单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1341	2025-07-21	Identification of CTSK as a TLR-related critical biomarker in liver cirrhosis via integrative bioinformatics and pathological characterization 2025-Jul-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-11606-6 PMID:40670571	研究论文	通过整合生物信息学和病理学特征，鉴定CTSK作为与TLR相关的肝硬化的关键生物标志物	鉴定出与TLR相关的关键基因（CXCL9、CXCL10、SPP1、CTSK），并验证其在肝硬化诊断和治疗中的潜在价值	研究依赖于公共数据库的数据，可能需要进一步的实验验证	探索肝硬化（LC）的诊断、发病机制和治疗新靶点	肝硬化（LC）患者及其相关基因	生物信息学	肝硬化	qRT-PCR、IHC、scRNA-seq、分子对接	机器学习	基因表达数据	NA
1342	2025-07-21	Modeling tumor relapse using proliferation tracing and ablation transgenic mouse 2025-Jul-17, NPJ breast cancer IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s41523-025-00792-1 PMID:40675988	研究论文	该研究利用增殖追踪和消融转基因小鼠模型模拟肿瘤复发，并通过单细胞RNA测序比较原发和复发肿瘤的生态系统	使用双重组酶介导的遗传系统追踪和消增增殖细胞，模拟化疗效果，并首次在复发肿瘤中发现癌症干细胞和促肿瘤γδ T细胞比例增加	研究仅限于PyMT诱导的自发性小鼠乳腺癌模型，未验证其他肿瘤类型	开发能准确反映患者肿瘤复发的临床前动物模型，并研究复发肿瘤的微环境特征	PyMT诱导的自发性小鼠乳腺癌模型	肿瘤生物学	乳腺癌	双重组酶介导的遗传系统, scRNA-seq	转基因小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量，但涉及原发和复发肿瘤的单细胞测序比较
1343	2025-07-21	The role of UBR2 in triple-negative breast cancer and its implications for immune checkpoint blockade therapy 2025-Jul-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03153-3 PMID:40676335	研究论文	本研究探讨了UBR2在三阴性乳腺癌中的作用及其对免疫检查点阻断治疗的影响	揭示了UBR2在免疫抑制微环境中的新功能，并筛选出靶向UBR2功能域的抑制剂，为联合免疫治疗提供了新策略	研究主要基于体外和体内实验，临床样本验证仍需进一步扩大	探究UBR2在三阴性乳腺癌中的功能及其与免疫治疗的关系	三阴性乳腺癌细胞系和患者样本	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	RNA测序、流式细胞术、免疫浸润分析	NA	RNA测序数据、蛋白质印迹数据	来自GEO和TCGA数据库的TNBC患者数据集
1344	2025-07-21	Single-cell RNA sequencing reveals the effects of mental stress on mouse mammary tumors and the tumor microenvironment 2025-Jul-16, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02619-1 PMID:40670350	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了精神压力对小鼠乳腺肿瘤及其微环境的影响	首次系统地阐明了精神压力在体内对乳腺肿瘤及肿瘤微环境的影响，并提供了精神压力促进乳腺癌生长和进展的机制见解	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究精神压力对乳腺肿瘤及其微环境的影响	MMTV-PyMT转基因小鼠的乳腺肿瘤组织	肿瘤生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	MMTV-PyMT转基因小鼠的乳腺肿瘤组织（有/无精神压力暴露）
1345	2025-07-21	Single-cell RNA sequencing reveals that a high salt diet increases IL6R-JAK1-STAT3 gene signaling pathway activity in intestinal B cells and Tfh cells of salt-sensitive hypertension animal model 2025-Jul-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-11100-z PMID:40670501	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究高盐饮食对盐敏感性高血压动物模型中肠道B细胞和Tfh细胞IL6R-JAK1-STAT3基因信号通路活性的影响	首次揭示了高盐饮食通过上调肠道B细胞和Tfh样细胞中的IL-6R-JAK-STAT信号通路，可能在盐敏感性高血压发展中起关键作用	研究仅使用Dahl SS大鼠模型，未在其他高血压模型或人类样本中验证	阐明肠道免疫在盐敏感性高血压发展中的作用	Dahl SS大鼠的肠道和血液免疫细胞	免疫学	高血压	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Dahl SS大鼠模型	基因表达数据	6周龄Dahl SS大鼠，分为正常盐饮食组(0.4% NaCl)和高盐饮食组(4% NaCl)，每组数量未明确说明
1346	2025-07-21	Single-cell sequencing combined with spatial transcriptomics reveals the characteristics of follicle-targeted inflammation patterns in primary cicatricial alopecia 2025-Jul-16, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01447-1 PMID:40671126	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术，揭示了原发性瘢痕性脱发（PCA）中毛囊靶向炎症的特征	结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，首次揭示了LPP中CD8⁺效应记忆T细胞和巨噬细胞对毛囊的浸润及其导致的免疫特权破坏和瘢痕形成机制	研究样本量有限，且仅针对LPP这一PCA亚型，未涵盖其他PCA亚型	探究原发性瘢痕性脱发（PCA）中毛囊靶向炎症的特征，寻找治疗靶点	扁平苔藓性脱发（LPP）、局限性硬皮病（LS）患者及对照组的头皮样本	数字病理学	脱发症	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	RNA序列数据	LPP、LS患者及对照组的头皮样本（具体数量未明确说明）
1347	2025-07-21	Utilizing genomics to identify novel immunotherapeutic targets in multiple myeloma high-risk subgroups 2025-Jul-15, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01503-y PMID:40665393	研究论文	利用基因组学数据识别多发性骨髓瘤高风险亚群中的新型免疫治疗靶点	建立了一个结合细胞表面潜力、健康器官表达及骨髓瘤细胞表达水平的多组学数据框架，识别出群体水平和亚型特异性免疫治疗新靶点	未明确说明样本量是否足够覆盖所有高风险亚群，且单细胞RNA-seq数据的亚克隆表达差异可能影响靶点普适性	开发识别多发性骨髓瘤新型免疫治疗靶点的方法学	多发性骨髓瘤患者基因组数据及细胞表面蛋白	基因组学	多发性骨髓瘤	多组学数据分析、流式细胞术、免疫印迹、CRISPR-Cas9基因敲除、单细胞RNA-seq	NA	基因组数据、蛋白质表达数据	两个大型数据集（未明确具体样本数）
1348	2025-07-21	Large-scale proteomics analysis identifies plasma protein biomarkers and potential therapeutic targets for rheumatoid arthritis: A prospective study in UK Biobank 2025-Jul-14, Bone IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.bone.2025.117593 PMID:40669587	研究论文	通过大规模蛋白质组学分析，识别血浆蛋白生物标志物及潜在治疗靶点，用于类风湿性关节炎的早期检测和干预	整合蛋白质组学、GWAS和单细胞RNA测序数据，系统性评估与RA风险相关的蛋白质，并开发了基于血浆蛋白的RA风险预测模型	预测模型的AUC为0.74，性能中等，且预测窗口为5年	识别类风湿性关节炎的生物标志物和潜在治疗靶点	706名RA患者和1410名对照	蛋白质组学	类风湿性关节炎	蛋白质组学、GWAS、单细胞RNA测序	XGBoost	血浆蛋白质数据、基因组数据、RNA测序数据	706名RA患者和1410名对照
1349	2025-07-21	Paneth cells inhibit intestinal stem cell proliferation through the bone morphogenic protein 7 pathway under rotavirus-mediated intestinal injury 2025-Jul-14, World journal of gastroenterology IF:4.3Q1 DOI:10.3748/wjg.v31.i26.107044 PMID:40678707	研究论文	本研究探讨了轮状病毒感染下潘氏细胞通过骨形态发生蛋白7通路抑制肠道干细胞增殖的机制	首次揭示了轮状病毒感染下潘氏细胞通过BMP7信号通路调控肠道干细胞增殖的新机制	研究主要基于小鼠模型和类器官，人类临床相关性需要进一步验证	阐明轮状病毒感染期间潘氏细胞调控肠道干细胞增殖的分子机制	潘氏细胞和肠道干细胞	细胞生物学	肠道感染	单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、RT-qPCR	小鼠模型和类器官	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用已发表的单细胞RNA测序数据和小鼠模型
1350	2025-07-21	Single-cell RNA sequencing study reveals the potential role of the RPS26 gene in attention deficit hyperactivity disorder 2025-Jul-11, Progress in neuro-psychopharmacology & biological psychiatry IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.pnpbp.2025.111444 PMID:40653146	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究RPS26基因在注意力缺陷多动障碍(ADHD)中的潜在作用	首次应用单细胞RNA测序技术研究ADHD生物标志物，发现RPS26基因在单核细胞中的差异表达及其对单核细胞发育和分化的调控作用	研究样本仅来自一对异卵双胞胎，样本量较小	探索ADHD与心血管疾病之间的潜在分子联系	白细胞样本(特别是单核细胞/巨噬细胞)	基因组学	注意力缺陷多动障碍(ADHD)和心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和定量PCR(qPCR)	NA	RNA测序数据	一对ADHD不一致的异卵双胞胎的白细胞样本
1351	2025-07-21	EGCG-releasing nanofibrous scaffold enhances wound healing via γδ T cells modulation 2025-Jul-09, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123543 PMID:40682946	研究论文	本研究探讨了γδ T细胞在EGCG释放纳米纤维支架促进伤口愈合中的作用	开发了一种具有对齐拓扑结构的EGCG释放纳米纤维支架（APEMS），通过持续释放EGCG增强γδ T细胞活性，促进伤口修复	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证其效果	研究γδ T细胞在伤口愈合中的作用，并开发新型伤口管理材料	6-8周龄雄性C57BL/6J小鼠的伤口模型	生物医学工程	伤口愈合	单细胞RNA测序，Cellchat分析	NA	基因表达数据，细胞信号数据	小鼠伤口模型
1352	2025-07-21	Mature megakaryocytes acquire immune characteristics in a mouse model of aplastic anemia 2025-Jul-08, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024015621 PMID:40086077	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示了成熟巨核细胞在再生障碍性贫血中获得的免疫特性及其对造血干细胞的影响	发现成熟巨核细胞在骨髓衰竭状态下获得免疫激活特性，并可能作为抗原呈递细胞激活T细胞	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探索巨核细胞在免疫性骨髓衰竭中的非血小板生成功能	小鼠模型和再生障碍性贫血患者的巨核细胞	血液学	再生障碍性贫血	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、电子显微镜	小鼠骨髓衰竭模型	基因表达数据、显微镜图像	未明确说明具体数量，包括小鼠模型和人类患者样本
1353	2025-07-21	Lars2 Deficiency-Induced Mitochondrial Dysfunction Drives the Emergence of a Pro-Inflammatory Stroke-Specific Microglial Subpopulation 2025-Jul-04, Aging and disease IF:7.0Q1 DOI:10.14336/AD.2025.0387 PMID:40681356	研究论文	本文研究了Lars2缺乏引起的线粒体功能障碍如何驱动中风特异性促炎小胶质细胞亚群的出现	发现了一个具有低Lars2表达和促炎特征的卒中诱导小胶质细胞亚群Mc，并揭示了Lars2作为连接卒中诱导小胶质细胞重编程与神经炎症的线粒体检查点的作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究卒中后小胶质细胞免疫状态的改变及其与线粒体功能障碍的关系	出血性、缺血性和对照小鼠的纹状体小胶质细胞	神经科学	中风	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，涉及出血性、缺血性和对照小鼠
1354	2025-07-21	scRDAN: a robust domain adaptation network for cell type annotation across single-cell RNA sequencing data 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf344 PMID:40671175	研究论文	提出了一种名为scRDAN的鲁棒域适应网络，用于跨单细胞RNA测序数据的细胞类型注释	scRDAN通过三个模块（去噪域适应模块、细粒度判别模块和鲁棒性增强模块）有效解决了单细胞RNA测序分析中的噪声和批次效应问题	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和鲁棒性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	域适应网络（对抗学习）	单细胞RNA测序数据	模拟数据集、跨平台数据集和跨物种数据集
1355	2025-07-21	scRECL: representative ensembles with contrastive learning for scRNA-seq data clustering analysis 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf346 PMID:40671174	研究论文	提出了一种名为scRECL的对比集成学习方法，用于scRNA-seq数据的聚类分析	结合对比学习和集成学习，利用Siamese神经网络和多重图筛选噪声和冗余细胞，提高聚类分析的鲁棒性和效率	未提及具体的数据集或实验规模，可能影响方法的普适性验证	提高单细胞RNA测序数据聚类分析的鲁棒性和效率	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	Siamese神经网络	基因表达数据	NA
1356	2025-07-21	Anomaly detection in spatial transcriptomics via spatially localized density comparison 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf242 PMID:40662796	研究论文	提出了一种名为Sardine的方法，用于检测空间转录组数据中的空间局部异常	Sardine通过空间局部密度估计来识别不同条件下细胞状态的局部空间变化，相比现有方法更准确地捕捉表达变化的空间模式	未明确提及具体局限性	开发一种能够识别空间转录组数据中局部异常变化的方法	空间转录组数据，特别是小鼠大脑皮层损伤前后和小鼠脊髓电疗过程中的数据	数字病理学	NA	空间转录组技术	NA	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠大脑皮层和脊髓的数据
1357	2025-07-21	Inactivation of Histone Chaperone HIRA Unmasks a Link Between Normal Embryonic Development of Melanoblasts and Maintenance of Adult Melanocyte Stem Cells 2025-Jul, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70070 PMID:40669469	研究论文	本研究探讨了组蛋白伴侣HIRA在小鼠色素系统中的双重作用，揭示了其在胚胎发育和成年黑色素干细胞维持中的关键功能	首次揭示了HIRA在胚胎发育阶段对黑色素细胞谱系特性和成年干细胞维持的长效影响，建立了胚胎发育与成年组织稳态的直接联系	研究仅限于小鼠模型，人类系统中的相关性尚待验证	阐明组蛋白伴侣HIRA在发育生物学和干细胞维持中的双重作用机制	小鼠黑色素细胞谱系（黑色素母细胞和黑色素干细胞）	发育生物学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、ATAC-seq、基因敲除模型	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据、染色质可及性数据	未明确说明具体样本数量，使用转基因小鼠模型和体外培养的melb-a黑色素母细胞
1358	2025-07-21	Itaconate suppresses neonatal intestinal inflammation via metabolic reprogramming of M1 macrophage 2025-Jul, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70419 PMID:40673634	研究论文	该研究揭示了衣康酸（ITA）通过调控巨噬细胞代谢重编程对新生儿坏死性小肠结肠炎（NEC）的保护作用	首次发现ITA通过调节巨噬细胞代谢重编程（特别是线粒体功能和氧化磷酸化）来抑制M1型巨噬细胞极化，从而缓解NEC的肠道炎症损伤	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	探究ITA在NEC中的免疫调节机制及治疗潜力	新生儿坏死性小肠结肠炎（NEC）患者样本和ACOD1基因修饰小鼠模型	免疫代谢	坏死性小肠结肠炎	免疫荧光染色、液相色谱-质谱联用技术、单细胞测序	ACOD1-/-和ACOD1fl/flLysMcre基因敲除小鼠模型	蛋白质表达数据、代谢组数据、单细胞转录组数据	临床NEC样本（未明确数量）和转基因小鼠模型
1359	2025-07-21	PPARγ controls ESCRT-dependent fibroblast-like synoviocyte exosome biogenesis and alleviates chondrocyte osteoarthritis mediated by exosomal ANXA1 2025-Jul, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2025.06.008 PMID:40678612	研究论文	本研究探讨了运动疗法通过PPARγ调控ESCRT依赖的成纤维样滑膜细胞外泌体生物发生，以及外泌体中的ANXA1蛋白如何减轻软骨细胞的骨关节炎	揭示了PPARγ通过ESCRT通路调控外泌体生物发生的新机制，并发现外泌体中的ANXA1蛋白通过抑制ERK磷酸化激活自噬和减少软骨细胞凋亡	研究未涉及PPARγ/ESCRT-FLSs外泌体ANXA1-ERK轴在人体中的验证	探索运动疗法对骨关节炎的治疗机制及外泌体在其中的作用	成纤维样滑膜细胞(FLSs)和软骨细胞	细胞生物学	骨关节炎	单细胞转录组测序、定量蛋白质组学、数据非依赖性采集	NA	转录组数据、蛋白质组数据	NA
1360	2025-07-21	Mesenchymal stem/stromal cell therapy improves immune recovery in a feline model of severe coronavirus infection 2025-Jun-25, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szaf025 PMID:40659357	研究论文	本研究评估了同种异体间充质干细胞/基质细胞（MSC）疗法联合抗病毒治疗在猫传染性腹膜炎（FIP）中的安全性和有效性	首次在猫传染性腹膜炎模型中证明MSC疗法可增强免疫恢复，并通过单细胞RNA测序揭示免疫 rejuvenation的转录组变化	研究结束时仍存在残余细胞因子升高，表明慢性免疫调节异常特征可能未被完全解决	探索MSC疗法对严重冠状病毒感染引起的免疫功能障碍的改善作用	患有渗出性猫传染性腹膜炎的猫	兽医学与转化医学	冠状病毒感染（猫传染性腹膜炎）	单细胞RNA测序，血清细胞因子分析，流式细胞术	NA	转录组数据，细胞因子数据，免疫表型数据	未明确提及具体样本量（猫传染性腹膜炎患猫）