单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27279 篇文献，本页显示第 13741 - 13760 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 13741 | 2024-08-07 |
Protocol for functional profiling of patient-derived organoids for precision oncology
2024-Mar-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.102887
PMID:38367233
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研究论文 | 本文介绍了一种全面的协议，用于生成和培养患者来源的结直肠类器官，以及分离和扩增肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）和外周血单个核细胞（PBMCs），以支持精准肿瘤学的功能性分析。 | 该协议支持多种组学分析，如RNA测序（RNA-seq）、全外显子测序（WES）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）和（磷酸化）蛋白质组学。 | NA | 为个性化治疗提供基于扰动癌症患者原代肿瘤细胞的精准肿瘤学策略。 | 患者来源的结直肠类器官、肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）和外周血单个核细胞（PBMCs）。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA测序（RNA-seq）、全外显子测序（WES）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）和（磷酸化）蛋白质组学。 | NA | 细胞 | NA |
| 13742 | 2024-08-07 |
Kidins220 and Aiolos promote thymic iNKT cell development by reducing TCR signals
2024-Mar-15, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adj2802
PMID:38489359
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研究论文 | 研究探讨了Kidins220和Aiolos在调节胸腺iNKT细胞发育中的作用，通过减少TCR信号强度 | 首次揭示了Kidins220在T细胞发育中的作用，并发现Aiolos是Kidins220在iNKT细胞发育中的下游效应因子 | NA | 探究Kidins220和Aiolos在胸腺iNKT细胞发育中的作用 | 胸腺iNKT细胞和常规T细胞的发育 | 免疫学 | NA | scRNA-seq | NA | 细胞 | T细胞特异性Kidins220敲除（T-KO）小鼠 |
| 13743 | 2024-08-04 |
JAK/STAT3 represents a therapeutic target for colorectal cancer patients with stromal-rich tumors
2024-Mar-01, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-024-02958-4
PMID:38424636
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研究论文 | 本研究探讨了抑制JAK/STAT3在不同结直肠癌（CRC）模型中的有效性，并建立了其预后意义。 | 揭示了JAK/STAT3在高间质侵袭性结直肠癌患者中的预后价值，指出抑制其信号通路为有前景的治疗策略。 | 研究中可能存在样本历程偏倚，并且需要在更大规模的人群中验证结果。 | 探讨JAK/STAT3信号传导在结直肠癌中的作用及其抑制对治疗的潜力。 | 研究对象包括结直肠癌细胞系、小鼠模型类器官和患者导向类器官。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA测序、免疫组化、NanoString GeoMx®空间转录组学 | NA | RNA | 三个独立的CRC患者队列和TransSCOT临床试验队列 |
| 13744 | 2024-08-07 |
Integrative analysis of neuroblastoma by single-cell RNA sequencing identifies the NECTIN2-TIGIT axis as a target for immunotherapy
2024-02-12, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2023.12.008
PMID:38181797
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析神经母细胞瘤中的免疫调节相互作用，识别出NECTIN2-TIGIT轴作为免疫治疗的新靶点 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了神经母细胞瘤中的免疫调节网络，并确定了NECTIN2-TIGIT轴作为关键的免疫检查点 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序技术，识别和优化神经母细胞瘤的免疫治疗策略 | 高风险神经母细胞瘤患者及其肿瘤中的免疫细胞 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 24个肿瘤样本（包括10个化疗前和14个化疗后，其中有5对匹配样本） |
| 13745 | 2024-08-07 |
Leukaemia exposure alters the transcriptional profile and function of BCR::ABL1 negative macrophages in the bone marrow niche
2024-Feb-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45471-0
PMID:38316788
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研究论文 | 研究慢性髓系白血病（CML）对骨髓微环境中BCR::ABL1阴性巨噬细胞转录组和功能的影响 | 揭示了CML骨髓微环境中存在的独特亚群未成熟巨噬细胞，并发现CML暴露的巨噬细胞通过减少表面标记CD36的表达，显著降低了凋亡细胞的清除能力 | NA | 探讨CML对骨髓微环境中旁观巨噬细胞的影响 | CML小鼠模型和人类骨髓来源的巨噬细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 13746 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomics and single-nucleus RNA sequencing reveal a transcriptomic atlas of adult human spinal cord
2024-Jan-30, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.92046
PMID:38289829
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研究论文 | 该文章揭示了成人人体脊髓的转录组图谱，分类了脊髓神经元并分析了其空间分布 | 首次利用单细胞RNA测序和空间转录组技术对成人脊髓神经元进行详细分类和空间分布研究 | 成人脊髓的细胞异质性的分子证据相对有限 | 研究成人脊髓神经元的类型和功能异质性 | 来自九名人类供体的脊髓神经元 | 数字病理学 | 神经疾病 | 单核RNA测序和空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | 来自九名人类供体的样本 |
| 13747 | 2024-08-07 |
Dandelion uses the single-cell adaptive immune receptor repertoire to explore lymphocyte developmental origins
2024-Jan, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01734-7
PMID:37055623
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研究论文 | 本文介绍了Dandelion计算流程，用于单细胞适应性免疫受体（scVDJ-seq）分析，以探索淋巴细胞发育起源 | Dandelion能够应用标准V(D)J分析工作流程于单细胞数据集，提供改进的V(D)J contig注释和非生产性及部分剪接contig的识别 | NA | 研究淋巴细胞生物学，特别是人类胸腺发育轨迹和细胞系承诺的调控因子 | 单细胞基因表达和适应性免疫受体序列数据 | 生物信息学 | NA | scVDJ-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 13748 | 2024-08-07 |
Opportunities and tradeoffs in single-cell transcriptomic technologies
2024-01, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2023.10.003
PMID:37953195
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review | 本文综述了单细胞转录组技术的最新进展及其优缺点 | 介绍了长读长测序方法在单细胞转录组分析中的应用，突破了以往全转录组表征的障碍 | 单细胞转录组分析中仍存在细胞数量与全长转录本覆盖度之间的权衡问题 | 全面概述单细胞转录组分析的可用选项，并强调每种方法的关键优缺点 | 单细胞转录组技术及其应用 | NA | NA | 长读长测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 13749 | 2024-08-07 |
Development of a cell-free strategy to recover aged skeletal muscle after disuse
2023-Nov, The Journal of physiology
DOI:10.1113/JP282867
PMID:35318675
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和功能实验，展示了在小鼠骨骼肌中，长时间不活动导致周细胞失去合成抗氧化剂的能力，并利用这一发现设计了一种策略，通过使用过氧化氢刺激健康供体周细胞产生小外泌体（sEVs），有效恢复了成年和老年肌肉纤维的大小。 | 本研究首次展示了过氧化氢预处理的周细胞衍生的sEVs能有效改善骨骼肌在固定后的恢复，提供了一种新的无细胞方法来重建老年人在不活动后的肌肉质量。 | NA | 探索和开发一种无细胞策略，以恢复老年人因不活动导致的骨骼肌退化。 | 小鼠骨骼肌中的周细胞及其在肌肉不活动和恢复过程中的功能。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 成年和老年小鼠 |
| 13750 | 2024-08-07 |
HCG18, LEF1AS1 and lncCEACAM21 as biomarkers of disease severity in the peripheral blood mononuclear cells of COVID-19 patients
2023-10-26, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04497-6
PMID:37884975
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研究论文 | 本研究通过RNA测序和qPCR验证，探索了长非编码RNA（LncRNAs）在COVID-19患者外周血单个核细胞（PBMCs）中的表达模式，并发现HCG18-242、HCG18-244、LEF1-AS1和lncCEACAM21与COVID-19的严重程度和死亡率相关 | 本研究首次发现HCG18-242、HCG18-244、LEF1-AS1和lncCEACAM21作为COVID-19严重程度和死亡率的潜在创新生物标志物 | NA | 探索COVID-19严重程度和死亡率的可靠和准确生物标志物 | COVID-19患者外周血单个核细胞中的长非编码RNA | 数字病理学 | COVID-19 | RNA测序 | NA | RNA | 2906个长非编码RNA在COVID-19患者PBMCs中的表达模式，以及111名住院COVID-19患者的qPCR验证 |
| 13751 | 2024-08-04 |
mitoSplitter: A mitochondrial variants-based method for efficient demultiplexing of pooled single-cell RNA-seq
2023-09-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2307722120
PMID:37725654
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研究论文 | 本文开发了一种基于线粒体变体的方法‘mitoSplitter’，用于高效地解混合池化的单细胞RNA-seq数据 | 提出利用线粒体RNA变体进行解混合的新算法，从而克服传统方法的局限 | 在多样本和大规模细胞数据的情况下，仍可能存在一定的挑战与限制 | 旨在提高单细胞RNA-seq数据分析的效率，减少批次效应 | 研究五种非小细胞肺癌细胞系对BET化学降解的反应 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA-seq | NA | RNA数据 | 10个样本，60000个细胞 |
| 13752 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing of murine hearts for studying the development of the cardiac conduction system
2023-09-04, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-023-02333-6
PMID:37666871
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，对小鼠心脏在不同发育阶段的约0.5百万个单细胞进行转录组分析，以研究心脏传导系统的发育 | 首次生成包含约0.5百万个单细胞的小鼠心脏转录组大数据集，为心脏传导系统及其他心脏组件的发育研究提供了强大的资源库 | NA | 研究心脏传导系统的发育及其在心脏功能中的作用 | 小鼠心脏在不同发育阶段的单细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 约0.5百万个单细胞 |
| 13753 | 2024-08-04 |
Human and murine fibroblast single-cell transcriptomics reveals fibroblast clusters are differentially affected by ageing and serum cholesterol
2023-07-04, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvad016
PMID:36718802
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研究论文 | 本文探讨了人类和小鼠动脉中的成纤维细胞异质性及其在心血管疾病中的作用 | 文章提出了PDGFRA和DPEP1两种特异性成纤维细胞标记，并展示了成纤维细胞在健康和心血管疾病中的异质性 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚需进一步确认在人类中的具体应用 | 阐明成纤维细胞在心血管疾病及相关风险因素中的作用 | 人类和小鼠动脉中的成纤维细胞及其对心血管疾病的反应 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 包括多个小鼠和人类样本，具体数量未说明 |
| 13754 | 2024-08-07 |
Modelling capture efficiency of single-cell RNA-sequencing data improves inference of transcriptome-wide burst kinetics
2023-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad395
PMID:37354494
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研究论文 | 本文提出了一种新的数学理论来解释单细胞RNA测序数据中的变异性，并开发了基于似然和模拟的方法来推断转录组范围内的爆发动力学 | 本文引入了新的数学模型来捕捉细胞大小和捕获效率的爆发动力学和变异性 | NA | 研究基因表达的随机爆发动力学，并改进单细胞RNA测序数据中转录组范围爆发动力学的推断 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达爆发动力学 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 神经网络 (Neural Network) | RNA测序数据 | NA |
| 13755 | 2024-08-04 |
Positional influence on cellular transcriptional identity revealed through spatially segmented single-cell transcriptomics
2023-06-21, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.05.003
PMID:37348462
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研究论文 | 本文描述了一种通过空间分割的单细胞转录组技术揭示细胞转录身份的位置信息 | 提出了一种新的快速整合方法SEEP，将表面接近性和环境可达性与三维疾病模型中的转录身份关联起来 | 现有方法需要特定的技术和专业知识，本研究的适用范围可能受限于特定类型的肿瘤模型 | 研究细胞状态在肿瘤组织中的空间分布及其对转录身份的影响 | 高等级浆液性卵巢癌的球体、类器官以及体内肿瘤模型 | 数字病理 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | 三维疾病模型 | 转录组数据 | NA |
| 13756 | 2024-08-04 |
Vascular mechanisms of post-COVID-19 conditions: Rho-kinase is a novel target for therapy
2023-06-02, European heart journal. Cardiovascular pharmacotherapy
DOI:10.1093/ehjcvp/pvad025
PMID:37019821
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研究论文 | 本研究探讨了后新冠肺炎（后COVID-19）患者的血管机制，尤其是Rho-激酶作为治疗的新靶点。 | 本研究首次提出Rho-激酶的激活可能是治疗后COVID-19状态的新靶点，显示疫情后患者血管纤维化的加重和肌球蛋白轻链磷酸化增加。 | 本研究样本量相对较小，仅包含37名患者和10名对照，限制了结果的普遍适用性。 | 探讨后COVID-19条件下的血管功能障碍机制，并评估Rho-激酶作为潜在治疗靶点的可行性。 | 27名出院后新冠患者和10名匹配的对照者。 | 数字病理学 | 后COVID-19状态 | 血液生物标志物，心肾和肺部影像学，臀部皮下活检 | NA | 生物标志物数据，影像数据 | 37名患者（27名COVID-19患者和10名对照者） |
| 13757 | 2024-08-04 |
CIARA: a cluster-independent algorithm for identifying markers of rare cell types from single-cell sequencing data
2023-Jun-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.201264
PMID:37294170
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研究论文 | 该论文提出了一种名为CIARA的计算工具，用于从单细胞测序数据中识别稀有细胞类型的标记基因 | CIARA是一个独立于聚类的方法，能够选择可能成为稀有细胞类型标记的基因，超越了现有的稀有细胞类型检测方法 | 该研究未提及具体的限制 | 开发一种工具以识别单细胞基因组中的稀有细胞类型及其标记基因 | 识别来自人类胚胎和处理过视黄酸的小鼠胚胎干细胞的未表征稀有细胞群 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 来自人类胚胎和小鼠胚胎干细胞的多样本数据 |
| 13758 | 2024-08-04 |
Single-cell gene and isoform expression analysis reveals signatures of ageing in haematopoietic stem and progenitor cells
2023-05-24, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04936-6
PMID:37225862
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研究论文 | 本研究揭示了造血干细胞和祖细胞在衰老中的基因和亚型表达特征 | 通过整合短读和长读的单细胞RNA测序分析，提供了一个关于造血过程中的亚型多样性的新参考 | 衰老对亚型使用的影响有限 | 探讨衰老对造血干细胞和祖细胞的影响 | 造血干细胞和祖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 13759 | 2024-08-04 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Conserved Regulatory Networks in Human and Mouse Interneuron Development
2023-May-01, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24098122
PMID:37175835
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学揭示了人类和小鼠抑制性神经元发育中的保守调控网络 | 识别出人类抑制性神经元分化的新候选转录调控因子 | 关于不同神经元群体发育的知识仍不完全 | 探讨人类和小鼠抑制性GABA能神经元的发育过程 | 人类胎儿的中脑中间隆起(MGE)单细胞数据 | 数字病理学 | 癫痫，自闭症，精神分裂症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 10至15周后的人类胎儿中脑中间隆起组织 |
| 13760 | 2024-08-07 |
Low-dose IL-2 enhances the generation of IL-10-producing immunoregulatory B cells
2023-04-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37424-w
PMID:37045832
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研究论文 | 本文研究了低剂量白细胞介素-2（IL-2）对IL-10产生调节性B细胞生成的增强作用 | 首次证明了低剂量IL-2可以增强人体内IL-10产生调节性B细胞的生成 | NA | 探讨低剂量IL-2是否能在人体内诱导产生调节性B细胞 | 人体外周血和脾脏B细胞以及接受低剂量IL-2治疗的患者 | 免疫学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自接受低剂量IL-2治疗患者的循环免疫细胞 |