单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1341	2025-07-18	Variational inference of single cell time series 2025-May-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.29.610389 PMID:39257806	研究论文	提出了一种名为SNOW的深度学习算法，用于解析单细胞时间序列数据	SNOW算法能够将单细胞时间序列数据分解为时间依赖和时间独立的贡献，构建具有生物学意义的潜在空间，并去除批次效应	未提及具体的数据集规模或实验验证的局限性	解决单细胞RNA测序数据中基因表达受时间和细胞身份共同影响的问题	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	深度学习算法	基因表达数据	合成和真实的scRNA-seq数据（未提及具体数量）
1342	2025-07-18	Inferring gene regulatory networks by hypergraph generative model 2025-Apr-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101026 PMID:40220759	research paper	提出了一种基于超图变分自编码器（HyperG-VAE）的贝叶斯深度生成模型，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的基因调控网络（GRN）推断	利用超图表示和结构方程模型处理细胞异质性，结合超图自注意力机制识别基因模块，协同优化编码器以提高GRN推断、单细胞聚类和数据可视化	未明确提及具体局限性	改进单细胞RNA测序数据分析及基因调控网络构建	单细胞RNA测序数据和基因调控网络	machine learning	NA	scRNA-seq	HyperG-VAE (超图变分自编码器)	单细胞RNA测序数据	骨髓B细胞发育数据（未明确样本数量）
1343	2025-07-18	A cost- and time-efficient method for high-throughput cryoprocessing and tissue analysis using multiplexed tissue molds 2025-Apr-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101023 PMID:40262526	研究论文	本文介绍了一种高效、低成本的高通量冷冻处理和组织分析方法，使用多路复用组织模具（MTMs）	引入了多路复用组织模具（MTMs），显著降低了冷冻处理的成本和工作量，同时允许处理不同大小和来源的组织	未提及该方法在临床应用中的具体效果或潜在问题	开发一种高效、低成本的冷冻处理和组织分析方法，以促进常规和诊断使用	不同大小和来源的组织，包括19种不同的成年小鼠组织和约110个不同年龄和大小的神经类器官	组织病理学	NA	冷冻切片技术	NA	组织样本	19种成年小鼠组织和约110个神经类器官
1344	2025-07-18	CellCover Defines Marker Gene Panels Capturing Developmental Progression in Neocortical Neural Stem Cell Identity 2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.06.535943 PMID:37383947	研究论文	提出了一种名为CellCover的新方法，用于通过组合优化选择标记基因面板，以更准确地定义细胞类型	将标记基因面板选择视为组合优化中的'最小集合覆盖问题'，克服了传统差异表达方法的局限性，减少了基因冗余并捕获了细胞类型特异性信号	方法依赖于单细胞RNA测序数据的质量和覆盖度，可能受到数据零膨胀问题的影响	开发一种更有效的方法来定义细胞类型的标记基因面板，以分析单细胞RNA测序数据	血液和脑组织中的细胞，特别是新皮质神经干细胞	生物医学信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	组合优化模型	基因表达数据	多个公共数据集，包括小鼠、灵长类和人类数据
1345	2025-07-18	Exploration of M2 macrophage-related biomarkers and a candidate drug for glioblastoma using high-dimensional weighted gene co-expression network analysis 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1587258 PMID:40661076	研究论文	本研究通过高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA)探索了与M2巨噬细胞相关的基因生物标志物，并预测了一种用于胶质母细胞瘤(GBM)的候选药物	利用hdWGCNA方法筛选M2巨噬细胞相关基因模块，并预测候选药物沙利度胺	研究依赖于公开数据库数据，未进行实验验证	识别M2巨噬细胞相关基因标志物并寻找GBM潜在治疗药物	胶质母细胞瘤(GBM)中的M2巨噬细胞	生物信息学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA), 分子对接	诊断模型	基因表达数据	来自GEO数据库的GSE162631和GSE4290数据集
1346	2025-07-18	Silencing NEDD4L Effectively Inhibits the Malignant Behaviors of Hepatocellular Carcinoma 2025, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S511466 PMID:40661237	研究论文	本研究探讨了NEDD4L在肝细胞癌（HCC）中的表达、生存影响及其调控机制，并验证了沉默NEDD4L对HCC恶性行为的抑制作用	首次全面揭示了NEDD4L在HCC中的表达模式及其通过泛素化调控细胞周期和免疫检查点的双重作用机制	研究主要基于体外实验和数据库分析，缺乏体内实验验证	探究NEDD4L在HCC发生发展中的作用及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌（HCC）	肿瘤生物学	肝癌	RNA-seq、微阵列分析、单细胞测序、Edu、CCK-8、Transwell、伤口愈合实验	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	多个数据库的HCC患者数据及体外培养的HCC细胞系
1347	2025-07-18	Single-cell RNA-sequencing highlights a curtailed NK cell function in convalescent COVID-19 pregnant women 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1560391 PMID:40661959	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术，揭示了COVID-19康复孕妇中NK细胞功能的持续减弱	首次在COVID-19康复孕妇中发现NK细胞功能持续减弱，并揭示了SARS-CoV-2感染对免疫细胞基因表达谱的重编程作用	研究样本量相对较小，且仅针对孕妇群体，结果可能无法推广到其他人群	研究SARS-CoV-2感染如何改变孕妇在感染期间和康复后的免疫景观	COVID-19康复孕妇的免疫细胞（特别是NK细胞）	免疫学	COVID-19	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞数据	两个独立地理队列的孕妇样本（具体数量未明确说明）
1348	2025-07-18	Development of a Starvation Response-Based Model and Its Application in Prognostic Assessment of Liver Hepatocellular Carcinoma 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/8828435 PMID:40662145	研究论文	基于饥饿反应相关基因构建风险模型，用于肝细胞癌的预后评估	首次构建基于饥饿反应相关基因的风险模型，用于肝细胞癌的预后预测	研究依赖于公共数据库的数据，未进行独立队列验证	开发肝细胞癌预后评估模型	肝细胞癌患者	数字病理学	肝癌	scRNA-seq, WGCNA, ssGSEA, MCP-Counter, ESTIMATE, TIMER	RiskScore模型	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	公共数据库中的肝细胞癌样本
1349	2025-07-18	Spatial analysis reveals targetable macrophage-mediated mechanisms of immune evasion in hepatocellular carcinoma minimal residual disease 2024-Oct, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00828-8 PMID:39304772	研究论文	通过空间分析揭示了肝癌微小残留病中可靶向的巨噬细胞介导的免疫逃逸机制	发现了PD-L1+M2样巨噬细胞与干细胞样肿瘤细胞的空间相互作用及其通过TGFβ1介导的肿瘤细胞持续存在机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，临床转化仍需进一步验证	探索肝癌微小残留病中肿瘤细胞持续存在的机制并寻找潜在治疗靶点	肝癌微小残留病中的肿瘤细胞和免疫微环境	数字病理学	肝癌	单细胞高维度细胞成像、空间转录组学	转基因小鼠模型、同源原位模型	图像、转录组数据	108名患者，107万个细胞，两种小鼠模型
1350	2025-07-18	Antigen/HLA-agnostic strategies for Characterizing Tumor-responsive T cell receptors in PDAC patients via single-cell sequencing and autologous organoid application 2024-04-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216741 PMID:38395378	研究论文	本研究通过单细胞测序和自体类器官技术，识别并验证了胰腺导管腺癌(PDAC)患者中肿瘤反应性T细胞受体(TCRs)，为个性化TCR-T细胞疗法提供了新策略	结合超深度单细胞测序和类器官技术，以抗原/HLA无关的方式快速鉴定肿瘤反应性TCRs	研究仅纳入两名代表性PDAC患者，样本量较小	开发个性化TCR-T细胞疗法的新方法	胰腺导管腺癌(PDAC)患者的T细胞受体(TCRs)	肿瘤免疫治疗	胰腺导管腺癌(PDAC)	单细胞TCR/RNA测序，自体类器官培养	NA	单细胞测序数据	两名PDAC患者，超过82,000个细胞
1351	2025-07-18	Characterization of the distinct immune microenvironments between hepatocellular carcinoma and intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-04-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216799 PMID:38479553	research paper	本研究通过单细胞RNA测序技术，系统比较了肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）的肿瘤免疫微环境（TIME）的异同	首次系统性评估了HCC和ICC的TIME差异，并发现HCC中的T细胞表现出更高的免疫抑制和耗竭水平，以及HCC中特异富集的EGR1巨噬细胞簇	研究样本量相对有限（41个单细胞RNA-seq样本），且仅基于转录组数据，缺乏蛋白质或功能验证	比较HCC和ICC的肿瘤免疫微环境差异，为肝癌治疗靶点开发提供新见解	肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）的肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	41个单细胞RNA-seq样本（来自HCC和ICC的四种不同组织类型）
1352	2025-07-18	Association of preoperative aspartate aminotransferase to platelet ratio index with outcomes and tumour microenvironment among colorectal cancer with liver metastases 2024-04-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216778 PMID:38458593	研究论文	本研究探讨了术前天门冬氨酸氨基转移酶与血小板比值指数（APRI）对结直肠癌肝转移（CRLM）患者预后及肿瘤微环境的影响	首次通过单细胞RNA测序和多重免疫组化/免疫荧光技术，揭示了APRI水平与CRLM肿瘤微环境的关联	研究样本来自多中心，可能存在选择偏倚	寻找能够改善CRLM患者预后预测的生物标志物	1323名接受同步切除的CRLM患者	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序, 多重免疫组化/免疫荧光（mIHC/IF）	NA	血液样本, 肿瘤组织样本	1323名CRLM患者
1353	2025-07-18	CD63+ cancer-associated fibroblasts confer CDK4/6 inhibitor resistance to breast cancer cells by exosomal miR-20 2024-04-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216747 PMID:38403110	研究论文	本文揭示了CD63+癌症相关成纤维细胞通过外泌体miR-20赋予乳腺癌细胞对CDK4/6抑制剂的耐药性	首次发现CD63+癌症相关成纤维细胞通过外泌体miR-20介导CDK4/6抑制剂耐药性，并设计了cRGD-miR-20海绵纳米颗粒增强治疗效果	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未进行临床验证	探究乳腺癌对CDK4/6抑制剂耐药的分子机制并开发新的治疗策略	ER阳性乳腺癌细胞和肿瘤异种移植模型	癌症生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1354	2025-07-18	Comparable CD8+ T-cell responses to SARS-CoV-2 vaccination in single-cell transcriptomics of recently allogeneic transplanted patients and healthy individuals 2024-03, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.29539 PMID:38516755	研究论文	本研究比较了异基因造血干细胞移植(ASCT)患者与健康个体在接种SARS-CoV-2疫苗后的CD8+ T细胞反应	首次在ASCT患者中进行了纵向多模态分析，包括T细胞功能性和单细胞RNA测序结合TCR/BCR分析，并与健康接种者公开数据集进行比较	样本量相对较小，仅40%患者达到保护性抗体滴度	评估ASCT患者对SARS-CoV-2疫苗的免疫反应	异基因造血干细胞移植患者和健康个体	免疫学	传染病	单细胞RNA测序, TCR/BCR分析	NA	转录组数据, 免疫组库数据	ASCT患者队列(具体数量未明确提及), 与公开健康接种者数据集对比
1355	2025-07-18	CCDC66 mutations are associated with high myopia through affected cell mitosis 2024-02-21, Journal of medical genetics IF:3.5Q2 DOI:10.1136/jmg-2023-109434 PMID:37852749	研究论文	本研究通过外显子测序和功能分析，揭示了CCDC66基因突变与高度近视的关联及其在细胞有丝分裂中的作用	首次发现CCDC66基因的无义突变(c.C172T, p.Q58X)与高度近视表型共分离，并揭示了该基因通过影响视网膜细胞有丝分裂导致高度近视的分子机制	样本量相对有限(1个家族病例和200例散发病例)，且功能研究主要在体外细胞系中进行	探索高度近视的致病基因及其分子机制	高度近视患者家族和散发病例，以及人类和小鼠的视网膜发育过程	遗传学	高度近视	外显子测序，Sanger测序，单细胞RNA测序，CRISPR/Cas9基因敲除，免疫荧光染色，免疫印迹	NA	基因组数据，转录组数据，细胞图像数据	1个高度近视家族和200例散发性高度近视患者
1356	2025-07-18	Locus-specific expression of transposable elements in single cells with CELLO-seq 2022-04, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-01093-1 PMID:34782740	research paper	该研究开发了一种名为CELLO-seq的新方法，用于在单细胞水平上测量转座子元件（TEs）的位点特异性表达	结合长读长单细胞RNA测序与计算分析，解决了年轻TEs因高度重复性难以定位的问题	模拟显示，小鼠中极少数非常年轻的元件仍无法高置信度地映射回参考基因组	研究转座子元件在单细胞中的位点特异性表达及其调控机制	小鼠二细胞期卵裂球和人类诱导多能干细胞	基因组学	NA	CELLO-seq（单细胞长读长RNA测序）	NA	RNA-seq数据	小鼠二细胞期卵裂球和人类诱导多能干细胞
1357	2025-07-17	CD163+ macrophages drive rapid pulmonary fibrosis via osteopontin secretion 2025-Aug-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114976 PMID:40466617	研究论文	本文探讨了CD163+巨噬细胞通过分泌骨桥蛋白（OPN）在快速肺纤维化（RPF）中的作用	揭示了CD163+巨噬细胞通过OPN分泌促进RPF的新机制，并提出了CD163+巨噬细胞-OPN轴作为潜在治疗靶点	研究主要基于COVID-19相关的RPF患者和小鼠模型，结果在其他类型的RPF中是否适用尚需验证	阐明CD163+巨噬细胞在快速肺纤维化中的促纤维化作用及其机制	COVID-19相关的RPF患者和小鼠模型	病理学	肺纤维化	scRNA-seq, snRNA-seq	小鼠模型	RNA测序数据	COVID-19相关RPF患者和小鼠模型
1358	2025-07-17	Treatment with senolytic drugs ameliorates steroid-induced osteonecrosis of the femoral head by inhibiting osteoclastogenesis 2025-Aug-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114963 PMID:40480005	研究论文	本文研究了通过清除衰老细胞来改善类固醇诱导的股骨头坏死（ONFH）的治疗方法	首次揭示了巨噬细胞中的细胞衰老促进破骨细胞过度活化和ONFH进展的机制，并验证了衰老清除药物（D + Q）的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索细胞衰老在ONFH中的作用及衰老清除药物的治疗效果	股骨头坏死（ONFH）小鼠模型和骨髓源性巨噬细胞（BMDMs）	骨科疾病研究	股骨头坏死	单细胞测序、TRAP染色、SA-β-gal染色	小鼠疾病模型	基因表达数据、细胞染色数据	未明确说明样本数量，但涉及ONFH患者数据和小鼠模型
1359	2025-07-17	Machine learning algorithms integrate bulk and single-cell RNA data to reveal the crosstalk and heterogeneity of NOTCH and autophagy activity following idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Aug-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115017 PMID:40494203	研究论文	本研究利用机器学习和单细胞RNA测序技术，探索了NOTCH和自噬在特发性肺纤维化(IPF)中的异质性和潜在相关性	首次在单细胞水平揭示了NOTCH和自噬活性在IPF不同细胞类型中的异质性和相关性，并鉴定出共同调控这两个通路的关键基因	研究主要基于转录组数据，虽然进行了蛋白质水平验证，但功能实验仍需进一步深入	探索NOTCH和自噬通路在IPF发病机制中的相互作用	特发性肺纤维化(IPF)患者样本	机器学习	肺纤维化	scRNA-seq, BulkRNA-seq, Western blotting	XGBoost, Boruta, random forest, LASSO, GBM, SVM-RFE	RNA测序数据	未明确说明样本数量
1360	2025-07-17	High ELK3 expression is associated with the wild type IDH1 in glioma and enhances infiltration of M2 macrophages 2025-Aug-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115064 PMID:40513332	研究论文	本研究探讨了ELK3在胶质瘤预后中的作用及其与IDH1状态和肿瘤免疫浸润的关系	首次将ELK3与IDH1野生型胶质瘤及M2巨噬细胞浸润联系起来，并开发了一个预后列线图	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证ELK3的具体作用机制	探究ELK3在胶质瘤预后中的作用及其与IDH1和免疫浸润的关系	胶质瘤患者样本和公共数据库数据	肿瘤生物学	胶质瘤	生物信息学分析、免疫组化(IHC)、RT-qPCR、Western blotting	Cox比例风险回归模型、预后列线图	基因表达数据、临床数据	TCGA队列数据及验证队列