单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
13721	2024-08-05	Tumor macrophage functional heterogeneity can inform the development of novel cancer therapies 2023-12, Trends in immunology IF:13.1Q1 DOI:10.1016/j.it.2023.10.007 PMID:37995659	研究论文	本文讨论了肿瘤相关巨噬细胞的功能异质性及其对癌症新疗法开发的影响	识别出巨噬细胞的分子亚型和功能，从而发现新的治疗靶点	传统治疗方法未能提供改变临床实践的突破性进展	提高对肿瘤微环境中巨噬细胞作用的理解，并推动新型靶向治疗的发展	聚焦于肿瘤微环境中的巨噬细胞功能及其潜在治疗靶点	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组技术	NA	NA	NA
13722	2024-08-07	A single-cell atlas of immunocytes in the spleen of a mouse model of Wiskott-Aldrich syndrome 2023 Nov-Dec, Cellular immunology IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cellimm.2023.104783 PMID:37944382	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，对Wiskott-Aldrich综合征小鼠模型的脾脏免疫细胞进行了全面的转录组分析	首次在单细胞分辨率下揭示了WAS-KO小鼠脾脏免疫细胞的转录特征，并鉴定了与疾病病理相关的新基因	NA	探究Wiskott-Aldrich综合征小鼠模型脾脏免疫细胞的免疫缺陷机制	WAS-KO小鼠脾脏的免疫细胞	数字病理学	免疫缺陷疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	11,269个细胞
13723	2024-08-07	Spatial atlas of the mouse central nervous system at molecular resolution 2023-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06569-5 PMID:37758947	研究论文	本文使用STARmap PLUS技术在单细胞分辨率下绘制了成年小鼠大脑和脊髓的1,022个基因的空间图谱	开发了计算流程来分割、聚类和注释分子细胞类型和分子组织区域，并整合了STARmap PLUS测量与单细胞RNA测序图谱，创建了一个转录组范围的空间图谱	未提及	绘制小鼠中枢神经系统的分子分辨率空间图谱，揭示脑解剖学和功能的分子基础	成年小鼠的大脑和脊髓	数字病理学	NA	STARmap PLUS	NA	基因表达数据	1.09百万个高质量细胞
13724	2024-08-07	Cell-type annotation with accurate unseen cell-type identification using multiple references 2023-06, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1011261 PMID:37379341	研究论文	本文提出了一种基于多参考的单细胞RNA测序数据自动注释方法mtANN，用于准确识别未见细胞类型	mtANN方法整合了深度学习和集成学习以提高预测准确性，并引入了一种新的度量标准，考虑三个互补方面来区分未见细胞类型和共享细胞类型	NA	提高细胞类型注释的准确性并发现新的生物学现象	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	深度学习和集成学习	基因表达数据	涉及两个基准数据集集合和一个COVID-19数据集集合
13725	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reveals subtype-specific molecular profiles in Nrf2-deficient macrophages from murine atherosclerotic aortas 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1249379 PMID:37965327	研究论文	本研究分析了小鼠动脉粥样硬化主动脉中缺乏Nrf2的巨噬细胞亚群的转录组	揭示了Nrf2缺乏导致的巨噬细胞亚型特异性转录组变化与炎症、铁稳态和细胞损伤或死亡途径之间的联系	仅使用了特定的小鼠模型，可能限制了结果的普遍适用性	研究Nrf2在小鼠动脉粥样硬化中的具体作用	来自小鼠动脉粥样硬化主动脉的不同Nrf2缺乏的巨噬细胞亚群	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA表达数据	实验中使用了Cdh5表达细胞中的Nrf2失活小鼠和适当的对照小鼠
13726	2024-08-07	Modeling gene expression cascades during cell state transitions 2024-Apr-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109386 PMID:38500834	研究论文	本文利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和贝叶斯推理方法，对细胞状态转换过程中的基因表达动态变化进行建模	提出了一种贝叶斯推理方法来推断伪时间序列中细胞的转录动态，从而能够对基因表达的时序差异和调控基因相互作用进行分析	NA	研究细胞在分化或对外界刺激响应过程中的基因表达动态变化	小鼠胚胎前脑和胰腺样本的单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	贝叶斯推理模型	基因表达数据	小鼠胚胎前脑和胰腺样本的单细胞RNA测序数据
13727	2024-08-07	Colorectal Cancer-Associated Myofibroblasts Exhibit Enhanced Angiogenin Expression and Signaling via the PLXNB2 Receptor 2024-Apr, The Journal of surgical research IF:1.8Q2 DOI:10.1016/j.jss.2023.12.036 PMID:38295715	研究论文	本文研究了结直肠癌相关肌成纤维细胞中血管生成素表达及通过PLXNB2受体的信号传导	首次在人类结直肠癌组织中发现肌成纤维细胞中血管生成素和PLXNB2受体表达上调，并探讨了其在肿瘤-基质细胞通讯中的作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，未涉及临床样本的直接验证	探讨血管生成素在人类结直肠癌中的作用及其与肌成纤维细胞的通讯机制	结直肠癌组织及其周围的肌成纤维细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	配对的正常人类结肠和结直肠癌组织样本
13728	2024-08-07	IDO1 Inhibition Promotes Activation of Tumor-intrinsic STAT3 Pathway and Induces Adverse Tumor-protective Effects 2024-Apr-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300545 PMID:38391297	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探讨IDO1抑制剂在肿瘤微环境中的作用及其对肿瘤细胞的影响	发现IDO1抑制剂不仅激活肿瘤内免疫细胞，还促进M2巨噬细胞的浸润和IL-6的分泌，进而激活JAK2/STAT3信号通路，导致肿瘤细胞在高度免疫活性下仍能存活	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类临床试验中验证这些发现	探究IDO1抑制剂在癌症治疗中的临床失败原因及其对肿瘤微环境的影响	IDO1抑制剂对肿瘤内免疫细胞和肿瘤细胞的影响	癌症治疗	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠结肠癌细胞CT26移植于BALB/C小鼠
13729	2024-08-04	Identification of macrophage-related genes correlated with prognosis and immunotherapy efficacy in non-small cell lung cancer 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27170 PMID:38500993	研究论文	本文研究了与非小细胞肺癌预后及免疫疗效相关的巨噬细胞相关基因	本研究首次识别出与非小细胞肺癌患者预后和免疫疗效相关的特定巨噬细胞相关基因	缺乏临床验证和更大规模的样本确认	探索能预测非小细胞肺癌预后和药物有效性的基因标志物	非小细胞肺癌及其周围组织中的细胞	数字病理学	肺癌	RNA-seq, 单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
13730	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing unveils the hidden powers of zebrafish kidney for generating both hematopoiesis and adaptive antiviral immunity 2024-Mar-18, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92424 PMID:38497789	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了斑马鱼肾脏在造血和适应性抗病毒免疫中的双重功能	首次全面展示了斑马鱼肾脏中59种造血干细胞/祖细胞和免疫细胞类型，并揭示了其在抗病毒免疫中的多样性功能	NA	阐明斑马鱼肾脏在造血和免疫系统中的功能	斑马鱼肾脏中的造血干细胞/祖细胞和免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	59种造血干细胞/祖细胞和免疫细胞类型
13731	2024-08-07	scRNA-seq analysis discovered suppression of immunomodulatory dependent inflammatory response in PMBCs exposed to silver nanoparticles 2024-Mar-17, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-02364-0 PMID:38494495	研究论文	本研究通过scRNA-seq分析揭示了银纳米颗粒暴露下PBMCs中免疫调节依赖性炎症反应的抑制	本研究首次深入分析了单细胞水平上细胞与金属离子的关联以及特定的免疫反应	研究主要集中在体外模型，未涉及体内模型的验证	探究银纳米颗粒对PBMCs的免疫毒性	银纳米颗粒对PBMCs的免疫反应	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	PBMCs样本
13732	2024-08-04	Protocol to dissect and dissociate the mouse brainstem for single-cell RNA-seq applications 2024-Mar-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102908 PMID:38461411	研究论文	本文提供了一种用于解剖和分离小鼠脑干以进行单细胞RNA-seq应用的协议	提出了一种针对小脑结构（如脑干核）的单细胞转录组学样本处理的新方法	样本产量可能较低，协议主要针对新生小鼠的脑干组织	研究小鼠脑干的单细胞转录组学	小鼠脑干及其相应的细胞样本	数字病理学	NA	SmartSeq3 cDNA文库准备	NA	细胞	新生小鼠的脑干组织样本
13733	2024-08-04	Protocol for acquiring high-quality fresh mouse lung spatial transcriptomics data 2024-Mar-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102825 PMID:38280199	研究论文	本文介绍了一种高质量新鲜小鼠肺部空间转录组数据的获取协议	提出了一种新的协议来克服肺泡内腔给空间转录组实验带来的挑战	未提及协议在不同实验条件下的适用性	旨在为空间转录组学的实验提供一种有效的样本获取方法	新鲜小鼠肺组织	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	cDNA数据	NA
13734	2024-08-04	An optimized protocol for isolation of murine pancreatic single cells with high yield and purity 2024-Mar-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102836 PMID:38219150	研究论文	本文介绍了一种快速分离小鼠胰腺单细胞的优化协议	此研究通过优化解剖顺序、酶组成和操作程序，显著提高了可存活胰腺单细胞的产率和纯度	NA	旨在提供一种高效的单细胞分离方法，以支持多种研究领域	小鼠胰腺单细胞	数字病理学	NA	NA	NA	单细胞	NA
13735	2024-08-04	Single-cell RNA sequencing comparison of the human metastatic prostate spine tumor microenvironment 2024-Mar-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102805 PMID:38341849	研究论文	本文介绍了一种针对前列腺癌患者脊柱肿瘤临床标本的单细胞处理协议	提出了一种从手术室到实验室的单细胞处理方法，以应对脊柱肿瘤组织的异质性	未提及具体样本的异质性对结果的潜在影响	旨在识别脊柱转移瘤患者的预后标志物和治疗靶点	涉及前列腺癌患者的脊柱肿瘤标本	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	临床标本	NA
13736	2024-08-07	Protocol to study the inheritance and propagation of non-genetically encoded states using barcode decay lineage tracing 2024-Mar-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102809 PMID:38180835	研究论文	本文介绍了一种名为条码衰变谱系追踪结合单细胞转录组分析（BdLT-Seq）的实验方案，用于研究非遗传编码状态的继承和传播	提出了一种新的BdLT-Seq技术，能够在保持同质性的同时，以定向方式评估克隆进化，从而比较同源细胞谱系间的非遗传分子特征	NA	开发一种新的实验方案，用于研究细胞谱系中的非遗传分子特征的继承和传播	非遗传编码状态的继承和传播	生物技术	NA	条码衰变谱系追踪结合单细胞转录组分析（BdLT-Seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
13737	2024-08-07	Protocol for inferring epithelial-to-mesenchymal transition trajectories from single-cell RNA sequencing data using R 2024-Mar-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102819 PMID:38183653	研究论文	本文介绍了COMET，一个用于从单细胞RNA测序数据推断上皮-间质转化（EMT）轨迹和状态间转换率的R包	提出了COMET R包，用于从单细胞RNA测序数据中推断EMT轨迹和状态间转换率	NA	研究上皮-间质转化（EMT）在癌症转移过程中的作用及其在癌症预后中的价值	上皮-间质转化（EMT）轨迹和状态间转换率	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	连续时间马尔可夫链	RNA测序数据	NA
13738	2024-08-07	Protocol to analyze immune cells in the tumor microenvironment by transcriptome using machine learning 2024-Mar-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102684 PMID:38219153	研究论文	本文介绍了一种通过转录组分析肿瘤微环境中免疫细胞表型变化和浸润的协议	利用单细胞RNA测序数据和机器学习方法，分析免疫细胞在肿瘤微环境中的表型变化和浸润过程	NA	研究免疫治疗在癌症治疗中的应用	肿瘤微环境中的免疫细胞	机器学习	NA	单细胞RNA测序	机器学习	转录组数据	NA
13739	2024-08-07	Establishing a 3D culture system for early organogenesis of monkey embryos ex vivo and single-cell transcriptome analysis of cultured embryos 2024-Mar-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102835 PMID:38224493	研究论文	本文介绍了一种用于体外培养猕猴胚胎3D培养系统的建立及单细胞转录组分析的方法	首次成功在体外培养猕猴胚胎长达25天，并详细描述了原肠形成和早期器官发生的关键发育事件	NA	旨在理解早期灵长类胚胎发生的最初4周	猕猴胚胎	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	3D培养系统	单细胞转录组数据	NA
13740	2024-08-07	Protocol for optimized dissociation of human scalp tissue for hair follicle transcriptomics by scRNA-seq 2024-Mar-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102848 PMID:38319786	研究论文	本文介绍了一种优化的人类头皮组织解离协议，用于通过scRNA-seq进行毛囊转录组学研究	提出了一种优化的头皮组织解离方法，以获得高质量的单细胞悬液用于scRNA-seq	NA	研究人类毛囊的转录组学	人类头皮组织和毛囊	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA序列	NA