单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
13761	2024-08-07	A p53 score derived from TP53 CRISPR/Cas9 HMCLs predicts survival and reveals a major role of BAX in the response to BH3 mimetics 2024-Mar-28, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021581 PMID:38096363	研究论文	本研究通过CRISPR/Cas9技术从TP53+/+和TP53-/mut t(4;14)人类骨髓瘤细胞系(HMCLs)中衍生出TP53-/-克隆，建立了严格的p53依赖性基因表达谱，并开发了一个功能性p53评分系统，该评分系统涉及13个在p53沉默时特异性下调的基因。	本研究首次建立了一个功能性p53评分系统，能够有效识别双等位TP53失活的骨髓瘤患者样本，并预测其总体生存率。此外，研究还发现p53调控的BAX表达对骨髓瘤细胞对BH3模拟物的敏感性有直接影响，并且MCL1和BCL2 BH3模拟物的组合显示出协同效应。	研究主要集中在骨髓瘤细胞系和患者样本上，未来需要进一步验证该评分系统在其他癌症类型中的应用。	建立一个功能性p53评分系统，以识别双等位TP53失活的骨髓瘤细胞，并研究p53调控的BAX在骨髓瘤细胞对BH3模拟物反应中的作用。	TP53+/+和TP53-/mut t(4;14)人类骨髓瘤细胞系(HMCLs)，以及骨髓瘤患者样本。	数字病理学	骨髓瘤	CRISPR/Cas9技术	NA	基因表达数据	涉及17个失调基因，13个特异性下调基因，以及多个骨髓瘤细胞系和患者样本。
13762	2024-08-07	Poor clinical outcomes and immunoevasive contexture in CD161+CD8+ T cells barren human pancreatic cancer 2024-Mar-26, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008694 PMID:38531664	研究论文	本研究探讨了CD161+CD8+ T细胞在胰腺导管腺癌（PDAC）中的预后价值及其分子特征	首次确认肿瘤浸润性CD161+CD8+ T细胞作为PDAC独立预后指标，并发现其与CA19-9水平结合可增强生存预测能力	需要进一步研究验证CD161+CD8+ T细胞在风险分层和治疗策略优化中的作用	阐明CD161+CD8+ T细胞在PDAC中的预后价值及其分子特征	CD161+CD8+ T细胞在PDAC中的作用	肿瘤学	胰腺癌	免疫荧光染色、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞	186名接受根治性切除的PDAC患者
13763	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals the immune features and viral tropism in the central nervous system of mice infected with Japanese encephalitis virus 2024-Mar-26, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03071-1 PMID:38532383	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了日本脑炎病毒感染小鼠中枢神经系统后的免疫特征和病毒趋向性	首次通过单细胞RNA测序揭示了日本脑炎病毒对小鼠大脑中不同神经亚型的病毒趋向性和细胞组成的改变	NA	探讨日本脑炎病毒在小鼠中枢神经系统中的作用机制及其对神经损伤和炎症的影响	日本脑炎病毒感染的小鼠中枢神经系统细胞	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	88,000个单细胞
13764	2024-08-07	Unveiling the functional heterogeneity of cytokine-primed human umbilical cord mesenchymal stem cells through single-cell RNA sequencing 2024-Mar-26, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-024-01219-3 PMID:38532459	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了由不同细胞因子预处理的脐带间充质干细胞的功能异质性及其分子机制	本研究首次在单细胞水平上揭示了细胞因子预处理对间充质干细胞异质性、生物功能及其功能亚群的调控作用	NA	揭示细胞因子预处理的间充质干细胞的细胞异质性、功能亚群及分子机制	脐带间充质干细胞	再生医学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及IFN-γ、TNF-α、IL-4、IL-6、IL-15和IL-17预处理的脐带间充质干细胞
13765	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Analysis of Small Cell Neuroendocrine Carcinoma of the Endometrium Reveals ISL1 as a Potential Biomarker for Diagnosis and Treatment 2024-Mar-13, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/j.fbl2903100 PMID:38538277	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了子宫内膜小细胞神经内分泌癌的转录组，揭示了ISL1作为潜在的诊断和治疗生物标志物	首次在子宫内膜小细胞神经内分泌癌中探讨了ISL1的表达及其作为生物标志物的潜力	研究样本量较小，仅基于单一病例的样本进行分析	探索子宫内膜小细胞神经内分泌癌的诊断和治疗标志物	子宫内膜小细胞神经内分泌癌及其细胞内的ISL1表达	数字病理学	妇科肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	单一病例样本
13766	2024-08-04	Ferroptosis-Related lncRNA to Predict the Clinical Outcomes and Molecular Characteristics of Kidney Renal Papillary Cell Carcinoma 2024-Feb-29, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb46030123 PMID:38534739	研究论文	该研究构建了一种基于铁死亡相关的长非编码RNA风险评分模型，用于预测肾脏肾小管细胞癌的临床结果和分子特征	提出了一种新的肾脏肾小管细胞癌亚型，并开发了准确的预后模型	未提及具体的限制因素	研究肾脏肾小管细胞癌的预后与分子特征	肾脏肾小管细胞癌患者	数字病理学	肾脏癌症	单细胞转录组学	风险评分模型	基因表达数据	基于TCGA-KIRP数据集
13767	2024-08-04	Single-cell analyses of metastatic bone marrow in human neuroblastoma reveals microenvironmental remodeling and metastatic signature 2024-Feb-15, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.173337 PMID:38358826	研究论文	这篇文章研究了神经母细胞瘤中转移性骨髓的单细胞特征，揭示了微环境重塑和转移特征	引入单细胞RNA测序技术，分析了转移性骨髓微环境中的免疫细胞群体重塑和基因表达变化	该研究仅集中于神经母细胞瘤的转移性骨髓，未涉及其他部位的转移或不同类型的肿瘤	理解神经母细胞瘤转移微环境的细胞和分子机制，以改善临床结果	转移性和非转移性神经母细胞瘤患者的免疫细胞和肿瘤细胞变化	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	3个独立的神经母细胞瘤队列
13768	2024-08-07	Single-cell transcriptomics reveals variations in monocytes and Tregs between gout flare and remission 2024-Feb-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.179067 PMID:38329132	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
13769	2024-08-07	Comparative study on differential expression analysis methods for single-cell RNA sequencing data with small biological replicates: Based on single-cell transcriptional data of PBMCs from COVID-19 severe patients 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0299358 PMID:38536877	研究论文	本文比较了在生物学重复样本较少的情况下，八种差异表达分析（DEA）方法在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的适应性	提出了基于信息熵的新方法DEF-scRNA-seq，在生物学重复样本较少的情况下具有显著优势	NA	评估和比较在生物学重复样本较少的情况下，不同差异表达分析方法的性能	COVID-19重症患者的PBMCs单细胞转录组数据	单细胞测序	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	生物学重复样本较少
13770	2024-08-04	Amnion responses to intrauterine inflammation and effects of inhibition of TNF signaling in preterm Rhesus macaque 2023-Nov-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108118 PMID:37953944	研究论文	研究了羊膜在子宫内炎症中的反应及TNF信号抑制的影响	使用非人类灵长类动物模型与人类队列对比研究了羊膜转录组，揭示了关键的分娩介导基因的调控机制	本研究主要基于一个非人类灵长类动物模型，可能存在物种之间的差异	阐明子宫内感染/炎症在母胎界面如何调节	比较早产猕猴模型与人类病人群体的羊膜转录组	数字病理学	早产	RNA测序	NA	转录组数据	早产猕猴模型与人类病例的比较，即多个样本
13771	2024-08-04	Distinct Th17 effector cytokines differentially promote microglial and blood-brain barrier inflammatory responses during post-infectious encephalitis 2023-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.10.532135 PMID:37215000	研究论文	本研究探讨了不同Th17效应细胞因子在感染后脑炎期间对小胶质细胞和血脑屏障炎症反应的不同促进作用	阐明了GAS感染中内皮细胞和小胶质细胞的反应机制，并识别了关键的Th17衍生细胞因子	研究主要在小鼠疾病模型中进行，可能无法完全反映人类的情况	探讨在GAS感染后的神经精神后遗症中Th17细胞因子的作用	小鼠模型中的内皮细胞和小胶质细胞	数字病理学	神经精神疾病	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	血清样本	未明确指出样本数量，仅提到患者血清
13772	2024-08-07	Characterisation of macrophage infiltration and polarisation based on integrated transcriptomic and histological analyses in Primary Sjögren's syndrome 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1292146 PMID:38022546	研究论文	本研究通过综合转录组学和组织学分析，探讨了原发性干燥综合征（pSS）中巨噬细胞浸润和极化的机制	首次详细描述了pSS患者中巨噬细胞的浸润和极化状态，并揭示了巨噬细胞与炎症微环境之间的双向关系	研究样本量较小，且仅使用了公开数据集中的样本，可能影响结果的普遍性	探究原发性干燥综合征中巨噬细胞浸润和极化的机制	原发性干燥综合征患者的外周血单个核细胞和唾液腺组织	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	NA	转录组数据	pSS患者5例，健康个体5例，pSS唾液腺组织24例，非pSS唾液腺组织12例
13773	2024-08-07	Human distal lung maps and lineage hierarchies reveal a bipotent progenitor 2022-04, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-04541-3 PMID:35355018	研究论文	本研究通过空间转录组学和单细胞分析技术，揭示了人类远端气道的细胞类型和分子特征，包括首次描述的LGR5成纤维细胞和TRB特异性AT0细胞及TRB分泌细胞	首次全面描绘了人类远端气道的细胞图谱，并发现了一种双潜能的AT0细胞状态，这种细胞在肺再生和疾病中起关键作用	研究主要基于非人类灵长类模型和人类器官培养，可能与实际人体肺部情况存在差异	旨在理解人类远端气道的细胞组成和分子身份，以及这些信息在健康和疾病中的应用	人类远端气道，包括终末和呼吸性细支气管（TRBs）的细胞类型和分子特征	数字病理学	呼吸系统疾病	空间转录组学，单细胞分析	NA	细胞数据	包括非人类灵长类模型、人类器官培养和组织样本
13774	2024-08-07	Antimicrobial production by perifollicular dermal preadipocytes is essential to the pathophysiology of acne 2022-02-16, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abh1478 PMID:35171653	研究论文	研究通过单细胞RNA测序探讨了皮肤成纤维细胞向脂肪细胞分化在痤疮发病机制中的作用	首次揭示了成纤维细胞向脂肪细胞分化过程中产生的抗菌肽cathelicidin在非感染性皮肤病痤疮中的作用	研究主要基于小鼠模型和痤疮患者样本，可能存在种属差异	探究成纤维细胞向脂肪细胞分化在痤疮发病机制中的作用	人痤疮病灶和受挑战的小鼠皮肤	NA	痤疮	单细胞RNA测序	NA	RNA	人痤疮病灶和小鼠皮肤样本
13775	2024-08-07	Transcriptome Comparison of Brain and Kidney Endothelial Cells in Homeostasis 2022, BioMed research international IF:2.6Q3 DOI:10.1155/2022/5239255 PMID:35132377	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术比较了脑和肾内皮细胞的基因表达谱和生物学特征	首次揭示了脑和肾内皮细胞在稳态下的相似性和差异，并识别出七个内皮细胞亚群，其中两个与中风和/或抑郁相关的通路基因上调	NA	旨在深入理解肾病与神经炎症（如中风和抑郁）之间的关系	脑和肾内皮细胞	数字病理学	中风，抑郁症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个脑和肾内皮细胞样本
13776	2024-08-07	Longitudinal Single-Cell Transcriptomics Reveals a Role for Serpina3n-Mediated Resolution of Inflammation in a Mouse Colitis Model 2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.04.004 PMID:33862275	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，探讨了在小鼠化学诱导的结肠炎模型中，Serpina3n在炎症消退中的作用	首次揭示了Serpina3n在结肠炎消退中的特定表达及其与弹性酶的相互作用，为炎症消退提供了新的治疗靶点	NA	探究炎症消退过程中细胞间相互作用及潜在治疗靶点	小鼠化学诱导的结肠炎模型中的细胞类型及其相互作用	NA	结肠炎	单细胞转录组学	NA	转录组	NA
13777	2024-08-07	Gene selection for optimal prediction of cell position in tissues from single-cell transcriptomics data 2020-11, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202000867 PMID:32972997	研究论文	本文通过DREAM单细胞转录组学挑战赛，研究了从单细胞转录组数据中选择基因以预测细胞在组织中的位置的方法	首次对单细胞转录组数据与空间信息基因映射的方法进行了基准测试，并展示了这些方法在不同数据集上的通用性	NA	旨在填补单细胞转录组数据空间重建方法的基准测试空白	研究如何从单细胞转录组数据中选择基因以准确重建细胞在组织中的空间排列	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	34个参赛团队，使用斑马鱼胚胎数据集
13778	2024-08-07	Single-cell transcriptomics identifies divergent developmental lineage trajectories during human pituitary development 2020-10-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-19012-4 PMID:33077725	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了人类胎儿垂体中的4113个单个细胞，揭示了五个激素产生细胞谱系的不同发育轨迹和过渡中间状态	发现了皮质激素细胞在完全分化前的早期中间状态，以及PIT-1谱系细胞从共同前体细胞分离的过程，还识别了一种表达灵长类特异性激素的胎儿促性腺激素细胞亚型	NA	研究人类垂体发育过程中的细胞分化和转录因子动态	人类胎儿垂体的单个细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	4113个单个细胞
13779	2024-08-07	Identification of a distinct luminal subgroup diagnosing and stratifying early stage prostate cancer by tissue-based single-cell RNA sequencing 2020-10-08, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-020-01264-9 PMID:33032611	研究论文	本研究通过基于组织的单细胞RNA测序技术，识别并分类早期前列腺癌中的一个独特的腔内亚群	首次使用单细胞RNA测序技术研究前列腺癌的异质性，并发现了一个具有高拷贝数变异水平和前列腺癌相关代谢过程标记基因的恶性腔内集群	尚未在前列腺癌异质性研究中使用单细胞RNA测序技术	寻找更好的疾病诊断和分类的生物标志物	前列腺癌的异质性和细胞起源	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	15个细胞群，包括3个具有不同表达谱的腔内集群
13780	2024-08-07	PhyDOSE: Design of follow-up single-cell sequencing experiments of tumors 2020-10, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1008240 PMID:33001973	研究论文	本文介绍了PhyDOSE方法，该方法利用大量和单细胞DNA测序数据来优化后续单细胞测序实验的设计，以高效重建肿瘤的系统发育	PhyDOSE方法通过识别区分不同候选树的少数克隆，并将其纳入概率模型中，以推断需要测序的细胞数量，从而自信地重建肿瘤的系统发育	NA	优化肿瘤单细胞测序实验的设计，以提高癌症基因组学中下游分析的准确性	肿瘤的单细胞测序实验设计	数字病理学	白血病，急性髓系白血病，肺癌	单细胞DNA测序	概率模型	DNA测序数据	多个白血病和肺癌患者样本