单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 13761 - 13780 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 13761 | 2024-08-07 |
Random Parametric Perturbations of Gene Regulatory Circuit Uncover State Transitions in Cell Cycle
2020-Jun-26, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.101150
PMID:32450514
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研究论文 | 本文使用芽殖酵母细胞周期作为模型系统，研究基因调控电路如何编码细胞状态转换的关键信息 | 提出了一种通用的随机电路扰动方法，用于包含异质调控类型的电路，并分析了从随机动力学参数的电路模型集合中得到的稳态和振荡状态 | NA | 探索基因调控电路如何编码细胞状态转换的关键信息 | 芽殖酵母细胞周期 | 生物信息学 | NA | 随机电路扰动方法 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 13762 | 2024-08-07 |
CB2 improves power of cell detection in droplet-based single-cell RNA sequencing data
2020-06-08, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02054-8
PMID:32513247
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研究论文 | 本文介绍了一种基于聚类的方法CB2，用于区分单细胞RNA测序数据中的真实细胞与背景条码 | CB2利用了数据集中存在的强细胞间相关性，相较于现有方法，能更有效地识别真实细胞 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中细胞检测的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的真实细胞与背景条码 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类方法 | RNA测序数据 | NA |
| 13763 | 2024-08-07 |
Systematic assessment of tissue dissociation and storage biases in single-cell and single-nucleus RNA-seq workflows
2020-06-02, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02048-6
PMID:32487174
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研究论文 | 本文系统比较了单细胞和单核RNA测序工作流程中组织解离和存储方法的相对偏差和优势 | 首次系统比较了不同组织解离和存储方法对单细胞和单核RNA测序结果的影响 | 研究仅限于成年小鼠肾脏组织，可能不适用于其他组织类型 | 旨在揭示不同组织解离和存储方法对单细胞和单核RNA测序结果的影响 | 成年小鼠肾脏组织的单细胞和单核RNA测序 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 成年小鼠肾脏组织 |
| 13764 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the tumor microenvironment and facilitates strategic choices to circumvent treatment failure in a chemorefractory bladder cancer patient
2020-05-27, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-020-00741-6
PMID:32460812
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了一位化疗耐药性膀胱癌患者的肿瘤微环境，并基于此分析提出了个性化治疗策略 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了化疗耐药性膀胱癌患者的肿瘤微环境和细胞类型特异性转录组变化，为个性化治疗提供了新思路 | 研究仅基于单一病例，结果的普遍性和可复制性有待进一步验证 | 探索化疗耐药性膀胱癌的肿瘤微环境，并开发个性化治疗策略 | 化疗耐药性转移性肌肉浸润性尿路上皮膀胱癌患者及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 单一病例及其对应的病人源性异种移植模型（PDX） |
| 13765 | 2024-08-07 |
Data-based RNA-seq simulations by binomial thinning
2020-May-24, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-3450-9
PMID:32448189
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研究论文 | 本文开发了一种基于真实RNA-seq数据添加信号的方法，用于生成更真实的模拟数据，以评估和比较RNA-seq分析方法 | 提出了一种基于真实数据的RNA-seq模拟方法，该方法能够生成具有真实数据特征的模拟数据，用于评估在非理想（模型违反）场景下的RNA-seq分析方法 | NA | 开发更真实的RNA-seq数据模拟技术，以评估和比较RNA-seq分析方法 | RNA-seq数据模拟方法 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 13766 | 2024-08-07 |
Single-cell Transcriptome Analysis Indicates New Potential Regulation Mechanism of ACE2 and NPs signaling among heart failure patients infected with SARS-CoV-2
2020-May-15, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2020.04.30.20081257
PMID:32511460
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了在心衰患者中，ACE2和脑钠肽（BNP）及心房钠尿肽（ANP）信号通路的新潜在调控机制。 | 首次在单细胞水平上揭示了心衰心脏中ACE2的细胞分布及其与BNP和ANP的相互作用，以及这些变化如何影响SARS-CoV-2的感染。 | 研究样本来自单一中心，可能影响结果的普遍性；未涉及长期随访数据。 | 探讨心衰患者中ACE2和BNP/ANP信号通路在SARS-CoV-2感染中的调控机制。 | 心衰患者的心脏组织，特别是心肌细胞中的ACE2表达及其与BNP和ANP的相互作用。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 91名COVID-19患者 |
| 13767 | 2024-08-07 |
Expression of ACE2, the SARS-CoV-2 receptor, and TMPRSS2 in prostate epithelial cells
2020-Apr-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.04.24.056259
PMID:32510524
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研究论文 | 本文分析了公开的正常人类前列腺单细胞RNA测序数据集，发现ACE2和TMPRSS2在前列腺上皮细胞中共表达，特别是在俱乐部细胞和山丘细胞中比例更高，并探讨了性别差异对COVID-19的影响。 | 首次探讨了ACE2和TMPRSS2在前列腺上皮细胞中的共表达情况及其与COVID-19性别差异的关系。 | 研究仅基于公开数据集，未涉及临床样本，可能影响结果的直接应用性。 | 探讨ACE2和TMPRSS2在前列腺上皮细胞中的表达及其与COVID-19性别差异的关系。 | 正常人类前列腺和肺上皮细胞中的ACE2和TMPRSS2表达。 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 使用了公开的正常人类前列腺单细胞RNA测序数据集和肺上皮细胞数据集 |
| 13768 | 2024-08-07 |
SCSA: A Cell Type Annotation Tool for Single-Cell RNA-seq Data
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.00490
PMID:32477414
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研究论文 | 介绍了一种名为SCSA的自动工具，用于从单细胞RNA测序数据中注释细胞类型 | SCSA结合了差异表达基因和细胞标记的置信水平，实现了对细胞类型的自动注释 | NA | 开发一种自动化的细胞类型注释工具，以减少人工注释的劳动强度和依赖用户专业知识的问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 评分注释模型 | RNA测序数据 | 来自不同来源的真实单细胞RNA测序数据集 |
| 13769 | 2024-08-07 |
SingleCellSignalR: inference of intercellular networks from single-cell transcriptomics
2020-06-04, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa183
PMID:32196115
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研究论文 | 本文介绍了一种新的单细胞转录组数据分析工具SingleCellSignalR，用于推断细胞间的配体-受体相互作用网络 | 引入了一个新的、经过精心整理的配体-受体数据库和一个新颖的正则化评分方法，用于评估预测的配体-受体相互作用的置信度 | NA | 开发一种新的工具，用于从单细胞转录组数据中推断细胞间的相互作用网络 | 单细胞转录组数据中的配体-受体相互作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 13770 | 2024-08-07 |
A new protocol for single-cell RNA-seq reveals stochastic gene expression during lag phase in budding yeast
2020-05-18, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.55320
PMID:32420869
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研究论文 | 本研究报告了一种基于10x Genomics液滴单细胞RNA测序技术的改进方法，用于分析酵母细胞 | 该方法通过液滴内球形化处理，实现了比现有方法高出数量级的吞吐量 | NA | 研究酵母细胞在碳源转换过程中的基因表达动态 | 酵母细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 同基因酵母群体 |
| 13771 | 2024-08-07 |
Cell atlas of aqueous humor outflow pathways in eyes of humans and four model species provides insight into glaucoma pathogenesis
2020-05-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2001250117
PMID:32341164
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研究论文 | 本文通过高吞吐量的单细胞RNA测序技术，研究了人类和四种模型物种眼中房水流出路径的细胞图谱，以深入了解青光眼的发病机制。 | 首次在人类和四种模型物种中识别出19种细胞类型，并确定了每种细胞类型的分子标记，为研究青光眼的发病机制和潜在干预措施提供了基础。 | NA | 深入了解青光眼的发病机制，并利用模型系统评估机制和潜在干预措施。 | 人类和四种模型物种（食蟹猴、恒河猴、猪和鼠）眼中的房水流出路径的细胞类型。 | 数字病理学 | 青光眼 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 单细胞转录组 | 约24,000个单细胞 |
| 13772 | 2024-08-07 |
Sparsity-Penalized Stacked Denoising Autoencoders for Imputing Single-Cell RNA-Seq Data
2020-05-11, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes11050532
PMID:32403260
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研究论文 | 本文提出了一种基于稀疏惩罚堆叠去噪自动编码器（scSDAEs）的方法，用于填补单细胞RNA测序数据中的假零值 | scSDAEs采用堆叠去噪自动编码器与稀疏惩罚，以及逐层预训练过程来提高模型拟合，能够捕捉数据间的非线性关系并整合已观测到的零值信息 | NA | 开发一种深度学习方法，用于填补受技术零值影响的单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据中的假零值 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 堆叠去噪自动编码器 | 基因表达数据 | 涉及不同稀释度、受技术零值影响的RNA混合数据集以及CITE-seq数据 |
| 13773 | 2024-08-07 |
Ancestry and frequency of genetic variants in the general population are confounders in the characterization of germline variants linked to cancer
2020-05-06, BMC medical genetics
DOI:10.1186/s12881-020-01033-x
PMID:32375678
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研究论文 | 本研究通过全基因组测序数据分析，识别与儿童高级别胶质瘤相关的复发性生殖系变异，并探讨其在一般人群中的频率及对肿瘤发生的影响。 | 本研究首次发现NEGR1和BTNL3-8基因的删除变异在儿童高级别胶质瘤患者中高度复发，并揭示这些变异在一般人群中的高频率存在，强调了在癌症基因组分析中考虑一般人群基因组数据的重要性。 | 研究样本量相对较小，且未详细探讨不同种族间变异频率差异的具体机制。 | 旨在识别与儿童高级别胶质瘤相关的生殖系变异，并探讨其在肿瘤发生中的作用及在一般人群中的频率。 | 儿童高级别胶质瘤患者及其生殖系和肿瘤组织。 | 数字病理学 | 脑癌 | 全基因组测序（WGS），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组数据 | 发现队列8例，验证队列73例 |
| 13774 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA-seq with spike-in cells enables accurate quantification of cell-specific drug effects in pancreatic islets
2020-05-06, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02006-2
PMID:32375897
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研究论文 | 本文介绍了一种使用标准化参考细胞作为插入控制的新方法，以准确和稳健地解析单细胞药物反应 | 提出了一种新的生物信息学算法，有效去除细胞自由RNA污染带来的偏差，并使用插入参考细胞进行单细胞RNA测序数据的标准化 | NA | 研究单细胞RNA测序技术在解析复杂组织中细胞特异性药物效应的应用 | 人类和小鼠的胰腺胰岛细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 人类和小鼠的胰腺胰岛细胞样本 |
| 13775 | 2024-08-07 |
scRCMF: Identification of Cell Subpopulations and Transition States From Single-Cell Transcriptomes
2020-05, IEEE transactions on bio-medical engineering
DOI:10.1109/TBME.2019.2937228
PMID:31449003
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scRCMF的无监督方法，用于从单细胞转录组数据中识别细胞亚群和过渡状态 | scRCMF通过采用非线性优化模型和随机系数矩阵的正则化方法，提高了潜在子结构的估计可靠性和稳定性，并提出了两种新的测量方法：单细胞过渡熵（scEntropy）和过渡概率（scTP） | NA | 阐明细胞命运动态中的过渡机制 | 单细胞转录组数据中的细胞亚群、稳定细胞状态和过渡细胞 | 单细胞技术 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 非负矩阵分解模型 | 基因-细胞矩阵 | 两个模拟数据集和三个已发表的scRNA-seq数据集 |
| 13776 | 2024-08-07 |
Closing the gap: a roadmap to single-cell regulatory genomics
2020-05, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20209497
PMID:32430985
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研究论文 | 本文介绍了一种新的策略，用于在果蝇的眼触角盘中空间映射和整合单细胞转录组和表观基因组数据，并推断每个细胞中精确的增强子到基因活性关系 | 该研究开创了转录调控领域的新时代，能够从构成组织的数千个细胞中提取驱动其身份的关键特征 | NA | 研究单细胞水平上基因调控网络的时空控制，以理解驱动细胞身份的机制 | 果蝇的眼触角盘中的单细胞转录组和表观基因组 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组和表观基因组分析 | NA | 单细胞数据 | 数千个细胞 |
| 13777 | 2024-08-07 |
Identification of genomic enhancers through spatial integration of single-cell transcriptomics and epigenomics
2020-05, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20209438
PMID:32431014
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研究论文 | 本文通过空间整合单细胞转录组学和表观基因组学数据，生成了果蝇眼触角盘的独立单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序图谱，并利用ScoMAP方法在虚拟潜在空间中整合数据，以模拟2D组织的结构，从而识别基因组增强子。 | 本文创新性地利用ScoMAP方法将单细胞转录组学和表观基因组学数据空间整合，以模拟2D组织的结构，并验证了空间预测的增强子，揭示了增强子与基因的关系及其在细胞类型特异性效应中的作用。 | NA | 研究目的是通过空间整合单细胞转录组学和表观基因组学数据，识别和验证基因组增强子。 | 研究对象是果蝇眼触角盘的基因组增强子。 | 表观基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（single-cell RNA-seq）和单细胞ATAC测序（single-cell ATAC-seq） | NA | 转录组数据和表观基因组数据 | 果蝇眼触角盘的多个细胞样本 |
| 13778 | 2024-08-07 |
Cell Atlas technologies and insights into tissue architecture
2020-04-30, The Biochemical journal
DOI:10.1042/BCJ20190341
PMID:32339226
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review | 本文综述了细胞图谱技术及其对组织结构理解的贡献 | 介绍了单细胞分子分析技术，特别是单细胞RNA测序和空间分辨方法在细胞图谱构建中的应用 | 对细胞类型和状态在分子水平上的理解仍有限 | 旨在通过细胞图谱项目如人类细胞图谱，全面识别细胞类型及其在分子水平上的功能和位置 | 细胞类型及其在组织结构中的功能 | digital pathology | NA | single-cell RNA sequencing | NA | molecular data | NA |
| 13779 | 2024-08-07 |
Inferring spatial and signaling relationships between cells from single cell transcriptomic data
2020-04-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15968-5
PMID:32350282
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaOTsc的方法，利用结构化最优传输技术从单细胞转录组数据中恢复空间特性 | SpaOTsc方法通过利用少量基因的空间测量数据，建立单细胞转录组数据的空间度量，并使用最优传输技术恢复细胞间的空间关系和信号传递 | NA | 旨在从单细胞转录组数据中推断细胞间的空间和信号关系 | 单细胞转录组数据中的细胞间空间和信号关系 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 最优传输 | 转录组数据 | 四组数据用于交叉验证空间基因表达预测和已知细胞间通信的比较 |
| 13780 | 2024-08-07 |
Accurate estimation of cell composition in bulk expression through robust integration of single-cell information
2020-04-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15816-6
PMID:32332754
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Bisque的工具，用于通过利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）或单核RNA测序（snRNA-seq）数据来准确估计细胞类型在批量表达中的比例 | Bisque通过实施基于回归的方法，利用单细胞数据生成参考表达谱并学习基因特异性的批量表达转换，显著提高了分解性能，特别是在参考轮廓生成和观察到的批量表达存在显著技术变异的情况下 | NA | 开发一种高效且准确的工具，用于分析大型基因组数据集中的细胞类型比例 | 批量RNA-seq数据中的细胞类型比例 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核RNA测序（snRNA-seq） | 回归模型 | RNA-seq数据 | 涉及皮下脂肪和背外侧前额叶皮层表达数据集 |