单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
13681	2024-08-07	Comparative study on differential expression analysis methods for single-cell RNA sequencing data with small biological replicates: Based on single-cell transcriptional data of PBMCs from COVID-19 severe patients 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0299358 PMID:38536877	研究论文	本文比较了在生物学重复样本较少的情况下，八种差异表达分析（DEA）方法在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的适应性	提出了基于信息熵的新方法DEF-scRNA-seq，在生物学重复样本较少的情况下具有显著优势	NA	评估和比较在生物学重复样本较少的情况下，不同差异表达分析方法的性能	COVID-19重症患者的PBMCs单细胞转录组数据	单细胞测序	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	生物学重复样本较少
13682	2024-08-04	Amnion responses to intrauterine inflammation and effects of inhibition of TNF signaling in preterm Rhesus macaque 2023-Nov-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108118 PMID:37953944	研究论文	研究了羊膜在子宫内炎症中的反应及TNF信号抑制的影响	使用非人类灵长类动物模型与人类队列对比研究了羊膜转录组，揭示了关键的分娩介导基因的调控机制	本研究主要基于一个非人类灵长类动物模型，可能存在物种之间的差异	阐明子宫内感染/炎症在母胎界面如何调节	比较早产猕猴模型与人类病人群体的羊膜转录组	数字病理学	早产	RNA测序	NA	转录组数据	早产猕猴模型与人类病例的比较，即多个样本
13683	2024-08-04	Distinct Th17 effector cytokines differentially promote microglial and blood-brain barrier inflammatory responses during post-infectious encephalitis 2023-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.10.532135 PMID:37215000	研究论文	本研究探讨了不同Th17效应细胞因子在感染后脑炎期间对小胶质细胞和血脑屏障炎症反应的不同促进作用	阐明了GAS感染中内皮细胞和小胶质细胞的反应机制，并识别了关键的Th17衍生细胞因子	研究主要在小鼠疾病模型中进行，可能无法完全反映人类的情况	探讨在GAS感染后的神经精神后遗症中Th17细胞因子的作用	小鼠模型中的内皮细胞和小胶质细胞	数字病理学	神经精神疾病	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	血清样本	未明确指出样本数量，仅提到患者血清
13684	2024-08-07	Characterisation of macrophage infiltration and polarisation based on integrated transcriptomic and histological analyses in Primary Sjögren's syndrome 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1292146 PMID:38022546	研究论文	本研究通过综合转录组学和组织学分析，探讨了原发性干燥综合征（pSS）中巨噬细胞浸润和极化的机制	首次详细描述了pSS患者中巨噬细胞的浸润和极化状态，并揭示了巨噬细胞与炎症微环境之间的双向关系	研究样本量较小，且仅使用了公开数据集中的样本，可能影响结果的普遍性	探究原发性干燥综合征中巨噬细胞浸润和极化的机制	原发性干燥综合征患者的外周血单个核细胞和唾液腺组织	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	NA	转录组数据	pSS患者5例，健康个体5例，pSS唾液腺组织24例，非pSS唾液腺组织12例
13685	2024-08-07	Human distal lung maps and lineage hierarchies reveal a bipotent progenitor 2022-04, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-04541-3 PMID:35355018	研究论文	本研究通过空间转录组学和单细胞分析技术，揭示了人类远端气道的细胞类型和分子特征，包括首次描述的LGR5成纤维细胞和TRB特异性AT0细胞及TRB分泌细胞	首次全面描绘了人类远端气道的细胞图谱，并发现了一种双潜能的AT0细胞状态，这种细胞在肺再生和疾病中起关键作用	研究主要基于非人类灵长类模型和人类器官培养，可能与实际人体肺部情况存在差异	旨在理解人类远端气道的细胞组成和分子身份，以及这些信息在健康和疾病中的应用	人类远端气道，包括终末和呼吸性细支气管（TRBs）的细胞类型和分子特征	数字病理学	呼吸系统疾病	空间转录组学，单细胞分析	NA	细胞数据	包括非人类灵长类模型、人类器官培养和组织样本
13686	2024-08-07	Antimicrobial production by perifollicular dermal preadipocytes is essential to the pathophysiology of acne 2022-02-16, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abh1478 PMID:35171653	研究论文	研究通过单细胞RNA测序探讨了皮肤成纤维细胞向脂肪细胞分化在痤疮发病机制中的作用	首次揭示了成纤维细胞向脂肪细胞分化过程中产生的抗菌肽cathelicidin在非感染性皮肤病痤疮中的作用	研究主要基于小鼠模型和痤疮患者样本，可能存在种属差异	探究成纤维细胞向脂肪细胞分化在痤疮发病机制中的作用	人痤疮病灶和受挑战的小鼠皮肤	NA	痤疮	单细胞RNA测序	NA	RNA	人痤疮病灶和小鼠皮肤样本
13687	2024-08-07	Transcriptome Comparison of Brain and Kidney Endothelial Cells in Homeostasis 2022, BioMed research international IF:2.6Q3 DOI:10.1155/2022/5239255 PMID:35132377	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术比较了脑和肾内皮细胞的基因表达谱和生物学特征	首次揭示了脑和肾内皮细胞在稳态下的相似性和差异，并识别出七个内皮细胞亚群，其中两个与中风和/或抑郁相关的通路基因上调	NA	旨在深入理解肾病与神经炎症（如中风和抑郁）之间的关系	脑和肾内皮细胞	数字病理学	中风，抑郁症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个脑和肾内皮细胞样本
13688	2024-08-07	Longitudinal Single-Cell Transcriptomics Reveals a Role for Serpina3n-Mediated Resolution of Inflammation in a Mouse Colitis Model 2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.04.004 PMID:33862275	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，探讨了在小鼠化学诱导的结肠炎模型中，Serpina3n在炎症消退中的作用	首次揭示了Serpina3n在结肠炎消退中的特定表达及其与弹性酶的相互作用，为炎症消退提供了新的治疗靶点	NA	探究炎症消退过程中细胞间相互作用及潜在治疗靶点	小鼠化学诱导的结肠炎模型中的细胞类型及其相互作用	NA	结肠炎	单细胞转录组学	NA	转录组	NA
13689	2024-08-07	Gene selection for optimal prediction of cell position in tissues from single-cell transcriptomics data 2020-11, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202000867 PMID:32972997	研究论文	本文通过DREAM单细胞转录组学挑战赛，研究了从单细胞转录组数据中选择基因以预测细胞在组织中的位置的方法	首次对单细胞转录组数据与空间信息基因映射的方法进行了基准测试，并展示了这些方法在不同数据集上的通用性	NA	旨在填补单细胞转录组数据空间重建方法的基准测试空白	研究如何从单细胞转录组数据中选择基因以准确重建细胞在组织中的空间排列	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	34个参赛团队，使用斑马鱼胚胎数据集
13690	2024-08-07	Single-cell transcriptomics identifies divergent developmental lineage trajectories during human pituitary development 2020-10-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-19012-4 PMID:33077725	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了人类胎儿垂体中的4113个单个细胞，揭示了五个激素产生细胞谱系的不同发育轨迹和过渡中间状态	发现了皮质激素细胞在完全分化前的早期中间状态，以及PIT-1谱系细胞从共同前体细胞分离的过程，还识别了一种表达灵长类特异性激素的胎儿促性腺激素细胞亚型	NA	研究人类垂体发育过程中的细胞分化和转录因子动态	人类胎儿垂体的单个细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	4113个单个细胞
13691	2024-08-07	Identification of a distinct luminal subgroup diagnosing and stratifying early stage prostate cancer by tissue-based single-cell RNA sequencing 2020-10-08, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-020-01264-9 PMID:33032611	研究论文	本研究通过基于组织的单细胞RNA测序技术，识别并分类早期前列腺癌中的一个独特的腔内亚群	首次使用单细胞RNA测序技术研究前列腺癌的异质性，并发现了一个具有高拷贝数变异水平和前列腺癌相关代谢过程标记基因的恶性腔内集群	尚未在前列腺癌异质性研究中使用单细胞RNA测序技术	寻找更好的疾病诊断和分类的生物标志物	前列腺癌的异质性和细胞起源	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	15个细胞群，包括3个具有不同表达谱的腔内集群
13692	2024-08-07	PhyDOSE: Design of follow-up single-cell sequencing experiments of tumors 2020-10, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1008240 PMID:33001973	研究论文	本文介绍了PhyDOSE方法，该方法利用大量和单细胞DNA测序数据来优化后续单细胞测序实验的设计，以高效重建肿瘤的系统发育	PhyDOSE方法通过识别区分不同候选树的少数克隆，并将其纳入概率模型中，以推断需要测序的细胞数量，从而自信地重建肿瘤的系统发育	NA	优化肿瘤单细胞测序实验的设计，以提高癌症基因组学中下游分析的准确性	肿瘤的单细胞测序实验设计	数字病理学	白血病，急性髓系白血病，肺癌	单细胞DNA测序	概率模型	DNA测序数据	多个白血病和肺癌患者样本
13693	2024-08-07	Modeling tissue-relevant Caenorhabditis elegans metabolism at network, pathway, reaction, and metabolite levels 2020-10, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20209649 PMID:33022146	研究论文	本文介绍了MEtabolic models Reconciled with Gene Expression (MERGE)计算流程，用于基于单细胞RNA测序数据预测秀丽隐杆线虫组织相关代谢功能	MERGE流程能够预测秀丽隐杆线虫的新陈代谢功能，并可应用于其他系统	NA	开发代谢网络模型，用于个体细胞的代谢功能预测	秀丽隐杆线虫的组织相关代谢功能	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	代谢网络模型	基因表达数据	NA
13694	2024-08-07	Analysis of the molecular nature associated with microsatellite status in colon cancer identifies clinical implications for immunotherapy 2020-10, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2020-001437 PMID:33028695	研究论文	本研究通过分析结直肠癌中的微卫星稳定性（MSS）和微卫星不稳定性（MSI）的分子特性，探讨了其对免疫治疗临床结果的影响	构建了一个与微卫星状态相关的基因特征，用于预测结直肠癌患者的预后和免疫检查点抑制剂联合抗VEGF治疗的反应	NA	阐明微卫星不稳定性在结直肠癌中的分子本质，并探讨其对免疫治疗的影响	结直肠癌中的微卫星稳定性和不稳定性	数字病理学	结直肠癌	随机森林算法，神经网络	神经网络	转录组数据	TCGA数据集及自建数据集（包括39例低肿瘤突变负荷MSS结直肠癌，10例高肿瘤突变负荷MSS结直肠癌，15例MSI结直肠癌）
13695	2024-08-07	Lef1 expression in fibroblasts maintains developmental potential in adult skin to regenerate wounds 2020-09-29, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.60066 PMID:32990218	研究论文	本文通过scRNA-seq技术研究了新生小鼠皮肤中的再生因子，这些因子能够使成年皮肤转变为再生而非仅修复伤口，并探讨了Lef1转录因子在其中的作用。	首次发现新生乳头状成纤维细胞通过表达Lef1转录因子，促进年轻皮肤的健康再生，并能在成年皮肤中增强皮肤修复能力。	NA	探索新生皮肤中的再生因子，以开发促进成年组织再生的临床可行方案。	新生小鼠皮肤中的成纤维细胞及其在皮肤再生中的作用。	NA	烧伤及与伤口愈合相关的皮肤病	scRNA-seq	NA	基因组数据	NA
13696	2024-08-07	A Transcriptomics-Based Meta-Analysis Combined With Machine Learning Identifies a Secretory Biomarker Panel for Diagnosis of Pancreatic Adenocarcinoma 2020, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2020.572284 PMID:33133160	meta-analysis	本研究通过结合转录组学和机器学习方法，识别出一组具有分泌潜力的生物标志物，用于胰腺腺癌的诊断	本研究首次识别出一个包含9个基因的生物标志物面板，该面板在区分胰腺腺癌与健康样本方面表现出高灵敏度和特异性	研究结果需要在临床试验中进一步验证	旨在通过转录组学和机器学习方法识别新的生物标志物，用于胰腺腺癌的早期诊断	胰腺导管腺癌的生物标志物	machine learning	胰腺癌	转录组学	支持向量机	基因表达数据	19个胰腺腺癌（组织和血液）转录组研究样本
13697	2024-08-07	A hybrid deep clustering approach for robust cell type profiling using single-cell RNA-seq data 2020-10, RNA (New York, N.Y.) DOI:10.1261/rna.074427.119 PMID:32532794	研究论文	本文开发了一种新的混合深度聚类方法DUSC，用于使用单细胞RNA测序数据进行稳健的细胞类型分析	DUSC方法结合了基于深度学习架构的特征生成和模型基础的聚类算法，能够生成紧凑且信息丰富的单细胞转录组数据表示，并生成稳健的聚类	NA	解决现有方法在处理单细胞RNA测序数据中大量噪声和细胞类型差异变异时的不足	单细胞RNA测序数据中的细胞亚型和特定细胞状态	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序	深度学习	转录组数据	来自三阴性乳腺癌肿瘤的单细胞转录组数据集
13698	2024-08-07	A human circulating immune cell landscape in aging and COVID-19 2020-10, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1007/s13238-020-00762-2 PMID:32780218	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和单细胞ATAC测序，比较了年轻和老年受试者以及COVID-19患者外周血中免疫细胞类型的变化	首次全面详细地描述了随着年龄增长，人类循环免疫细胞的变化情况，并揭示了COVID-19如何促进与年龄相关的免疫细胞极化和基因表达	NA	研究年龄和COVID-19对人类循环免疫细胞景观的影响	年轻和老年受试者以及COVID-19患者的外周血免疫细胞	NA	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、质谱流式细胞术、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	细胞	年轻和老年受试者以及COVID-19患者的外周血样本
13699	2024-08-07	Understanding human gut diseases at single-cell resolution 2020-09-30, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddaa130 PMID:32588873	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在深入理解人类肠道功能和病理生理学中的应用	scRNA-seq技术揭示了人类肠道中细胞多样性和转录变异的新领域，并识别了可能与多种肠道疾病相关的新型细胞类型	NA	深入理解人类肠道在健康和多种肠道疾病中的功能	人类肠道中的细胞类型及其在疾病中的作用	数字病理学	肠道疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
13700	2024-08-07	Latent Factor Modeling of scRNA-Seq Data Uncovers Dysregulated Pathways in Autoimmune Disease Patients 2020-Sep-25, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2020.101451 PMID:32853994	研究论文	本文通过比较四种先进的潜在因子建模方法，提出了一种将潜在因子分配给通路活性和特定细胞亚群的方法，并应用于类风湿关节炎和系统性红斑狼疮患者的scRNA-seq数据集	本文提出了一种新的框架，用于识别细胞亚型并发现与疾病相关的基因特征	需要进一步研究以确定最适合特定任务的方法以及如何解释潜在因子	探索潜在因子建模在scRNA-seq数据分析中的应用，并识别与自身免疫疾病相关的基因特征	类风湿关节炎和系统性红斑狼疮患者的scRNA-seq数据	数字病理学	自身免疫疾病	scRNA-seq	潜在因子建模	基因表达数据	来自类风湿关节炎和系统性红斑狼疮患者活检的scRNA-seq数据集