单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27864 篇文献，本页显示第 13661 - 13680 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 13661 | 2024-08-07 |
AHR signaling is induced by infection with coronaviruses
2021-08-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25412-x
PMID:34446714
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研究论文 | 本文报道了芳烃受体（AHR）在冠状病毒感染中的激活作用，并探讨了其对病毒免疫逃逸和肺上皮细胞的影响。 | 首次揭示了AHR在冠状病毒感染中的激活作用，及其对病毒复制和肺病理的影响。 | 需要进一步研究以评估AHR作为宿主导向抗病毒治疗靶点的潜力。 | 探讨AHR在冠状病毒感染中的作用及其对病毒免疫和肺病理的影响。 | AHR在冠状病毒感染中的激活及其对病毒复制和肺上皮细胞的影响。 | NA | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | COVID-19患者的肺组织样本 |
| 13662 | 2024-08-07 |
Tumour-targeted interleukin-12 and entinostat combination therapy improves cancer survival by reprogramming the tumour immune cell landscape
2021-08-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25393-x
PMID:34446712
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研究论文 | 本文通过综合单细胞转录组、蛋白质组和免疫细胞分析，展示了Entinostat与NHS-rmIL12联合治疗在实验性小鼠结肠癌细胞和低免疫原性乳腺癌肿瘤中的应用，重编程肿瘤免疫环境，提高癌症生存率。 | 本研究首次展示了Entinostat与NHS-rmIL12联合治疗能够重编程肿瘤免疫环境，促进CD8 T细胞和活化中性粒细胞的协同作用，导致肿瘤完全消除。 | 研究主要在实验性小鼠模型中进行，需要在人类临床试验中进一步验证其效果。 | 探讨Entinostat与NHS-rmIL12联合治疗在改善癌症生存中的作用。 | 实验性小鼠结肠癌细胞和低免疫原性乳腺癌肿瘤。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组、蛋白质组和免疫细胞分析 | NA | 转录组、蛋白质组 | 实验涉及的小鼠样本数量未明确提及 |
| 13663 | 2024-08-07 |
Sfaira accelerates data and model reuse in single cell genomics
2021-08-25, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02452-6
PMID:34433466
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研究论文 | 本文介绍了sfaira，一个用于公共数据集的单细胞数据动物园，以及一个包含可执行预训练模型的模型动物园，旨在加速单细胞基因组学中的数据和模型重用 | 提出了一个用于公共数据集的单细胞数据动物园sfaira，并设计了用于元数据的本体论，以及针对不同粗细注释水平的细胞类型分类的交叉熵损失的适应 | NA | 解决单细胞RNA-seq数据分析中独立分析和数据整理时间消耗的问题 | 单细胞RNA-seq数据集和预训练模型 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA-seq | 预训练模型 | 单细胞数据 | 800万个细胞 |
| 13664 | 2024-08-07 |
Whole-genome methylation analysis of testicular germ cells from cryptozoospermic men points to recurrent and functionally relevant DNA methylation changes
2021-08-21, Clinical epigenetics
IF:4.8Q1
DOI:10.1186/s13148-021-01144-z
PMID:34419158
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研究论文 | 本研究通过全基因组甲基化分析，比较了隐匿精子症患者和阻塞性无精子症患者的睾丸生殖细胞的DNA甲基化模式，发现了与精子发生受损相关的功能性相关区域的DNA甲基化变化。 | 本研究首次在隐匿精子症患者的睾丸生殖细胞中发现了与精子发生受损相关的功能性相关区域的DNA甲基化变化。 | 研究样本量较小，仅包括四名隐匿精子症患者和四名阻塞性无精子症患者作为对照。 | 探究隐匿精子症患者的睾丸生殖细胞是否存在异常的DNA甲基化模式。 | 隐匿精子症患者的睾丸生殖细胞和阻塞性无精子症患者的睾丸生殖细胞。 | 数字病理学 | 男性不育 | 全基因组甲基化分析，深度亚硫酸盐测序 | NA | DNA甲基化数据 | 8名患者（4名隐匿精子症患者和4名阻塞性无精子症患者） |
| 13665 | 2024-08-07 |
MultiK: an automated tool to determine optimal cluster numbers in single-cell RNA sequencing data
2021-08-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02445-5
PMID:34412669
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MultiK的自动化工具，用于确定单细胞RNA测序数据中的最佳聚类数 | MultiK通过多分辨率视角提供了一个客观的聚类数估计方法，改进了现有的单细胞RNA测序聚类方法 | NA | 旨在改进单细胞RNA测序数据中聚类数的估计方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群体 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类分析 | 基因表达数据 | NA |
| 13666 | 2024-08-07 |
ExpressHeart: Web Portal to Visualize Transcriptome Profiles of Non-Cardiomyocyte Cells
2021-Aug-19, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms22168943
PMID:34445647
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研究论文 | 本研究开发了一个名为ExpressHeart的开放访问网络门户，用于可视化来自五个实验室的三种物种的非心肌细胞（nonCMs）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 | ExpressHeart提供了跨数据集信息的直接组合功能，例如通过不同数据集的交集生成高置信度差异表达基因（DEGs）列表，并进行数据集间的比较 | NA | 揭示心脏中的分子特征，为心脏疾病研究提供支持 | 非心肌细胞（nonCMs）的转录组特征 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 来自五个实验室的三种物种的非心肌细胞（nonCMs）样本 |
| 13667 | 2024-08-07 |
Live cell tagging tracking and isolation for spatial transcriptomics using photoactivatable cell dyes
2021-08-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25279-y
PMID:34404785
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SPACECAT的方法，用于通过光激活细胞染料进行空间转录组学的活细胞标记、追踪和分离 | SPACECAT方法提供了单细胞精度和时间稳定性，适用于多种细胞和组织类型，并能与下游分析相结合 | NA | 研究细胞与其微环境的动态相互作用，以及这些相互作用如何影响细胞的表型和功能 | 肠道类器官中的隐窝样区域，以及来自健康器官和自发性肺肿瘤模型的离体组织切片 | 空间转录组学 | NA | 光激活细胞染料 | NA | 转录组数据 | 四个健康器官和一个自发性肺肿瘤模型的组织切片 |
| 13668 | 2024-08-07 |
Plant single-cell solutions for energy and the environment
2021-08-12, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-021-02477-4
PMID:34385583
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研究论文 | 本文探讨了单细胞技术在能源和环境科学中的应用，并提出了在植物、真菌和藻类研究中面临的挑战和机遇 | 强调了开发更全面单细胞技术和分析工具的必要性，以及创建一个集中、开放访问的植物单细胞数据库的重要性 | 目前单细胞方法在植物、真菌、藻类等环境生物中的应用仍受限于多糖壁的挑战 | 推动能源和环境科学的发展，通过深入研究特定模型物种和捕捉植物界的多样性 | 植物、真菌和藻类等环境生物 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 13669 | 2024-08-07 |
Virus Infection Variability by Single-Cell Profiling
2021-08-09, Viruses
DOI:10.3390/v13081568
PMID:34452433
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综述 | 本文综述了通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单分子RNA荧光原位杂交（FISH）和铜(I)催化的叠氮-炔环加成（点击）化学等技术，分析人类和小鼠细胞中病毒感染变异性的研究进展 | 引入了“细胞状态”概念，并介绍了单细胞同时测量染色质可及性和mRNA计数的高通量技术 | NA | 探讨病毒感染变异性的机制及其对疾病发生和发展的影响 | 人类和小鼠细胞中的病毒感染变异性 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单分子RNA荧光原位杂交（FISH）、铜(I)催化的叠氮-炔环加成（点击）化学 | NA | RNA | NA |
| 13670 | 2024-08-07 |
YY1 Silencing Induces 5-Fluorouracil-Resistance and BCL2L15 Downregulation in Colorectal Cancer Cells: Diagnostic and Prognostic Relevance
2021-Aug-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms22168481
PMID:34445183
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研究论文 | 研究YY1沉默对结直肠癌细胞对5-氟尿嘧啶的耐药性和BCL2L15下调的影响，并探讨其在结直肠癌诊断和预后中的相关性 | 首次探讨YY1表达水平对结直肠癌细胞治疗反应的影响，并识别相关转录靶点 | 研究仅涉及四种不同基因型的结直肠癌细胞，可能需要更广泛的细胞系验证 | 研究YY1在结直肠癌中的作用及其作为诊断和预后标志物的潜力 | 结直肠癌细胞及患者的YY1表达水平和治疗反应 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及四种不同基因型的结直肠癌细胞及结直肠癌患者数据 |
| 13671 | 2024-08-07 |
Specific splice junction detection in single cells with SICILIAN
2021-08-05, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02434-8
PMID:34353340
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SICILIAN的新方法，用于在单细胞RNA测序数据中精确检测剪接接头，并为其分配统计置信度 | SICILIAN方法能够提高剪接接头检测的精确度，并在模拟数据上实现高准确性，增强单细胞与批量数据集之间的一致性，以及生物重复样本之间的一致性 | NA | 开发一种新方法以提高单细胞RNA测序数据中剪接接头检测的精确度 | 单细胞RNA测序数据中的剪接接头 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 13672 | 2024-08-07 |
Reconstruction of lateral root formation through single-cell RNA sequencing reveals order of tissue initiation
2021-08-02, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2021.05.028
PMID:34062316
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了拟南芥侧根形成过程中组织初始化的顺序 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细解析了侧根原基的发育过程，揭示了组织初始化的顺序和细胞命运的重编程 | 未检测到类似表皮或根冠的细胞，暗示外部组织可能在侧根出现之前形成 | 探究植物侧根形成过程中的组织初始化和细胞命运 | 拟南芥侧根形成过程中的细胞和组织 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 涉及拟南芥侧根形成的前四个阶段的细胞 |
| 13673 | 2024-08-07 |
Iterative single-cell multi-omic integration using online learning
2021-08, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-00867-x
PMID:33875866
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研究论文 | 本文介绍了一种名为在线集成非负矩阵分解（iNMF）的算法，用于整合大规模、多样化的单细胞数据集 | 该算法能够处理任意数量的细胞数据，使用固定内存，并能迭代地整合新产生的数据集，允许多用户通过互联网流式传输同时分析一个大型数据集 | NA | 开发一种通用且可扩展的计算方法，用于整合大规模单细胞基因表达、染色质可及性和DNA甲基化数据集 | 单细胞基因表达、染色质可及性和DNA甲基化数据集 | 生物信息学 | NA | 非负矩阵分解（NMF） | 非负矩阵分解（NMF） | 单细胞数据 | 超过100万个细胞 |
| 13674 | 2024-08-07 |
A deep convolutional neural network for segmentation of whole-slide pathology images identifies novel tumour cell-perivascular niche interactions that are associated with poor survival in glioblastoma
2021-08, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-021-01394-x
PMID:33927352
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研究论文 | 本文使用深度卷积神经网络对胶质母细胞瘤的数字化病理切片进行分割，并分析了不同肿瘤区域的基因特征与患者生存率的关系 | 首次在空间上解析了胶质母细胞瘤中不同肿瘤区域的基因特征，并揭示了肿瘤细胞与微环境细胞的相互作用对患者生存率的影响 | NA | 研究胶质母细胞瘤中不同肿瘤区域的基因特征与患者生存率的关系 | 胶质母细胞瘤的数字化病理切片 | 数字病理学 | 脑癌 | 深度卷积神经网络 | DCNN | 图像 | 来自The Cancer Genome Atlas (TCGA)的数字化胶质母细胞瘤病理切片 |
| 13675 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome profiling of the human developing spinal cord reveals a conserved genetic programme with human-specific features
2021-08-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.199711
PMID:34351410
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研究论文 | 本研究利用单细胞mRNA测序技术，对人类胚胎发育中的脊髓进行转录组分析，揭示了脊髓发育中细胞多样性和复杂性，并与小鼠脊髓发育进行比较 | 发现了人类脊髓发育中特有的特征，并重建了特定神经元亚型的分化路径 | NA | 探究人类神经管发育中细胞的多样性和复杂性 | 人类胚胎的脊髓 | 数字病理学 | NA | 单细胞mRNA测序 | NA | 转录组数据 | 四个不同发育阶段的人类胚胎 |
| 13676 | 2024-08-07 |
PI3Kα inhibitor CYH33 triggers antitumor immunity in murine breast cancer by activating CD8+T cells and promoting fatty acid metabolism
2021-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-003093
PMID:34373258
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研究论文 | 研究PI3Kα抑制剂CYH33通过激活CD8+T细胞和促进脂肪酸代谢在乳腺癌小鼠模型中触发抗肿瘤免疫的作用 | 首次探讨了PI3Kα抑制剂CYH33对肿瘤微环境的影响，并发现其与脂肪酸合成酶抑制剂C75联合使用可增强抗肿瘤免疫 | 研究主要在免疫健全的小鼠模型中进行，需要进一步在人体中验证 | 探讨PI3Kα抑制剂CYH33对肿瘤微环境的影响及其在乳腺癌治疗中的应用 | 乳腺癌小鼠模型中的肿瘤微环境和免疫细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序和多参数流式细胞术 | NA | 细胞 | 多个小鼠肿瘤模型 |
| 13677 | 2024-08-07 |
Stochastic gene expression drives mesophyll protoplast regeneration
2021-Aug, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abg8466
PMID:34380624
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研究论文 | 研究探讨了植物叶肉原生质体再生过程中细胞多能性的机制 | 发现了两个转录因子在原生质体再生中的促进作用，并揭示了原生质体分离后基因表达变异增加的现象 | NA | 揭示植物细胞多能性的分子机制 | 植物叶肉原生质体及其再生过程 | NA | NA | 活体成像和单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 单个叶肉原生质体 |
| 13678 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomes reveal heterogeneity of high-grade serous ovarian carcinoma
2021-08, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.500
PMID:34459128
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）的异质性和分子基础 | 本研究发现了具有高增殖和药物抗性潜力的侵袭性上皮细胞亚群，并鉴定了几个在卵巢癌细胞生长和迁移中起作用的新标记物 | NA | 探讨高级别浆液性卵巢癌的异质性和分子基础 | 高级别浆液性卵巢癌的原始和转移样本 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组 | 13,571个细胞 |
| 13679 | 2024-08-07 |
Generation and Characterization of a Cell Type-Specific, Inducible Cre-Driver Line to Study Olfactory Processing
2021-07-28, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.3076-20.2021
PMID:34099512
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研究论文 | 本文通过分析单细胞RNA测序数据，识别并验证了在小鼠嗅球中的两种细胞类型——主细胞和簇状细胞中差异表达的基因，并利用CRISPR/Cas9技术生成了一个可诱导的Cre驱动鼠系，用于特定标记主细胞，以研究嗅觉处理 | 首次生成了能够区分主细胞和簇状细胞的Cre驱动鼠系，利用公开的单细胞RNA测序数据加速了科学研究 | NA | 生成一个细胞类型特异性的、可诱导的Cre驱动鼠系，以研究嗅觉处理中的细胞类型特异性贡献 | 小鼠嗅球中的主细胞和簇状细胞 | 神经科学 | NA | CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 大量样本 |
| 13680 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomics of human embryos identifies multiple sympathoblast lineages with potential implications for neuroblastoma origin
2021-05, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-021-00818-x
PMID:33833454
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了人类胚胎发育过程中神经嵴和间充质来源的细胞系向肾上腺、肾脏、内皮和造血组织分化的过程 | 研究发现肾上腺内交感神经母细胞直接来源于神经相关的施万细胞前体，与局部嗜铬细胞相似，而大多数肾上腺外交感神经母细胞则来源于迁移的神经嵴 | NA | 揭示人类胚胎发育过程中细胞状态的进展，以了解儿科疾病的起源 | 人类胚胎发育中神经嵴和间充质来源的细胞系 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 涉及人类胚胎发育的第6至第14周 |