单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
13641	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing demonstrates the molecular and cellular reprogramming of metastatic lung adenocarcinoma 2020-05-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-16164-1 PMID:32385277	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了转移性肺腺癌的分子和细胞重编程特征	首次对转移性肺腺癌进行了大规模的单细胞转录组分析，揭示了癌症细胞亚型及其在转移阶段的主导作用，以及肿瘤微环境中基质和免疫细胞的动态变化	NA	深入理解转移性肺腺癌的分子和细胞动态变化，并发现潜在的诊断和治疗靶点	转移性肺腺癌及其微环境中的细胞和分子特征	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	44名患者的208,506个细胞
13642	2024-08-07	The pelvic organs receive no parasympathetic innervation 2024-Mar-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.91576 PMID:38488657	research paper	本研究使用单细胞RNA测序技术，发现小鼠盆腔神经节由四种不同于交感和副交感神经元的神经元组成，这些神经元与交感神经元有亲缘关系，但不与副交感神经元相关。研究还表明，脊髓腰段节前神经元在盆腔神经节中与去甲肾上腺素能和胆碱能细胞形成突触，这两种细胞均作为交感神经的传递介质。因此，盆腔器官不接受来自副交感或典型交感神经元的神经支配，而是接受来自交感神经链末端分支的神经支配，负责其特有的功能。	本研究首次揭示了盆腔神经节中的神经元类型及其与交感和副交感神经元的关系，并证明了盆腔器官不接受副交感神经的神经支配。	NA	探讨盆腔器官的自主神经支配机制	小鼠盆腔神经节中的神经元类型及其功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
13643	2024-08-07	A novel EIF3C-related CD8+ T-cell signature in predicting prognosis and immunotherapy response of nasopharyngeal carcinoma 2024-Feb-24, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05552-x PMID:38400862	研究论文	本研究探讨了EIF3C在鼻咽癌肿瘤免疫微环境中的作用，并构建了一个新的EIF3C相关CD8+ T细胞签名（ETS）模型，用于预测鼻咽癌的预后和免疫治疗反应	本研究首次构建了EIF3C相关CD8+ T细胞签名模型，用于预测鼻咽癌的预后和免疫治疗反应	NA	探索EIF3C在鼻咽癌肿瘤免疫微环境中的作用，并开发新的生物标志物以准确预测免疫治疗效果	EIF3C在鼻咽癌中的表达及其对CD8+ T细胞浸润的影响	数字病理学	鼻咽癌	scRNA-seq	lasso算法	RNA序列	NA
13644	2024-08-04	Development of a novel lncRNA-derived immune gene score using machine learning-based ensembles for predicting the survival of HCC 2024-Feb-09, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05608-6 PMID:38334792	研究论文	本文开发了一种新型的lncRNA衍生免疫基因评分模型，用于预测肝细胞癌（HCC）患者的生存率	提出了一种基于机器学习的集成方法来建立lncRNA和免疫基因评分模型	研究中使用的单细胞测序数据可能无法完全代表患者体内的真实免疫环境	开发一个准确的预测模型以评估肝细胞癌患者的生存期	肝细胞癌患者的mRNA和lncRNA表达谱	机器学习	肝癌	单细胞测序	NA	mRNA和lncRNA表达数据	使用了来自TCGA、GEO和ICGC的数据集进行模型验证
13645	2024-08-04	Identification and validation of Golgi apparatus-related signature for predicting prognosis and immunotherapy response in breast cancer 2024-Feb-01, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05612-w PMID:38300336	研究论文	本研究旨在探讨高尔基体相关基因在乳腺癌预后和免疫治疗反应评估中的预测价值	识别并验证了一种由394个高尔基体相关基因组成的预后风险特征，可以有效区分乳腺癌患者的高风险和低风险组	未提及具体的研究局限性	研究乳腺癌中高尔基体相关基因的预测价值	乳腺癌患者的数据和样本	数字病理学	乳腺癌	qPCR和单细胞测序	Cox回归分析	转录组数据和临床数据	涉及394个与乳腺癌预后显著相关的高尔基体相关基因
13646	2024-08-07	Chronic active Epstein-Barr virus disease originates from infected hematopoietic stem cells 2024-01-04, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021074 PMID:37824804	研究论文	本研究通过多种检测方法，包括定量聚合酶链反应、PrimeFlow和单细胞RNA测序，分析了慢性活动性EB病毒病（CAEBV）患者的骨髓和外周血细胞，揭示了CAEBV疾病的起源及其对免疫系统的影响	首次通过单细胞RNA测序等技术证实CAEBV疾病起源于感染的造血干细胞，并展示了EBV感染对免疫系统的具体影响	研究样本量较小，仅包括5名CAEBV患者和少数对照组，可能影响结果的普遍性	探究慢性活动性EB病毒病的病因及其对免疫系统的影响	慢性活动性EB病毒病患者的骨髓和外周血细胞	NA	慢性活动性EB病毒病	定量聚合酶链反应、PrimeFlow、单细胞RNA测序	NA	RNA	5名CAEBV患者、1名EBV相关噬血细胞性淋巴组织细胞增生症患者和2名健康对照
13647	2024-08-07	IL-7 receptor signaling drives human B-cell progenitor differentiation and expansion 2023-09-28, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023019721 PMID:37369082	研究论文	本研究通过流式细胞术和单细胞RNA测序分析健康对照组和IL-7Rα缺陷患者的骨髓样本，结合体外人B细胞分化模型，证明IL-7R信号在人B淋巴生成中起关键作用	揭示了IL-7信号在促进B淋巴细胞命运和扩展早期人B细胞前体中的先前未知作用，并指出了人与小鼠之间的差异	NA	探讨IL-7R信号在人B淋巴生成中的作用及其在血液干细胞移植和白血病发生中的意义	IL-7R信号在人B淋巴生成中的作用	免疫学	免疫缺陷病	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	健康对照组和IL-7Rα缺陷患者的骨髓样本
13648	2024-08-07	Prolonged response after TPO-RA discontinuation in primary ITP: results of a prospective multicenter study 2023-06-08, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2022018665 PMID:36893453	研究论文	本研究探讨了在停止使用血小板生成素受体激动剂（TPO-RA）后，原发性免疫性血小板减少症（ITP）患者持续无治疗的反应情况	发现单细胞RNA测序揭示了在TPO-RA停药后无持续反应的患者中，CD8+ T细胞中肿瘤坏死因子α信号通过NF-κB途径的富集，以及CD69在基线时在这些患者中的过度表达	未发现显著的临床预测因子来预测第24周的无治疗持续反应	评估原发性ITP患者在TPO-RA停药后的持续无治疗反应	持续或慢性原发性ITP成年患者，且在TPO-RAs治疗下完全反应	NA	免疫性血小板减少症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	48名患者
13649	2024-08-07	A single-cell atlas identifies pretreatment features of primary imatinib resistance in chronic myeloid leukemia 2023-06-01, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2022017295 PMID:36857629	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，识别了慢性髓性白血病中伊马替尼原发性耐药的前治疗特征	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了慢性髓性白血病中伊马替尼耐药的关键细胞特征和基因表达模式	研究主要集中在伊马替尼耐药的预后特征，未涉及其他治疗方案的耐药机制	探讨慢性髓性白血病中伊马替尼原发性耐药的分子机制	慢性髓性白血病患者的骨髓样本，特别是白血病干细胞和自然杀伤细胞	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	多个慢性髓性白血病患者的骨髓样本
13650	2024-08-04	Spatial and molecular profiling of the mononuclear phagocyte network in classic Hodgkin lymphoma 2023-05-11, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2022015575 PMID:36758207	研究论文	本研究定义了经典霍奇金淋巴瘤及非淋巴瘤淋巴结的全球免疫细胞组成	首次高分辨率探讨了单核吞噬细胞网络的组织和与霍奇金-里德-斯坦伯格细胞的相互作用	仅通过少量经典标记识别的单核吞噬细胞可能限制了对其真正功能的全面理解	探讨经典霍奇金淋巴瘤中的免疫细胞组成及其在肿瘤微环境中的作用	聚焦于经典霍奇金淋巴瘤中的单核吞噬细胞及其全局组成	数字病理学	霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、多重免疫荧光	NA	免疫细胞组成数据	诊断活检样本
13651	2024-08-07	Cardiomyocyte Pdk4 response is associated with metabolic maladaptation in aging 2023-04, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.13800 PMID:36797808	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，探讨了老年和年轻小鼠心脏细胞在缺血/再灌注条件下转录差异，特别是心肌细胞中Pdk4基因的表达变化及其对葡萄糖代谢的影响	首次揭示了Pdk4在年轻和老年小鼠心肌细胞中的差异表达，及其对葡萄糖代谢的调控作用	研究仅限于小鼠模型，未来需在人类样本中验证这些发现	探索衰老如何增加心脏对缺血损伤的脆弱性	老年和年轻小鼠的心肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	老年和年轻小鼠的心脏样本
13652	2024-08-07	Discovering sparse transcription factor codes for cell states and state transitions during development 2017-03-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.20488 PMID:28296636	研究论文	本文通过计算分析基因表达水平，发现了一组稀疏的基因子集在B细胞和T细胞发育谱系中的表达模式，并开发了一种统计框架来同时推断谱系转换和决定这些关系的基因	本文开发了一种新的统计框架，能够同时推断细胞谱系转换和关键基因，并将其应用于早期造血、肠道和人类皮质发育的单细胞RNA测序数据分析	NA	确定多能细胞在发育过程中做出的谱系选择顺序，并识别影响这些选择的基因	B细胞和T细胞发育谱系中的细胞状态和状态转换	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	统计框架	基因表达数据	早期造血、肠道和人类皮质发育的细胞样本
13653	2024-08-07	A machine learning approach for the identification of key markers involved in brain development from single-cell transcriptomic data 2016-12-22, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-016-3317-7 PMID:28155657	研究论文	本文介绍了一种利用机器学习算法（支持向量机和随机森林）分析单细胞RNA测序数据的新方法，以识别大脑发育中的关键标记物	本文提出了一种新的计算方法，使用支持向量机和随机森林算法来分析单细胞RNA测序数据，以识别不同细胞亚型之间的独特转录组差异	NA	研究目的是开发一种新的计算方法，用于分析单细胞RNA测序数据，以识别大脑发育中的关键标记物	研究对象是来自新皮质细胞和神经前体细胞的单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	支持向量机和随机森林	转录组数据	38个关键转录本
13654	2024-08-07	Feasibility of whole RNA sequencing from single-cell mRNA amplification 2013, Genetics research international DOI:10.1155/2013/724124 PMID:24455282	研究论文	本文探讨了从单细胞mRNA扩增进行全RNA测序的可行性	本文展示了单细胞RNA-seq技术在基因拼接检测和不同亚型TGF-beta分析中的应用	单细胞RNA-seq技术在某些基因表达检测中存在遗漏，敏感性和特异性有待提高	验证单细胞RNA-seq技术在基因组医学中的应用	单细胞mRNA扩增后的全RNA测序	数字病理学	肿瘤	RNA-seq	NA	文本	11.6百万条原始测序读取（19.6百万条）
13655	2024-08-04	CCNA2 and NEK2 regulate glioblastoma progression by targeting the cell cycle 2024-May, Oncology letters IF:2.5Q3 DOI:10.3892/ol.2024.14339 PMID:38516683	研究论文	该研究旨在探究CCNA2和NEK2在胶质母细胞瘤中的分子机制	首次系统阐明CCNA2和NEK2在胶质母细胞瘤进展中的作用，并建立了生存预测的诺模图	目前研究中并未明确说明样本量和不同亚类型的详细数据	探讨CCNA2和NEK2在胶质母细胞瘤中的特定功能和分子机制	胶质母细胞瘤中CCNA2和NEK2的表达及其预后	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞测序、西方印迹法和免疫组化染色	NA	基因表达数据	NA
13656	2024-08-04	STEP: profiling cellular-specific targets and pathways of bioactive small molecules in tissues via integrating single-cell transcriptomics and chemoproteomics 2024-Mar-20, Chemical science IF:7.6Q1 DOI:10.1039/d3sc04826h PMID:38516082	研究论文	本文提出了一种新颖的多组学集成管道STEP，能够在单细胞分辨率下剖析哺乳动物组织中的蛋白质靶标。	STEP是一种新策略，首次实现了细胞特异性靶标和功能过程的全球剖析，提供了前所未有的分辨率。	未提及具体的局限性	本研究旨在提升对生物活性小分子的药物作用机制的理解。	研究对象为哺乳动物组织中的生物活性小分子及其细胞靶标。	化学生物学	NA	单细胞转录组学与化学蛋白组学的集成	NA	蛋白质靶标数据	采用了经典药物（如阿司匹林、马兜铃酸和顺铂）作为示例
13657	2024-08-04	In Silico Localization of Perilymph Proteins Enriched in Meńier̀e Disease Using Mammalian Cochlear Single-cell Transcriptomics 2023-Mar, Otology & neurotology open DOI:10.1097/ONO.0000000000000027 PMID:38516320	研究论文	本研究利用哺乳动物耳蜗的单细胞转录组学定位梅尼埃病患者富集的外淋巴蛋白	研究首次通过单细胞转录组数据分析梅尼埃病相关的外淋巴蛋白与特定耳蜗细胞类型的关联	目前对人类内耳疾病的理解有限，可能影响结果的广泛适用性	研究梅尼埃病患者外淋巴蛋白的表达与耳蜗特定细胞类型的关联	梅尼埃病患者的外淋巴蛋白及其在耳蜗细胞中的表达	数字病理学	梅尼埃病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个梅尼埃病患者及对照样本数据
13658	2024-08-04	Machine learning combined with single-cell analysis reveals predictive capacity and immunotherapy response of T cell exhaustion-associated lncRNAs in uterine corpus endometrial carcinoma 2024-05, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111077 PMID:38311301	研究论文	本研究建立了与 T 细胞耗竭相关的长链非编码 RNA 在子宫体内膜癌中的预测模型并研究了其免疫特征	首次探讨了与 T 细胞耗竭相关的长链非编码 RNA 在子宫体内膜癌中的作用，并建立了相关的预测模型	研究主要基于公共数据库的数据，可能存在信息的偏倚和不足	建立与子宫体内膜癌 T 细胞耗竭相关的长链非编码 RNA 的预测模型	与 T 细胞耗竭相关的长链非编码 RNA	数字病理学	子宫体内膜癌	转录组和单细胞测序	逻辑回归模型	基因表达数据	使用癌症基因组图谱和基因表达综合数据库中的数据，具体样本数量未提及
13659	2024-08-07	Multi-omics reveals the switch role of abnormal methylation in the regulation of decidual macrophages function in recurrent spontaneous abortion 2024-05, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111071 PMID:38295895	研究论文	本文通过整合转录组学、DNA甲基化组学和单细胞RNA测序，探讨了DNA甲基化与蜕膜细胞在复发性自然流产中的调控关系	首次系统地描绘了异常DNA甲基化在调控蜕膜巨噬细胞功能中的作用，为复发性自然流产的发生机制提供了新的见解	NA	阐明DNA甲基化与蜕膜细胞在复发性自然流产中的调控关系	复发性自然流产中的DNA甲基化和蜕膜细胞功能	数字病理学	生殖系统疾病	转录组学、DNA甲基化组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、DNA甲基化数据、单细胞RNA测序数据	涉及22个低甲基化的CpG位点和16个关键通路
13660	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals the MIF-ACKR3 receptor-ligand interaction between iCAFs and tumor cells in esophageal squamous cell carcinoma 2024-05, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111093 PMID:38336189	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了食管鳞状细胞癌（ESCC）样本，揭示了肿瘤微环境中iCAFs与肿瘤细胞之间的MIF-ACKR3受体-配体相互作用。	本研究首次在ESCC中发现并验证了iCAFs与肿瘤细胞之间的MIF-ACKR3相互作用，并揭示了其在肿瘤细胞迁移和侵袭中的作用。	研究主要基于GEO数据库中的ESCC样本进行单细胞RNA测序分析，可能存在样本选择偏倚。	深入理解食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境异质性，并识别新的治疗靶点。	食管鳞状细胞癌（ESCC）的肿瘤微环境及其细胞间的相互作用。	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	31,283个单细胞