单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 1341 - 1360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1341 | 2025-10-05 |
Progress and new challenges in image-based profiling
2025-Aug-07, ArXiv
PMID:40799808
|
综述 | 本文回顾了基于图像的细胞表型分析技术的计算进展，详细介绍了当前流程、局限性和未来发展方向 | 深度学习从根本上重塑了基于图像的细胞表型分析，改进了特征提取、可扩展性和多模态数据整合 | 该领域仍面临需要创新解决方案的重大挑战 | 为研究人员提供导航这一快速发展领域进展和新挑战的路线图 | 基于图像的细胞表型分析技术 | 计算机视觉 | NA | 显微镜成像，深度学习 | 深度学习 | 图像 | NA | NA | 高通量显微镜，单细胞分析 | NA | NA |
| 1342 | 2025-10-05 |
Concurrent genetic and non-genetic resistance mechanisms to KRAS inhibition in CRC
2025-Aug-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.05.668666
PMID:40799551
|
研究论文 | 本研究通过单细胞空间转录组学分析结直肠癌患者对KRAS抑制剂的耐药机制 | 首次揭示KRAS抑制剂耐药过程中遗传与非遗传机制共存，并发现TBK1作为消除早期炎症适应性阶段的新靶点 | 样本量有限，需要更大规模研究验证发现 | 探索结直肠癌对KRAS抑制剂耐药的急性反应机制 | 结直肠癌患者活检样本和人鼠类器官模型 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 靶向外显子测序,单细胞空间转录组学 | NA | 基因组测序数据,转录组数据 | 患者匹配的治疗前、治疗中和进展期活检样本 | NA | 单细胞空间转录组学,靶向外显子测序 | NA | NA |
| 1343 | 2025-10-05 |
The tectum transversum(TTR) maintains patency of the developing coronal suture
2025-Aug-05, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7216722/v1
PMID:40799753
|
研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示横梁软骨在维持冠状缝开放中的关键作用及其调控机制 | 首次证明横梁软骨通过作为BMP信号屏障维持冠状缝开放，为冠状缝早闭病因提供新机制解释 | 研究仅使用小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 探究横梁软骨在冠状缝发育过程中的功能作用 | 小鼠胚胎模型中的横梁软骨、冠状缝及相邻组织 | 发育生物学 | 颅缝早闭 | 空间转录组学、基因敲除 | NA | 基因表达数据、组织形态数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1344 | 2025-10-05 |
Epigenomic subtypes of late-onset Alzheimer's disease reveal distinct microglial signatures
2025-Aug-04, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7232080/v1
PMID:40799738
|
研究论文 | 本研究通过分析晚发性阿尔茨海默病患者的表观基因组数据，识别出两种不同的表观遗传亚型，并揭示了它们独特的神经胶质细胞特征 | 首次在晚发性阿尔茨海默病中识别出表观遗传亚型，并发现不同亚型具有独特的神经胶质细胞甲基化特征和功能状态 | 研究基于死后脑组织样本，可能无法完全反映活体疾病状态；样本量相对有限 | 识别晚发性阿尔茨海默病的表观遗传亚型并阐明其生物学机制 | 晚发性阿尔茨海默病患者死后脑组织样本 | 表观基因组学 | 阿尔茨海默病 | 全基因组DNA甲基化分析，RNA-seq，单细胞RNA-seq | 无监督聚类 | 表观基因组数据，转录组数据 | 831例来自三个独立队列的死后脑组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1345 | 2025-10-05 |
Excitatory Synaptic Transmission Is Differentially Modulated by Opioid Receptors along the Claustrocingulate Pathway
2025-Aug, eNeuro
IF:2.7Q3
DOI:10.1523/ENEURO.0219-25.2025
PMID:40670155
|
研究论文 | 本研究探讨阿片受体对小鼠扣带回皮层中谷氨酸能信号传导的调节作用 | 首次揭示KOR、MOR和DOR阿片受体在claustrocingulate通路中对兴奋性突触传递的差异化调节机制 | 研究仅限于小鼠脑切片实验，未在活体动物中进行验证 | 探究阿片受体在claustrocingulate神经环路中对兴奋性突触传递的调节机制 | 小鼠前扣带回皮层和屏状核的神经环路 | 神经科学 | 疼痛感知与意识相关疾病 | 空间转录组学,脑切片电生理学,光遗传学,药理学方法 | NA | 电生理数据,转录组数据 | 雌雄小鼠脑切片样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1346 | 2025-10-05 |
Lung Single-Cell Transcriptomics Reveal Diverging Pathobiology and Opportunities for Precision Targeting in Scleroderma-Associated Versus Idiopathic Pulmonary Arterial Hypertension
2025-Aug, Circulation. Genomic and precision medicine
DOI:10.1161/CIRCGEN.124.004936
PMID:40686216
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学比较硬皮病相关性与特发性肺动脉高压的肺组织基因表达差异 | 首次在单细胞水平揭示SSc-PAH与IPAH的分子病理差异，发现特异性细胞信号通路和潜在靶向治疗药物 | 样本量较小（每组4例），需要更大规模研究验证 | 探究不同亚型肺动脉高压的分子机制差异，为精准治疗提供依据 | 肺动脉高压患者的肺组织样本 | 单细胞转录组学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序 | Seurat分析流程 | 单细胞RNA测序数据 | 4例SSc-PAH、4例IPAH、4例对照供体肺组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium Flex | 10x Genomics Chromium Flex单细胞测序平台 |
| 1347 | 2025-10-05 |
IL-17 Stimulates Sensory Neurons and Sensitises Colonic Afferents to Noxious Stimuli in a PI3K Dependent Manner in Male Mice
2025-Aug, Journal of neurochemistry
IF:4.2Q2
DOI:10.1111/jnc.70191
PMID:40827457
|
研究论文 | 本研究揭示了IL-17通过PI3K信号通路直接激活感觉神经元并增强结肠传入神经对有害刺激的敏感性 | 首次通过生物信息学分析和实验验证相结合，发现IL-17通过PI3K依赖性机制直接激活DRG感觉神经元并增强结肠痛觉敏感性 | 研究主要在雄性小鼠中进行，性别差异的影响需要进一步验证 | 探索炎症性肠病中内脏疼痛的介质和机制 | 溃疡性结肠炎患者结肠活检样本、小鼠背根神经节神经元 | 生物医学研究 | 炎症性肠病/溃疡性结肠炎 | bulk RNA测序、单细胞RNA测序、钙成像、磁激活细胞分选 | NA | 基因表达数据、钙信号数据 | 溃疡性结肠炎患者结肠活检样本、小鼠背根神经节神经元 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1348 | 2025-10-05 |
Prediction of cell states and key transcription factors of the human cornea through integrated single-cell omics analyses
2025-Aug, PNAS nexus
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/pnasnexus/pgaf235
PMID:40838019
|
研究论文 | 通过整合单细胞组学数据构建人角膜细胞状态元图谱并开发细胞状态预测工具 | 整合四个已发表研究的单细胞RNA-seq数据构建人角膜细胞状态元图谱，开发机器学习工具cPredictor进行细胞状态注释，并首次整合染色质可及性数据识别关键转录因子 | 基于已发表数据的整合分析，可能受原始数据质量和注释一致性的限制 | 解决人角膜单细胞研究中细胞状态注释不一致的问题，建立可靠的角膜细胞状态参考图谱 | 人角膜组织细胞和多能干细胞来源的角膜类器官 | 单细胞组学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序,染色质可及性分析,机器学习,免疫组织化学验证 | 机器学习流程 | 单细胞RNA-seq数据,染色质可及性数据 | 整合四个已发表研究的数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1349 | 2025-10-05 |
Spatial Domain-Based Approach to Analyze the Mechanism of Sparganii Rhizoma-Curcumae Rhizoma Pair in the Treatment of Colorectal Cancer
2025-Aug, Food science & nutrition
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/fsn3.70794
PMID:40842663
|
研究论文 | 通过整合空间转录组学、单细胞RNA测序和网络药理学，分析中药三棱-莪术药对在结直肠癌治疗中的空间域特异性作用机制 | 建立了整合空间转录组学、单细胞RNA测序和网络药理学的综合分析框架，首次从空间域角度解析中药药对在肿瘤微环境中的调控机制 | 研究主要基于计算分析和预测，需要进一步的实验验证来确认机制 | 研究三棱-莪术药对在结直肠癌原发灶和肝转移灶中的治疗机制 | 结直肠癌肿瘤微环境中的空间域和细胞间相互作用 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 网络药理学 | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1350 | 2025-10-05 |
Single-cell sequencing reveals the role of IL-33 + endothelial subsets in promoting early gastric cancer progression
2025-Aug, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.70050
PMID:40860436
|
研究论文 | 通过单细胞测序揭示IL-33+内皮细胞亚群在促进早期胃癌进展中的作用 | 构建了包含184,426个高质量胃癌细胞的单细胞图谱，首次发现静脉-1内皮亚群通过IL-33促进血管生成和肿瘤生长的机制 | NA | 阐明早期胃癌的单细胞特征及肿瘤微环境组成，寻找预测标志物和治疗靶点 | 胃癌临床活检和手术样本中的细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 184,426个高质量胃癌细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1351 | 2025-10-05 |
Foxp3+ Regulatory T Cells Restrain Th1 Response Shielding the Brain from Lethal Inflammatory Damage during Cryptococcal Meningoencephalitis
2025-Jul-30, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7142999/v1
PMID:40766255
|
研究论文 | 本研究揭示了Foxp3+调节性T细胞在隐球菌性脑膜脑炎中通过抑制Th1反应保护大脑免受炎症损伤的机制 | 首次系统阐明Treg细胞在CNS感染中的神经保护作用，发现CCR8/CCL1轴是Treg向大脑募集的关键机制，并验证Treg增强疗法对生存率的改善效果 | Areg缺失未显示生存效应，其具体调控机制仍需进一步研究 | 探究调节性T细胞在隐球菌性脑膜脑炎中的免疫调节作用及神经保护机制 | 人类CM患者和小鼠CM模型中的调节性T细胞 | 免疫学 | 中枢神经系统感染 | scRNA-seq, 流式细胞术, NanoString分析 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | 人类患者和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1352 | 2025-10-05 |
Dermatopathological Challenges in Objectively Characterizing Immunotherapy Response in Mycosis Fungoides
2025-Jul-29, Dermatopathology (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/dermatopathology12030022
PMID:40843796
|
综述 | 探讨蕈样肉芽肿免疫治疗反应客观评估的挑战与新兴解决方案 | 提出将黑色素瘤研究方法应用于蕈样肉芽肿的免疫治疗评估，并倡导采用多光谱成像和空间转录组学等新技术 | 缺乏统一的病理生物标志物，难以区分治疗过程中的反应性淋巴细胞与恶性淋巴细胞 | 改进蕈样肉芽肿免疫治疗反应的客观评估方法 | 蕈样肉芽肿（皮肤T细胞淋巴瘤）患者 | 数字病理学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 多光谱成像，空间转录组学，高通量T细胞受体基因重排分析 | NA | 组织病理图像，基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1353 | 2025-10-05 |
Spatial transcriptomic profiling uncovers the molecular effects of the neurotoxicant polychlorinated biphenyls (PCBs) in the brains of adult mice
2025-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.24.665575
PMID:40777386
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组技术揭示了多氯联苯暴露对成年小鼠大脑功能和认知的分子影响 | 首次结合空间转录组学分析PCB暴露对多个脑区基因表达的影响，并发现其对血脑屏障完整性的破坏机制 | 研究仅使用成年雄性C57BL/6J小鼠，结果可能不适用于其他性别或年龄的动物 | 评估PCB暴露对大脑功能和认知的影响机制 | 成年雄性C57BL/6J小鼠 | 空间转录组学 | 神经退行性疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 多只成年雄性C57BL/6J小鼠（具体数量未明确说明） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1354 | 2025-10-05 |
Impact of Cattle Breed in scRNA-Seq Reference on Muscle Fiber Type Deconvolution from Bulk RNA-Seq: A Comparison of Software Tools
2025-Jul-25, Biotech (Basel (Switzerland))
DOI:10.3390/biotech14030056
PMID:40843779
|
研究论文 | 比较不同软件工具在使用不同牛品种scRNA-seq参考数据对肌肉纤维类型反卷积分析的影响 | 首次证明参考scRNA-seq数据中使用的牛品种会显著影响反卷积结果 | 仅研究晚期妊娠荷斯坦奶牛，未涵盖其他品种或生理状态 | 评估不同牛品种scRNA-seq参考数据对肌肉纤维类型反卷积分析的影响 | 晚期妊娠荷斯坦多产奶牛的肌肉组织 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | CIBERSORTx, Cellanneal, DeconvR-NNLS, DeconvR-RLM | RNA测序数据 | 使用Brahman和Wagyu牛品种的scRNA-seq参考数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1355 | 2025-10-05 |
Integrated single-nuclei and spatial transcriptomic profiling of human sacrococcygeal teratomas reveals heterogeneity in cellular composition and X-chromosome inactivation
2025-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.21.665156
PMID:40777431
|
研究论文 | 通过整合单核RNA测序和空间转录组技术分析人类骶尾部畸胎瘤，揭示细胞组成异质性和X染色体失活状态 | 首次结合单核RNA测序和空间转录组学分析SCTs，发现X染色体双等位基因表达与细胞身份特征的关联 | 样本量较小（仅8个肿瘤样本），未检测到预期的多能细胞群体 | 探究骶尾部畸胎瘤的细胞起源、临床分层和性别偏好的分子机制 | 人类骶尾部畸胎瘤组织样本（6个产后和2个产前样本） | 单细胞组学 | 畸胎瘤 | 单核RNA测序，空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据，空间基因表达数据 | 8个骶尾部畸胎瘤样本（1例男性，7例女性） | NA | 单核RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 1356 | 2025-10-05 |
Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher
2025-Jul-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03682-8
PMID:40702544
|
研究论文 | 介绍了一种名为Decipher的深度生成模型，用于表征异常细胞状态轨迹并整合单细胞基因组学数据 | 开发了能够联合建模和可视化正常与扰动条件下单细胞RNA-seq数据的深度生成模型，揭示共享和破坏的动力学过程 | NA | 开发计算工具以整合跨条件的单细胞基因组学数据并表征从正常到异常细胞状态的转变 | 单细胞RNA测序数据，包括胰腺炎伴癌基因突变、急性髓系白血病和胃癌 | 机器学习 | 胰腺炎, 急性髓系白血病, 胃癌 | 单细胞RNA测序 | 深度生成模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1357 | 2025-10-05 |
Mapping mesenchymal diversity in the developing human intestine and organoids
2025-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.22.665939
PMID:40777494
|
研究论文 | 构建人类小肠发育过程中间充质细胞多样性的空间图谱并用于评估肠道类器官 | 首次创建了覆盖人类肠道细胞类型多样性的定制Xenium空间转录组基因panel，揭示了发育过程中成纤维细胞群体的动态空间重塑 | 研究主要聚焦于发育中的间充质群体，其他细胞类型分析相对有限 | 解析人类肠道发育过程中间充质细胞的空间组织与多样性 | 发育中的人类小肠组织及多能干细胞衍生的肠道类器官 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 基因表达数据，空间定位数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | Xenium | 定制Xenium空间转录组基因panel |
| 1358 | 2025-10-05 |
Activation of IL-17+ ILC subsets in IL-18R-deficient mice during fungal allergen exposure
2025-Jul-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.17.665289
PMID:40777291
|
研究论文 | 本研究探讨IL-18受体缺陷小鼠在真菌过敏原暴露下ILC亚群中IL-17的激活机制 | 首次揭示IL-18信号通过抑制ILC2s产生IL-17A来调控肺部嗜酸性粒细胞增多 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究IL-18/IL-18R信号通路在肺部ILC2应答中的作用机制 | IL-18受体敲除小鼠和野生型对照小鼠的肺组织免疫细胞 | 免疫学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序，细胞因子检测 | NA | 基因表达数据，细胞因子数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1359 | 2025-10-05 |
ETS1 Orchestrates a Hybrid EMT Program Driving in vivo Metastasis and Immune Evasion
2025-Jul-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.17.665404
PMID:40777467
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了转录因子ETS1在上呼吸道鳞状细胞癌中协调混合上皮间质转化程序，驱动体内转移和免疫逃逸的双重作用 | 首次发现ETS1作为混合上皮间质转化程序的主调控因子，同时驱动肿瘤转移和免疫抑制，并鉴定出HSP90抑制剂作为针对ETS1高表达肿瘤的靶向治疗策略 | 研究主要聚焦于上呼吸道鳞状细胞癌，其他癌症类型的普适性需要进一步验证 | 探索上呼吸道鳞状细胞癌中转录异质性程序如何驱动肿瘤转移和免疫逃逸 | 上呼吸道鳞状细胞癌细胞和患者肿瘤组织 | 癌症生物学 | 上呼吸道鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个患者队列的肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1360 | 2025-10-05 |
GatorST: A Versatile Contrastive Meta-Learning Framework for Spatial Transcriptomic Data Analysis
2025-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.01.662625
PMID:40672304
|
研究论文 | 提出了一种名为GatorST的空间转录组数据分析框架，通过图建模和对比元学习整合空间信息与转录组数据 | 结合图建模与对比元学习，同时捕获局部和全局空间上下文，采用伪标签弱监督和分集训练策略增强泛化能力 | 未明确说明框架的计算复杂度以及对不同空间分辨率的适应性 | 开发空间转录组数据分析框架以改善下游任务性能 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 图神经网络,对比学习,元学习 | 空间基因表达数据 | 14个空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |