单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
13621	2024-08-07	CYBB-Mediated Ferroptosis Associated with Immunosuppression in Mycobacterium leprae-Infected Monocyte-Derived Macrophages 2024-Apr, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.10.012 PMID:37925067	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了健康个体中由单核细胞衍生的巨噬细胞对麻风分枝杆菌感染的初始反应，并发现了一种主要类型的替代激活巨噬细胞，该巨噬细胞过度表达NEAT1、CCL2和CD163。进一步的功能分析显示，铁死亡与巨噬细胞的M2极化呈正相关，且体外实验表明抑制铁死亡有助于麻风分枝杆菌在巨噬细胞内的存活。	本研究首次揭示了CYBB作为关键分子在麻风分枝杆菌感染的巨噬细胞中促进铁死亡，进而导致M2极化和免疫逃逸的机制。	本研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，未来需要更多的体内实验和临床数据来验证这些发现。	探讨麻风分枝杆菌感染的巨噬细胞中铁死亡与M2极化的关系及其分子机制。	健康个体中由单核细胞衍生的巨噬细胞对麻风分枝杆菌感染的反应。	NA	麻风病	单细胞RNA测序	NA	RNA	4名健康个体
13622	2024-08-04	Characterization of macrophages in ischemia-reperfusion injury-induced acute kidney injury based on single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq analysis 2024-Mar-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111754 PMID:38428147	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和总体RNA测序分析来表征缺血再灌注损伤引起的急性肾损伤中的巨噬细胞	识别了在缺血再灌注肾损伤中参与的巨噬细胞亚型及相关的中心基因，提出了四个新的生物标志物和潜在的治疗靶点	本研究的局限性在于对巨噬细胞功能机制的理解仍不清晰，针对巨噬细胞的策略在急性肾损伤中的效果存在争议	探讨缺血再灌注损伤中巨噬细胞的作用及其相关基因	本研究的研究对象为参与缺血再灌注引起的急性肾损伤的巨噬细胞亚型及其相关基因	数字病理学	急性肾损伤	单细胞RNA-seq和总体RNA-seq	NA	基因表达数据	包含正常样本和缺血再灌注后3天的样本
13623	2024-08-07	Prognostic implication of UBE2C + CD8 + T cell in neoadjuvant immune checkpoint blockade plus chemotherapy for locally advanced esophageal cancer 2024-Mar-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111696 PMID:38412672	研究论文	本研究旨在探讨免疫检查点抑制剂（ICBs）联合化疗作为新辅助治疗在局部晚期食管癌患者中的早期和中期疗效，并发现与主要病理反应（MPR）相关的免疫预测因子。	本研究首次揭示了UBE2C+CD8+T细胞作为局部晚期食管癌患者接受新辅助ICBs联合化疗后的不良预后因子。	研究为回顾性分析，样本量相对较小，且仅限于特定时间段内的患者。	研究新辅助ICBs联合化疗在局部晚期食管癌中的疗效及免疫预测因子。	局部晚期食管癌患者。	免疫学	食管癌	Bulk-RNA seq, scRNA seq, 多重免疫荧光	NA	RNA序列数据, 免疫荧光图像	76名患者
13624	2024-08-04	eSVD-DE: cohort-wide differential expression in single-cell RNA-seq data using exponential-family embeddings 2024-Mar-15, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05724-7 PMID:38486150	研究论文	本文介绍了eSVD-DE，一种针对单细胞RNA测序数据的大规模人群差异表达检测的新方法	提出了一种新的矩阵分解方法，能够在去除混杂变量影响的同时进行差异基因测试	在较大的数据集中，可能仍然存在一些人类变异的影响	旨在更准确地识别单细胞RNA测序数据中群体级的差异表达基因	对大量案例和对照个体的单细胞RNA测序数据进行分析	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	层次模型	基因表达数据	使用了多个生物系统的已发布数据集
13625	2024-08-07	Profiling Cell Heterogeneity and Fructose Transporter Expression in the Rat Nephron by Integrating Single-Cell and Microdissected Tubule Segment Transcriptomes 2024-Mar-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25053071 PMID:38474316	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和微切割管状段转录组数据，研究了大鼠肾单位中的细胞异质性和果糖转运蛋白表达	首次揭示了大鼠近端小管各亚段中果糖转运蛋白的复杂异质性表达模式，并发现S3段是果糖重吸收的主要部位	研究仅基于公开数据库的数据，未进行实验验证	探究大鼠肾单位中细胞异质性和果糖转运蛋白表达模式	大鼠肾单位中的细胞异质性和果糖转运蛋白表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用了公开数据库中的大鼠肾脏转录组和蛋白质组数据
13626	2024-08-04	eSVD-DE: Cohort-wide differential expression in single-cell RNA-seq data using exponential-family embeddings 2024-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.22.568369 PMID:38045428	研究论文	本文提出了一种新方法eSVD-DE，用于在单细胞RNA-seq数据中分析 cohort-wide 差异表达基因	eSVD-DE通过矩阵分解汇集基因信息，并引入层次模型以准确测试病例和对照个体的后验均值分布差异	本研究在处理人类变异带来的混杂协变量时可能仍然面临一些挑战	旨在开发一套新方法，分析大规模聚类中单细胞RNA-seq数据的差异表达基因	研究对象为大量病例和对照个体的单细胞RNA-seq数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	层次模型	基因表达数据	多个生物系统的已发布数据集
13627	2024-08-04	Adipose tissue macrophage heterogeneity in the single-cell genomics era 2024-Feb, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.mocell.2024.100031 PMID:38354858	研究论文	文章讨论了在单细胞基因组学时代脂肪组织巨噬细胞的异质性	提出了单细胞转录组技术能够揭示脂肪组织巨噬细胞的高度异质性	需要进一步研究以更好地理解ATMs和肥胖对其影响的复杂性	探讨肥胖及其引发的炎症如何影响脂肪组织巨噬细胞	主要研究脂肪组织巨噬细胞(ATMs)的异质性及其特征	数字病理	2型糖尿病	单细胞转录组技术	NA	基因组数据	NA
13628	2024-08-04	Long-read single-cell sequencing reveals expressions of hypermutation clusters of isoforms in human liver cancer cells 2024-Jan-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.87607 PMID:38206124	研究论文	本研究开发了一种基于LOOPSeq技术的合成长读取单细胞测序技术，以分析人类肝癌细胞中的超突变亚型表达	本研究的创新点在于应用LOOPSeq技术实现精确的长读取单细胞转录组测序，并识别出特定于肝癌细胞的突变mRNA亚型	本研究的局限性未具体提到，故为NA	本研究旨在揭示人类肝癌细胞中蛋白表达谱的复杂性	本研究对象为来自个体的447个肝细胞癌和良性肝脏转录组	数字病理学	肝癌	长读取测序	NA	转录组	447个转录组样本
13629	2024-08-07	Stiffness-dependent MSC homing and differentiation into CAFs - implications for breast cancer invasion 2024-01-01, Journal of cell science IF:3.3Q3 DOI:10.1242/jcs.261145 PMID:38108421	研究论文	研究探讨了肿瘤微环境中癌细胞与间充质干细胞（MSCs）在不同硬度基质下的相互作用如何影响三阴性乳腺癌（TNBC）的侵袭性	首次展示了在预转移阶段，MSCs向癌症相关成纤维细胞（CAFs）的分化如何促进TNBC的侵袭和转移	NA	研究肿瘤微环境中细胞异质性和细胞外基质（ECM）硬化对乳腺癌侵袭性的影响	三阴性乳腺癌（TNBC）中的间充质干细胞（MSCs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	涉及高侵袭性三阴性乳腺癌（TNBC）的原发肿瘤、次级部位和循环肿瘤细胞簇中的亚群细胞
13630	2024-08-07	Profiling cellular heterogeneity and fructose transporter expression in the rat nephron by integrating single-cell and microdissected tubule segment transcriptomes 2023-Dec-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.20.572656 PMID:38187558	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和微切割的肾小管片段转录组数据，分析了大鼠肾单位中的细胞异质性和果糖转运蛋白表达。	首次揭示了肾小管近端不同亚段细胞中果糖转运蛋白的复杂异质性表达模式，并发现S3段是果糖重吸收的主要部位。	研究主要基于公开数据库的数据，未进行实验验证。	探究大鼠肾单位中细胞异质性和果糖转运蛋白表达模式。	大鼠肾单位中的细胞和果糖转运蛋白。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用了公开数据库中的大鼠和人类肾脏转录组和蛋白质组数据。
13631	2024-08-07	Single-cell analysis of Rohon-Beard neurons implicates Fgf signaling in axon maintenance and cell survival 2023-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.26.554953 PMID:37693470	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了斑马鱼幼体阶段的Rohon-Beard感觉神经元，揭示了其分子特征及Fgf信号通路在轴突维持和细胞存活中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术详细定义了斑马鱼Rohon-Beard神经元的亚型，并发现Fgf信号通路在其轴突维持和细胞存活中的关键作用	研究主要集中在斑马鱼模型，未来研究需进一步验证在哺乳动物中的适用性	探究Rohon-Beard神经元的分子特征及其在轴突维持和细胞存活中的调控机制	斑马鱼幼体阶段的Rohon-Beard感觉神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个斑马鱼幼体阶段的Rohon-Beard感觉神经元样本
13632	2024-08-05	Long-read single-cell sequencing reveals expressions of hypermutation clusters of isoforms in human liver cancer cells 2023-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.16.532991 PMID:36993628	研究论文	本研究开发了一种基于 LOOPseq 技术的合成长读单细胞测序技术，分析了人类肝癌细胞中的超突变亚型表达	提出了 LOOPseq 单细胞测序技术，识别出特异性强的肝细胞癌突变 mRNA 亚型及新融合转录本	没有提到具体的限制	旨在揭示人类肝癌细胞中蛋白质表达的复杂性与多样性	分析了来自个体的 447 份肝细胞癌与良性肝组织的转录组	数字病理学	肝癌	长读单细胞测序	NA	转录组	447 份转录组样本
13633	2024-08-05	Intercellular communication atlas reveals Oprm1 as a neuroprotective factor for retinal ganglion cells 2023-Aug-17, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3193738/v1 PMID:37645816	研究论文	本文探讨了细胞间通信如何影响视网膜神经节细胞的存活	首次揭示了μ阿片受体(Oprm1)作为视网膜神经节细胞的神经保护因子的作用	未提及具体的临床应用或人类数据	研究细胞间信号在视网膜神经节细胞存活中的贡献	视网膜神经节细胞及其与其他视网膜细胞的相互作用	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
13634	2024-08-05	Intercellular communication atlas reveals Oprm1 as a neuroprotective factor for retinal ganglion cells 2023-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.14.549118 PMID:37502873	研究论文	本研究探讨了细胞间通信如何促进视网膜神经节细胞的生存	发现Oprm1作为一种神经保护因子并通过细胞间相互作用促进高生存率视网膜神经节细胞的存活	研究的局限性在于可能未能完全揭示所有相关的细胞间相互作用	研究细胞间通信在神经元存活中的作用	研究对象为视网膜神经节细胞和其他视网膜细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用了多种视网膜细胞亚群体的样本，通过细胞间交互分析来归纳
13635	2024-08-05	Immunologic barriers in liver transplantation: a single-cell analysis of the role of mesenchymal stem cells 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1274982 PMID:38143768	研究论文	本研究分析了可能指示肝移植排斥或耐受的生物标志物及其机制	首次探讨了免疫抑制剂与间充质干细胞联合治疗对肝移植耐受性的影响	研究仅在特定的动物模型中进行，可能无法完全外推至临床	研究肝移植耐受的生物标志物和相关机制	Lewis-Lewis和F344-Lewis大鼠模型	数字病理	NA	单细胞测序	NA	细胞	Lewis-Lewis和F344-Lewis大鼠
13636	2024-08-07	Comprehensive analyses for the coagulation and macrophage-related genes to reveal their joint roles in the prognosis and immunotherapy of lung adenocarcinoma patients 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1273422 PMID:38022584	研究论文	本研究通过综合分析凝血和巨噬细胞相关基因，揭示它们在肺腺癌患者预后和免疫治疗中的联合作用	构建了一个风险评分模型，用于预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗临床结果	NA	探索与凝血过程和肿瘤相关巨噬细胞浸润相关的肺腺癌新型生物标志物	肺腺癌患者的凝血和巨噬细胞相关基因	数字病理学	肺腺癌	加权基因共表达网络分析（WGCNA），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	风险评分模型	RNA-seq数据	涉及33个凝血和巨噬细胞相关基因，其中19个用于构建风险评分模型，最终包含10个与生存相关的基因
13637	2024-08-07	The Simple prEservatioN of Single cElls method for cryopreservation enables the generation of single-cell immune profiles from whole blood 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1271800 PMID:38090590	研究论文	本文介绍了一种名为Simple prEservatioN of Single cElls (SENSE)的单步骤全血单细胞冷冻保存方法，用于生成高质量的单细胞免疫图谱。	SENSE方法简化了传统的多步骤单细胞悬液制备和冷冻保存过程，无需特殊设备和专业人员，提高了T细胞富集度，适用于临床应用。	SENSE方法在髓系细胞中存在批次效应，需要进一步优化。	开发一种简便的单细胞冷冻保存方法，以促进临床转化研究。	全血样本中的单细胞悬液及其免疫图谱。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	单细胞数据	6份全血样本
13638	2024-08-07	Distinct regulatory machineries underlying divergent chromatin landscapes distinguish innate lymphoid cells from T helper cells 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1271879 PMID:38106414	研究论文	本研究通过综合分析294个批量RNA测序结果，利用scRNA-seq算法，探讨了先天淋巴细胞（ILCs）与T辅助细胞（Th细胞）在染色质景观和转录调控机制上的差异	发现了区分ILCs和Th细胞的两个基因集，以及区分不同免疫反应的三个基因集；通过染色质可及性分析，揭示了ILCs和Th细胞在转录调控上的差异	NA	探讨先天淋巴细胞与T辅助细胞在转录调控和染色质景观上的主要区别	先天淋巴细胞（ILCs）和T辅助细胞（Th细胞）	免疫学	NA	RNA测序（RNA-seq）	scRNA-seq算法	RNA序列	294个批量RNA测序结果
13639	2024-08-07	The mosquito effect: regulatory and effector T cells acquire cytoplasmic material from tumor cells through intercellular transfer 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1272918 PMID:38179041	研究论文	本文介绍了一种新的肿瘤小鼠模型，其中肿瘤细胞表达可溶性超亮荧光蛋白ZsGreen，用于检测和测量肿瘤细胞向浸润免疫细胞的细胞质转移	首次提出并命名了肿瘤浸润T细胞的“蚊子效应”，即T细胞通过细胞间转移从肿瘤细胞获取细胞质材料的现象	由于缺乏强有力的模型，免疫系统中这种转移的功能影响和分子机制仍大多未知	研究肿瘤细胞与免疫细胞间的细胞质转移现象及其对T细胞功能的影响	肿瘤细胞、T调节细胞、效应CD8 T细胞及髓系细胞	免疫学	肿瘤	scRNA-seq	NA	荧光蛋白ZsGreen	小鼠模型
13640	2024-08-07	Generation of human islet cell type-specific identity genesets 2022-04-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-29588-8 PMID:35440614	研究论文	本文通过单细胞转录组学元分析，识别并构建了描述人胰岛α、β、γ和δ细胞身份的基因集	这些基因集比先前发表的基因集更准确地定义了胰岛细胞身份，并能揭示细胞身份变化及其遗传机制	NA	开发用于治疗糖尿病的胰岛素分泌替代细胞	人胰岛α、β、γ和δ细胞的身份基因集	数字病理学	糖尿病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA