单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1361	2025-05-09	Hepatic stellate cell heterogeneity: Functional aspects and therapeutic implications 2025-May-08, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001386 PMID:40338161	review	本文综述了肝星状细胞（HSCs）在健康和疾病肝脏中的异质性及其在纤维化、肝分区、功能、再生和癌症中的作用	整合单细胞测序、空间转录组学、临床前和临床数据，更新了对HSC异质性在肝脏稳态和疾病中作用的理解	NA	探讨HSC异质性在肝脏稳态和疾病中的作用及其治疗潜力	肝星状细胞（HSCs）及其与肝细胞、内皮细胞、巨噬细胞/单核细胞、T细胞和肿瘤细胞的相互作用	NA	肝病	单细胞测序、空间转录组学	NA	临床前数据、临床数据	NA
1362	2025-05-09	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Immune Landscape of Granulomatous Mastitis 2025-May-08, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-025-02310-8 PMID:40338490	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示肉芽肿性乳腺炎的免疫图谱	首次使用单细胞RNA测序技术对肉芽肿性乳腺炎病变组织与正常乳腺组织进行比较分析，揭示了免疫细胞的浸润情况、免疫紊乱现象以及多种信号通路的异常激活	研究样本量未明确说明，可能影响结果的普遍性	探究肉芽肿性乳腺炎的免疫学特征和潜在发病机制	肉芽肿性乳腺炎病变组织和正常乳腺组织	数字病理学	乳腺炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA序列数据	NA
1363	2025-05-09	Splicing regulatory dynamics for precision analysis and treatment of heterogeneous leukemias 2025-May-07, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adr1471 PMID:40333990	research paper	该研究开发了一种名为OncoSplice的无监督计算工作流程，用于全面定义肿瘤分子景观，并在成人和儿童急性髓系白血病（AML）中识别了驱动遗传学的谱系	发现了超过十种先前未报告的AML分子亚型，并发现了一种主导的剪接亚型，该亚型部分模拟了突变剪接	研究主要集中在AML，未涉及其他类型的白血病或癌症	研究剪接调控在白血病中的动态变化，以进行精确分析和治疗	成人和儿童急性髓系白血病（AML）	computational biology	leukemia	long-read single-cell RNA sequencing	unsupervised computational workflow (OncoSplice)	RNA sequencing data	成人和儿童AML队列
1364	2025-05-09	Single-cell RNA Sequencing Analysis Reveals the Regulatory Functions of Copines Family Genes in Testicular Cancer Progression 2025-May-06, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303375462250430055914 PMID:40337972	研究论文	本研究基于单细胞数据探讨了Copines家族基因在睾丸癌不同细胞亚群中的表达模式及调控功能	首次在单细胞水平上研究Copines家族基因在睾丸癌中的调控作用	NA	探究Copines家族基因在睾丸癌中的调控机制	睾丸癌细胞亚群	数字病理学	睾丸癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
1365	2025-05-09	Fate mapping in mouse demonstrates early secretory differentiation directly from Lgr5+ intestinal stem cells 2025-May-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.023 PMID:39793582	research paper	该研究通过结合定量命运映射、数学建模和单细胞RNA测序，揭示了肠道上皮细胞更新的细胞水平机制	提出了基于两个循环群体的隐窝维持模型，并验证了干细胞区室在分泌和吸收谱系命运决定中的作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类或其他动物模型中验证	探究肠道上皮细胞更新的细胞水平机制及干细胞和前体细胞的行为如何确保组织维持	小鼠肠道上皮细胞，特别是Lgr5+肠道干细胞和转运扩增(TA)细胞	细胞生物学	NA	定量命运映射、数学建模、单细胞RNA测序	数学建模	单细胞RNA测序数据	三种互补的小鼠模型
1366	2025-05-09	Single-cell RNA-seq identifies protracted mouse germline X chromosome reactivation dynamics directed by a PRC2-dependent mechanism 2025-May-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.028 PMID:39798575	研究论文	通过单细胞RNA测序和染色质分析，研究了小鼠原始生殖细胞中X染色体再激活的动态过程及其机制	首次在单细胞水平上精确评估了X染色体再激活的动力学，并揭示了PRC2依赖的机制在促进女性减数分裂中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究女性原始生殖细胞中X染色体再激活的分子机制及其与生殖细胞性别二态性的关系	小鼠胚胎中的原始生殖细胞（PGCs）和性腺生殖细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、染色质分析	NA	RNA-seq数据、染色质数据	从小鼠胚胎的E9.5到E16.5阶段的生殖细胞
1367	2025-05-09	Comparative spatial transcriptomics reveals root dryland adaptation mechanism in rice and HMGB1 as a key regulator 2025-May-05, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2025.04.001 PMID:40195115	研究论文	本研究通过比较旱稻和灌溉稻的根系发育，揭示了旱稻适应旱地的分子和发育机制，并发现HMGB1作为关键调控因子促进旱稻根系伸长和增粗，从而增强抗旱性	首次通过空间转录组图谱比较旱稻和灌溉稻的根系发育，发现HMGB1作为关键调控因子促进旱稻根系伸长和增粗	研究仅关注了旱稻和灌溉稻的根系发育，未涉及其他可能的抗旱机制	揭示旱稻适应旱地的分子和发育机制，为培育抗旱水稻提供遗传资源	旱稻和灌溉稻的根系	植物分子生物学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	旱稻和灌溉稻的根系样本
1368	2025-05-09	Oligodendroglia vulnerability in the human dorsal striatum in Parkinson's disease 2025-May-05, Acta neuropathologica IF:9.3Q1 DOI:10.1007/s00401-025-02884-5 PMID:40323467	研究论文	该研究通过单核RNA测序和基于图像的空间转录组学技术，揭示了帕金森病中人类背侧纹状体少突胶质细胞的多样性和疾病影响	首次在帕金森病中系统性地描述了少突胶质细胞的亚类及其疾病相关变化，并发现了与疾病相关的四个特定细胞群体	研究样本量相对有限，且仅关注了背侧纹状体区域	阐明帕金森病中少突胶质细胞的多样性及其在疾病中的作用	人类尾状核和壳核(背侧纹状体)中的少突胶质细胞	神经科学	帕金森病	sn-RNA-seq, 空间转录组学, 免疫组织化学分析	NA	转录组数据, 图像数据	约200,000个少突胶质细胞核
1369	2025-05-09	Integrated multiomics and Mendelian randomization identify CHIT1 as a novel sepsis biomarker and therapeutic target 2025-May-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99619-z PMID:40325173	研究论文	本研究通过整合多组学数据和孟德尔随机化方法，发现CHIT1作为脓毒症的新型生物标志物和治疗靶点	首次将CHIT1鉴定为脓毒症的新生物标志物和潜在药物靶点，揭示了其在加剧中性粒细胞过度炎症和免疫抑制中的作用	研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏前瞻性临床验证	寻找能预测脓毒症患者预后的新关键生物标志物并探索其分子机制	脓毒症患者	生物信息学	脓毒症	批量转录组测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、孟德尔随机化(MR)分析	单变量Cox回归模型	基因表达数据	多个GEO数据集(GSE65682等)和eQTLGen Consortium及IEU OpenGWAS项目数据
1370	2025-05-09	Modulation of senescent Lepr+ skeletal stem cells via suppression of leptin-induced STAT3‒FGF7 axis activation alleviates abnormal subchondral bone remodeling and osteoarthritis progression 2025-May-05, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04342-1 PMID:40325465	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和体内外实验，揭示了瘦素受体阳性骨骼干细胞（Lepr+ SSCs）在骨关节炎（OA）进展中的衰老机制及其通过STAT3-FGF7轴加剧软骨下骨异常重塑的作用	首次揭示了Lepr+ SSCs通过瘦素-Lepr信号通路激活STAT3-FGF7轴促进OA进展的新机制，为OA治疗提供了新的靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类OA患者中进行验证	探究骨骼干细胞衰老在骨关节炎进展中的作用及其分子机制	小鼠创伤后骨关节炎（PTOA）模型中的Lepr+骨骼干细胞	骨生物学	骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、microCT、病理分析	小鼠PTOA模型	基因表达数据、影像数据、组织病理数据	未明确说明具体样本数量（小鼠模型）
1371	2025-05-09	Cancer-associated fibroblasts promote EGFR-TKI resistance via the CTHRC1/glycolysis/H3K18la positive feedback loop 2025-May, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03318-y PMID:40011576	研究论文	本研究揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）通过CTHRC1/糖酵解/H3K18la正反馈环路促进EGFR-TKI耐药性的机制	发现CTHRC1+ CAFs通过TGF-β/Smad3信号通路增强癌细胞的糖酵解活性，并通过组蛋白乳酸化上调CTHRC1表达，形成正反馈环路	NA	探索肺癌中EGFR-TKI耐药性的机制及潜在治疗策略	肺癌患者及癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤生物学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	接受EGFR-TKI治疗的肺癌患者样本
1372	2025-05-09	BRAF mutation cancer, colorectal cancer, tumor associated lymph node structure and immune microenvironment study: MAPK protein kinase molecular action and SIRPG-CD47 protein signaling pathway 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142191 PMID:40101830	研究论文	本研究探讨了BRAF基因突变对结直肠癌免疫微环境重塑的影响，特别是对肿瘤相关淋巴结构成熟和功能的影响	通过单细胞RNA测序、伪时间轨迹分析和空间转录组分析，揭示了BRAF突变对T细胞亚群和B细胞亚群的影响，以及其在肿瘤免疫微环境重塑中的作用	研究样本量未明确说明，可能影响结果的普遍性	系统评估BRAF基因突变对结直肠癌免疫微环境重塑的影响	结直肠癌患者的临床样本	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、伪时间轨迹分析、空间转录组分析、免疫组织化学、多重荧光染色技术	NA	RNA测序数据、免疫组织化学数据	NA
1373	2025-05-09	Molecular landscape of atherosclerotic plaque progression: insights from proteomics, single-cell transcriptomics and genomics 2025-May-01, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-04058-2 PMID:40307879	研究论文	本研究通过蛋白质组学、单细胞转录组学和基因组学方法，深入分析了颈动脉粥样硬化斑块的分子特征，以识别潜在的生物标志物和治疗靶点	整合了数据非依赖性采集（DIA）蛋白质组学、单细胞RNA测序和孟德尔随机化（MR）技术，全面解析了斑块不同阶段的蛋白质表达谱，并验证了特定蛋白质与缺血性卒中的因果关系	样本量相对较小（87例颈动脉斑块），且主要关注颈动脉斑块，可能无法完全代表其他部位的动脉粥样硬化病变	深入了解动脉粥样硬化斑块的分子特征，识别潜在的生物标志物和治疗靶点	87例人类颈动脉粥样硬化斑块（AHA IV至VI型）	生物医学研究	心血管疾病	DIA蛋白质组学、单细胞RNA测序、孟德尔随机化（MR）	NA	蛋白质组数据、单细胞转录组数据、基因组数据	87例人类颈动脉斑块
1374	2025-05-09	p63 co-opts the skin Krt8-to-Krt5 transition for enamel organ development 2025-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.11.637463 PMID:39990386	研究论文	本研究探讨了p63在牙釉质器官(EO)发育中的作用，特别是其在调控Krt8到Krt5转变过程中的功能	揭示了p63在牙釉质器官发育中调控Krt8到Krt5转变的机制，并发现这一机制与皮肤发育中的功能相似	研究依赖于小鼠切牙的单细胞RNA测序数据，可能不适用于其他物种或牙齿类型	阐明p63在牙釉质器官发育中的具体作用机制	小鼠切牙的牙釉质器官	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 轨迹重建, 比较转录组分析, 染色质可及性分析	NA	单细胞RNA测序数据	小鼠切牙样本
1375	2025-05-09	Skin organoid transplantation promotes tissue repair with scarless in frostbite 2025-Apr-18, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1093/procel/pwae055 PMID:39363875	research paper	该研究探讨了皮肤类器官移植在促进冻伤无疤痕组织修复中的应用	首次构建了hiPSC来源的皮肤类器官结合明胶水凝胶用于冻伤治疗，并揭示了其通过调节整合素α5β1-FAK通路减少纤维化及促进生理性ECM重建的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行临床转化验证	开发冻伤后促进无疤痕愈合的新型治疗方法	冻伤小鼠模型及hiPSC来源的皮肤类器官	再生医学	冻伤	单细胞转录组测序	小鼠冻伤模型	基因表达数据	未明确说明实验动物数量
1376	2025-05-09	The transcription factor HHEX maintains glucocorticoid levels and protects adrenals from androgen-induced lipid depletion 2025-Apr-15, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6248794/v1 PMID:40321776	research paper	该研究揭示了转录因子HHEX在维持肾上腺糖皮质激素水平和保护肾上腺免受雄激素诱导的脂质耗竭中的关键作用	首次发现HHEX是雄激素受体靶基因，通过抑制雌性转录程序维持肾上腺性别二态性，并保护脂滴免受雄激素诱导的脂噬作用	研究主要基于小鼠模型，人类肾上腺中的HHEX功能需要进一步验证	探究维持肾上腺皮质细胞差异响应能力的分子机制	肾上腺皮质糖皮质激素产生细胞	分子生物学	内分泌疾病	scRNA-seq	遗传小鼠模型	转录组数据	NA
1377	2025-05-09	Loss of ATG7 in microglia impairs UPR, triggers ferroptosis, and weakens amyloid pathology control 2025-Apr-07, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20230173 PMID:39945772	research paper	研究揭示了在小胶质细胞中缺失ATG7如何影响未折叠蛋白反应(UPR)、触发铁死亡，并削弱对淀粉样病理的控制	首次发现ATG7缺失导致小胶质细胞UPR减少和氧化应激增加，进而引发铁死亡，影响Aβ斑块的控制	研究主要基于AD小鼠模型，人类中的相关性尚需进一步验证	探究ATG7在小胶质细胞中对Aβ斑块控制及细胞死亡机制的影响	AD小鼠模型中的小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病(AD)	单细胞RNA测序、生化分析、免疫荧光分析	AD小鼠模型	基因表达数据、生化数据、图像数据	AD小鼠模型中的小胶质细胞
1378	2025-05-09	Integrating single-cell sequencing and machine learning to uncover the role of mitophagy in subtyping and prognosis of esophageal cancer 2025-Apr, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02061-1 PMID:39948301	研究论文	该研究通过整合单细胞测序和机器学习技术，探讨了线粒体自噬相关基因在食管癌亚型分型和预后中的作用	首次结合单细胞测序和机器学习方法分析食管癌中线粒体自噬相关基因的预后价值，并发现两个核心基因HSPD1和MAP1LC3B	研究结果需要更多独立队列验证，分子机制研究仍需深入	探索线粒体自噬相关基因在食管癌分子分型和预后预测中的作用	食管癌患者及其相关基因表达数据	数字病理学	食管癌	RNA-seq, 单细胞测序	LASSO回归, Random Forest, XGBoost	基因表达数据	TCGA数据库中的食管癌样本及两个外部验证队列
1379	2025-05-09	The development and potent antitumor efficacy of CD44/CD133 dual-targeting IL7Rα-armored CAR-T cells against glioblastoma 2025-Apr-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217541 PMID:39952598	研究论文	开发了一种针对CD44和CD133的双靶向IL7Rα装甲CAR-T细胞，用于治疗胶质母细胞瘤	首次开发了针对CD44和CD133的双靶向CAR-T细胞，并加入了IL7Rα装甲，增强了抗肿瘤效果	研究仍处于临床前阶段，尚未进行人体试验	开发一种新型CAR-T细胞疗法，以克服胶质母细胞瘤的肿瘤异质性和免疫抑制微环境	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）、患者样本、颅内异种移植模型、患者来源的异种移植模型和胶质母细胞瘤类器官（GBOs）	免疫治疗	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术	CAR-T细胞	测序数据、细胞表型数据	患者来源的GSCs、异种移植模型和GBOs
1380	2025-05-09	X-scPAE: An explainable deep learning model for embryonic lineage allocation prediction based on single-cell transcriptomics revealing key genes in embryonic cell development 2025-Apr, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109787 PMID:39946788	research paper	介绍了一种基于单细胞转录组学的可解释深度学习模型X-scPAE，用于预测胚胎细胞谱系分配并识别关键基因	结合PCA和注意力机制的自编码器模型，利用CGA算法解释基因表达差异，显著提高了预测准确性	未提及模型在其他物种或更广泛细胞类型中的适用性	理解细胞分化过程并减少人类早期妊娠流产	人类和小鼠的单细胞转录组数据	machine learning	NA	single-cell transcriptomics	PCA-based deep learning attention autoencoder (X-scPAE)	gene expression data	NA