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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1341 | 2026-02-27 |
Tracing Immunological Interaction in Trimethylamine N-Oxide Hydrogel-Derived Zwitterionic Microenvironment During Promoted Diabetic Wound Regeneration
2024-08, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202402738
PMID:38885961
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研究论文 | 本研究开发了一种新型三甲胺N-氧化物(TMAO)衍生的两性离子水凝胶,以促进糖尿病伤口愈合,并通过单细胞RNA测序探索了其周围的多细胞生态系统 | 首次利用TMAO衍生的两性离子水凝胶调控免疫微环境,揭示了巨噬细胞和中性粒细胞在糖尿病伤口愈合中的关键作用,并验证了两性离子微环境对适应性免疫系统激活的影响 | 未明确提及研究的具体局限性,如样本量、实验模型或长期效果评估 | 解析糖尿病伤口愈合的免疫调节机制并开发治疗策略 | 糖尿病伤口愈合过程中的多细胞生态系统,特别是巨噬细胞和中性粒细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1342 | 2026-02-27 |
Single-cell transcriptome atlas of testes from mice with high-fat diets
2024-06-04, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03435-5
PMID:38834587
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,分析了肥胖和瘦小鼠睾丸中的超过70,000个细胞,以探究高脂饮食诱导的肥胖对非生精细胞和精子发生的影响 | 首次提供了饮食诱导肥胖小鼠睾丸的单细胞RNA-seq数据集,为研究高脂饮食相关的男性生殖损伤提供了创新性见解和方向 | 研究主要基于小鼠模型,结果向人类转化的适用性可能有限,且未详细探讨肥胖影响的具体分子机制 | 探究肥胖对睾丸在分子水平的影响,特别是高脂饮食如何破坏睾丸内的细胞间通讯网络和影响精子发生 | 肥胖和瘦小鼠的睾丸细胞,包括非生精细胞和从精原细胞到精子的所有生精细胞 | 数字病理学 | 肥胖相关生殖损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过70,000个细胞来自肥胖和瘦小鼠的睾丸 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1343 | 2026-02-27 |
Direct comparison of mass cytometry and single-cell RNA sequencing of human peripheral blood mononuclear cells
2024-05-30, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03399-6
PMID:38816402
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研究论文 | 本文直接比较了人类外周血单个核细胞在单细胞RNA测序和质谱流式细胞术中的细胞类型比例及蛋白质与mRNA测量的相关性 | 首次在同一细胞样本上同时进行单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和流式细胞术,为评估数据一致性和开发整合预测方法提供了金标准数据集 | 研究仅针对人类外周血单个核细胞,未扩展到其他组织或疾病状态,且样本量有限 | 评估单细胞转录组学和蛋白质组学测量之间的一致性,并为单细胞分析工具提供基准数据集 | 人类外周血单个核细胞 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术, 流式细胞术 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据 | 一个分割样本的人类外周血单个核细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 1344 | 2026-02-27 |
Time-course RNAseq data of murine AB1 mesothelioma and Renca renal cancer following immune checkpoint therapy
2024-05-03, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03294-0
PMID:38702329
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研究论文 | 本文提供了小鼠AB1间皮瘤和Renca肾癌在接受免疫检查点治疗后的时间进程RNAseq数据,包括整体和单细胞测序 | 结合时间进程的整体RNA测序和单细胞测序,在治疗前和治疗后多个时间点分析免疫微环境,并比较不同样本解离协议的影响 | 研究基于小鼠模型,可能无法完全反映人类疾病情况;样本数量相对有限 | 表征免疫检查点阻断治疗反应的时间关键转录事件,并评估样本处理协议对转录信息质量的影响 | 小鼠AB1间皮瘤和Renca肾细胞癌模型 | 转录组学 | 间皮瘤, 肾癌 | RNA-seq, 单细胞测序 | NA | RNA序列数据 | 144个整体RNAseq样本(来自两种癌症类型,跨越4个时间点),12个单细胞测序样本(治疗前1小时) | NA | 整体RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1345 | 2026-02-27 |
Bulk and single-cell transcriptome datasets of the mouse fetal and adult rete ovarii and surrounding tissues
2024-04-13, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03227-x
PMID:38615064
|
研究论文 | 本研究提供了小鼠胎儿和成年卵巢网及其周围组织的批量、单细胞和细胞核水平转录组数据集,以揭示卵巢网在卵巢稳态和生理反应中的潜在功能 | 首次利用Pax8-rtTA; Tre-H2B-GFP小鼠模型对卵巢网的三个区域进行转录组分析,整合了批量、单细胞和细胞核水平的数据 | 研究主要基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类,且卵巢网的具体功能机制仍需进一步验证 | 探索卵巢网在卵巢发育、女性成熟和成年生育力中的角色 | 小鼠胎儿和成年卵巢网组织,包括卵巢内网、卵巢外网和连接网三个区域 | 数字病理学 | NA | 转录组分析,包括批量、单细胞和细胞核水平测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1346 | 2026-02-27 |
Single-cell RNA-sequencing of virus-specific cellular immune responses in chronic hepatitis B patients
2024-04-08, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03187-2
PMID:38589415
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了慢性乙型肝炎患者中病毒特异性细胞免疫反应的转录组特征 | 创建了首个包含HBV特异性T细胞、非初始T细胞和PD1 T细胞的单细胞转录组数据集,并同时分析了血液和肝脏组织样本 | 样本量相对有限(21名患者和10名健康对照),且肝脏活检样本仅来自5名患者的匹配子集 | 深入理解慢性乙型肝炎中失调的免疫反应机制,特别是T细胞功能异常的表型 | 慢性乙型肝炎患者和健康对照者的免疫细胞,包括HBV特异性T细胞、非初始T细胞和PD1 T细胞 | 单细胞组学 | 乙型肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 21名慢性乙型肝炎患者和10名健康对照者,包含5名患者的匹配肝脏活检样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10X Genomics平台(用于186,123个细胞)和全长Smart-seq2协议(用于1,069个细胞) |
| 1347 | 2026-02-27 |
SOXC are critical regulators of adult bone mass
2024-Apr-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-47413-2
PMID:38580651
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型和单细胞转录组学揭示了SOXC转录因子(特别是SOX4)在调控成年骨量中的关键作用,包括促进骨吸收和抑制骨形成 | 首次明确了SOXC转录因子在成年骨量调控中的冗余和特异性作用,特别是SOX4在调节骨吸收与骨形成平衡中的主导角色,并通过单细胞转录组学揭示了其分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性尚需进一步验证;单细胞转录组学数据仅提供了表达谱,功能验证有待深入 | 探究SOXC转录因子如何调控成年骨量,并阐明其分子机制 | 小鼠模型(SOXC功能缺失和功能获得模型)以及Lepr间充质细胞 | NA | 骨质疏松症 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1348 | 2026-02-27 |
Cellular atlas of the human ovary using morphologically guided spatial transcriptomics and single-cell sequencing
2024-04-05, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adm7506
PMID:38578993
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研究论文 | 本研究通过形态学引导的空间转录组学和单细胞测序技术,构建了人类卵巢的细胞图谱 | 结合空间转录组学和单细胞测序,首次在人类卵巢中揭示了卵泡发育的分子程序及激素和细胞外基质重塑活动的空间变异 | 样本量较小,仅涉及少数绝经前捐赠者,可能限制了结果的普适性 | 研究卵巢的功能单元和细胞间空间相互作用,以增进对生育和内分泌健康的理解 | 人类卵巢组织,包括卵母细胞、卵泡膜细胞、颗粒细胞等细胞类型 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,空间位置数据 | 来自5名捐赠者的卵巢组织,包括257个区域的空间转录组数据和21,198个细胞的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 1349 | 2026-02-27 |
Insights for disease modeling from single-cell transcriptomics of iPSC-derived Ngn2-induced neurons and astrocytes across differentiation time and co-culture
2024-Apr-02, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-024-01867-4
PMID:38566045
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学分析,研究了iPSC衍生的Ngn2诱导神经元和星形胶质细胞在分化时间和共培养条件下的同质性、相似性及其在神经精神疾病建模中的应用 | 结合公共单细胞RNA-seq数据和体内发育脑数据,首次系统评估了hiPSC-N和hiPSC-A的谱系起源、成熟度及共培养效应,并构建了集成网络资源平台 | 研究揭示了细胞模型的异质性和局限性,可能不完全模拟体内复杂环境,需进一步优化 | 评估iPSC衍生神经元和星形胶质细胞模型在神经精神疾病研究中的适用性和优化策略 | 人诱导多能干细胞衍生的Ngn2诱导神经元(hiPSC-N)和星形胶质细胞(hiPSC-A) | 数字病理学 | 神经精神疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1350 | 2026-02-27 |
Multi-organ single-cell transcriptomics of immune cells uncovered organ-specific gene expression and functions
2024-03-27, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03152-z
PMID:38538617
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研究论文 | 本研究通过整合多个单细胞转录组数据集,揭示了健康供体14个器官中免疫细胞的器官特异性基因表达和功能差异 | 首次大规模整合多器官单细胞转录组数据,系统识别了免疫细胞在器官间的特异性基因表达模式,如肾脏中的GTPX3和胸腺中的DNTT与ACVR2B,并关联了转录因子活性和代谢通路 | 研究基于公开数据集进行荟萃分析,可能受原始数据质量和批次效应影响;样本来源限于健康供体,未涵盖疾病状态 | 探究不同人类器官中驻留免疫细胞的独特基因表达特征和功能 | 114,275个CD45+免疫细胞,来源于健康供体的14个器官 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 114,275个免疫细胞,来自14个器官的健康供体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1351 | 2026-02-26 |
Monocytes acquire a tumor-associated IL1B program upon encountering patient-derived colon cancer organoids
2026-Dec-31, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2026.2633012
PMID:41723598
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研究论文 | 本研究通过建立患者来源的结肠癌类器官与原代人单核细胞的共培养系统,揭示了单核细胞在肿瘤微环境中获得IL1B相关程序化表型的机制 | 首次利用患者来源的结肠癌类器官与原代人单核细胞共培养系统模拟肿瘤微环境中的细胞互作,并发现单核细胞获得一种独立于肿瘤突变谱或分子亚型的IL1B程序化表型 | 研究基于体外共培养系统,可能无法完全模拟体内复杂的肿瘤微环境;样本来源仅限于微卫星稳定型结直肠癌患者 | 解析结直肠癌中肿瘤相关单核细胞/巨噬细胞的表型异质性及其功能调控机制 | 患者来源的结肠癌类器官、原代人单核细胞 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 微卫星稳定型结直肠癌患者的类器官样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1352 | 2026-02-26 |
Spatial transcriptomics reveals the molecular signatures of prodromal and advanced α-synucleinopathy
2026-Mar-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.114845
PMID:41736854
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研究论文 | 本研究应用空间转录组学技术,揭示了α-突触核蛋白病在啮齿动物模型和帕金森病患者中的分子特征,包括能量代谢通路的变化和特定信号标记的识别 | 首次结合空间转录组学与帕金森病患者微阵列数据,系统揭示了α-突触核蛋白病从前期到晚期阶段的分子动态变化,并识别出与病理进展一致的生物标记 | 研究基于转基因小鼠模型和有限的帕金森病患者队列,可能无法完全反映人类疾病的复杂性,且空间转录组学技术分辨率有限 | 探究α-突触核蛋白病在帕金森病中的分子机制和进展标志,为生物标记发现和靶向治疗提供依据 | 转基因M83小鼠模型的脑组织切片以及四个独立帕金森病患者队列的微阵列数据集 | 空间转录组学 | 帕金森病 | 空间转录组学,微阵列分析 | NA | 空间转录组数据,微阵列数据 | 转基因M83小鼠模型脑切片及四个独立帕金森病患者队列数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1353 | 2026-02-26 |
A cell atlas of multiple liver organoids and the fetal liver based on scRNA-seq
2026-Mar-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.114955
PMID:41736863
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研究论文 | 本研究通过整合多个scRNA-seq数据集,构建了一个包含217,025个高质量细胞的统一肝脏类器官细胞图谱,并与人类胎儿肝脏数据进行比较分析 | 首次构建了跨多个培养方案的肝脏类器官综合细胞图谱,并系统比较了类器官与胎儿组织在细胞组成和信号通路上的差异 | 类器官中造血谱系细胞代表性不足,可能限制了其在模拟完整肝脏发育方面的应用 | 理解人类肝脏类器官生长过程中的细胞特征和调控网络,以促进肝脏发育和功能研究 | 人类肝脏类器官和胎儿肝脏组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 217,025个高质量细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1354 | 2026-02-26 |
Neural network-assisted RNA velocity imputation for empowering transcript dynamics-based analyses
2026-Mar-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.114909
PMID:41736867
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研究论文 | 本文提出了一种名为NARVI的深度学习框架,用于通过神经网络辅助RNA速度插补,以解决现有RNA速度估计工具因技术限制或模型假设而无法计算大量基因速度的问题 | 利用深度学习学习可计算基因的表达模式与速度之间的关系,从而准确估计原本无法计算的基因速度,扩展了基于转录动力学的下游分析范围 | 未在摘要中明确提及具体限制 | 解决RNA速度估计工具在单细胞转录组数据分析中因技术限制或模型假设导致的基因速度计算缺失问题,以增强基于转录动力学的下游分析能力 | 单细胞转录组数据集中的基因速度估计 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习框架(神经网络) | 单细胞转录组数据 | 多个单细胞转录组数据集(未指定具体样本数量) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1355 | 2026-02-26 |
Tumor cell-derived IFN spatially reprograms osteopontin-enriched macrophage niches to promote PARP inhibitor resistance
2026-Mar-06, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI199035
PMID:41734034
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学、单细胞RNA测序和多重免疫组化技术,揭示了肿瘤细胞来源的IFN通过诱导巨噬细胞表达SPP1,形成免疫抑制微环境,从而导致PARP抑制剂耐药的机制 | 首次在空间层面揭示了IFN-SPP1轴在PARP抑制剂耐药中的作用,并证明SPP1可作为治疗靶点和预后生物标志物 | 研究主要基于卵巢癌样本和HRD小鼠模型,在其他癌症类型中的普适性有待验证 | 探究PARP抑制剂耐药的机制,并寻找克服耐药的治疗策略 | 高级别浆液性卵巢癌患者样本和HRD小鼠模型 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 多重免疫组化 | NA | 空间转录组数据, 单细胞转录组数据, 图像数据 | 来自前瞻性新辅助尼拉帕利单药治疗试验的样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | PhenoCycler-Fusion | PhenoCycler-Fusion空间分析平台 |
| 1356 | 2026-02-26 |
High-throughput proteomics uncovers molecular clusters and biomarkers of severity in bullous pemphigoid
2026-Mar, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV
IF:8.4Q1
DOI:10.1111/jdv.70252
PMID:41392513
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研究论文 | 本研究通过高通量蛋白质组学分析,揭示了天疱疮(BP)中局部和全身炎症反应的分子特征,并识别了与疾病严重程度相关的生物标志物 | 首次使用Olink Target 96炎症面板全面分析BP的皮肤和血清蛋白质组,识别出CCL13等关键炎症蛋白,并基于蛋白质组数据定义了两种分子亚型,揭示了BP的生物学异质性 | 样本量相对较小(29例皮肤活检和27例匹配血清),且为观察性研究,需要更大规模的前瞻性研究验证 | 全面分析BP的局部和系统性炎症反应,探索其与疾病严重程度、临床特征和治疗结果的关联 | 天疱疮患者的皮肤活检和血清样本,以及健康对照样本 | 蛋白质组学 | 天疱疮 | Olink Target 96炎症面板蛋白质组学分析,单细胞RNA测序 | 主成分分析、无监督聚类、差异表达分析、基因集富集分析、k-means聚类 | 蛋白质组数据、转录组数据 | 29例BP皮肤活检、27例匹配血清样本、14例健康对照 | Olink | 高通量蛋白质组学,单细胞RNA测序 | Olink Target 96 Inflammation panel | Olink Target 96炎症面板用于蛋白质组分析,公开可用的单细胞RNA测序数据集用于外部验证 |
| 1357 | 2026-02-26 |
Multi-omics analysis identifies SMPD1 as a key contributor in sphingolipid pathway for Type 2 diabetes pathogenesis
2026-Mar, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-025-01727-7
PMID:41428198
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研究论文 | 本研究通过多组学分析,确定SMPD1是2型糖尿病发病机制中鞘脂代谢通路的关键贡献因子 | 整合基因组、转录组和代谢组数据,并结合孟德尔随机化分析与体内实验,首次系统性地证实了SMPD1在2型糖尿病发病中的因果作用和致病机制 | 研究主要基于小鼠模型和部分人类数据,需要在更广泛的人类队列中进行验证;对SMPD1影响下游信号通路的分子机制探索尚不全面 | 识别和表征导致2型糖尿病发病的关键鞘脂通路成分 | 2型糖尿病患者、代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)患者的肝脏组织、瘦型和ob/ob肥胖小鼠模型 | 多组学分析 | 2型糖尿病 | 多组学整合分析、孟德尔随机化分析、全基因组关联研究(GWAS)、体内实验 | NA | 基因组数据、转录组数据、代谢组数据 | 涉及人类GWAS数据、T2D患者血液代谢组数据、MASLD肝脏组织bulk和单细胞RNA-seq数据集,以及瘦型和ob/ob小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1358 | 2026-02-26 |
Molecular analysis of tumor recurrence using established cancer stem cell-line and drug discovery
2026-Mar, International journal of clinical oncology
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s10147-025-02948-2
PMID:41557221
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研究论文 | 本文通过开发LGR5特异性单克隆抗体和建立具有干细胞特性的结直肠癌细胞系PLR123,研究了癌症干细胞在肿瘤复发中的作用,并发现RNA聚合酶I抑制剂BMH-21能有效抑制复发 | 开发了LGR5特异性单克隆抗体和高灵敏度免疫荧光方法,建立了维持干细胞特性的结直肠癌细胞系PLR123及体外复发模型,并通过单细胞RNA测序和小分子筛选发现BMH-21作为新型抑制剂 | 未明确说明样本量或临床验证的局限性,研究主要基于细胞系和模型系统 | 阐明癌症干细胞在结直肠癌复发中的作用机制,并开发预防肿瘤复发的新疗法 | 结直肠癌干细胞、LGR5标记物、PLR123细胞系、肿瘤复发模型 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、免疫荧光、小分子筛选 | 体外复发模型 | 基因表达数据、图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1359 | 2026-02-26 |
Correction to "A comparison of integration methods for single-cell RNA sequencing data and ATAC sequencing data"
2026-03, Quantitative biology (Beijing, China)
DOI:10.1002/qub2.70023
PMID:41676320
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correction | 本文是对先前发表的关于单细胞RNA测序数据与ATAC测序数据整合方法比较文章的更正 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1360 | 2026-02-26 |
Distribution and Levels of Insulin-like Growth Factor 2 Receptor Across Mouse Brain Cell Types
2026-Mar, Receptors (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/receptors5010001
PMID:41725679
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研究论文 | 本研究通过免疫荧光染色和单细胞RNA测序数据比较,系统评估了成年雄性C57BL/6J小鼠大脑中胰岛素样生长因子2受体在不同脑细胞类型和脑区的分布与表达水平 | 首次全面揭示了IGF-2R蛋白在多种脑细胞类型中的特异性分布,特别是在兴奋性和抑制性神经元中的高富集,以及其在树突和轴突区室中的定位 | 研究仅限于成年雄性C57BL/6J小鼠,未涵盖其他年龄、性别或物种,且依赖公开的单细胞RNA测序数据库进行mRNA表达比较 | 探究IGF-2R在大脑不同细胞类型和亚细胞区室中的分布与表达水平,以增进对其在脑功能和疾病中作用的理解 | 成年雄性C57BL/6J小鼠的大脑组织,包括海马体和皮质区域 | 神经科学 | 神经发育和神经退行性疾病 | 双重和多重免疫荧光染色,单细胞RNA测序数据分析 | NA | 图像数据,公开的RNA测序数据 | 成年雄性C57BL/6J小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |