单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27585 篇文献，本页显示第 13621 - 13640 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 13621 | 2024-08-07 |
Transcriptional and morphological profiling of parvalbumin interneuron subpopulations in the mouse hippocampus
2021-01-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-20328-4
PMID:33398060
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，对形态学上已鉴定的小鼠海马体中的parvalbumin中间神经元（PV-INs）进行了转录组状态的分析 | 研究首次结合形态学信息和转录组数据，探讨了PV-INs在形态学、生理学和发展领域的转录组状态 | 研究主要集中在PV-INs的转录组分析，未涉及其他神经元类型的比较 | 探讨神经元身份是否可以从遗传信息中推断出来，并分析PV-INs的转录组和形态学特征 | 小鼠海马体中的parvalbumin中间神经元（PV-INs） | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 13622 | 2024-08-07 |
The scRNA-seq Expression Profiling of the Receptor ACE2 and the Cellular Protease TMPRSS2 Reveals Human Organs Susceptible to SARS-CoV-2 Infection
2021-01-02, International journal of environmental research and public health
DOI:10.3390/ijerph18010284
PMID:33401657
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据分析了31个器官中ACE2和TMPRSS2的表达水平，评估了SARS-CoV-2感染的风险 | 首次发现胆囊和输卵管易受SARS-CoV-2感染，并对易感器官进行了风险分级 | NA | 深入理解SARS-CoV-2的病理机制 | 31个器官中ACE2和TMPRSS2的表达水平 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 31个器官的细胞类型 |
| 13623 | 2024-08-07 |
Statistical and Bioinformatics Analysis of Data from Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Experiments
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-0849-4_9
PMID:32926366
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review | 本文综述了在处理、质量控制和分析批量及单细胞RNA测序数据时使用的各种生物信息学和统计方法 | NA | NA | 探讨高吞吐量测序技术在研究人类转录组，特别是与癌症相关的应用 | 批量和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 癌症 | RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 13624 | 2024-08-07 |
KLF4 (Kruppel-Like Factor 4)-Dependent Perivascular Plasticity Contributes to Adipose Tissue inflammation
2021-01, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.120.314703
PMID:33054397
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研究论文 | 研究探讨了KLF4依赖的周围血管可塑性对脂肪组织炎症的贡献 | 首次揭示了KLF4在周围血管细胞中的作用，及其对饮食诱导肥胖相关脂肪组织炎症和代谢功能障碍的影响 | 研究使用了特定的转基因小鼠模型，结果的普遍性和适用性可能受限 | 验证周围血管细胞在KLF4依赖性条件下转化为类似巨噬细胞的细胞，从而加剧脂肪组织炎症和代谢功能障碍的假设 | 周围血管细胞、脂肪组织炎症、代谢功能障碍 | NA | 肥胖 | 流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 使用了Myh11-CreERT2 eYFP小鼠和Myh11-DreERT2tdTomato小鼠进行实验 |
| 13625 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals heterogeneous tumor and immune cell populations in early-stage lung adenocarcinomas harboring EGFR mutations
2021-01, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-020-01528-0
PMID:33144684
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了携带EGFR突变的早期肺腺癌中的肿瘤和免疫细胞异质性 | 首次在单细胞分辨率下探讨了携带EGFR突变的早期肺腺癌的肿瘤内和肿瘤间异质性 | NA | 揭示早期肺腺癌中肿瘤细胞、基质细胞和免疫浸润细胞之间的复杂相互作用 | 携带EGFR突变的早期肺腺癌样本及其邻近肺组织 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 125,674个细胞，来自7个早期肺腺癌样本和5个肿瘤邻近肺组织 |
| 13626 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic analysis of small and large wounds reveals the distinct spatial organization of regenerative fibroblasts
2021-01, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.14244
PMID:33237598
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研究论文 | 本文通过比较小疤痕伤口和大再生伤口的单细胞转录组数据，揭示了再生纤维母细胞在伤口诱导的毛囊新生中的不同空间组织。 | 发现了在再生伤口条件下过度表达Crabp1蛋白的新型上部伤口纤维母细胞，并提供了计算测试来映射这些细胞在大伤口中的空间位置。 | NA | 研究大伤口中更具再生能力的真皮细胞和分子成分，以及纤维母细胞系在伤口诱导的毛囊新生中的作用。 | 小疤痕伤口和大再生伤口的单细胞转录组数据。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个样本 |
| 13627 | 2024-08-07 |
Transcript assembly improves expression quantification of transposable elements in single-cell RNA-seq data
2021-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.265173.120
PMID:33355230
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研究论文 | 本文建立了一个适用于多种技术平台生成的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的转座元件（TE）表达定量流程 | 首次开发了针对TE的scRNA-seq定量工具，提高了TE表达量测定的准确性 | NA | 解决目前缺乏针对TE的scRNA-seq定量工具的问题，以解析单细胞分辨率的TE表达动态 | 转座元件（TE）及其在单细胞RNA测序数据中的表达 | RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 包括小鼠胚胎干细胞和早期胚胎发育阶段的scRNA-seq数据 |
| 13628 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals regulation of fetal ovary development in the monkey (Macaca fascicularis)
2020-Dec-29, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-020-00219-0
PMID:33372178
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了12,471个来自整个胎儿卵巢的细胞，探讨了原始生殖细胞与微环境细胞之间的相互作用 | 首次在单细胞分辨率下描绘了胎儿卵巢发育的两个生发波，并发现ZGLP1在猴子和老鼠中的表达模式不同，表明其在灵长类动物中可能参与减数分裂的进入而非激活生发程序 | NA | 揭示灵长类动物胎儿卵巢发育的分子和细胞基础 | 胎儿卵巢中的原始生殖细胞和微环境细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 12,471个细胞 |
| 13629 | 2024-08-07 |
Gamete binning: chromosome-level and haplotype-resolved genome assembly enabled by high-throughput single-cell sequencing of gamete genomes
2020-12-29, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02235-5
PMID:33372615
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研究论文 | 本文开发了一种基于单细胞测序的配子分箱方法，用于生成异源合子基因组的染色体水平和单体型解析的基因组组装 | 提出了配子分箱方法，通过单细胞测序的单倍体配子实现全基因组测序读数的单体型特异性读数集分离 | NA | 解决生成异源合子基因组的染色体水平和单体型解析组装的挑战 | 异源合子基因组的染色体水平和单体型解析组装 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 445个单个花粉粒 |
| 13630 | 2024-08-07 |
Glioblastoma epigenome profiling identifies SOX10 as a master regulator of molecular tumour subtype
2020-12-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-20225-w
PMID:33339831
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研究论文 | 本文通过多组学分析60个胶质母细胞瘤原发肿瘤，识别出38个亚型主调控因子，并发现SOX10作为RTK I亚型肿瘤的主调控因子 | 首次识别出SOX10作为RTK I亚型胶质母细胞瘤的主调控因子，并展示了其在肿瘤细胞内在和微环境中的作用 | NA | 识别胶质母细胞瘤亚型的主调控因子 | 胶质母细胞瘤 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 60个胶质母细胞瘤原发肿瘤样本 |
| 13631 | 2024-08-07 |
NDRindex: a method for the quality assessment of single-cell RNA-Seq preprocessing data
2020-Dec-16, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-03883-x
PMID:33323107
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研究论文 | 本文提出了一种名为NDRindex的方法，用于评估单细胞RNA测序预处理数据的质量 | NDRindex方法通过计算数据聚集程度来衡量聚类前的数据质量，填补了预处理路径选择上的空白 | NA | 旨在评估单细胞RNA测序预处理数据的质量 | 单细胞RNA测序数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 五个单细胞RNA测序数据集 |
| 13632 | 2024-08-07 |
Using DenseFly algorithm for cell searching on massive scRNA-seq datasets
2020-Dec-16, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-6651-8
PMID:33327944
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研究论文 | 本文探讨了使用DenseFly算法在单细胞RNA测序数据集中进行细胞搜索的可行性 | DenseFly算法受果蝇嗅觉系统的启发，是一种局部敏感哈希算法，在分类任务中优于FlyHash和SimHash等基准方法 | NA | 开发一种基于DenseFly算法的方法，用于跨单细胞RNA测序数据集的细胞映射 | 单细胞RNA测序数据集中的细胞搜索 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | DenseFly算法 | 高维数据 | 大规模 |
| 13633 | 2024-08-07 |
scTenifoldNet: A Machine Learning Workflow for Constructing and Comparing Transcriptome-wide Gene Regulatory Networks from Single-Cell Data
2020-Dec-11, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2020.100139
PMID:33336197
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研究论文 | 本文介绍了一种基于主成分回归、低秩张量近似和流形对齐的机器学习工作流程scTenifoldNet，用于从单细胞RNA测序数据构建和比较单细胞基因调控网络（scGRNs） | scTenifoldNet通过比较构建的scGRNs揭示样本间基因表达的调控变化，并能在实际数据中识别与不同生物过程相关的特定基因表达程序 | NA | 开发一种新的机器学习工作流程，用于从单细胞数据构建和比较转录组范围的基因调控网络 | 单细胞基因调控网络的构建和比较 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 主成分回归、低秩张量近似、流形对齐 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 13634 | 2024-08-07 |
Cell-Type-Specific Gene Regulatory Networks Underlying Murine Neonatal Heart Regeneration at Single-Cell Resolution
2020-12-08, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108472
PMID:33296652
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研究论文 | 研究探讨了小鼠新生心脏在心肌梗塞后不同时间点的单细胞转录反应，通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序揭示了心脏再生过程中的基因调控网络。 | 首次在单细胞分辨率下揭示了新生小鼠心脏再生过程中的细胞类型特异性基因调控网络和开放染色质景观的动态变化。 | NA | 阐明小鼠新生心脏在心肌梗塞后的转录反应，并探索增强心脏功能的治疗策略。 | 小鼠新生心脏在心肌梗塞后的不同细胞类型及其转录反应。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞数据 | 多个时间点的小鼠新生心脏样本 |
| 13635 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome profiling of an adult human cell atlas of 15 major organs
2020-12-07, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02210-0
PMID:33287869
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序技术，构建了一个包含15个主要器官的成人人类细胞图谱 | 首次系统地描绘了成人多个器官的单细胞转录组图谱，并发现了新的细胞亚型和标记基因 | 研究仅基于一个成人捐赠者的样本，可能存在个体差异的影响 | 揭示人体器官细胞的异质性及其调控网络，为理解健康和疾病相关的生物学机制提供基础 | 成人15个主要器官的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 84,363个细胞，来自一个成人捐赠者的15个组织器官 |
| 13636 | 2024-08-07 |
Three-Dimensional Human Alveolar Stem Cell Culture Models Reveal Infection Response to SARS-CoV-2
2020-12-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2020.10.004
PMID:33142113
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研究论文 | 本文开发了一种无饲养层、长期的三维（3D）培养技术，用于从人肺组织中提取的人肺泡II型细胞（hAT2），并研究了其对SARS-CoV-2感染的反应 | 首次开发了一种无饲养层的三维培养技术，用于长期培养hAT2细胞，并揭示了SARS-CoV-2感染后的快速病毒复制和免疫反应 | NA | 研究SARS-CoV-2在hAT2细胞中的发病机制，并为呼吸系统疾病提供3D hAT2培养模型 | 人肺泡II型细胞（hAT2）及其对SARS-CoV-2感染的反应 | 数字病理学 | 呼吸系统疾病 | 三维（3D）培养技术 | NA | 图像和单细胞转录组 | 从人肺组织中提取的hAT2细胞 |
| 13637 | 2024-08-07 |
A Distinct Transcriptional Program in Human CAR T Cells Bearing the 4-1BB Signaling Domain Revealed by scRNA-Seq
2020-12-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2020.07.023
PMID:32755564
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析了携带4-1BB信号域的人类CAR T细胞的转录程序 | 发现了与4-1BB共刺激域相关的独特转录程序，并揭示了CAR T细胞在静息和激活状态下的转录特征 | NA | 研究不同共刺激域对CAR T细胞转录状态的影响 | 携带CD3ζ、4-1BB-CD3ζ（BBζ）或CD28-CD3ζ（28ζ）共刺激域的人类T细胞 | 生物信息学 | 血液肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 转录组数据 | 多个CAR T细胞群体和单细胞样本 |
| 13638 | 2024-08-07 |
Gene signatures from scRNA-seq accurately quantify mast cells in biopsies in asthma
2020-12, Clinical and experimental allergy : journal of the British Society for Allergy and Clinical Immunology
IF:6.3Q1
DOI:10.1111/cea.13732
PMID:32935368
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 13639 | 2024-08-07 |
H3.3 G34W Promotes Growth and Impedes Differentiation of Osteoblast-Like Mesenchymal Progenitors in Giant Cell Tumor of Bone
2020-12, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-20-0461
PMID:32967858
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研究论文 | 研究H3.3 G34W突变在骨巨细胞瘤中的作用及其对成骨细胞样间充质祖细胞分化和生长的影响 | 首次揭示了H3.3 G34W突变通过改变表观遗传重塑和转录异常，影响间充质祖细胞的分化轨迹，从而促进骨巨细胞瘤的形成 | NA | 探讨H3.3 G34W突变在骨巨细胞瘤中的作用及其对细胞分化的影响 | 骨巨细胞瘤中的H3.3 G34W突变及其对成骨细胞样间充质祖细胞的影响 | 数字病理学 | 骨肿瘤 | CRISPR-Cas9 | NA | 基因组学、转录组学、蛋白质组学 | 患者样本和肿瘤衍生细胞 |
| 13640 | 2024-08-07 |
What has single-cell RNA sequencing revealed about microglial neuroimmunology?
2020-12, Immunity, inflammation and disease
DOI:10.1002/iid3.362
PMID:33085226
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在微胶质细胞研究中的应用及其在神经免疫学领域的最新进展 | 介绍了scRNA-seq在揭示微胶质细胞异质性和可塑性方面的创新应用 | 当前scRNA-seq方法存在高成本、低产量和数据非标准化的问题 | 旨在深入了解scRNA-seq方法在微胶质细胞研究中的进展及其与所用方法的关系 | 微胶质细胞及其在健康和病理条件下的功能和发育 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列数据 | 涉及多种病理条件下的微胶质细胞样本 |