单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1341	2025-04-08	Machine learning-based in-silico analysis identifies signatures of lysyl oxidases for prognostic and therapeutic response prediction in cancer 2025-Apr-05, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02176-1 PMID:40186284	研究论文	本研究通过机器学习方法全面评估了赖氨酰氧化酶（LOX/LOXL）在癌症中的表达及其临床意义	开发了一种新的胶质瘤预后模型，并揭示了LOXL2过表达在复发性胶质瘤中的恶性细胞群体特征	研究主要基于公共数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	评估LOX/LOXL家族在癌症中的表达及其对预后和治疗反应的预测价值	33种癌症类型，特别是胶质瘤、膀胱癌和肾癌	机器学习	癌症	RNA测序（包括bulk和单细胞RNA测序）	机器学习算法（共10种）	RNA测序数据	来自GEO、CGGA和TCGA的六个数据集
1342	2025-04-08	RIPK2 promotes colorectal cancer metastasis by protecting YAP degradation from ITCH-mediated ubiquitination 2025-Apr-04, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07599-9 PMID:40185717	研究论文	本研究揭示了RIPK2通过保护YAP免受ITCH介导的泛素化降解促进结直肠癌转移的机制	首次发现RIPK2作为独立风险因子通过调控YAP稳定性促进结直肠癌转移，并揭示了细菌感染-MDP-NOD2-RIPK2-YAP信号轴	未明确RIPK2在其他癌症类型中的普适性作用，动物模型需要进一步验证	探究结直肠癌转移的分子机制并寻找潜在治疗靶点	结直肠癌细胞及肿瘤组织	肿瘤生物学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	未明确样本量（包含CRC组织与癌旁组织的对比）
1343	2025-04-08	CD47-amyloid-β-CD74 signaling triggers adaptive immunosuppression in sepsis 2025-Apr-04, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s44319-025-00442-4 PMID:40185975	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和常规RNA测序分析脓毒症的免疫景观，发现适应性免疫受到急性且强烈的抑制	发现CD47通过诱导淀粉样蛋白β（Aβ）的产生，与B细胞上的CD74相互作用，导致B细胞抑制和随后的适应性免疫抑制	研究主要基于小鼠模型，临床数据验证有限	阐明脓毒症中宿主反应失调的机制	脓毒症患者的免疫细胞和小鼠模型	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和常规RNA-seq	NA	RNA测序数据	脓毒症患者和小鼠模型
1344	2025-04-08	CCR8 antagonist suppresses liver cancer progression via turning tumor-infiltrating Tregs into less immunosuppressive phenotype 2025-Apr-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03286-x PMID:40186298	研究论文	本研究探讨了CCR8拮抗剂IPG0521m通过改变肿瘤浸润性调节性T细胞（Tregs）的表型，抑制肝癌进展的机制	首次揭示了CCR8拮抗剂在肝癌中的作用机制，并展示了IPG0521m通过改变Tregs的免疫抑制表型增强抗肿瘤免疫的新策略	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果尚需进一步验证	探究CCR8拮抗剂在肝癌治疗中的作用及机制	人类肝癌组织和小鼠肝癌模型	肿瘤免疫学	肝癌	流式细胞术、批量RNA测序、单细胞RNA测序、实时PCR	小鼠肝癌模型	基因表达数据、细胞表型数据	人类肝癌组织样本和小鼠模型
1345	2025-04-08	The role of lactate metabolism in retinoblastoma tumorigenesis and ferroptosis resistance 2025-Apr-01, Tissue & cell IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.tice.2025.102893 PMID:40188688	研究论文	本研究探讨了乳酸代谢在视网膜母细胞瘤肿瘤发生和铁死亡抵抗中的作用	揭示了乳酸代谢在视网膜母细胞瘤中的关键作用，特别是通过MCT1介导的乳酸转运促进肿瘤细胞存活和铁死亡抵抗	研究主要基于体外和动物模型，临床样本的验证有待进一步研究	阐明乳酸代谢相关基因表达谱在视网膜母细胞瘤中的作用及其对肿瘤发生和铁死亡抵抗的影响	视网膜母细胞瘤细胞系和患者组织样本	肿瘤代谢	视网膜母细胞瘤	单细胞RNA测序	小鼠异种移植模型	转录组数据	未明确说明患者样本数量，使用了视网膜母细胞瘤细胞系和小鼠模型
1346	2025-04-08	Circadian Rhythm Disruption in Triple-Negative Breast Cancer: Molecular Insights and Treatment Strategies 2025-Apr, Journal of pineal research IF:8.3Q1 DOI:10.1111/jpi.70042 PMID:40193174	研究论文	探讨昼夜节律紊乱（CRD）对三阴性乳腺癌（TNBC）的影响，通过分析RNA测序数据、代谢组学特征和肿瘤微环境评估，揭示CRD对代谢重编程和免疫逃逸的作用	首次使用CYCLOPS方法分析TNBC中节律基因表达模式的显著变化，并发现CRD与色氨酸代谢上调和免疫抑制微环境的相关性	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索昼夜节律紊乱对三阴性乳腺癌的影响及其潜在治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	数字病理学	乳腺癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、代谢组学分析	CYCLOPS	RNA测序数据、代谢组学数据	未明确说明样本数量
1347	2025-04-08	Single-cell sequencing reveals the same heterogeneity of neutrophils in heatstroke-induced lung and liver injury 2025-Mar-28, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.03.005 PMID:40158777	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了热射病（HS）诱导的肺和肝损伤中中性粒细胞的异质性	发现中性粒细胞通过'Cxcr2-Cxcl2'受体-配体对增强浸润是HS诱导肺损伤的显著特征，并识别了Cd177+中性粒细胞在器官损伤中的关键作用及Cebpe的转录调控功能	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索热射病导致多器官功能障碍（MODS）的机制	热射病小鼠模型的肺组织和肝组织	数字病理	热射病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA序列数据	未明确说明样本数量，仅提及使用小鼠模型
1348	2025-04-08	Deep learning in single-cell and spatial transcriptomics data analysis: advances and challenges from a data science perspective 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf136 PMID:40185158	review	本文综述了深度学习方法在单细胞和空间转录组数据分析中的进展与挑战，并从数据科学的角度进行了系统评价	系统评估了58种计算方法在21个数据集上的性能，揭示了模型性能在不同数据集和评估指标间的显著差异，并提出了深度学习方法在转录组数据分析中的三个关键发展方向	高质量标注数据集仍然有限，且生物组织的复杂相关性使得准确重建细胞状态和空间背景具有挑战性	探讨深度学习方法在单细胞和空间转录组数据分析中的应用及其面临的挑战	单细胞和空间转录组数据	machine learning	NA	单细胞测序、空间转录组学	深度学习	基因表达、表观遗传修饰、代谢物水平、空间位置等多模态数据	21个数据集来自9个基准测试
1349	2025-04-08	Single-cell sequencing reveals the mechanisms of multiple myeloma progression: clarity or confusion? 2025-Feb, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06241-0 PMID:39918600	综述	本文综述了单细胞测序在揭示多发性骨髓瘤进展机制中的新见解，包括克隆进化、微环境转变、表观遗传变化及新型预后和治疗策略	利用单细胞测技术解析多发性骨髓瘤的细胞异质性和分子模式，为理解其生物学和进化动力学提供突破性视角	研究范围和技术的持续扩展与优化仍需进一步探索	探讨多发性骨髓瘤的进展机制及未来治疗方向的改进	多发性骨髓瘤的克隆进化、微环境转变及表观遗传变化	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞测序	NA	NA	NA
1350	2025-04-08	Identification of molecular characteristics in polycystic ovary syndrome using single-cell and transcriptome analysis 2025-01-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-81110-w PMID:39848950	研究论文	通过单细胞和转录组分析揭示多囊卵巢综合征（PCOS）的分子特征	整合多个数据集进行生物信息学分析，揭示了PCOS的复杂分子网络，包括差异表达基因、共表达模块和细胞亚群的潜在发育轨迹	研究依赖于公共数据集，可能受到样本来源和数量的限制	揭示PCOS的潜在分子机制	多囊卵巢综合征（PCOS）患者	生物信息学	多囊卵巢综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-qPCR、生物信息学分析	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	来自GSE138518、GSE155489和PRJNA600740的数据集
1351	2025-04-08	Identification of prognostic biomarkers of sepsis and construction of ceRNA regulatory networks 2025-01-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-78502-3 PMID:39843498	研究论文	通过RNA测序和单细胞RNA测序技术，识别与脓毒症预后相关的生物标志物并构建ceRNA调控网络	首次构建了脓毒症相关的circRNA-miRNA-mRNA调控网络，并识别出GSPT1和NPRL3作为新的预后生物标志物	样本量较小，非存活组仅6例，可能影响结果的统计效力	探索脓毒症的发病机制，寻找早期识别和治疗的新靶点	脓毒症患者的血液样本	生物信息学	脓毒症	RNA测序（mRNA/circRNA），10×单细胞RNA测序	ceRNA调控网络	RNA测序数据	存活组26例，非存活组6例
1352	2025-04-08	Novel Perspective on Sevoflurane-Induced Cognitive Dysfunction: Implications of Neuronal SIRPα and Microglial Synaptic Remodeling 2024-12-18, ACS chemical neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.1021/acschemneuro.4c00485 PMID:39644326	研究论文	本研究探讨了神经元SIRPα和小胶质细胞突触重塑在七氟烷诱导的新生小鼠认知功能障碍中的作用	揭示了神经元SIRPα和小胶质细胞突触重塑在七氟烷诱导的认知功能障碍中的新机制，并提出了潜在的干预靶点	研究仅基于新生小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究七氟烷麻醉对新生小鼠认知功能的影响及其分子机制	新生小鼠	神经科学	认知功能障碍	单细胞转录组测序、慢病毒介导的基因过表达	小鼠模型	转录组数据、行为学数据	未明确说明数量的新生小鼠
1353	2025-04-08	MultiSC: a deep learning pipeline for analyzing multiomics single-cell data 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae492 PMID:39376034	研究论文	提出了一种名为MultiSC的深度学习流程，用于分析多组学单细胞数据	开发了一个新的流程MultiSC，利用多模态约束自编码器和基于矩阵分解的模型来整合多组学数据并预测转录因子调控的靶基因	未提及具体的局限性	解决多组学单细胞数据整合和分析工具缺乏的问题	多组学单细胞数据	机器学习	NA	NEAT-seq	多模态约束自编码器（single-cell hierarchical constraint autoencoder）、基于矩阵分解的模型（scMF）、多元线性回归模型	基因表达、染色质可及性、转录因子蛋白表达	未提及具体样本数量
1354	2025-04-08	Emerging drug targets for triple-negative breast cancer: a guided tour of the preclinical landscape 2022-05, Expert opinion on therapeutic targets IF:4.6Q1 DOI:10.1080/14728222.2022.2077188 PMID:35574694	综述	本文综述了三阴性乳腺癌(TNBC)治疗中的新兴靶点，重点讨论了癌细胞膜分子、细胞内信号通路及肿瘤微环境(TME)的潜在治疗价值	总结了TNBC治疗靶点的最新研究进展，并提出了针对TNBC分子异质性和TME的联合治疗策略	靶点识别和验证面临遗传、分子和免疫学方法的应用挑战，以及临床前研究向临床实践的转化困难	开发针对TNBC的新型有效靶向治疗	三阴性乳腺癌(TNBC)	肿瘤学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、耐热II组内含子逆转录酶测序、人源化小鼠模型	NA	NA	NA
1355	2025-04-07	Overcoming immunotherapy resistance in colorectal cancer through nano-selenium probiotic complexes and IL-32 modulation 2025-Sep, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123233 PMID:40081224	研究论文	本研究提出了一种新型纳米硒益生菌复合物结合IL-32调控的方法，以增强CD8+ T细胞介导的免疫反应并克服结直肠癌的免疫治疗耐药性	首次将硒纳米颗粒负载的细胞外囊泡与IL-32及工程化益生菌大肠杆菌Nissle 1917结合，形成SeNVs@NE-IL32-EcN复合物，用于增强免疫治疗效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	克服结直肠癌免疫治疗耐药性，增强CD8+ T细胞介导的免疫反应	结直肠癌患者及人源化异种移植小鼠模型	纳米医学与免疫治疗	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组分析、电子显微镜、动态光散射(DLS)	人源化异种移植小鼠模型	基因表达数据、影像数据	未明确说明患者样本数量，使用人源化小鼠模型
1356	2025-04-07	Development of an electroconductive Heart-on-a-chip model to investigate cellular and molecular response of human cardiac tissue to gold nanomaterials 2025-Sep, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123275 PMID:40138961	research paper	开发了一种电导性心脏芯片模型，用于研究人类心脏组织对金纳米材料的细胞和分子反应	开发了具有电导性的3D心脏芯片模型（eHOC），相比非导电模型，展现出增强的收缩功能、改善的钙瞬变及心脏相关基因表达的上调	未明确提及具体限制，但可能包括模型复杂性和实际应用中的技术挑战	构建更接近天然心肌的电导性心脏组织模型，用于药物测试和疾病建模	人类诱导多能干细胞（hiPSCs）衍生的心肌细胞（hiCMs）和心脏成纤维细胞（hiCFs）	生物医学工程	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	3D电导性心脏芯片（eHOC）	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
1357	2025-04-07	PINK1 link mitochondria-ER contacts controls deposition of intramuscular fat in pigs 2025-May-20, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151672 PMID:40138759	研究论文	本研究探讨了PINK1如何通过调节线粒体与内质网的相互作用调控猪肌肉内脂肪沉积	首次揭示了PINK1通过调控线粒体-内质网接触点来控制猪肌肉内脂肪沉积的分子机制	研究仅针对猪模型，人类或其他动物的适用性尚不明确	探究PINK1在调控猪肌肉内脂肪沉积中的作用机制	猪的肌肉内脂肪沉积过程	农业生物技术	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个猪品种的肌肉组织样本
1358	2025-04-07	Identification of molecular clusters and a risk prognosis model for diffuse large B-cell lymphoma based on lactate metabolism-related genes 2025-Apr-05, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06321-1 PMID:40186663	研究论文	本研究基于乳酸代谢相关基因（LMRGs）识别了弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的分子簇并构建了风险预后模型	开发了一个包含五个LMRGs的风险预后模型，揭示了高风险患者预后较差的原因，并发现B细胞中高LMRG风险评分可能通过MIF-CD74/CXCR4通路促进免疫抑制	研究依赖于公开数据集，可能受限于数据的质量和样本量	探索乳酸代谢相关基因与DLBCL预后及免疫微环境相互作用的关系	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者	数字病理学	淋巴瘤	Cox回归、LASSO回归、单细胞RNA测序	风险预后模型	基因表达数据	来自GSE10846和GSE87371数据集的患者数据
1359	2025-04-07	Atf3 controls transitioning in female mitochondrial cardiomyopathy as identified by spatial and single-cell transcriptomics 2025-Apr-04, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adq1575 PMID:40184463	research paper	该研究通过空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了线粒体心肌病（MCM）从代偿到功能障碍转变的机制，并发现Atf3在女性MCM进展中的关键作用	首次结合空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了Atf3在女性线粒体心肌病进展中的性别特异性调控作用	研究样本量有限，仅基于一名患者和小鼠模型，需要在更大样本中验证	探究线粒体心肌病从代偿到功能障碍转变的分子机制	线粒体心肌病患者的心脏组织和小鼠模型	转录组学	线粒体心肌病	空间转录组学, 单核RNA测序(snRNA-seq)	Ndufs6基因敲除小鼠模型(FS6KD)	RNA测序数据	一名患者和小鼠模型
1360	2025-04-07	Injury and obesity differentially and synergistically induce dysregulation of synovial immune cells in osteoarthritis 2025-Apr-04, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.03.001 PMID:40188009	研究论文	研究探讨了损伤和肥胖如何差异性和协同性地影响骨关节炎中滑膜免疫细胞的失调	首次揭示了损伤和肥胖在骨关节炎中独立和协同地改变滑膜免疫细胞景观的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索损伤和肥胖对骨关节炎滑膜免疫细胞的影响	小鼠膝关节囊中的免疫细胞	免疫学	骨关节炎	单细胞转录组学、免疫分析、转基因小鼠模型、遗传命运图谱方法	转基因小鼠模型	转录组数据、免疫细胞表型数据	未明确说明小鼠数量，但涉及正常体重和肥胖小鼠的比较