单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 34189 篇文献，本页显示第 1341 - 1360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1341 | 2025-12-02 |
CCL19+ fibroblast-CCR7+ T-cell crosstalk coordinates immunofibrotic signalling networks in systemic sclerosis
2025-Nov-28, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljaf444
PMID:41321019
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了系统性硬化症中CCL19+成纤维细胞与CCR7+ T细胞之间的相互作用如何协调免疫纤维化信号网络 | 首次在系统性硬化症中识别出CCL19+成纤维细胞亚群，并阐明其通过CCL19-CCR7轴促进CCR7+ T细胞浸润以驱动纤维化的新机制 | 样本量较小（7名患者和4名健康对照），且主要基于小鼠模型验证，人类体内直接功能验证有限 | 探索系统性硬化症中成纤维细胞如何通过免疫调节信号与免疫细胞相互作用促进纤维化 | 系统性硬化症患者的皮肤和血液样本，以及博来霉素诱导的系统性硬化症小鼠模型 | 单细胞组学 | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫组化、流式细胞术、空间分析、轨迹伪时间分析 | NA | 单细胞RNA测序数据、免疫组化图像、流式细胞数据 | 7名系统性硬化症患者和4名健康对照的皮肤与血液样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1342 | 2025-12-02 |
Neuroectoderm-derived iris muscle characterization at the single-cell resolution in native human iris and a pluripotent stem cell eye model
2025-Nov-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65653-8
PMID:41309590
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序比较了成人原生虹膜组织与人类多能干细胞衍生的虹膜平滑肌，揭示了虹膜肌肉的转录特征及其在神经外胚层发育中的特异性 | 首次在单细胞分辨率下表征人类原生虹膜与干细胞眼模型中神经外胚层衍生的虹膜肌肉，并建立了虹膜肌肉基因签名 | 研究主要基于体外干细胞模型，可能无法完全模拟体内虹膜发育的复杂微环境 | 探究神经外胚层衍生的虹膜肌肉在人类发育中的转录基础及其疾病相关性 | 成人原生虹膜组织与人类多能干细胞衍生的虹膜平滑肌 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1343 | 2025-12-02 |
Multimodal single cell analyses reveal gene networks of planarian stem cell differentiation
2025-Nov-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65712-0
PMID:41310370
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学和染色质可及性数据，揭示了涡虫干细胞分化的基因调控网络 | 整合单细胞转录组学和染色质可及性数据，以计算方式推断基因调控网络，无需传统扰动实验，提高了可扩展性 | 未明确提及具体限制，但基于方法推断，可能依赖于计算预测的准确性，需要实验验证 | 研究涡虫干细胞分化的基因调控网络，以揭示细胞类型身份的控制机制 | 涡虫干细胞及其分化细胞类型，包括肌肉、神经元、分泌细胞、肠道吞噬细胞、杯状细胞和实质细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组学，染色质可及性分析 | NA | 单细胞转录组数据，染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 1344 | 2025-12-02 |
Senescent SPP1+ macrophages remodel the tumor microenvironment and promote the progression of early-stage lung adenocarcinoma featured with mixed ground glass nodule
2025-Nov-27, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02497-2
PMID:41310768
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研究论文 | 本研究揭示了衰老的SPP1+巨噬细胞在混合磨玻璃结节型早期肺腺癌的肿瘤微环境重塑和恶性进展中的关键作用 | 首次利用单细胞RNA测序结合多色免疫组化和流式细胞术，系统阐明了SPP1+巨噬细胞（特别是单核来源巨噬细胞）在混合磨玻璃结节恶性转化中的核心作用，并提出了靶向SPP1巨噬细胞的治疗新策略 | 研究主要基于观察性数据和体外/体内实验，尚未在临床治疗中验证SPP1抑制策略的有效性 | 探究混合磨玻璃结节向早期肺腺癌恶性转化的分子机制，特别是巨噬细胞在肿瘤微环境重塑中的作用 | 早期肺腺癌患者的混合磨玻璃结节组织、正常肺组织、肿瘤细胞系和异种移植瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 多色免疫组化, 流式细胞术, 体外实验, 体内实验 | 异种移植瘤模型 | 单细胞转录组数据, 组织图像数据, 流式细胞数据, 临床预后数据 | 未明确样本数量，但包含正常肺组织、磨玻璃区域和实性区域的多组样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1345 | 2025-12-02 |
Exploring the mechanisms of protective effect of high-energy X-ray FLASH radiotherapy on intestine through multi omics analysis
2025-Nov-27, Radiation oncology (London, England)
DOI:10.1186/s13014-025-02763-z
PMID:41310797
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研究论文 | 本研究通过多组学分析探讨高能X射线FLASH放疗对肠道的保护机制 | 首次结合宏基因组学、非靶向代谢组学和单细胞测序技术，系统揭示FLASH放疗通过重塑菌群-代谢物轴、减轻炎症反应和增强干细胞保护等多方面机制实现对肠道的保护作用 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证；观察时间点限于照射后72小时，缺乏长期效应数据 | 探究高能X射线FLASH放疗对肠道的保护作用机制 | CT26和MC38同源结肠癌小鼠模型及健康C57BL/6雌鼠的肠道组织和内容物 | 数字病理学 | 结肠癌 | 宏基因组分析, 非靶向代谢组学, 单细胞测序 | NA | 基因组数据, 代谢组数据, 单细胞转录组数据 | CT26和MC38小鼠肿瘤模型及健康C57BL/6雌鼠的肠道样本 | NA | 宏基因组测序, 代谢组学分析, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1346 | 2025-12-02 |
Sequencing-free whole-genome spatial transcriptomics at single-molecule resolution
2025-Nov-26, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.09.006
PMID:41038164
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研究论文 | 本文开发了一种名为RAEFISH的基于图像的空间转录组学方法，实现了全基因组覆盖和单分子分辨率，用于完整组织中的转录本空间分析 | RAEFISH技术结合了反向锁式扩增子编码荧光原位杂交，提供了全基因组覆盖和单分子分辨率，克服了现有空间转录组学工具在转录组覆盖或空间分辨率上的限制 | NA | 开发一种高覆盖、高分辨率的空间转录组学技术，以无偏、无假设的方式在单细胞和组织切片中进行转录组分析 | 人类和小鼠组织中的转录本，包括天然和工程RNA，如引导RNA（gRNA） | 空间转录组学 | NA | 反向锁式扩增子编码荧光原位杂交（RAEFISH），基于图像的CRISPR筛选 | NA | 图像数据 | 涉及23,000个人类基因或22,000个小鼠基因的转录本分析 | NA | 空间转录组学，单分子分辨率成像 | NA | RAEFISH技术配置，用于完整组织中的全基因组空间转录组分析 |
| 1347 | 2025-12-02 |
High-resolution single-cell analyses reveal evolutionary constraints and evolvability of sexual circuits in Drosophila
2025-Nov-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2516083122
PMID:41248285
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术，分析了果蝇性行为神经回路在进化中的细胞和分子变化 | 首次在单细胞分辨率下揭示了果蝇性行为神经回路的进化保守性和可进化性，特别是神经肽信号通路的细胞类型特异性进化更替 | 研究仅针对果蝇属的四个物种，可能无法完全代表其他生物或更广泛的进化模式 | 探究神经回路如何进化以编码物种特异性行为，特别是性行为的进化机制 | 果蝇属四个物种的性行为神经回路中的doublesex阳性神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | 涉及四个果蝇物种的doublesex阳性神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1348 | 2025-12-02 |
Putative muscle stem cells promote Xenopus tail regeneration by modifying macrophage function via c1qtnf3
2025-Nov-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2504410122
PMID:41264239
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析蝌蚪尾部再生过程中的侧群细胞，鉴定出假定的肌肉干细胞，并发现其通过表达c1qtnf3调控巨噬细胞功能以促进尾部再生 | 首次在蝌蚪尾部再生模型中揭示假定的肌肉干细胞通过c1qtnf3表达调控巨噬细胞功能的新机制 | 研究基于F0代CRISPR/Cas9嵌合体进行基因敲低，可能存在脱靶效应；未完全解析c1qtnf3调控巨噬细胞的具体分子通路 | 探究蝌蚪尾部再生过程中组织干细胞的行为动态及其调控机制 | 非洲爪蟾蝌蚪尾部再生模型中的侧群细胞及假定的肌肉干细胞 | 发育生物学 | 组织再生 | 单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9基因敲低, 轨迹推断分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1349 | 2025-12-02 |
Engineering a spatiotemporal macrophage circuit via STING phase separation to override immune suppression in pancreatic cancer
2025-Nov-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2504718122
PMID:41264244
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研究论文 | 本研究开发了一种基于STING相分离的时空巨噬细胞重编程平台，用于克服胰腺癌的免疫抑制微环境 | 首次利用STING相分离原理构建时空可控的巨噬细胞回路，实现巨噬细胞表型的顺序、可控重编程，同时防止过度炎症反应 | 研究目前处于临床前模型阶段，尚未进行人体临床试验 | 开发新型免疫治疗策略以克服胰腺癌的免疫抑制微环境 | 胰腺导管腺癌（PDAC）及其肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1350 | 2025-12-02 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals the molecular alterations of endothelial cells during ageing
2025-Nov-24, Archives of gerontology and geriatrics
IF:3.5Q2
DOI:10.1016/j.archger.2025.106088
PMID:41319492
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了年轻与年老主动脉中内皮细胞的分子变化，探讨血管老化的潜在机制 | 首次利用单细胞转录组技术系统比较年轻与年老主动脉内皮细胞的基因表达差异，并识别出AP-1和Egr1作为血管老化的关键转录因子 | 研究仅基于转录组数据，缺乏蛋白质水平验证；样本来源局限于主动脉，未涵盖其他血管类型；机制研究尚未通过体内实验证实 | 阐明血管老化过程中内皮细胞的分子变化机制 | 年轻与年老小鼠主动脉内皮细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻组与年老组小鼠主动脉样本（具体数量未说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1351 | 2025-12-02 |
Reveal a risk and potential mechanism for keratoconus progression with isotretinoin: Toxicogenomic, transcriptomics and real-world evidence insights
2025-Nov-22, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2025.110769
PMID:41285218
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研究论文 | 本研究通过整合药物警戒数据与计算方法，揭示了异维A酸与圆锥角膜进展之间的关联及其潜在分子机制 | 首次结合药物警戒信号、网络毒理学、转录组学及单细胞转录组分析，系统性地识别了异维A酸诱导圆锥角膜的关键分子靶点 | 研究主要基于计算分析和现有数据库，缺乏直接的临床或动物实验验证 | 探究异维A酸使用与圆锥角膜进展之间的风险关联及其生物学机制 | 异维A酸相关的眼部不良事件数据、角膜细胞（基质细胞、上皮细胞、免疫细胞亚群）的基因表达 | 生物信息学 | 圆锥角膜 | 药物警戒分析、网络毒理学、转录组学、单细胞转录组分析、机器学习、分子对接与动力学模拟 | 随机森林、SVM-RFE、LASSO回归 | 文本报告数据、基因表达数据、蛋白质结构数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1352 | 2025-12-02 |
Single-cell transcriptomics reveals dynamic reprogramming of testicular immunity in Brucella-infected goat testis
2025-Nov-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了布鲁氏菌感染山羊睾丸中免疫系统的动态重编程过程 | 首次在单细胞水平上解析了布鲁氏菌感染下睾丸免疫微环境的转录变化，并识别了新的免疫治疗靶点如硫氧还蛋白相互作用蛋白 | 研究仅基于山羊模型，结果可能不完全适用于人类或其他物种，且机制验证需进一步实验 | 探究布鲁氏菌感染导致睾丸免疫病理的分子机制 | 山羊睾丸组织 | 数字病理学 | 布鲁氏菌病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 生理和感染条件下的山羊睾丸组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1353 | 2025-12-02 |
Multiomics and Single-Cell Insights Reveal a Lysophosphatidic Acid-Mediated Resistant Mechanism to Third-generation EGFR-TKI in Non-Small Cell Lung Cancer
2025-Nov-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0993
PMID:40853904
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研究论文 | 本研究通过多组学和单细胞分析揭示了非小细胞肺癌中第三代EGFR-TKI耐药的新机制，涉及溶血磷脂酸介导的信号通路和代谢重编程 | 首次整合血浆代谢组学、多组学分析和单细胞RNA测序，系统揭示了LPA介导的第三代EGFR-TKI耐药机制，并提出了靶向LPA信号通路的新治疗策略 | 研究主要基于细胞系和患者样本的回顾性分析，缺乏前瞻性临床试验验证靶向LPA通路的治疗效果 | 探究第三代EGFR-TKI在非小细胞肺癌中的耐药代谢机制 | 非小细胞肺癌患者血浆样本、耐药细胞系、单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 血浆代谢组学分析、单细胞RNA测序、多组学分析、功能实验 | 代谢物预测模型 | 代谢组数据、单细胞RNA测序数据、多组学数据 | 216份纵向血浆样本（来自186名患者）、215名患者的单细胞RNA测序数据、耐药细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1354 | 2025-12-02 |
Protocol for preparation of mouse synovium for flow cytometry and RNA-seq
2025-Nov-13, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104207
PMID:41236928
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研究论文 | 本文介绍了一种从小鼠滑膜制备单细胞悬浮液的实验方案，用于关节炎模型研究 | 该方案结合了关节炎诱导、细胞收获和单细胞悬浮液制备，并支持血管内标记，适用于多种下游分析 | NA | 开发一种标准化的小鼠滑膜单细胞悬浮液制备方法，以模拟关节炎中的无菌炎症 | 小鼠滑膜细胞 | 数字病理学 | 关节炎 | RNA-seq, 流式细胞术, FACS | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1355 | 2025-12-02 |
GPU-accelerated, self-optimizing processing for 3D multiplexed iterative RNA-FISH experiments
2025-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.10.681751
PMID:41279966
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研究论文 | 本文介绍了一种GPU加速的计算框架merfish3d-analysis，用于加速基于成像的空间转录组学数据处理，并量化了轴向采样变化导致的信息损失 | 开发了GPU加速的自优化处理框架，并设计了针对死后人类样本的多步自发荧光淬灭协议 | 未明确说明框架在更广泛样本类型或更大数据集上的可扩展性 | 加速基于成像的空间转录组学实验的计算处理并提高数据质量 | 模拟成像实验、公开MERFISH数据集和死后人类嗅球样本 | 空间转录组学 | NA | 多重错误鲁棒荧光原位杂交 | NA | 图像 | 未指定具体数量，包括模拟数据、公开数据集和人类嗅球样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1356 | 2025-12-02 |
scITDG: a tool for identifying time-dependent genes in single-cell transcriptome sequencing data
2025-Nov, Marine life science & technology
IF:5.8Q1
DOI:10.1007/s42995-025-00311-y
PMID:41322266
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研究论文 | 本研究介绍了一种用于分析单细胞转录组测序数据中时间依赖性基因表达的工具scITDG | scITDG能够以单细胞分辨率识别多个时间点的动态基因表达模式，填补了当前分析资源的空白 | NA | 开发用于识别单细胞转录组测序数据中时间依赖性基因的分析工具 | 小鼠衰老和蝾螈肢体再生过程中的基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | 自然三次样条回归与自助重采样整合模型 | 单细胞转录组测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1357 | 2025-12-02 |
Divergent role of CD8 T cells with distinct metabolic phenotypes during curative radio-immunotherapy in hot versus cold tumors
2025-Oct-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.24.684274
PMID:41279819
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研究论文 | 本研究探讨了在热肿瘤与冷肿瘤模型中，具有不同代谢表型的CD8 T细胞在治愈性放射免疫疗法中的不同作用 | 开发了一种可治愈大型免疫热和免疫冷小鼠肿瘤的放射免疫疗法方案，并利用表达mCherry的CD8 T细胞免疫活性小鼠模型进行免疫细胞追踪 | 研究基于小鼠模型，结果向人类癌症的转化需进一步验证 | 探究CD8 T细胞在放射免疫疗法中对热肿瘤与冷肿瘤的不同作用机制 | 小鼠结肠癌（热肿瘤）模型和小鼠黑色素瘤（冷肿瘤）模型 | 肿瘤免疫学 | 结肠癌, 黑色素瘤 | 流式细胞术, 多光子成像, 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光 | NA | 单细胞基因表达数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1358 | 2025-12-02 |
Interregional human assembloids recapitulate fetal brain morphologies and enhance neuronal complexity
2025-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.24.684445
PMID:41278870
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研究论文 | 本研究利用3D共聚焦成像和手动重建技术，分析了人类前脑、丘脑器官样体及组装体，揭示了其神经元形态与胎儿大脑的相似性及组装体增强的形态复杂性 | 首次系统描述人类神经器官样体和组装体中神经元形态的多样性，并发现组装体比单个器官样体具有更高的形态复杂性，包括更广泛的树突分支、更长投射和多样化的胞体形状 | 研究仅基于735个神经元的样本量，可能无法完全代表整体多样性；手动重建方法可能引入主观偏差 | 验证人类神经模型并建模形态功能性疾病 | 人类前脑（背侧和腹侧）和丘脑（背侧和腹侧）器官样体，以及前脑、丘脑和皮质丘脑组装体 | 数字病理学 | NA | 3D共聚焦成像和手动重建 | NA | 图像 | 735个神经元 | NA | NA | NA | NA |
| 1359 | 2025-12-02 |
Multi-site Assessment of Methods for Cell Preservation Upstream of Single Cell RNA Sequencing
2025-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.24.684427
PMID:41279168
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研究论文 | 本研究评估了三种单细胞RNA测序上游细胞保存方法（10x Genomics FLEX、Parse Bioscience Evercode WT v2和Honeycomb Bio HIVE）在多平台、多站点下的性能和可重复性 | 通过跨平台、多站点研究，系统比较了固定和冷冻保存方法在单细胞RNA测序中的表现，并展示了这些方法在细胞类型注释和相对丰度方面的一致性 | 研究仅基于单一健康个体的白细胞样本，可能无法完全代表其他细胞类型或疾病状态下的保存效果 | 评估单细胞RNA测序上游细胞保存方法的性能和可重复性，以优化样本收集和处理流程 | 从单一健康个体分离的总白细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、21色流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据 | 单一健康个体的白细胞样本 | 10x Genomics, Parse Biosciences, Honeycomb Bio | 单细胞RNA-seq | 10x Genomics FLEX, Parse Bioscience Evercode WT v2, Honeycomb Bio HIVE | 10x Genomics FLEX（固定或冷冻保存方法）、Parse Bioscience Evercode WT v2（固定或冷冻保存方法）、Honeycomb Bio HIVE（固定或冷冻保存方法） |
| 1360 | 2025-12-02 |
Semi-parametric Empirical Bayes Method for Multiplet Detection in snATAC-seq with Probabilistic Multi-omic Integration
2025-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.23.684138
PMID:41279855
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研究论文 | 本文提出了一种名为SEBULA的半参数经验贝叶斯方法，用于在单细胞核ATAC-seq数据中检测多重捕获事件，并通过概率多组学整合提高检测准确性 | SEBULA是首个针对snATAC-seq数据设计的半参数经验贝叶斯模型，能够提供校准良好的后验概率，实现原则性的错误发现率控制，并支持与scRNA-seq等多模态数据的概率整合 | 方法主要针对snATAC-seq数据的稀疏性和过度分散特性设计，在其他单细胞技术中的适用性可能需要进一步验证 | 开发一种能够准确检测单细胞核ATAC-seq数据中多重捕获事件的计算方法 | 单细胞核ATAC-seq数据中的多重捕获事件 | 生物信息学 | NA | 单细胞核ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 多组学整合 | 半参数经验贝叶斯模型 | 染色质可及性测量数据, 基因表达数据 | 七个注释的三模态DOGMA-seq数据集 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |