单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
13721	2024-08-07	scRepertoire: An R-based toolkit for single-cell immune receptor analysis 2020, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.22139.2 PMID:32789006	研究论文	scRepertoire是一个基于R的工具包，用于单细胞免疫受体分析	scRepertoire填补了单细胞免疫受体分析软件的空白，能够轻松结合mRNA和免疫受体分析	NA	开发一个用于单细胞免疫受体分析的工具包	单细胞免疫受体数据	免疫学	NA	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	数据来源于10x Genomics Chromium免疫受体分析
13722	2024-08-07	Encoding Method of Single-cell Spatial Transcriptomics Sequencing 2020, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.43887 PMID:32792863	综述	本文综述了单细胞空间转录组测序技术的最新进展，特别是位置信息编码方法	介绍了基于微孔板、条形码珠阵列、显微切割、杂交和条形码定位以及混合分离技术的单细胞空间转录组技术	NA	探讨单细胞空间转录组测序技术在组织功能识别、发育过程追踪及病理和分子检测中的应用	单细胞空间转录组测序技术及其位置信息编码方法	测序技术	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
13723	2024-08-07	Redefining Tumor-Associated Macrophage Subpopulations and Functions in the Tumor Microenvironment 2020, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2020.01731 PMID:32849616	综述	本文综述了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在肿瘤微环境（TME）中的亚群及其功能的重定义	探讨了TAM亚群与功能的新证据，并提出了通过新技术整合来解析TAM详细图景的可能性	肿瘤微环境的免疫抑制状态仍因对TAM功能理解不足而未明确定义	旨在重新定义肿瘤微环境中肿瘤相关巨噬细胞的亚群及其功能	肿瘤相关巨噬细胞及其在肿瘤微环境中的作用	NA	NA	多重免疫组化（mIHC）、时间飞行质谱细胞术（CyTOF）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、系统生物学方法	NA	NA	NA
13724	2024-08-07	Pinpointing Cell Identity in Time and Space 2020, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2020.00209 PMID:32923457	评论	本文讨论了整合细胞转录状态与组织及亚细胞空间和时间信息对于全面表征细胞类型和状态的重要性	提出了在细胞分类中应考虑分子如RNA和蛋白质的亚细胞空间分布等额外信息层级	NA	深入表征细胞群体，特别是在时间和空间维度上	哺乳动物细胞的类型和状态	生物学	NA	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	图像	NA
13725	2024-08-07	Characterization of cell fate probabilities in single-cell data with Palantir 2019-04, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0068-4 PMID:30899105	研究论文	本文介绍了一种名为Palantir的算法，该算法通过将细胞命运视为概率过程并利用熵来测量细胞可塑性，模拟分化细胞的轨迹	Palantir算法能够生成高分辨率的细胞伪时间排序，并为每个细胞状态分配分化为每个终末状态的概率，优于现有算法	NA	研究细胞分化的离散与连续性质，并开发新的算法来模拟这一过程	单细胞RNA测序数据中的细胞分化轨迹	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人类骨髓单细胞RNA测序数据
13726	2024-08-07	An eQTL Landscape of Kidney Tissue in Human Nephrotic Syndrome 2018-08-02, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2018.07.004 PMID:30057032	研究论文	本研究利用全基因组测序和微切割的肾小球及肾小管间质转录组，分析了187名肾病综合征患者的eQTL图谱	首次在肾病综合征患者的肾小球和肾小管间质中详细描述了eQTL图谱，并发现了组织特异性的eQTL	研究样本量相对较小，可能影响结果的泛化性	揭示肾病综合征中肾组织基因表达的遗传调控	肾病综合征患者的肾小球和肾小管间质	数字病理学	肾病综合征	全基因组测序（WGS）	MatrixEQTL	转录组数据	187名肾病综合征患者
13727	2024-08-07	Sensitive and powerful single-cell RNA sequencing using mcSCRB-seq 2018-07-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-05347-6 PMID:30050112	研究论文	本文评估了单细胞RNA测序（scRNA-seq）协议的实验条件，并开发了一种名为分子拥挤SCRB-seq（mcSCRB-seq）的新方法，该方法在灵敏度、效率和灵活性方面表现出色。	通过添加聚乙二醇和使用Terra聚合酶，显著提高了scRNA-seq的灵敏度和效率。	NA	改进单细胞RNA测序技术的灵敏度、灵活性和成本效率。	单细胞RNA测序技术的实验条件和方法改进。	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
13728	2024-08-04	MDFI promotes the proliferation and tolerance to chemotherapy of colorectal cancer cells by binding ITGB4/LAMB3 to activate the AKT signaling pathway 2024-12-31, Cancer biology & therapy IF:4.4Q2 DOI:10.1080/15384047.2024.2314324 PMID:38375821	研究论文	本研究探讨了MDFI通过结合ITGB4/LAMB3激活AKT信号通路以促进结直肠癌细胞的增殖和化疗耐受性	发现MDFI与ITGB4/LAMB3之间的正相关关系以及其在AKT信号通路中的新作用	缺乏大规模临床样本的验证	研究MDFI在结直肠癌细胞中的作用及其机制	结直肠癌细胞及其相关的信号通路	数字病理学	结直腸癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	使用了来自GSE144735数据集的样本和TCGA及CCLE数据
13729	2024-08-07	Programmed Death Ligand 1-Expressing Macrophages and Their Protective Role in the Joint During Arthritis 2024-Apr, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42749 PMID:37997621	研究论文	本研究探讨了程序性死亡配体1（PD-L1）在胶原诱导性关节炎（CIA）小鼠模型中对关节稳态的作用	首次揭示了PD-L1+巨噬细胞在关节炎中的保护作用，并展示了其在人类滑膜中的存在	研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的直接应用可能存在局限性	研究PD-L1在关节炎中的作用及其对关节稳态的影响	PD-L1在胶原诱导性关节炎中的表达及其对关节炎严重程度的影响	NA	关节炎	流式细胞术，逆转录-聚合酶链反应，单细胞RNA测序	NA	RNA	使用CIA小鼠模型和人类滑膜样本进行研究
13730	2024-08-04	Comprehensive single-cell analysis reveals heterogeneity of fibroblast subpopulations in ovarian cancer tissue microenvironment 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27873 PMID:38533040	研究论文	该研究揭示了卵巢癌组织微环境中成纤维细胞亚群的异质性。	首次较为全面地分析了卵巢癌组织微环境中成纤维细胞亚群的特性及其在TGFβ信号通路中的功能。	对成纤维细胞亚群的特定功能了解仍然不够充分。	探讨卵巢癌组织中成纤维细胞亚群的异质性及其在癌症进展中的作用。	卵巢癌组织样本中的成纤维细胞亚群。	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序	NA	RNA-seq	32个卵巢癌样本和3226个公共数据库中的大规模RNA-seq数据
13731	2024-08-04	Modulator of TMB-associated immune infiltration (MOTIF) predicts immunotherapy response and guides combination therapy 2024-Mar-30, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2024.01.025 PMID:38320897	研究论文	本研究开发了一种新工具MOTIF，用于预测免疫疗法响应并指导联合治疗	MOTIF将肿瘤突变负担(TMB)与CD8 T细胞浸润之间的关系进行了综合分析，提供了新的预测模型	该研究主要基于已有的RNA-seq数据，没有进行前瞻性临床试验	研究旨在提高TMB水平高的癌症患者对免疫检查点抑制剂的响应	研究对象是9311个肿瘤样本及84个单细胞RNA-seq数据集	数字病理学	肿瘤	RNA-seq	NA	RNA数据	9311个肿瘤样本和84个人类单细胞RNA-seq数据集
13732	2024-08-07	Prognostic prediction using a gene signature developed based on exhausted T cells for liver cancer patients 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28156 PMID:38533068	研究论文	本研究基于T细胞耗竭的关键预后基因开发了一个用于肝癌患者的预后预测模型	利用单细胞RNA测序数据和基因共表达网络分析，结合Lasso和多/单变量Cox分析构建了一个新的风险评分系统，并开发了一个能够预测不同风险组免疫浸润和免疫治疗敏感性的诺模图	NA	开发一个基于T细胞耗竭的关键预后基因的预后预测模型，以改善肝癌患者的临床治疗	肝癌患者	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	风险评分系统	单细胞RNA测序数据	18,413个细胞
13733	2024-08-04	Single-cell assessment of primary and stem cell-derived human trophoblast organoids as placenta-modeling platforms 2024-Mar-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.023 PMID:38359834	研究论文	评估人类滋养层干细胞衍生的类器官作为胎盘建模平台	首次将单细胞转录组学应用于评估滋养层类器官的发育细胞轨迹和转录调控过程	滋养层类器官在成分、分化和发育转录驱动因素方面存在一定的偏差	研究滋养层发育和人类胎盘形成	新鲜分离的早孕滋养层和建立的滋养层干细胞细胞系衍生的类器官	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	NA	新鲜分离的早孕滋养层和建立的滋养层干细胞细胞系
13734	2024-08-07	scATAnno: Automated Cell Type Annotation for single-cell ATAC Sequencing Data 2024-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.01.543296 PMID:37333088	研究论文	介绍scATAnno，一个用于自动注释scATAC-seq数据的Python包	scATAnno通过整合查询数据与参考图谱，无需使用scRNA-seq数据即可实现准确的细胞类型注释，并引入了基于KNN和加权距离的不确定性评分来提高注释准确性	NA	开发一个自动注释scATAC-seq数据的工具	scATAC-seq数据中的细胞类型	单细胞测序	NA	scATAC-seq	KNN	scATAC-seq数据	多个数据集，包括外周血单个核细胞（PBMC）、三阴性乳腺癌（TNBC）和基底细胞癌（BCC）
13735	2024-08-07	Construction of single-cell cross-species chromatin accessibility landscapes with combinatorial-hybridization-based ATAC-seq 2024-Mar-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.015 PMID:38330939	研究论文	本文开发了一种基于组合杂交的单细胞ATAC-seq方法（CH-ATAC-seq），用于构建斑马鱼、果蝇和蚯蚓的单细胞可及染色质图谱，并分析了跨物种的基因调控保守性和差异性	开发了基于组合杂交的CH-ATAC-seq方法，首次构建了非哺乳动物物种的单细胞候选顺式调控元件图谱	NA	探索脊椎动物和无脊椎动物之间保守的调控程序	斑马鱼、果蝇、蚯蚓以及人类、猴子和小鼠的单细胞可及染色质	基因组学	NA	单细胞ATAC-seq（scATAC-seq）	NA	基因组数据	152种不同主要细胞类型，约0.8百万个细胞类型特异的候选顺式调控元件
13736	2024-08-07	Wnt dose escalation during the exit from pluripotency identifies tranilast as a regulator of cardiac mesoderm 2024-Mar-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.019 PMID:38354738	研究论文	本研究利用Wnt剂量依赖性诱导程序，通过单细胞RNA测序分析hiPSCs在退出多能性时对Wnt激动剂CHIR-99021剂量递增反应的细胞类型和基因活性，以探索干细胞分化的分子调控机制	本研究首次发现小分子药物tranilast能协同激活Wnt信号传导，促进心脏谱系分化，并通过体外和体内实验验证了其效果	NA	探索Wnt信号传导在细胞谱系发育中的作用，并寻找调控干细胞分化的药物	人类诱导多能干细胞（hiPSCs）和鹌鹑胚胎	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	多元回归模型	基因表达数据	NA
13737	2024-08-07	Nephroblastoma-specific dysregulated gene SNHG15 with prognostic significance: scRNA-Seq with bulk RNA-Seq data and experimental validation 2024-Mar-25, Discover. Oncology DOI:10.1007/s12672-024-00946-w PMID:38526609	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序（RNA-Seq）数据，识别并验证了在肾母细胞瘤（WT）中具有预后意义的失调基因SNHG15。	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了SNHG15在肾母细胞瘤中的预后价值及其功能机制。	实验仅限于G401细胞系，未来研究需在更多细胞系和临床样本中验证SNHG15的作用。	探索肾母细胞瘤中的预后标志物及其分子机制。	肾母细胞瘤组织中的SNHG15基因及其在细胞增殖、迁移和凋亡中的作用。	数字病理学	肾母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），批量RNA测序（RNA-Seq）	NA	RNA	基于scRNA-seq数据识别了20个簇，并注释了10种细胞类型
13738	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing unveils tumor heterogeneity and immune microenvironment between subungual and plantar melanoma 2024-03-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-57640-8 PMID:38528036	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了指（趾）甲下黑色素瘤（SM）和足底黑色素瘤（PM）之间的肿瘤异质性和免疫微环境差异	首次详细比较了SM和PM在基因表达、拷贝数变异（CNV）及肿瘤相关通路（如NF-κb和Wnt）的差异，并揭示了免疫微环境中特定轴（EPHA3-EFNA1和TIGIT-NECTIN2）的表达情况	研究样本仅限于SM和PM患者，可能无法完全代表所有类型的黑色素瘤	探索不同亚型黑色素瘤的肿瘤异质性和免疫微环境	指（趾）甲下黑色素瘤（SM）和足底黑色素瘤（PM）	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	24,789个单细胞
13739	2024-08-07	Identification of the shared hub gene signatures and molecular mechanisms between HIV-1 and pulmonary arterial hypertension 2024-03-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-55645-x PMID:38528047	研究论文	本研究通过分析HIV-1和肺动脉高压（PAH）的微阵列数据，利用WGCNA、GO和通路富集分析等方法，识别了两者之间的共享枢纽基因和分子机制	首次揭示了HIV-1与PAH之间通过I型干扰素（IFN）途径的共享分子机制，并确定了关键枢纽基因ISG15和IFI27	NA	阐明HIV-1感染与肺动脉高压之间的分子机制	HIV-1感染和肺动脉高压的共享枢纽基因及其分子机制	数字病理学	肺动脉高压	WGCNA, GO和通路富集分析, CIBERSORT, scRNA-seq	NA	微阵列数据, scRNA-seq数据	NA
13740	2024-08-07	Sirpα on tumor-associated myeloid cells restrains antitumor immunity in colorectal cancer independent of its interaction with CD47 2024-Mar, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-023-00691-z PMID:38200243	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析结直肠癌组织，发现肿瘤相关巨噬细胞和中性粒细胞来源的抑制细胞在免疫抑制特征上显著增加，且Sirpα在这些细胞中的表达增强，与肿瘤进展抵抗性相关。	首次揭示了Sirpα在肿瘤相关髓系细胞中独立于CD47的免疫抑制作用，并展示了Sirpα缺乏通过重编程肿瘤微环境增强抗肿瘤免疫活性的机制。	NA	探究肿瘤相关髓系细胞中Sirpα的免疫抑制机制及其对结直肠癌免疫治疗的影响。	结直肠癌组织中的肿瘤相关巨噬细胞和中性粒细胞来源的抑制细胞。	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA