生态位 | 样本量相对有限（297个细胞来自31位供体），且未对不同光损伤程度的皮肤进行纵向追踪以验证迁移假说 | 探究人类皮肤中黑素细胞稳态维持机制及亚群差异 | 人类皮肤中297个单个黑素细胞及其基因表达、突变负担和空间分布 | 数字病理学 | 皮肤癌（黑素细胞相关） | 单细胞全基因组测序、单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组图像、突变数据 | 来自31位供体的297个黑素细胞 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Xenium | 10x Xenium空间转录组学平台实现单细胞分辨率下基因表达与空间位置的整合分析 |
| 1375 | 2026-05-07 |
Metabolic Adaptations Rewire CD4 T Cells in a Subset-Specific Manner in Human Critical Illness with and without Sepsis
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.27.635146
PMID:39975258
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研究论文 | 本研究探讨了危重症（含脓毒症）患者中CD4 T细胞亚群特异性代谢重编程及其机制 | 首次揭示危重症中CD4 T细胞亚群特异性代谢可塑性——调节性T细胞获得糖酵解能力并稳定免疫抑制标志物，通过单细胞转录组学鉴定犬尿氨酸代谢为Treg糖酵解适应与抑制性重编程的关键机制 | 主要基于体外细胞实验和临床样本关联分析，未在动物模型中验证因果性；样本量及亚群功能验证的深度有限 | 阐明危重症（脓毒症）患者CD4 T细胞代谢与免疫功能异常的机制关联 | 危重症患者（含脓毒症）及健康成人的CD4 T细胞 | 机器学习的部分应用（单细胞转录组学分析） | 脓毒症、危重症相关免疫功能障碍 | 单细胞转录组测序 | 不适用（未明确提及特定机器学习模型） | 单细胞转录组数据 | 危重症患者（含脓毒症）及健康成人（具体数目未说明） | 不适用（未提及具体平台公司） | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1376 | 2026-05-07 |
Global identification of mammalian host and nested gene pairs reveal tissue-specific transcriptional interplay
2024-12-23, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279430.124
PMID:39578100
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研究论文 | 对人类和小鼠宿主/嵌套基因对进行全面鉴定，揭示组织特异性的转录相互作用 | 首次提供小鼠和人类宿主/嵌套基因对的最新目录，发现转录共表达具有组织特异性，并通过单细胞RNA-seq分析证明基因对可在单个细胞中共表达，且同时同地转录可增强宿主基因的转录多样性 | 未明确说明局限性 | 系统鉴定哺乳动物宿主/嵌套基因对，研究其组织特异性转录相互作用 | 人类和小鼠的宿主/嵌套基因对 | 自然语言处理 | 不适用 | RNA-seq, scRNA-seq | 不适用 | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | 小鼠和人类多个组织样本 | 不适用 | 单细胞RNA-seq | 不适用 | 不适用 |
| 1377 | 2026-05-07 |
Binding profiles for 961 Drosophila and C. elegans transcription factors reveal tissue-specific regulatory relationships
2024-12-23, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279037.124
PMID:39438113
|
研究论文 | 系统鉴定了果蝇和线虫中961个转录因子的结合谱，揭示了组织特异性调控关系 | 首次大规模系统鉴定两个主要模式生物中转录因子的体内结合事件，并利用机器学习模型结合ChIP-seq和单细胞RNA-seq数据识别细胞类型特异性调控因子 | 研究主要依赖ChIP-seq技术，可能遗漏部分低丰度或动态结合的转录因子结合位点；单细胞RNA-seq数据覆盖范围有限 | 构建转录因子结合位点目录以解读基因调控关系 | 果蝇和线虫中的转录因子及基因组调控空间 | 数字病理学 | NA | ChIP-seq, 单细胞RNA-seq | 机器学习模型 | 序列数据 | 果蝇中605个转录因子识别360万个结合位点，线虫中356个转录因子识别90万个结合位点 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1378 | 2026-05-07 |
Understanding isoform expression by pairing long-read sequencing with single-cell and spatial transcriptomics
2024-11-20, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279640.124
PMID:39567235
|
综述 | 本文综述了将长读长测序与单细胞和空间转录组学结合以理解RNA异构体表达的方法、挑战和机遇 | 系统总结了单细胞和空间长读长测序技术的最新进展，并讨论了它们在理解转录本异构体在发育和病理中作用的应用 | 这些技术在实施和数据解释方面存在挑战，且对RNA异构体生物学作用的理解仍然有限 | 概述单细胞和空间长读长测序技术的出现，讨论其挑战和限制，并强调其在理解异构体表达中的潜力 | RNA异构体表达及其在发育和病理中的角色 | 自然语言处理 | NA | 长读长测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1379 | 2026-05-07 |
Characterizing Fibroblast Heterogeneity in Diabetic Wounds Through Single-Cell RNA-Sequencing
2024-Nov-07, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines12112538
PMID:39595104
|
综述 | 通过单细胞RNA测序技术表征糖尿病创面中成纤维细胞的异质性 | 本文系统总结单细胞测序技术革新如何改变成纤维细胞分析策略，并聚焦于表征不同成纤维细胞亚群及其谱系 | 未提及具体局限性 | 探讨单细胞RNA测序在糖尿病创面愈合研究中的应用，特别是成纤维细胞异质性的表征 | 糖尿病创面中的成纤维细胞 | 自然语言处理 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1380 | 2026-05-07 |
Theoretical framework for the difference of two negative binomial distributions and its application in comparative analysis of sequencing data
2024-10-29, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278843.123
PMID:39406498
|
研究论文 | 提出了两个负二项分布之差的（DOTNB）理论框架，并应用于高通量测序数据的比较分析，开发了用于单细胞RNA-seq数据差异表达基因检测的方法DEGage | 首次推导了DOTNB的基本解析结果并考察其渐近性质，基于此开发的DEGage方法在检测差异表达基因时优于五种现有工具 | 未明确指出本文方法的局限性 | 建立DOTNB的理论基础并将其应用于高通量测序数据的比较分析，特别是单细胞RNA-seq数据的差异表达基因检测 | 仿真和真实单细胞RNA-seq数据集，包括前列腺癌数据和含恐惧记忆的小鼠神经元数据 | 计算生物学、生物信息学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | 负二项分布 | 单细胞RNA测序数据 | 包含多个数据集：前列腺癌数据集识别了17种细胞类型的标记基因；小鼠神经元数据揭示了8个潜在记忆相关基因 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |