单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1341	2025-07-10	Single-cell transcriptomic and m6A methylation analyses reveal platelet-mediated immune regulatory mechanisms in sepsis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1607732 PMID:40625751	研究论文	本研究通过单细胞转录组和m6A甲基化分析，揭示了脓毒症中血小板介导的免疫调节机制	首次整合单细胞RNA测序和m6A甲基化测序数据，揭示了脓毒症中血小板功能重塑的m6A依赖机制，并鉴定出关键靶基因RPA1	研究样本量有限，仅基于GSE167363数据集，需要更大规模的临床样本验证	探究脓毒症中免疫细胞组成变化、细胞间通讯特征及m6A修饰的潜在调控机制	脓毒症患者的外周血单个核细胞(PBMCs)	生物信息学	脓毒症	单细胞RNA测序, m6A甲基化测序	NA	单细胞转录组数据, 甲基化数据	GSE167363数据集中的脓毒症患者样本
1342	2025-07-10	Perspective on recent developments and challenges in regulatory and systems genomics 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf106 PMID:40626041	综述	本文讨论了在调控和系统基因组学领域的最新发展和挑战，特别是关于顺式调控代码的解码及其在预测遗传变异对表型影响中的应用	讨论了利用序列到功能的神经网络学习顺式调控序列规则的新方法，以及空间转录组学等新兴技术	指出了当前知识的空白、技术限制以及计算方法在基准测试方面的挑战	解码顺式调控代码以预测遗传变异对表型的影响，并识别人类疾病中的遗传变异	顺式调控元件、3D染色质组织、基因调控网络	系统基因组学	NA	空间转录组学、基因组学检测	序列到功能的神经网络	基因组序列数据、3D染色质组织数据	NA
1343	2025-07-10	CYLD as a key regulator of myocardial infarction-to-heart failure transition revealed by multi-omics integration 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1592985 PMID:40626177	研究论文	本研究通过多组学整合分析，揭示了CYLD作为心肌梗死向心力衰竭转变的关键调控基因	利用多组学数据和先进计算工具，首次发现CYLD在心肌梗死向心力衰竭转变中的关键调控作用	研究主要基于公开数据集，缺乏实验验证	探索心肌梗死向心力衰竭转变的分子机制	心肌梗死和心力衰竭患者	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞转录组测序	随机森林	基因表达数据	5个GEO数据集(GSE59867, GSE62646, GSE168281, GSE267644, GSE269269)
1344	2025-07-10	Neutralization of the autophagy-repressive tissue hormone DBI/ACBP (diazepam binding inhibitor, acyl-CoA binding protein) enhances anticancer immunosurveillance 2024-12, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2024.2411854 PMID:39419485	research paper	该研究探讨了DBI/ACBP（地西泮结合抑制剂，酰基辅酶A结合蛋白）作为自噬抑制因子在癌症免疫监视中的作用	发现DBI/ACBP水平升高是癌症发展的风险因素，并通过基因或抗体介导的抑制延缓癌症发展	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的可行性和效果尚需进一步验证	探索DBI/ACBP在癌症免疫监视中的作用及其作为治疗靶点的潜力	DBI/ACBP蛋白及其在癌症发展中的作用	癌症研究	乳腺癌、非小细胞肺癌、肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	生物标志物数据	癌症易感综合征患者及无已知癌症易感综合征的患者
1345	2025-07-10	The G4 resolvase Dhx36 modulates cardiomyocyte differentiation and ventricular conduction system development 2024-10-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52809-1 PMID:39366945	研究论文	本研究揭示了Dhx36解旋酶在心肌细胞分化和心室传导系统发育中的关键作用	首次发现Dhx36通过调控启动子G-四链体结构影响心肌细胞基因网络和传导系统发育	研究仅限于小鼠模型，人类心脏发育的适用性尚需验证	探索心脏传导系统发育和心肌细胞分化的转录调控机制	胚胎期和新生期小鼠心脏	发育生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序(snRNA-seq)，单细胞ATAC测序(snATAC-seq)	基因敲除小鼠模型	单细胞转录组和表观基因组数据	Dhx36敲除小鼠胚胎和新生心脏样本
1346	2025-07-10	Targeted single cell expression profiling identifies integrators of sleep and metabolic state 2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.25.614841 PMID:39386468	研究论文	该研究通过单细胞测序技术，识别了果蝇中调节睡眠与代谢状态交互作用的神经元及其转录响应	首次在单神经元水平上鉴定了调节睡眠与代谢交互作用的基因，并验证了多个基因的功能	研究仅针对果蝇的特定神经元，结果在更复杂生物中的普适性尚不明确	探索睡眠与代谢状态交互作用的细胞机制	果蝇的侧脑白激肽神经元(LHLK neurons)	神经科学	NA	单细胞测序(CEL-Seq), Patch-seq	NA	RNA测序数据	喂食和24小时饥饿处理的果蝇LHLK神经元
1347	2025-07-10	Single-cell RNA sequencing in pediatric research: Focusing on differentiation trajectories and immune microenvironment of neuroblastoma 2024-Sep, Pediatric discovery.. DOI:10.1002/pdi3.61 PMID:40625458	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在神经母细胞瘤（NB）研究中的应用，重点探讨了分化轨迹、肿瘤异质性和免疫微环境	利用scRNA-seq技术深入解析神经母细胞瘤的分化轨迹、肿瘤异质性及免疫微环境，为疾病机制研究和临床诊疗提供新视角	综述性质文章，未涉及具体实验设计和数据验证	总结scRNA-seq技术在神经母细胞瘤研究中的最新进展和应用价值	神经母细胞瘤（NB）	digital pathology	neuroblastoma	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
1348	2025-07-10	Signature morphoelectric properties of diverse GABAergic interneurons in the human neocortex 2023-10-13, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adf6484 PMID:37824669	研究论文	该研究通过快速GABA能神经元病毒遗传标记和Patch-seq技术，分析了人类大脑切片中GABA能神经元的亚类和转录组类型	揭示了PVALB和SST亚类之间的过渡，识别了灵长类特有的双束细胞（DBCs）的多个空间不同类型，并阐明了小鼠和人类新皮层GABA能神经元类型之间的细胞差异	研究仅基于人类大脑切片，可能无法完全反映体内环境的复杂性	理解人类大脑细胞类型的保守和特化细胞特性	人类新皮层中的GABA能神经元	神经科学	NA	Patch-seq（膜片钳电生理学加单细胞RNA测序）	NA	电生理和转录组数据	人类大脑切片中的GABA能神经元样本
1349	2025-07-10	Neuronal identity defines α-synuclein and tau toxicity 2023-05-17, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2023.02.033 PMID:36948206	研究论文	本文探讨了神经元身份如何定义α-突触核蛋白和tau蛋白的毒性，揭示了不同神经元对这两种蛋白毒性的不同敏感性	通过深度表型分析和全脑单细胞RNA测序，揭示了神经元对α-突触核蛋白和tau蛋白毒性的内在易感性，独立于表达水平	研究主要基于果蝇模型，人类神经元的研究结果需要进一步验证	研究神经元身份如何影响α-突触核蛋白和tau蛋白的毒性，以揭示神经退行性疾病的机制	人类大脑数据集和果蝇中的200多种活神经元类型	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	果蝇模型	RNA测序数据	200多种果蝇神经元类型
1350	2025-07-10	SigEMD: A powerful method for differential gene expression analysis in single-cell RNA sequencing data 2018-08-01, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2018.04.017 PMID:29702224	研究论文	提出了一种名为SigEMD的新方法，用于单细胞RNA测序数据中的差异基因表达分析	结合数据插补方法、逻辑回归模型和基于Earth Mover's Distance的非参数方法，提高了差异基因检测的精确性和效率	未明确提及具体局限性	开发一种更精确和高效的单细胞RNA测序数据差异基因表达分析方法	单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	NA	scRNAseq	逻辑回归模型	单细胞RNA测序数据	模拟数据集和真实数据集（未提供具体数量）
1351	2025-07-09	Sirtuin 2 regulates NOD-like receptor protein 3/nuclear factor kappa B axis to promote cartilage repair in osteoarthritis 2025-Sep, Journal of cell communication and signaling IF:3.6Q3 DOI:10.1002/ccs3.70031 PMID:40620356	研究论文	本研究探讨了Sirtuin 2（SIRT2）如何通过调节NLRP3/NF-κB信号轴促进骨关节炎（OA）中的软骨修复	揭示了SIRT2通过去乙酰化NF-κB p65抑制NLRP3激活的新机制，为OA治疗提供了新的潜在靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	阐明SIRT2在OA中调节NLRP3/NF-κB信号轴的作用机制	OA小鼠模型和软骨细胞培养物	分子生物学	骨关节炎	单细胞RNA测序、Western blotting、实时PCR、共免疫沉淀、染色质免疫沉淀	NA	基因表达数据、蛋白质数据	OA小鼠模型和体外培养的软骨细胞
1352	2025-07-09	EDNRB2 regulates fate, migration, and maturation of hair cell precursors in regenerating avian auditory epithelium explants 2025-Jul-15, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2502713122 PMID:40627393	研究论文	本研究揭示了EDNRB2在鸟类听觉上皮毛细胞再生过程中的作用，特别是在毛细胞前体细胞的命运决定、迁移和成熟中的调控机制	首次发现EDNRB2在鸟类听觉上皮毛细胞再生过程中的关键作用，并揭示了其在毛细胞前体细胞命运决定、迁移和成熟中的具体调控机制	研究仅限于鸟类模型，未在哺乳动物中进行验证	揭示EDNRB2在鸟类听觉上皮毛细胞再生中的具体作用机制	鸡基底乳头(BP)中的支持细胞(SCs)和毛细胞(HCs)	再生医学	听力损失	单细胞RNA测序、RNA测序、组织学评估	NA	基因表达数据、组织学图像	鸡基底乳头外植体培养物
1353	2025-07-09	Allergen induces pulmonary neuroendocrine cell hyperplasia in a model of asthma 2025-Jul-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187018 PMID:40626365	research paper	研究揭示了过敏原如何通过调控肺神经内分泌细胞（PNECs）的增生加剧哮喘反应	发现过敏原（如屋尘螨）能诱导PNECs的增生，包括现有PNECs的增殖和俱乐部细胞的转分化，并识别出一种过敏原诱导的PNEC亚型	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究PNECs在过敏原诱导的哮喘反应中的调控机制	小鼠肺神经内分泌细胞（PNECs）	呼吸系统疾病研究	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及野生型和突变型小鼠
1354	2025-07-09	Single-cell sequencing and mass spectrometry imaging reveal the multicellular compartmentalization map of plant triterpenes: A ginsenoside in Panax ginseng example 2025-Jul-08, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.70198 PMID:40626415	研究论文	本研究通过单细胞测序和质谱成像技术揭示了植物三萜类化合物的多细胞区室化图谱，并以人参皂苷为例	首次报道了三萜类化合物生物合成的多细胞区室化图谱，并构建了多细胞区室化图谱	研究仅以人参皂苷为例，可能无法完全代表其他植物三萜类化合物的分布情况	揭示植物三萜类化合物的多细胞区室化图谱，为植物育种和代谢调控提供依据	人参（Panax ginseng）的根、茎和叶	植物代谢组学	NA	单细胞测序、质谱成像	NA	图像、测序数据	NA
1355	2025-07-09	Endothelial plasticity in atrial fibrosis by integrating single-cell sequencing and genetic lineage tracing 2025-Jul-08, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehaf372 PMID:40626706	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和遗传谱系追踪技术，探讨了内皮细胞在心房纤维化中的可塑性及其机制	揭示了内皮细胞通过TGF-β1信号通路促进成纤维细胞功能和心房纤维化的新机制，并提出了针对内皮特异性通路的治疗策略	研究中发现内皮细胞向成纤维细胞的完全转化极少，可能限制了内皮可塑性在纤维化中的全面理解	阐明内皮细胞在心房纤维化中的具体作用机制	心房组织中的内皮细胞和成纤维细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 遗传谱系追踪	NA	基因表达数据, 细胞图像数据	来自窦性心律和心房颤动患者的心房组织, Cdh5-CreERT2;RFP小鼠模型, 人类原代心房内皮细胞和成纤维细胞
1356	2025-07-09	SARC028 samples reveal an interplay between TGFβ, interferon signaling and low HLA class I expression as contributors to Ewing sarcoma checkpoint blockade resistance 2025-Jul-08, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3882 PMID:40627445	研究论文	本研究利用SARC028试验中的尤文肉瘤患者活检样本，探讨了TGFβ、干扰素信号传导和低HLA I类表达在免疫检查点阻断抵抗中的作用	揭示了尤文肉瘤对PD1靶向免疫疗法抵抗的免疫抑制三联特征，并提出了改善抗肿瘤免疫的策略	样本量有限，且仅分析了治疗前后的特定时间点	探究尤文肉瘤对免疫检查点抑制剂抵抗的机制	尤文肉瘤患者的治疗前后活检样本	数字病理学	尤文肉瘤	多重免疫荧光、空间蛋白质组学、空间转录组学	NA	组织样本	SARC028临床试验中尤文肉瘤患者的配对活检样本
1357	2025-07-09	Chimeric antigen receptor-engineered cytolytic Tregs reverse pulmonary fibrosis and remodel the fibrotic niche without CRS 2025-Jul-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182050 PMID:40627450	研究论文	该研究开发了一种靶向FAP1的CAR-cTregs细胞，用于治疗特发性肺纤维化（IPF）	结合CAR-T细胞的靶向杀伤优势和Tregs的免疫抑制功能，开发了新型CAR-cTregs细胞，用于治疗IPF	研究仅在体外和博来霉素诱导的肺纤维化模型中进行，尚未进行人体临床试验	开发一种新型治疗方法，逆转肺纤维化并重塑纤维化微环境	FAP1+肺泡成纤维细胞（AFs）和CAR-cTregs细胞	免疫治疗	特发性肺纤维化（IPF）	单细胞转录组学分析、CAR-T细胞技术	博来霉素诱导的肺纤维化模型	NA	NA
1358	2025-07-09	Hair follicle epithelial stem cells contribute to interfollicular epidermis during homeostasis 2025-Jul-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.193496 PMID:40627455	研究论文	本研究揭示了毛囊上皮干细胞在稳态期间对毛囊间表皮（IFE）的贡献	发现转录因子KROX20标记了小鼠毛囊上部和中部的一个异质性干细胞群，并证实这些细胞在成年期迁移至IFE，参与表皮基底和上层形成	研究仅限于小鼠模型，未在人类皮肤中进行验证	探究毛囊干细胞在表皮稳态维持中的作用机制	小鼠毛囊上皮干细胞及毛囊间表皮	细胞生物学	NA	谱系追踪技术、空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠模型（未明确具体数量）
1359	2025-07-09	Cluster-guided contrastive learning with masked autoencoder for spatial domain identification based on spatial transcriptomics 2025-Jul-07, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3586483 PMID:40622835	研究论文	提出了一种名为STMCCL的自监督学习框架，用于基于空间转录组学的空间域识别	结合掩码自编码器和聚类引导的对比学习，探索基因表达谱和空间拓扑的复杂关系	未明确提及具体局限性	提高空间转录组数据的空间域识别精度	空间转录组数据	数字病理	NA	空间转录组技术	掩码自编码器（masked autoencoder）	基因表达谱和空间信息	7个公共数据集
1360	2025-07-09	Combined angiogenic and hypertrophic gene therapy enhances skeletal muscle growth 2025-Jul-07, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00966.2024 PMID:40622896	研究论文	本研究探讨了结合血管生成和肌肉肥大的基因疗法如何促进生理性肌肉生长并改善肌肉功能	结合使用myostatin前肽(Pro-MSTN)和血管内皮生长因子B(VEGF-B)的基因疗法，克服了当前肌肉肥大治疗的局限性	研究主要在健康和小鼠糖尿病模型中进行，尚未在人类中验证	探索结合血管生成和肌肉肥大的基因疗法对肌肉生长和功能的促进作用	健康小鼠和糖尿病小鼠的骨骼肌	基因治疗	肌肉萎缩	腺相关病毒载体(AAV)基因递送、单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	健康小鼠和糖尿病小鼠